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LOGIA
Genética Molecular
Profa. Rita de Cássia de Moura
Profa. Marília de França Rocha
P r o f a . M a r i a Te r e s a M a r q u i m N o g u e i r a C o r n é l i o
64 p.
Vice-Reitor
Prof. Rivaldo Mendes de Albuquerque
Pró-Reitor Administrativo
Prof. Maria Rozangela Ferreira Silva
Pró-Reitor de Planejamento
Prof. Béda Barkokébas Jr.
Pró-Reitor de Graduação
Profa. Izabel Christina de Avelar Silva
Coordenador Adjunto
Prof. Walmir Soares da Silva Júnior
Coordenação de Curso
Prof. José Souza Barros
Coordenação Pedagógica
Profa. Maria Vitória Ribas de Oliveira Lima
Gerente de Projetos
Profa. Patrícia Lídia do Couto Soares Lopes
Administração do Ambiente
José Alexandro Viana Fonseca
Equipe de Design
Anita Sousa/ Gabriela Castro/Renata Moraes/ Rodrigo Sotero
Coordenação de Suporte
Afonso Bione/ Wilma Sali
Prof. José Lopes Ferreira Júnior/ Valquíria de Oliveira Leal
Edição 2013
Impresso no Brasil
APRESENTAÇÃO
Caros alunos, vocês iniciam uma nova jor-
nada que os levará a conhecimentos tão
intrigantes quanto interessantes. Além da
habitual dedicação que todos deverão ter
à disciplina, destaco a importância de de-
senvolver a habilidade de abstração que
permitirá uma aprendizagem mais rápida e
prazerosa.
Nós teremos, durante esta disciplina, a opor- O estudo de qualquer área da Genética requer
tunidade de estudar as descobertas e os pro- o exercício do desprendimento, esforço e de-
cessos moleculares acima citados e compre- dicação contínuos, o que resulta não apenas
ender os conceitos fundamentais em genética na compreensão dos mecanismos (para alguns
molecular, com ênfase na descrição dos prin- mistérios) como também na capacidade de
cipais processos moleculares, organização e participar efetivamente de discussões refe-
função dos genes, organização molecular em rentes a aspectos éticos que têm sido comuns
vírus e bactérias, os métodos moleculares e nos dias atuais. A Genética Molecular propi-
suas aplicações. Contudo, é importante que ciará o embasamento necessário para compre-
todos compreendam que a energia direciona- ensão da dimensão alcançada pela Engenharia
da a este propósito não se trata simplesmente Genética, sua importância, e por que não seus
do cumprimento de mais uma tarefa propos- prós e contras.
ta pelo docente em resposta à estrutura cur-
ricular do curso de Ciências Biológicas. Pode- Neste capítulo, manteremos o padrão apre-
mos garantir que é bem mais que curiosidade sentado nos capítulos das disciplinas Genéti-
científica ou obrigação, pois a dimensão al- ca Geral e Citogenética, isto é, cada capítulo
cançada pela Genética Molecular, através de apresentará atividades de revisão e de pesqui-
sua aplicação na agricultura, medicina e meio sa, com o objetivo de aprofundar conteúdos e
ambiente, tem provocado uma grande reper- verificar seus conhecimentos. Você continua-
cussão social, portanto é natural o espaço rá sendo desafiado pela Fix, a esfinge que foi
que as novas descobertas têm conseguido na apresentada durante a disciplina de Genética
mídia e notória, a importância do estudo des- Geral. Contudo, é importante lembrar que o
ta disciplina, em particular pelos profissionais maior desafio está sempre dentro do próprio
da área de saúde (Medicina, Biologia, Nutri- homem, consiste no que ele verdadeiramen-
ção, Farmácia, etc.). te deseja e no quanto é capaz de transformar
sonho em realidade. Por isso, esperamos que
A disciplina Genética Molecular apresenta essa disciplina não seja apenas mais uma opor-
conceitos fundamentais para compreensão tunidade de crescimento intelectual, e sim que
do modo de organização da estrutura mo- contribua, através da beleza, complexidade e
lecular do material genético; do mecanismo precisão dos processos moleculares para o sur-
através do qual o material genético é repli- gimento de um novo modo de ver a vida, com
cado; do processo de expressão da informa- mais profundidade e consciência.
ção genética; de como o material genético
muda com o tempo; da descrição de siste- Desejamos-lhes sucesso nessa nova etapa de
mas biológicos modelos (vírus e bactérias); aprendizagem.
da manipulação genética e dos mecanismos
Oi, sou Fix, leoa
alada com ca-
beça humana
e só posso ser
vencida pelo
intelecto. Meu
primeiro desafio
foi quando via-
java pela Grécia,
anos atrás.
capítulo 1
Ácido Desoxirribonucléico
(DNA) A Estrutura e
a Replicação do DNA
INTRODUÇÃO
Iniciaremos nosso estudo, relatando as des-
cobertas que levaram à determinação do
DNA como material genético e à descrição
da estrutura da molécula de DNA. Destaca-
remos suas funções biológicas, particular-
mente a capacidade que a molécula tem de
sofrer replicação, a qual ocorre devido a sua
composição e organização, que permitem
a ação de um complexo enzimático capaz
de sintetizar a cópia precisa da molécula de
DNA, garantindo a transmissão da informa-
ção genética de célula a célula, portanto, de
geração a geração.
capítulo 1
niae (pneumococos), responsável pela transfor- vivo: o camundongo morreu, e as bactérias
mação bacteriana. Como os demais organis- IIIS foram recapturadas.
mos, esta bactéria exibe variabilidade genética
que pode ser observada através de fenótipos O resultado obtido na etapa número 4 foi
diferentes (tipo = I e II; aspecto = rugoso (R) e inesperado, pois, ao invés de o camundongo
liso (L); tamanho = grande e pequeno; cápsula permanecer saudável, morreu, indicando que
= ausente e presente; virulência = avirulenta algum componente do tipo IIIS morto (princí-
e virulenta). Os caracteres informativos obser- pio transformante) tinha transformado o tipo
vados por Griffith foram: a presença ou ausên- IIR em tipo IIIS.
cia de uma cápsula de polissacarídeo, a qual
pode ser de vários tipos antigênicos (tipo I, II,
III, etc), e o tipo de cápsula.
tou efeito sobre a atividade transformante, mostrando, portanto, que a informação genética
em pneumococos está presente no DNA. (Figura 3)
Figura 3- O DNA como princípio transformante. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética.
