Machine Translated by Google

Veja discussões, estatísticas e perfis de autores para esta publicação em: https://www.researchgate.net/publication/226450059

Bergey's Manual® of Systematic Bacteriology

Capítulo · Janeiro de 2006
DOI: 10.1007/0-387-28021-9_4

CITAÇÕES LÊ

1.114 128.788

3 autores, incluindo:

James T Staley
Universidade de Washington Seattle

312 PUBLICAÇÕES 24.500 CITAÇÕES

VER PERFIL

Alguns dos autores desta publicação também estão trabalhando nesses projetos relacionados:

Biodegradação Anaeróbia de Hidrocarbonetos de Petróleo Ver projeto

Hipótese NuCom Ver projeto

Todo o conteúdo desta página foi carregado por James T Staley em 30 de março de 2014.

O usuário solicitou aprimoramento do arquivo baixado.

Machine Translated by Google
Classificação de Organismos Procarióticos e a
Conceito de especiação bacteriana
Don J. Brenner, James T. Staley e Noel R. Krieg
NOMENCLATURA E IDENTIFICAÇÃO DA CLASSIFICAÇÃO
Taxonomia é a ciência da classificação dos organismos. Bacteriana
a taxonomia consiste em três áreas separadas, mas inter-relacionadas:
classificação, nomenclatura e identificação. A classificação é o
arranjo de organismos em grupos (taxa) com base em
semelhanças ou relacionamentos. A nomenclatura é a atribuição de
nomes aos grupos taxonômicos de acordo com as regras internacionais
(Código Internacional de Nomenclatura de Bactérias [Sneath, 1992]).
Identificação é o uso prático de um esquema de classificação para
determinar a identidade de um isolado como membro de uma
táxon ou como membro de uma espécie não identificada anteriormente.
Cerca de 4.000 espécies bacterianas descritas até agora (e as dezenas
de milhares de espécies postuladas que ainda precisam ser descritas)
apresentam grande diversidade. Em qualquer esforço que vise a compreensão
de um grande número de entidades, é prático, se não essencial,
organizar ou classificar os objetos em grupos com base em suas
semelhanças. Assim, a classificação tem sido usada para organizar o
conjunto desconcertante e aparentemente caótico de bactérias individuais
em um quadro ordenado. A classificação não precisa ser científica.
Mandel disse que “como os charutos,... uma boa classificação é aquela que
satisfaz” (Mandel, 1969). Cowan observou que a classificação é
orientado para o propósito; assim, uma classificação bem sucedida não é
necessariamente boa, e uma boa classificação não é necessariamente
sucesso (Cowan, 1971, 1974).
A classificação e a descrição adequada das bactérias requerem
conhecimento de suas características morfológicas, bioquímicas, fisiológicas e
características genéticas. Como ciência, a taxonomia é dinâmica e
sujeito a alterações com base nos dados disponíveis. Novas descobertas
muitas vezes exigem mudanças na taxonomia, frequentemente resultando em
mudanças na classificação existente, na nomenclatura, nos critérios
para identificação e no reconhecimento de novas espécies. o
processo de classificação pode ser aplicado a taxa existentes, nomeados,
ou para organismos recentemente descritos. Se os taxa já foram
descritas, nomeadas e classificadas, novas características podem ser
características adicionadas ou existentes podem ser reinterpretadas para revisar
classificação existente, atualizá-la ou formular uma nova. Se o
organismo é novo, ou seja, não pode ser identificado como um táxon existente,
é nomeado e descrito de acordo com as regras de nomenclatura
e colocado em uma posição apropriada em uma classificação existente,
isto é, uma nova espécie em um gênero existente ou novo.
Classificações taxonômicas Vários níveis ou classificações são usados em bactérias
classificação. A classificação mais alta é chamada de Domínio. Todos os
organismos procarióticos (isto é, bactérias) são colocados dentro de dois Domínios,
Archaea e Bactérias. Filo, classe, ordem, família, gênero, espécie,
e subespécies são subconjuntos sucessivamente menores e não sobrepostos
do Domínio. Os nomes desses subconjuntos de classe para subespécie recebem
reconhecimento formal (têm “posição em nomen clature”). Um exemplo é dado
na Tabela 1. Atualmente, nem
o reino nem a divisão são usados para Bactérias. Além de
essas categorias taxonômicas formais e hierárquicas, grupos informais ou
vernaculares que são definidos por nomes descritivos comuns
são frequentemente usados; os nomes de tais grupos não têm posição oficial
na nomenclatura. Exemplos de tais grupos são: os procariotos, os espiroquetas,
os redutores de sulfato e enxofre
bactérias, as bactérias oxidantes de metano, metanogênios, etc.
Espécies O grupo taxonômico básico e mais importante em
sistemática bacteriana é a espécie. O conceito de uma bactéria
espécie é menos definitivo do que para organismos superiores. Essa diferença
