Bioquímica:

estrutura, Profa. Giselle

Cerchiaro
propriedades e giselle.cerchiaro@
ufabc.edu.br
funções de
biomoléculas
Estrutura da disciplina – Bacharelado em
Ciência e Tecnologia, UFABC

3-2-5
Aulas teóricas Aulas práticas Estudo individual

Bloco B, sala 1010 ou Laboratório L203 (Bioquímica de Metais e Estresse

Oxidativo)
 EMENTA

“Estudo da estrutura das

biomoléculas correlacionada
com suas diversas propriedades
para entendimento de suas
funções nos processos
biológicos e possíveis
aplicações nos diversos ramos
do conhecimento científico e
tecnológico.”
 Estrutura da disciplina
1. Aulas teóricas
• Aula expositiva e plantão de dúvidas
• Estudos dirigidos/exercícios quinzenais em sala – em dupla – trazer livro (Voet ou
Lenigher)
2. Aulas práticas
• A ser informada pelo professor correspondente

• Cronograma da disciplina: próximos slides

Conceito:

• 2 Provas escritas presenciais

• Recuperação para conceitos finais da

disciplina D e F: na 13a semana do curso,
prova.
Bibliografia principal:
Voet & Voet
Outras
bibliografias
adequadas
O que é bioquímica?
O que é vida?
Qual a base molecular
da vida?
Quais regras universais
regem o que chamamos
de vida na terra?
 A Bioquímica no Brasil: https://www.youtube.com/watch?v=giQ-3AnDGu0

Vídeo completo para estudo: https://www.youtube.com/watch?v=w-ku4tmcJmA

Canal da SBBQ no Youtube

Sociedades de Bioquímica mais importantes no mundo

Tópicos das aulas:
1) Vida, soluções aquosas
2) Introdução a termodinâmica aplicada a processos biológicos
3) Aminoácidos e proteínas
4) Enzimas e catálise enzimática
5) Proteínas especiais: hemoglobina e colágeno
6) Açúcares
7) Lipídeos
8) Ácidos nucleicos
9) Introdução ao metabolismo
Bioquímica:
estrutura, Profa. Giselle
propriedades e Cerchiaro
giselle.cerchiaro@
funções de ufabc.edu.br

biomoléculas -
VIDA
 Corante Vegano Amaranto ou vermelho
Produtos “NATURAIS”
Bordeaux:
x
Sintetizado a partir do alcatrão de carvão
Produtos “QUÍMICOS”
Usado em cereais, balas, laticínios, geléias,
gelados, recheios, xaropes, preparados
líquidos. Esse corante já causou polêmica
sobre sua toxicidade em animais de
laboratório, sendo proibido em vários
países

Observe que o pH do coronavírus varia de 5,5 a 8,5. Portanto, tudo o que

precisamos fazer para eliminar o vírus é consumir mais alimentos alcalinos acima Mensagem recebida em
do nível de acidez do vírus. Tais como: Bananas Limão verde - 9,9 pH Amarelo grupo de Whatszapp
Limão - 8,2 pH Abacate - 15,6 pH Alho - 13,2 pH Manga - 8,7 pH Tangerina - 8,5
pH Abacaxi - 12,7 pH Agrião - 22,7 pH Laranjas - 9,2 pH
 Vida é “natural”, ou só contém
“química”?

Mapa metabólico. Quando ele para? Onde

está acontecendo? Quando?

O que é vida????

https://old.taltech.ee/public/m/matemaatika-
loodusteaduskond/Instituudid/keemiainstituut/Bioorgaanilise-keemia-
oppetool/biokeemia/loeng/MetabolicPathways.pdf
O que é vida?
Capacidade de se preproduzir? E as mulas, que não se reproduzem, notadamente são seres vivos!
Cristais podem aumentar de tamanho quando imersos em uma solução saturada do material que
os compõe, e notadamente não são seres vivos.

Definição por Norman Horowitz como “a vida possui as propriedades de replicação, catálise e
mutabilidade”

A Bioquímica é o estudo da vida no seu nível molecular.

A vida se baseia em unidades morfológicas conhecidas como CÉLULAS

E. Coli.
Procariotos - DNA com massa molecular de 2,5x10^9 Da
- Codifica até 4300 proteínas (identificadas apenas 60-70%_
- Contem aprox. 6 mil tipos de moléculas diferentes por célula
 E. coli

Organismos Fotoautróficos: obtem energia por meio da fotossíntese

Organismos quimiotróficos/ autotróficos
Árvore filogenética
 Eucariotos
- Diametro de aprox. 100 micrometros
- Volume 1 bilhão de vezes maior que
procariotos
- Estruturas mais complexas que
procariotos, inclusive de organização
molecular
- - Não são “mais evoluídos”, ambos
eucariotos e procariotos evoluíram
seguindo diferentes estratégias

Relação superfície/volume é MUITO

MENOR que procariotos, devido a seu
grande tamanho
citoesqueleto
 Algumas células humanas

A elucidação do mecanismo
de diferenciação celular nos
eucariotos é uma das
principais metas a longo
prazo da bioquímica
moderna.
Organização polimérica de proteínas, ácidos nucleicos e polissacarídeos.

Nível de hierarquia molecular

- Apenas 20 aminoácidos
- Cerca de 8 tipos de carboidratos
- - 8 ácidos nucleicos (4 no DNA e 4 no RNA)

- Uma das questões centrais na Bioqímica é como são

formadas as estruturas biológicas
Metabolismo pode ser dividido em 2 formas:
- CATABOLISMO: ou degradação, no qual os nutrientes e os
constituintes celulares são degradados para recuperar seus
componentes ou para gerar energia;
- ANABOLISMO: ou biossíntese, no qual as biomoléculas são
sintetizadas a partir de componentes mais simples

- A energia necessária para os processos anabólicos é fornecida

basicamente pelo ATP, através da energia biológica universal:
DIFERENÇA DE ENERGIA LIVRE DE GIBBS.
É pouco
conhecida a
maneira pela
qual são
gerados
níveis mais
altos na
estrutura
biológica
DNA RNA proteina
Transcrição Tradução
 A origem da vida
As similaridades genéticas e bioquímicas de seres vivos
sugerem que estes vieram de um ancestral comum.

A primeira evidência de vida data de 3,4 - 3,5 bilhões de

anos.

