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Presidente:
Rodrigo Horochovski (UFPR - Brasil)
Membros do Conselho:
Anita Leocadia Prestes (Instituto Luiz Carlos Prestes - Brasil)
Claudia Maria Elisa Romero Vivas (Universidad Del Norte - Colômbia)
Fabiana Queiroz (UFLA - Brasil)
Hsin-Ying Li (National Taiwan University - China)
Ingo Wolfgang Sarlet (PUCRS - Brasil)
José Antonio González Lavaut (Universidad de La Habana - Cuba)
José Eduardo Souza de Miranda (Centro Universitário Montes Belos - Brasil)
Marilia Murata (UFPR - Brasil)
Milton Luiz Horn Vieira (UFSC - Brasil)
Ruben Sílvio Varela Santos Martins (Universidade de Évora - Portugal)
DOI: 10.31012/9786550163563
www.aeditora.com.br
MARCIANE DA SILVA OLIVEIRA
COSME DAMIÃO CRUZ
GENÉTICA DE POPULAÇÕES
COM O APLICATIVO GPOP
Curitiba / Brasil
2021
Apresentação
Por fim, dedico este livro a minha família, em especial aos meus pais
Mauro e Fátima, minha base, minha força, minha coragem, meu tudo…
Capítulo 1
INTRODUÇÃO AO GPOP. . . . . . . . . . . . . 9
Capítulo 2
CONCEITOS DE GENÉTICA BÁSICA E MOLECULAR. . . 40
Capítulo 3
INTRODUÇÃO AO ESTUDO DA GENÉTICA DE POPULAÇÕES .60
Capítulo 4
EQUILÍBRIO DE HARDY-WEINBERG . . . . . . . . 77
Capítulo 5
FATORES QUE ALTERAM O EQUILÍBRIO DE HARDY-WEINBERG. 99
Capítulo 6
VERIFICAÇÃO DAS CONDIÇÕES DE EQUILÍBRIO DE HARDY-
WEINBERG. . . . . . . . . . . . . . . . 119
Capítulo 7
LIGAÇÃO E DESEQUILÍBRIO DE LIGAÇÃO . . . . . . 141
Capítulo 8
ACASALAMENTOS. . . . . . . . . . . . . . 169
Capítulo 9
ENDOGAMIA. . . . . . . . . . . . . . . . 196
Capítulo 10
FIXAÇÃO E OSCILAÇÃO NA FREQUÊNCIA GÊNICA. . . 231
Capítulo 11
NOÇÕES DE GENÉTICA QUANTITATIVA. . . . . . 256
INTRODUÇÃO AO GPOP
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Trilha de dados
A trilha de dados é o endereço da pasta no computador onde
estão os dados que o GPOP utiliza em alguns procedimentos dos módu-
los Simulação e Testes Estatísticos. Antes de executar os exemplos dos
procedimentos nesses módulos é necessário informar a “trilha padrão”
(C:\dados\), que busca os exemplos dentro da pasta dados localizada no
disco C: do computador. Antes, você deve ter instalado a pasta dados
(veja como baixar no item 1.9).
Para definir a trilha de dados basta ir em Utilitários > Trilha de
dados e, na janela que abrir clicar em Padrão e em seguida Retornar,
como na figura a seguir:
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Caso o usuário for utilizar outros dados que não sejam os da-
dos de exemplo do GPOP, indica-se que estes estejam numa pasta. A
recomendação é que a pasta de dados do usuário esteja diretamente
no disco C: do computador (e não dentro de subpastas dentro de C:)
e que possua um nome curto, sem espaços, sem acentos e que não
contenha símbolos. Se houver a necessidade de utilizar um nome com
mais de uma palavra, utilize o underline “_” no lugar do espaço, como
no exemplo ilustrado a seguir em que foi criada uma pasta em C: com
o nome “dados_CursoGPOP”:
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Diversos 1
Este procedimento permite ao usuário predizer a descendência de
uma população qualquer admitindo as seguintes formas de acasalamen-
to: autofecundação, hibridação e acasalamento ao acaso. Existem três po-
pulações pré-definidas: homozigoto dominante (D), heterozigoto domi-
nante (H) e homozigoto recessivo (R), mas o usuário pode adicionar uma
população com a relação genotípica do seu interesse na opção Incluir.
Como ilustração será considerada uma população constituída por
16 indivíduos AA, 40 Aa e 56 aa. O usuário deve informar a relação ge-
notípica dessa população na opção Incluir, nomeá-la e depois clicar em
Retornar, como indicado a seguir pela sequência numérica.
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Diversos 2
Possui os mesmos recursos que o procedimento “Diversos 1”
para predizer a descendência de uma população qualquer a partir de
autofecundação, hibridação ou acasalamento ao acaso. A diferença está
no quadro Alterações/Inclusões, que permite ao usuário incluir novas
populações a partir da alteração das frequências genotípicas de qual-
quer uma das cinco populações pré-definidas: D, H, R, P1 e P2.
- Ao Acaso
Neste procedimento, o usuário pode verificar a descendência de
uma população qualquer após uma geração de acasalamento ao acaso,
que é quando esta entra em equilíbrio segundo o princípio de Hardy-
Weinberg. Ao abrir a janela a seguir aparece o número de indivíduos de
cada genótipo que compõe a população, este número pode ser alterado
e a cada vez que reabrir a janela, será formada uma população diferente.
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- AAA sucessivo
Este procedimento permite verificar a descendência de uma po-
pulação qualquer após algumas gerações (g) de acasalamento ao acaso
sucessivo. Isto pode ser feito de duas maneiras. Na primeira, com o
objetivo de avaliar uma população gerada automaticamente a g ge-
rações de acasalamento ao acaso, no qual basta escolher o número
de gerações e clicar em “ok”. Neste procedimento o GPOP gera uma
população inicial aleatória.
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
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- União Gamética
Este procedimento ilustra o encontro aleatório dos gametas, con-
siderando suas respectivas frequências conforme ilustração a seguir:
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Ilustração do EHW
Neste procedimento é possível verificar se uma determinada po-
pulação encontra-se, ou não, em Equilíbrio de Hardy-Weinberg com
base no teste de qui-quadrado.
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Dinâmica de População
Este procedimento, que é animado, permite a avaliação do re-
sultado do acasalamento ao acaso (aaa) de uma população qualquer
variando-se alguns parâmetros como: o número de descendentes re-
sultante de cada cruzamento (ou seja, de cada encontro entre dois
indivíduos), a presença de obstáculos fixos ou móveis (representando
uma barreira geográfica, por exemplo) e o número de cruzamentos
considerados por ciclo/geração.
Na opção “Parâmetros”, o usuário deve fornecer todas as infor-
mações da população de interesse e depois em clicar em “Retornar”.
Clicando na opção “Executar”, o GPOP inicia uma animação que repre-
senta a dinâmica da população sob estudo. Nesta animação é possível
visualizar como o número de indivíduos em cada classe genotípica vai
mudando a cada cruzamento e a configuração esperada para a popula-
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Seleção
Neste procedimento é possível avaliar as alterações nas frequên-
cias alélicas e genotípicas de uma população que passa por várias ge-
rações de seleção. Assim como a migração e a mutação, a seleção é um
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Deriva genética
Neste procedimento é possível avaliar as alterações nas frequên-
cias alélicas e genotípicas de uma população submetida a várias gera-
ções de deriva genética. Assim como a amostragem, a deriva é um pro-
cesso dispersivo cuja alteração na frequência alélica de uma população
é conhecida apenas em magnitude.
O usuário deve informar o número de indivíduos para os genóti-
pos AA, Aa e aa e as características da descendência como: o número de
amostras, o tamanho da amostra e o número de gerações. Após clicar
em simular aparece o quadro de resultados como na figura a seguir.
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Cruzamentos
Este procedimento permite simular diferentes cruzamentos a par-
tir de uma população com marcadores multialélicos ou dialélicos (do-
minantes ou co-dominantes). A população que foi simulada por meio
do procedimento anterior, deve ser informada pelo usuário em “Arquivo
de entrada de dados”, também deve fornecer o “número de populações
existentes”, o “número de locos” do arquivo de entrada e o “número de
populações geradas” conforme ilustrado abaixo:
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Seleção Divergente
Neste procedimento uma população com marcadores multialélicos
pode ser submetida a gerações de seleção divergente. Para isso o usuário
deve localizar o arquivo da população e preencher o número de popula-
ções deste arquivo e o número de locos. Em seguida deve preencher sob
qual população deseja que a seleção ocorra, estabelecer quantas gerações
devem ocorrer e o valor seletivo aplicado. Como na figura a seguir:
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Deriva Genética
Neste procedimento o usuário pode verificar o efeito da deriva
genética por várias gerações. Para iniciar o usuário pode usar uma po-
pulação gerada anteriormente, ou pode gerá-la utilizando este procedi-
mento. Lembre-se de definir a trilha de dados, no qual deve aparecer
o nome e a extensão do arquivo. Ao gerar um arquivo novo o usuário
deve determinar o tamanho da população, no exemplo são 1000 indi-
víduos e o número de locos igual a 20. Clique em Gerar População, se
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Desequilíbrio Gamético
A finalidade deste procedimento é verificar as condições de dese-
quilíbrio gamético. Na figura abaixo, encontra-se a ordem para realizar
a análise de desequilíbrio gamético.
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Heterozigozidade e Endogamia
A finalidade deste procedimento é verificar a heterogeneidade e
endogamia das populações. Na figura abaixo, encontra-se a ordem para
realizar a análise de heterogeneidade e endogamia.
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Coeficiente de Parentesco
A finalidade deste procedimento é estimar o coeficiente de paren-
tesco. Na figura abaixo, encontra-se a ordem para realizar a análise de
coeficiente de parentesco.
- Calculadora
Realiza diversas operações matemáticas e obtém informações so-
bre estatística descritiva, como por exemplo, média, variância, soma de
quadrados, desvio-padrão, máximo, mínimo, coeficientes de regressão
e de correlação.
