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BIOTECNOLOGIA
BIOTECNOLOGIA
BIOTECNOLOGIA
Embrapa Cerrados
Planaltina, DF
2011
Autores:
Sumrio
11 Apresentao
13 Captulo 1 Biotecnologia: uma viso geral
31 Captulo 2 Princpio cientfico e anlises
genticas utilizando marcadores moleculares
55 Captulo 3 Aplicaes de marcadores
moleculares como ferramenta auxiliar
em programas de conservao,
caracterizao e uso de germoplasma
e melhoramento gentico vegetal
121 Captulo 4 Prospeco gnica e bioinformtica
143 Captulo 5 Genmica funcional
175 Captulo 6 Metagenmica:
princpios e aplicaes
195 Captulo 7 Biotecnologia e
diagnsticos moleculares
219 Captulo 8 Microbiologia do solo e
sustentabilidade de sistemas agrcolas
247 Captulo 9 Fixao biolgica de nitrognio:
uma revoluo na agricultura
Apresentao
11
Captulo 1
A Biotecnologia conceitualmente, a unio de biologia com tecnologia um conjunto de tcnicas que utiliza os seres vivos, ou parte
desses, no desenvolvimento de processos e produtos que tenham uma
funo econmica e (ou) social. A biotecnologia envolve vrias reas
do conhecimento e, em consequncia, vrios profissionais, sendo
uma cincia de natureza multidisciplinar. Na Figura 1A, ilustramse
algumas reas do conhecimento com interface com a biotecnologia.
As vrias tcnicas relacionadas biotecnologia (Figura 1B) tm trazido, via de regra, benefcios para a sociedade (Figura 1C). Podemos
citar como exemplos as fermentaes industriais na produo de
vinhos, cervejas, pes, queijos e vinagres; a produo de frmacos,
vacinas, antibiticos e vitaminas; a utilizao de biofungicidas no controle biolgico de pragas e doenas; o uso de microrganismos visando
biodegradao de lixo e esgoto; o uso de bactrias fixadoras de nitrognio e fungos micorrzicos para a melhoria de produtividade das
plantas; o desenvolvimento de plantas e animais melhorados utilizando tcnicas convencionais de melhoramento gentico e tambm
a transformao gentica.
Neste captulo, apresentada uma viso geral da biotecnologia,
abordando aspectos conceituais e histricos da biotecnologia clssica e
moderna e fazendo um breve relato das principais tcnicas e produtos
biotecnolgicos e seus benefcios econmicos, sociais e ambientais.
13
biotecnologia
Bioqumica
Biologia
Celular
Engenharia
qumica
Gentica e
Melhoramento
Biologia
Molecular
BIOTECNOLOGIA
Gentica
Molecular
Biomedicina
Fitopatologia
Engenharia
gentica
Microbiologia
agrcola
Fermentaes
industriais
Produo de
frmacos
Cultura de
tecidos e clulas
Melhoramento
gentico
Clonagem
BIOTECNOLOGIA
Produo
das vacinas
Anlises
do DNA
Controle
biolgico
Transformao
gentica
Uso de microrganismos
na agricultura
Vinhos, cerveja, pes,
queijos, iogurtes, vinagres
Antibiticos
e vitaminas
Plantas e animais
melhorados
geneticamente
Biodegradao
Multiplicao de
recursos genticos
BIOTECNOLOGIA
Testes de
paternidade
Biofungicidas
Obteno
de OGMs
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O que biotecnologia ?
Podemos encontrar nos mais variados meios de comunicao vrias
definies para o termo biotecnologia. Uma definio ampla de biotecnologia o uso de organismos vivos ou parte deles para a produo de bens e servios. Podemos dizer que, nessa definio, enquadramse a biotecnologia clssica e a moderna. A biotecnologia clssica
envolve um conjunto de atividades que o homem vem desenvolvendo
h milhares de anos, como a produo de alimentos fermentados,
como o po e o vinho. A chamada biotecnologia moderna envolve
tecnologias de engenharia gentica, DNA recombinante, cultura de
clulas e embries para o desenvolvimento de produtos e processos.
Entre as vrias definies de biotecnologia, encontramos aquelas
em sentido amplo:
o uso de conhecimentos sobre os processos biolgicos e sobre as propriedades dos seres vivos, com o fim de resolver problemas e criar produtos
de utilidade. (CONVENTION ON BIOLOGICAL DIVERSITY, 1992).
a tecnologia baseada na biologia, especialmente quando usada na
agricultura, cincia dos alimentos e medicina. (WIKIPDIA, 2009).
Algumas definies se enquadram mais dentro da biotecnologia
clssica:
o uso industrial de processos de fermentao... tecnologia que permite a utilizao de material biolgico para fins industriais. (BORM
etal., 2007).
um conjunto de tcnicas que utiliza seres vivos, ou parte desses, para
produzir ou modificar produtos, aumentar a produtividade de plantas e
animais de maneira eficiente ou, ainda, produzir microrganismos para
usos especficos. (TORRES etal., 2000).
Outras definies esto mais relacionadas biotecnologia moderna:
o uso de clulas e biomolculas para a resoluo de problemas ou
transformao em produtos. um conjunto de tcnicas que potencializa
as melhores caractersticas das clulas, como a capacidades produtivas, e
disponibiliza molculas biolgicas, como DNA e protenas, para serem
utilizadas (AGNCIA BRASILEIRA DE DESENVOLVIMENTO
INDUSTRIAL, 2009).
o desenvolvimento de produtos por processos biolgicos, utilizandose
a tecnologia do DNA recombinante. (BORM; SANTOS, 2004).
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biotecnologia
Histria da biotecnologia
O termo biotecnologia foi utilizado, pela primeira vez, no incio
do sculo passado. Apesar de o termo ser novo, o princpio muito
antigo. Considerando o seu conceito amplo, podemos dizer que a biotecnologia iniciouse com a agricultura ou agropecuria, ou seja, com
a capacidade do homem de domesticar plantas e animais para seu
benefcio. Estimase que 8000 anos a.C., na Mesopotmia, bero da
civilizao, os povos selecionavam as melhores sementes das melhores plantas para aumentar a colheita. Outro exemplo histrico da biotecnologia a utilizao da levedura na fermentao da uva e do trigo
para produo de vinho e po, o que j acontecia por volta de 7000
anos a.C. Estimase que a utilizao de bactrias para a fermentao do leite para produo de queijos j acontecia a 3000 anos a.C.
