870230102292

21/11/2023 16:37

29409162312386638

Pedido nacional de Invenção, Modelo de Utilidade, Certificado de Adição de Invenção e entrada na fase
nacional do PCT

Número do Processo: BR 11 2023 024320 3

Dados do Depositante (71)

Depositante 1 de 1

Nome ou Razão Social: THE BOARD OF TRUSTEES OF THE LELAND STANFORD

JUNIOR UNIVERSITY
Tipo de Pessoa: Pessoa Jurídica

CPF/CNPJ: US0019034656

Nacionalidade: Norte Americana

Qualificação Jurídica: Pessoa Jurídica

Endereço: Office of the General Counsel Building 170, 3rd Floor, Main Quad,
P.O. Box 20386, Stanford, CA 94305-2038
Cidade:

Estado:

CEP:

País: Estados Unidos da América

Telefone:

Fax:

Email: brj@clarkemodet.com.br

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21/11/2023 às 16:37, Petição 870230102292

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 1/28

 Dados do Pedido

Natureza Patente: 11 - Patente de Invenção (PI) via PCT

Título da Invenção ou Modelo de SEQUENCIADOR VOLUMÉTRICO IN SITU DE ÚLTIMA GERAÇÃO

Utilidade (54):
Resumo: Um sequenciador para sequenciamento in situ automatizado de
amostras volumétricas de tecido é fornecido. Em particular, é
fornecido um dispositivo de sequenciação volumétrica in situ
automatizado capaz de operar em várias amostras em paralelo.
Métodos de fabricação e uso do sequenciador também são
fornecidos.
Número do Depósito PCT: US2022 030232

Data do Depósito PCT: 20/05/2022

Dados da Prioridade do Depósito

Declaro que os dados identificadores fornecidos no presente formulário são idênticos ao da

certidão de depósito ou documento equivalente do pedido cuja prioridade está sendo reivindicada.

Tipo da Prioridade: Data Prioridade: Número Prioridade: Pais Prioridade: Código DAS:
ESTADOS UNIDOS
Prioridade Unionista (30) 21/05/2021 63/191,460
DA AMÉRICA
Dados do Procurador

Procurador:

Nome ou Razão Social: Flávia Salim Lopes

Numero OAB:

Numero API: 488

CPF/CNPJ: 02341292712

Endereço: Rua do Passeio, 38, Setor 1 - 14º andar, Centro

Cidade: Rio de Janeiro

Estado: RJ

CEP: 20021-290

Telefone: (21)3223-9500

Fax: (21)3223-9501

Email: flopes@clarkemodet.com.br

Escritório:
Nome ou Razão Social: Clarke, Modet Propriedade Intelectual Ltda.

CPF/CNPJ: 33033101000118

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 Dados do Inventor (72)
Inventor 1 de 2

Nome: KARL A DEISSEROTH

CPF:

Nacionalidade: Norte Americana

Qualificação Física: Outras ocupações não especificadas anteriormente

Endereço: 720 Alvarado Row, California 94305

Cidade: Stanford

Estado:

CEP:

País: ESTADOS UNIDOS DA AMÉRICA

Telefone:

Fax:

Email:

Inventor 2 de 2

Nome: ETHAN B RICHMAN

CPF:

Nacionalidade: Norte Americana

Qualificação Física: Outras ocupações não especificadas anteriormente

Endereço: 88 Redwood Terrace Road, California 94062

Cidade: Woodside

Estado:

CEP:

País: ESTADOS UNIDOS DA AMÉRICA

Telefone:

Fax:

Email:

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21/11/2023 às 16:37, Petição 870230102292

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 Documentos anexados

Tipo Anexo Nome

Comprovante de pagamento de GRU 200 2023_33339 GRU DEP.pdf

Procuração 2023_33339 POA.pdf

Prioridade 2023_33339 PRIO.PDF

Prioridade 2023_33339 PRIO TRAD.pdf

Reivindicação 2023_33339 REIV.pdf

Resumo 2023_33339 RES.pdf

Acesso ao Patrimônio Genético

Declaração Negativa de Acesso - Declaro que o objeto do presente pedido de patente de invenção
não foi obtido em decorrência de acesso à amostra de componente do Patrimônio Genético
Brasileiro, o acesso foi realizado antes de 30 de junho de 2000, ou não se aplica.