- Configurações
O programa GPOP foi desenvolvido para ser operado em com-
putadores com monitor de vídeo (configuração 1024 x 768) e fontes
pequenas (96ppp). Além disto, o programa GPOP necessita, para fins
de processamento, que seu computador esteja configurado para usar o
ponto (ao invés da vírgula), como símbolo decimal. Para verificar se a
configuração está correta clique, em utilitário, configurações. Dentre as
opções disponíveis o usuário encontra o procedimento adequado para
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Funções de Probabilidade
Nesta opção, o usuário tem à disposição as funções de proba-
bilidade associadas às estatísticas t, F e χ2. Também é possível obter o
cálculo de fatoriais e de combinações. Conforme a figura a seguir:
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
-Fatorial
n ! n ( n − 1)( n − 2 )……
Calcula-se:=
-Combinação
Neste caso, realiza-se o seguinte cálculo:
p n!
x C=
=
p !( n − p ) !
n
N!
=P (ε ) p1n1 p2n2 … pknk
n1 !n2 !….nk !
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
em que,
k : número de eventos;
pi : probabilidade do evento i (i=1,2,...k);
-Teste F
Fornece o valor do nível de significância, para um dado valor de F.
É calculado através do grau de liberdade associado ao quadrado médio do
numerador (GL1) e do grau de liberdade associado ao denominador (GL2).
-Teste t
Fornece o nível de significância, para um dado valor de t. Este
está associado a um determinado número de graus de liberdade.
2
-Teste χ
pelo usuário.
-Distribuição normal
Fornece o valor da probabilidade ao encontrar valores de uma
variável X dentro de um intervalo delimitado pelo limite inferior (LI) e
superior (LS), denotado por P(LI < X < LS), considerando a distribuição
normal com média e variância conhecida.
- Trilha de Dados
Como mostrado no item 1.1, a trilha de dados é o endereço da
pasta no computador onde estão os dados que o GPOP utiliza em al-
guns procedimentos.
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
2. Instalando o aplicativo:
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Capítulo 2
CONCEITOS DE GENÉTICA
BÁSICA E MOLECULAR
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Em que:
SP = determina ausência de cor (branco)
S1 = determina a cor amarela
S2 = determina a cor vermelha
PF = produto final
Desta forma tem-se a seguinte ação gênica:
A_: permite a expressão da cor
aa: inibe a cor (branco)
B_: manifesta a cor vermelha
bb: manifesta a cor amarela
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Figura 2.1. Processo de duplicação e condensação das fitas de DNA e separação das
cromátides-irmãs. Observe que uma fita de DNA (dupla-hélice) está representada
como um único filamento para simplificar o esquema. Se a fita de DNA fosse
condensada inicialmente formaria um cromossomo com uma cromátide. No entanto,
antes da condensação ocorre a duplicação e assim é formado um cromossomo com
duas cromátides. Após ocorrer a divisão dos centrômeros, com consequente separação
das cromátides-irmãs, são formados os cromossomos com uma cromátide cada.
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Figura 2.3 Processo de formação de gametas com e sem crossing-over. Observe que
são formados dois tipos diferentes de gametas quando não ocorrer o crossing-over ou
quatro tipos quando esse ocorre.
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de onde se obtém:
sendo
n = a1 + a2 + a3 + a4
e = e1 = e2
ii.
Mede a segregação do loco B/b na hipótese de segregação 1:1. Está
associado a um grau de liberdade. O pode ser calculado consideran-
do as seguintes informações:
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
de onde se obtém:
iii.
Mede a segregação conjunta de A/a e B/b baseada no princípio de
ortogonalidade, estando associado a um grau de liberdade. Existindo
ligação fatorial, as classes “AB + ab” e “aB + Ab” corresponderão às so-
mas das classes paternais e recombinantes, respectivamente, nos casos
do duplo-heterozigoto estar em fase de aproximação, ou vice-versa nos
casos em que o duplo-heterozigoto se encontrar em repulsão.
Em qualquer um dos casos (aproximação ou repulsão) a igualda-
de de “AB + ab” = “aB + Ab”, testa a hipótese de que P = R = 0,5, em que
não existe ligação fatorial, sendo P a classe paternal e R a classe recom-
binante. Assim, consideram-se os seguintes valores:
de onde se obtém:
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FV GL Qui-quadrado Probabilidade
Total 3 75,7904 0
Segregação A/a 1 0,1714 67,8845
Segregação B/b 1 0,0190 89,0230
Segregação conjunta 1 75,6000 0
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Saiba mais:
WATSON, J.D., CRICK, F.H.C. Molecular Structure of Nucleic Acids: A structure for Deo-
xyribose Nucleic Acid. Nature, v. 171, n. 4356, p. 737-738, April 25, 1953. Disponível
em: https://www.nature.com/scitable/content/molecular-structure-of-nucleic-acids-a-struc-
ture-13997975
Genética- Volume 2- GBOL- 2ª Edição. Software para ensino e aprendizado de genética.
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Referências
CRUZ,C.D. SALGADO, C.C. E BHERING, L.L. Genômica Aplicada- Editora(s): Editora UFV. 2013.
CRUZ, D. C., FERREIRA, F., M., PESSONI, L., A. Biometria Aplicada ao estudo de diversidade
genética. Visconde de Rio Branco, MG. Ed. Suprema, 2011, p.620.
CRUZ, CD; SCHUSTER, I. ESTATÍSTICA GENÔMICA. 2ª Edição. Aplicada a populações deri-
vadas de cruzamentos controlados. Editora(s): Editora UFV. 2008.
GENÉTICA - VOLUME 2- GBOL - 2ª Edição. Software para ensino e aprendizado de genética.
HÄSTBACKA, J., DE LA CHAPELLE, A., KAITILA, I., SISTONEN, P., WEAVER, A., LANDER,
E., Linkage disequilibrium mapping in isolated founder populations: diastrophic dysplasia in
Finland. Nature genetics, v. 2, p. 204-211, 1992.
JENKINS, S., GIBSON, N., High‐throughput SNP genotyping. Comparative and functional ge-
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RESENDE, M.D., SILVA, F.F. E AZEVEDO, C. F. Editora UFV. 2012. Seleção Genômica Ampla
(GWS) Via Modelos Mistos (REM/BLUP), Inferências Bayesiana (MCMC), Regressão Aleatória
Multivariada e Estatística Espacial.
WATSON, J.D., CRICK, F.H.C. Molecular Structure of Nucleic Acids: A structure for Deoxyri-
bose Nucleic Acid. Nature, v. 171, n. 4356, p. 737-738, 1953. Disponível em: https://www.
nature.com/scitable/content/molecular-structure-of-nucleic-acids-a-structure-13997975
WENZL, P., LI, H., CARLING, J., ZHOU, M., RAMAN, H., PAUL, E., HEARNDEN, P., MAIER,
C., XIA, L., CAIG, V. A high-density consensus map of barley linking DArT markers to SSR,
RFLP and STS loci and agricultural traits. BMC Genomics, v. 7, p. 1, 2006.
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Capítulo 3
INTRODUÇÃO AO ESTUDO
DA GENÉTICA DE POPULAÇÕES
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
ser estudada a partir da aferição dos seus descritores básicos, que são
as frequências alélicas (p e q) e genotípicas (D, H e R) e seus comporta-
mentos ao longo das gerações.
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f(a) = q
f(AA) = D,
f(Aa) = H
f(aa) = R
Considerando apenas o gene A/a, define-se uma população de ta-
manho N como sendo a soma dos agrupamentos de N11 indivíduos AA,
N12 indivíduos Aa e N22 indivíduos aa, tal como ilustrado na Tabela 3.1.
AA N11 D=N11/N
Aa N12 H=N12/N
aa N22 R=N22/N
TOTAL N 1
em que:
N = N11 + N12 + N22 = NAA + NAa + Naa
D + H + R = 1,0
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
nA 2 N AA + N Aa 1
f ( A=
) p= = = D+ H
n 2N 2
na 2 N aa + N Aa 1
f ( a )= q= = = R+ H
n 2N 2
Sendo:
p q 1 e nA na n 2 N
AA 200
Aa 400
aa 400
TOTAL 1000
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
H = 400/1000 = 0,40
R = 400/1000 = 0,40
A partir desses valores, são obtidas as frequências dos alelos A e
a, dadas por:
p = f(A) = D + ½ H = 0,20 + ½ (0,40) = 0,4
q = f(a) = R + ½ H = 0,40 + ½ (0,40) = 0,6
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
1º linha:
Genótipo
AA = 50 indivíduos,
Aa = 0 indivíduos e
aa = 50 indivíduos
Assim, as frequências genotípicas observadas serão:
D = f(AA) = 50/100 = 0,5
H = f(Aa) = 0/100 = 0
R = f(aa) = 50/100 = 0,5
E as frequências alélicas serão:
p = D + ½(H) = 0,5 + ½(0) = 0,5
q = R + ½(H) = 0,5 + ½(0) = 0,5
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
2º linha:
AA = 0
Aa = 100
aa = 0
Assim, as frequências genotípicas serão:
f(AA) = 0/100 = 0
f(Aa) = 100/100 = 1
f(aa) = 0/100 = 0
E as frequências alélicas serão:
p = D + ½(H) = 0 + ½(1) = 0,5
q = R + ½(H) = 0 + ½(1) = 0,5
3º linha:
AA = 25
Aa = 50
aa = 25
Assim, as frequências genotípicas serão:
f(AA) = 25/100 = 0,25
f(Aa) = 50/100 = 0,50
f(aa) = 25/100 = 0,25
4º linha:
AA = 40
Aa = 40
aa = 40
Assim, as frequências genotípicas serão:
f(AA) = 40/120 = 0,333
f(Aa) = 40/120 = 0,333
f(aa) = 40/120 = 0,333
E as frequências alélicas serão:
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
ATIVIDADES NO GPOP
Após a resolução dos exercícios a seguir utilize o programa GPOP
para conferir o cálculo das frequências alélicas. Com o programa aber-
to, na aba inicial, clique em “cruzamentos” e depois em “frequência
alélica e genotípica”, uma nova janela irá abrir. A partir da quinta linha
o usuário pode modificar as observações. Então, coloque o número de
observações de cada genótipo descrito nos exercícios.
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Responda:
a. Calcule as frequências alélicas e genotípicas na F1, em
relação ao comprimento das pernas.
b. Calcule a proporção fenotípica na descendência, em
relação a coloração da plumagem.
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Referências:
BARTON, Nicholas H. Sewall Wright on Evolution in Mendelian Populations and the “Shifting
Balance”. Genetics March, Austria, v. 202, p. 3-4. 2016. Disponível em: https://pdfs.seman-
ticscholar.org/9c8f/bc9f2107cd17c3b3a2e8ac6231b02853bc55.pdf. Acesso em: 10 set. 2019.