não deve parecer surpreendente, porque as bactérias, sendo organismos
procarióticos, diferem marcadamente dos organismos superiores. A sexualidade,
por exemplo, não é usada nas definições de espécies bacterianas
porque relativamente poucas bactérias sofrem conjugação. Da mesma maneira,
características morfológicas por si só são geralmente de pouca significância
classificatória porque a relativa simplicidade morfológica da maioria
organismos procarióticos não fornecem informações taxonômicas muito úteis.
em formação. Consequentemente, as características morfológicas são relegadas
a um papel menos importante na taxonomia bacteriana em comparação com
taxonomia de organismos superiores.
O termo “espécie” aplicado a bactérias foi definido
como um grupo distinto de cepas que possuem certas características
características e que geralmente guardam uma estreita semelhança entre si nas
características mais essenciais da organização. (Uma tensão é
composta pelos descendentes de um único isolamento na cultura pura,
e geralmente é composta por uma sucessão de culturas em última análise
TABELA 1. Classificações taxonômicas
Classificação formal Exemplo
Domínio Bactérias
Filo Proteobactérias
Classe Alfaproteobactérias
Ordem Legionellales
Família Legioneláceas
Gênero Legionela
Espécies Legionella pneumophila
Subespécies Legionella pneumophila subsp. subsp. pneumophila
27
Machine Translated by Google
28 CLASSIFICAÇÃO DE ORGANISMOS PROCARIÓTICOS E O CONCEITO DE ESPECIAÇÃO BACTERIANA
derivado de uma única colônia inicial). Cada espécie difere consideravelmente e
pode ser distinguida de todas as outras espécies.
Uma estirpe de uma espécie é designada como estirpe tipo; isto
cepa serve como a cepa portadora do nome da espécie e é a
exemplar permanente da espécie, ou seja, o exemplar de referência
para o nome. (Consulte o capítulo sobre Nomenclatura para obter informações
mais detalhadas sobre os tipos de nomenclatura). O tipo de tensão
tem grande importância para a classificação em nível de espécie, porque uma
espécie consiste na linhagem tipo e todas as outras linhagens
que são considerados suficientemente semelhantes a ele para garantir
inclusão com ele na espécie. Qualquer estirpe pode ser designada como
a cepa-tipo, embora, para espécies novas, a primeira cepa isolada
geralmente é designado. A cepa tipo não precisa ser uma cepa típica.
A definição de espécie dada acima é aquela que foi vagamente
seguiu até meados da década de 1960. Infelizmente, é extremamente subjetivo
porque não se pode determinar com precisão “uma grande semelhança”,
“características essenciais” ou quantas “características distintivas” são suficientes
para criar uma espécie. As espécies foram muitas vezes definidas apenas com
base em relativamente poucas características fenotípicas ou morfológicas,
patogenicidade e fonte de isolamento.
A escolha das características usadas para definir uma espécie e
o peso atribuído a essas características frequentemente refletido
os interesses e preconceitos dos investigadores que descreveram
as espécies. Essas práticas provavelmente levaram Cowan a afirmar que
“A taxonomia é o ramo mais subjetivo de qualquer ciência biológica e, em muitos
aspectos, é mais uma arte do que uma ciência” (Cowan,
1965).
Edwards e Ewing (1962, 1986) foram pioneiros em estabelecer
princípios fenotípicos para caracterização, classificação e
identificação de bactérias. Eles basearam a classificação e identificação no
padrão morfológico e bioquímico geral de
uma espécie, percebendo que uma única característica (por exemplo, patogenicidade,
gama de hospedeiros, ou reação bioquímica), independentemente de sua importância
não era uma base suficiente para especiação ou identificação. Elas
empregou um grande número de testes bioquímicos, usou uma grande e
amostra de cepa diversa e resultados expressos como porcentagens. Elas
também perceberam que cepas atípicas, quando adequadamente estudadas, são
muitas vezes membros perfeitamente típicos de um determinado biogrupo (biovar)
dentro de uma espécie existente, ou membros típicos de uma nova espécie.
Métodos taxonômicos numéricos melhoraram ainda mais a validade
de identificação fenotípica, aumentando ainda mais o número
de testes usados, geralmente para 100-200, e calculando coeficientes
de similaridade entre linhagens e espécies (Sneath e Sokal,
1973). Embora não exista um valor de similaridade que defina uma espécie
tributária (espécie determinada por taxonomia numérica), 80% de similaridade é
comumente observada entre linhagens em uma determinada taxoespécie.
Apesar dos testes adicionais e da sensibilidade adicional dos
taxonomia, mesmo uma bateria de 300 testes avaliaria apenas entre
5-20% do potencial genético das bactérias.