Declaração de veracidade

Declaro, sob as penas da lei, que todas as informações acima prestadas são completas e
verdadeiras.

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21/11/2023 às 16:37, Petição 870230102292

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 4/28

 [bb.com.br] - Boleto gerado pelo sistema MPAG. 17/11/2023 14:03:06

INSTRUÇÕES:

A data de vencimento não prevalece sobre o prazo legal. O pagamento deve ser efetuado antes do protocolo. Órgãos públicos que utilizam o

sistema SIAFI devem utilizar o número da GRU no campo Número de Referência na emissão do pagamento. Serviço: 200-Pedido nacional de

Invenção, Modelo de Utilidade, Certificado de Adição de Invenção e entrada na fase nacional do PCT

Clique aqui e pague este boleto através do Auto Atendimento Pessoa Física.
Clique aqui e pague este boleto através do Auto Atendimento Pessoa Jurídica.

00190.00009 02940.916238 12386.638170 9 95660000017500

CLARKE MODET PROPRIEDADE INTELECTUAL LTDA CPF/CNPJ: 33033101000118

RUA DO PASSEIO 38 SETOR 1 14 ANDAR CENTRO, RIO DE JANEIRO -RJ CEP:20021290

29409162312386638 29409162312386638 16/12/2023 175,00

INSTITUTO NACIONAL DA PROPRIEDADE INDUST CPF/CNPJ: 42.521.088/0001-37

RUA MAYRINK VEIGA 9 24 ANDAR ED WHITE MARTINS , RIO DE JANEIRO - RJ CEP: 20090910

2234-9 / 333028-1

00190.00009 02940.916238 12386.638170 9 95660000017500

16/12/2023

INSTITUTO NACIONAL DA PROPRIEDADE INDUST CPF/CNPJ: 42.521.088/0001-37 2234-9 / 333028-1

17/11/2023 29409162312386638 DS N 17/11/2023 29409162312386638

29409162312386638 17 R$ 175,00

A data de vencimento não prevalece sobre o prazo legal.

O pagamento deve ser efetuado antes do protocolo.
Órgãos públicos que utilizam o sistema SIAFI devem utilizar o número da GRU n
o campo Número de Referência na emissão do pagamento.
Serviço: 200-Pedido nacional de Invenção, Modelo de Utilidade, Certificado de
Adição de Invenção e entrada na fase nacional do PCT

CLARKE MODET PROPRIEDADE INTELECTUAL LTDA CPF/CNPJ: 33033101000118

RUA DO PASSEIO 38 SETOR 1 14 ANDAR CENTRO,
RIO DE JANEIRO-RJ CEP:20021290

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 5/28

 17/11/2023 - BANCO DO BRASIL - 14:23:33
018300183 0008

COMPROVANTE DE PAGAMENTO DE TITULOS

CLIENTE: CLARKE MODET PROP INT LTD

AGENCIA: 0183-X CONTA: 131.742-3
================================================
BANCO DO BRASIL
------------------------------------------------
00190000090294091623812386638170995660000017500
BENEFICIARIO:
INSTITUTO NACIONAL DA PROPRIED
NOME FANTASIA:
INSTITUTO NACIONAL DA PROPRIEDADE I
CNPJ: 42.521.088/0001-37
PAGADOR:
CLARKE MODET PROPRIEDADE INTELECTUA
CNPJ: 33.033.101/0001-18
------------------------------------------------
NR. DOCUMENTO 111.713
NOSSO NUMERO 29409162312386638
CONVENIO 02940916
DATA DE VENCIMENTO 16/12/2023
DATA DO PAGAMENTO 17/11/2023
VALOR DO DOCUMENTO 175,00
VALOR COBRADO 175,00
================================================
NR.AUTENTICACAO 3.985.4C6.F01.684.5B9
================================================
Central de Atendimento BB
4004 0001 Capitais e regioes metropolitanas
0800 729 0001 Demais localidades.
Consultas, informacoes e servicos transacionais.

SAC BB
0800 729 0722
Informacoes, reclamacoes, cancelamento de
produtos e servicos.

Ouvidoria
0800 729 5678
Reclamacoes nao solucionadas nos canais
habituais agencia, SAC e demais canais de
atendimento.

Atendimento a Deficientes Auditivos ou de Fala

0800 729 0088
Informacoes, reclamacoes,cancelamento de cartao,
outros produtos e servicos de Ouvidoria.

