Manual de Instrução

para o Processos de
Pagamento
Manual de Instrução para os
Processos de Pagamento

Brasília - DF
Setembro de 2020
 Propósito

O presente Manual visa subsidiar as áreas gestoras detentoras

de Contratos Administrativos, no âmbito do Ministério da
Saúde, no que diz respeito à instrução processual para
pagamento de documentos hábeis emitidos.
 Do processo de pagamento

Disposições iniciais para fins deste manual

Primeiramente, informa-se as disposições deste Manual se aplicam aos processos

de pagamento sob a responsabilidade regimental da Divisão de Execução Financeira
de Pessoal e Contratos Administrativos (DIFIR/CGOF).

Em segundo lugar, convém esclarecer que a execução financeira a cargo da

DIFIR/CGOF, conhecida como pagamento, que é a 3ª etapa da execução despesa
pública, limita-se a:

I. averiguar a existência da liquidação da despesa, materializada pelo

fiscal por meio do atesto da nota fiscal a quem compete observar o
Art. 63 da Lei nº 4.320/1964 c/c Art. 36 do Decreto nº 93.872/1986; e

II. proceder à retenção e recolhimento dos tributos federais e

municipais/distrital, conforme preconiza a legislação tributária
vigente, tais como a Lei Complementar Federal nº 116/2003,
Instruções Normativas da Receita Federal do Brasil nºs 1.234/2012 e
alterações, 971/2008, Decreto Distrital nº 25.508/2005 e leis e
decretos municipais acerca do imposto sobre serviços – ISS, conforme
o caso. Para este fim, é imprescindível que as empresas contratadas
prestem, nas notas fiscais, informações precisas e atualizadas da
legislação tributária, acompanhadas das alíquotas e base de cálculo
corretas.
Estágios da Execução da Despesa Pública –
Lei n.º 4.320/1964

Estágios da Execução da Execução da Despesa

1º -Empenho-Art.58daLein.º4.320/1964

liquidação
Art. 62 c/c Art. 64 da Lei nº 4.320/1964
 Da análise processual -
Iniciar processo no

1. Inicialmente, deverá ser iniciado um processo no SEI na

seguinte categoria "Gestão de Contrato: Processo de
Pagamento".

2. No campo “Especificação” deverá ser constar "Pagamento

da(s) fatura(s) de número XXX referente ao Contrato
YY/AAAA”.

3. Caso seja um reconhecimento de dívida, especificar da

seguinte forma: "Pagamento da(s) fatura(s) de número XXX
- reconhecimento de dívida.

4. Na hipótese de ser uma despesa não vinculada diretamente

a um contrato (taxas públicas, por exemplo), especificar da
seguinte forma: "Pagamento de XXXX", onde o XXXX refere-
se ao tipo da despesa (IPVA, IPTU, licenciamento anual,
seguro obrigatório).

5. No campo “Interessados” deverá ser associado ao

processo apenas o credor da despesa; evitar colocar a área
gestora e servidores como interessados.

6. Quando se tratar de taxas públicas, colocar a instituição

responsável por recolhê-la (ex: se IPVA, colocar DETRAN-DF;
se IPTU, colocar SEFAZ-DF; se contribuição de iluminação
pública, colocar CEB Distribuição).

7. Caso o processo tenha qualquer especificidade, utilizar o

campo “Observações”.
8. O nível de acesso de processos de pagamento, salvo os casos
estipulados em Lei, deverá ser, sempre, Público.

9. O documento hábil que dará “vida” ao pagamento deverá

ser inserido como Documento Externo e estar
completamente legível (document hábil aqui diz respeito à
nota fiscal/fatura/boleto, conforme a peculariedade da
despesa e da legislação tributária pertinente)

10. Documentos hábeis sem valor fiscal (ex: cupom fiscal, NF de

simples remessa ou e-mails) não poderão ser pagos.

