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A Biologia Comparada utiliza algumas evidências indiretas para que se possa reconhecer
estruturas homólogas em organismos diferentes. Ela se baseia em três critérios distintos:
O fato de duas estruturas serem homólogas não significa que elas tenham que ser idênticas ou
parecidas. Isso porque estruturas homólogas podem ser iguais ou diferentes entre si. Esse conceito
surgiu no Século XIX e naquela época, as estruturas de indivíduos diferentes que se assemelhavam
em relação à forma e à posição anatômica, mesmo não desempenhando a mesma função, eram
consideradas estruturas homólogas. Em indivíduos diferentes, as estruturas que desempenhavam a
mesma função, assemelhando-se ou não em forma, mas que ocupavam posição anatômica diferente,
eram denominadas de estruturas análogas. Estrutura refere-se a qualquer parte do corpo, desde que
tenha base genética. Caráter é a modificação ocorrida em uma estrutura homóloga em diferentes
organismos, é uma novidade evolutiva ocasionada por uma mutação.
Obs: Uma apomorfia, em um determinado nível pode ser considerada uma plesiomorfia em outro
nível.