Há muito se reconhece que a base mais precisa para
classificação é filogenética. Kluyver e van Niel (1936) afirmaram
que “muitos sistemas de classificação são quase inteiramente o resultado de
considerações puramente práticas. . . (e) são muitas vezes impraticáveis.
. . ” Eles reconheceram que “taxonomia
limites impostos pela intuição dos investigadores sempre
ser um tanto arbitrário - especialmente na unidade sistemática final,
as espécies. Deve-se criar tantas espécies quantos os organismos que diferem
em caracteres suficientemente fundamentais” e
eles perceberam que “o único fundamento verdadeiramente científico da
classificação é apreciar os fatos disponíveis a partir de uma base filogenética”.
Visão". Os dados necessários para desenvolver um natural (filogenético)
definição de espécie tornou-se disponível quando a hibridização do DNA foi
utilizado para determinar o parentesco entre as bactérias.
A hibridização do DNA é baseada na habilidade do DNA nativo (dupla fita) de
dissociar reversivelmente ou ser desnaturado em seu
duas fitas simples complementares. A dissociação é feita
em alta temperatura. O DNA desnaturado permanecerá como único
fios quando é rapidamente resfriado à temperatura ambiente após a desnaturação.
Se for colocado a uma temperatura entre 25 e
30 C abaixo de seu ponto de desnaturação, as cepas complementares
se reassociará para formar novamente uma molécula de fita dupla que
é extremamente semelhante, se não idêntico, ao DNA nativo (Marmur e
Doty, 1961). O DNA desnaturado de uma dada bactéria pode ser
incubado com DNA desnaturado (ou RNA) de outras bactérias
e formará heteroduplexes com quaisquer sequências complementares presentes
na hibridização heteróloga fita-DNA.
Este é o método usado para determinar a relação de DNA entre
bactérias.
Sequências perfeitamente complementares não são necessárias para a
hibridização; o grau de complementaridade necessário para a formação de hetero
duplex pode ser governado experimentalmente alterando
a temperatura de incubação ou a concentração de sal. Aumentando
a temperatura de incubação e/ou diminuir a concentração de sal na mistura de
incubação aumenta o rigor da formação de heteroduplex (menos bases não
pareadas são toleradas),
Considerando que diminuir a temperatura e/ou aumentar o sal
concentração diminui o rigor da formação de heteroduplex. A porcentagem de
bases não pareadas dentro de um heteroduplex
é uma indicação do grau de divergência presente. Um pode
aproximar a quantidade de bases desemparelhadas comparando o
estabilidade térmica do heterodúplex para a estabilidade térmica de
um duplex homólogo. Isto é feito através de aumentos graduais na temperatura e
medição da separação das fitas. A estabilidade térmica
é calculada como a temperatura na qual ocorreu 50% da separação das fitas e é
representada pelo termo “Tm(e)”.
Os valores de DTm dos heterodúplexes variam de 0 (pareamento perfeito) a
20 C, com cada grau de instabilidade indicativo de aproximadamente 1% de
divergência (bases não pareadas). À medida que a relação de DNA entre duas
cepas diminui, a divergência geralmente aumenta.
Vários métodos diferentes de hibridização DNA-DNA e DNA-RNA têm sido
usados para determinar a relação entre
bactérias (Johnson, 1985). Dois deles, reassociação de solução livre com
separação de DNA de fita simples e dupla em
hidroxiapatita (Brenner et al., 1982) e a endonuclease S-1
(Crosa et al., 1973) são atualmente os mais utilizados
para este fim. Esses métodos mostraram-se comparáveis (Grimont et al., 1980).
Uma discussão aprofundada sobre o DNA
métodos de hibridização foi apresentado por Grimont et al.
(1980) e por Johnson (1985).
Experiência com milhares de cepas de várias centenas
espécies bem estabelecidas e novas levaram os taxonomistas a formular uma
definição filogenética de uma espécie (genomosespécies) como “linhagens
com aproximadamente 70% ou mais de relação DNA-DNA e
com 5 C ou menos DTm. Ambos os valores devem ser considerados” (Wayne
et ai., 1987). Eles ainda recomendaram que uma genomosespécie
não ser nomeado se não puder ser diferenciado de outras genoespécies com
base em alguma propriedade fenotípica. ADN
O parentesco fornece uma definição de espécie única que pode ser aplicada
igualmente a todos os organismos e não está sujeita a critérios fenotípicos.
variação, mutações ou variações em plasmídeos metabólicos ou outros.
A principal vantagem do parentesco com o DNA é que ele mede
relação geral e, portanto, os efeitos de bioquímicos atípicos
ré-
Machine Translated by Google
CLASSIFICAÇÃO DE ORGANISMOS PROCARIÓTICOS E O CONCEITO DE ESPECIAÇÃO BACTERIANA
ações, mutações e plasmídeos são mínimos, pois afetam
apenas uma porcentagem muito pequena do DNA total.