Editora Guanabara Koogan.
Em 1952 Hershey e Chase mostraram que o material genético do bacteriófago ou fago T2 estava
presente no DNA e não, na proteína. Estes pesquisadores levaram em consideração o fato de esse
vírus ser composto por 50% de DNA e 50% de proteína bem como a informação de que o DNA
contém fósforo, mas não, enxofre, e que a proteína contém enxofre e nenhum fósforo. Daí por
diante, eles precisaram apenas marcar o DNA do fago com isótipo radioativo do fósforo 32P, ao
invés do fósforo normal 31P. Do mesmo modo, marcaram a cápsula de proteína com o enxofre
35S, ao invés do enxofre normal 32S. Os fagos marcados com 35S foram misturados a uma cultura
de E. coli por alguns minutos, as células infectadas foram submetidas a um liquidificador, e depois
transferidas para tubos de ensaio onde se pôde observar que a maior parte da radioatividade
poderia ser retirada das células, sem afetar a prole. Quando foram usados fagos marcados com
32
P, verificou-se que a radioatividade estava, predominantemente, dentro da célula. A cultura foi
centrifugada; as bactérias, contendo o DNA do fago, foram coletadas na parte inferior do tubo,
enquanto as partículas vazias dos fagos ficaram em suspensão.(Figura 4)
13
capítulo 1
Figura 4 – Experimento de Hershey e Chase. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética.
Editora Guanabara Koogan.
2. A ESTRUTURA DO DNA
2.1 NATUREZA QUÍMICA
O DNA ou ácido desoxirribonucléico é um polí-
mero ou molécula de cadeia longa, que possui
várias unidades individuais denominadas de
monômeros, unidas em série. Os monômeros,
também chamados de nucleotídeos, são con-
siderados as unidades básicas da molécula de
DNA, além de serem observados, compondo
os ácidos nucléicos; também desempenham
diferentes papéis na célula. O nucleotídeo está
composto por três componentes: 1- um açú- Figura 5- Componentes estruturais dos ácidos nucléicos.
car; 2- uma base nitrogenada e 3- um ácido
fosfórico. (Figura 5a)
14
capítulo 1
SAIBA MAIS
Bases nitrogenadas: compostos nitrogenados que
Figura 6 - Formação de cadeia polinucle-
são incorporados aos nucleosídeos ou nucleotídeos. otídica. Fonte: genomasur.com/lecturas/
São classificadas em púrica, com dois anéis (como Guia02-2.htm
15
capítulo 1
Um outro tipo de ácido nucléico encontrado
em células vivas é o RNA ou ácido ribonucléico,
que, do mesmo modo que o DNA, também
é um polinucleotídeo e possui um importante
papel na Genética Molecular. Apesar das gran-
des semelhanças entre DNA e RNA, podemos
destacar importantes diferenças: 1- o açúcar
no RNA é a ribose; 2- o RNA contém uracil ao
invés de timina; 3- o RNA, em geral, se apre-
senta como polinucleotídeo único; 4- os nu-
cleotídeos que se polimerizam para formar o
RNA são: adenosina 5’ trifosfato, guanosina
5’ trifosfato, citidina 5’ trifosfato e uridina 5’
trifosfato.
SAIBA MAIS
Ácido ribonucléico: ver RNA. Figura 7 – James Watson (esquerda) e Francis Crick (direita).
Fonte: www.hps.cam.ac.uk/medicine/studying.html
RNA: ácido ribonucléico - molécula sintetizada na
maioria dos organismos, a partir de um molde de
DNA.
Figura 8- Propriedades da molécula de DNA: complementaridade e polaridade inversa. Fonte: Snustad D.P. e
Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética. Editora Guanabara Koogan.
capítulo 1
3. DE QUE MODO O DNA Um dos experimentos mais interessantes den-
tro da Biologia foi o de Meselson-Stahl (1958),
E OS CROMOSSOMOS no qual foram usados isótipos de nitrogênio,
SÃO REPLICADOS? tanto na forma normal 14N quanto o 15N,
considerado nitrogênio pesado, que permitiu
3.1 REPLICAÇÃO distinguir, dentre as três propostas de repli-
SEMICONSERVATIVA cação, qual delas é realmente funcional. O
experimento consistiu no cultivo de células de
Durante a multiplicação celular, é preciso que a E. coli por várias gerações, em um meio com
molécula de DNA seja duplicada ou replicada, o nitrogênio pesado 15N, o qual foi substituído
para que as células filhas recebam a informa- pelo 14N. Após o crescimento celular em um
ção genética presente na célula mãe. Descre- meio com 14N, o DNA foi extraído e analisado
veremos, a partir de agora, como uma dupla em gradientes de transferência de densidade
hélice de DNA pode originar duas moléculas de cloreto de césio (CsCl). Os resultados mos-
filhas; o mecanismo de replicação; as enzi- traram-se coerentes com a replicação semicon-
mas envolvidas no processo de replicação e as servativa e poderão ser observados com mais
principais diferenças, quando comparamos a detalhes na Figura 10.
replicação em eucariontes e procariontes. A
característica de complementaridade das ba-
ses nitrogenadas na estrutura da molécula de
DNA possibilita que ela apresente um poten-
cial natural para replicação, pois cada um dos
seus filamentos pode ser usado como molde
para síntese de um filamento complementar.