FISHER, Ronald Aylmer. The Correlation between Relatives on the Supposition of Mendelian
Inheritance. Transactions of the Royal Society of Edinburgh, v. 52, p. 399-433, 1918. Disponível
em: https://www.cambridge.org/core/journals/earth-and-environmental-science-transactions-
-of-royal-society-of-edinburgh/article/xv-correlation-between-relatives-on-the-supposition-of-
-mendelian-inheritance/A60675052E0FB78C561F66C670BC75DE. Acesso em: 10 set. 2019.
FISHER, Ronald Aylmer. On the dominance ratio. Proceedings of the Royal Society of Edinbur-
gh, v.42, p.321-341, 1922a. Disponível em: https://www.cambridge.org/core/journals/proce-
edings-of-the-royal-society-of-edinburgh/article/xxion-the-dominance-ratio/2CDBE1D374E-
BE9B2774DF301BA98A584. Acesso em: 10 set. 2019.
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Capítulo 4
EQUILÍBRIO DE HARDY-WEINBERG
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1
f A D Hp
2
1
f a R H q
2
Obs: D + H + R = 1
E as frequências genotípicas são dadas por:
f ( AA ) = f ( A ) × f ( A ) = p ²
f ( Aa ) = 2 ( f ( A ) × f ( a ) ) = 2 pq
f ( aa ) = f ( a ) × f ( a ) = q ²
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
QUADRO 4.1 Demonstração das equações para o cálculo das frequências alélicas
e genotípicas.
Observação: p q 1
1 1
f ( A ) =D + H =p 2 + ( 2 pq ) =p 2 + pq =( p + q ) p =p
2 2
( ) ( )
f ( AA ) = f ( A ) × f ( A ) = p 2 + pq × p 2 + pq = p 2 p 2 + p 2 2 pq + p 2 q 2
(
= p 2 p 2 + 2 pq + q 2= p ² )
f ( Aa ) =2 ( f ( A ) × f ( a ) ) =×
2 (( p 2 + pq ) × (q 2 + pq )) =×
2 p 2 q 2 + p 2 pq
( )
+ q 2 pq + p 2 q 2 =2 × pq p 2 + 2 pq + q 2 =2 × pq × ( p + q ) × ( p + q ) =2 pq
( ) ( )
f ( aa ) = f ( a ) × f ( a ) = q 2 + pq × q 2 + pq = q 2 q 2 + q 2 2 pq + p 2 q 2 = q 2
(p 2
)
+ 2 pq + q 2 = q ² × ( p + q ) × ( p + q ) = q ²
83
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
pA qa ² p ² AA 2 pqAa q ² aa
Isso pode ser facilmente demonstrado se forem considerados to-
dos os possíveis tipos de cruzamento, na população original, como ilus-
trados na Tabela 4.2.
Tabela 4.2 Relação dos possíveis acasalamentos numa população (P0) e predição da
descendência (P1) resultante do acasalamento ao acaso.
Descendência em P1
Cruzamentos
Frequência AA Aa aa
em P0
AA x AA D2 D2 - -
AA x Aa 2DH DH DH -
AA x aa 2DR - 2DR -
Aa x Aa H 2
¼H 2
½H 2
¼ H2
Aa x aa 2HR - HR HR
aa x aa R2 - - R2
D1=(D+ ½ H1=2(D+ ½H )(R + R1= (R+ ½ H)2
H)2 ½H)
q2
p2 2pq
f(A em P1) = p1 = p0 = p
f(a em P1) = q1 = q0 = q
84
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
85
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
f A1 p
2 N11 N12 N13 P P
P11 12 13
2N 2
f A2 q
2 N 22 N12 N 23 P P
P22 12 23
2N 2
86
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
f A3 r
2 N 33 N13 N 23 P P
P33 13 23
2N 2
pˆ i (1 − pˆ i )
V ( pˆ i ) =
2N
Para genes dominantes com 3 alelos,
1 − ( pˆ 2 − pˆ 3 ) pˆ 2 2 − pˆ 2 (1 − pˆ1 )
2
V ( pˆ1 ) = , V ( pˆ 2 ) = e
4N 4 N (1 − pˆ1 )
1 − pˆ 32
V ( pˆ 3 ) =
4N
87
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Assim, tem-se:
a) Nas fêmeas
f(A) = pf = NAA/N + ½ NAa/N = D + ½ H = 0,819 + ½ 0,160 = 0,899
f(a) = qf = Naa/N + ½ NAa/N =R + ½ H = 0,021 + ½ 0,160 = 0,101
b) Nos machos
f(A) = pm = nA/n = 0,881
f(a) = qm = na/n = 0,119
Considerando a população como um todo, têm-se as frequências
médias dadas por:
1 2 1 2
f A p ( 0,881) + ( 0,889 ) = 0,893
pm p f =0, 893
3 3 3 3
1 2 1 2
f ( a ) ==
q qm + q f =( 0,119 ) + ( 0,101) = 0,107
3 3 3 3
88
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
d0 = pf - pm
Tabela 4.6 Encontros dos gametas da geração G0 para formar a geração G1.
Fêmeas
Machos XA(pf) Xa(qf)
XA(pm) XAXA XAXa
Xa (qm) XAXa XaXa
Y XAY XaY
1 pm q f p f qm 2 pm p f pm q f p f qm pm p f q f
f A p 'f D H pm p f
2 2 2
q f p f qm pm p f q f p f pm qm p f pm 0, 899 0, 881
0, 890
2 2 2
89
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
1 pm q f p f qm 2qm q f pm q f p f qm qm p f q
f a q 'f R H qm q f
2 2 2
q f p f qm qm p f q f q f pm qm q f qm 0,101 0,119
0,110
2 2 2
b) Nos machos
f A pm' p f 0, 899
f a qm' q f 0,101
1 ' 2 '
f A p pm p f 0, 893
3 3
1 2
f a q qm' q 'f 0,107
3 3
pm p f p f pm 1
d1 p 'f pm' pm d0
2 2 2
ou seja:
De forma geral:
1
d n d n 1
2
90
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
0 0 1 -1 0,667
1 1 0,5 0,5 0,667
2 0,5 0,75 -0,25 0,667
3 0,75 0,625 0,125 0,667
4 0,625 0,6875 -0,625 0,667
5 0,6875 0,65625 0,03125 0,667
6 0,65625 0,671875 -0,0015625 0,667
91
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
frequências alélicas das fêmeas (qf) é sempre igual a média das frequên-
cia alélica (qm/2+qf/2) da geração anterior, isso se deve ao fato dos des-
cendentes femininos receberem um cromossomo X de cada genitor. Por
outro lado, os descendentes machos (qm) recebem apenas os cromosso-
mos X maternos, como consequência as frequências alélicas dos ma-
chos são sempre iguais às frequências alélicas das fêmeas da geração
anterior. Na tabela anterior (Tabela 4.6), pode-se observar também que
a diferença (d) entre as frequências alélicas, reduz em 50% a cada gera-
ção, considerando valores absolutos.
Figura 4.2 Frequências do alelo q nos machos e fêmeas após sucessivas gerações de
acasalamento ao acaso.
92
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
P Gi G j � P Gi P G j
93
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
As frequências alélicas é:
p = f(A) = D + ½ H = 0,23 + ½ (0,40) = 0,43
e
q = f(a) = R + ½ H = 0,37 + ½ (0,40) = 0,57
94
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
A frequência na descendência é:
f(AA) = p2 = 0,432 = 18,49%
f(Aa) = 2pq = 2x0,43x0,57 = 49,02%
f(aa) = q2 = 0,572 = 32,49%
Em plantas, quando as populações de espécies alógamas estão se
reproduzindo segundo seu sistema reprodutivo natural, e na ausência
de endogamia, desconsiderando-se eventos de mutação, seleção, mi-
gração e deriva genética, isto é, as frequências genotípicas e gênicas,
permanecem inalteradas em consequência do encontro inteiramente
ao acaso entre os gametas que se unem. Em tais condições as po-
pulações encontram-se no estado de Equilíbrio de Hardy-Wenberg
(Barrera Sánchez, 2013).
ATIVIDADES NO GPOP
1. Considere as seguintes populações e responda:
95
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
96
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
97
Para resolução desta atividade vá no GPOP>Equilíbrio>Ilustração
de EHW> procedimentos e entre com os dados da atividade
Referências
SÁNCHEZ, Carlos Felipe Barrera. Seleção genômica ampla em populações derivadas de acasala-
mento ao acaso ou de autofecundação. 2013. Tese (Doutorado) - Universidade Federal de Viço-
sa. Viçosa, MG, 76f., 2013. Disponível em: https://www.locus.ufv.br/handle/123456789/1368.
Acesso em: 10 set. 2019.
CRUZ, Cosme Damião; FERREIRA, Fábio Medeiros; PESSONI, Luiz Alberto. Biometria aplicada
ao estudo da diversidade genética. Visconde do Rio Branco: Suprema, 2011. 620p.
HARTL, Daniel L. & CLARK, Andrew G. Princípios de Genética de Populações. 4ª edição. Art-
med, Porto Alegre, 660 p. 2010.
WIGGINTON, Janis E.; CUTLER, David J.; ABECASIS, Gonçalo R. A Note on Exact Tests of
Hardy-Weinberg Equilibrium. Am J Hum Genet. V.76 p.887–883. 2005. Disponível em: ht-
tps://www.cell.com/ajhg/fulltext/S0002-9297(07)60735-6. Acesso em: 17 set. 2019.
ZIEGLER, Andreas; STEEN, Kristel Van; WELLEK, Stefan. Investigation Hardy-Weinberg equi-
librium in casecontrol or cohort studies or meta-analysis. Breast Cancer Research and Treat-
ment, v.128, n.1, p.197-201, 2011. Disponível em: https://link.springer.com/article/10.1007%-
2Fs10549-010-1295-z. Acesso em: 17 set. 2019.
Capítulo 5
5.1.1 Seleção
Quando Darwin apresentou pela primeira vez o conceito de evo-
lução em meados de 1859, ele sugeriu que nem toda a variação genética
era igual. Essa informação foi de encontro ao que se acreditava à época,
que as espécies eram invariáveis em sua composição genética. A teoria
da Seleção Natural de Darwin violava a premissa de que todos os indi-
víduos sobrevivem em iguais taxas e contribuem com igual número de
gametas para o conjunto gênico (Freeman e Herron, 2009) . Diferente
do conceito de seleção natural aceito à época, que pressupunha que
as espécies eram compostas por indivíduos únicos do ponto de vista
genético e, por isso, a seleção poderia atuar sobre eles.