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 6/28

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 7/28
Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 8/28
Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 9/28
Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 10/28
Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 11/28
 NÚMERO DATA DE UTG TAXA N.º DOSSIÊ DO PROCURADOR REIV REIV IND
DO PEDIDO DEPÓSITO REC. TOTAL

21/05/2021 150

Nº DE CONFIRMAÇÃO 9522
RECIBO DE DEPÓSITO

Data de envio: 07/06/2021

Confirma-se o recebimento deste Pedido de Patente Não-Provisório. O Pedido será levado para exame no devido
curso. O Requerente será notificado sobre os resultados do exame. Qualquer correspondência referente ao pedido
deve incluir a seguinte informação de identificação: o NÚMERO DO PEDIDO DOS ESTADOS UNIDOS, a DATA
DO DEPÓSITO, o NOME DO REQUERENTE, e o TÍTULO DA INVENÇÃO. As taxas transmitidas por cheque ou
saque ficam sujeitas à cobrança.

Pedimos-lhe que verifiquem a exatidão dos dados apresentados neste recibo. Se constatarem a existência de
erros no Recibo de Depósito, favor apresentar uma solicitação por escrito para a correção do mesmo. Pedimos-lhe
que forneçam uma cópia das mudanças nele introduzidas. Se V.Sas. receberam um “Aviso para Depositar Peças
Faltantes” para este pedido, queiram apresentar quaisquer correções no Recibo de Depósito, com sua resposta ao
Aviso. Quando o Departamento de Patentes US processar a resposta ao Aviso, ele gerará um outro Recibo de
Depósito, incorporando as correções solicitadas.

Inventor(es):

Requerente(s):

Procuração:

Permissão de acesso ao pedido via documento de prioridade: Sim

Permissão para acessar os resultados das pesquisas: Sim

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 12/28

 O requerente pode fornecer ou rescindir uma autorização de acesso usando o formulário PTO/SB/39 ou formulário
PTO/SB/69 conforme apropriado

Se requerido, licença para depósito no exterior concedida em: 04/06/2021

A sigla do país e o número do seu pedido de prioridade a serem usados para depósito no exterior sob as leis da
Convenção da União de Paris é

Data projetada da publicação: Não há, pedido não elegível para pré-publicação

Requerimento de não-publicação: Não

Requerimento de Publicação antecipada: Não

** EMPRESA DE PEQUENO PORTE **

TÍTULO: SEQUENCIADOR VOLUMÉTRICO IN SITU DE ÚLTIMA GERAÇÃO

Esclarecimento sob 37 CFR 1.55 ou 1.78 para AIA (primeiro inventor a depositar) pedidos de transição: Não

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 13/28

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REIVINDICAÇÕES:

1. Dispositivo de sequenciamento que caracterizado pelo fato de

compreende:

a) um módulo de iluminação e detecção composto por um componente

confocal de disco giratório compreendendo uma pluralidade de linhas de
laser para correção de iluminação plana, em que a pluralidade de linhas de
laser é utilizada para iluminar uma amostra com luz de excitação em um ou
mais comprimentos de onda, um filtro de emissão passa-faixa, um divisor
de imagens passa-longa, uma primeira câmara que detecta emissões de
fluorescência numa primeira faixa de comprimentos de onda e uma
segunda câmera que detecta emissões de fluorescência em uma segunda
faixa de comprimento de onda, em que a primeira câmera e a segunda
câmera podem detectar emissões simultaneamente;

(b) um módulo de microscópio composto por uma mesa motorizada capaz

de posicionamento em múltiplos eixos ao longo dos eixos x, y e z, um
acionamento da objetiva Z, uma roda de torre objetiva composta por
múltiplas objetivas, em que cada objetiva fornece uma ampliação diferente,
em que uma ou mais objetivas são objetivas de imersão, em que cada
objetiva de imersão tem um colar de imersão objetiva, e óptica, em que a
óptica direciona a luz das objetivas para o módulo de iluminação e
detecção;

c) um módulo de meios de imersão automatizado composto por i) um

recipiente compreendendo meios de imersão, ii) linhas fluídicas acopladas
ao recipiente e aos colares de imersão das objetivas das objetivas de
imersão do módulo do microscópio, em que as linhas fluídicas transportam
meios de imersão e para os colares de imersão das objetivas, em que os