Contudo, a maneira como se dá o processo de
replicação não é tão óbvio assim, o que levou à
proposição de várias estratégias. Dentre elas,
as mais aceitas foram: 1- replicação semicon-
servativa, na qual cada molécula-filha possui
um filamento parental e outro recém sinteti-
zado; 2- replicação conservativa, na qual uma Figura 10 – Experimento de Meselson e Stahl demonstrando a replica-
das moléculas-filhas possui dois filamentos de ção semiconservativa. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fun-
damentos de Genética. Editora Guanabara Koogan.
origem parental, e a outra possui dois filamen-
tos recém-sintetizados; 3- replicação dispersiva
consiste na produção de moléculas-filhas com 3.1.1 FORQUILHAS E ORIGENS DE
filamentos parcialmente de origem parental e REPLICAÇÃO
recém-sintetizado. (Figura 9)
O estudo da replicação em procariontes teve
início com o trabalho de Jonh Cairns em 1963,
no qual foram cultivadas células de E. coli em
meio, contendo [3H] timidina em tempos va-
riados: as células foram lisadas com cuidado,
e os cromossomos, removidos em membra-
nas de filtragem, sendo afixados em lâminas e
guardadas no escuro para posterior análise. As
auto-radiografias mostraram que os cromos-
somos de E. coli são circulares durante a re-
plicação e que os dois filamentos da molécula
parental se deselicoidizam e sofrem replicação
semiconservativa simultaneamente. Cairns su-
Figura 9- Modelos de replicação do DNA: semiconservativo, conser- geriu que a replicação ocorre a partir de um
vativo e dispersivo. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Funda-
mentos de Genética. Editora Guanabara Koogan.
ponto de origem e que prossegue unidirecio-
nalmente, em torno do círculo. Experimentos
18
capítulo 1
subseqüentes constataram que a replicação em E. coli, como em outros organismos que possuem
cromossomos lineares, é bidirecional e que cada estrutura em forma de Y consiste em uma forqui-
lha de replicação, e as duas forquilhas de replicação são movidas em sentidos opostos, até percor-
rer todo o cromossomo circular (Figura 11). Entretanto, a replicação bidirecional não é universal,
como observado no colifago P2, que apresenta replicação unidirecional.
Figura 11- Replicação bidirecional em procariontes. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de
Genética. Editora Guanabara Koogan.
capítulo 1
Figura 12- Atividades da DNA polimerase I de E. coli. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética. Editora
Guanabara Koogan.
6. DNA ligase, enzima que catalisa o fecha- são complementares e que apresentam pola-
mento covalente de cortes nas moléculas ridade oposta, a polimerização deve ocorrer
de DNA, através da energia de nicotidami- na extremidade 5’ de um filamento (amplia-
na adenina dinucleotídeo (NAD) ou adeno- ção 3’-5’) e na extremidade 3’ do outro fila-
sina trifosfato (ATP); mento (ampliação 5’-3’). Sabendo ainda que
todas as DNAs polimerases precisam de uma
Além das enzimas relacionadas acima, outros extremidade 3’OH livre, para realizar a síntese
tipos de enzimas participam da replicação do polinucleotídeo (sentido 5’-3’), é possível
como, por exemplo, as proteínas DNA A, DNA perceber que estamos diante de um paradoxo,
B, DNA C, DNA T, DNA J, DNA K, Pri A, Pri B, o qual só foi resolvido a partir da descoberta
Pri C e HU, todas participantes do processo de de que a síntese de um filamento de DNA é
iniciação da replicação e da formação das for- contínua (sentido 5’-3’), enquanto a do outro
quilhas bidirecionais. é descontínua (sentido 3’–5’), ou seja, apesar
dos filamentos de DNA estarem sendo ampli-
3.3 COMPLEXO MECANISMO ficados em sentido físicos opostos, eles estão
DE REPLICAÇÃO sendo ampliados no sentido químico 5’- 3’. A
síntese do filamento descontínuo se dá através
Estudos de auto-radiografia e microscopia da síntese de fragmentos curtos (sentido 5’-
eletrônica revelaram que a síntese dos dois 3’), os quais foram denominados fragmentos
filamentos-filhos se dá na mesma direção, em de Okasaki em homenagem ao pesquisador,
ambas as forquilhas de replicação. Conside- que os descobriu na década de 1960. Como
rando que os filamentos da molécula de DNA a síntese do filamento descontínuo gera vários
20
capítulo 1
capítulo 1
helicase, denominado primossomo. O primos- na várias unidades teloméricas repetidas, que
somo é ativado pela energia do ATP e move-se servirão de molde para que a DNA polimerase
pelo filamento. A DNA polimerase III sinteti- complete a síntese do filamento complementar.
za os filamentos-filhos. No caso do filamento
descontínuo, após a síntese dos fragmentos de Para melhor compreensão da replicação aces-
Okasaki, os primers são retirados, e a DNA po- sem o aplicativo GBOL material genético http://
limerase I preenche os gaps através da síntese www.ufv.br/dgb/gbol/htm/gbol23.htm. Nele
de DNA. Logo em seguida, os fragmentos são vocês poderão, de forma dinâmica, percorrer
unidos pela DNA ligase. A DNA polimerase II todos os passos de mecanismo de replicação.
atua na correção de possíveis erros durante a
síntese dos filamentos-filhos. Imediatamente Desafio da FIX: Vocês
após a replicação de um segmento de DNA, podem tentar reavaliar
este é superelicoidizado negativamente pela os principais conceitos
topoisomerase girase, sendo posteriormente da Genética mendelia-
dobrado e condensado no genoma. Todas as na e da Genética mole-
enzimas citadas acima atuam de forma coor- cular através da elabo-
denada, em cada forquilha de replicação. O ração de um mapa de
aparato completo, que se move na forquilha conceito. Para tal, aces-
de replicação, é chamado de replissomo. sem www.sbg.org.br/
GeneticaEscola2/web/
SAIBA MAIS vol1Num2htm - Men-
del enrolado na dupla
Renaturação: conversão do DNA do estado de fita hélice.
única para o de fita dupla, após desnaturação.
ção do DNA envolve um complexo de enzimas com papéis específicos que visa à ma-
nutenção da integridade genética nas moléculas-filhas. A seguir, citamos algu-
mas dessas enzimas, e você deverá relacioná-las com as funções correspondentes.