A seleção natural é um processo evolutivo que promove a perpe-
tuação diferencial e não aleatória de diferentes fenótipos, ou seja, su-
cesso reprodutivo diferencial (Freeman e Herron, 2009). Dessa forma,
os genótipos que determinam os fenótipos com maior valor adaptativo,
ou seja, com maior contribuição proporcional para as próximas gera-
ções, deixam maior número de descendentes se comparados aos menos
adaptados, e consequentemente, há o aumento da frequência dos alelos
que promovem maior valor adaptativo. Em resumo, se determinados
indivíduos com características adaptativas vantajosas deixam maior nú-
mero de descendentes, essa população se torna mais adaptada e ajusta-
da ao ambiente (Pierce, 2003).
100
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
101
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Tabela 5.1 Valores de W calculados à partir das frequências obtidas antes e após a
seleção, considerando que os genótipos contribuem da mesma forma para a próxima
geração.
Genótipos AA Aa aa Total f(a)
Frequências obtidas 1 4 4 6
antes da seleção 1
9 9 9 9
Frequências obtidas 1 4 4 6
após a seleção 1
9 9 9 9
W 1 1 1
102
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Tabela 5.2 Valores de W calculados à partir das frequências obtidas antes e após
a seleção, considerando que os genótipos contribuem de forma diferencial para a
próxima geração.
Genótipos AA Aa aa Total q=f(a)
Frequências obtidas 1 4 4 1 6
antes da seleção (A)
9 9 9 9
Contribuição para a 2 12 4 2 5
próxima geração (B)
9 9 9 9
B 2 3 1
Wi =
A
1
Wp 2 1
3 3
* Wp: padronizado pelo Wi máximo.
103
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Frequências obtidas 1 4 4
antes da seleção
p2 = 2 pq = q2 =
9 9 9
2 1
W=Wp W1 = W2 = 1 W3 =
3 3
Contribuição
proporcional de
2 12 4
genótipos para a p 2W1 = 2 pqW2 = q 2W3 =
população
27 27 27
p2 1 2 pqW2 6 q 2W3 2
Frequências relativas = = =
após a seleção Wmédio 9 Wmédio 9 Wmédio 9
104
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
2
Wmédio = p²W1 + 2pqW2 + q²W3 =
3
105
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
106
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
5.1.2 Mutação
Embora o DNA seja uma molécula altamente estável, mudanças
estruturais ou falhas durante a replicação podem surgir, originando mu-
tações. As mutações podem ser definidas como alterações estruturais a
nível de ponto que ocorrem nos genes em determinadas taxas. Sabe-se
que a maioria das mutações são prejudiciais e determinam a presença de
doenças e distúrbios na espécie humana. A variabilidade genética, funda-
mental para a evolução das espécies e para o melhoramento genético, só
existe devido às mutações que surgem e se fixam ao longo das gerações.
As mutações gênicas podem surgir naturalmente no DNA, na au-
sência de um agente mutagênico (mutações espontâneas) ou serem in-
duzidas por algum agente mutagênico (mutações induzidas). De acordo
com a Agencia Internacional de Energia Atômica (IAEA), há cerca de
3233 variedades mutantes em 214 espécies de plantas, dessas, 49,5%
são cereais, 21,9% são plantas ornamentais e 15% são leguminosas
(Joint, 2015). Os agentes mutagênicos são divididos quanto à sua na-
tureza química ou física. Os agentes físicos incluem a temperatura, ra-
diações ionizantes (raios X, alfa, beta e gama) e excitantes (raios ul-
travioleta), já os agentes químicos são, por exemplo, o ácido nitroso a
proflavina e a 5-bronodeoxiuridina (Cruz et al., 2011).
As técnicas clássicas de indução de mutação apresentam algumas
desvantagens, como por exemplo, a necessidade de geração de grandes
populações mutantes para que a chance de encontrar mutações de in-
teresse seja maior, a ocorrência de quimeras e a forma heterozigota do
loco mutante. Atualmente, com o desenvolvimento das técnicas de bio-
tecnologia, o melhoramento assistido por mutações tornou-se realida-
107
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
108
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
109
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
110
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
498
f ( brancas observadas )= f ( brancas esperadas )= (1 − u ) ²
500
498
1 u
2
500
1
u=
500
5.1.3 Migração
Entende-se por migração o deslocamento de indivíduos ou ga-
metas entre populações de determinada espécie. O efeito da migração
é o fluxo gênico, que introduz alelos exóticos da população migrante
para a nativa. Dessa forma, ela restringe a divergência entre e aumenta
a variação dentro das populações. A migração é fator limitante da diver-
gência genética entre populações já que uniformiza as frequências alé-
licas entre elas. No contexto do melhoramento de plantas, a migração
ocorre, por exemplo, quando há mistura de sementes de duas ou mais
populações e as plantas originárias dessas sementes são cruzadas entre
si. Ou quando pólen de uma população é trazido até outra por meio do
vento, insetos, morcegos, etc, com ocorrência da fecundação. Em ani-
mais, a migração ocorre quando animais são introduzidos em rebanho
de procedência diferente.
111
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Figura 5.3. Esquema de migração unidirecional entre duas populações. Bolas rosa
representam alelos C e as verdes, alelos c.
Δq = qmista - qB (Equação 2)
112
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
mqm 1 m q0
qi mqm q0 mq0 q0 m q0 qm
1 m m
Em que:
113
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
114
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Figura 5.4. Variações na frequência alélica em 10 amostras de 100 (a) e cinco (b)
indivíduos acasalados ao acaso por 10 gerações, tomadas de uma população com
frequência alélica inicial igual a 0.484.
115
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Na figura 5.4 cada ponto representa uma geração. Cada linha azul
uma amostragem. A média do alelo A nas amostras é dado pela linha
vermelha. A variância do loco é dada pelo espaçamento entre as linhas
azuis em relação a linha vermelha. É possível observar o impacto do
tamanho amostral na fixação gênica. Na situação onde foram retiradas
amostras de 100 indivíduos, cuja frequência inicial era bem próxima de
0.50, não houve fixação nem perda de alelos, além disso, a variância em
relação à média entre amostras foi baixa. Já nas amostras de tamanho
cinco, foi possível observar perda do alelo A a partir da quinta geração
e fixação deste alelo a partir da sexta. A variância das amostras foi alta-
mente afetada, indicando a importância da amostragem adequada para
evitar problemas de deriva genética.
A amostragem continuada em populações leva à oscilação gêni-
ca. Esta por sua vez, leva à diferenciação em subpopulações com alta
uniformidade dentro (variabilidade genética reduzida) e a um excesso
de indivíduos homozigotos, em comparação à população base, evento
conhecido como efeito de Wahlund.
ATIVIDADES NO GPOP
1. Em uma população de cães selvagens encontram-se 50 indi-
víduos de pelo preto (AA), 100 de pelos marrons (Aa) e 50
de pelos brancos. Ao domesticar estes animais o veterinário
exerceu uma pressão de seleção sobre os cães brancos, con-
ferindo a estes valor seletivo 60% menor que os animais dos
demais pelos.
116
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
117
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Referências
Freeman e Herron, 2009
HARTL, D. L., CLARK, A. G. Princípios de genética de populações, 4ª ed., 2010
BISHOP, J. A.; L. M. COOK. Industrial melanism and the urban environment. Adv. Ecol. Res.
11:373-404, 1980.
FUTUYMA, D. J. Biologia Evolutiva, 2ª ed. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética,
662p., 1992.
MCCOUCH, S. Diversifying Selection in Plant Breeding. PLoS Biology, v.2, n.10, e347, 2004
PIERCE, B. A. Genética: Um enfoque conceitual. New York: Koogan, 758p., 2003.
TAHERI, S., ABDULLAH, T. L., JAIN, S. M., SAHEBI, M., AZIZI, P. TILLING, high-resolution
melting (HRM) and next-generation sequencing (NGS) techniques in plant mutation breeding.
Molecular Breeding, v.37, n.40, 2017.
118
Capítulo 6
- Teste de qui-quadrado;
- Teste da razão de verossimilhança;
- Teste exato de Fischer.
6.1 Introdução
É importante avaliar se uma população, ou melhor, cada loco
independente, encontra-se ou não em Equilíbrio de Hardy-Weinberg.
Quando a população está em Equilíbrio de Hardy-Weinberg não há
pressão de seleção e o fluxo gênico, a deriva genética e a taxa de muta-
ção são fatores desprezíveis. Hardy e Weinberg perceberam que se não
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Total N N 0
120
A partir das observações da Tabela 6.1 a estatística qui-quadrado
é calculada por meio da fórmula:
Vermelho N1
Rosa N2
Branco N3
N = 100 N=100
gl=C-1(N)=2
122
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Se rejeita-se
Se não se rejeita
Se rejeita-se
Se não se rejeita
123
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Para P1 temos:
e
q 1 p 1 0, 525 0, 475 .
124
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
125
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
126
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
n nn
s 2 s 2
L1 [ kk ] 2 n ]
k 1 n k 1
k 1
em que:
N: tamanho amostral;
nk: número de alelos k da população amostrada; e
Nkk e Nkk’: números de homozigotos e de heterozigotos amostra-
dos, respectivamente.
L
G 2 2 ln 0 2 lnL0 lnL1
L1
127
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
128
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
129
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
130
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
131
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
132
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Tabela 6.7 Arranjos genotípicos para a população P1, com 40 indivíduos, com
resultados do teste exato de Fisher (P(NAa|nA) e P(Acum)), do teste de qui-quadrado
( χ2 e P(χ2 ) ) e do teste do desvio da frequência de homozigotos (DA e z).
*Rejeita-se a a H 0 a 5% de significância.
133
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Tabela 6.8 Arranjos genotípicos para a população P2, com 40 indivíduos, com
resultados do teste exato de Fisher (P(NAa|nA) e P(Acum), do teste de qui-quadrado
( χ2 e P(χ2 ) e do teste do desvio da frequência de homozigotos (DA e z).
*Rejeita-se a H 0 a 5% de significância.
134
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
N !2 H k nk !
P N kk nk .
2 N ! k k N kk !
aj
135
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
ATIVIDADES NO GPOP
1. Em 1935, utilizando-se os antissoros anti-M e anti-N, foram
determinados os grupos sanguíneos (sistema M-N) de uma
amostra aleatória de 1.029 chineses de Hong Kong, obtendo-
-se o seguinte resultado: 342M, 500MN e 187N.