Microfóssil de células
bacterianas.
Este fóssil foi encontrado
em uma rocha de 3,4
bilhões de anos no Oeste
Australiano.
Presença de moléculas homólogas são indícios
evolutivos
 https://www.youtu
be.com/watch?v=
WzrOVY_3tUI

Na crosta terrestre:
O 47%
Si 28%
Al 7,9%
Fe 4,5%
Ca 3,5%

É desconhecido como a síntese

proteica teria ocorrido antes do
surgimento dos ribossomos, pois
ácidos nucleicos não interage
com aminoácidos.... Ribossomos
de RNA?
Experimento de Stanley Miller e Harold Urey
(1953): aparelho de simulação da síntese de
compostos orgânicos na Terra pre-biótica
Número de ligações
Possível linha do tempo da evolução
bioquímica
Fórmulas químicas: Notações
O aspecto estrutural é essencial na função e nas
propriedades de compostos orgânicos
Grupos funcionais orgânicos e grupos envolvidos em
reações bioquímicas
Grupos funcionais orgânicos e grupos reativos em reações
bioquímicas
Alguns compostos
orgânicos com
atividade biológica
Blocos constituintes das biomoléculas
Níveis de organização dos compostos
Isomeria geométrica

Cis Trans
Isomeria de posição

2-fosfoglicerato 3 - fosfoglicerato
Quiralidade de compostos orgânicos
Dos compostos abaixo, quais C são quirais?
Isomeria ótica de compostos orgânicos: enantiômeros

Isômeros que são imagens

especulares não
sobreponíveis!
Modo experimental de separar isômeros óticos:
desvio de luz polarizada
Compostos com dois centros quirais

Além de enantiômeros, também podem ser formados

diastereoisômeros!
Exemplo de diastereoisômeros
 Bioquímica: estrutura,
propriedades e funções de
biomoléculas - Água, Interações
Intermoleculares e tampões

Profa. Giselle Cerchiaro

giselle.cerchiaro@ufabc.edu.br
Fórmulas químicas: Notações
Grupos funcionais orgânicos e grupos envolvidos em
reações bioquímicas
Grupos funcionais orgânicos e grupos reativos em reações
bioquímicas
Alguns compostos
orgânicos com
atividade biológica
Blocos constituintes das biomoléculas
Níveis de organização dos compostos
Isomeria geométrica

Cis Trans
 Isomeria de posição

2-fosfoglicerato 3 - fosfoglicerato
Quiralidade de compostos orgânicos
Isomeria ótica de compostos orgânicos: enantiômeros

Isômeros que são imagens

especulares não
sobreponíveis!
Modo experimental de separar isômeros óticos:
desvio de luz polarizada
Compostos com dois centros quirais

Além de enantiômeros, também podem ser formados diastereoisômeros!

 Água
70 % H2O

A maior parte da Terra é coberta por água

Dipolo Elétrico da Água
No gelo: cada H2O forma 4 ligações criando uma estrutura de cristal

d = 0,92 g/ml
Estudos de Difração de Raio X e de nêutrons mostraram que no gelo....

d = 0,92 g/ml

A água forma 4 ligações de hidrogênio

 Água Líquida
Numero de ligações de Hidrogênio: 3-6
Rearranjos: 10-12s

Figure 2-4 Theoretically predicted and spectroscopically confirmed

structures of the water trimer, tetramer, and pentamer. (Voet&Voet)
Liu, K., Cruzan, J.D., & Saykelly, R.J., Science 271, 930, 1996
IMPORTÂNCIA BIOLÓGICA DAS LIGACOES DE HIDROGÊNIO
 Interações Intermoleculares
A ligação covalente que mantém uma molécula unida é uma
força intramolecular.
A atração entre moléculas é uma força intermolecular.

Forças intermoleculares são muito mais fracas do que as forças

intramoleculares (por exemplo, 16 kJ mol-1 versus 431 kJ mol-1
para o HCl).
 Forças íon-dipolo
• A interação entre um íon e um dipolo (por exemplo, água).
• A mais forte de todas as forças intermoleculares.
 Forças dipolo-dipolo
• As forças dipolo-dipolo existem
entre moléculas polares neutras.
• As moléculas polares necessitam
ficar muito unidas.
• Mais fracas do que as forças íon-
dipolo.
• Há uma mistura de forças dipolo-
dipolo atrativas e repulsivas quando
as moléculas se viram.
• Se duas moléculas têm
aproximadamente a mesma massa e
o mesmo tamanho, as forças dipolo-
dipolo aumentam com o aumento da
polaridade.
Forças dipolo-dipolo
 Forças de dispersão de London
• Um dipolo instantâneo pode induzir outro dipolo instantâneo em
uma molécula (ou átomo) adjacente.
• As forças entre dipolos instantâneos são chamadas forças de
dispersão de London.
Forças de dispersão de London
 Ligação de hidrogênio

• Caso especial de forças dipolo-dipolo.

• A partir de experimentos: os pontos de ebulição de compostos
com ligações H-F, H-O e H-N são anomalamente altos.
• Forças intermoleculares são anomalamente fortes.

• A ligação de H necessita do H ligado a um elemento

eletronegativo (mais importante para compostos de F, O e N).
– Os elétrons na H-X (X = elemento eletronegativo) encontram-
se muito mais próximos do X do que do H.
– O H tem apenas um elétron, dessa forma, na ligação H-X, o H
+ apresenta um próton quase descoberto.
– Conseqüentemente, as ligações de H são fortes.
I. Água
- Ligações de hidrogênio;
- Solvente
- Ionização da água e pH

II. Ácidos fracos e base conjugada – Tampão (pH e pKa)

e Curvas de titulação

III. Água como reagente (reações de condensação e

hidrólise)

81
 Água como solvente

A água é polar. Portanto, ela dissolve...

Compostos polares e/ou carregados

TODOS?
“semelhante dissolve semelhante”???
INFORMAÇAO ERRADA!
Hidrofílicos

Hidrofóbicos

Anfipáticos
amphi: ambos
pathos: paixão
Como a água dissolve os sais?

NaCl
Sais são solubilizados pela água por hidratação...
Formação de Micelas
Gases são solúveis em água?
Como se comporta os compostos apolares em água?

• Quando a água é misturada com um hidrocarboneto

como o benzeno, o hexano, (compostos hidrofóbicos)
etc, formam-se duas fases.
I. Água
- Ligações de hidrogênio;
- Solvente
- Ionização da água e pH

II. Ácidos fracos e base conjugada – Tampão (pH e pKa)

e Curvas de titulação

III. Água como reagente (reações de condensação e

hidrólise)

113
 Ionização da Água

• Uma pequena parcela da água ioniza formando:

íons hidrônio (H3O+) e hidróxido (OH-)
 “Prótons móveis”

Figure 2-9 Mechanism of hydronium ion migration in aqueous

solution via proton jumps.
A escala de pH

• É um meio conveniente de designar a concentração

de [H+]
• O termo pH é definido pela expressão:
• Para uma solução precisamente neutra a 25oC, na
qual [H+] = 1 x 10-7 M, o pH pode ser calculado da
seguinte forma:
pH
 O que é um Tampão?
• Um tampão é a solução de um ácido fraco
e sua base conjugada capaz de resistir a
alterações de pH

• Dois parâmentros definem um tampão:

1: o pKa
2: a concentração total do ácido e sua base conjugada
Curva de titulação do ácido acético
Região de
Tamponamento
 - [H +][OH-]
H2O H+ + OH Keq =
[H2O]

A concentração da água pura é 55,5 M.

(1g/ml=1000g/L →[H2O]=1000/18=55,5M)

Rearranjando a equação da Keq temos:

(55,5M) x (Keq)=[H+] [OH-]= Kw (produto iônico da água)

(55,5M) x (1,8 x 10-16M)=[H+] [OH-]= Kw

1,8 x 10-14M2 = [H+] [OH-]= Kw

Henderson-Hasselbalch
observaram que…
• As curvas de titulação de ácidos fracos são
semelhantes!