4. Sabemos que as descobertas científicas resultam de pesquisas realizadas com muito rigor
e dedicação, muitas das quais levam anos para serem concluídas. É importante e necessário
conhecermos os trabalhos de tantos cientistas que fizeram e fazem com que a ciência se
desenvolva e traga benefícios para o nosso planeta. A seguir, relacionamos algumas etapas
de experimentos ou deduções que favoreceram o crescimento na área da biologia molecular.
1. As cepas de Bactérias tipo IIR foram transformadas em tipo IS. ( ) Watson e Crick
O princípio transformante é o material genético.
2. A digestão do DNA com desoxirribonuclease destruiu total- ( ) Maurice Wilkins e
mente a capacidade transformadora. O princípio transforman- Rosalind Franklin
te é o DNA.
3. Amostras de DNA e proteínas foram marcadas respectivamente, ( ) Frederick Griffith
com os radioisótopos 32P e 35S. Mais de 80% do 32P estavam
presentes no pellet da bactéria. O material genético é o DNA.
4. Deduziram que o DNA existe na forma de dupla hélice. ( ) Avery, MacLeod e
McCarty
5. A análise por difração de raios X indica que o DNA é uma mo- ( ) Alfred Hershey e
lécula helicoidal. Marta Chase
capítulo 2
Expressão Gênica,
Mutação e Reparo
do DNA
Profa. Rita de Cássia de Moura Carga Horária I 15H
Colaboradoras: Profa. Marília de França Rocha
Profa. Maria Teresa Marquim Nogueira Cornélio
INTRODUÇÃO
Iniciaremos nosso estudo conceituando
genes, descrevendo seus modos de orga-
nização e de expressão, ou seja, como os
genes expressam sua informação biológica
e a disponibilizam à célula. Veremos, ain-
da, as possíveis alterações que ocorrem na
sequência de nucleotídeos da molécula de
DNA e as diferentes formas de correção ou
reparo.
OBJETIVOS ESPECÍFICOS
• Comparar o processo de transcrição em
procariontes e eucariontes;
24
capítulo 2
• Descrever o processo de tradução; A maior parte dos genes está distribuída alea-
toriamente e de forma intercalar ao longo da
• Distinguir os diferentes tipos de mutação; extensão de uma molécula de DNA. Contu-
do, em alguns casos, os genes encontram-se
• Identificar os mecanismos de reparo da agrupados separadamente, organizados em
molécula de DNA. grupos de genes que possuem unidades de
informações biológicas correlacionadas. São
exemplos de grupos de genes, os operons e
1. TRANSMISSÃO DA as famílias multigênicas. Operons consistem
em um grupamento de genes, que codificam
INFORMAÇÃO uma série de enzimas participantes de uma via
BIOLÓGICA bioquímica. Este tipo de grupamento é carac-
terístico de bactérias. Por outro lado, em dife-
1.1 GENES E INFORMAÇÃO rentes organismos, podemos observar famílias
BIOLÓGICA multigênicas, nas quais os genes também se
encontram correlacionados, e que, apesar de
Um gene consiste em um segmento de uma serem distintos, possuem sequências idênticas.
molécula de DNA, com comprimento variável, Existem dois tipos de famílias multigênicas:
que transporta a informação biológica. A in-
formação está contida no gene, sob a forma 1. Família multigênica simples, na qual todos
de instruções, as quais orientarão a síntese de os genes são idênticos. A maioria dos or-
uma molécula de RNA, que poderá ou não ganismos superiores possui esse tipo de fa-
subseqüentemente orientar a síntese de uma mília, como, por exemplo, as cópias múlti-
molécula de proteína. plas do gene RNAr 5S (Figura 2a).
A informação biológica de um gene é lida em, 2. Família multigênica complexa são grupos
apenas, um dos dois polinucleotídeos da du- de genes similares, embora não idênticos,
pla hélice, o como, por exemplo,
qual é chama- os genes dos polipep-
do filamento tídios da globina em
molde (direção vertebrados. A família
3’5’), que serve multigênica da globi-
de modelo para na possui ainda pseu-
a síntese de dogenes (ψ), que são
uma molécula genes muito parecidos
complementar com os outros genes
de RNA duran- da família, embora te-
te a transcrição nham perdido sua fun-
(Figura 1). ção (Figura 2b).
SAIBA MAIS
Família multigênica: conjun-
to de genes que descendem
de um gene ancestral co-
mum, que sofreu duplicação
e divergência; grupo de ge-
nes que codificam produtos
homólogos com funções se-
melhantes.
capítulo 2
Baltimore descobriram que, em alguns vírus, a
informação biológica pode ser transferida do
RNA para o DNA (Figura 3).
SAIBA MAIS
Éxons: segmento de um gene mantido após o pro-
cessamento e traduzido nos ribossomos.
capítulo 2
seu estado. Uma outra característica do alon-
gamento refere-se à velocidade da transcrição,
a qual é variável. Verificamos, ainda, que o
transcrito produzido é maior que o gene, pois
uma sequência inicial ou transcrito líder que
antecede o gene também sofre transcrição
bem como uma região posterior ao gene e an-
terior ao término da transcrição.
SAIBA MAIS
Palíndromos: sequência de DNA cuja sequência complementar é a mesma, lida de forma equivalente em ambas as
direções.
Figura 8- Transcrição: término; liberação do RNA através de haste-alça ou grampo. Fonte: Snustad D.P. e
Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética. Editora Guanabara Koogan.
capítulo 2
Inicialmente, vamos discutir as modificações químicas nas extremidades do RNAm, as extremida-
des 5’ são revestidas por uma estrutura complexa m7GpppNpN, onde m7G é o nucleotídeo, que
transporta a base modificada 7-metilguanina, e que é adicionado à molécula de RNAm após a
transcrição. Na extremidade 3’ da maioria dos RNAsm de eucariontes, é adicionada cerca de 250
nucleotídeos A, formando uma cauda denominada cauda poli (A): ...pNpNpA(pA)npA. Este tipo
de modificação é chamado poliadenilação e é produzido pela enzima poli (A) polimerase (Figura
9). Um outro tipo de modificação consiste na remoção de íntrons e reunião de éxons, antes que
ocorra a tradução. Este processo, denominado de recomposição (splicing), é considerado com-
plexo e ocorre em genes descontínuos (Figura 10).
