Escolar Documentos
Profissional Documentos
Cultura Documentos
33
9 7 7 1 4 1 4 6 3 4 0 0 6
www.biotecnologia.com.br
KL3
Entrevista
Segurana biolgica - entrevista pg 04
Pesquisa
PCR em tempo real pg 10
Pragas de cana-de-acar x mtodos alternativos de controle pg 14
Similaridade gentica em grupos de avestruzes pg 18
Estudo ecofisiolgico sobre endomicorrizas pg 23
Controle bacteriano de efluentes pg 27
Produo de esferas de quitosana pg 30
Quorum sensing em sistemas agrcolas pg 35
Cultivo de anteras x cultivo de micrsporos isolados pg 51
Goma Curdlana: propriedades e aplicaes pg 55
Patentes Extratos de plantas e derivados pg 62
Desenvolvimento sustentvel e biodiversidade pg 72
Metabolismo da celulose em isoptera pg 76
Hibridizao de cDNA bovino em Macroarray humano pg 82
Anlise serial da expresso gnica pg 88
Tendncia de acidentes em laboratrios de pesquisa pg 101
Micropropagao de copaba pg 109
Pesquisa
PCR em tempo real
Uma Inovao tecnolgica da Reao em Cadeia da Polimerase (PCR)
Fluorforos
SYBR Green
1.Polimerizao
Iniciador foward SONDA
Iniciador reverso
2.Substituio da fita
3.Clivagem
4.Polimerizao finalizada
Fluorforo
Quencher
Jos Ribamar Felipe Marques Caracterizao e uso de alguns autores tm desenvolvido an-
Zootecnista., Dr. em Gentica
Embrapa Amaznia Oriental recursos genticos animais lises de PCR voltados para sexagem
marques@cpatu.embrapa.br (Bello & Snchez, 1999; Malag Jr. et
criao de avestruzes ou al., 2002;) e, fora do pas, h informa-
Maria Rosa Costa estrutiocultura apresenta es de estudos com marcadores
Eng. Agro., M.Sc. em Gentica
Embrapa Amaznia Oriental
grande desenvolvimento no microssatlites na deteco de
mrco@cpatu.embrapa.br Pas e, na regio amaznica, polimorfismos na espcie (Kumari &
o nmero de criadores vem aumen- Kemp, 1998).
Silvaney Fonseca Ferreira tando bastante nos ltimos anos, o que Este estudo pioneiro no bojo de
Bolsita PIBIC/CNPq/UFPA faz deduzir que, em pouco tempo, um projeto mais abrangente que visa
Embrapa Amaznia Oriental
essa atividade assumir papel impor- desenvolver tecnologias de manejo
tante no mbito da produo animal. associadas deteco de ndices
Paulo Henrique S Maia
M. Veterinrio Algumas pesquisas sobre o comporta- zootcnicos para um slido estabele-
PG Cincia Animal UFPA/ EMBRAPA mento e o manejo desses animais cimento do avestruz na regio amaz-
esto sendo desenvolvidas em alguns nica, respeitando-se as peculiaridades
Raimundo Nonato Camargo Jr. criatrios regionais e, dentro de pouco de clima, solo e outras variveis que
M. Veterinrio
PG Cincia Animal / UFPA / EMBRAPA
tempo, daro importantes respostas interferem na criao animal.
para a criao dessas aves na Amaz- O Avestruz (Struthio camelus)
nia. pertence ao grupo das ratitas, ou seja,
Ilustraes cedidas pelos autores
Na rea da biologia molecular no uma ave corredora, sendo originria
h informaes, at o momento, de da frica do Sul. Apresenta tempera-
qualquer estudo, com a espcie, na mento dcil e grande rusticidade
regio, contudo, na regio Sudeste, (Negrini, 2002; Taguchi, 2002; Nithack,
1.00
comparando-se o indivduo
Av23 com o Av18 (7 %) de
Av22
0.43
1.00
Tracuateua-PA. Isso indica
que estes indivduos so
Av21
0.42
0.34
1.00
candidatos potenciais,
como fonte de variabilida-
Av20
0.32
0.52
0.13
1.00
de, visando o melhoramen-
to gentico, pois se trata
Av19
0.49
0.43
0.77
0.48
1.00
de gentipos com carac-
tersticas gnicas diversas.
Av18
0.40
0.41
0.34
0.39
0.07
1.00
Por outro lado, a maior si-
milaridade gentica foi en-
Av17
0.25
0.57
0.34
0.31
0.63
0.46
1.00
tre o Av7 e o Av4 (83 %)
de Imperatriz-MA, indican-
Av16
0.54
do que, para a realizao
0.47
0.60
0.50
0.39
0.74
0.31
1.00
de acasalamentos, os ma-
Av15
0.52
0.37
0.46
0.50
0.34
0.43
0.50
0.23
1.00
reprodutores devem ser
Av14
0.62
0.66
0.45
0.36
0.60
0.60
0.40
0.63
0.28
1.00
aumentar a variabilidade
Av13
dos descendentes.
0.42
0.36
0.52
0.52
0.27
0.43
0.30
0.32
0.49
0.26
1.00
Na Figura 5, encon-
Av12
0.53
0.27
0.53
0.66
0.21
0.54
0.34
0.34
0.57
0.45
1.00
0.34
0.47
0.59
0.75
0.62
0.41
0.51
0.53
0.42
0.41
0.60
0.21
1.00
0.37
0.18
0.18
0.10
0.20
0.39
0.17
0.38
0.23
0.35
0.32
0.43
1.00
Av1
0.35
0.34
0.20
0.19
0.26
0.24
0.36
0.25
0.30
0.16
0.17
0.32
0.23
1.00
Av9
0.18
0.48
0.38
0.37
0.63
0.44
0.62
0.37
0.34
0.51
0.50
0.40
0.50
0.30
1.00
Av8
0.38
0.25
0.63
0.49
0.42
0.54
0.56
0.66
0.52
0.45
0.58
0.38
0.46
0.69
0.29
1.00
Av7
ele um potencial
reprodutor, em funo de,
0.76
0.56
0.33
0.40
0.55
0.53
0.38
0.56
0.49
0.63
0.56
0.40
0.72
0.43
0.48
0.75
0.44
1.00
Av6
provavelmente, possuir
um conjunto gnico dife-
0.70
0.70
0.60
0.27
0.18
0.73
0.43
0.45
0.64
0.59
0.72
0.52
0.45
0.58
0.52
0.40
0.69
0.29
1.00
Av5
0.79
0.83
0.58
0.34
0.25
0.57
0.64
0.39
0.67
0.48
0.75
0.55
0.41
0.63
0.50
0.41
0.75
0.31
1.00
Av4
0.65
0.63
0.59
0.58
0.31
0.21
0.54
0.52
0.42
0.61
0.43
0.67
0.52
0.33
0.53
0.45
0.36
0.59
0.28
1.00
Av3
0.64
0.64
0.62
0.55
0.64
0.16
0.22
0.50
0.37
0.33
0.54
0.39
0.60
0.36
0.35
0.47
0.51
0.38
0.53
0.24
1.00
Av2
0.57
0.62
0.53
0.66
0.62
0.46
0.36
0.33
0.51
0.43
0.31
0.43
0.40
0.50
0.42
0.36
0.48
0.36
0.52
0.54
0.30
1.00
Av1
trabalho de melhoramen-
to gentico deve-se lanar
Av12
Av13
Av14
Av15
Av16
Av17
Av18
Av19
Av20
Av21
Av22
Av23
Av11
Av 9
Av1
Av2
Av3
Av4
Av5
Av6
Av7
Av8
Av1
mo para ordenar os
acasalamentos dos indiv-
Figura 4. Matriz de distncia gentica estimada pelo coeficiente de Jaccard para todos os indivduos
analisados. duos mais dissimilares, ou
seja, quanto menor for a similaridade
Um total de 76 marcadores RAPD, 09). Observou-se dentre os fragmen- dos indivduos maior ser a resposta
com tamanhos variando de 300pb a tos amplificados, a ocorrncia de ban- fenotpica, isto , a produtividade de
2200 pb, foi amplificado pelos 14 das especficas aos indivduos. Na Fi- carne, a fertilidade e quantidade de
primers utilizados, onde todos foram gura 3, visualizam-se exemplos destes ovos, alm da apresentao dos ani-
polimrficos. O nmero de fragmen- marcadores. Estimaram-se os ndices mais como um todo. Observou-se gran-
tos polimrficos por primer variou de de similaridade para todos os indivdu- de divergncia em alguns materiais,
11 (OPQ-06) a 01 (OPQ-04, OPB-03 e os analisados (Figura 4). A maior oriundos da mesma localidade, indi-
AV2
AV8
AV3
AV4
AV7
AV6
AV5
AV16
AV19
AV22
AV14
AV11
AV15
AV20
AV13
AV12
AV17
AV21
AV18
AV10
AV23
AV9
Figura 5. Dendograma gerado pelo mtodo de anlise cluster UPGMA para o coeficiente de Jaccard, para as 76 bandas geradas
pelo RAPD.