11. Caso o Contrato Administrativo estipule prazos limites de

pagamento, pode ser emitido boleto, que deverá ser
escaneado e inserido aos autos do processo como
documento externo.

12. Caso o Contrato Administrativo não estipule prazos limites

de pagamento, não cabe a emissão de boleto.

13. O boleto deverá acompanhar o documento hábil, exceto

quando se tratar de taxas públicas, caso no qual o boleto
será o próprio documento hábil.

14. O CNPJ do boleto deverá ser o mesmo que constar no

documento hábil, ressalvados os casos relacionados a
consórcio, conforme IN RFB n.º 1.199/2011.

15. Caso não esteja descrito no documento hábil, o fiscal do

contrato ou o gestor da despesa deverá indicar o domicílio
bancário no qual a despesa será debitada, mesmo em casos
de existência de boleto bancário. Caso ocorra qualquer
problema relacionado ao código de barras que impeça o seu
pagamento pelo Banco do Brasil, será efetivado crédito na
conta corrente da empresa contratada.

16. Quando se tratar de serviços executados sob demanda ou de

forma eventual, deverão ser inseridas as Ordens de Serviço
(ou similares) referentes aos valores a serem pagos, bem
como relatório de execução, comprovando a perfeita
execução dos serviços prestados. As características dos
relatórios e seu conteúdo estão especificadas em instruções
normativas e variam de acordo com o tipo de serviço
 contratado.

17. Quando estipulado no Contrato Administrativo, deverá ser

inserida, nos autos do processo, tabela com informações
detalhadas de retenções trabalhistas para fins de depósito
em Conta Vinculada, indicando o valor exato a ser recolhido,
conforme modelo de Atesto (doc. SEI 7374661), reproduzido
no Anexo A.

18. O recolhimento dos valores indicados no item acima

dependem de criação do evento junto ao Banco do Brasil.

19. Deve ser anexada a Portaria de Fiscalização atualizada,

comprovando que o servidor responsável pela fiscalização é
o que está atestando a despesa.

20. Caso trate-se de um reconhecimento de dívida, despesas

não vinculadas diretamente a um contrato, dispensa de
licitação ou quando a formalização do Contrato for na
própria Nota de Empenho, não existe Portaria, portanto essa
etapa deve ser ignorada.

21. O Atesto da despesa deverá ser feito pelo Fiscal designado

em Portaria e obedecer ao modelo anexo (doc. SEI 7374661),
reproduzido no Anexo A.

22. Caso trate-se de reconhecimento de dívida, deverá ser

emitida Nota Técnica com as devidas justificativas a fim de
que subsidie o Subsecretário de Assuntos Administrativos
para a assinatura do Termo de Reconhecimento de Dívida
nos moldes preconizados pelo Decreto n.º 93.872/86, e
pelas Lei n.º 8.666/93 e n.º 4.320/64. Vale ressaltar que a
Nota Técnica deverá ser assinada pelo dirigente máximo do
Departamento que deu causa à despesa (DAS 101.5 ou
equivalente).

23. Frisa-se que o Termo de Reconhecimento será assinado pelo

Ordenador de Despesa tão somente após as devidas
justificativas feitas pela área demandante/gestora da
despesa, mediante Nota Técnica nos termos apontados no
item acima precedente.

24. Caso trate-se de despesa não vinculada diretamente a um

 contrato, o Atesto deverá obedecer ao modelo anexo (doc.
SEI 7389294, reproduzido no Anexo B) e ser assinado pelo
Coordenador da área gestora da despesa (FCPE 101.3 ou
equivalente).

25. Faz-se necessária a indicação de nota de empenho original,

e não de reforço, bem como indicação do subitem, mesmo
que seja apenas um por nota de empenho, conforme
indicado nos modelos de atesto (docs.
SEI 7374661 e 7389294 – Anexos A e B, respectivamente).

26. Quando se tratar de reconhecimento de dívida, os autos

deverão ser enviados diretamente à Subsecretaria de
Assuntos Administrativos (SAA) para ciência e autorização da
emissão de nota de empenho de reconhecimento de dívida,
caso esteja de acordo.