Uma vez que as genomosespécies tenham sido estabelecidas, é simples
determinar quais reações bioquímicas variáveis são específicas da espécie e,
portanto, ter um esquema de identificação compatível com o conceito genético de
espécie. A técnica também é
extremamente útil para determinar os limites bioquímicos de
uma espécie, conforme exemplificado para Escherichia coli na Tabela 2. O uso
de parentesco com o DNA e uma variedade de características fenotípicas
na classificação de bactérias tem sido chamada de taxonomia polifásica (Col well,
1970), e parece ser a melhor abordagem para uma descrição válida de espécies.
Estudos de relação de DNA já foram realizados em mais de 10.000 cepas
representando cerca de 2.000
espécies e centenas de gêneros, com, até onde sabemos, nenhum
instância em que outros dados invalidaram a definição de genomoespécie.
Stackebrandt e Goebel (1994) revisaram as descrições de novas espécies
publicadas no International Journal of Systematic Bacteriology. Em 1987, 60% das
descrições de espécies incluíam estudos de relação com o DNA, 10% foram
descritos com base em testes sorológicos.
testes, e 30% não usaram essas abordagens. Em 1993, 75% dos
as descrições das espécies incluíam dados de parentesco com o DNA, 8% usado
sorologia e 3% não utilizaram nenhum dos métodos. Nos 14% restantes,
A análise da sequência de rRNA 16S foi a única base para a especiação. Como
Os dados da sequência de rRNA 16S foram acumulados, a utilidade deste
método extremamente poderoso para a colocação filogenética de bactérias tornou-
se evidente (Woese, 1987; Ludwig et al., 1998b).
O número de taxonomistas usando sequenciamento de rRNA 16S é ou
em breve será maior do que o número usando hibridização de DNA
(Sackebrandt e Goebel, 1994), e muitos deles estavam criando espécies
exclusivamente ou em grande parte com base na sequência de rRNA 16S.
análise. Logo ficou evidente, no entanto, que a análise da sequência de rRNA 16S
frequentemente não era sensível o suficiente para diferenciar entre espécies
intimamente relacionadas (Fox et al., 1992; Stacke brandt e Goebel, 1994).
Stackebrandt e Goebel (1994) concluíram que a definição genética de 70% de
parentesco com 5%
TABELA 2. Classificação de cepas atípicas que podem ser E. coli
Relação de
biogrupo para
E. coli típica Característica
80% ou mais
Ureia positivo e KCN positivo
Manitol negativo
Inositol positivo
Adonitol positivo
H2S positivo ou H2S positivo e pigmentado amarelo
H2S positivo e citrato positivo
Citrato positivo
Fenilalanina deaminase positiva
Lisina e ornitina descarboxilase e arginina
dihidrolase negativo
Indo negativo
Vermelho de metila negativo
Vermelho de metila negativo e manitol negativo
Ureia positivo e manitol negativo
Anaerógeno, imóvel e negativo para lactose
60% ou menos Pigmento amarelo, celobiose positiva e KCN
positivo Escherichia hermannii
Positivo para uréia, positivo para KCN, positivo para citrato,
celobiose positivo Citrobacter amalonaticus
29
ou menos divergência dentro de sequências relacionadas continua a ser o
melhor meio de criação de espécies. Eles concluíram que 16S rRNA
similaridade de sequência de menos de 97% entre as cepas indica
que eles representam espécies diferentes, mas com 97% ou mais de 16S
similaridade de sequência de rRNA, relacionamento de DNA deve ser usado para
determinar se as cepas pertencem a espécies diferentes.
A validade e utilidade da genética baseada no parentesco do DNA
definição de espécie tem sido questionada (Maynard Smith,
1995; Vandamme et ai., 1996a; Istock et ai., 1996). Essas críticas se enquadram
em várias categorias: (a) parentesco com o DNA (e qualquer
outros meios atuais de especiação) não amostra suficientemente
diversidade bacteriana empregando um grande número de isolados selvagens
de muitos habitats diferentes; (b) emprega um corte arbitrário
para uma espécie enquanto a evolução é um continuum; (c) a definição baseada
no parentesco com o DNA não atinge a padronização de
espécies; (d) as espécies bacterianas não são entidades reais - espécies nomeadas
são úteis, mas não significativas do ponto de vista evolutivo;
(e) Os resultados de relação de DNA não são comparáveis devido a diferentes
métodos; (f) Os testes de parentesco com o DNA são muito difíceis e/ou tediosos
de realizar. Diante desses problemas percebidos,
foi recomendado que a melhor solução para o problema das espécies
na ausência de um “padrão ouro”, que não foi fornecido
por parentesco com o DNA, é uma taxonomia pragmática polifásica (consenso) que
integra todos os dados disponíveis.
Cada uma dessas críticas tem algum mérito; no entanto, cada um pode ser
abordadas, e nenhuma, em nossa opinião, representa falhas fatais nem