cando, talvez, que houve aquisio Os autores agradecem aos pro- M.;ATHEUCCI JR, E.; MEDAGLIA,
de animais de origens diversas, o que prietrios das fazendas MARAVEST, A.; HENRIQUE-SILVA, F. Large
pode ser importante para imprimir Drs. Pedro e Lcio Galleti (Imperatriz scale sex typing of ostriches using
maior variabilidade ao plantel, sendo MA) e PERI-CIGANO, Dr. Lus No- DNA extracted from feathers. BMC
fundamental para o estabelecimento gueira (Tracuateua PA) que esto Biotechnology, 2002, 2:19.
de linhas de melhoramento gentico apoiando os trabalhos de pesquisa na
mais eficazes. regio e cederam o material biolgico NEGRINI, M. A Invaso do Avestruz.
para este trabalho. Escala Rural, So Paulo, Ano III, n.
Concluses 19, p. 12-17. 2002.
Referncias bibliogrficas
Os marcadores RAPD mostraram- NITHACK, A. L. Estrutiocultura. Uma
se eficientes para detectar BELLO N, SNCHEZ A: The opo de criao. Ver. Bras. de
polimorfismo nesta espcie e podem identification of a Sex-specific Agrop. So Paulo, Ano II, n. 16, p
ser utilizados como uma poderosa fer- DNA marker in the ostrich using a 6-19. 2001.
ramenta na obteno de informaes random amplified polymorphic
teis para o manejo e o direcionamento DNA (RAPD) assay. Molecular TAGUCHI, V. Estrutiocultura. Organi-
de programas de melhoramento ge- Ecology, 1999, 8(4):667-669. zando o Mercado. Escala Rural,
ntico. So Paulo, Ano III, n. 22, p. 42-45.
Este estudo de diversidade gen- KISS, J. Avestruz. Hora da decolagem. 2002.
tica permitiu a obteno de informa- Globo Rural, So Paulo, Ano 17, n.
es teis, entretanto, acredita-se que, 17, p. 32-38, maro. 2002. WILLIAMS, J. G. K.; KUBELIK, A. R.;
incluindo outras populaes e outras LIVAK, K. J.; RAFALSKI, J. A.;
tcnicas moleculares, pode-se obter KUMARI P, KEMP S.J: Polymorphic TINGEY, S.V. DNA
um quadro geral da diversidade na microsatellite markers in the ostrich polymorphisms amplified by
espcie na regio. (Struthio camelus). Molecular arbitrary primers are useful as
Ecology,1998, 7:133-140. genetic markers. Nucleic Acids
Agradecimentos Research, v.18, p.6531-6535,
MALAG JR, W.; FRANCO, H. 1990.
1,5 4. Concluso
R 8
A p.649-659, 1980. PHILLIPS, J. M.; HAYMAN, D. S.
6
N Improved procedures for clearing
S 4
CHU, E. Y.; MLLER, M. roots and staining parasitic and
PI
2 R. F.; CARVALHO, J. G. vesicular -arbuscular mycorrhizal
R
0 de. Efeitos da inoculao fungi for rapid assessment of
1 2 3 4 5 6 7 micorrzica em mudas de infection. British Mycological
SUSPENSO DE IRRIGAO (DIAS) gravioleira em solo fu- Society Transactions.
Figura 7 - Variao da taxa de transpirao (g cm 1
migado. Pesquisa Cambridge, Gr-Bretanha, v.55,
s -1) em plantas de aroeira-do-serto micorrizadas sub- Agropecuria Brasi- n.1, p.158-160, 1970.
metidas ao dficit hdrico por sete dias. leira, Braslia, v. 36, n. RICCARDI, F.; GASEAU, P.; VIENN, D.;
4, p. 671-680, abr. 2001. ZIVY, M. Protein changes in
response to progress water deficit
controle dficit hdrico
GRACE, C. & STRIBLEY, in maize. Plant Physiology, v.
8 D.P. A safer procedure 117,p. 1253-1263, 1998.
TRANSPIRAO
TRANSPIRAO
Mariana Roberta dos Reis Introduo que permitam a sua reutilizao segu-
Faculdade de Tecnologia de Sorocaba, FATEC,
Sorocaba; Departamento de Microbiologia e ra sem causar processos de morbidade
Imunologia, Instituto de Biologia aumento populacional, jun- sade e/ou mortalidade.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP
marianarreis@aol.com
tamente com o crescimento A implantao de uma estao de
desordenado das cidades, tratamento de efluentes (ETE) tem
Elisabeth Pelosi Teixeira
Dra. Departamento de Sade
tem levado, paulatinamente, ao des- por objetivo reduzir a carga
Faculdade de Tecnologia de Sorocaba, FATEC gaste qualitativo e ao consumo contaminante ou poluente das guas
epelosi@uol.com.br irreversvel das fontes de abasteci- residurias, de modo que o efluente
Wanderley Dias da Silveira mento, incluindo, aqui, as fontes final tratado possa retornar para o
Ph.D.Departamento de Microbiologia e Imunologia, aqferas para consumo, uso domsti- corpo dgua, sem provocar a degra-
Instituto de Biologia, Universidade Estadual de
Campinas, UNICAMP, Campinas. co e agricultura. O esgoto urbano bru- dao do meio e no causar riscos
wds@unicamp.br to resultante dos despejos domsti- sade do homem (BORSOI et al.,
Ilustraes cedidas pelos autores cos e industriais, o qual lanado num 2002; Von SPERLING, 1996).
manancial contribui para sua degrada- O presente trabalho relata o uso
o, afetando sua qualidade (JORDO de bacterifagos (fagos lticos), vrus
et al., 1995). que lisam bactrias, como mtodo
Assim, com a finalidade de pou- para a reduo de nmero de unida-
par as fontes naturais, a gua j utiliza- des formadoras de colnias (UFC) de
da por seres humanos para consumo bactrias potencialmente patognicas
prprio, ou outras finalidades, deve para os seres humanos e presentes em
passar por processos de tratamento estaes de tratamento de esgotos
(ETE), com o objetivo de minimizar
possveis processos de morbi-mortali-
dade causadas por essas mesmas bac-
trias quando da utilizao da gua
para consumo.
A principal vantagem de utilizar
fagos lticos como controle bacteriol-
gico, e ferramenta complementar em
tratamento de efluentes nas ETEs resi-
de na propriedade que eles possuem
de se replicarem apenas na presena
de seu hospedeiro especfico, levan-
do lise celular bacteriana com produ-
o de novos fagos, os quais mantm
seu ciclo de lise enquanto existirem
clulas bacterianas disponveis para
Grfico: Mariana Roberta dos Reis sua replicao, o que dever, teorica-
mente, levar a uma diminuio pro-
Figura 1: Curva de avaliao de morte celular bacteriana de Staphylococcus aureus gressiva dos possveis contaminantes
(Sa), determinada atravs da contagem de UFC. A: Curva controle contendo apenas bacterianos presentes as ETEs (DAVIS
Sa. B: Curva Sa contendo fago no mutante. C: Curva Sa contendo fago mutante ltico
et al., 1973). Por outro lado, os mes-
obrigatrio. Os dados so mdias de 2 repeties desvio padro da mdia.
mos fagos podem estar presentes den-
Referncias bibliogrficas GUIBAL, E.; MILOT, C.; ROUSSY, J. ROBERTS, G. Chitin Chemistry.
Chitin Handbook London, The Macmillan Press LTD,
ASSIS, O. B. G.; LEONI, A. M. Filmes (R.A.A.Muzzarelli; M.G. Peter eds)., 1992. 349p.