136
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
137
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
138
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Referências
FISHER, R. A. (1935) The logico finductive inference. J. Roy. Stat. Soc. v.98, p. 39-54.
GUO, S. W, THOMPSON, E. A. (1992). Performingtheexacttestof Hardy-Weinberg proportion
for multiplealleles. Biometrics. v.48, p. 361-372.
139
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
140
Capítulo 7
LIGAÇÃO E
DESEQUILÍBRIO DE LIGAÇÃO
Gameta Frequência
AB PAB = pApB
Ab PAb= pApb
aB PaB= papB
ab Pab= papb
Gameta Frequência
AB (1 – r)/2
Ab r/2
aB r/2
ab (1 – r)/2
143
Neste caso, os gametas AB e ab são parentais e Ab e aB, recom-
binantes. Se considerarmos o genótipo com a ligação em repulsão, os
gametas AB e ab seriam recombinantes e as frequências seriam:
Gameta Frequência
AB r/2
Ab (1 – r)/2
aB (1 – r)/2
ab r/2
145
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
População Gametas
Pop1 AB
Pop2 ab
Pop12 AB e ab
146
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Gameta Frequência
AB PAB
Ab PAb
aB PaB
ab Pab
D = PABPab – PAbPaB
PAB = pA pB + Dn
PAb = pA qb – Dn
PaB = qa pB – Dn
Pab = qa qb + Dn
147
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
148
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Observado Esperado (O - E) χ²
AT 474 0,5425 x 0,3080 x 2000 = 334,20 139,80 58,48
AC 611 0,5425 x 0,6920 x 2000 = 750,80 -139,80 26,03
GT 142 0,4575 x 0,3080 x 2000 = 281,80 -139,80 69,35
GC 773 0,4575 x 0,6920 x 2000 = 633,20 139,80 30,86
Total 184,72
GL = 4 -1 -1 = 2
χ²tab 5% = 5,991
A hipótese de que o loco está em equilíbrio de ligação pode
ser rejeitada.
p̂ AB = 474/2000 = 0,2370
p̂ Ab = 611/2000 = 0,3055
p̂ aB = 142/2000 = 0,0710
p̂ ab = 773/2000 = 0,3865
Logo:
pApB = 0,2370 – 0,07 = 0,167
pAqb = 0,3055 + 0,07 = 0,3755
qapB = 0,0710 + 0,07 = 0,141
qaqb =0,3865 – 0,07 = 0,3165
Portanto:
Dmáx = mín [(pAqb); (qapB)] = 0,141
149
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
150
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
N!
=L ( p A , qa , pB ,=
pb , ∆; ni ) p1n1 p2n2 …. p9n9
n !1 n !2 … n !9
em que: p1, p2, ..., p9 são as frequências observadas das classes genotípicas.
A hipótese de nulidade é testada por uma razão de verossimilhan-
ça, definida por:
L
LOD = log10 1
L0
em que:
L0: função de verossimilhança considerando a hipótese de nulidade
H0: D = 0; e L1: função de verossimilhança considerando a hipótese al-
ternativa Ha: D ≠ 0, ou seja, levando-se em conta o valor de D estimado.
151
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
152
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
153
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
D
d 1
Dmax
2,5
d =50 1 − =42, 42 cM
16,5
7.4.1. Estatística r²
A estatística r² é amplamente utilizada na quantificação do dese-
quilíbrio gamético. É importante destacar que r² não pode ser confun-
dido com r (frequência de recombinação). Assim:
D2
r2 =
p A qa pB qb
154
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
X = 1 p + 0q = p X =1r + 0 s =r
p12 q 0² p r12 s 0² r
2 2
p p 2 p 1 p pq r r 2 r 1 s rs
A/a e B/b x y F
AB 1 1 pr + D
Ab 1 0 ps – D
aB 0 1 qr – D
ab 0 0 qs + D
pr D pr � D
155
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
cov x, y D
r �
V x V y pqrs
2 D2
r =
pqrs
Isso significa que o coeficiente de correlação entre alelos no mesmo
gameta é a raiz quadrada do desequilíbrio gamético. A estimação de r² de-
pende não somente do valor de D, mas também das frequências alélicas.
7.4.2. Estatística D’
O valor D’ é também utilizado para quantificar o desequilíbrio
gamético e constitui uma relação entre o valor D estimado e os seus
valores máximos e mínimos:
D2
=D' para D > 0
min ( p A qb , qa pB )
D2
=D' para D < 0
max ( p A pB , qa qb )
156
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Figura 7.3 Relação entre D’ e r² para 10000 valores aleatórios de frequências gaméticas
distribuídos uniformemente. (Fonte: Hartl & Clark, 2010)
157
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
158
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
159
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Dn = (1 - r)n-1 D1
Dn = (1 - r)n-1 D1 = 0
160
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
161
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
162
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
163
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Figura 7.6 Padrões de pares de locos em desequilíbrio gamético para duas gerações
de autofecundação F2:1 (A) e F2:5 estimado pelas estatísticas D’ e r².
164
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
ATIVIDADES NO GPOP
1. Para a população exemplo (c:\dados\plano60b.dat) teste o
desequilíbrio gamético presente e quantifique sua magnitu-
de. Neste arquivo estão duas populações com 100 indivíduos
cada, em relação a 20 marcadores dialélicos.
165
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
166
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Referências
FLINT-GARCIA, S. A.; THORNSBERRY, J. M.; BUCKLER, I.V. Structure of Linkage Disequili-
brium in Plants. Annual Review of Plant Biology, Califórnia, v. 54, n. 1, p. 357-374, 2003.
HARTL, Daniel L.; CLARK, Andrew G.; CLARK, Andrew G. Principles of population
genetics. Sunderland: Sinauer associates, 1997.
HARTL, D.L.; CLARK, A. G. (2010) Princípios de Genética de populações. 4ª ed. Porto Alegre:
Artmed, 660 p.
HEDRICK, P.W. Genetics of populations. 4.ed. Sudbury, MA: Jones and Bartlett Publishers,
2010. 675 p.
NORDBORG, M. Linkage Disequilibrium, Gene Trees and Selfng: An Ancestral
Recombination Graph With Partial Self-Fertilization. Genetics February 1, 2000
vol. 154 no. 2 923-929
PRITCHARD, Jonathan K.; ROSENBERG, Noah A. Use of unlinked genetic markers
to detect population stratifcation in association studies. The American Journal
of Human Genetics, v. 65, n. 1, p. 220-228, 1999.
167
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
168
Capítulo 8
ACASALAMENTOS
170
8.1 Cruzamentos direcionados
Hibridação entre P1 e P2
A hibridação, ou cruzamento direcionado, tem sido utilizada
rotineiramente no melhoramento genético com a intenção de reunir
alelos favoráveis presentes em ambos os genitores. Neste sentido, pro-
cura-se cruzar materiais genéticos superiores e que tenham diversi-
dade genética de forma que o híbrido obtido manifeste vigor, ou he-
terose, e que as populações segregantes avançadas manifestem ampla
variabilidade a ser explorada por técnica seletiva. Em muitos casos,
são encontrados na população F2 e em outras populações segregantes,
indivíduos transgressivos cujo valor fenotípico está além ou aquém
dos limites estabelecidos pelos genitores.
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
1
f ( A=
) p= D + H
2
1
f ( a )= q= R + H
2
logo:
- Frequência alélica:
1 1 p + p2
f ( A) =ph =D′ + H ′ =p1 p2 + ( p1q2 + p2 q1 ) = 1
2 2 2
172
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
1 1 q +q
f (a) =
qh = q1q2 + ( p1q2 + p2 q1 ) = 1 2
R′ + H ′ =
2 2 2
No exemplo, tem-se:
f A � ph e f a � qh
µP + µP
µH = 1 2
+h
2
µP + µP
h H � 1
=2
d ( p1 − p2 ) ²
2
173
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
174
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
8.3 Autofecundação
A autofecundação é um processo de propagação sexuada, que se
verifica naturalmente, ou artificialmente em muitas espécies vegetais
autógamas, que contam com os aparelhos reprodutores, masculino e
feminino, numa mesma planta. Este tipo de acasalamento é utilizado
em programas de melhoramento, com vista à obtenção de linhagens
homozigóticas, para a produção de híbridos heteróticos a partir de
seus intercruzamentos.
Uma maneira de visualizar as consequências da autofecundação em
sucessivas gerações é apresentada na Tabela 8.3. Nesse esquema, conside-
ra-se que cada indivíduo autofecundado deixa quatro descendentes (por
175
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
t
1
f Ht f H0
2
em que:
176
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
1 1
f Dt = f ( D0 ) + ∆ e f Rn = f ( R0 ) + ∆
2 2
=
Sendo, ∆ f ( H 0 ) − f ( H t ) a perda na frequência de heterozigo-
177
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
178
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
aa 0,25 - - 0,25
179
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
u= (X1 + X3)/2
a = X1 – u
d = X2 – u
-a= X3 – u
Essa codificação tem sido útil, uma vez que se baseia-se em ape-
nas dois parâmetros desconhecidos (a e d, negligenciando-se u por ser
constante em todos os valores genotípicos. Neste caso, a expressa o
valor genotípico do homozigoto dominante, d o valor genotípico do
heterozigoto e –a o valor genotípico do homozigoto recessivo em rela-
ção ao desvio com o ponto médio.
As frequências alélicas originalmente podem ser calculadas por:
1 1
f A p0 D0 H0 e f a p0 R0 H0
2 2
Após as autofecundações, obtém-se:
1 1 1
f ( A=
) p=n Dn + H=
n D0 + ∆ + ( H 0 − ∆=
) p0
2 2 2
e
1 1 1
f ( a=
) q=n Rn + H=
n R0 + ∆ + ( H 0 − ∆=
) q0
2 2 2
ou seja, a autofecundação não altera a frequência alélicas da população
original.