• Propuseram uma equação matemática para

descrever a curva….
 Equação de
Henderson-Hasselbalch
• Define o pH de uma solução em termos de:
(1) pKa do ácido fraco
(2) Concentração do ácido fraco (HA) e
sua base conjugada (A-)
 + -
HA H +A
Ácido Base conjugada

+ -
[H ][A ]
Keq = = Ka
[HA]

pKa = -log Ka = log 1

Ka
 Tampões Biológicos
Exemplos:

Tampão Fosfato (H2PO4-)

(Importante para a manutenção do pH intracelular)
 Tampões Biológicos
Exemplos: Proteínas

Histidina (pKa do grupo amino = 6)

Tampão CO2-H2CO3-HCO3-
(Importante para a manutenção do pH sanguíneo)
A capacidade tamponante depende de 3
equilíbrios
Importância do Tampão…?

Enzimas tem um pH ótimo...

Termodinâmica
 Termodinâmica

• As atividades normais de seres vivos -

movimento, crescimento e reprodução - demandam
constante fornecimento de energia.

• O estudo da energia e sua interação com a

matéria são objeto de estudo da Termodinâmica
(grego: therme = calor + dynamis = poder, força).

Importante:
Vida obedece às leis da Termodinâmica!
 1a lei da Termodinâmica: Energia é
conservada
• Em Termodinâmica, um sistema é definido como parte do Universo, que é de interesse,
por ex.: um organismo.

• A 1a lei da Termodinâmica estabelece que energia (U) é conservada, portanto, não

pode ser criada e nem destruída.

• ∆U é definida como a diferença entre o calor (q) absorvido

pelo sistema e o trabalho (w) realizado pelo sistema:

∆U = Ufinal - Uinicial = q - w
 1a lei da Termodinâmica: Energia é
conservada

Calor é o reflexo de movimento molecular, enquanto trabalho, que é definido como força
x distância percorrida sob influência desta força, é um movimento “organizado”.

• Força pode assumir diversas formas como:

• Força gravitacional, exercida por uma massa sobre outra.

• Força de expansão exercida por um gás.
• Força tensional exercida por uma fibra muscular.
• Força elétrica de uma carga sobre outra.
• Forças dissipadoras de fricção e viscosidade.
 Entalpia
• Muitos processos biológicos ocorrem à pressão constante. Por isso, o
trabalho realizado pela expansão de um gás é definido como P∆V.

• Neste ponto deve-se definir a Entalpia (grego: enthalpein = aquecer),

abreviado como H:
H = U + P∆V

• Portanto, à pressão constante:

∆H = ∆U + P∆V = qp - w + P∆V

• Onde qp é o calor à pressão constante. Considerando que apenas

ocorre trabalho “pressão-volume”, temos:

∆H = qp - P∆V + P∆V = qp

• Em reações bioquímicas V quase não se altera e a diferença entre ∆U e

∆H é desprezível. Entalpia, energia, calor e trabalho são expressos em
Joules.
 Espontaneidade de um processo

• Um processo espontâneo ocorre sem o

fornecimento de energia adicional de fora do sistema.

Espontaneidade termodinâmica não está relacionada

com a cinética do processo!

• Somente a 1a lei da Termodinâmica não pode

determinar se um processo é espontâneo.
2a lei da Termodinâmica: Entropia tende a
aumentar
• De acordo com a 2a lei
da Termodinâmica,
processos espontâneos
são caracterizados pela
conversão de ordem em
desordem. Na verdade é
um aumento do número de
microestados possíveis.

• “Desordem” é definido
como o número de
caminhos energeticamente
equivalentes (W) de
arranjar os componentes
de um sistema.
 Entropia
•O grau de desordem de um sistema é indicado por sua Entropia
(grego: en = em + trope = retorno), abreviado como S:

S = kB ln W

• Onde kB é a constante de Boltzmann. A unidade de S é:

J.K-1 (temperatura absoluta, em unidades de Kelvin, é um fator,
porque S é diretamente proporcional à T.

• Se em um processo espontâneo, ∆U e ∆H forem igual a

zero, sua entropia (∆S) deve ser maior do que zero, ou seja,
o número de caminhos possíveis para o estado final deve ser
maior do que o número dos caminhos que levam de volta ao estado
inicial.

∆Ssistema + ∆Svizinhança = ∆Suniverso > 0

 Em sistemas biológicos…
•É impossível determinar a entropia do sistema
contando todos os arranjos possíveis dos seus
componentes.

• Uma expressão equivalente de entropia é

utilizada para descrever entropia:

∆S ≥ q / T

Portanto, a medida da Entropia de um sistema

pode ser determinada experimentalmente pela
medida de calor.
Energia livre
• A espontaneidade do processo não pode ser prevista apenas pela determinação da entropia do sistema.

• • Em condições onde T e P são constantes:

• ∆S ≥ qp / T = ∆H / T

• Então: ∆H - T∆S ≤ 0

• • Este é o verdadeiro critério de espontaneidade formulado em 1878 por J. Willard Gibbs. Ele definiu a energia livre de
Gibbs (G):
•
• G = H - TS ∆G = ∆H - T∆S < 0
 Variação da energia livre
• Processos espontâneos (∆G < 0) são chamados exergônicos (grego: ergon =
trabalho).

• Processos não espontâneos (∆G > 0) são chamados endergônicos.

Se um processo em um sentido é exergônico, no sentido

contrário deve ser endergônico.

• Processos no equilíbrio, ∆G = 0.

• São determinados experimentalmente apenas os valores de variação de entalpia,

entropia e energia livre.
Variação da espontaneidade de reações com os
sinais de ∆H e ∆S
Entropia, entalpia e energia livre são
funções de estado
• Estes valores dependem somente das propriedades atuais do sistema e não como ele atingiu este estado.

• Medidas termodinâmicas consideram os estados iniciais e

finais das propriedades do sistema, ignorando valores intermediários de entalpia e entropia.

• A matéria viva não está em equilíbrio - reações bioquímicas estão ocorrendo a todo momento -
literalmente, quando o equilíbrio foi alcançado, ocorreu a morte. Só então cessam as trocas de matéria e
energia com o meio ambiente.
 Equilíbrio químico e estado padrão

•Entropia de uma substância aumenta com o

volume, portanto, é função da concentração de uma
substância.

• A variação de energia livre de uma reação

depende da concentração dos reagentes e dos
produtos.

• Este fenômeno tem grande reflexo nas

reações bioquímicas, que podem operar em
qualquer direção, dependendo da concentração
relativa de reagentes e produtos.
Energia livre e constante de equilíbrio
• Para uma reação:

aA + bB cC + dD

Keq = [C]c. [D]d / [A]a. [B]b

• Onde a, b, c e d são os coeficientes

estequiométricos.

• Uma vez conhecidas as [ ]iniciais de reagentes e

produtos, o valor de Keq indica a extensão do
processo e, portanto, a variação de energia útil (∆G)
do mesmo.
∆G e keq
• A variação de energia livre para condições padrão (∆Gº), em que a temperatura é 25 ºC, a pressão 1 atm e a
concentração inicial de cada reagente e produto é 1 M, é expressa pela equação:

• ∆Gº = - RT ln Keq = - RT 2,3 log Keq

• • Onde R é a constante dos gases perfeitos e T a temperatura absoluta.