C H3(C H2)5C HC H(C H2)3 7-ci s-C 14-HSL R hodobacter sphaeroi des
Photobacteri um fi scheri ,
C H3(C H2)2 3-oxo-C 6-HSL
Yersi ni a sp.
O O
Agrobacteri um
O C H3(C H2)4 3-oxo-C 8-HSL
tum efaci ens
R N
C H3(C H2)6 3-oxo-C 10-HSL Vi bri o agui l arum
H H
O C H3(C H2)8 3-oxo-C 12-HSL Pseudom onas aerugi nosa
Vi bri o harveyi ,
OH O C H3 3-hi dro-C 4-HSL Xenorhabdus
nem atophi l us
O
R N 3-hi droxi -7-ci s--
H H C H3(C H2)5C HC H(C H2)3 R hi zobi um l egum i nosarum
O C 14-HSL
A B C
luminosos dirigida para o fundo do luminescncia que de alguma forma Eberhard e colaboradores (Eberhard et
mar e regulada de forma a simular a seria removido quando a populao al., 1981). As anlises dos genes en-
intensidade da luz da lua e/ou estrelas, alcanasse um tamanho crtico volvidos no QS em V. fischeri foram
impedindo desta forma a projeo de (Kempner & Hanson, 1968). A expli- iniciadas por Engebrecht et al. (1983)
qualquer sombra o que poderia atrair cao surgiu quando o cultivo foi rea- que demonstraram que a bactria re-
predadores (Visick & McFall-Ngai, lizado num meio pr-exposto bact- gula a expresso de genes codificados
2000) (Figura 2). A bactria marinha ria, o que resultou no aparecimento da para bioluminescncia em resposta
existe naturalmente tanto no estado luminescncia mesmo sob baixa den- densidade da populao, levando a
planktnico de vida livre quanto como sidade celular. Posteriormente, de- um modelo bsico de QS nesta bact-
simbionte (Ruby & Nealson, 1976, monstrou-se que a luminescncia era ria que atualmente um paradigma
Ruby & McFall-Ngai, 1992), porm, a iniciada no pela remoo de um para outros sistemas de QS similares.
luminescncia s observada quando inibidor, mas pelo acmulo de uma A pesquisa sobre a regulao da
a bactria coloniza os rgos dos ani- molcula ativadora ou auto-indutora bioluminescncia em V. fischeri levou
mais hospedeiros mencionados, no (Nealson et al., 1970; Eberhard, 1972). a descoberta dos sistemas bacterianos
ocorrendo emisso de luz quando em Esta molcula produzida e secretada de QS via N-acil lactonas homoserinas
vida livre. Do ponto de vista evolutivo pela bactria ativava a luminescncia (ALHs). A partir desta descoberta, a
parece ser coerente que a bactria quando uma concentrao suficiente- identificao do mecanismo de QS em
mantenha um controle rigoroso da mente alta era atingida. Desta forma, a diferentes grupos bacterianos passou
bioluminescncia, uma vez que o bactria capaz de perceber a densi- a ser antecedida da identificao dos
mecanismo atravs do qual a luz dade celular atravs da deteco da sinais qumicos moleculares respecti-
produzida altamente consumidor de concentrao do auto-indutor. vos (Kaiser & Losick, 1993; Costerton
energia. et al., 1995;; Kaprelyants & Kell, 1996).
Por outro lado, estudos realizados Auto-indutores em bactrias Estes sinais extracelulares so conhe-
sob condies de cultivo em meio Gram-negativas cidos genericamente como feromnios
lquido mostraram que a produo de (Stephens, 1986; Kell et al., 1995;
luz s ativada na presena de um A molcula produzida por V. Mor et al., 1996; Hardman et al.,
grande nmero de clulas presente fischeri foi isolada, caracterizada e 1998; Harris et al., 1998; Me et al.,
(Greenberg, 1997). Inicialmente, su- identificada como N-(3-oxohexanoil)- 2001), auto-indutores (Nealson, 1977;
geriu-se que no meio lquido deveria lactona homoserina (3-oxo-C6-LHS) Meighen, 1991; Fuqua et al., 1996) ou
estar presente um inibidor da pela primeira vez em 1981 por auto-reguladores (Khokhlov, 1991).
Auto-indutores em bactrias
Gram-positivas
As bactrias Gram-positivas se
comunicam por meio de diferentes
sinalizadores de QS. Muitas delas em-
pregam peptdeos modificados ps-
traduo obtidos a partir de precurso-
res maiores. Ao contrrio dos ALHs,
estes peptdeos so geralmente
secretados por transportadores depen-
dentes de ATP. Alguns interagem com
sensores de quinases ligados mem-
brana que transportam o sinal atravs
da membrana, outros so transporta-
dos diretamente para dentro da clula
por permeases de oligopeptdeos,
onde ento interagem com recepto-
res intracelulares. Estes sistemas esto
envolvidos na regulao de processos
Fonte: www.quorum-sensing.de/ qsintro.html em 10/12/2002 (modificado).
to diversos como virulncia em
Staphylococcus aureus, competncia
Os ALHs formam uma classe de a amplificao da transcrio do para aquisio de DNA em Bacillus
molculas sinalizadoras de QS geral- operon-alvo (Figura 3). subtilis e Streptococcus pneumoniae,
mente encontrada em bactrias Gram- Este tipo de circuito regulatrio esporulao em B. subtilis, transfe-
negativas que apresentam uma estru- mediado por ALHs e protenas perten- rncia de plasmdeo por conjugao
tura comum de aminocidos modifica- centes s famlias LuxR e LuxI co- em Enterococcus faecalis, e produo
dos (lactonas homoserinas) com radi- mum a uma grande quantidade de de bacteriocina em bactrias de cido
cais substituintes de cadeias acil (Ta- bactrias Gram-negativas e, capaz ltico (Kleerebezem et al., 1997;
bela 1). de atuar, tambm, como regulador da Lazazzera & Grossman, 1998; Kuipers
No caso do V. fischeri, quando a expresso de genes envolvidos em et al., 1998; Mayville et al., 1999;
populao de bactrias atinge um de- interaes microrganismo-microrganis- Novick & Muir, 1999).
terminado nvel crtico, as molculas mo e hospedeiro-microrganismo, se- Uma segunda molcula
do auto-indutor passam a interagir com jam estas benficas ou prejudiciais sinalizadora de QS utilizada por bact-
protenas chamadas LuxR, converten- (Fuqua et al., 1996 e Swift et al., rias Gram-positivas a butirolactona,
do-as os fatores de transcrio ativos. 1996). usada por vrias espcies de
ativada ento a transcrio do operon No incio dos anos 90, foram des- Streptomyces para controlar a produ-
lux, cujo primeiro gene o luxI. A cobertas outras bactrias Gram-nega- o e resistncia antibitico (Bibb,
partir da, a protena LuxI, codificada tivas que possuam sistemas de QS 1996) e sntese de miclio areo
por este gene, cataliza a sntese de regulando genes com diferentes fun- (Nodwell & Losick, 1998).