Logicamente, os povos dessa poca no faziam ideia que as leveduras e bactrias fossem utilizadas nesses processos de fermentao. Os
microrganismos somente foram descobertos em 1675 por Anton Van
Leeuwenhoek e, somente em 1862, Louis Pasteur descobriu a associao desses microrganismos com o processo de fermentao. O incio
da biotecnologia ilustrado na Figura 2 e, na Figura 3, a descoberta
dos microrganismos.
16
17
biotecnologia
Entre outros cientistas importantes para o desenvolvimento da biotecnologia, merecem destaque Gregor Mendel, considerado o pai da
gentica, com a descoberta da hereditariedade (como as caractersticas
passam de gerao para gerao) em 1865 e Alexander Fleming, descobridor do antibitico penicilina obtido a partir do fungo Penicillium
(Figura 5).
18
19
biotecnologia
Figura 7. Histria recente da biotecnologia moderna com a clonagem da ovelha Dolly e o sequenciamento do genoma humano .
Alm dos produtos tecnolgicos, a biotecnologia moderna tem possibilitado o desenvolvimento de diferentes tipos de marcadores moleculares e tcnicas de anlises genmicas e protemicas, as quais tm
permitido vrias aplicaes prticas na pesquisa e desenvolvimento
da agropecuria. Algumas das principais tcnicas e produtos biotecnolgicos ligados agropecuria so comentados resumidamente a
seguir e apresentados com maior profundidade nos prximos captulos do livro.
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rea industrial
Essas aplicaes esto relacionadas obteno e conservao de
alimentos, principalmente utilizandose de processos fermentativos.
Esses processos foram utilizados, de forma inconsciente, h milhares
de anos a.C.. Com a descoberta dos microrganismos, os processos de
fermentao tm sido otimizados e utilizados em escala comercial.
Vrios so os alimentos obtidos ou modificados por processos fermentativos. Vinhos, vinagres, cervejas, pes, queijos e leite fermentado so os exemplos com relatos de uso mais antigos. Outras bebidas alcolicas obtidas a partir de frutas, cereais e at de folhas e razes
so exemplos de alimentos utilizados por ndios de forma tradicional.
Vrios microrganismos so utilizados em processos fermentativos como as bactrias (Bacillus, Zymomonas, Acetobacter etc.) e fungos (Aspergillus, Penicillium, Trichoderma, etc.), incluindo a levedura
(Saccharomyces cerevisiae), exemplo mais comum e importante do
ponto de vista econmico. Os principais processos fermentativos so
a fermentao alcolica, lctica e biossntese actica. Os principais
produtos da fermentao alcolica so as bebidas alcolicas e o etanol carburante, os da fermentao lctica so os leites fermentados,
queijos, chucrutes, picles e azeitonas e os da biossntese actica os
vinagres e cido actico.
Com o avano da biotecnologia, esperase que novos produtos
industriais e processos de obteno sejam produzidos e aperfeioados, tornado o sistema mais eficiente, com benefcios sociais, ambientais e econmicos.
rea ambiental
A aplicao mais direta da biotecnologia na rea ambiental est
relacionada biodegradao, ou seja, decomposio de materiais ou
substncias qumicas pela ao dos seres vivos, sobretudo, pela ao
dos microrganismos. A biodegradao vantajosa ao meio ambiente
porque elimina certos contaminantes de origem orgnica como fezes,
detergentes, papeis, etc.
A tecnologia baseada na biodegradao chamada de biorremediao, que a utilizao de seres vivos ou seus componentes (geralmente microrganismos ou enzimas) na recuperao de reas contami21
biotecnologia
rea da sade
Os benefcios da biotecnologia na rea da sade so impressionantes. Villen (2009) relata de forma objetiva os principais impactos positivos da biotecnologia na rea da sade, citando como exemplo histrico o uso de antibiticos. Os antibiticos so empregados
no combate a infeces causadas por microrganismos, notadamente
bactrias, tanto no organismo humano como no animal e vegetal.
Os antibiticos possuem destacada importncia econmica, entre os
produtos obtidos pela biotecnologia. Atualmente, existem mais de 5
mil tipos diferentes de antibiticos. Essa diversidade foi possvel e
impactada pelo melhoramento gentico dos microrganismos utilizados na produo.
Outro exemplo histrico e tambm citado por Villen (2009) o uso
das vacinas. As vacinas representam um importante instrumento no
controle de doenas infecciosas. Muitas doenas podem ser evitadas
pela imunidade induzida como a poliomielite, a varola, o sarampo,
entre outras. As vacinas podem ser de origem viral, bacteriana, protozoria e mesozoria. A biotecnologia, pela tcnica do DNA recombinante, tem permitido o desenvolvimento de novos agentes imunizantes para influenza, herpes, polio e hepatite A e B. Vacinas de origem
bacteriana, para diversos tipos de meningite, tm sido produzidas por
meio de fermentao.
A produo de macromolculas teis na medicina humana e animal pela biotecnologia tambm apresenta grande importncia. A
produo dessas macromolculas por microrganismos teve grande
impulso com a tecnologia do DNA recombinante. Entre os principais
produtos, esto a insulina humana, interferon, hormnio de crescimento humano, peptdios neuroativos, hidrocortisona, testosterona,
vitaminas etc. Podemos dizer que a produo da insulina humana
por bactrias, na dcada de 1970, foi a primeira utilizao comercial
da engenharia gentica. Segundo Arago (2009), atualmente, mais de
400 genes de protenas com potencial para o uso teraputico na medicina humana e veterinria j foram obtidos. Mais de 30 desses genes
foram introduzidos em organismos transgnicos que geraram medicamentos aprovados e utilizados em vrias partes do mundo.