negam significativamente a utilidade do DNA-relacionamento baseado
definição de uma espécie. Grande número de cepas diversas (50-
100) foram testados quanto ao parentesco com o DNA em várias espécies
incluindo E. coli, Legionella pneumophila, Enterobacter agglomerans,
Klebsiella oxytoca, Yersinia enterocolitica. Em nenhum caso a amostra
tamanho ou a diversidade de fontes e/ou características fenotípicas
alterar os resultados. Para muitas outras espécies, apenas uma ou algumas
cepas foram testadas - geralmente porque esse era o número total
de cepas disponíveis.
É verdade que os valores de 70% de parentesco e 5% de divergência
escolhidos para representar linhagens de uma dada espécie são arbitrários, e
que existe uma “área cinzenta” em torno de 70% para algumas espécies. No
entanto, esses valores foram escolhidos com base nos resultados obtidos
de várias cepas, geralmente 10 ou mais, de cerca de 600 espécies
estudados em vários laboratórios de referência diferentes. Lá
são poucos, se houver, casos em que as espécies definidas dessa maneira
se mostraram incorretos.
A abordagem de relacionamento com o DNA padronizou os meios
de definir espécies, fornecendo um único, universalmente aplicável
critério. Desde que foi bem sucedido, deve-se acreditar que
gera espécies compatíveis com as necessidades e crenças
da maioria dos bacteriologistas. Existem duas áreas em que as espécies de
genomo realmente ou potencialmente causaram problemas. Um desses
é onde duas ou mais genomospécies não podem ser separadas fenotipicamente.
Neste caso, foi recomendado que estes
genomosespécies não sejam formalmente nomeadas (Wayne et al., 1987).
Alternativamente, especialmente se já existir um nome para uma das ge
nomosespécies, as demais podem ser designadas como subespécies. Nisso
forma, não há confusão ao nível das espécies e, pode-se, se
se desejar, distinguir entre as genomoespécies usando uma técnica genética. O
outro “problema” é com nomenespécies que
foram divididos ou agrupados, geralmente com base na patogenicidade ou
gama de hospedeiros fitopatogênicos. Estes incluem espécies do gênero
Bordetella, Mycobacterium, Brucella, Shigella, Klebsiella, Neisseria, Yer sinia, Vibrio,
Clostridium e Erwinia. Em alguns desses casos (Kleb siella, Erwinia) a classificação
foi alterada e agora é
Machine Translated by Google
30 CLASSIFICAÇÃO DE ORGANISMOS PROCARIÓTICOS E O CONCEITO DE ESPECIAÇÃO BACTERIANA
aceitaram. Nas demais, ainda não foram propostas mudanças ou,
como no caso de Yersinia pestis e Yersinia pseudotuberculosis, que
são as mesmas genomoespécies, a mudança foi rejeitada pelo
Comissão Judiciária por causa de possível perigo para a saúde pública
se houve confusão em relação ao Y. pestis, o bacilo da peste.
Se alguém concorda que uma definição verdadeira de espécie não é possível, o
A definição de genomoespécies ainda é útil para fornecer uma base única e
universalmente aplicável para designar espécies.
Criticar o parentesco com o DNA porque os resultados obtidos usando
métodos diferentes podem não ser totalmente comparáveis parece um tanto
injustificado. Quando comparados, os mais usados
métodos deram resultados semelhantes. Obviamente, deve-se
cuidadoso na comparação de dados de vários laboratórios, especialmente
quando métodos diferentes são usados. No entanto, isso é pelo menos igualmente
true para dados de sequência e testes fenotípicos.
É verdade que grandes quantidades de DNA são necessárias para o DNA
protocolos de relacionamento agora usados para fins taxonômicos, e que
é necessário usar isótopos radioativos. Quanto à dificuldade
envolvidos e as limitações nas cepas que podem ser ensaiadas (é
não é incomum fazer 40-80 comparações de relacionamento de DNA diariamente),
certamente essas não são razões credíveis para deixar de usar o método.
Esforços podem e devem ser feitos para automatizar o sistema, miniaturizá-lo e
substituir compostos não radioativos pelos
isótopos radioativos. Com essas melhorias, o método
estar disponível para uso em praticamente qualquer laboratório. Mesmo sem eles,
pode-se argumentar que a hibridização de DNA é mais acessível e
prático do que um sistema de classificação de consenso em que vários
cem testes devem ser feitos em cada cepa.
Vale ressaltar que as espécies bacterianas podem ser comparadas com
organismos superiores em uma base molecular usando a faixa GC% em mol,
Relação DNA-DNA ou DNA-rRNA e similaridade de 16S vs.
Sequências de 18S rDNA (Staley, 1997, 1999). Assim, a E. coli pode ser
comparado com seus hospedeiros primatas com base nos resultados de DNA-
Hibridação do DNA. Feito isso, fica claro que o
espécie bacteriana é muito mais ampla do que a de seus hospedeiros. Por exemplo,
humanos e nosso parente mais próximo, o chimpanzé (Pan