novas molculas sinalizadoras ALHs es (Throup et al., 1995; Eberl et al.,
(Dunlap & Greenberg, 1988; Fuqua et 1996; McClean et al., 1997; Puskas et Comunicao entre
al., 1994; Fuqua et al., 1996). Sendo al., 1997; Swift et al., 1997). Muitos diferentes espcies
assim, a ativao por auto-induo destes sistemas empregam ALHs, o microbianas
resulta na produo de quantidades que levou ao desenvolvimento de
crescentes dos ativadores funcionais bio-sensores capazes de detectar es- A maioria das bactrias que habi-
(co-indutores) e, concomitantemente, tas molculas sinalizadoras em outras tam gua, solo, plantas e animais
Protenas homlogas
Bactria Principal ALH Fentipo decorrente Referncia
a LuxR/I
Aerom onas salm onicida AsaR, AsaI C4-HSL Protease extracelular Swift et al., 1997
Agrobacterium tum efaciens TraR, TraI 3-oxo-C8-HSL Conjugao Fuqua et al., 1994; Piper et al., 1999
Burkholderia cepacia CepR, CepI C8-HSL Protease, siderforo Lewenza et al., 1999
Enterobacter agglom erans EagR, EagI 3-oxo-C6-HSL Desconhecido Swift et al., 1993
Erwinia carotovora subsp Antibitico carbapenem, Bainton et al., 1992; Swift et al.,
CarR, ExpRExpI (CarI) 3-oxo-C6-HSL
carotovora exoenzimas 1993; Pirhonen et al., 1993
Erwinia chrysanthem i ExpR, ExpI (EchR, EchI) 3-oxo-C6-HSL Pectinases Nasser et al., 1998
Nitrosom as europaea Desconhecido 3-oxo-C6-HSL Emergncia da fase lag Batchelor et al., 1997
Obesum bacterium proteus OprR, OprI 3-oxo-C6-HSL Desconhecido Swift et al., 1999
Pantoea stewartii EsaR, EsaI 3-oxo-C6-HSL Exopolissacardeo Beck von Bodman & Farrand, 1995
Pseudom onas fluorescens PhzR, PhzI Desconhecido Antibitico fenazina Shaw et al., 1997
Nodulao, bacteriocina,
3-hidroxi-7-cis-C14-- Gray, 1997; Rodelas et al., 1999;
Rhizobium legum inosarum RhiR sobrevivncia na fase
HSL Thorne & Williams, 1999
estacionria
Rhodobacter sphaeroides CerR, CerI 7-cis-C14-HSL Escape na comunidade Puskas et al., 1997
3-hidroxi-C4-HSL ou
Xenorhabdus nem atophilus Desconhecido Virulncia, lipase bacteriana Dunphy et al., 1997
um agonista
Yersinia pseudotuberculosis YpsR, YpsI 3-oxo-C6-HSL Mobilidade, aglomerao Atkinson et al., 1999
Promotor de
crescimento
Controle Fixao
Biolgico biolgica
de N2
especficas, porm estas protenas capaz de detectar a presena de ou- dos tm mostrado que, pelo menos,
quando ativadas enviam informaes tras espcies pode informar sobre a uma espcie de alga marinha australi-
para uma protena integradora que percentagem da espcie em relao ana (Delisea pulchra) capaz de per-
compartilhada entre os dois sistemas e aos outros microrganismos. Estas infor- turbar a comunicao entre os micror-
que controla a emisso da luz. A habi- maes provavelmente permitem uma ganismos. Estas algas, que so particu-
lidade de detectar no s o tamanho modulao fina do comportamento de larmente bem sucedidas defendendo-
da populao, mas, tambm, a pre- uma determinada espcie frente s se contra colonizao bacteriana, pro-
sena de outras espcies permitem flutuaes populacionais do seu duzem substncias inibidoras naturais
que V. harveyi responda de maneira habitat. do QS bacteriano, furanonas
diferenciada quer a espcie seja a Por outro lado, o estudo dos auto- halogenadas (Givskov et al., 1996).
nica presente ou faa parte de uma indutores do tipo AI-2 em diversas Este tipo de descoberta revela uma
comunidade multi-especfica (Bassler estirpes patognicas de Escherichia possvel fresta no sistema de defesa
et al., 1993). coli, Salmonella typhimurium e Vibrio bacteriano. Manefield et al. (2001)
O AI-2 tem sido encontrado num cholerae mostrou que os sistemas so observaram inibio da produo de
grande nmero de espcies bacterianas regulados de maneira complexa e que celulase, protease e carbapenem (an-
e por isto considerado como um sinal condies ambientais podem influen- tibitico) em Erwinia carotovora em
de comunicao universal entre dife- ciar a comunicao mediada pelos decorrncia da adio de furanonas
rentes espcies. A sua estrutura crista- auto-indutores. Apesar disso, os genes halogenadas produzidas por algas.
lina foi desvendada e as evidncias responsveis pela sntese de AI-2 so A interferncia de plantas em
indicam que para torn-lo ativo ne- altamente homlogos estando pre- sistemas de QS bacterianos, tambm,
cessria a presena de boro, um ele- sentes em vrias espcies bacterianas, j foi relatada. Byers et al. (2002)
mento amplamente distribudo na e, portanto, provavelmente codificam mostraram que in vitro as molculas
biosfera e, apesar de ser importante protenas que devero definir uma ALHs produzidas por Erwinia
para o desenvolvimento de inmeros nova famlia de protenas. Tem sido carotovora por exemplo, tornam-se
organismos, a sua funo at ento era sugerido que o mecanismo de QS instveis em uma faixa de pH entre 7
muito pouco conhecida (Chen et al determinante na transio do estado e 8, sugerindo que a ativao da bom-
2002). no patognico para o patognico ba de prtons observada em plantas
Os dois sistemas de QS provavel- quando ocorre a colonizao do hos- em resposta ao ataque bacteriano,
mente atendem a diferentes objeti- pedeiro (Mok et al., 2003; Miller et al., seria uma resposta defensiva do vege-
vos, enquanto o sistema que percebe 2004; Xavier & Bassler, no prelo). tal, com o intuito de alcalinizar o stio
os indivduos da mesma espcie numa A estratgia de controle de mi- de infeco (pH superior a 8,2) e,
populao mista proporciona uma ava- crorganismos atravs da interferncia desta forma, inativar as molculas
liao do tamanho da populao, a nos sistemas de QS no restrita sinalizadoras. Foi observada inibio
presena de um segundo tipo de sinal apenas a outros microrganismos. Estu- de ALHs por exudatos produzidos por
FUNAMI, T.; FUNAMI, M.; YADA, H.; KIM, M. K.; LEE, I. Y.; LEE, J. H.; KIM, SPICER, E. J. F.; GOLDENTHAL, E. I.;
NAKAO, Y.. Rheological and ther- K. T.; RHEE, Y. H.; PARK, Y. H.. IKEDA, T.. A toxicological
mal studies on gelling characteris- Residual phosphate concentrati- assessment of curdlan. Food and
tics of curdlan. Food Hydrocolloi- on under nitrogen-limiting condi- Chemical Toxicology, v. 37, p.
ds. v. 13, p. 317-324, 1999c. tions regulates curdlan production 455-479, 1999.
in Agrobacterium species. Journal
GUARDA, A.; ROSELL, C. M.; BENEDI- of Industrial Microbiology and Bio- SUTHERLAND, I. W.. Novel and
TO, C.; GALOTTO, M. J.. Different technology. v. 25, p. 180-183, established applications of
hydrocolloids as bread improvers 2000. microbial polysaccharides. Trends
and antistaling agents. Food Hydro- in Biotechnology. v. 16, p. 1-25,
colloids. v. 18, p. 241-247, 2004. LEE, J-H.; PARK, Y-H.. Optimal 1998.
production of curdlan by
IBAES, M. C.; FERRERO, C.. Extrac- Agrobacterium sp. With feedback SUTHERLAND, I. W.. Microbial
tion and characterization of the inferential control of optimal pH polysaccharides from gram-
hydrocolloid from Prosopis flexu- profile. Biotechnology Letters. v. negative bacteria. International
osa DC seeds. Food Research In- 23, p. 525-530, 2001. Dairy Journal. v. 11, p. 663-674,
ternational. v. 36, p. 455-460, 2001.
2003. LEE, I. Y.. Curdlan. In Alexander
Steinbchel (Editor), Biopolymers. TAKO, M.; HANASHIRO, I.. Evidence
IGARASHI, I.; NJONGE, K. F.; KA- Weinheim: Wiley-VCH ED., 1 for a conformational transition in
NEKO, Y.; NAKAMURA, Y.. Babe- edio, 2003. p. 136-154. curdlan. Polymer Gels and Ne-
sia bigemina: in vitro and in vivo tworks. v. 5, p. 241-250, 1997.
effects of curdlan sulfate on gro- LIVESEY, G.. Energy values of
wth of parasites. Research Brief. v. unavailable carbohydrates and TOSHIO, N.; NANAKO, T. H.; HI-
90, p. 290-293, 1998. diets: an inquiry and analysis. ROSHI, K.; IWAO, S.. Role of cur-
Journal of Clinical Nutrition. v. 51, dlan sulfate in the production of
JAGODZINSKI, P. P.; WIADERKIEWI- p. 617-621, 1990. beta-chemokines and interleukin-
CZ, R.; KURZAWSKI, G.; KLO- 16. Medical Microbiology and Im-
CZEWIAK, M.; NAKASHIMA, H.; MOON, C-J.; LEE, J-H.. Use of curdlan munology, v. 187, n. 1, p. 43-48,
HYJEK, E.; YAMAMOTO, N.; and activated carbon composed 1998.