23
biotecnologia
Agropecuria
A atividade agropecuria, conforme documentada pela histria e
por registros arqueolgicos, tem sido inseparvel da evoluo e da atividade da sociedade humana. A sociedade como vista hoje no poderia ter desenvolvido ou mesmo sobrevivido sem uma adequada fonte
de alimentos. A inveno da agricultura, contudo, no resolveu por
definitivo o problema do suprimento de alimentos. Quando a seca ou
a exploso de doenas e pragas caam sobre as culturas, o resultado
era fome e crise. Esses fatos j ocorriam h muitos anos, como citado
em numerosas referncias bblicas.
Alternativas biotecnolgicas para aumentar a produtividade das
plantas e dos animais e tornlos mais resistentes a fatores ambientais foram sendo desenvolvidas ao longo dos anos. Um destaque especial deve ser dado ao melhoramento gentico que, desde o incio da
agricultura, vem sendo utilizado pelos povos, mesmo que de forma
emprica. Aps a redescoberta das leis de Mendel, o melhoramento
gentico comeou a ser realizado de forma mais eficiente e precisa.
Inmeros so os exemplos dos benefcios do melhoramento gentico vegetal e animal na agricultura. Com o advento da biotecnologia moderna, novas perspectivas so esperadas. Segundo Borm e
Milach (1998), a biotecnologia moderna ser gradativamente incorporada na rotina do melhoramento gentico, como instrumento para
desenvolver novas variedades, tornando a cincia ainda mais precisa.
Marcadores moleculares e da engenharia gentica esto permitindo
diminuir o tempo para obteno de novas variedades e expandir o conjunto gnico disponvel para cada programa de melhoramento gentico, entretanto muito ainda deve ser pesquisado considerando toda
potencialidade das tecnologias. Segundo Ferreira e Faleiro (2008),
do ponto de vista comercial, a indstria transgnica vegetal tem sido
marcada at agora pelo emprego de apenas dois tipos de genes: resistncia herbicida e resistncia a insetos. Vrios outros produtos tm
sido testados, como aumento de vitamina A em gros de arroz (golden rice, YE etal., 2000) ou vitamina E (SHINTANI; DELLAPENNA,
1998); qualidade de fruto; resistncia a fungos; resistncia bactria; composio de amido nos gros (JOBLING etal., 2002); tolern-
24
25
biotecnologia
algumas dessas aplicaes como a conservao e avaliao de germoplasma; aumento da variabilidade gentica para fins de seleo;
introgresso de genes de interesse (polinizao in vitro, cultura de
embries, fuso de protoplastos, haploidizao por cultura de anteras);
acelerao do programa de melhoramento (germinao de sementes
in vitro, clonagem de gentipos) e produo comercial de mudas de
alta qualidade (multiplicao e limpeza clonal). Alm disso, para a
obteno de uma planta transgnica, indispensvel um mtodo eficiente de regenerao in vitro (ANDRADE, 2003).
Na agropecuria, importante considerar os avanos da biotecnologia na produo e no melhoramento gentico animal. Tecnologias
como a inseminao artificial, transferncia de embries, a clonagem
animal e a transformao gentica podem ser destacadas pelos avanos obtidos nos ltimos anos. Alm do aumento da produtividade,
essas tcnicas tm sido importantes na seleo e reproduo de animais com caractersticas genticas de interesse, alm da diminuio
do intervalo entre geraes. Pensandose na conservao de recursos
genticos animais, essas tecnologias tm permitido a reproduo de
animais ameaados de extino.
As aplicaes da biotecnologia na agropecuria so inmeras,
embora a perspectiva seja de que novas aplicaes sejam pesquisadas e desenvolvidas a cada ano. Alm do aumento da produtividade
dos sistemas agropecurios, essas aplicaes so importantes para
a busca da sustentabilidade, fazendo com que tais sistemas causem
menor impacto ambiental.
rea cientfica
As aplicaes da biotecnologia na pesquisa cientfica e tecnolgica
so fantsticas. O desenvolvimento de processos e metodologias de
estudo dos microrganismos e mais recentemente as anlises do DNA,
das protenas e das rotas metablicas abriram novas portas para a
atuao dos cientistas. Palavras como genmica, transcriptmica,
protemica e metabolmica so cada vez mais comuns nos artigos
cientficos. Essas metodologias tm permitido os estudos de funo
e regulao da expresso gnica, anlise de processos de transcrio
e traduo. Esses estudos tm permitido a prospeco de genes de
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interesse em diferentes seres vivos, o estudo de mecanismos envolvidos na resistncia de plantas e animais a estresses biticos e abiticos, o desenvolvimento de tcnicas de diagnose molecular de doenas
e agentes patognicos, entre outras inmeras atividades cientficas e
prtecnolgicas.
Consideraes finais
inquestionvel que a biotecnologia, incluindo as tecnologias da
biotecnologia moderna, hoje uma das ferramentas de grande importncia para propiciar benefcios a diferentes setores da sociedade. No
caso da agropecuria, aes de pesquisa e desenvolvimento na rea
biotecnolgica so fundamentais para o desenvolvimento de sistemas
mais produtivos e sustentveis. A evoluo da cincia biotecnolgica
est caminhando a passos largos e podese dizer que a biotecnologia
moderna ainda uma criana, considerando todas as potencialidades
e o que ainda vai ser descoberto.
Referncias
AGNCIA BRASILEIRA DE DESENVOLVIMENTO INDUSTRIAL. Disponvel
em: <http://www.abdi.com.br/?q=node/22, 2009>. Acesso em: 24 jul. 2009.
ANDRADE, S. R. M. Transformao de plantas. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados,
2003. (Embrapa Cerrados. Documentos, 102). 8p.
ANDRADE, S. R. M.; FALEIRO, F. G. Biossegurana ambiental. In: FALEIRO, F.
G.; ANDRADE, S. R. M. Biotecnologia, transgnicos e biossegurana. Planaltina,
DF: Embrapa Cerrados, 2009.p.6176.
ARAGO, F. J. L. Engenharia gentica: estado da arte. In: FALEIRO, F. G.;
ANDRADE, S. R. M. Biotecnologia, transgnicos e biossegurana. Planaltina, DF:
Embrapa Cerrados, 2009.p.3148.