troglodytes), mostram 98,4% de parentesco por esta técnica (Sibley e
Ahlquist, 1987; Sibley et ai., 1990). De fato, mesmo os lêmures, que
exibem 78% de relação de DNA com humanos, seriam incluídos
na mesma espécie que os humanos se a definição de uma bactéria
espécie foi utilizada. Além disso, nenhum dos primatas seria
consideradas espécies ameaçadas usando a definição bacteriana. Da mesma
forma, a faixa de % mol GC e a faixa de pequenas
RNA ribossômico de subunidade dentro de cepas de E. coli mostra um resultado semelhante,
ou seja, que a espécie bacteriana é muito mais ampla do que a de
animais (Staley, 1999).
Uma consequência da ampla definição de espécie bacteriana é
que muito poucas espécies foram descritas, menos de 5.000, em comparação com
mais de um milhão de animais. Isso levou alguns biólogos
concluir erroneamente que as bactérias constituem apenas uma pequena parte
da diversidade biológica na Terra (Mayr, 1998). Além disso,
com uma definição tão ampla, nem uma única bactéria de vida livre
espécie pode ser considerada ameaçada de extinção
(Staley, 1997). Portanto, os biólogos devem perceber, como mencionado
anteriormente nesta seção, que a espécie bacteriana não é equivalente à de plantas
e animais.
Em resumo, a definição genética de uma espécie, se não perfeita,
parece ser confiável e estável. estudos de relação de DNA
já resolveram muitos casos de confusão sobre
quais cepas pertencem a uma determinada espécie, bem como para resolver
problemas taxonômicos em nível de espécie. Não foi substituído
como o padrão de referência atual. Deve permanecer o padrão,
pelo menos até que outra abordagem tenha sido comparada a ela e
demonstrado ser comparável ou superior.
Subespécies Uma espécie pode ser dividida em duas ou mais subespécies
com base em variações fenotípicas consistentes ou em agrupamentos de cepas
geneticamente determinados dentro da espécie. Há
evidência de que o conceito de subespécie é filogeneticamente válido em
a base da distribuição de frequência dos valores de DTm . Atualmente, não há
diretrizes para o estabelecimento de subespécies,
que, embora frequentemente úteis, são usualmente designados no
prazer do investigador. A subespécie é a taxonomia mais baixa
posto que está coberto pelas regras de nomenclatura e tem
de pé na nomenclatura.
Classificações Infrasubespecíficas Classificações abaixo de subespécies, como
biovares, sorovares, fagovares e patovares, são frequentemente usados para
indicam grupos de cepas que podem ser distinguidas por algum caráter especial,
como composição antigênica, reações a bacteriófagos, etc. Tais classificações não
têm posição oficial na nomenclatura,
mas muitas vezes têm grande utilidade prática. Uma lista de alguns comuns
categorias infrasubespecíficas são fornecidas na Tabela 3.
Gênero Todas as espécies são atribuídas a um gênero, que pode ser
funcionalmente definida como uma ou mais espécies com a mesma
características fenotípicas, e que se agrupam no
base da sequência de rRNA 16S. Nesse sentido, os bacteriologistas se conformam
ao sistema binomial de nomenclatura de Lineu em
qual o organismo é designado por seu gênero combinado e
nomes de espécies. Não há, e talvez nunca haverá, uma definição de fábrica
satisfatória de um gênero, apesar do fato de que a maioria dos novos
os gêneros são designados substancialmente com base no rRNA 16S
análise de sequência. Em quase todos os casos, os gêneros podem ser
diferenciados fenotipicamente, embora um grau considerável de flexibilidade
em descrições de gênero é muitas vezes necessária. Subjetividade considerável
continua envolvido na designação de gêneros, e
reclassificação, tanto de aglomeração quanto de divisão, ainda está ocorrendo em
o nível de gênero. De fato, o que é percebido como um único gênero
por um sistemata pode ser percebido como múltiplos gêneros por outro.
Relações Classificatórias de Taxas Superiores no âmbito familiar e
níveis mais altos são ainda menos certos do que aqueles no nível de gênero,
e as descrições desses táxons são geralmente muito mais gerais,
se eles existem em tudo. As famílias são compostas por um ou mais gêneros
que compartilham características fenotípicas e que devem ser consistentes do
ponto de vista filogenético (agrupamento de sequências de rRNA 16S), bem como
de uma base fenotípica.
PRINCIPAIS DESENVOLVIMENTOS NA CLASSIFICAÇÃO BACTERIANA
Um século se passou entre a descoberta de Antony van Leeuwenhoek
de bactérias e o reconhecimento inicial de Müller de bactérias em
TABELA 3. Designações infra-específicas
Preferido
nome Sinônimo Aplicado a cepas com:
Biovar Biótipo Especial bioquímico ou fisiológico
propriedades
Sorovar Sorotipo Propriedades antigênicas distintas