URYUS, T.; KANEKO, Y.; POS- adsorbents for heavy metal
NER, M. R.; KOZBOR, D.. Mecha- removal. Process Biochemistry. ZOHURIAAM, M. J.; SHOKROLAHI,
nism of the inhibitory effect of 2004 (in press). F.. Thermal studies on natural and
curdlan sulfate on HIV-1 infection NAKAO, Y.. Properties and food modified gums. Polymer Testing.
in vitro. Virology. v. 202, p. 735- applications of curdlan. Agro-Food- v. 23, p. 575-579, 2004.
Nm ero de
Porcentagem (%) Nm ero de genes Porcentagem (%)
genes
23,25
2-10 vezes 10 5 11,62
Porcentagens so calculadas como fraes do total de 43 genes diferencialmente expressos (P < 0,01).
de idade (pberes), provenientes do em nitrognio lquido. quando esteve acima de 1,8, indican-
municpio de Araatuba, SP (Figura 1). do tratar-se de boa extrao sem a
O acompanhamento da dinmica Extrao de RNA total presena de contaminao por prote-
folicular foi feito atravs de exames O RNA total foi extrado dos nas.
ultra-sonogrficos dirios (a partir dos folculos dominantes pelo mtodo Sntese de cDNA marcado
4 meses de idade para as novilhas pr- TRizol (Invitrogen Life Technologies, radioativamente
pberes e dos 22 meses de idade para Carlsbad, CA, EUA), conforme o proto- Para a sntese do cDNA foram
as novilhas pberes) utilizando o equi- colo do fabricante. Em seguida, o RNA utilizados 10 g de um pool constitu-
pamento de ultra-sonografia GE (Ge- foi submetido a tratamento com DNase do de quantidades iguais de RNA total
neral Eletric LogicTM -100 CE 0459; (Amersham Biosciences, Piscataway, proveniente de folculos de novilhas
GE Medical System, Milwaukee, EUA) NJ, EUA) para garantir a remoo de pr-pberes e 10 g de um pool
acoplado a um transdutor linear de 5 qualquer resqucio de DNA constitudo de quantidades iguais de
MHz para uso transretal. Os exames contaminante presente nas amostras. RNA total proveniente de folculos de
para avaliao dos ovrios foram feitos A quantificao do RNA total foi reali- novilhas pberes. Os cDNAs foram
de acordo com metodologia descrita zada por espectrofotometria a 260nm sintetizados atravs da reao de
por Ginther et al. (1996). As novilhas em equipamento UV/VIS transcriptase reversa, utilizando-se o
foram abatidas quando seus folculos Spectrometer Lambda Bio 10 (Perkin sistema SuperScriptTm First-Strand
dominantes apresentavam o dimetro Elmer, CT, EUA). A qualidade das amos- Synthesis System for RT-PCR
mximo de crescimento, determinado tras de RNA foi avaliada em gel de (Invitrogen Life Technologies,
arbitrariamente aps o acompanha- agarose desnaturante de formaldedo Carlsbad, CA, EUA) com a utilizao de
mento das ondas de crescimento a 1% e por meio da anlise da razo oligo dT, na presena de 5 L de 33P-
folicular, durante 3 meses nos dois espectrofotomtrica DO260/DO280. O dCTP (10 mCi/mL; Amersham
grupos experimentais. Imediatamen- ndice DO260/DO280 foi considerado Biosciences, Piscataway, NJ, EUA).
te aps o abate, o folculo dominante adequado para hibridizaes O cDNA marcado com o istopo
foi dissecado do ovrio e congelado heterlogas em membranas de nilon radioativo (sonda) foi purificado atra-
Figura 2: Imagens digitalizadas das membranas de nilon GF211 contendo 5.184 seqncias de genes humanos, submetidas a
hibridizaes heterlogas utilizando cDNA bovino. A RNA total de folculo dominante de novilhas pr-pberes. B RNA total
de folculo dominante de novilhas pberes.
vs de passagem por colunas de aquecida a 100C de dodecil sulfato de Canada). O programa gerou tabelas de
cromatografia (ProbeQuantTM G50 sdio 0,5% (SDS) por 10 minutos e dados com informaes referentes
Micro Columns - Amersham pr-hibridizadas em forno de hibridizao de cada ponto (regio da
Biosciences, Piscataway, NJ, EUA) para hibridizao (Isotemp Hybridization membrana contendo um nico gene).
remover os nucleotdeos que no fo- Incubator, Fisher Scientific, Pittsburg, Cada gene recebeu um valor numri-
ram incorporados durante a sntese. PA, EUA) em 5 mL de soluo MicroHyb co de acordo com a sua respectiva
Em seguida, a sonda foi desnaturada (Invitrogen Life Technologies, intensidade na imagem. Aps a
em termociclador (PTC-100 T M Carlsbad, CA, EUA) contendo 5 g (1 quantificao dos sinais, o background
Programmable Thermal Controller MJ g/L) dos agentes bloqueadores (emisso de fundo presente em toda
- Research, CA, EUA) a 96C por 10 PolydA (Invitrogen Life Technologies, membrana) foi subtrado do valor refe-
minutos e acondicionada em gelo, at Carlsbad, CA, EUA) e Cot-1 DNA rente a cada ponto. Em seguida, os
o momento de ser adicionada mem- (Invitrogen Life Technologies, dados foram normalizados dividindo-
brana no processo de hibridizao. Carlsbad, CA, EUA), incubando-se por se a intensidade de sinal de cada ponto
2 horas a 42C. Em seguida, a sonda pela mediana do sinal de todos os
Hibridizao e aquisio desnaturada foi adicionada a esta solu- pontos na membrana (Richmond &
das imagens o e as membranas foram hibridizadas Somerville, 2000). Os valores de in-
Para as hibridizaes foram utili- em garrafas distintas por aproximada- tensidade dos genes expressos nos
zadas duas membranas Human Named mente 16 horas a 42C. Aps a folculos das novilhas pr-pberes
Genes - GF211 (Research Genetics - hibridizao, as membranas foram la- (Grupo I) foram comparados com os
Invitrogen Life Technologies, vadas duas vezes por 20 minutos a valores de intensidade dos genes ex-
Huntsville, AL, USA), que contm 5.184 50C em 30 mL de soluo 2 X SSC/1% pressos nos folculos das novilhas
seqncias de genes humanos com SDS e uma vez por 15 minutos a 55C pberes (Grupo II) utilizando o teste
funo conhecida. Uma membrana foi em 30 mL de soluo 0,5 X SSC/1% t (P< 0,01).
utilizada para hibridizar o cDNA sinte- SDS. Aps as lavagens, as membranas
tizado a partir do RNA total dos folculos foram embaladas individualmente em Resultados e discusso
das novilhas pr-pberes e a outra filme plstico (Brand plastic film
para o cDNA originado a partir do RNA Johnson, EUA), expostas por 24 horas Devido ao fato da reproduo ser
total dos folculos das novilhas pberes. a um cran intensificador (Imaging um evento controlado por mltiplos
Cada ponto da membrana con- Plate, Fuji Film, Japan) e digitalizadas genes e da possibilidade de analisar
tm aproximadamente 0,5 ng de a 50 m de resoluo em equipamen- simultaneamente os perfis de expres-
inserto de DNA de um clone contendo to Phosphor Imager Storm 860 so desses genes em distintos mo-
a terminao 3 do transcrito. Os clones Molecular Dynamics (Amersham mentos fisiolgicos, a tcnica de arran-
de cDNA foram selecionados da cole- Biosciences, Piscataway, NJ, EUA). jos de DNA, utilizando hibridizao
o do Integrated Molecular Analysis heterloga (bovino x humano), foi
of Genomes and their Expresion Anlises aplicada com o intuito de avaliar a
(IMAGE Consortium, LLNL). As imagens foram analisadas com expresso gnica diferencial em
As membranas foram inicialmen- o auxlio do software ArrayVisionTM folculos de novilhas da raa Nelore
te lavadas em soluo previamente 8.0 (Imaging Research Inc, Ontario, antes e aps o estabelecimento da
Necessidade de Recursos
Alta Baixa Mdia
Instrumentais
Quadro 1. Comparao entre as principais tecnologias aplicadas anlise de expresso em nvel genmico,
adaptado de Breyne & Zabeau (2001).