BARTELS, D.; NELSON, D. Approaches to improve stress tolerance using
molecular genetics. Plant, Cell and Environment, Oxford, v.17,p.655667.
BOREM, A.; MILACH, S. C. K. Plant breeding in the turn of the millennium.
Brazilian archives of biology and techonology, v.41,p.278283, 1998.
BOREM, A.; ROMANO, E. S.; GROSSI, M. F. Fluxo gnico e transgnicos. 2. ed.
Viosa: UFV, 2007. v.1. 199 p.
27
biotecnologia
28
Bibliografia complementar
BOREM, A.; GIUDICE, M. P. Biotecnologia e Meio Ambiente. 2. ed. Visconde do
Rio Branco: Suprema, 2008. v.1. 510 p.
BOREM, A.; SANTOS, F. R. Entendendo a Biotecnologia. Visconde do Rio Branco:
Suprema, 2008. v.1. 342 p.
FALEIRO, F. G.; ANDRADE, S. R. M. Biotecnologia, transgnicos e biossegurana.
Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2009. 183 p.
SASSON, A. Plant and Agricultural Biotechnology: Achievements, Prospects and
Perceptions. Mxico: Ciencia y Tecnologa, 2006.444 p.
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Captulo 2
Introduo
Nos ltimos anos, com os avanos na rea da gentica e biologia molecular, principalmente com o advento da tecnologia do DNA
recombinante, da reao em cadeia da polimerase (PCR) e do sequenciamento automtico do DNA, foram desenvolvidas poderosas tcnicas para o desenvolvimento de diferentes tipos de marcadores genticos moleculares. O elevado nmero de artigos cientficos que utilizam
tais marcadores no estudo de vrias espcies e com as mais variadas
aplicaes evidencia o impacto dessa tecnologia na pesquisa cientfica e tecnolgica (AYAD etal., 1997; FERREIRA;GRATTAPAGLIA,
1998; FALEIRO, 2007; BORM; CAIXETA, 2009).
Marcadores moleculares podem ser definidos como marcadores genticos baseados na deteco de isoenzimas ou sequncias
de DNA. Entre as vantagens dos marcadores moleculares, podemos
citar a obteno de um nmero praticamente ilimitado de polimorfismos genticos; a identificao direta do gentipo sem influncia
do ambiente; a possibilidade de deteco de tais polimorfismos em
qualquer estdio do desenvolvimento da planta ou do animal ou a partir de cultura de clulas ou tecidos e a possibilidade de gerar maior
quantidade de informao gentica por loco no caso de marcadores
codominantes.
Os diferentes tipos de marcadores moleculares tm permitido
estudos de evoluo, de diversidade gentica inter e intraespecfica,
de identidade, origem gentica e identificao de novos variantes,
31
biotecnologia
DNA
Clula
RNA
Protenas
Fentipo
32
Para a obteno de marcadores genticos moleculares, necessria uma infraestrutura para realizar as diferentes fases da metodologia, a qual varia de acordo com o tipo de marcador: de um modo geral,
so necessrios equipamentos de refrigerao para estocagem de reagentes e enzimas, equipamentos para a extrao de DNA, amplificao via reao em cadeia da polimerase (PCR), separao por eletroforese, fotodocumentao e anlise gentica dos marcadores gerados
(FERREIRA; GRATTAPAGLIA, 1998) (Figura 2).
biotecnologia
custeio so muito caros, contudo, com a concorrncia entre as diferentes empresas que fornecem tais materiais, o preo para a montagem de infraestrutura e obteno de marcadores moleculares vem
reduzindo a cada ano.
Para montar uma infraestrutura necessria obteno de marcadores moleculares, importante considerar a demanda de uso de cada
equipamento a ser adquirido. importante considerar que equipamentos robustos com alto custo de manuteno devem ser adquiridos quando existe, no laboratrio, uma grande demanda de uso de
tal equipamento. Atualmente, existem empresas privadas especializadas em determinados tipos de gerao de dados genmicos, como
sequenciamento de DNA, testes de paternidade e identidade gentica,
alm de dados de genotipagem. Em determinadas situaes, o custo
da montagem e manuteno de infraestrutura laboratorial pode ser
maior que o custo da contratao de servios terceirizados. H uma
tendncia de diminuio do custo de dados genmicos nos ltimos
anos, considerando o desenvolvimento de equipamentos mais robustos que permitem a anlise de grande quantidade de materiais genticos ao mesmo tempo e a otimizao de metodologias de anlises, as
quais utilizam menor quantidade de reagentes e suprimentos.
Outro ponto a ser considerado na montagem da infraestrutura
laboratorial est relacionado aos tipos de marcadores moleculares
e de anlises que sero implementadas. Alguns marcadores moleculares, como os isoenzimticos, exigem uma infraestrutura mais
simples, enquanto outros, como aqueles baseados em anlises de
sequncias, exigem estruturas mais complexas, envolvendo sequenciadores automticos de DNA. De toda forma, considerando a importncia da tecnologia para centros de ensino e pesquisa, desejvel que
tais instituies tenham uma infraestrutura mnima para extrao e
amplificao de DNA, separao por eletroforese, alm de computadores com acesso Internet, onde podem ser obtidas informaes
valiosas em banco de dados genmicos de acesso gratuito.
Expresso
gentica
Conhecimento
prvio de
sequncia
RAPD
Dominante
No
Principais
aplicaes
Fingerprinting
e diversidade
gentica
Fingerprinting,
diversidade
gentica,
mapeamento
gentico
Continua
35
biotecnologia
Tabela 1. Continuao.