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 14/28

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colares de imersão captam o excesso de meios de imersão; e iii) uma série

de bombas conectadas às linhas fluídicas e a um microcontrolador, em que
o microcontrolador controla a adição e remoção das bombas do meio de
imersão através das linhas fluídicas, em que o módulo de meio de imersão
automatizado fornece volumes controlados do meio de imersão aos colares
de imersão objetivos nos topos das objetivas de imersão durante a
obtenção de imagens;

d) uma placa de múltiplos poços, em que a mesa motorizada pode ser

movida para posicionar um poço da placa de múltiplos poços sob a objetiva
usada para a obtenção de imagens;

e) uma torre de acoplamento fluídico, em que a torre de acoplamento

fluídico está no topo da mesa motorizada e posiciona as linhas fluídicas em
poços da placa de múltiplos poços;

f) um módulo de gestão fluídica composto por uma válvula rotativa simétrica

composta por um mecanismo de válvula rotativa, uma bomba, em que a
bomba está ligada às linhas fluídicas, e detectores de bolhas, em que os
detectores de bolhas estão posicionados em ambos os lados das linhas
fluídicas que conduzem à bomba, em que o módulo de gestão fluídica
permite o movimento unidirecional ou bidirecional dos reagentes; tampões
e resíduos através das linhas fluídicas;

g) um módulo de reagente, tampão e resíduos composto por uma i)

bandeja deslizante, em que os cartuchos de reagente e os cartuchos
tampão podem ser posicionados na bandeja deslizante e acoplados ao
módulo de gestão fluídica, ii) um módulo de resíduos composto por um
recipiente de resíduos, em que o recipiente de resíduos é acoplado a uma
linha fluídica da bomba de gestão de fluidos, e iii) um mecanismo de

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 3/13

revestimento, em que o mecanismo de revestimento fecha o recipiente de

resíduos quando o recipiente de resíduos é removido do sistema de
eliminação de resíduos e abre o recipiente de resíduos quando o recipiente
de resíduos é colocado de volta no sistema;

h) um módulo elétrico composto por: i) uma primeira placa de firmware que

controla o meio de distribuição do módulo de suporte de imersão
automatizado e ii) uma segunda placa de firmware que controla o módulo
de controle de fluidos e o módulo de reagente, tampão e resíduos, em que
o módulo elétrico regula a alimentação dos outros módulos do sistema; e

i) um processador programado para fornecer uma interface de utilizador e

operar os módulos do dispositivo de sequenciamento.

2. Dispositivo de sequenciamento, de acordo com a reivindicação 1,

caracterizado pelo fato de que a pluralidade de linhas de laser
compreende pelo menos 5 linhas de laser.

3. Dispositivo de sequenciamento, de acordo com a reivindicação 2,

caracterizado pelo fato de que o filtro de emissão passa-faixa é um filtro de
emissão penta passa-faixa.

4. Dispositivo de sequenciamento, de acordo com qualquer uma das

reivindicações 1-3, caracterizado pelo fato de que a mesa motorizada tem
um eixo z piezo.

5. Dispositivo de sequenciamento, de acordo com qualquer uma das

reivindicações 1-4, caracterizado pelo fato de que o meio de imersão é
água.

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 16/28

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6. Dispositivo de sequenciamento, de acordo com qualquer uma das

reivindicações 1-5, caracterizado pelo fato de que o meio de imersão é
filtrado e livre de bolhas.

7. Dispositivo de sequenciamento, de acordo com qualquer uma das

reivindicações 1-6, caracterizado pelo fato de compreendeainda um anel O
e um revestimento encolhido sobre cada objetiva.

8. Dispositivo de sequenciamento, de acordo com qualquer uma das

reivindicações 1-7, caracterizado pelo fato de compreende ainda um
monitor de pressão para monitorar a pressão nas linhas fluídicas, em que
aumentos de pressão em uma linha fluídica podem ser usados para
detectar um bloqueio potencial da linha fluídica.

9. Dispositivo de sequenciamento, de acordo com qualquer uma das

reivindicações 1-8, caracterizado pelo fato de compreende ainda uma
pluralidade de diodos emissores de luz (LEDs), em que cada LED pode
emitir luz para fornecer uma indicação de status para o sistema.