0 u a D0 � H 0 dH 0 e µn = u + a ( Dn − H n ) + dH n = µ0 − d ∆
180
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
G2 A2 D2
em que:
σ A2 : variância aditiva;
181
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
1
f ( A )= p= D + H
2
1
f ( a )= q= R + H
2
f(A) = p =0,75
f(a) = q = 0,25
182
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
( p+q)
2
=p 2 + 2 pq + q 2
183
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
1 1 2
H=
2 2 pq (1 − w ) + pq 1 − w =
w 2 pq 1 − w
2 2
1 2
1 1
3
1
t
w
H t 2 pq 1 − w − w − w −…− =
= w 2 pq 1 −
2 2 2 2 2−w
Ht w
1−
F= =
H0 2 − w
184
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
H0
D1 = D0 +
4
H0
H1 =
2
185
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
H0
R1 = R0 +
4
H0 1 H H
p1 = D0 + + 0 = D0 + 0 = p
4 2 2 2
H0
H1 =
2
1
H2 = H e substituindo H1 tem-se,
2 1
2
1
H2 = H0
2
e generalizando para um número (t) qualquer de gerações:
t
1
Ht = H0
2
1
Como o valor ( )t é sempre menor que 1,0 e decresce rapida-
2
mente em direção a zero com o aumento de t, o heterozigoto se aproxi-
ma assintoticamente de zero. A redução é rápida e mesmo quando H0
1
= , a heterozigose é reduzida a menos de 1% após seis gerações. As
2
frequências dos homozigotos são dadas por:
186
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
1 1
D=
t D0 + [1 − ( )t ] H 0
2 2
1 1
R=
t R0 + [1 − ( )t ] H 0
2 2
1
À medida que t aumenta, o valor ( )t tende para zero e as
2
frequências dos homozigotos se aproximam de:
1
Dt D0 =p
2
1
Rt R0 =q
2
Pois, os termos entre colchetes se aproximam de 1,0. Assim, as
frequências dos homozigotos tornam-se as frequências de seus alelos na
geração inicial.
187
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
188
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
189
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
8.6.3 Endocruzamento
Outro viés ou tendenciosidade no acasalamento é o endocru-
zamento (inbreeding), ou cruzamento entre indivíduos aparentados,
também chamado de endogamia. O casamento entre irmão ou primos
de primeiro grau tem o efeito de consanguinidade que tem como con-
sequências retardo mental, surdez e cegueira. É mais provável que a
progênies resultantes de endogamia seja homozigota em qualquer loco
do que a de casamentos não consanguíneos. Portanto, é também mais
provável que seja homozigota para alelos recessivos deletérios. Por esse
motivo, a endogamia pode ocasionar redução no vigor e no sucesso
reprodutivo, denominada de depressão por endogamia.
Em muitas espécies de plantas, a autopolinização e a endogamia
tem alta prevalência, como exemplo, os cerais arroz e trigo. Como muitas
190
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Tabela 8.13 Resumo dos tipos de acasalamentos com suas respectivas frequências
alélicas e genotípicas.
Tipo de acasalamento Frequência Alélica Frequência genotípica
Alógama Cruzamento ao acaso Não altera Não altera
Autógama Autofecundação Não altera Altera (heterozigoto reduz à metade)
Mistos Não altera Altera
ATIVIDADES NO GPOP
1. Nesta atividade você irá simular diferentes tipos de acasala-
mentos a partir de populações dialélicas. Lembre-se que antes
de simular a população, é preciso que você defina a sua trilha
de dados. Para isso, clique em Utilitários e após isso, em trilha
de dados, como explicado no capitulo 1.
191
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
192
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
193
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Descendência
Genótipos da F1 que se Probabilidade da
autofecundam autofecundação
AA Aa aa
AA
Aa
aa
Total
Referências
BROWN, A.H.D.; CLEGG, M.T.; KAHLER, A.L. & WEIR, B.S. (Eds.) Plant Population Genetics,
Breeding, and Genetic Resources, Sinauer Associates Inc., Sunderland, 448p. 1990.
FALCONER, D.S. Introdução à genética quantitativa. UFV, 1987. HARTL, Daniel L.; CLARK,
Andrew G.; CLARK, Andrew G. Principles of population genetics. Sunderland: Sinauer asso-
ciates, 1997.
194
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
HARTL, D.L. & CLARK, A.G. Princípios de Genética de Populações, 4ª ed., Artmed
Editora SA, Porto Alegre, 659p. 2010.
LIU, Ben Hui. Statistical genomics: linkage, mapping, and QTL analysis. CRC press, 1997.
ROBINSON, I. P.; ALFENAS, A. C. Aloenzimas na genética de populações de plantas. Eletrofo-
rese de isoenzimas e proteínas afins: fundamentos e aplicações em plantas e microorganismos.
Viçosa, MG: UFV, p. 329-368, 1998.
195
Capítulo 9
ENDOGAMIA
F P Ap Am
em que:
197
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
F Z P Z 11 P Z 22 P Z 33 P Z 44
1 1 1 1 1 1 1
P (=
Z 11
=) x x x x x=
2 2 2 2 2 2 64
198
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
1 1 1 1 4
F ( Z) = + + + = = 0, 0625
64 64 64 64 64
O cálculo desse coeficiente de endogamia também pode ser rea-
lizado via aplicativo computacional GPOP, indo em Testes Estatísticos
–> Coeficiente de Parentesco->Gerar matriz (ver capítulo 1). A saída é
observada na Figura 9.2:
199
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
1
rGH
= P ( a ≡ c ) + P ( a ≡ d ) + P ( b ≡ c ) + P ( c ≡ d )
4
Com base nessas definições, constata-se que o coeficiente de en-
dogamia médio de uma progênie é igual ao coeficiente de parentesco de
seus genitores. Isso pode ser demonstrado cruzando os indivíduos G(ab)
e H(cd) e observando sua progênie:
200
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
4
FP 1 F1 F2 F3 F4
Portanto:
FP = rGH
1
rGG
= P ( a ≡ a ) + P ( a ≡ b ) + P ( b ≡ a ) + P ( b ≡ b )
4
A chance de a ser idêntico por ascendência a a e b ser idêntico por
ascendência a b é de 1. Portanto temos:
1
rGG = 1 + P ( a ≡ b ) + P ( b ≡ a ) +1
4
rGG
2 2 FG
4
201
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
2 1 FG
rGG
4
E o coeficiente de parentesco do indivíduo com ele mesmo fica em:
1 FG
rGG
2
1
r=
GG (1 + FG )
2
O coeficiente de parentesco de um indivíduo com ele mesmo
pode ser interpretado como sendo a probabilidade de que o indivíduo
transmitirá a cópia de um alelo ancestral. Sendo igual a zero, tem-se
50% de chance do alelo ancestral ser passado. Sendo igual a 1, é
certo que o alelo ancestral será passado.
1
rCD rAA 2rAB rBB
4
1 1
Como r=
AA (1 + FA ) e r=
BB (1 + FB ) , tem-se:
2 2
1 1 1
rCD= (1 + FA ) + 2rAB + (1 + FB )
4 2 2
1 1 1
rCD 1 FA 2rAB FB
4 2 2
202
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
1
rKY= [ rJE + rEE + rEC + rJC ]
4
1 1
rKY= rJE + (1 + FE ) + rEC + rJC
4 2
Como os pais não são endogâmicos e nem relacionados, tem-se
1
F=
E rJE
= rEC
= rJC= 0 , então rKY = .
8
1 1
rAC
= rAA + rAB
2 2
11 1
rAC = (1 + FA ) + rAB
2 2 2
1
rAC = (1 + FA + 2rAB )
4
203
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
204
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
205
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
1 1
FF 3 =rF 2, F 2 = (1 + FF 2 ) =
2 2
Para a população F4, o mesmo raciocínio:
1 3
FF 4 =rF 3, F 3 = (1 + FF 3 ) =
2 4
E assim em diante:
1
FF rF −1, F=
= −1 (1 + FF −1 )
2
Então:
2 t
1 1 1
Ft = + +…+
2 2 2
A soma dos n termos de uma progressão geométrica é dada por:
Sn
a1 1 � q n �
1 q
a1 é o primeiro termo da progressão e q a razão. Logo:
1 1
t
1
2 2
Ft
1
1
2
Desenvolvendo a expressão tem-se:
206
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
1 1
t
1
2 2
Ft
1
2
A partir desta expressão, conclui-se que:
t
1
Ft 1
2
Para t ≥ 0
Como a endogamia da geração F2 foi considerada igual a zero,
uma fórmula melhor seria:
tg
1
Ft 1
2
Sendo g a geração em que se verifica o coeficiente de endogamia
nulo (Fg = 0).
207
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
t
1
Ft 1
2
Como comentado no capítulo 8, a frequência do heterozigoto na
t-ésima geração de autofecundação é dada por:
t
1
H FT = 2 pq
2
Portanto:
208
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
t
1 H FT
2 2pq
H 0 = 2 pq
t t
H 1 H 1
Substituindo-se 0 = 1 e FT em Ft 1 , tem-se:
H0 2 2pq 2
H 0 H FT
Ft
H0
ou seja:
H FT H 0 1 Ft
� t ���
DFT Do � pqF
DFT p 2 � pqF
� t ���
209
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
� t ���
RFT Ro � pqF
RFT q 2 � pqF
� t ���
p q 1
q 1 p
q 1 0, 6
210
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
q = 0, 4
f AA p 2 Fpq
F=
( f ( AA) − p ) 2
pq
F=
( 0, 432 − 0,36 )
0, 6 x 0, 4
F = 0, 3
H � f Aa
211
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
=H 2 pq (1 − F )
=H ( 2 x 0, 6 x 0, 4 )(1 − 0,3)
H = 0, 336
e de aa (R):
R � f aa
R= q 2 + Fpq
R = 0, 232
f AA p 2 Fpq
212
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Como p + q = 1, tem-se:
f AA p 2 F p 1 p
f AA p 2 F p p 2
f AA p 2 p 2 F pF
2
Colocando p em evidência, tem-se:
f AA p 2 1 F pF
f AAautozigóticos
� p
f AAautozigóticos 0, 6
213
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
f aa � autozigóticos q
f aa autozigóticos 0, 4
Figura 9.5 Diferentes taxas de endogamia sobre uma mesma população com p = 0,4 e
q =0,6. As frequências dos genótipos AA, Aa e aa estão representados, respectivamente,
pelas primeira, segunda e terceira colunas.
214
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
215
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
216
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
2 pq
p ' p2 +
=
2
p ' p 2 + pq
=
p '� p p q
Como p + q = 1
p '� = p
2 pq 1 F
p '' p 2 Fpq
2
p '' p 2 Fpq pq 1 F
217
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
p '' p p q
p '' = p
a a a
1 − ∑ pi 2 − ∑ ∑ pi 2 p j 2
PIC =
=i 1 i ,=j 1( i ≠ j )
218
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
219
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Tabela 9.3 Gametas e descendentes produzidos por uma população com 3 indivíduos.