Expresso
gentica
Conhecimento
prvio de
sequncia
Principais
aplicaes
Marcador
RFLP
Anlise
filogentica,
fingerprinting,
diversidade
gentica,
mapeamento
gentico
Marcadores microssatlites ou
SSR (Simple Sequence Repeats)
ou SSLP (Simple Sequence
Length Polymorphisms) ou STMS
Microssatlites
(Sequence Tagged Microsatellites),
/ SSR /SSLP
Cdominante Sim
so sequncias do DNA muito
/ STMS
curtas (2 a 5 pb) repetidas em
tandem (lado a lado), cuja
deteco feita pela PCR,
utilizando primers especficos
Mapeamento
gentico,
Fingerprinting,
diversidade
gentica,
anlise
filogentica
Mapeamento
gentico,
diversidade
gentica e
fingerprinting
No
Continua
36
Tabela 1. Continuao.
Marcador
Marcadores minissatlites ou
VNTRs (Variable Number of
Tandem Repeats) so sequncias
do DNA de 10 a 100 pb repetidas
em tandem (lado a lado). O
Minissatlites nmero de repeties de tais
/ VNTRs
sequncias em cada regio
hipervarivel pode chegar a 50.
As regies hipervariveis esto
distribudas por todo genoma,
constituindo vrios locos nos
diferentes cromossomos
Expresso
gentica
Conhecimento
prvio de
sequncia
Principais
aplicaes
Cdominante
/ Dominante
(no caso de
Sim
sonda para
vrios locos)
Fingerprinting,
diversidade
gentica,
anlise
filogentica
CAPS /
PCRRFLP
Anlise
filogentica,
fingerprinting,
diversidade
gentica,
mapeamento
gentico
SSCP /
DGGE /
TGGE
Anlise
filogentica,
fingerprinting,
diversidade
gentica
Continua
37
biotecnologia
Tabela 1. Continuao.
Marcador
ISSR
Expresso
gentica
Dominante
Conhecimento
prvio de
sequncia
Principais
aplicaes
No
Fingerprinting,
diversidade
gentica,
anlise
filogentica
Taxonomia,
interespecfica,
Anlise
filogentica
SSAP
Cdominante Sim
Anlise
filogentica,
mapeamento
gentico
IRAP
Vem do ingls
InterRetrotransposon Amplified
Polymorphism. um tipo de
marcador molecular baseado
na deteco de variao
em stios de insero de
Cdominante Sim
retrotransposons. Fragmentos
de DNA so amplificados
via PCR usando primers
desenhados a partir das regies
de terminao conservadas
(LTRs Long Terminal Repeats)
Anlise
filogentica,
mapeamento
gentico
Continua
38
Tabela 1. Continuao.
Expresso
gentica
Conhecimento
prvio de
sequncia
Principais
aplicaes
Marcador
REMAP
Vem do ingls
RetrotransposonMicrosatellite
Amplified Polymorphism. um
tipo de marcador molecular
baseado na deteco de variao
em stios de insero de
retrotransposons. Fragmentos
entre retrotransposons e
Cdominante Sim
microssatlites so amplificados
via PCR usando um primer
baseado nas regies de
terminao conservadas
(LTRs Long Terminal
Repeats) e outro baseado em
regies de microssatlites
Anlise
filogentica,
mapeamento
gentico
RBIP
Anlise
filogentica,
mapeamento
gentico
Continua
39
biotecnologia
Tabela 1. Continuao.
Expresso
gentica
Conhecimento
prvio de
sequncia
Principais
aplicaes
Marcador
Genmica
funcional
um tipo de marcador
molecular do DNA utilizado
para identificar mutaes e
polimorfismos baseados em
informaes de seqenciamento
do DNA para o desenho de
primers e sondas especficas.
Entre estes marcadores, podese
citar aqueles baseados em
Sequncia de
seqencias conservadas de
Sim
nucleotdeos
genes de resistncia como a
NBS (Nucleotide Binding Site) e
a LRR (Leucine Rich Repeat) e
aqueles baseados na tecnologia
do chip de DNA, os quais
so baseados na hibridizao
entre sondas e sequncias
complementares de microarrays
(microarranjos) de DNA
Diversidade
funcional,
mapeamento
gentico,
estudos de
expresso
gnica
SNP
Diversidade
funcional,
anlise
filogentica
DAF
MAAP
Sequncia de
Sim
nucleotdeos
Dominante
No
Fingerprinting,
diversidade
gentica,
mapeamento
gentico
No
Fingerprinting,
diversidade
gentica,
mapeamento
gentico
Continua
40
Tabela 1. Continuao.
Conceito / base gentica
DAMD
SPAR
Dominante
Conhecimento
prvio de
sequncia
Principais
aplicaes
Sim
Fingerprinting,
diversidade
gentica,
mapeamento
gentico
Sim
Fingerprinting,
diversidade
gentica,
mapeamento
gentico
Expresso
gentica
Marcador
Continua
41
biotecnologia
42
Marcadores
1
1
2
3
4
5
6
0,50
0,14
0,25
0,33
0,40
2
3
4
5
0,33 0,20 0,11 0,09 0,20 0,09 0,17 0,27 0,17 0,08
Matriz de similaridade
6
-
1
2
3
4
5
6
1
0,50
0,86
0,75
0,67
0,60
2
3
4
5
0,67 0,80 0,89 0,91 0,80 0,91 0,83 0,73 0,83 0,92
6
-
Dendrograma
1
3
4
2
5
6
Anlise
Estatstica
Dados binrios
1
1
0
0
1
0
0
1
1
1
1
0
0
1
1
1
0
0
1
0
1
1
1
0
1
1
0
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
Grfico de disperso
Agrupamento
Acessos
Grupo
<1>
<2>
<3>
1
3
2
4
5
2
6
Figura 4. Etapas e os procedimentos mais utilizados para as anlises de marcadores genticos moleculares.
Fonte: Faleiro (2007).
43
biotecnologia
44
Unidade de tempo
Seqncias
1
1
5
6
4
2
3
tempo
Unidade de distncia
4
3
5
2
45
biotecnologia
46
x
Genitor
Suscetvel
Genitor
Resistente
Planta
F1
x
. . .
Populao
Segregante
F2
47
biotecnologia
Figura 7. Interface de alguns softwares utilizados para a anlise gentica utilizando marcadores moleculares: (A) Genes; (B) Statistica; (C) NTSYS; (D)
GQMOL; (E) SPSS; (F) SAS; (G) Joinmap; (H) Jump; (I) QTL Cartographer.