• • Para outras concentrações de reagentes e produtos, G é dada pela equação:

• ∆G = ∆Gº + RT ln (C)c . (D)d / (A)a . (B)b

 Keq, ∆Go e ∆Go’
Por convenção bioquímica, as variações de energia livre padrão de reações são
simbolizadas por ∆Go’ para distinguir da variação de energia livre padrão físico-
química (∆Go). Se uma reação não inclui H2O, H+ e espécies ionizáveis, então
∆Go = ∆Go’.
Vida obedece às leis da Termodinâmica

• A vida persiste porque um sistema (um organismo vivo) pode ser ordenado às
custas de desordenar as suas redondezas em uma maior extensão.

• Organismos vivos atingem ordem pela “desordem” (como

assim?)

Pela quebra dos seus nutrientes

O Conteúdo entrópico dos alimentos é tão importante quanto

o conteúdo energético!
 Organismos vivos são sistemas abertos
• Termodinâmica clássica se aplica a processos reversíveis
acontecendo em sistemas isolados (que não trocam energia
ou matéria com o ambiente) ou sistemas fechados (que
apenas trocam energia).

• Um sistema isolado sempre chega ao equilíbrio, que

depende da concentração das espécies envolvidas.

• Sistemas abertos apenas podem atingir o equilíbrio quando o

fluxo de matéria e energia cessa.

• Organismos vivos que coletam nutrientes, liberam “lixo” e

geram trabalho e calor são sistemas abertos, portanto nunca
atingem o equilíbrio.

• Para organismos vivos, equilíbrio = morte.

 Organismos vivos mantêm estado
estacionário

• Mesmo fora do equilíbrio, organismos vivos seguem as leis da Termodinâmica. Ex:

transporte de O2 dos pulmões para os tecidos.

• Organismos vivos estão no estado estacionário. O fluxo de energia e matéria são

constantes, de modo que o sistema não muda com o tempo.

• Fluxo de energia na biosfera é um exemplo de estado estacionário.

• Sempre o fluxo é para ∆G < 0. A natureza é sempre dissipadora, pois a

recuperação de energia livre de um processo bioquímico nunca é total.
 Espontaneidade x velocidade de reação

• Muitas reações em seres vivos são termodinamicamente

favoráveis (espontâneas), mas nem todas acontecem de
maneira extensiva na prática.

• A velocidade de reação NÃO depende da diferença de

energia inicial e final, mas do caminho pelo qual reagentes são transformados em produtos.

• Sistemas vivos utilizam catalisadores biológicos, as enzimas, que interagem com

os reagentes e produtos, fornecendo um caminho mais favorável para a reação.

• O ramo da ciência que estuda a velocidade de reações é a Cinética química.

Estrutura das Proteínas pode ser descrita em 4
níveis de organização
Estrutura Primária : Sequência de Aminoácidos
Estrutura Secundária : Estrutura Local
Estrutura Terciária : Estrutura Tridimensional
Estrutura Quaternária: Subunidades
 Proteínas: Estrutura Primária

A estrutura primária de uma proteína é a

sequência de resíduos de aminoácidos
que compõe a proteína.
POLARES APOLARES
Composição de aa
A composição de aa de uma proteína para
outra varia bastante…
Ligação Peptídica
Por convenção a seq. de aa é descrita da direção
N-terminal para o C-terminal
Outro tipo de ligação covalente que
ocorre é a ligação (ponte) dissulfeto
 Insulina
• Duas subunidades
polipeptídicas de 21 e 30
aminoácidos

• Ponte de dissulfeto
intracadeia e inter-cadeia

Insulina bovia : 51 aminoácidos,

3 pontes de dissulfeto
Insulina

-Frederick Sanger 1953

-Sequenciamento envolveu o trabalho de muitos

cientistas

-App.100 g de insulina foram utilizados

O polímero de aminoácidos é chamado de….

• Di-, tri-, tetra-, pentapeptídeos, etc., ou

• genericamente, peptídeos ou
oligopeptídeos (até 30 ou mais aa)

• Polímeros maiores são chamados de

polipeptídeos
Proteínas: Estrutura Primária

Amino Acid Sequences of Cytochromes c from 38 Species.

Estimativa do número de aminoácidos de uma proteína pode ser feita dividindo-se o peso
molecular da proteína por 110… (o peso médio dos aminoácidos é 128)
 Sequenciamento de Proteínas

Etapas

(a) Determinação da composição de aminoácidos: ex. Hidrólise ácida

(b) Identificação da extremidade amino-terminal: ex.Reagente de Sanger

(c) Sequenciamento de toda a cadeia polipetídica: Degradação de Edman

(a) Determinação da composição de aminoácidos: Hidrólise ácida

Fig 7-6 (Voet 3ed). Análise de aminoácidos.

 (a) Determinação da composição de aminoácidos: Hidrólise ácida

*A hidrólise também pode ser realizada em meio básico, utilizando 2-4 M de NaOH

**A hidrólise também pode ser realizada por digestão enzimática: Ex. Pronase
(mistura de proteases)
(b) Identificação da extremidade amino-terminal utilizando Reagente de Sanger
(1-fluor-2,4-dinitrobenzeno)
(b) Identificação da extremidade amino-terminal utilizando Cloreto de Dansila
(c) Sequenciamento de toda a cadeia polipetídica: Degradação de Edman
 (c) Sequenciamento de toda a cadeia polipetídica: Degradação de Edman

Fenilisotiocianato (PITC)

Aduto feniltiocarbamil (PTC)

Derivado Tiazolinona

* A hidrólise final libera apenas o

resínuo aminoterminal, deixando o
Derivado Feniltioidantoína
resto da cadeia com um aminoácido
a menos.
 Sequenciamento de proteínas
maiores requer a clivagem da cadeia
polipeptídica

Etapas

1. Quebra de Pontes de Dissulfeto

2. Clivagem da cadeia polipeptídica
3. Sequenciamento dos peptídeos
4. Ordenamento dos fragmentos de peptídeos
 Quebra de Ligações de Dissulfeto
Mercaptoetanol
(HSCH2CH2OH)
Proteases são utilizadas para clivar a proteína em fragmentos menores
Tripsina cliva ligações peptídicas adjacentes a resíduos de Lys e Arg

Pode-se prever o número de fragmentos sabendo-se o número de Lys ou Arg

Se uma proteína tem 5 Lys ou Arg a clivagem com a Tripsina resultará em

? fragmentos....

