O principal método de detecção intelectual de Holmes é o raciocínio abdutivo.

[61] A dedução
holmesiana consiste principalmente em inferências baseadas na observação,[62] de acordo com
Carlo Ginzburg, Holmes trabalha com indícios.[63]
Em Um Estudo em Vermelho, Holmes deixa claro que se baseia em observações e indícios: "Por
enquanto, ainda não dispomos de dados […] É um erro capital formular teorias antes de contarmos
com todos os indícios. Pode prejudicar o raciocínio.”[64] Em "A Coroa de Berilos", Holmes
explica como dá prosseguimento ao seu trabalho até chegar na solução: “É um velho preceito meu
que, quando se exclui o impossível, o que resta, por mais improvável que seja, deve ser a verdade”.
[65]
Em Um Estudo em Vermelho, o Dr. Watson compara Holmes com C. Auguste Dupin, o detetive de
ficção de Edgar Allan Poe, que empregou uma metodologia similar. Para isso, Holmes responde:
"Sem dúvida, imagina estar me fazendo um elogio, quando me compara a Dupin [...] Bem, na
minha opinião Dupin era um tipo bastante inferior. Aquele seu truque de interromper os
pensamentos do amigo com um comentário oportuno, após um silêncio de 15 minutos, além de
espalhafatoso, é superficial. Não duvido que ele tivesse certo dom analítico, mas não era de modo
algum o fenômeno que Poe parecia imaginar".[66] Aludindo a um episódio em "Os Assassinatos da
Rua Morgue", onde Dupin deduz o que seu amigo pensa, apesar de terem andado juntos em silêncio
por um quarto de hora. No entanto, Holmes realiza o mesmo "truque" com Watson em "O Caso da
Caixa de Papelão".

Disfarces
Holmes usou diversos disfarces em suas histórias, entre eles: um marinheiro (em O Signo dos
Quatro), um noivo embriagado (em "Um Escândalo na Boêmia"), um fumante de ópio (em "O
Homem do Lábio Torcido"), um venerável padre italiano (em "O Problema Final") e uma mulher
idosa (em "A Aventura da Pedra Mazarin").[67]