10. Dispositivo de sequenciamento, de acordo com qualquer uma das

reivindicações 1-9, caracterizado pelo fato de compreende ainda um
componente de exibição para exibir informações e fornecer uma interface
de usuário.

11. Dispositivo de sequenciamento, de acordo com qualquer uma das

reivindicações 1-10, caracterizado pelo fato de que o processador é
programado para executar etapas que incluem:

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 17/28

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a) localização de uma amostra selecionada na placa de múltiplos poços;

(b) detecção de um sinal no plano XY da amostra selecionada em baixa

amplificação usando aquisição em modo de imagem de campo largo com
acoplamento de câmera;

c) utilização do sinal para segmentar uma caixa delimitadora XY em torno

da amostra;

(d) obtenção de imagens da amostra dentro da caixa delimitadora XY para

produzir uma imagem, em que a imagem é realizada no modo de imagem
confocal em Z com aumento maior do que o usado na etapa (b) com o
aperto da câmera, a fim de determinar a extensão Z aproximada da
amostra, em que um único plano Z é coletado através do ponto médio da
extensão Z previamente determinada e através da extensão XY;

e) apresentação da imagem produzida na alínea d);

f) fornecimento de uma interface para que um utilizador selecione uma

região XY de interesse desejada na amostra a obter imagens durante o
sequenciamento da amostra selecionada;

(g) obtenção de imagens da amostra na região XY de interesse selecionada

através das extensões Z previamente amostradas;

h) cálculo de um volume da região de interesse na amostra e apresentar o

volume amostral calculado da região de interesse para o utilizador;

(i) segmentação da imagem da amostra na região de interesse ao longo

das extensões Z;

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 18/28

 6/13

j) fornecimento de uma interface ao utilizador para que este ajuste as

extensões Z do volume da amostra antes de iniciar o sequenciamento, em
que as extensões de imagem derivadas da região de interesse definida
pelo utilizador são automaticamente convertidas em campos de visão
montados adequados para uma determinada objetiva de imagem e para
ajustar as posições do estágio do microscópio; posicionamento em Z da
objetiva e limites piezo para obtenção de imagens da região de interesse ao
longo dos eixos XYZ durante o sequenciamento; e

(k) repetição das etapas (a)-(j) para definir regiões de interesse para cada
amostra na placa de múltiplos poços que o usuário pretende sequenciar.

12. Dispositivo de sequenciamento, de acordo com qualquer uma das

reivindicações 1-11, caracterizado pelo fato de que o processador é
programado para executar etapas que incluem:

fornecer uma interface ao usuário para que o usuário selecione uma ou

mais amostras para sequenciamento e um protocolo de sequenciamento,
em que o usuário é limitado em quantas amostras podem ser selecionadas
dependendo das quantidades de tampão e reagentes disponíveis e do
protocolo de sequenciamento selecionado;

fornecer restrições sobre o tempo total de sequenciamento, o total de

dados adquiridos, a taxa de aquisição e o volume total máximo de regiões
de interesse em todas as amostras que devem ser sequenciadas e
fotografadas, e

sugerir protocolos que maximizem o sequenciamento das regiões de

interesse desejadas nas amostras dentro das restrições.

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 19/28

 7/13

13. Dispositivo de sequenciamento, de acordo com qualquer uma das

reivindicações 1-12, caracterizado pelo fato de que o processador é
programado para otimizar a paralelização do sequenciamento de amostras
dependendo do número de amostras a serem sequenciadas e dos tipos de
imagem a serem usados no sequenciamento.

14. Dispositivo de sequenciamento, de acordo com qualquer uma das

reivindicações 1-13, caracterizado pelo fato de que o processador é
programado para executar etapas que incluem:

realizar uma varredura confocal rápida em Z na posição XY inicial de uma

determinada montagem de amostra para determinar um perfil Z da amostra
na posição XY inicial;

determinar a interface superior e inferior da amostra usando um método de

segmentação; e

definir a posição Z da objetiva a uma distância fixa da interface no início da

montagem da amostra, em que a deriva em Z da amostra em relação à
mesa e à objetiva ao longo das rodadas é reduzida para abaixo de uma
tolerância selecionada para facilitar o registro de subpixels a jusante em
rodadas durante o processamento pós-aquisição.

15. Dispositivo de sequenciamento, de acordo com qualquer uma das

reivindicações 1-14, caracterizado pelo fato de que o sequenciamento é o
sequenciamento in situ de um ácido nucleico alvo em uma amostra de
tecido.