Frequência 1/(2N) 1/(2N) 1/(2N) 1/(2N) 1/(2N) 1/(2N)
Gametas a a’ b b’ c c’
a aa a’a ba b’a ca c’a
a’ aa’ a’a’ ba’ b’a’ ca’ c’a’
b ab a’b bb b’b cb c’b
b’ ab’ a’b’ bb’ b’b’ cb’ c’b’
c ac a’c bc b’c cc c’c
c’ ac’ a’c’ bc’ b’c’ cc’ c’c’
Como pode ser visto, (Tabela 9.3), há 6/36 indivíduos com dois
alelos idênticos por descendência (aa, a’a’, bb, b’b’, cc e c’c’). Esse valor
220
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
corresponde a 1/6, mesmo valor que seria encontrado caso fosse usada
a fórmula 1/(2N), pois há 3 indivíduos na população.
Para o cálculo da endogamia na população P2, também formada
por N indivíduos, deve-se levar em consideração dois fatores: a chance da
união de dois alelos idênticos por descendência (1/(2N)) mais a chance
dos alelos diferentes que estão sendo unidos (1 - 1/(2N)), serem na reali-
dade idênticos por ascendência, devido a endogamia da geração anterior.
Dessa forma, considera-se:
F2 = endogamia nova + endogamia remanescente
1 1
F2 = + 1− F1
2N 2N
1 1
F3 = + 1− F2
2N 2N
1 1
Ft = + 1− Ft −1
2N 2N
H 0 − H FT H − H FT −1
Do tópico anterior temos que Ft = e Ft −1 = 0
H0 H0
. Substituindo na expressão acima tem-se:
H 0 − H FT 1 1 H 0 − H FT −1
= + 1−
H0 2N 2N H0
221
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
− H FT 1 1 H FT −1
+ 1= + 1− 1 −
H0 2N 2N H0
− H FT 1 1 H H
+ 1= +1− − FT −1 + FT −1
H0 2N 2N H0 2 NH 0
− H FT − H FT −1 − H FT −1
=
H0 H 0 2 NH 0
H FT −1
− H FT =
− H FT −1 +
2N
1
H FT H FT −1 1 −
=
2N
1
H FT −1 H FT − 2 1 −
=
2N
2
1
H FT H FT − 2 1 −
=
2N
1
H FT − 2 H FT −3 1 −
=
2N
222
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Substituindo H t −2 em H t :
3
1
H FT H FT −3 1 −
=
2N
Continuando as substituições, irá se chegar na t-ésima geração:
t
1
H FT H FT −t 1 −
=
2N
t
1
H
= FT H 0 1 −
2N
Voltando a expressão:
1 1
Ft = + 1− Ft −1
2N 2N
Considerando:
1
∆ F = como o incremento da endogamia a cada geração e P =
2N
1 – F como o índice de panmixia, tem-se:
1 − Pt = ∆ F + (1 − ∆ F )(1 − Pt −1 )
1 − Pt =∆ F + 1 − ∆ F − Pt −1 + ∆ F Pt −1
223
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
− Pt = − Pt −1 + ∆ F Pt −1
Pt= (1 − ∆ F ) Pt −1
Pt −1= (1 − ∆ F ) Pt −2
Pt = (1 − ∆ F ) Pt − 2
2
Pt − 2 = (1 − ∆ F ) Pt −3
Pt = (1 − ∆ F ) Pt −3
3
Pt = (1 − ∆ F ) Pt −t
t
224
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Pt = (1 − ∆ F ) P0
t
Pt = (1 − ∆ F )
t
t
1
Ft =1 − 1 −
2N
t
1
Ft = 1 −
2
225
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
226
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
X 0 = p 2 a + 2 pqd + q 2 ( −a )
227
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
X F= [ p 2 (1 − F ) + pF a + 2 pq (1 − F ) d + q 2 (1 − F ) + qF ] ( −a )
X F X 0 2 pqdF
V0 = p 2 ( a − X 0 ) + 2 pq ( d − X 0 ) + q 2 ( −a − X 0 ) 2
2 2
VF= [ p 2 (1 − F ) + pF ( a − X 0 ) + 2 pq (1 − F ) ( d − X 0 ) + q 2 (1 − F ) + qF ] ( −a − X 0 ) 2
2 2
VF = p 2 ( a − X 0 ) − p 2 F ( a − X 0 ) + pF ( a − X 0 ) + 2 pq ( d − X 0 ) − 2 pqF ( d − X 0 ) + q 2 ( −a − X 0 ) − q 2
2 2 2 2 2 2
2 pqF ( d − X 0 ) + q 2 ( −a − X 0 ) − q 2 F ( −a − X 0 ) + qF ( −a − X 0 ) 2
2 2 2
( ) (
VF = V0 + ( a − X 0 ) − p 2 F + pF − 2 pqF ( d − X 0 ) + −q 2 F + qF ( −a − X 0 ) 2 )
2 2
228
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
ATIVIDADES NO GPOP
1. Por meio do programa GPOP, fornecida a árvore genealógica a
seguir, calcule o coeficiente de endogamia dos indivíduos X e
Y. Considere os coeficientes de endogamia: FA = 0,6, FB = 0,4
e FC = 0,2.
229
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
a. 49 AA, 42 Aa e 9 aa;
Referências
BEN ARAB S. MASMOUDI S.; BELTAIEF, N.; HACHICHA, S.; AYADI, H. Consanguinity and
Endogamy in Northern Tunisia and its Impact on Non-syndromic Deafness. 2004.
BLOUIN, S. F., and BLOUIN, M. Inbreeding avoidance behaviors. 1988.. Trends in Ecology &
Evolution.
CRUZ, C.D.; FÁBIO, F.M.; PESSONI, L.A. Biometria Aplicada ao estudo da diversidade genéti-
ca. Capítulo 4: Diversidade Genética Baseada em Informações Moleculares.2011.
CRUZ, DC. Princípios de Genética Quantitativa. Capítulo 6: Covariância entre Parentes e capí-
tulo 8: Endogamia.
FUTUYMA, D.J. Biologia Evolutiva. Segunda Edição. Capítulo 5: Estrutura Populacional e De-
riva Genética.
LIMA, J.M.; PEREIRA, P.V.; SILVA, S.I.D.C.G.; FORONES, N.M. Estudo do polimorfismo gené-
tico no gene p53 (Códon 72) em câncer colorretal. 2006.
Notas de aulas genética de populações. Departamento de Biologia. Programa de pós-graduação
em genética e melhoramento de plantas. Universidade Federal de Lavras. 2013.
WRIGHT, S. Systems of mating. i. the biometric relations.between parent and offspring. Bureau
of Animal Industry, United States, Department oj Agriculture, Washington, D. C. 1920.
230
Capítulo 10
FIXAÇÃO E OSCILAÇÃO NA
FREQUÊNCIA GÊNICA
- Deriva Genética;
- Tamanho efetivo;
- Fixação alélica;
- Equilíbrio de Hardy-Weinberg,
232
Ao ser tomada uma amostra de tamanho N (N < n) desta popula-
ção original, deve ser admitido que ela foi originada do encontro entre
2N gametas. A relação genotípica esperada (RGe) na amostra é:
• 4 do tipo A e 1 do tipo a
• 2 do tipo A e 3 do tipo a
• 1 do tipo A e 4 do tipo a
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
234
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
235
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
236
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
237
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238
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Nm = Nf= N
e
239
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
logo:
240
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
e que
; como é mostrado na
Figura 10.2.
241
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
242
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
243
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
- Análise da subpopulação 1
p0 q0
( pˆ j1 ) V=
V= ( pˆ1 )
2N
- Análise da subpopulação 2
( pˆ j 2 ) E=
E2 = ( pˆ 2 ) pˆ1
244
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
( pˆ j 2 ) E1E=
E1 E2= 2 ( p2 )
ˆ 1 ( p1 )
E= ˆ p0
V ( pˆ j 2 ) =
2
V ( pˆ 2 ) = E2 [ pˆ 2 − p0 ]
E2 pˆ 2 − E2 ( pˆ 2 ) =
2
2
V ( pˆ 2 )= E1 E2 [ pˆ 2 − p0 ) ]2= E1 E2 ( pˆ 2 − pˆ1 )( pˆ1 − p0 )
2 2
= E1 E2 ( pˆ 2 − pˆ1 ) + 2 E1 E2 ( pˆ 2 − pˆ1 )( pˆ1 − p0 ) + E1 E2 ( pˆ1 − p0 )
anterior:
2
1. E1 E2 ( pˆ 2 − pˆ1 )
245
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
= E1 V ( pˆ 2 )
pˆ (1 − pˆ1 )
= E1 1
2n
(
(p1 − p02 ) − pˆ12 − p02
= E1
)
2N
=
1
2N ) (
E ( p1 − E ( p02 ) − E1 pˆ12 − p02 ] )
1
= p0 − p02 − V ( pˆ1 )
2N
1 2 p0 (1 − p0 )
= p0 − p0 −
2N 2N
1 p0 (1 − p0 )
= 1 −
2N 2N
246
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
2 E1 ( pˆ1 − p0 ) E2 ( pˆ 2 − pˆ1 ) =
0
2
3. E1 E2 ( pˆ1 − p0 )
2 2
E1 E2 ( pˆ1 − p0 ) = E1 ( pˆ1 − p0 )
p0 (1− p0 )
( pˆ1 )
= V=
2N
p0 (1 − p0 ) 1
V ( pˆ 2 )
= 1 − + 1
2N 2 N
• Análise da subpopulação t
E1 E2 … Et ( pˆ jt ) =
p0
p0 (1 − p0 )
t −1 t −2 1
1 1 1
V ( pˆ t )
= 1 − + 1 − +…+ 1 − + 1
2N 2 N 2N 2N
247
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
p0 (1 − p0 ) 1 − (1/ 2 N )
t
V ( pˆ t ) =
2N 1/ 2 N
p0 1 p0
t
1
[1 1
2N 2N
t
1
Sabendo que: lim 1 0
t
2N
Obtém-se:
V ( pˆ t →∞
= ) p0 (1 − p0 )
248
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
f ( Aa=
) 2 pq ( 1 − F=) 0
f AA p 2 pqF p � � p q p
f aa q 2 pqF q � p q q
249
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
2 p j 1 p j , 1 p j .