Pathovar Patótipo Propriedades patogênicas para certos hospedeiros
Fagovar Tipo de fago Capacidade de ser lisado por certos
bacteriófagos
Morfovar Morfótipo Características morfológicas especiais
Machine Translated by Google
CLASSIFICAÇÃO DE ORGANISMOS PROCARIÓTICOS E O CONCEITO DE ESPECIAÇÃO BACTERIANA
um esquema de classificação (Müller, 1786). Mais um século se passou
antes que técnicas e procedimentos tivessem avançado o suficiente para
permitem uma classificação bastante abrangente e significativa desses
organismos. Para uma revisão abrangente do desenvolvimento inicial
de classificação bacteriana, os leitores devem consultar o
seções da primeira, segunda e terceira edições do Manual de Bergey
de Bacteriologia Determinativa. Um tratamento menos detalhado das primeiras
classificações pode ser encontrado na sexta edição do Manual, em
quais os desenvolvimentos pós-1923 foram enfatizados.
Duas dificuldades primárias afligem os primeiros sistemas de classificação
bacteriana. Primeiro, eles se basearam fortemente em critérios morfológicos. Por
Por exemplo, a forma da célula era muitas vezes considerada um fator extremamente
característica importante. Assim, os cocos eram frequentemente classificados juntos
em um grupo (família ou ordem). Em contraste, a contemporaneidade
esquemas dependem muito mais fortemente de semelhanças de sequência de
rRNA 16S e características fisiológicas. Por exemplo, os cocos fermentativos
estão agora separados dos cocos fotossintéticos,
que estão separados dos cocos metanogênicos, que estão em
virar separado dos cocos nitrificantes, e assim por diante; com o
Sequências de rRNA 16S de cada grupo geralmente agrupadas.
Em segundo lugar, a técnica de cultura pura que revolucionou a bacteriologia não
foi desenvolvida até a segunda metade do século XIX. Além de dissipar o conceito
de “polimorfismo”,
este desenvolvimento técnico do laboratório de Robert Koch teve
grande impacto no desenvolvimento de procedimentos modernos em sistemática
bacteriana. As culturas puras são análogas aos espécimes de herbário em
botânica. No entanto, culturas puras são muito mais úteis
porque eles podem ser (a) mantidos em um estado viável, (b) subcultivados, (c)
submetidos indefinidamente a testes experimentais, e
(d) enviados de um laboratório para outro. Um crescimento natural
da técnica de cultura pura foi o estabelecimento do tipo
estirpes de espécies que são depositadas em repositórios referidos
como “coleções de cultura” (um termo mais preciso seria
coleções”). Essas cepas do tipo podem ser obtidas a partir de cultura
coleções e usadas como cepas de referência para duplicar e estender
as observações de outros, e para comparação direta com novos
isola.
Antes do desenvolvimento da taxonomia numérica assistida por computador
e métodos taxonômicos subsequentes baseados em
biologia, o método tradicional de classificação das bactérias era caracterizá-las o
mais completamente possível e depois organizá-las
de acordo com o julgamento intuitivo do sistemático. Embora
os aspectos subjetivos desse método resultaram em classificações
que muitas vezes foram drasticamente revistos por outros sistematas que foram
propensos a fazer diferentes julgamentos intuitivos, muitos dos arranjos
sobreviveram até os dias atuais, mesmo sob escrutínio
por métodos modernos. Uma explicação para isso é que os atistas sistêmicos
geralmente conheciam seus organismos completamente, e suas
julgamentos foram baseados em uma riqueza de informações. Seus dados,
enquanto não processadas por computador, foram pelo menos processadas por um
mente ativa para dar impressões bastante precisas dos relacionamentos
existentes entre os organismos. Além disso, algumas das características que
tiveram grande peso na classificação foram, de fato,
altamente correlacionado com muitas características. Este princípio de correlação
de características parece ter começado com Winslow
e Winslow (1908), que observou que cocos parasitas tendiam a
crescem mal em meios nutrientes comuns, foram fortemente Gram
31
positivo, e formou ácido a partir de açúcares, em contraste com saprófitas
cocos que cresceram abundantemente em meios comuns, eram geralmente
apenas fracamente Gram-positiva e não formou ácido. Essa divisão de
os cocos estudados pelos Winslows (equivalente ao presente
gênero Micrococcus (os saprófitos) e os gêneros Staphylococcus
e Streptococcus (os parasitas) resistiu razoavelmente bem mesmo
até os dias atuais.
Outras classificações não foram tão afortunadas. Um ex clássico
ampla de uma que não tem é a do gênero “Paracolobactrum” .
Este gênero foi proposto em 1944 e é descrito na Sétima
Edição do Manual de Bergey em 1957. Ele foi criado para conter
certos membros lactose-negativos da família Enterobacteriaceae.
