Método de amostragem para Triagem e Sequenciamento

A sequenciação genómica, a triagem dos VOCs e os metadados integrada à vigilância

genómica, contribuem para a resposta ao surto de COVID-19, ajudando no rastreamento
da disseminação das variantes do SARS-CoV-2 geograficamente ao longo do tempo.

Este documento tem como objetivos:

-Introduzir os coordenadores de laboratórios de virologia do INSP nos processos de

amostragem do ACDC e da OMS para o sequenciamento.

Estratégias de amostragem:

As estratégias de amostragem irão variar dependendo dos objetivos de vigilância das

variantes nacionais. Os objetivos principais podem incluir:

a) detetar variantes circulando em níveis baixos;

b) monitorar a prevalência relativa de variantes ao longo do tempo e áreas
geográficas;
c) investigar casos particulares de interesse para a saúde pública.

Em termos gerais, os objetivos (a) e (b) podem ser alcançados através da vigilância
rotineira de uma amostragem aleatória. O objetivo (c) requer uma amostragem
direcionada.

Para países com alta capacidade de sequenciamento, os objetivos prioritários devem ser
(a) e (b). Países com baixa capacidade de sequenciamento devem focar em (b).

Tamanho da amostra para a sequenciação

O tamanho da amostra a ser sequenciada é definido de acordo com as diretrizes do

ACDC e da OMS que consideram:

 O número de casos registrados na semana anterior

 E a prevalência de VOC a ser detetada entre todas as cepas virais em

circulação

Exemplo:
 Casos por semana Prevalencia dos VOCs Tamanho da amostra por semana
25% 12
10% 28
1000 5% 54
2,50% 99
1% 196
25% 11
10% 27
500 5% 49
2,50% 83
1% 141
25% 10
10% 22
100 5% 33
2,50% 46
1% 59
Nota: Observe que quanto menor a prevalência de VOC, maior será o tamanho da amostra a ser
selecionada.

Critérios de amostragem de SARS-CoV-2

Critérios de representatividade

A fim de promover dados mais robustos e legítimos que reflitam as informações

genómicas do SARS-CoV-2 que circulam dentro dos países da região, a amostragem
baseada na representatividade é fundamental para os objetivos da vigilância genómica.

Para melhor representação do SARS-CoV-2 circulando nos países, os critérios para a

distribuição representativa de uma amostra devem incluir pelo menos:

 idade,
 sexo,
 espectro clínico
 distribuição geográfica.
Característica virológica das amostras clínicas

Como o SARS-CoV-2 possui um dos maiores RNA virais, a boa qualidade da amostra e
com alta carga viral é crucial para recuperar a sequência completa do genoma com alta
qualidade. A baixa qualidade da amostra leva à falha dos protocolos de sequenciamento.

As amostras clínicas ideais são:

 Amostras com valores de Ct ≤ 30;

 Amostras transportadas por uma cadeia de frio ininterrupta e armazenadas em
condições de temperaturas ultrabaixas (-80);
 Evite vários ciclos de congelamento-descongelamento da amostra.

Estratégias de Amostragem

 A OMS Propõe três estratégias distintas para triagem e sequenciamento:

 Seleção aleatória

 Seleção direcionada

 Estratégia mista (recomendado)

Nota: Se o número de amostras positivas elegíveis registradas durante a semana for

inferior a 75, apenas as estratégias de seleção aleatória e direcionada são aplicáveis.

Seleção aleatória

Seleção de amostra positivas por PCR e TDR com Ct <30, gerada aleatoriamente.

Seleção direcionada

Será feita uma seleção priorizada das amostras positivas por PCR e TDR com Ct <30.
Onde será priorizado amostras de com base em resultados de ensaios de triagem (VOC),
amostras de pacientes de suspeita de reinfeção e dos imunocomprometidos.

Estratégia mista

A estratégia mista é uma a junção da seleção aleatória com a seleção direcionada.

 Vantagens e limitações das estratégias

Estratégias Vantagens Limitações

Estratégia Mista X X X -Alta sensibilidade, -Complexo, requer grandes

representativa, que capacidades e um grande
permite investigar casos número de amostras
especiais elegíveis

Seleção Aleatório X X O - Alta sensibilidade, -Não permite seguir grupos

representatividade específicos

Seleção Direcionada O O X -Prático, Simples, -Baixa sensibilidade

Investiga casos especiais representativa