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 20/28

 8/13

16. O dispositivo de sequenciação da reivindicação 15, em que a amostra

de tecido é um corte de tecido com uma espessura de 20 μm a 200 μm.

17. O dispositivo de sequenciamento de qualquer uma das reivindicações

1-16, em que o sequenciamento in situ é sequencial ou combinatória in situ.

18. O dispositivo de sequenciamento de qualquer um das reivindicações 1-

17, em que o módulo do microscópio compreende um microscópio
epifluorescente, um microscópio confocal, um microscópio de iluminação
estruturado ou um microscópio de folha de luz ou de plano oblíquo.

19. O dispositivo de sequenciamento da reivindicação 18, em que o

microscópio confocal é um disco giratório ou microscópio confocal de
varredura de ponto.

20. Método de utilização do dispositivo de sequenciação de qualquer uma

das reivindicações 1-19, compreendendo:

carregamento de amostras na placa de poços múltiplos;

selecionar quais amostras na placa de poço múltiplo são sequenciadas;

selecionar um protocolo de sequenciamento; e

sequenciamento de ácidos nucleicos nas amostras selecionadas utilizando

o dispositivo de sequenciamento de qualquer uma das reivindicações 1-19.

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 21/28

 9/13

21. O método da reivindicação 20, em que a sequenciação é a

sequenciação volumétrica in situ de amostras de tecido.

22. O método da reivindicação 20 ou 21, em que as amostras de tecido são

fatias de tecido com uma espessura de 20-200 μm.

23. O método de qualquer uma das reivindicações 20-22, em que o

sequenciamento in situ é sequencial ou combinatório in situ.

24. Um método implementado por computador, o computador executando

etapas que compreendem:

a) Localização de uma amostra seleccionada na placa de poços múltiplos;

(b) detecção de um sinal no plano XY da amostra selecionada em baixa

magnificação usando aquisição em modo de imagem de campo largo com
acoplamento de câmera;

c) Utilizar o sinal para segmentar uma caixa delimitadora XY em torno da

amostra;

(d) obtenção de imagens da amostra dentro da caixa delimitadora XY para

produzir uma imagem, em que a imagem é realizada no modo de imagem
confocal em Z com aumento maior do que o usado na etapa (b) com o
aperto da câmera, a fim de determinar a extensão Z aproximada da
amostra, em que um único plano Z é coletado através do ponto médio da
extensão Z previamente determinada e através da extensão XY;

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 22/28

 10/13

e) Apresentação da imagem produzida na alínea d);

f) Fornecer uma interface para que um utilizador seleccione uma região XY

de interesse desejada na amostra a obter imagens durante a sequenciação
da amostra seleccionada;

(g) obtenção de imagens da amostra na região XY de interesse selecionada

através das extensões Z previamente amostradas;

h) Calcular um volume de amostra da região de interesse e apresentar o

volume de amostra calculado da região de interesse para o utilizador;

(i) segmentação da imagem da amostra na região de interesse ao longo de

extensões Z;

j) Fornecer uma interface ao utilizador para que este ajuste as extensões Z

do volume da amostra antes de iniciar a sequenciação, em que as
extensões de imagem derivadas da região de interesse definida pelo
utilizador são automaticamente convertidas em campos de visão montados
adequados para um determinado objectivo de imagem e para ajustar as
posições do estágio do microscópio; posicionamento objetivo Z e limites
piezo para obtenção de imagens da região de interesse ao longo dos eixos
XYZ durante o sequenciamento; e

(k) reiterar os passos (a)-(j) para definir regiões de interesse para cada
amostra na placa de poço múltiplo que o usuário pretende sequenciar.

25. Um suporte não transitório legível por computador que compreende

instruções de programa que, quando executadas por um processador em

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um computador, faz com que o processador execute o método de

reivindicação 24.

26. Um método implementado por computador, o computador executando

etapas compreendendo:

fornecer uma interface ao usuário para que o usuário selecione uma ou

mais amostras para sequenciamento e um protocolo de sequenciamento,
em que o usuário é limitado em quantas amostras podem ser selecionadas
dependendo das quantidades de buffer e reagentes disponíveis e do
protocolo de sequenciamento selecionado;

fornecer restrições sobre o tempo total de sequenciamento, o total de

dados adquiridos, a taxa de aquisição e o volume total máximo de regiões
de interesse em todas as amostras que devem ser sequenciadas e
imageadas, e

sugerindo protocolos que maximizem o sequenciamento das regiões de

interesse desejadas nas amostras dentro das restrições.