27. Em caso de vencimento, a área gestora deverá tramitar o

processo à DIFIR/CGOF com 10 dias úteis para o vencimento
da fatura, conforme Memorando-Circular nº 6-
SEI/2017/SE/GAB/SE/MS.

28. Caso ocorra necessidade de ajustes no processo de

pagamento devido a inconsistências na instrução processual,
o fiscal do contrato ou gestor da despesa deverá negociar
junto ao credor postergação do prazo de pagamento com
vistas a reencaminhá-lo à DIFIR/CGOF dentro dos 10 dias
úteis para o vencimento da fatura.

29. A DIFIR/CGOF não garante o pagamento de processos

enviados a esta Coordenação com menos de 10 dias úteis
para o vencimento da fatura.

30. Após emitida a Ordem Bancária, o processo será enviado

para emissão de Conformidade de Gestão e será concluído.

31. Processos que receberam Conformidade de Gestão não

poderão ser reabertos. Caso o credor apresente novo
documento hábil referente ao contrato, deverá ser instruído
novo processo de pagamento e repetidos os trâmites
descritos neste Manual.
Atenção!

Em cada processo de pagamento, deve haver no máximo 25 notas fiscais, com exceção dos processos que
apresentem subcontratação. Essa limitação é importante para possibilitar a celeridade do pagamento.

No que diz respeito aos processo com subcontratação, sugere-se processo com 10 notas fiscais, pois, nestes
processos, há a possibilidade de haver muitas retenções de Imposto Sobre Serviços (ISS) , para municípios
diversos, além das retenções na fonte de Imposto sobre a Renda (IR), da Contribuição Social sobre o Lucro
Líquido (CSLL), da Contribuição para o Financiamento da Seguridade Social (Cofins) e da Contribuição para
o PIS/Pasep.

Atenção!

Na hipótese do item 18, sugere-se consulta à Cartilha sobre Conta-Depósito Vinculada ― bloqueada para
movimentação, do Ministério do Planejamento, Desenvolvimento e Gestão:
https://www.gov.br/compras/pt-
br/images/conteudo/ArquivosCGNOR/cadernoa_logisticaa_contaa_vinculada-FINAL---01-03-
2018.pdf/view

Atenção!

A fim de evitar restituições de processos de pagamento, é imprescíndivel que o fiscal de contrato, antes do
envio de processo à area de pagamento, consulte o saldo da nota de empenho (NE) no SIAFI. Outrossim,
para a correta análise de saldo real da NE, faz-se importante considerar o valor de notas fiscais enviadas
para pagamento, mas que ainda não foram apropriadas*/pagas.
Nesse sentido, é importante que a área demandante tenha controle de remessa de notas fiscais ao setor de
pagamento, bem como seu status.

*Quando a despesa é apropriada no SIAFI o saldo na NE é “consumido” no montante da nota fiscal

correlata.
 Simples Nacional

32. Se a contratada se enquadrar nas hipóteses em que não cabe retenção, na

fonte, de tributos federais, nos termos da IN RFB n.º 1.234/2012, ela deve
observar as obrigações acessórias estabelecidas na IN em comento.
33. A título de exemplo: se a contratada for Optante Pelo Simples, ela deverá
apresentar ao órgão ou à entidade declaração de acordo com o modelo
constante dos Anexos da IN supracitada.

Atenção!