SAIBA MAIS
Poliadenilação: adição de sequência de resíduos de adenina à extremidade 3’ de um pré RNAm (RNA heterogêneo),
em eucariotos.
ta à demanda celular.
Pesquisa da Fix: Existem
outros tipos de RNA,
como, por exemplo, o
pequeno nuclear e o
RNA de interferência.
Este último descoberto
no início dos anos 2000.
Aproveite este momen-
to, em que sua curiosi-
Figura 11- RNAs ribossomais (RNAr) e proteínas na formação dade está aguçada e pesquise sobre o papel
dos ribossomos. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001)
Fundamentos de Genética. Editora Guanabara Koogan.
dos RNAs pequeno nuclear e de interferência
31
capítulo 2
na célula. tofano, possuem mais de um códon;
2.3 CÓDIGO GENÉTICO 2. é considerado não-ambíguo, ou seja, uma
trinca só pode codificar um aminoácido;
A descrição completa do código genético só 3. sem superposição, isto é, uma dada base
foi determinada no ano de 1966, quando se pertence a uma só trinca;
elucidou a colinearidade entre o gene e apro- 4. é contínuo, não existindo espaçamento
teína e a correspondência entre cada códon do entre os códons;
código a uma trinca de nucleotídeos. A partir 5. o código é quase universal, pois códigos
daí, foi possível conhecer as características do fora do padrão foram observados em ge-
código, dentre elas: nes mitocondriais de Drosophila, fungos e
leveduras;
1. o código é redundante, no qual todos os 6. o código contém códons de pontuação
aminoácidos, exceto a metionina e o trip- dos tipos códons de iniciação (AUG - me-
tionina) e finalização (UAA, UGA e UAG)
Tabela 1 - Código Genético. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética. Editora Guanabara Koogan.
o RNAm e o polipeptídeo por meio do reconhecimento do códon correto e da ligação a ele. A alça
anticódon do RNAt liga-se a ele através do pareamento de bases, pois é complementar ao códon.
Da mesma forma que a transcrição, a tradução também apresenta três etapas: início, alongamen-
to e término. Como exemplo do processo de tradução, veremos as etapas em E. coli. No início,
a subunidade menor do ribossomo (30S) se ligará a uma molécula de RNAm em um ponto es-
pecífico (5’-AGGAGGU-3’), antecedente ao códon de início do gene. Esta sequência é chamada
sequência de Shine-Dalgarno. Logo após a localização do sítio de início, a subunidade migra até
encontrar o códon AUG, que corresponde ao códon de início da tradução. Quando um RNAt
associado à metionina é formilado (fmet) e forma pares de bases com o códon de iniciação locali-
zado na subunidade 30S, declaramos que foi formado o complexo de iniciação. Participam, ainda,
da formação desse complexo alguns fatores de iniciação (IF1, IF2, IF3) (Figura 13).
Figura 13 – Início da Tradução- fatores de iniciação (IF1, IF2, IF3). Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J.
(2001) Fundamentos de Genética. Editora Guanabara Koogan.
capítulo 2
cessários (EF-Tu, EF-Ts) para a entrada do aminoacil RNAt no sítio A. Após a ocupação dos dois sítios,
ocorrerá uma ligação peptídica entre o grupamento carboxila do fmet e o grupamento amino do se-
gundo aminoácido. A enzima que catalisa esta reação é a peptidil transferase. O ribossomo desliza
ao longo do RNAm, de modo que o RNAt a-a se encaixe no sítio P e o RNAtfmet se dissocie do sítio
A, liberando-o, para que outro RNAt aminoacetilado possa penetrar no sítio A. Esse processo é
chamado de translocação, repetindo-se várias vezes, durante o ciclo de alongamento (Figura 14).
Figura 14- Alongamento da tradução. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética. Editora Guanabara Koogan.
34
capítulo 2
Figura 14- Alongamento da tradução. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética. Editora Guanabara
Koogan.
Na etapa de término da tradução, um dos três nesse processo. Após a ação desses fatores
códons finalizadores (UAA, UAG ou UGA) se e liberação do polipeptídio, o complexo de
apresenta ao sítio A. Um dos dois fatores de tradução é desfeito, as subunidades do ribos-
liberação (RF1 ou RF2) entra no sítio A e cliva o somo se separam, e os fatores são liberados
polipeptídio a partir do RNAt final. Um terceiro (Figura 15).
fator (RF3) desempenha um papel secundário
35
capítulo 2
Figura 15- Término da tradução. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética. Editora
Guanabara Koogan.
Mutação é uma alteração do material gené- A mutação pode ser denominada de mutação
tico de células (ou vírus), podendo ocorrer de ponto (Figura 16a), quando ocorre a subs-
no genoma, nos cromossomos ou no gene. tituição de um nucleotídeo por outro. Pode ser
Geralmente, quando nos referimos à muta-
classificada de transição, por exemplo, quando
ção, estamos tratando de uma alteração em
ocorre a substituição de uma purina por ou-
um único gene, conhecida como mutação de
tra purina (A « G) ou de uma pirimidina por
ponto ou gênica.
outra pirimidina (T « C). Pode ainda ser uma
Uma mutação é uma pequena alteração na transversão, se a alteração for de uma purina
molécula de DNA, a qual pode ocorrer duran- para uma pirimidina ou vice-versa (A ou G «
te o processo de replicação, podendo ou não T ou C). São verificadas, ainda, mutações do
ser corrigida. Quando o erro não é corrigido, tipo inserção ou deleção, nas quais ocorre a
ocorre o mau pareamento entre os filamentos adição ou remoção de um par ou vários pares
da molécula filha, promovendo a formação de bases. Existe ainda a inversão, que consis-
de moléculas-netas diferentes, uma apresen- te na retirada de uma sequência da molécula
tando a sequência correta de nucleotídeos, de DNA e sua reintegração na mesma posição,
enquanto a outra apresenta uma mutação. porém invertida.