2
j 1
j 1 . Observe na tabela 10.2 o esquema das subpopulações.
250
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
f A1 A2 1 2 p1 1 p1 2 2 p2 1 p2 s 2 ps 1 ps
s
f ( A1 A2 ) 2∑θ j p j (1 − p j )
=
j =1
∑θ (1 − p )
2
f ( A2 A=
2) θ1 (1 − p1 ) + θ 2 (1 − p2 ) +…+ θ s (1 − ps=
)
2 2 2
j j
j =1
s
i. média : p = ∑θ j p j
j =1
s s
∑θ j ( p j − p=
)
2
ii. variância :σ=
=j 1 =j 1
2
∑θ j p j2 − p2
Assim, tem-se:
s
f ( A1 A1=
) ∑θ j p=
j
2
p2 + σ 2
j =1
s
f ( A1 A2 )= 2∑θ j p j (1 − p j )= 2 p (1 − p ) − 2σ 2
j =1
251
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
s
f ( A2 A2 ) =∑θ j (1 − p j ) =
2
(1 − p ) + σ 2
2
j =1
f ( A1 A1 ) = p 2
f ( A1=
A2 ) 2 p (1 − p )
f ( A2 A2 )= (1 − p )
2
A1 A1 s
p2
j p j 2 p 2 2
j 1
A1 A2 s
2 p 1 p
2 j p j (1 p j ) 2 p 1 p 2 2
j 1
A2 A2 s
1 p
j 1 p j 1 p 2
2
2 2
j 1
p : média das frequências do alelo A1 nas s subpopulações
252
brio de Hardy-Weinberg estabelecido a partir das frequências médias
das subpopulações. Na prática, a comparação entre os valores espera-
dos e observados prevê estimativa de um importante parâmetro, σ ,
2
ATIVIDADES NO GPOP
1. No GPOP, simule uma população com 1000 indivíduos, 20
locos e f(A) = 0,5. Denomine esse arquivo de “pexc1.dat”.
Indique quais os locos estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg
e quais não estão.
Para a simulação vá em GPOP->Simulação –> Populações ->
Dialélico e insira os dados informados.
2. A partir do arquivo anterior, em Deriva Genética, amostra-
gem, complete os parâmetros:
254
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Referências
CRUZ, C.D.; FÁBIO, F.M.; PESSONI, L.A. Biometria Aplicada ao estudo da diversidade genéti-
ca. Capítulo 4: Diversidade Genética Baseada em Informações Moleculares.2011.
FUTUYMA, D.J. Biologia Evolutiva. Segunda Edição. Capítulo 5: Estrutura Populacional e De-
riva Genética.
Notas de aulas genética de populações. Departamento de Biologia. Programa de pós-graduação
em genética e melhoramento de plantas. Universidade Federal de Lavras. 2013.
255
Capítulo 11
NOÇÕES DE
GENÉTICA QUANTITATIVA
257
fluência do ambiente em uma característica também pode complicar a
relação entre genótipo e fenótipo. Por causa dos efeitos ambientais, o
mesmo genótipo pode produzir uma variedade de potenciais fenótipos.
As variações fenotípicas de diferentes genótipos podem se sobrepor, di-
ficultando saber se os indivíduos têm diferentes fenótipos por causa
das diferenças genéticas ou ambientais. Em poucas palavras, a simples
relação entre genótipo e fenótipo que existe para muitas características
qualitativas (descontínuas) não existe nas características quantitativas, e
é impossível indicar um genótipo de um indivíduo com base apenas no
seu fenótipo. Os métodos usados para analisar as características qualita-
tivas (examinar as razões fenotípicas de descendentes de um cruzamen-
to genético) não funcionarão para as características quantitativas. Dessa
maneira, iremos a partir de agora aprender como é feito o estudo desse
tipo de características.
259
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
11.3.1 Distribuições
Compreender a base genética de qualquer característica começa
com uma descrição dos números e tipos de fenótipos presentes em um
grupo de indivíduos. A variação fenotípica em um grupo pode ser re-
presentada de forma conveniente por uma distribuição de frequência,
260
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
261
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
11.3.3 Média
A média, também chamada de média aritmética, fornece informações
sobre o centro da distribuição. Para representar um grupo de medidas como
x1, x2, x3… então a média ( X ) é calculada ao adicionar todas as medidas
individuais e dividir pelo número total de medidas na amostra (n). Considere
X xi / n , i = 1,2,3,...,n;
11.3.4 Variância
Uma medida estatística que fornece informações importantes so-
bre uma distribuição é a variância, que indica a variabilidade de um
grupo de medidas, ou como a distribuição está espalhada. As distribui-
ções podem ter a mesma média, mas diferentes variâncias (Figura 11.2).
Quanto maior a variância, maior o espalhamento das medidas em uma
2
distribuição ao redor de sua média. A variância ( s ) é definida como o
desvio médio ao quadrado a partir da média:
262
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
263
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
F GM� (1)
Em que:
F: Valor fenótipo
G: Valor genotípico
M: Desvio causado pelo ambiente
264
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
σ F2 = σ G2 + σ M2 + 2cov ( G, M ) (2)
σ F2 = G2 � M2 (3)
265
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
11.6.1 Herdabilidade
Em relação aos valores de médias e das variâncias, torna-se pos-
sível obter estimativa de parâmetro genéticos úteis para avaliação da
potencialidade da população para fins de melhoramento, bem como
estabelecer métodos eficazes de seleção (Cruz, 2012). O parâmetro de
extrema importância é a herdabilidade que é definida como sendo a
proporção da variância total que é atribuída ao efeito médio dos genes,
e este é que determina o grau de semelhança entre parentes e também
o seu papel preditivo expressando a confiança do valor fenotípico como
uma guia para o valor genotípico (Falconer, 1987). Além destas, defini-
ções a herdabilidade também expressa a razão da variância genotípica
(ou variância genética aditiva) e a variância fenotípica ou corresponde
ao coeficiente de regressão do valor genético, em relação ao valor feno-
típico, conforme a equação 4:
2σ G2
h = 2 (4)
σF
em que:
σ G2 : Variância genotípica
σ F2 : Variância fenotípica
266
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
G2 1 / 2a 2 1 / 4d 2
n R 2 / 8 G2
R = 50 – 10 = 40
G2 11
267
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
11.6.3 Heterose
Heterose (H), ou vigor híbrido, é a medida da superioridade do F1
em relação à média de seus pais. Assim, tem-se:
H F1 1 / 2 P1 P 2
268
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
VF VA VD VI VE
VF = Variância fenotípica
VA = Variância genética aditiva
VD = Variância devida aos desvios de dominância
VI = Variância devida às interações epistáticas
VE = Variância devida aos desvios de ambiente
269
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
Definição prática:
O valor genético aditivo de um indivíduo é igual a duas vezes o des-
vio médio do valor da progênie em relação à média da população, quando
o referido indivíduo é acasalado com um determinado número de indivídu-
os tomados ao acaso. Combinações genéticas não aditivas fazem com que
as definições teóricas e práticas não sejam equivalentes.
G=A+D+I
270
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
11.7.4 Seleção
A população F2 apresenta variabilidade e pode ser submetida à se-
leção. Interessa para o melhoramento avaliar a possibilidade de ganhos
pela seleção praticada e predizer a média dos indivíduos resultantes do
intercruzamento daqueles indivíduos que serão selecionados.
Nesse processo seletivo, considera-se a média população original,
com média X 0 , o conjunto de indivíduos selecionados, com média X s � ,
e a população melhorada, resultante do acasalamento entre os indivíduos
selecionados, com média X C1 . A diferença entre a média dos seleciona-
dos ( X s ) e a média original da população ( X 0 ) é definida como o dife-
rencial de seleção. A diferença entre a média da população melhorada (
X C1 ) e a da população original é definida como o ganho obtido por sele-
ção. Assim, tem-se:
DS X s X 0
GS X C1 X 0
271
Assim, pode-se definir:
GS
=
DS
(σ ) / (σ
2
G
2
G += )
σ M2 h 2
GS = h 2 xDS
X C1 X 0 GS X 0 h 2 X s X 0
X C1 X 0 GS
Variâncias na População F2
V F2 = 16
V ( P1) + V ( P 2 ) + 2V ( F1 ) 6 + 4 + 2 x5
V (M )
= = = 5
4 4
V G V F2 V M 16 5 11
Herdabilidade
V G V G 11
h2 0, 687
V G V M V F 16
273
Conclui-se, portanto, que 68,7% da variação apresentada pela gera-
F
ção 2 é atribuída a causas genéticas; o restante é atribuído ao ambiente.
W2 (50 − 10) 2
=n = = 18,18 ≅ 19 genes controlando o caráter
8V ( G ) 8 x11
Heterose
Heterose ou vigor híbrido, é a medida da superioridade do F1 em
relação à média de seus pais, que, para o exemplo, é estimada por:
P1 P2 50 10
h F1 25 5
2 2
Seleção
A população F2 apresenta variabilidade genética e poderá ser
DS X s X 0 35 30 5
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
GS h=
= 2
xDS 0, 687 x5 = 3, 437
O valor de GS em termos percentuais, é dado por:
100GS 100 x3, 437
GS % 11, 458%
X0 30
Referências:
CRUZ, C. D.; FERREIRA, F. M.; PESSONI, L. A. Biometria aplicada ao estudo da diversidade
genética. Visconde do Rio Branco: Suprema, 2011. 620p.
FALCONER, D.S.; MACKAY, T.F.C. Introduction to Quantitative Genetics, 4th ed., Longman,
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LYNCH, M.; WALSH, B. Genetics and Analysis Of Quantitative Traits. Sinauer
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SOUZA JR., C.L. Componentes Da Variância Genética E Suas Implicações no
Melhoramento Vegetal, FEALQ, Piracicaba, 134p. 1989.
PIERCE, B.A.; Genética: Um enfoque conceitual; Editora Guanabara Koogan S.A., 2016; Quinta
edição. 1206p. PINTO, CAB. Notas de Aulas - Genética de Populações, 2013. Universidade Fe-
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WRICKE, G. & WEBER, W.E. Quantitative Genetics and Selection in Plant Breeding,
de Gruyter, Berlin, 406p. 1986.
275
GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
SOBRE OS AUTORES
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
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GENÉTICA DE POPULAÇÕES COM O APLICATIVO GPOP
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