(resposta:6 fragmentos)
 Ordenamento de Fragmentos Peptídicos

Faz-se através do ordenamento (sobreposição de segmentos iguais) de

fragmentos obtidos por clivagens diferentes.
Outras maneiras de determinar a
sequência de aminoácidos
A sequência de aminoácidos pode ser determinada pela
sequência do DNA do gene que o codifica

Proteoma

Genoma
A sequência de aminoácidos pode ser determinada por
Epectrometria de Massas
 Massa da Proteína

Figure 7-9 (Voet) Espectro de massa obtido no modo de ionização

electrospray da proteína apomioglobina de coração de cavalo ( 16,951-
D)
 Fragmentação de peptídeos no massa

Câmara de Colisão

Figure 7-10 (Voet) A utilização do espectrômetro de massa em tandem

(MS/MS) para o sequenciamento de proteínas.
Figure 7-11 (Voet) Espectro de massa em tandem do íon duplamente carregado
do peptídeo humano [Glu1] fibrinopeptídeo (m/z = 786) contendo 14 resíduos
de aminoácidos.
Banco de Dados de Sequências
Qual a importância de se determinar a sequência dos aminoácidos?

A sequência de aminoácidos é importante para:

-Prever a estrutura 3D

-Obter informações sobre o funcionamento da Proteína

-Localização da Proteína

-Evolução Molecular : alinhamento de sequências (“a sequência de aa na proteína

pode elucidar a história da vida na terra”)

-Diagnóstico de doenças
Estrutura das Proteínas pode ser descrita em 4
níveis de organização
Sequência de
Aminoácidos

Conformação Local
Regular do Esqueleto Conformação
Tridimensional

Interação entre
subunidades
 Estrutura Secundária

A estrutura secundária e definida como: a

conformação local do esqueleto de ligações
peptídicas.

Arranjo espacial dos átomos de uma proteína

Estudos de Raio X de Aminoácidos e Peptídeos
(1930-1940)
 Ligação Peptídica

A ligação peptídica possui uma estrutura planar e rígida

 Ligação Peptídica
Os grupos peptídicos, com poucas exceções, assumem a configuração trans
(C estão em lados opostos da ligação peptídica)
Trans Cis
A conformação da cadeia peptídica é determinada pelos
Ângulos de Torção: Phi () e Psi ()

 (phi) na ligação N-C (hetero)

 (psi) na ligação C-C (same)

Phi () e Psi () podem variar entre +180 a -180 …. PORÉM
Certos valores de Phi () e Psi () não são
permitidas devido a impedimentos estéricos
entre átomos de grupos vizinhos
Conformação não permitida devido à impedimento
estérico

f=0
y=0
Valores Estericamente Permitidos de f e y: Diagramas de
Ramachandran

Figura: Diagrama de Ramachandran para Polialanina

Valores Estericamente Permitidos de f e y: Diagramas de
Ramachandran

Figura: Diagrama de Ramachandran mostrando ângulos de torsão

determinados para 12 proteínas diferentes
 Estrutura Secundária
Existem 2 estruturas regulares
predominantes: -hélice e a follha-
-hélice

Figure 8-47b (Voet, 3ed.)

Estrutura por raio-X de proteína de feixe de 4 hélices.
(b) Hormônio do crescimento humano.
 -hélice
• A -hélice é um tipo de estrutura secundária comum de proteínas.

• É a estrutura predominante das -queratinas (cabelos, chifre, unhas, etc.)

O esqueleto do polipeptídeo está

organizado ao redor de um eixo
f = -60
maior da molécula na forma de
uma hélice.
y = -45 a -50
Grupos R dos aminoácidos
projetam-se para fora.
Ligações de Hidrogênio Mantêm a Estrutura Helicoidal

Ligações de H paralelo
ao eixo entre o 1º e o
4º residuo.

Um passo da hélice
tem cerca de 0.54
nm=5,4A (3,6
resíduos).

A direção da hélice é
de mão direita.
Cadeias Laterais estão projetadas para fora do eixo

Space-filling Model
 A estabilidade da -hélice

Fatores que impõe restrições na estabilidade da hélice:

1. Repulsão (ou Atração) eletrostática entre cadeias

laterais carregadas (grupos R)
2. Grupos R muito volumosos
3. Presença de Prolina e Glicina
Prolina desestabiliza a hélice: o átomo de
nitrogênio faz parte de um anel rígido.

 (phi) is limited
 Folhas 

103 resíduos
Folhas  representadas por setas
planas apontando para o C-
terminal.

Figure 8-48 (Voet, 3ed.)

O padrão de dobramento das imunoglobulinas.
Estrutura por raio-X do domínio N-terminal do fragmento FabNew da
imunoglobulina humana.
 Folhas 

A conformação  é um tipo de estrutura

secundária que maximiza as ligações de
hidrogênio entre os esqueletos peptídicos,
equanto mantém os ângulos de torsão
permitidos.

O esqueleto da cadeia polipeptídica é

extendido em zig-zag.
 Folhas 
• Ex.: fibroína da seda e teias de aranha

• As cadeias polipeptídicas encontram-se dispostas lado a lado

formando uma estrutura em folha pregueada .
 Folhas 

As cadeias podem ser: paralelas ou anti-paralelas.

Ligações de H perpendiculares ao eixo da cadeia
Grupos R projetam-se para cima e para baixo da cadeia
Grupos R pequenos (Gly, Ala) prevalecem
Dobramento das cadeias polipeptídicas ilustrando a torção à direita das
folhas  (representado por setas apontando para o C-terminal)

Carboxipeptidase A bovina
(307 resíduos, folha  mista de 8 fitas)

Triose-Fosfato Isomerase
do músculo de galinha
(247 resíduos, folhas  paralela
de 8 fita formando uma
estrutura em barril)
Estruturas Secundárias Não Repetitivas
• EX.: Alças ou Voltas.

Voltas 
- Ocorre com frequência quando uma cadeia polipeptídica faz uma volta abrupta.
- Envolve 4 resíduos de aa.
- A carbonila da ligação peptídica do primeiro aminoácido forma ligação de H com o N do quarto aa .
- Gly (pqno e flexível) e Pro (ligaçao imino assume facilmente a configuração cis) ocorrem com frequência em
voltas beta.
 -Hélice, Folhas  e Voltas 

Figure 8-52 (Voet, 3ed.) Estrutura por raio-X da enzima triose-fosfato

isomerase, de 247 resíduos, do músculo da galinha.
Relative Probabilities of Amino Acids
Localização das Estruturas Secundárias no
Diagrama de Ramachandran

Não é encontrado em
proteínas
Estrutura das Proteínas pode ser descrita em 4
níveis de organização
Estrutura Terciária
• Descreve o dobramento final da proteína por interação entre
regiões com estrutruras regulares (alfa-helices e follhas beta) ou
não regulares (regiões conectoras: alças, voltas).

• Neste nível de organização segmentos distantes podem se

aproximar e interagir.

• A estrutura é mantida por ligações fracas (não-covalentes) entre as

cadeias laterais dos resíduos de aminoácidos.

• Ligações covalentes (ligações de –S-S-) também estão envolvidos.

Os quatro tipos de interações fracas

Approx. energy
1. ~ 20 kJ/mole

2. 20-40 kJ/mole

3. ~ 8 kJ/mole

4. ~ 4 kJ/mole
Estrutura Terciária

Proteínas Fibrosas

Proteínas Globulares
 Proteínas Fibrosas

Características:

-Moléculas alongadas;

- Estão envolvidos em papel estrutural na célula;

Exemplos: alfa-queratina do cabelo, penas, unhas e colágeno.