As diferenas entre os vrios softwares disponveis esto relacionadas aos procedimentos e abrangncia das anlises; aos formatos dos
arquivos utilizados como entrada de dados; robustez e linguagem
de programao; e qualidade grfica dos resultados ou sada dos
dados, bem como facilidade ou no da utilizao dos procedimentos de anlises disponveis na interface com o usurio.
48
Consideraes finais
O desenvolvimento de tcnicas de obteno de marcadores moleculares tem sido fascinante. Vrias tcnicas de biologia e gentica molecular esto disponveis para obteno de vrios tipos de marcadores
moleculares e, a cada ano, surgem novas. Algumas tcnicas so mais
robustas possibilitando a obteno de grande quantidade de polimorfismos genticos em curto espao de tempo e outras so mais simples demandando uma infraestrutura bsica e baixa quantidade de
reagentes e suprimentos.
Paralelamente ao desenvolvimento das tcnicas de obteno, grandes avanos tm sido obtidos na rea da bioinformtica, possibilitando
diferentes tipos de anlises genticas cada vez mais acuradas e precisas, dando subsdios para diferentes aplicaes prticas dos marcadores moleculares em estudos genticos e como ferramenta auxiliar
em programas de conservao, caracterizao e uso de germoplasma
e melhoramento gentico vegetal e animal.
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VAN OOIJEN, J. W.; VOORRIPS, R. E. JoinMap Version 3.0, Software for the
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2001. 51 p.
Bibliografia complementar
BOREM, A.; CAIXETA, E. T. (Ed.). Marcadores moleculares. Viosa, MG: Editora
Folha de Viosa, 2009. 532 p.
FALEIRO, F. G. Marcadores genticomoleculares aplicados aos programas de
conservao e uso de recursos genticos. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2007.
102 p.
FERREIRA, M. E.; GRATTAPAGLIA, D. Introduo ao uso de marcadores
moleculares em anlise gentica. 3. ed. Braslia, DF: EMBRAPACENARGEN,
1998. 220p.
SCHUSTER, I.; CRUZ, C. D. Estatstica genmica aplicada a populaes derivadas
de cruzamentos controlados. Viosa, MG: UFV, 2004. 568 p.
52
Captulo 3
Aplicaes de marcadores
moleculares como ferramenta
auxiliar em programas de
conservao, caracterizao
e uso de germoplasma e
melhoramento gentico vegetal
Fbio Gelape Faleiro
Introduo
Os marcadores moleculares permitem gerar uma grande quantidade de informaes sobre identidade gentica, diversidade, frequncia gnica, relacionamentos filogenticos, mapeamento gentico,
seleo assistida, entre outras. Essas informaes so extremamente
teis em programas de conservao, caracterizao e uso de germoplasma e melhoramento gentico.
As informaes moleculares podem complementar as informaes ecolgicas, morfolgicas e agronmicas dos recursos genticos,
contribuindo para aumentar a eficincia dos processos de coleta; direcionar o enriquecimento da base gentica; formar e validar colees
nucleares e de trabalho; analisar a diversidade e a pureza gentica;
identificar acessos duplicados e redundantes; auxiliar trabalhos de
classificao botnica e filogenia e subsidiar a seleo de genitores, o
planejamento dos cruzamentos e a seleo de gentipos com caractersticas desejadas em programas de melhoramento gentico.
Dessa forma, podese dizer que os marcadores moleculares so
ferramentas poderosas na gerao de informaes teis em diferentes etapas, desde a coleta, caracterizao e uso de recursos genticos, passando por atividades de prmelhoramento, melhoramento
e psmelhoramento. Vrios autores tm discutido as aplicaes prticas dos marcadores moleculares em programas de conservao,
caracterizao e uso de germoplasma (AYAD etal., 1997; FALEIRO,
55
biotecnologia
Germoplasma
Melhoramento
Ps-Melhoramento
Pr-melhoamento
Figura 1. Principais aplicaes prticas dos marcadores moleculares em programas de conservao, caracterizao e uso de germoplasma e programas de
melhoramento gentico envolvendo atividades de pr e psmelhoramento.
56
57
biotecnologia
58
Estudos da diversidade gentica molecular de acessos ou populaes em diferentes regies podem fornecer informaes importantes
sobre estratgias de amostragem para realizao de eficientes trabalhos de coleta (nmero de acessos, tamanho de cada populao, anlise quantitativa e qualitativa das regies onde sero feitas as coletas,
etc.) (LAMBOY etal., 1994; 1996; CESKA etal., 1997; ZORO BI etal.,
1998; NEBAUER etal., 1999).
Equador
1
3
Brasil
16
14
13
18
19
2
Peru
17
12
15
10
7
11
RAPD
1 CSUL 3
11 CSUL 8
2 SCA 6
12 U 32
3 SIAL 70
13 CAB 148
LEGENDA
4 LCTEEN 37
14 U 6
Amaznia brasileir a
5 CAB 324
15 U 11
6 EQX 3360
16 U 14
7 COCA 3370
17 EQX 107
8 EQX 3348
18 U 10
9 CAB 191
19 EQX 3161
Amaznia peruana
Amaznia equatoriana
Material trinitrio
9
8
12
10
13
17
18
11
19
14
16
5
2
15
10 ICS 1
Microssatlite s
59
biotecnologia
blemas so agravados em bancos de germoplasma de acessos mantidos in vivo em espaos nobres como telados antiafdeos onde o custo
de construo do espao e a manuteno do acesso so muito altos
(Figura 4) e em bancos de germoplasma de plantas perenes mantidas em condies de campo em reas extensas que implicam em
rduo trabalho nas atividades de manuteno e avaliao (Figura 5).
Marcadores moleculares tm sido utilizados para eliminar ou diminuir tais problemas, sendo exemplos a anlise de acessos duplicados
ou redundantes em bancos ativos e colees de trabalho de cacaueiro
(FALEIRO etal., 2002); amendoim forrageiro (FALEIRO etal., 2003a);
alface (WAYCOTT; FORT, 1994); cevada (HINTUM; VISSER, 1995);
arroz (VIRK etal., 1995); couveflor (HINTUM etal., 1996); uva
(CERVERA etal., 1998); mandioca (CHAVARRIAGAAGUIRRE etal.,
1999); sorgo (DEAN etal., 1999); batata (MCGREGOR etal., 2002);
entre outras culturas.