mRNA
Tag Tag
CATG
Sntese do cDNA GTAC
A
GTAC
(fita dupla) BsmFI
Formao dos concatmeros
(concatenao)
mRNA Ligao dos
ditags ~100pb
Tag Tag Tag Tag
cDNA CATG GTAC
CATG
Tag Tag GTAC
CATG Tag Tag
Clivagem com Enzima DTP-1 CATG Tag GTAC Tag Tag CATG
GTAC
CATG GTAC
de Ancoragem A B GTAC
GTAC
(NlaIII-CATG)
CATG Tag DTP-2
NlaIII
A B Tag Tag Tag Tag Tag Tag Tag Tag
ditag ~26pb
GTAC
Amplificao dos
. . . . . . ~100pb
Ligase
DTP-2
A
GTAC
Contagem e
Anotao dos
Tags
B GTAC
Calsa Jr T. (2004)
de Arabidopsis j foram estudados metodologias disponveis apresentam tecnologias podem ser diferenciadas
experimentalmente, e o desafio futu- limitaes especficas, e as diversas em trs grupos: i) hibridizao de
ro consiste em determinar a funo de tecnologias [ESTs (Expressed Sequence sondas, ii) seqenciamento de regi-
todos os genes remanescentes e suas Tags), macro e microarranjos (macro e es especficas de fragmentos de cDNA
interaes (Breyne & Zabeau, 2001; microarrays), RT-PCR, SAGE (Serial (tags) e iii) anlise de fragmentos de
Donson et al., 2002). Portanto, novas Analysis of Gene Expression), MPSS cDNA amplificados via PCR (Quadro
abordagens so necessrias para de- (Massive Parallel Signature 1). Esses mtodos de anlise global da
tectar e anotar todos os genes de uma Sequencing)] produzem plataformas expresso gnica tambm podem ser
espcie (Yamada et al., 2003). de dados distintas, nem sempre classificados em outras duas categori-
A anlise espacial e temporal da interconversveis ou comparveis. as: como sistemas fechados, que ana-
transcrio um aspecto preliminar lisam seqncias j conhecidas, ou
importante na genmica funcional. A Anlise global abertos, que no exigem o conheci-
anlise da expresso gnica em nvel da expresso gnica mento prvio das seqncias dos
genmico consiste em diversas abor- genes em estudo. Os mtodos por
dagens iniciais para a caracterizao A primeira abordagem para se hibridizao so fechados, enquanto
em larga escala das funes gnicas determinar de modo global os nveis os de anlise de fragmentos de cDNA
(Breyne & Zabeau, 2001). A compa- de expresso gnica foi baseada no amplificados e aqueles via
rao entre perfis transcricionais seqenciamento massivo de transcri- seqenciamento so caracteristicamen-
contrastantes (gentipos; condies tos (ESTs) (Adams et al., 1995), parti- te mtodos abertos.
fisiolgicas ou ontolgicas diversas) cularmente til para a descoberta de Os mtodos baseados em
pode auxiliar na identificao dos genes novos genes, mas extremamente tra- hibridizao (microarrays de clones
responsveis pelo processo biolgico balhoso e dispendioso. Foram ento de cDNA ou de oligonucleotdeos sin-
em estudo (Meyers et al., 2004). desenvolvidas abordagens alternati- tetizados in situ) tm sido amplamen-
Os maiores avanos nas vas para a deteco e quantificao da te utilizados para a anlise transcricional
tecnologias de quantificao da ex- expresso gnica no nvel genmico. em diversos organismos, incluindo plan-
presso gnica global ocorreram na De acordo com o princpio tas (Richmond & Somerville, 2000;
ltima dcada; contudo, todas as metodolgico utilizado, estas Schaffer et al., 2000; Lockhart et al.,
Long-SAGE
Etapa/Caracterstica SAGE(Velculescu et al., 1995) RL-SAGE
(Saha et al., 2002)
Quantidade de mRNA 5 g 2 g 50 ng
16 h
Ligao dos cDNAs aos adaptadores 2h n.d.
2,5 h
Digesto cDNAs/NlaIII 1h 1h
16 h
Ligao ditags 16 h 2,5 h
Purificao dos ditags (~100 / 136 pb) Pooling, 12 % PAGE n.d. 12% PAGE
n.d.: no-descrito
1996; Schena et al., 1996). Atualmen- ESTs de um organismo poder ser estu- WGA) permitir suplantar algumas
te, esta anlise aplicada a um grupo dada. Outras limitaes incluem pro- dessas limitaes, transformando a tc-
limitado de espcies, geralmente na- blemas associados com a hibridizao nica em um sistema aberto de anlise.
quelas que j possuem seqncias cruzada entre transcritos e seqncias- Yamada et al. (2003) mostraram que o
genmicas completas ou grandes quan- alvo (causada pela intensa duplicao uso de WGA em Arabidopsis levou
tidades de cDNA ou ESTs disponveis, de genes observada em plantas, mes- deteco de transcritos oriundos de
sendo comercialmente acessveis ape- mo em genomas simples como o de regies do genoma no anotadas pre-
nas para Arabidopsis e arroz, ou atra- Arabidopsis), alm da restrita sensibi- viamente e permitiu a identificao de
vs de consrcios acadmicos para lidade para transcritos pouco freqen- 5.817 novos transcritos.
cevada, algodo, repolho, milho, bata- tes (Meyers et al., 2004). Os mRNAs Entre os mtodos abertos de an-
ta, tomate e trigo (Meyers et al., 2004). abundantes so sobre-representados lise global de transcritos, vrias tcni-
A maior vantagem da tecnologia de em bibliotecas de cDNA, enquanto cas baseadas na eletroforese em gel
microarrays consiste na anlise con- que transcritos mais raros, dificilmente tm sido amplamente utilizadas para a
junta de um grande nmero de se- clonados, no so amostrados, apesar deteco e caracterizao de genes
qncias (at 50.000 transcritos) e na de muitas vezes serem importantes expressos diferencialmente, em com-
possibilidade de integrao de gran- genes regulatrios. Como exemplo, binao com a PCR, como o differential
des conjuntos de dados oriundos de estima-se que apenas 60% dos genes display (DDRT, Liang & Pardee, 1992),
diversos experimentos. Apesar da sua de Arabidopsis estejam representa- j detalhado por Carneiro & Dusi
grande utilidade e potencialidade, a dos na coleo de ESTs disponvel (2002). Entretanto, devido baixa
tecnologia de microarrays limitada para esta espcie (Richmond & sensibilidade do DDRT associada
pelo alto custo dos equipamentos e Somerville, 2000; Wortman et al., freqente deteco de falso-positivos,
disponibilidade de arranjos (manufa- 2003). novos mtodos foram propostos, tais
turados in loco ou adquiridos comerci- O desenvolvimento de como cDNA-AFLP (Bachem et
almente), e por que geralmente ape- microarranjos com toda a seqncia al.,1996); TOGA (Total Gene
nas a frao seqenciada dos genes ou genmica (whole genome array Expression Analysis; Sutcliffe et al.,
Phred qualidade
Arquivos PHD Phrap/CAP3 redundncia
Consed visualizao
Bancos de EST
Tags (sequncia, frequncia) Anotao
SAGEmap
2000) e GeneCalling (Shimkets et al., de forma muito eficiente (Donson et es e otimizaes da SAGE tm sido
1999), todos fundamentados numa al., 2002). publicadas, visando aumentar sua efi-
mistura de cDNAs fracionada em con- A tecnologia SAGE (Velculescu et cincia ou permitir sua aplicao em
juntos menores e amplificados em al, 1995), ou anlise serial da expres- determinadas amostragens
regies especficas (tags). Estes tags so gnica, baseia-se na contagem em transcricionais. Uma limitao no
so posteriormente separados em gis alta escala de regies especficas (tags) apenas da SAGE, mas como de qual-
de alta resoluo, gerando padres constitudas por 9-10 bases, obtidas de quer metodologia baseada em tags
nicos de expresso gnica e permi- uma populao de transcritos. Este comparando-se aos microarranjos, o
tindo a identificao de transcritos mtodo tem sido amplamente utiliza- fato de o custo das replicaes biol-
expressos em condies contrastantes do para anlises de expresso gnica gicas ou tcnicas ser proibitivo, levan-
(bandas diferenciais). Pode-se citar em clulas e tecidos humanos e de do a uma estimativa da varincia para
como limitaes do cDNA-AFLP a ne- mamferos, fungos, protozorios e al- os mtodos com tags incompleta ou
cessidade de vrias reaes de PCR gumas espcies vegetais (Velculescu pouco caracterizada (Meyers et al.,
para a obteno de um padro geral et al., 2000; Lash et al., 2000) [Figura 2004).