Cabelo é composto de vários filamentos de alfa-queratina
 Fibrilas de Colágeno

• O colágeno é constituído de uma

hélice tripla chamada
tropocolágeno.

• Monômero possui ~ 1000 aa

• As cadeias podem ter sequência

de aa diferentes

• Tripla hélice possui ligações

cruzadas que conferem maior
resistência a fibra

• A sequência de aminoácidos no
colágeno é geralmente uma
unidade tripeptídica repetitiva Gly-
X-Pro ou Gly-X-Hyp (Hyp= 4-
hidroxiprolina).
 Estrutura do Colágeno
Alfa-hélice Hélice Tripla

Glicina

•É uma hélice como as alfa-queratinas mas é peculiar por ser uma hélice de mão esquerda e
tem 3 aminoácidos por volta (3,6 na alfa-queratina).
Ligações covalentes entre cadeias
aumenta a força dessas estruturas
• Na alfa-queratina, as ligações cruzadas têm a contribuição de pontes de
dissulfeto.

• No colágeno ocorre uma ligação não usual entre resíduos de lisina.

O enrijecimento do tecido conectivo em pessoas idosas é o resultado de

acúmulo de ligações cruzadas no colágeno.
A associação entre as cadeias é frequentemente reforçada pela
presença de pontes de dissulfeto

-Aumento da resistência da fibra

-Padrão de distribuição dessas pontes estão relacionadas ao grau de ondulação do
cabelo
 Estrutura da Fibroína

-Fibras formadas por folhas  antiparalelas estabilizada por ligação de H

-Alto conteúdo de Ala e Gly que permite maior empacotamento das cadeias
Estrutura Terciária

Proteínas Fibrosas

Proteínas Globulares
 Proteínas Globulares

Características:

-Forma “esférica”;

-Composto basicamente da associação de estruturas

secundarias;

- As proteínas globulares incluem: enzimas, proteínas de

transporte, alguns hormônios peptídicos e imunoglobulinas.
 Mioglobina (John Kendrew, 1950)

• É uma proteína armazenadora de

oxigênio

• Relativamente pequena (PM=

16.700).

• Contém uma única cadeia

polipeptídica com 153 resíduos de
aa e um grupo ferro-porfirínico
 The Heme Group

“Heme is present in myoglobin,

hemoglobin , cytochrome and other
heme proteins”

Heme is consists of
protoporphyrin and iron atom.

Protoporphyrin
 “ The iron atom in the center of the heme group has two bonding
position perpendicular to the plane”.

Coordination compound

Histidine(93)

Fe+2 (ferrous)→O2 binding

Fe+3(ferric)→No O2 binding

Molecular oxygen
Cadeias laterais hidrofóbicas: Leu, Ile, Val, Phe (em azul)
Grupo Heme (em vermelho) Sperm whale myoglobin
Proteínas globulares tem uma variedade de estruturas terciárias
 DOMÍNIOS

Troponin C : muscle protein

Ca++ binding domain

Regiões compactas de estrutura terciária ligadas por um segmento peptídico

Combinações de estruturas secundárias…
Estrutura Quaternária
 Estrutura Quaternária
Descreve a estrutura 3 D de proteínas multiméricas (com
mais de uma cadeia polipeptídica)
Max Perutz (1914-2002) and John Kendrew (1917-1997)
 Estrutura Quaternária
Cadeias Alfa

• A hemoglobina contém 4 cadeias

polipeptídicas, e 4 grupos
prostéticos heme.

• A parte protéica, chamada globina,

consiste de duas cadeias alfa (141
resíduos) e duas cadeias beta (146
resíduos). Alfa e beta não querem
dizer conformação.

Cadeias Beta

Hemoglobina
 Interações fracas mantêm a estrutura
quaternária
Cadeias Alfa

• Contato entre cadeias alfa e

beta,consistem em grande parte, por
interações entre resíduos hidrofóbicos,
mas também incluem interações iônicas
envolvendo grupos carboxila terminal
nas 4 subunidades.

Cadeias Beta
 A sequência de aminoácidos
determina a estrutura terciária
 Ribonuclease A
Anfisem 1950:

1ª evidência de que sequência

determina a estrutura 3D

-Uréia: desestabiliza as
interações hidrofóbicas

-Mercaptoetanol: Agente
redutor (quebra a ponte de
dissulfeto)
Ribonuclease A

Desnaturação

Renaturação
• A estrutura é dependente do ambiente em que ela
está.

• As proteínas perdem a sua estrutura e função quando

sofrem alterações na conformação (denaturadas).
 Agentes Desnaturantes
• Calor, pH, alguns solventes orgânicos miscíveis com água,
como álcool e acetona. Solutos como uréia e cloreto de
guanidina.

• Mercaptoetanol (HS-CH2-CH2-OH) rompe pontes de

dissulfeto.

• Detergentes.

• Em geral esses são tratamentos brandos, onde as ligações

peptídicas não são rompidas.
O enovelamento dos polipeptídios é
um processo passo-a -passo
 O enovelamento dos polipeptídios é um
processo passo-a -passo
• O processo de enovelamento é complexo. Existem vários
modelos para explicar.
• Nem todas as proteínas se enovelam espontâneamente
quando são sintetizadas nas células.
• Existem proteínas que facilitam o enovelamento- são
chamadas molecular “chaperones” ou proteínas de
ligação de cadeias polipeptídicas.
 Atividade de uma enzima
Habilidade catalítica em converter S em P.

Medida: Unidades de Atividade.

1U=1mmole produto/min.
(em condições ótimas)

Atividade específica: atividade enzimática

quantidade de enzimas

Expresso em: unidades/mg proteína

 1. Introdução: Enzimas
1. Duas condições fundamentais para a vida :
(1) capacidade de se autoreplicar
(2) capacidade de catalisar reações químicas eficiente e seletivamente
Ex. : Açúcar pode ser estocado por anos, mas no organismo
ele libera energia química em segundos …… “ catálise”

Energia

2. Catalisadores em sistema biológico:

“ AS ENZIMAS” …..Proteínas altamente especializadas que possuem
eficiência catalítica extraordinária
alto grau de especificidade
aceleram as reações químicas
 Enzimas são catalisadores
extraordinários e altamente específicos!
A maior parte da História da Bioquímica coincide com a História das Enzimas
1850 Louis Pasteur …………..Fermentação em células vivas (“força vital”, vitalismo)
1878 Fredrich Wilhelm Kuhne…Enzima (en=no e zyme=levedura)
1897 Eduard Buchner …… Extrato de levedura livre de células capaz de realizar a fermentação
1894 Emil Fischer ………………Hipótese chave-fechadura
1926 James Sumner ……. Cristalização da Urease do Feijão Preto → Demonstrou que enzimas
são proteinas
J.B.S. Haldane …… Interações Enzima-Substrato (Escreveu um tratado sobre Enzimas)
Atividade catalítica depende da conformação proteica
Se a Enzima é desnaturada ou dissociada em subunidades ela perde a atividade catalítica!!