60
61
biotecnologia
62
PL1
PL7
PL8
PL4
PL5
PL3
PL6
PL9
PL10
PL11
Bulk
PL2
0,0
0,2
0,4
0,6
0,8
1,0
Distncia de Ligao
PL1
PL8
PL2
PL10
Bulk
PL6
PL5
PL3
PL4
PL9
PL7
PL11
0,0
0,2
0,4
0,6
0,8
1,0
1,2
Distncia de Ligao
63
biotecnologia
64
24
4
6
16
27
1
30
31
26
20
32
33
17
23
1 Scavina-6
2 ICS-1
3 SIC-19
29
15
14
5
18
34
19
13
25
28
4 IMC-67
12 11
22
3
21
10
Acessos selecionados
em plantaes comerciais
Acessos distintos
geneticamente de Scavina-6
Figura 7. Identificao e seleo de plantas (acessos) resistentes vassouradebruxa em plantaes comerciais com a ajuda de produtores e estudo
de diversidade gentica desses acessos em relao ao Scavina6 (principal
fonte de resistncia) e outros genitores utilizados no programa de melhoramento gentico do cacaueiro .
As informaes de diversidade gentica e frequncia gnica obtidas com o uso dos marcadores moleculares geram uma grande quantidade de caractersticas adicionais, que podem ser combinadas com
dados de pedigree, do local de coleta e com caractersticas morfolgicas, fisiolgicas e agronmicas, fornecendo uma anlise mais completa da coleo e de cada acesso (LIVINI etal., 1992; ABDELNOOR
etal., 1995; VASCONCELOS etal., 1996; CARVALHO et al, 2000b;
2000c; HUANG etal., 2002; FALEIRO etal., 2004b; 2004c; 2004d;
VIEIRA etal., 2008).
65
biotecnologia
66
P. multiflora
P. lobii var. ayaucuchoensis
P. rufa
P. morifolia
89
P. penduliflora
P. tacsonioides
P. helleri
58
P. talamancensis
P. murucuja
P. tulae
89
95
P. misera
100
P. pohlii
79
P. organensis
75
P. tricuspis
65 80
69
P. punctata
P. ornithoura
100
P. capsularis
100
P. sanguinolenta
P. sexflora
100
P. coriacea
92
P. suberosa
P. xiikzodz
P. cupraea
100
P. lancetillensis
P. microstipula
P. cirrhiflora
Tetrastylis ovalis
60
P. racemosa
P. galbana
P. tenuifila
71 P. edmundoi
P. miersii
P. caerulea
100 P. campanulata
setulosa
93 P.
P. villosa
95
94P. jilekii
P. mendoncae
P. sprucei
93P.
reflexiflora
87
100
100
75
72
74
P. umbilicata
P. speciosa
P. vitifolia
95 P. actinia
P. elegans
P. sidaefolia
87
98 P. alata
P. ambigua
P. incarnata
77
P. cincinnata
59
P. edulis
100
P. maliformis
77
P. luetzelburgii
64
100
P. clathrata
P. foetida
P. palmeri
P. antioquiensis
P. mathewsii
78
73
60 P. tripartita
P. mixta
P. manicata
72
73 P. trisecta
P. trifoliata
95 P. rhamnifolia
P. haematostigma
100
P. ceratocarpa
100
P. mansoi
100
P. kawensis
amoena
74 P.
P. candida
100 100 P. citrifolia
100
88P.P.lindeniana
96
macrophylla
P. pittieri
P. tryphostemmatoides
100
Dilkea johannesii
Mitostemma brevifilis
100
Adenia sp.
Deidamia sp.
Paropsia sp.
Turnera subulata
Barteria sp.
Malesherbia linearifolia
70
100
10 mudanas
67
biotecnologia
CP AC 1348
S. capitata
135 acessos
S. macrocephal a
cv. Mineiro
S. guianensi s
pauciflora?
1
10
12
8
17
3
29
30
31
32
35
5
18
21
23
22
25
28
33
24
26
27
2
4
6
7
13
15
16
14
9
11
19
34
20
0
vulgaris
canescens
pauciflora
0,2
0,4
0,6
0,8
1,0
1,2
1,4
Figura 10. Diferenciao de variedades botnicas de Stylosanthes guianensis com base em distncias genticas calculadas com o uso de marcadores
moleculares RAPD. Um erro de classificao fenotpica do acesso 3 como
pertencente variedade botnica pauciflora foi detectado com base nos marcadores moleculares.
Fonte: Faleiro etal. (2004b).