As mutações podem ser neutras ou graves,
por isso, para minimizar os problemas que SAIBA MAIS
podem advir das mutações, os organismos
possuem mecanismos de reparo do DNA, os Mutação de ponto: alteração em um loco gênico es-
pecífico, podendo ser ocasionada por substituição,
quais corrigem o mau pareamento e as pos- inserção ou deleção de uma única base (ou poucas).
síveis alterações.
Mutação silenciosa: aminoácidos equivalentes fun-
As mutações podem ocorrer dentro de um cionalmente podem substituir-se reciprocamente, e,
gene ou em regiões intergênicas. Se a muta- assim, o produto mutante funciona como o original.
ção ocorrer em um gene, ela pode alterar o Transição: substituição de base púrica por púrica ou
produto gênico e provocar uma alteração de pirimídica por pirimídica.
fenótipo. Contudo, se a mutação ocorrer em
uma região intergênica, ela provavelmente Transversão: substituição de base púrica por pirimídi-
ca ou vice-versa.
não terá efeito sobre a célula e será denomina-
da de silenciosa.
37
capítulo 2
Figura 16- Tipos de mutação. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética. Editora Gua-
nabara Koogan.
exemplos de mutantes foram observados em ou seja, faz com que as bases se juntem, origi-
E. coli, dentre eles, os mutantes dos tipos au- nando deleções durante a replicação do DNA.
xotróficos, condicional-letais, sensíveis à tem-
peratura, resistentes a antibióticos e mutantes Você sabia que o câncer é uma doença genéti-
regulatórios. ca, embora nem sempre seja hereditário ?
capítulo 2
Bloom, a Pancitopenia de Fanconi e a Atalaxia-
-telangiectasia. Para ter acesso a informações
3. Utilize a tabela do código genético para
citar duas seqüências diferentes do RNAm
sobre essas doenças, utilize o site de busca: que podem codificar a seguinte seqüência
http://www.google. de aminoácidos: Arginina – Glicina – Histi-
dina – Aspartato – Alanina.
REFERÊNCIAS
LEITURA FUNDAMENTAL
LEITURA COMPLEMENTAR
SITES
http://www.ufv.br/dgb/gbol
www.sbg.org.br/GeneticaEscola2/web/vol-
2Num1.htm
http://www.google
41
capítulo 3
Genética de Vírus e
Bactérias, Técnicas de
Genética Molecular e
suas Principais Aplicações
INTRODUÇÃO
Estudaremos os vírus, que constituem a
mais simples forma de vida, e as bactérias
sob os seguintes aspectos: ciclo de vida,
organização genômica e recombinação. Es-
tes conhecimentos permitirão uma melhor
compreensão da variabilidade genética bem
como contribuirão para o melhor entendi-
mento das metodologias adotadas na bio-
logia molecular.
OBJETIVOS ESPECÍFICOS
• Comparar os ciclos de vida dos bacterió-
fagos;
1. VÍRUS
Os vírus são biologicamente tão simples que
alguns pesquisadores consideram que eles não
são organismos, embora hoje concordem que
são parasitos ultracelulares permanentes; que
a maioria depende da maquinaria enzimática
da célula hospedeira para replicar e transcrever
seus genes e que necessitam dos ribossomos e
do aparato de tradução do hospedeiro. Quan-
to a sua origem, considera-se que o fato de
eles dependerem da célula hospedeira, seja ela
bacteriana ou eucariótica, indica que os vírus
evoluíram depois do aparecimento da célula,
provavelmente a partir de segmentos de DNA
ou RNA, os quais teriam adquirido a capacida-
de de se replicar independente do genoma da
célula hospedeira.
SAIBA MAIS
Bacteriófagos (fagos) – vírus que infecta bactérias.
capítulo 3
ciclo dura 22 minutos e é encerrado quando o fago codifica uma enzima chamada lisozima, a
qual junto com outras proteínas rompe a bactéria hospedeira e libera cerca de 100 a 300 fagos
da prole (Figura 2).
Figura 2 - Ciclo lítico. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética. Editora Guanabara Koogan.
O fago λ , como a maioria de outros fagos temperados, pode seguir o ciclo lítico, embora freqüen-
temente utilize o ciclo lisogênico, cuja diferença básica consiste na integração do genoma do fago
ao DNA hospedeiro. Logo após a entrada do DNA do fago na bactéria, ocorre a integração, e o
bacteriófago passa a ser chamado de profago. A integração ocorre devido ao processo de recom-
binação, que é possível graças a uma pequena região (cerca de 15pb) idêntica entre a molécula
de DNA do fago e o genoma de E. coli.
O profago integrado pode permanecer na molécula hospedeira, por muitas gerações da célula.
Ele pode ser induzido por estímulos químicos ou físicos a assumir o ciclo lítico. Para que isso ocor-
ra, é necessária uma segunda recombinação, que excisa o genoma do fago do DNA hospedeiro.
O DNA do fago se replica, as proteínas de revestimento são sintetizadas, a célula se rompe, e os
novos fagos λ são liberados (Figura 3).
44
capítulo 3
Figura 3- Ciclo lisogênico. Fonte: Pierce, B.A. (2004) Genética um enfoque conceitual. Editora Guanabara Koogan.
capítulo 3
nação entre o cromossomo de uma linhagem Quadro 1: Critérios para o reconhecimento
doadora com o cromossomo de uma linhagem dos três processos parassexuais.
receptora, de forma unidirecional. Como não Processo de Critério: Critério: sensibi-
há processo meiótico em procariontes, devido recombinação Contato celular lidade à DNase
à ausência de citoesqueleto, a recombinação Transformação Não Sim
não é necessariamente recíproca. Uma bacté- Conjugação Sim Não
ria contém um cromossomo, em geral circular, Transdução Não Não
o qual possui milhares de genes. Pode ter, ain-
da, elementos extracromossômicos denomina-
dos plasmídeos. Contudo, se a DNase estiver presente no meio
de cultura do tubo em U, e ainda assim ocorrer
SAIBA MAIS recombinação, é porque o processo envolvido
é do tipo transdução.
Plasmídeo – DNA circular extracromossômico encon-
trado em bactérias, possui capacidade de auto-repli-
2.1.2 TRANSFORMAÇÃO
cação e serve como vetor de clonagem.