Glucose
 Grupo Prostético
- Componente químico adicional requerido por certas enzimas
- Estão firmemente ligados às enzimas

Cofatores : compostos inorgânicos

Fe2+, Mg2+, Mn2+, Zn2+
Coenzimas : compostos orgânicos.
Normalmente derivado de vitaminas

Holoenzima = Apoenzima (porção proteica) + coenzima ou cofator

Cofatores : compostos inorgânicos
(Fe2+, Mg2+, Mn2+, Zn2+)

Coenzimas : compostos orgânicos.

(Normalmente derivado de vitaminas)
 Classificação
São classificadas de acordo com o tipo de reação que catalisam

Código para Enzimas : EC 2.7.1.1. ATP glicose fosfotransferase

Classe
Transferase Subclasse
Fosfotransferase
 2. Como as enzimas trabalham?
A função termodinâmica denominada de energia livre (G) é importante para
compreender como as enzimas trabalham.

Parâmetros termodinâmicos que deve-se considerar:

1) A variação de energia livre (∆G) entre produtos e reagentes
2) A energia necessária (energia de ativação) para iniciar a conversão dos
reagentes em produtos

∆G: indica a espontaneidade da reação

Energia de ativação: determina a velocidade da reação

As enzimas afeta apenas a energia de ativação!

Sob condições de temperatura e pressão constantes...

G = H -TS

H - que reflete os tipos e o número de ligações

químicas e interações não-covalentes quebrados e
formados

S – que reflete a variação da desordem do sistema

 G = H -TS

G<0 (negativo) : Reações espontâneas >

produtos têm menos energia livre que os
reagentes, a qual pode ser utilizada para realizar
trabalho –são reações exergônicas.

G >0 (positivo): Pecisam que seja fornecida

energia – são reações endergônicas.
G’o negativo → G reagentes > G produtos
Reação ocorre espontaneamente sob condições padrão.

G’o positivo → G reagentes < G produtos

Reação ocorre no sentido reverso, caso seja iniciada
com a concentração 1 M (condições padrão)

Lembrem-se todas as reações químicas tendem a ocorrer no sentido que

resulta na diminuição de energia livre do sistema.
Energia Livre de Ativação
No interior das células as reações químicas ocorrem
devido à presença de enzimas

Enzimas: catalisadores capazes de aumentar

enormemente a velocidade de reações químicas
específicas sem serem consumidos no processo. Elas
dimimuem a energia de ativação.

Energia de ativação (G*): energia extra necessária

para que a reação ocorra.
 Enzimas afetam a velocidade mas
não o equilíbrio químico
Reação Química : S P

1. Catalisador não afeta a posição e nem a direção do equilíbrio

2. Um equilíbrio favorável não significa que a conversão de S→P ocorra em uma

velocidade mensurável

3. A velocidade depende da Energia de Ativação:

“energia necessária para o alinhamento dos grupos químicos reagentes, formação

de cargas transientes, rearranjos de ligações e outras transformações necessária
para que a reação ocorra em uma das direções”
O equilíbrio da reação está relacionado à
variação de energia livre padrão

Um grande valor negativo de

Go’ indica um equilíbrio de
reação favorável á formação
dos produtos, mas não
significa que ela ocorra a uma
velocidade considerável.
 2. Como as enzimas trabalham?
As enzimas fornecem um ambiente específico (SÍTIO ATIVO) onde uma dada
reação é energeticamente mais fovorável.

SUBSTRATO (ligante)
SÍTIO ATIVO

Tamanho:
Enzima >>> Substrato

Quimotripsina
 Enzimas afetam a velocidade mas
não o equilíbrio químico
Reação Química : S P
“Estado de transição”

“Energia de Ativação”

Variação de Energia Livre

Padrão Bioquímico

“Estado Fundamental”
Ponto de Partida para a
reação de ida ou de volta.
Enzimas aceleram a velocidade da reação
diminuindo a energia de ativação
(A enzima não é gasta no processo e não afeta o ponto de equilíbrio)

E + S ES EP E + P

ENERGIA DE ATIVAÇÃO
 “Complexo Enzima Substrato”
Formas complementares de um Substrato e seu
Sítio Ativo (Chave-Fechadura, Emil Fischer)
NADP+ liga-se a uma cavidade
complementar à sua forma e
Diidrofolato Redutase propriedades iônicas.

NADP+

Tetraidrofolato

Conceito chave-fechadura sugere um encaixe perfeito entre E e S.

O que resultaria numa enzima pouco eficiente!!
 Enzima imaginária (“bastonase”) projetada para catalisar
a quebra de um bastão de metal

Modelo Chave-Fechadura
A cavidade complementar
ao substrato estabiliza-o
mas não o quebra.

O substrato estabiliza o
estado de transição do
complexo ES, diminuindo
a energia de ativação.

Algumas interações fracas são formadas no complexo ES,

mas a totalidade das interações fracas é estabelecida apenas
no estado de transição.
O papel da energia de ligação para a catálise

1. A energia de ligação confere especificidade e catálise.

2. E + S → ES: A interações fracas formadas entre E e S fornecem
a maior parte da energia necessária para a catálise.

Energia de ligação
 Atividade de uma enzima
Habilidade catalítica em converter S em P.

Medida: Unidades de Atividade.

1U=1mmole produto/min.
(em condições ótimas)

Atividade específica: atividade enzimática

quantidade de enzimas

Expresso em: unidades/mg proteína

 Catálise Enzimática
A catálise é um processo que aumenta a
velocidade com o qual a reação chega ao
equilíbrio.

Duas propriedades importantes para a catálise:

1.Especificidade pela ligação ao substrato

2.Organização otimizada dos grupos catalíticos

 Catálise Enzimática
A catálise é um processo que aumenta a
velocidade com o qual a reação chega ao
equilíbrio.

Duas propriedades importantes para a catálise:

1.Especificidade pela ligação ao substrato

2.Organização otimizada dos grupos catalíticos

 Mecanismos de catálise

1) Catálise ácido-base

2) Catálise Covalente

3) Catálise por Íons Metálicos

 Catálise ácido-base
A reação não-catalisada ocorre lentamente devido à alta energia do estado de transição.

Na catálise ácida-geral, a transferência de um

próton, diminui a energia do estado de transição.

Na catálise básica-geral, a abstração de um

próton por uma base, ajuda a estabilizar o estado
de transição.
Não-ionizado Ionizado
Catalisador Básico Catalisador ácido
(proton 'sink') (proton source)
Reação não-catalisada

Formação de um carbânion no estado de transição

Reação não-catalisada

Catálise ácida (transferência de prótons para o estado de transição)

A doação de um próton ao átomo de oxigênio, reduz o

caráter de carbânion do estado de transição,
diminuindo a energia de ativação e acelerando a
reação.
Reação não-catalisada

Catálise básica (remoção de prótons por uma Base)

A remoção parcial de um próton por uma base diminui

a energia do estado de transição.

Algumas reações são simultaneamente sujeitas a catálise ácida e básica

Exemplo: Reação da RNAse A - Catálise ácido-básica geral

Catálise Básica Geral

Catálise Ácida Geral

Exemplo: Reação da RNAse A - Catálise ácido-básica geral

Catálise Ácida Geral

Catálise Básica Geral

 Catálise Covalente

Formação transitória de uma ligação covalente

entre o catalisador e o substrato.