de expresso e, ao contrrio dos de- 1]. Outra tecnologia desenvolvida
mais tipos de mtodos, os dados pro- recentemente, o MPSS (Massive 2. A Tecnologia SAGE
duzidos no poderem ser prontamen- Parallel Signature Sequencing)
te mesclados ou comparados. De potencializa a soluo para algumas A anlise serial da expresso
forma geral, as tcnicas baseadas em limitaes da SAGE (Brenner et al., gnica (SAGE; Velculescu et al., 1995)
populaes subtrativas de cDNA so 2000). Entretanto, o MPSS proprie- baseia-se em dois princpios (Figura
teis para a anlise comparativa entre trio, tecnicamente complexo e de 1). Primeiramente, uma seqncia de
dois tipos ou condies celulares, mas custo extremamente elevado, no se nucleotdeos (tag) de 9-10 pares de
produzem apenas um quadro relativo apresentando ainda disponvel para a bases (pb) possui informao suficien-
e parcial, sem informaes de carter maior parte da comunidade cientfica te para a identificao de um transcrito
absoluto, alm de no permitirem a (Brenner et al., 2000; Christensen et nico, pois uma seqncia de apenas
deteco de transcritos expressos em al., 2003; Meyers et al., 2004). 9 pb pode distinguir 262.144 (49)
nveis reduzidos. Porm, a construo As principais vantagens da SAGE transcritos, considerando uma distri-
de banco de dados de referncia de so a medida absoluta da expresso buio aleatria de bases, sendo que
perfis de cDNA-AFLP a partir de an- gnica em vez de uma anlise relativa, as estimativas indicam que os genomas
lises sistemticas de transcritos sob a gerao de conjuntos de dados digi- de organismos superiores codificam
vrias condies e estdios pode per- tais passveis de novas incluses e o muito menos que esse limite. Em
mitir a identificao de genes diferen- menor custo de seqenciamento por segundo lugar, a ligao
cialmente expressos por comparao, transcrito amostrado. Diversas altera- (concatenao) dos tags permite a
anlise eficiente dos transcritos de um biotinilada. O cDNA de dupla fita cada metade ligada nas extremida-
modo serial, pelo seqenciamento de obtido digerido com uma des a um adaptador distinto, mas am-
mltiplos tags contidos em um nico endonuclease (enzima de bos contendo uma seqncia de reco-
clone. A anlise serial dos tags de ancoramento, NlaIII), a qual deve clivar nhecimento para uma enzima de res-
seqncia exige mecanismos para a a maioria dos transcritos pelo menos trio do tipo IIS (enzima para isola-
identificao dos limites de cada tag uma vez. As enzimas de restrio com mento dos tags ou enzima de tagging,
(Figura 1). A principal desvantagem stios de reconhecimento de 4 pb so FokI ou BsmFI). Essas endonucleases
da SAGE a necessidade de utilizadas nesta fase, pois teoricamen- clivam a uma distncia definida dos
seqenciamento de um grande nme- te clivam em mdia a cada 44 = 256 seus stios de reconhecimento, a qual
ro de tags para o monitoramento de bases, enquanto a maioria dos transcri- pode variar de acordo com as condi-
genes raramente expressos. Alm tos so consideravelmente maiores es da reao (13 ou 14 pb no caso
disso, os tags obtidos so curtos e, que isso. As fraes dos cDNAs mais da BsmFI a 65C). Os adaptadores so
portanto, nem sempre distintos. A prximas s extremidades 3 do cDNA desenhados de tal modo que a
identificao de genes com base em so capturadas por ligao da biotina clivagem dos produtos da ligao pela
seqncias curtas depende da dispo- dos iniciadores poli-T empregados na enzima de tagging resulte na liberao
nibilidade de bancos de ESTs devida- sntese do cDNA com a estreptavidina dos adaptadores ligados a um pedao
mente caracterizados, ou da seqn- ligada a partculas magnticas. Este curto de cDNA (9 a 10 pb mais o stio
cia genmica. processo gera um stio nico em cada de reconhecimento de NlaIII, CATG).
Na tcnica de SAGE, o DNA com- transcrito que corresponde ao stio de As extremidades dos tags so repara-
plementar (cDNA) sintetizado a par- restrio NlaIII localizado mais prxi- das por tratamento com a enzima
tir do mRNA utilizando-se como inici- mo da cauda poli-A. O cDNA ento Klenow (fragmento maior da DNA
ador uma seqncia oligo-d(T) dividido em duas partes, sendo que polimerase I), tornando-se abruptas
SAGEnhaft .seq / .phd on-line Ajuste da distribuio inicial Beissbarth et al. (2004)
(blunt ends). Ento, as duas fraes sendo tambm funo da viabilidade o direcionada (So et al., 2004). As-
so ligadas e servem como molde para do seqenciamento de clones. Por sim, os homodmeros indesejveis
a amplificao via PCR com iniciado- exemplo, para a obteno de um eventualmente formados na reao
res que se anelam nos adaptadores. A conjunto de 50.000 tags faz-se neces- seriam clivados em seguida, ao passo
amplificao produz cDNA suficiente srio seqenciar cerca de 2.500 clones que os heterodmeros desejveis, uma
para as manipulaes posteriores. Os (considerando uma mdia de 20 tags vez formados, no seriam digeridos
produtos da amplificao (~100 pb) por concatmero). pela NlaIII, que sensvel metilao.
contm dois tags (um ditag = ~26 pb) Essa ligao direcional permite a ob-
ligados em suas regies 3, e so 3. Avanos tcnicos teno quase unicamente de
flanqueados por stios de reconheci- heterodmeros adaptador-cDNA, favo-
mento (4 pb) pela enzima de De modo geral, a metodologia recendo significativamente a clonagem
ancoramento (NlaIII) localizados nos SAGE original (Velculescu et al., 1995) e representatividade de todos os trans-
adaptadores (40 pb cada). A clivagem tem sido empregada com diversas critos na coleo de tags.