As demais hipóteses em que não cabe retenção, na fonte, de tributos federias, estão elencadas no Art. 4º
da IN RFB n.º 1.234/2012; as obrigações acessórios (apresentação de declaração), para fazer jus a tal direito,
também estão ali especificadas.
 Da glosa

34. A Administração Pública, ao contratar com o particular,

depara-se com a situação de inadimplência das obrigações
assumidas pelo contratado.
35. Nestes casos, a Administração tem se utilizado da figura da
“glosa” como forma de reposição do erário.
36. Nesse sentido, a glosa nada mais é que a retenção de
valores em pagamentos, em tese, devidos ao particular
contratado; assim, na hipótese de um serviço não prestado
ou prestado de forma incompleta, ou ainda, na situação de
um bem não fornecido ou fornecido em quantidade inferior
à ordem de fornecimento, o fiscal utiliza a figura da glosa.
37. A glosa aplicada não é impedimento para aplicação de
sanção nos termos da Lei n.º 8.666/1993, caso o serviço não
prestado ou o bem não fornecido venha a causar danos à
finalidade pública.
38. Posto isso, destaca-se que a glosa não possui natureza
sancionatória, tratando-se de medida que visa o
ressarcimento de determinada monta. Caso a
Administração busque punir o administrado, deve-se valer
dos instrumentos competentes, tais como as sanções
administrativas de advertência, multa, suspensão do direito
de licitar (nos casos de contratos administrativos), dentre
outras taxativamente arroladas pelo legislador.
39. Assim, na hipótese de haver glosa, o fiscal deverá
comunicar o fato à contratada, de modo que lhe seja
ofertada a garantia da ampla defesa e do contraditório.
40. Em que pese a Lei n°. 8.666/1993 ser omissa em relação ao
procedimento a ser adotado para a efetivação da glosa,
sugere-se que a Administração Pública Federal adote o rito
estabelecido pela Lei n°. 9.784/1999, que rege os processos
 administrativos federais.
41. Nesse sentido, em observância ao devido processo legal,
recomenda-se o seguinte rito:

 Instauração – Notificação da Contratada para

apresentação de Defesa Administrativa
(Capítulo IV da Lei n°. 9.784/1999);

 Defesa Administrativa a ser apresentada pela

Contratada (Capítulos II e IX da Lei n°.
9.784/1999);

 Instrução – realização de diligências, perícias,

pareceres, dentre outros, se necessário
(Capítulo X da Lei n°. 9.784/1999);

 Julgamento (Capítulos XI e XII da Lei n°.

9.784/1999); e

 Recurso Administrativo (Capítulo XV da Lei n°.

9.784/1999).
 Arquivo XML oriundo das Notas
Fiscais Eletrônicas (NFe)

42. Trata-se do cumprimento legal para salvaguarda dos arquivos digitais na

extensão XML oriundo das Notas Fiscais Eletrônicas.

43. Desde o dia 01/08/2010 é necessária a salvaguarda dos arquivos supracitados,

conforme Ajuste do Sistema Nacional de Informações Econômicas e Fiscais -
SINIEF nº 08, de 09/07/2010 tanto na cláusula sétima, quanto no caput da
cláusula décima, que preconizam respectivamente,

“§ 7º O emitente da NFe deverá, obrigatoriamente, encaminhar ou

disponibilizar download do arquivo da NFe e seu respectivo Protocolo
de Autorização de Uso ao destinatário e ao transportador contratado,
imediatamente após o recebimento da autorização de uso da NFe.”
[...]
“O emitente e o destinatário deverão manter a NFe em arquivo digital,
sob sua guarda e responsabilidade, pelo prazo estabelecido na
legislação tributária, mesmo que fora da empresa, devendo ser
disponibilizado para a Administração Tributária quando solicitado.”

44. Considerando a necessidade de cumprimento da legislação em vigor e a

necessidade de correção das medidas adotadas por esta DIFIR/CGOF, deve
haver a apresentação dos arquivos XML relacionados às notas fiscais eletrônicas
a serem pagas, bem como o envio dos arquivos correlatos as notas fiscais já
pagas.

45. Dessa forma, é imprescindível que as áreas demandantes, representadas por

cada fiscal de contrato atue junto às prestadoras de serviços, no sentido de que
cada empresa contratada envie previamente à emissão das Notas Fiscais, os
 arquivos XML, contendo a razão social da empresa, CNPJ, número do contrato,
número da Nota Fiscal e a respectiva data de emissão.