Devido à importância de uma reação lactose-negativa na identificação de
patógenos entéricos (ou seja, Salmonella e Shigella), o
A reação também recebeu erroneamente grande peso taxonômico na classificação.
No entanto, para os organismos colocados em “Paraco lobactrum” a reação à
lactose não foi
, altamente correlacionada com
outras características. Na verdade, os organismos eram apenas variantes
negativas para lactose de outras espécies positivas para lactose; por exemplo
“Paracolobactrum coliforme” se assemelhava a E. coli em todos os aspectos, exceto
por ser lactose-negativo. Arranjos absurdos como esse acabaram levando ao
desenvolvimento de métodos de classificação mais objetivos, ou seja, taxonomia
numérica, a fim de evitar grandes
peso para qualquer característica única.
Classificações filogenéticas Já discutimos o impacto do parentesco do DNA
no nível das espécies. Infelizmente, isso
método é de valor marginal no nível de gênero e sem valor
acima do nível de gênero porque a extensão da divergência do total
genomas bacterianos é muito grande para permitir uma avaliação precisa de
parentesco acima do nível de espécie. No nível de gênero e acima,
classificações filogenéticas, especialmente baseadas na análise de sequência de
rRNA 16S, revolucionaram a taxonomia bacteriana (ver
Visão geral: Uma espinha dorsal filogenética e uma estrutura taxonômica
para Sistemática Procariótica por Ludwig e Klenk).
Classificações oficiais Um número significativo de bacteriologistas
têm a impressão de que existe uma “classificação oficial” e
que a classificação apresentada no Manual de Bergey representa essa
“classificação oficial”. É importante corrigir essa impressão equivocada. Não
existe uma “classificação oficial” de bactérias. (Isto é
em contraste com a nomenclatura bacteriana, onde cada táxon tem um
[e geralmente apenas um] nome válido, de acordo com
regras acordadas e decisões judiciais são proferidas em casos de controvérsia
sobre a validade de um nome).
aproximação a uma “classificação oficial” de bactérias seria
um que é amplamente aceito pela comunidade de microbiologistas.
Uma classificação de pouca utilidade para os bacteriologistas, independentemente
de quão bom um esquema ou quem o idealizou, logo será ignorado ou
significativamente modificado. Os editores do Manual de Bergey e o
autores de cada capítulo fazem esforços substanciais para fornecer uma
classificação tão precisa e atualizada quanto possível, porém não é e não pode
ser “oficial”.
Também parece valer a pena enfatizar algo que tem
muitas vezes foi dito antes, viz. classificações bacterianas são criadas
para microbiologistas, não para as entidades que estão sendo classificadas. Bactérias
mostram pouco interesse na questão de sua classificação. Para o
sistemático, isso às vezes é um pensamento muito sério!
Machine Translated by Google
32 CLASSIFICAÇÃO DE ORGANISMOS PROCARIÓTICOS E O CONCEITO DE ESPECIAÇÃO BACTERIANA
Nota adicionada na prova
Recentemente, um comitê de taxonomistas bacterianos se reuniu para reavaliar
a definição de espécie bacteriana (Sackebrandt et al., 2002b). o
comitê reconheceu que, uma vez que o relatório de Wayne et al.
(1987), vários novos métodos foram desenvolvidos que
auxiliar na taxonomia bacteriana, incluindo análises de sequência de rDNA
16S, métodos de tipagem de enzimas de restrição, sequenciamento multilocus,
análises de sequência de genoma inteiro, infravermelho com transformada de Fourier
Espectroscopia e pirólise-espectrometria de massa. Métodos especiais
observados pelo comitê que mostram grande promessa para taxonomistas
incluem sequenciamento de genes de manutenção, perfil de DNA e
aplicação de matrizes de DNA. Os microbiologistas foram encorajados
desenvolver novos métodos que permitam comparar os dados
à reassociação DNA-DNA, que o comitê concluiu
deve permanecer o padrão para circunscrição de espécies para Bac
Ver estatísticas de publicação
Teria e Archaea. Outras recomendações foram feitas para basear
a descrição da espécie em mais de uma cepa, para seguir
diretrizes estabelecidas pelos subcomitês do ICSP (International Committee on
Systematics of Prokaryotes) para
caracterização de uma espécie, e reconhecer a importância
de propriedades fenotípicas para identificação de espécies. Também porque
bancos de dados eletrônicos são uma ajuda imensamente importante para a
comunidade internacional de sistematas bacterianos, o comitê
recomendou o desenvolvimento de padrões para troca eletrônica de informações
taxonômicas.
AGRADECIMENTOS
Este capítulo é dedicado à memória de John L. Johnson, um cientista
consumado, colega e amigo de confiança, cuja busca pela verdade foi
intransigente e desimpedido pelo ego pessoal.