2.1.3 CONJUGAÇÃO
capítulo 3
Pesquisa da FIX: além
dos fatores F+ e F-, exis-
te o fator F’, pesquise
um pouco sobre esse
fator e compare-o com
os fatores F+ e F-.
2.1.4 TRANSDUÇÃO
Figura 7- Transdução especializada e generalizada. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de
Genética. Editora Guanabara Koogan.
48
capítulo 3
Figura 8- Genoma de Escherichia coli. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética. Editora Guanabara Koogan.
capítulo 3
3.2 TÉCNICAS USADAS 3.2.2 MOLÉCULAS DE DNA RECOMBINANTES
PARA CLONAGEM O fato da enzima de restrição cortar um par
específico de nucleotídeos, independente do
3.2.1 ENZIMAS DE RESTRIÇÃO (RES) organismo (fago, humano, camundongo,
mosca, etc), permite que sejam produzidos
Para que se possa clonar e sequênciar qualquer fragmentos com as mesmas extremidades,
gene de interesse, é fundamental o uso de en- ou seja, complementares, seja qual for à
zimas de restrição, as quais são produzidas por origem do DNA. Esses fragmentos oriundos
microorganismos e possuem a capacidade de de distintos organismos podem ser fusio-
reconhecer sequências diferentes de nucleotí- nados, gerando uma molécula de DNA re-
deos no DNA. As REs cortam a molécula de combinante (Figura 9). Após a produção do
DNA apenas em sequências específicas ditas DNA recombinante, é necessário agora que ele
sítios de restrição (ver Quadro 2). A nomen- seja amplificado, isto é, que sejam produzidas
clatura usada para determinar o tipo de REs, muitas cópias ou clones desta molécula. Para
baseia-se na espécie de microorganismo que a que isto ocorra, é preciso que a molécula de
produziu, como, por exemplo, a endonuclease DNA recombinante seja inserida em um vetor
de restrição EcoRI. A primeira letra se refere a de clonagem, o qual é auto-replicante, como,
inicial do gênero (Escherichia), e as demais, ao por exemplo, plasmídeos. Como já sabemos,
início do nome da espécie (coli), seguido da os plasmídeos são moléculas de DNA extracro-
linhagem bacteriana (R) e da referência ao fato mossômico presentes em microorganismos.
de ter sido a primeira enzima de restrição iden- O seu tamanho varia de 1kb (= 1.000pb) a
mais de 200kb. Além dos plasmídeos, outros
tificada nesta linhagem (I).
vetores são usados de acordo com suas ca-
SAIBA MAIS racterísticas e capacidade de inserto, sendo os
principais tipos: bacteriófagos, cosmídeos e
DNA recombinante – DNA sintetizado artificialmente, cromossomos artificiais.
onde uma sequência específica de DNA de um orga-
nismo é inserido no genoma de outro.
capítulo 3
Desafio da FIX: visite o carga por unidade de massa essencialmente
site da Sociedade Brasilei- constante, elas se separam em géis de agarose
ra de Genética e consulte ou acrilamida com base em seu tamanho ou
a prática de DNA recom- conformação. São feitas cavidades em uma
binante (Enzima de res- extremidade do gel, onde são depositadas as
trição), Octavio Henrique amostras de DNA, e é passada uma corrente
de O. Pavan. http://www. elétrica no gel. Os fragmentos de DNA migram
sbg.org.br/GeneticaEsco- para extremidade positiva do gel. Isso ocorre,
la2/web/Vol1Num2.htm porque o grupo fosfato de cada nucleotídeo
da molécula de DNA tem carga negativa. Após
3.3 ANÁLISE MOLECULAR DE a eletroforese, os fragmentos são separados
ÁCIDOS NUCLÉICOS E pelo tamanho e são observados como bandas
GENES a partir de sua revelação por corantes espe-
cíficos, como o brometo de etídio. Alternati-
3.3.1 ELETROFORESE vamente também se pode usar um marcador
radioativo ou químico (Figura 12). A eletrofo-
A eletroforese é usada para separação de ma- rese em gel é usual em experimentos de DNA
cromoléculas com tamanhos e cargas dife- recombinante.
rentes. Como as moléculas de DNA possuem
Figura 12 - Eletroforese. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética. Editora Guanabara Koogan.
52
capítulo 3
3.3.2 ANÁLISE DE DNA POR HIBRIDIZAÇÃO E náilon (Figura 13). O DNA é desnaturado an-
TRANSFERÊNCIA DE SOUTHERN tes da transferência, colocando-se o gel numa
solução alcalina. Após a transferência, o DNA
Esta técnica permite localizar genes e sequên- é imobilizado na membrana por secagem ou
cias de DNA em fragmentos de restrição sepa- radiação UV e identificado por uma sonda ra-
rados por eletroforese em gel, em particular, dioativa de DNA, a qual será hibridizada à se-
pela transferência das moléculas de DNA do quência de interesse, cuja sequência de nucle-
gel para uma membrana de nitrocelulose ou otídeos é complementar à sequência da sonda.
Figura 13 - Transferência de Southern. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética. Editora Guanabara
Koogan.
capítulo 3
3’-OH livre para a ampliação, e o DNA genômico desnaturado fornece o molde. A polimeri-
zação é feita a 70-72°C por 1,5 minuto (Figura 14). O procedimento é repetido muitas vezes,
até que se obtenha o nível de amplificação desejada.
SAIBA MAIS
Oligonucleotídeos – molécula curta de DNA (cerca de 8 a 50 pb), usualmente utilizada como sonda.