46. Os dados e arquivos mencionados acima deverão ser encaminhados para o

seguinte endereço eletrônico: cgof.saa@saude.gov.br.

47. Por fim, frisa-se que essa demanda ja fora objeto de comunicação, como, por
exemplo, através do Memorando nº 37 /2015-CEOF/CGMAP/SAA/SE/MS.
 Ordem Cronológica de Pagamento

48. Os processos de pagamento devem, no que diz respeito à ordem cronológica de

pagamento das obrigações relativas ao fornecimento de bens, locações,
realização de obras e prestação de serviços, no âmbito do Sistema de Serviços
Gerais – SISG, obedecer o que preconiza a Instrução Normativa n.º 02, de 6 de
dezembro de 2016, do, à época, Ministério do Planejamento, Desenvolvimento
e Gestão.

Atenção!

Para as despesas em que ha incidência de INSS (processo em que há cessão de mão de

obra), há que se observar que o prazo legal para retenção e recolhimento do INSS é até o
dia 20 do mês subsequente da emissão da nota fiscal, sob pena de incidência de encargos
monetários pelo atraso.

Art. 130. O órgão ou a entidade integrante do SIAFI deverá recolher os valores retidos com
base na nota fiscal, na fatura ou no recibo de prestação de serviços, respeitando como data
limite de pagamento o dia 20 (vinte) do mês subsequente ao da emissão da nota fiscal, da
fatura ou do recibo de prestação de serviços, observado o disposto no art. 120. – Instrução
Normativa RFB n.º 971, de 13 de novembro de 2009.
 Procedimentos adicionais

49. Lei n.º 8.666/93 não estabeleceu expressamente todas as atribuições do fiscal
de contratos administrativos.

50. No entanto, foi taxativa ao prescrever, em seu parágrafo 1º do art. 67, que o
representante da Administração anotará em registro próprio todas as
ocorrências relacionadas com a execução do contrato, determinando o que for
necessário à regularização das falhas ou defeitos observados”.

51. Esse dispositivo legal deixa claro que a atuação do fiscal de contratos deve se
pautar pelo formalismo, ou seja, todos os eventos ocorridos e pertinentes à
execução do contrato devem ser devidamente anotados, registrados,
formalizados, documentados e encaminhados à regularização, se necessário.

52. Essas anotações têm imensa importância para o processo de fiscalização de

contratos, considerando que é por meio delas que são constituídas as provas
necessárias para a apuração das responsabilidades das partes contratantes,
bem como para eventual necessidade de aplicação de penalidades por
descumprimento de cláusulas contratuais.
 Referências Bibliográficas

- Ajuste do Sistema Nacional de Informações Econômicas e Fiscais - SINIEF nº 08,

de 09/07/2010.
- ENAP, Gestão e Fiscalização de Contratos Administrativos (Módulo 3).
Fiscalização de Contratos. Brasília, 2014.
- Instrução Normativa RFB n.º 971, de 13 de novembro de 2009.
- Instrução Normativa n.º 02, de 6 de dezembro de 2016, do MPGD.
- Lei nº 8.666, de 21 de junho de 1993.
- Lei n.º 4.320, de 17 de março de 1964.
- Manual de Fiscalização de Contratos Administrativos do Tribunal de Contas de
Mato Grosso.
- Manual de Reconhecimento de Dívida da Presidência da República.
- Pacheco, Felipe Alves. O Instituto da Glosa : retenção de pagamentos nos
contratos administrativos. Migalhas. 2015. Acesso em: 09 de set.2020.
- Portaria GM/MS nº 78/2006.
 Anexos

Anexo A

Atesto
1. Atesto para os devidos fins que os serviços/materiais descritos na Nota Fiscal XXX (doc. SEI
xxxxxxxx) foram devidamente executados, conforme legislação em vigor, nos termos do Contrato
Administrativo de número XX/YYYY, firmado entre o Ministério da Saúde e a empresa XXXXXX.
Obedecendo ao que dispõe a Portaria de Fiscalização de número XX/YYYY (doc. SEI xxxxxxxxx), que
designa este que subscreve como fiscal técnico, matrícula Siape nº XXXXXX.