27. O método implementado por computador da reivindicação 26, em que o

computador é posteriormente programado para otimizar a paralelização do
sequenciamento de amostras em função do número de amostras a serem
sequenciadas e dos tipos de imagem a serem utilizados no
sequenciamento.

28. Um suporte não transitório legível por computador que compreende

instruções de programa que, quando executadas por um processador em
um computador, faz com que o processador execute o método da
reivindicação 26 ou 27.

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29. Um método implementado por computador, o computador executando

etapas compreendendo:

realizar uma varredura confocal rápida em Z na posição XY inicial de uma

determinada montagem de amostra para determinar um perfil Z da amostra
na posição XY inicial;

determinar a interface superior e inferior da amostra usando um método de

segmentação; e

definir a posição Z do objetivo a uma distância fixa da interface no início da

montagem da amostra, em que a deriva em Z da amostra em relação ao
estágio e ao objetivo ao longo das rodadas é reduzida para abaixo de uma
tolerância selecionada para facilitar o registro de subpixels a jusante em
rodadas durante o processamento pós-aquisição.

30. Um meio não transitório legível por computador que compreende

instruções de programa que, quando executadas por um processador em
um computador, faz com que o processador execute o método de
reivindicação 29.

31. Um módulo de mídia de imersão automatizado composto por:

a) Um recipiente composto por meios de imersão;

(b) linhas fluídicas acopladas ao recipiente e aos colares de imersão

objetivos das objetivas do módulo do microscópio, em que as linhas
fluídicas transportam meios de imersão de e para um colar de imersão
objetivo sobre uma objetiva de imersão, em que o colar de imersão capta o
excesso de meios de imersão; e

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 25/28

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(c) uma série de bombas conectadas às linhas fluídicas e a um

microcontrolador, em que o microcontrolador controla a adição e remoção
das bombas do meio de imersão através das linhas fluídicas, em que o
módulo de mídia de imersão automatizado fornece volumes controlados do
meio de imersão para os colares de imersão objetivos nos topos das
objetivas durante a obtenção de imagens.

32. Um método de utilização do módulo de meios de imersão

automatizados da reivindicação 31, o método que consiste em utilizar o
módulo de meios de imersão automatizados da reivindicação 31 para
fornecer meios de imersão a um colar de imersão objetivo ligado a uma
objetiva de imersão de um microscópio.

33. Um módulo de gestão fluídica composto por uma válvula rotativa

simétrica composta por um mecanismo de válvula rotativa, uma bomba, em
que a bomba está ligada às linhas fluídicas, e detectores de bolhas, em que
os detectores de bolhas estão posicionados em ambos os lados das linhas
fluídicas que conduzem à bomba, em que o módulo de gestão fluídica
permite o movimento bidirecional ou unidirecional dos reagentes, tampões
e resíduos através das linhas fluídicas.

34. Um módulo de reagente, tampão e resíduos composto por:

a) Uma bandeja deslizante, na qual os cartuchos reagentes e os cartuchos

tampão podem ser posicionados na bandeja deslizante e acoplados ao
módulo de gerenciamento fluídico;

b) Um módulo de resíduos composto por um contentor de resíduos, em que

o contentor de resíduos é acoplado a uma linha fluídica da bomba de
gestão de fluidos; e

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c) Um mecanismo de nivelamento, em que o mecanismo de limitação fecha

o contentor de resíduos quando o contentor de resíduos é removido do
sistema de eliminação de resíduos e abre o contentor de resíduos quando o
contentor de resíduos é colocado de novo no sistema.

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RESUMO
SEQUENCIADOR VOLUMÉTRICO IN SITU DE ÚLTIMA GERAÇÃO

Um sequenciador para sequenciamento in situ automatizado de amostras

volumétricas de tecido é fornecido. Em particular, é fornecido um dispositivo
de sequenciação volumétrica in situ automatizado capaz de operar em várias
amostras em paralelo. Métodos de fabricação e uso do sequenciador
também são fornecidos.

Petição 870230102292, de 21/11/2023, pág. 28/28