H2O
A-B A + B

H2O
A-B + :X A-X + B A + B + :X
Exemplo: Descarboxilação do Acetoacetato
Exemplo: Descarboxilação do Acetoacetato
Exemplo: Descarboxilação do Acetoacetato
Exemplo: Descarboxilação do Acetoacetato
 Catálise por Íons Metálicos

Cerca de 1/3 de todas as enzimas conhecidas necessita

de íons metálicos para que tenha atividade catalítica

Metais ligam-se a substratos de modo a orientá-los de

forma apropriada para a reação

Metais promovem reações de oxi-redução

Metais conferem estabilização de cargas

Enolase
Enolase
 Enolase
Estabilização da forma
2 íon de Mg2+ coordenam enólica pelos Mg2+
com a carboxila

Extração de um próton (catálise básica geral)

 Enolase

Eliminação de hidróxido por catálise ácida geral

 Catálise Eletrostática

A ligação de um substrato normalmente exclui água do

sítio ativo

Grupos carregados no sítio ativo da enzima que tem

constante dielétrica baixa organizam-se de maneira a
estabilizarem o complexo de transição.
 Cinética Enzimática

“Estuda o mecanismo de reações catalisadas

enzimaticamente através do estudo da
velocidade da reação enzimática e como ela
se altera em função de mudanças nos
parâmetros experimentais”
1913: Teoria geral da ação das enzimas

1 2
E+S ES E+P
1. Inicialmente a enzima se combina reversivelmente com o substrato para
formar o complexo ES, um passo relativamente rápido;

2. A seguir, o complexo ES se rompe liberando a enzima (E) e o produto (P)

- uma etapa lenta. ETAPA LIMITANTE DA REAÇÃO!
A concentração do substrato afeta a velocidade das
reações catalisadas enzimaticamente

E+S ES E+P
Enzima está saturada com S
(todas as enzimas econtram-se
complexadas com o substrato)

1. Velocidade Inicial ( V0 ) :
velocidade no tempo inicial
quando a [S] >>> [E]
2. Velocidade máxima ( V max) :
ponto em que não ocorre
variações em V0 com o
aumento da [S].

[S] << [E]: Grande quantidade de

enzimas livres.
 Equação de Michaelis-Menten
Equação que relaciona [S] e a Vmax de forma quantitativa.
Michaelis-Mentem derivaram a reação partindo da hipótese de que o
passo limitante da reação é a quebra do complexo ES.

E + S ⇌ ES ⇌ E + P
1. E+S ⇌ ES reversível e rápida

2. ES ⇌ E + P , Quebra do complexo ES é LENTA!

3. Velocidade total é dependente da [ES]
4. Quando [S] ↓ a maioria de E está na forma livre
mas quando [S] ↑↑, a maoria de E está complexada …..
“Enzima está saturada”

Onde:
Vo: velocidade no tempo inicial quando a [S] >>> [E]
Vmax: V máximo
[S]: concentração do substrato
Km: constante de Michaelis
 Significado do Km

• KM = [S] quando vo = 1/2 Vmax .

• Em geral, quanto menor o KM, mais forte é ligação do
substrato pela enzima.
• KM é usado como uma medida da afinidade da
enzima pelo substrato
Transformação da equação de Michaelis e Mentem
Gráfico do Duplo-Recíproco (Equação de Lineweaver- Burk)
 Enzimas estão sujeitas à inibição

1. Importância Farmacêutica do estudo da inibição enzimática

Inibidores enzimáticos são agentes moleculares que interferem na
catálise, diminuindo ou acelerando a velocidade da reação… esse é o
mecanismo de ação da grande maioria de agentes farmacêuticos.
Ex. : Aspirina→ Inibidor da síntese de Prostaglandinas → Antiinflamatório

2. Classificação:
1) Inibição Reversível:
2) Inibição Irreversível
Inibição Competitiva
Inibição Não-Competitiva
Inibição Inconpetitiva
Inibição Mista
Inibição competitiva
 Inibição competitiva
Cinética na presença de [I] crescentes

(I liga-se somente a E)

Ki: constante de dissociação do inibidor

Ki=[E][I]/[EI]

Qto < Ki, mais potente é a inibição. 1. Vmax → não se altera

2. Km → aumenta
 1 KM (1 + I/Ki) 1 1
--- = ---------------- x --- + ---
v VM S VM

KM aumenta; Vmax igual

 Inibição competitiva
Exemplo: Intoxicação por Metanol
Desidrogenase alcoolica converte metanol em formaldeído (tóxico!) que
pode resultar em cegueira.

Tratamento: ETANOL

O etanol compete com o metanol pelo sítio ativo da enzima

 Inibição Não-Competitiva

Inibidor liga-se a enzima em um sítio diferente a do sítio ativo do substrato.

Inibição Não-Competitiva

(I liga-se a E ou ES)

1. Vmax → diminui
2. Km → não se altera
 1 KM 1 1
--- = ---------------- x --- + -----------------
v VM / (1 + I/Ki) S VM / (1 + I/Ki)

KM igual; Vmax diminui

 Inibição Irreversível
Inibidores irreversíveis combinam-se com um grupo funcional na molécula da
enzima ou o destroem ou ainda formam uma associação covalente bastante
estável.

São úteis como ferramentas no estudo de mecanismo de reação, principalmente

para a identificação de aminoácidos importantes para a catálise no sítio ativo.

Diisopropylfluorophosphate Forma permanentemente inativa

Quimotripsina
 Enzimas Alostéricas

Enzimas reguladas pela ligação não-covalente

de compostos reguladores chamados,
moduladores alostéricos.

A regulação enzimática envolve alterações

conformacionais similares a da Hemoglobina
 Enzimas Alostéricas

São proteínas compostas de subunidades

(Estrutura Quaternária) e exibe cooperatividade

Possuem sítios distintos de ligação:

Sítio regulatório e sítio catalítico (ativo).
Sítio regulatório localiza-se em um sítio distinto do sítio ativo.
Esses sítios podem estar localizados em uma mesma subunidade
ou em subunidades distintas.
 Enzimas Alostéricas

• Em muitas enzimas alostéricas o

sítio de ligação do substrato e o(s)
sítio(s) de ligação do modulador
estão em subunidades diferentes.

• O modulador pode ser Estimulatório

ou Inibitório

• Ligação do modulador causa

MUDANÇAS na CONFORMAÇÃO.
 Enzimas Alostéricas

As propriedades cinéticas das enzimas alostéricas

divergem do comportamento de Michaelis-Mentem

1. As enzimas alostéricas
apresentam relações entre Vo e
S que diferem da cinética de
Michaelis-Menten.
2. Curva sigmoidal em vez de
hiperbólica.
3. Ao invés de Km tem-se um K0,5
 Enzimas Alostéricas

Efeitos de um modulador positivo e negativo sobre a

enzima alostérica

Positive modulator

Negative modulator
 Enzimas Alostéricas
Fosfofrutoquinase é regulada alostericamente por ATP

Modulador negativo
Glicólise