Nota Fiscal Mês Referência Valor da NF Glosa Conta Vinculada

XXXX AA/YYYY R$ XX.XXX,XX R$ XXX,XX R$ XXX,XX
XXXX AA/YYYY R$ XX.XXX,XX R$ XXX,XX R$ XXX,XX

Nota de Empenho Subitem Valor a ser Liquidado - bruto

2019NEXXXXXX XX R$ XXX,XX
2019NEXXXXXX XX R$ XXX,XX
TOTAL R$ XXX,XX

2. Em tempo, informo que foi realizada juntada do Relatório de Fiscalização Técnica, conforme
registro SEI nº xxxxxxxx.
Nome do Fiscal
Fiscal Técnico
Portaria XX/YYYY
Anexo B
Atesto
1. Atesto para os devidos fins que os serviços/materiais descritos no documento SEI de número
xxxxxxxx foram devidamente executados, conforme legislação em vigor.

Nota Fiscal Mês Referência Empenho/Subitem Valor a ser Pago

XXXX AA/YYYY 2019NEXXXXXX-XX R$ XX.XXX,XX

2. Em tempo, informo que foi realizada juntada do Relatório de Prestação de Serviços/de Entrega
do Material, conforme registro SEI nº xxxxxxxx.
Nome do Servidor
Cargo do Servidor/Área do Servidor

Atenção!

Se houver glosa e valor a ser recolhido para conta vinculada, o modelo deve ser adptado
para o modelo do Anexo A.
 Atenção!

O subitem da nota de empenho é, tecnicamente, denominado desdobramento do

elemento de despesa (subelemento). Esse subelemento é representado pelos 7º e 8º
dígitos, da classificação da natureza da despesa. O acesso a esse dado pode ser extraído do
SIAFI.
Exemplo:
__ SIAFI2020-DOCUMENTO-CONSULTA-CONNE (NOTA DE
EMPENHO)_______________________
08/09/20 15:28 USUARIO : LEANDRO MENDES
PAGINA : 1
UNIDADE GESTORA : 250110 / 00001 - CG DE MATERIAL E PATRIMONIO - CGMAP/SAA
NUMERO : 2020LI800340 EMPENHO : 2020NE800328
NATUREZA DESPESA: 339039 - OUT. SERV. TERC. - PES. JURID.
SEQ SUBITEM QUANTIDADE VALOR UNITARIO VALOR TOTAL
001 03 1,00000 50,00 50,00
PRESTACAO DE SERVICOS DE AGENCIAMENTO DE VIAGENS
002 69 1,00000 200,00 200,00
PRESTACAO DE SERVICOS DE AGENCIAMENTO DE VIAGENS

1º dígito 3 – categoria econômica; neste exemplo, despesa corrente

2º dígito 3 - grupo de natureza de despesa: neste exemplo, outras despesas correntes
3º e 4º dígitos 90 – modalidade de aplicação; neste exemplo, aplicação direta
5º e 6º dígitos 39 – elemento de despesa; neste exemplo, outros Serviços de Terceiros -
Pessoa Jurídica
7º e 8º dígitos 03 (PRESTACAO DE SERVICOS DE AGENCIAMENTO DE VIAGENS - Emissão de
bilhetes de passagem voos internacionais ) ou 69 (PRESTACAO DE SERVICOS DE
AGENCIAMENTO DE VIAGENS - Repasse seguro viagem). São esses dois dígitos (em
vermelho) que devem constar no Ateste.
Ressalta-se que esses números referem-se à nota de empenho 2020NE800328, emitida a
favor do credor 01017250/0001-05 - VOETUR TURISMO E REPRESENTACOES LTDA e aqui tem
caráter estritamente didático.