dos produtos de amplificao com alteraes visando aumentar a eficin- A separao eficiente dos ditags
esta endonuclease permite o isola- cia e a aplicabilidade da tcnica. O e dos adaptadores aps a amplificao
mento dos ditags, separando-os dos protocolo foi adaptado para a aplica- e digesto tambm crtica. A utiliza-
adaptadores por eletroforese em gel o em amostras biolgicas menores, o de iniciadores biotinilados na am-
no-desnaturante de poliacrilamida denominado microSAGE (Datson et plificao permite a remoo dos
(PAGE). Uma vez coletados, os ditags al., 1999). O microSAGE simplifica- adaptadores com partculas magnti-
so submetidos ligao em srie para do devido incorporao dos procedi- cas recobertas por estreptavidina
formao dos concatmeros. Estes, mentos em um nico tubo (cujas pa- (Powell, 1998). Esta estratgia resul-
por sua vez, so fracionados por tama- redes possuem adsoro especfica), tou em maior rendimento de ditags e
nho via eletroforese em gel de agarose desde o isolamento do RNA at a clones com maior nmero de tags por
ou poliacrilamida, coletando-se geral- liberao dos tags, alm de um nme- clone (at 39 em comparao mdia
mente as fraes de 300-500 pb e de ro maior de ciclos de PCR. Com as de 21 obtida com o protocolo origi-
500-1000 pb, as quais so separada- modificaes realizadas, foi possvel nal). Para a maior eficincia da SAGE,
mente submetidas clonagem em analisar a expresso gnica a partir de o mximo de informao deve ser
vetor plasmidial linearizado com a amostras 500-5000 vezes menores do obtido a partir de cada clone visando-
enzima de restrio SphI, cuja extre- que necessrio pelo protocolo origi- se minimizar o seqenciamento. Al-
midade gerada coesiva com a da nal. ternativamente, foi proposta a purifi-
enzima NlaIII. Desse modo, a No procedimento original, a rea- cao dos ditags de 26 pb via
clonagem dos concatmeros e a sele- o de ligao dos adaptadores aos cromatografia lquida de alta
o dos clones resultam na coleo de cDNAs clivados por NlaIII apresenta performance (HPLC) utilizando colu-
tags da SAGE. O seqenciamento uma tendncia para a formao de nas de poliestireno/divinilbenzeno e
unidirecional desses clones e o homodmeros (adaptador-adaptador e tampo de acetato de tetraetilamnio
processamento dos dados resultantes cDNA-cDNA), em detrimento da liga- com fase mvel de acetonitrila (Nielsen
determinam de forma serial a seqn- o desejvel adaptador-cDNA, vital et al., 2003). Verificou-se que, com-
cia e a freqncia dos tags, represen- para a fidelidade da SAGE em repre- parativamente purificao via PAGE,
tando a populao de transcritos sentar a populao de transcritos estes ditags apresentavam mnima
amostrada. amostrada. Para maximizar a eficin- contaminao por adaptadores, maior
O nmero apropriado de tags a cia desta etapa, foi proposta a utiliza- facilidade de ligao e permitiam a
ser seqenciado depende dos objeti- o de adaptadores contendo o stio formao de concatmeros mais lon-
vos de cada experimento, sendo in- de ligao metilado juntamente com gos. Uma outra sugesto mais simples
versamente proporcional aos nveis uma mistura de T4 DNA Ligase e e acessvel para purificao dos ditags
expressos dos transcritos em estudo, NlaIII, resultando numa reao de liga- a separao por PAGE (16%) utili-
ditags 26pb em TE,cDNAs + ESTs 21280 / 12049 / 3367 valor P e razo Jung et al. (2003)
Original Resposta ao frio
Resposta radicular ao cDNAs + ESTs 64307 / 24726 / ~ 70% razo Ekman et al. (2003)
Original
TNT
Arroz alagado vs. arroz prim ers biotinilados,cDNAS + ESTs 10122 / 5921 / 1367 valor P Matsumura et al. (1999)
Originala de sequeiro
a
Velculescu et al. (1995).
b
estimado por amostragem.
c
razo de variao numrica entre a contagem de cada tag entre bibliotecas.
d
em relao aos tags de contagem > 1.
E
Virlon et al. (1999)
f
estimado pelo nmero de clones isolados e no seqenciados.
Monitoramento do ambiente
Freqncia relativa(%)
3. Resultados e discusso
14,8
Os dados descritos neste estudo
3,7 referem-se apenas aos indivduos que
0,0
sofreram acidentes. Como um mesmo
1a2 3a4 5a6 7 ou + voluntrio sofreu, eventualmente, mais
de um acidente, alguns voluntrios
Tempo de trabalho no ambiente (meses) aparecem repetidos.
A mdia de idade dos voluntrios
Figura 7. Distribuio dos voluntrios que sofreram acidentes no LABICAI, segundo foi de 23 2 anos, sendo a maioria
tempo de trabalho neste laboratrio
Homogeneizao
tecidos
Freqncia relativa(%)
Transporte
material
Pipetagem Montagem
Coleta experimento Pesagem
Ajuste Extrao material peixes reagentes
Lav.
pH Autoclave DNA biolgico
vidraria Digitao Destilador
Figura 11. Distribuio dos voluntrios que sofreram acidentes no LABICAI, segundo a tarefa que executavam no momento
do acidente
75 a
80
Porcentagem de germinaes e
70 47 a 45,8 a
54 ab
60
plntulas normais
37,5 ab
50 38 bc
40 16,6 c
30 17 c
20
Plntulas normais
10
Germinao
0
Ponte - gua Ponte - MS gar - gua gar - MS
Meio de cultivo
Figura 2: Efeito dos meios de cultivo sobre o porcentual de germinao e desenvolvimento de plntulas in vitro de Copaifera
langsdorffii aos 33 dias. Mdias com letras iguais no diferem entre si significativamente (Tukey, p < 0,05).
tico.
Grau de
91,6 ab
100 87,5 ab desinfestao na germinao in vitro
79,1 ab Sementes previamente
80 escarificadas, da mesma forma que
62,5 ab
58,3 ab foi realizada no experimento anteri-
60 45,8 a
50 a or, e um controle sem escarificao
No escarificadas
(%)
Resultados
1 - Germinao in vitro
1.1 - Experimento 1
A germinao in vitro (Figuras
1a e 1b), em ponte de papel filtro Figura 12: Etapa de multiplicao in vitro de Copaifera langsdorffii Desf.
sobre gua destilada e autoclavada, a) Brotos formados em MS acrescido de 0,5 mg.L-1 de BAP aos 60 dias de cultura;
apresentou 75% o valor mximo aos b) Enraizamento no meio de multiplicao em MS acrescido de 0,5 mg.L-1 de BAP
22 dias. As outras condies de cul- + 0,1 mg.L-1 de AIA aos 60 dias de cultura.
4 - Estabelecimento de culturas
a partir de segmentos nodais de
plantas adultas
A porcentagem de desinfestao
foi 92% e 60% (2, p < 0,05) para o
procedimento com e sem banho de
imerso de Benomyl, respectivamen-
te. Entretanto, nenhum dos explantes
de plantas adultas inoculados in vitro
sobreviveu aos tratamentos
desinfestao, apresentando necrose
dos tecidos e liberao de substnci-
as que escureceram o meio de cultu-
ra (Figura 14).
Figura 14: Estabelecimento in vitro de explantes de planta adulta de Copaifera
langsdorffii, aos 6 dias da inoculao.
5 - Enraizamento
-1
escarificadas que germinaram foi sig- BAP + 0,1 mg.L de AIA para pices
nificativamente inferior s no (1,0 broto por explantes para am- 5.1 - Experimento 1
escarificadas. bos). Os tratamentos que proporcio- Aos 30 e 60 dias de cultura no
naram maior comprimento dos bro- ocorreu o enraizamento de brotos
3 - Multiplicao in vitro a partir tos foram os tratamentos 0,1 mg.L-1 em nenhum dos tratamentos realiza-
de segmentos nodais e pices de de AIA (3,35 cm/broto) e 0,5 mg.L- dos. Entretanto, aos 75 dias de cultu-
plntulas 1
de BAP (3,30 cm por broto), forma- ra (Tabela 1), 16% das plntulas do
dos a partir de explantes nodais tratamento sem carvo haviam en-
Os tratamentos que proporcio- cotiledonares (Figura 10). Esses tra- raizado, apesar desse resultado no
naram maior nmero de brotos fo- tamentos no diferiram significativa- ser significativo.
ram 0,1 mg.L-1 e 0,5 mg.L-1 de BAP, mente entre si (Tukey, p < 0,05) e
adicionados de 0,1 mg.L-1 de AIA em dos demais tratamentos do mesmo 5.2 - Experimento 2
explantes nodais cotiledonares (2,28 explante, exceto do tratamento sem Como no experimento 1, aos 30
brotos por explante para ambos), BAP e AIA (1,31 cm por broto). e 60 dias nenhum dos brotos enraiza-
como mostra a Figura 9. No entanto, Tambm diferiram significativamen- ram nos diferentes tratamentos tes-
esses tratamentos no diferiram sig- te dos tratamentos 0,1 mg.L-1 de BAP tados (Tabela 2). Porm, aos 75 dias
nificativamente (Tukey, p < 0,05) + 0,1 mg.L-1 de AIA e 0,1 mg.L-1 de de cultura, 16% dos brotos enraiza-
dos demais explantes nodais e AIA, aplicados em pices (0,7 cm ram em 0,5 mg.L -1 de AIA e em 0,1
apicais, exceto os dos tratamentos por broto para ambos). Os explantes mg.L -1 de AIB acrescido de 0,1 mg.L-
1
0,5 mg.L-1 de BAP; e 0,1 mg.L-1 de nodais cotiledonares apresentaram de AIA (Tabela 2). No entanto no
Discusso e concluses