Primers – pequeno oligonucleotídeo de uma sequência definida que se liga a um molde de DNA, para dar início à
replicação (sintetizado pela primase) ou à reação em cadeia da polimerase (sintetizado artificialmente).
capítulo 4
Regulação da
Expressão Gênica
em Procariontes
e Eucariontes
INTRODUÇÃO
A totalidade de genes de uma célula repre-
senta uma grande quantidade de informação
biológica, a qual não é requisitada, integral-
mente e a todo tempo, pela célula. Entretan-
to, alguns genes permanecem sempre ativos,
como, por exemplo, genes de RNA e de pro-
teínas ribossomais, RNA polimerase e histo-
nas, dentre outros. Os genes que codificam
produtos desse tipo e que são continuamen-
te expressos são denominados genes consti-
tutivos (mantenedores). Entretanto, o mais
freqüentemente observado é a atividade de
genes, de acordo com a necessidade da cé-
lula, fazendo com que algumas informações
biológicas sejam necessárias, o que determina
a expressão de alguns genes. De um modo
geral, podemos dizer que os organismos são
capazes de regular a expressão de seus ge-
nes. A regulação gênica pode ocorrer em cin-
co níveis principais. São eles: transcricional,
processamento do RNA, estabilidade do RNA,
traducional e pós-traducional. Abordaremos,
prioritariamente, neste capítulo, tanto para
procariontes como eucariontes, o nível mais
comum de regulação gênica, o transcricional.
56
capítulo 4
capítulo 4
Figura 1 - Mecanismos de controle positivo e negativo nos sistemas indutíveis e repressíveis. Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Funda-
mentos de Genética. Editora Guanabara Koogan.
A B
Figura 3 - Operons indutíveis (a) e repressíveis (b). Fonte: Snustad D.P. e Simmons M.J. (2001) Fundamentos de Genética. Editora Guanabara
Koogan.
capítulo 4
mas codificadas pelo operon lac, sabemos que a β-galactosídeo permease bombeia a lactose para
o interior da célula e que a β-galactosidade quebra a lactose em glicose e galactose. O papel da
transacetilase não é bem conhecido.
1.2.1.1 INDUÇÃO
capítulo 4
choque térmico observadas na Drosophila me- RNAm, que codifica uma proteína reguladora,
lanogaster e, em muitos outros organismos, a proteína SXL. A presença dessa proteína em
as quais têm sua expressão regulada através embriões regula a expressão de um conjunto
do estresse provocado pelo calor, que induz de genes, fazendo com que esses embriões
a transcrição de genes, que codificam estas se desenvolvam como fêmeas. Contudo, nos
proteínas. Em D. melanogaster, por exemplo, machos (XY), ocorre a recomposição alternati-
a proteína de choque térmico HSP70 (peso va do transcrito Sxl, com inclusão de um éxon
molecular de 70 quilodáltons) é codificada com códon finalizador, levando à produção de
quando a temperatura excede 33°C. A trans- um polipeptídio sem função reguladora, de
crição induzida pelo calor é mediada por um modo que, em embriões XY, na ausência da
polipeptídio denominado fator de transcrição proteína SXL, um conjunto diferente de genes
Heat-Shock (ou de choque térmico). Quando é expresso, fazendo com que os embriões se
a mosca é estressada pelo calor, esses fatores desenvolvam como machos (Figura 6).
de transcrição são quimicamente alterados por
fosforilação e associam-se a elementos de res- SAIBA MAIS
posta heat-shock, promovendo o estímulo da
transcrição dos genes hsp70 (Figura 5). Recomposição alternativa – formas alternativas de re-
moção de íntrons e reunião de éxons na geração de
RNAm maduro, a partir do transcrito primário, pos-
sibilitando a formação de diferentes polipeptídeos
oriundos de um mesmo gene.
CROMOSSÔMICA
Quanto à inativação aleatória de um dos cro-
Organismos, cujos mecanismos de determina- mossomos X de fêmeas de mamíferos, esta
ção sexual são do tipo XX/XY ou XX/XO, preci- tem início em um sítio chamado centro de
sam usar estratégias para equalizar a atividade inativação do X (XIC) e, a partir deste ponto,
dos genes ligados ao cromossomo X nos dois se propaga em sentidos opostos para as ex-
sexos. Para exemplificar diferentes tipos de ati- tremidades do cromossomo. Entretanto, nem
vação e inativação do cromossomo X, vamos todos os genes do cromossomo X inativado
estudar a hiperativação do X em Drosophila e são silenciados, como, por exemplo, o gene
a inativação do X em fêmeas de mamíferos. XIST, que se encontra dentro do XIC. O gene
XIST codifica um RNA funcional, que reveste
A compensação de dose gênica em Drosophila gradativamente o cromossomo X, reprimindo
requer a ação de quatro genes diferentes, os a maioria dos genes do X inativo (Figura 7b).
quais são chamados de msl, e seus produtos, É importante destacar que no mecanismo de
63
capítulo 4
compensação de dose em mamíferos, o X que tes, exemplificado através do operon lac-
permanece ativo é paradoxalmente o que re- tose de E.coli.
prime o seu gene XIST.
I - Quando a proteína repressora liga-se
ao gene operador, a RNA polimerase liga-
REVISANDO -se ao gene promotor dando início ao pro-
cesso de transcrição e, conseqüentemente,
CONHECIMENTOS dando início à formação das três enzimas
necessárias ao metabolismo da lactose.
1. No modelo do operon, a principal função II - A RNA polimerase, após se ligar ao gene
do gene promotor é:
promotor, realiza o processo da transcrição
a) produzir uma proteína repressora dos três genes estruturais, envolvendo as
b) ser o sítio de ligação para a molécula regiões denominadas de íntrons e éxons.
indutora. III - O gene promotor corresponde a uma
c) ser o sítio de ligação para a RNA poli- sequência de nucleotídeos na qual a RNA
merase. polimerase reconhece e se encaixa para
d) produzir uma proteína acentuadora. dar início a transcrição.
2. Você tem conhecimento de que, nas mu- IV - O operon Lac contém um promotor (P),
lheres, um dos cromossomos X sofre pro- um operador (O) e três genes estruturais: o
cesso de inativação, tornando-se quase gene lacZ que codifica a β-galactosidase; o
todo heterocromático. Sobre esse proces- lacY que codifica a β-galactosídeo perme-
so, analise as afirmativas abaixo e identifi- ase e o lacA que codifica a β-galactosídeo
que as corretas. transacetilase.
REFERÊNCIAS
LEITURA FUNDAMENTAL
LEITURA COMPLEMENTAR
SITES
www.whfreeman.com/pierce