68
69
biotecnologia
70
0,35
0,25
Grupo 2 (
105
0,15
17
Dim 2
92
78
96
0,05
x
63
113
125
25
-0,05
114
124
12
19
82
-0,15
Grupo 7 (
) 4, 35, 82
-0,25
-0,25
100
50
62
Grupo 9 (
Grupo 10 ( * ) 3, 18
-0,15
-0,05
0,05
0,15
0,25
Dim 1
Caracterizao de germoplasma
Para que a variabilidade gentica de acessos de espcies cultivadas
e silvestres conservada nos bancos de germoplasma seja utilizada e
aproveitada de forma prtica, atividades de caracterizao so essenciais. Diferentes grupos de caractersticas so utilizados na caracterizao de germoplasma, destacandose as caractersticas ecolgicas,
morfolgicas, agronmicas e moleculares (Figura 12). Essa caracteri-
71
biotecnologia
Caractersticas
morfolgicas
Descritore s
ecolgicos
Caractersticas
agronmicas e
quantitativas
longitude
latitude
Caractersticas
moleculares
Nos ltimos anos, houve um aumento significativo do uso de marcadores moleculares na caracterizao de germoplasma. Tecnologias
modernas de anlise molecular permitem a gerao de marcadores moleculares diretamente no DNA. O princpio da utilizao desses marcadores moleculares baseado no dogma central da biologia
molecular e na pressuposio de que diferenas genticas no DNA
significam, na maioria das vezes, diferenas fenotpicas. Entre as vantagens dos marcadores, podese citar a obteno de um nmero praticamente ilimitado de polimorfismos genticos; a identificao direta
do gentipo sem influncia do ambiente; a possibilidade de deteco
em qualquer estdio do desenvolvimento da planta ou a partir de cultura de clulas ou tecidos; e a possibilidade de gerar maior quantidade
de informao gentica por loco no caso de marcadores codominantes. Com base nas caractersticas moleculares geradas pelos polimorfismos do DNA dos diferentes acessos ou espcies do banco de ger-
72
73
biotecnologia
0,20
19
0,15
11
13
0,10
18
23
14
17
15
Coord.2
0,05
25
0,00
16
10
21
20
12
-0,05
22
-0,10
28
24
-0,15
-0,20
-0,25
27
26
-0,20
-0,15
-0,10
-0,05
0,00
0,05
0,10
0,15
0,20
Coord.1
Figura 13. Disperso grfica de 28 variedades de manga com base nas distncias genticas entre elas calculadas com 350 marcadores RAPD. As variedades analisadas so originadas do Mexico ( ); India ( ); Estados Unidos ( );
frica do Sul ( ); e Brasil ( ). As setas indicam as variedades atualmente usadas no programa de melhoramento gentico da manga realizado na Embrapa
Cerrados .
Fonte: Faleiro etal. (2010).
Estudos de diversidade gentica de linhagens de milho tm permitido a caracterizao e o agrupamento das mesmas em grupos heterticos distintos (LIVINI etal., 1992) e tais informaes tm sido
importantes na escolha de genitores para a obteno de hbridos com
elevada performance agronmica (GUIMARES; MOREIRA, 1999).
Pires etal. (2000) propuseram uma estratgia de melhoramento gentico do cacaueiro, utilizando a seleo recorrente envolvendo cruzamentos entre acessos silvestres e domesticados, cujos dados de
diversidade gentica dos acessos estimados com base em marcadores
moleculares auxiliariam a escolha dos genitores. Dados de diversidade
gentica, principalmente de fontes de resistncia vassouradebruxa,
tambm tm auxiliado na escolha de genitores para o melhoramento
74
gentico do cacaueiro visando obteno de variedades com resistncia mais efetiva e duradoura, baseada na ampliao da base gentica
da resistncia (FALEIRO etal., 2001a; 2004d; 2004e).
A escolha de genitores tambm pode ser baseada no agrupamento
de potenciais genitores em grupos de similaridade. A escolha de
menor nmero de genitores para representar determinado grupo de
similaridade pode reduzir o nmero inicial de cruzamentos sem perdas significativas na diversidade gentica, reduzindo os custos e viabilizando a execuo do programa. Faleiro etal. (2004b) estudaram a
diversidade gentica de 35 potenciais genitores de Stylosanthes guianensis; estabeleceram 11 grupos de similaridade gentica e selecionaram um genitor de cada grupo (Figura 14). Nesse trabalho, os autores estabeleceram 11 grupos de similaridade com um ponto de corte
no dendrograma a 0,35 de distncia gentica relativa. Em cada grupo
de similaridade, foi escolhido um genitor, utilizando caractersticas
agronmicas (resistncia a doenas, produo de sementes etc.) como
critrio de seleo dentro do grupo.
1
10
12
8
17
3
29
30
31
32
35
5
18
21
23
22
25
28
33
24
26
27
2
4
6
7
13
15
16
14
9
11
19
34
20
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
0,2
0,4
0,6
0,8
1,0
1,2
1 ,4
Figura 14. Anlise de agrupamento de 35 acessos de Stylosanthes guianenis com base na matriz de distncias genticas geradas por 159 marcadores RAPD. As setas indicam os genitores selecionados com base na diversidade gentica .
Fonte: Faleiro etal., 2004b.
75
biotecnologia
PROGNIE
originada por
hibridao
plen
BB
Bb
originada por
autofecundao
bb
bb
Figura 15. Utilizao da cor da flor como marcador morfolgico para confirmao de hibridaes e autofecundaes.
A utilizao de marcadores morfolgicos, apesar de muito til, apresenta limitaes prticas para o melhorista. Alm de o nmero de
marcadores morfolgicos ser reduzido, em muitos casos, os genitores utilizados em cruzamentos no apresentam caractersticas morfolgicas contrastantes que possam ser utilizadas como gene marcador. Para contornar tais limitaes, marcadores moleculares podem
ser utilizados para a confirmao de hibridaes e autofecundaes.
76
P2
Figura 16. Uso de marcadores moleculares RAPD para confirmao de hibridao e autofecundao. As setas indicam marcas moleculares teis, ou seja,
marcas presentes no genitor masculino e ausentes no genitor feminino.
A presena dessas marcas na prognie 1 (P1) indica que ela foi obtida por
hibridao e a ausncia na prognie 2 (P2) indica que foi obtida por autofecundao.
O princpio da utilizao de marcadores moleculares dominantes, como o RAPD, para a confirmao de hibridaes e autofecundaes o mesmo utilizado para marcadores morfolgicos dominantes. Marcadores moleculares codominantes, como os microssatlites,
tambm podem ser utilizados (FALEIRO etal., 2003d). Nesse caso, os
genitores masculino e feminino devem possuir alelos diferentes, de
modo que a prognie obtida por hibridao vai possuir os dois alelos,
e a prognie obtida por autofecundao vai possuir apenas o alelo do
genitor feminino (GUIMARES etal., 2009).
77
biotecnologia
78
Chave 1
Chave 3
Chave 4
Chave 5
Chave 6
Chave 7
Chave 8
Chave 9
Chave 11
Chave 14
Chave 15
Chave 16
79
biotecnologia
Genitor doador
100
50%
80
60
40
50%
20
0
GD
6 9 10 14 15 17 24 25 27 28
100
RC1
75%
>75%
80
60
40
RC2
87,5%
>87,5%
20
0
GD 1
3 5 7 14 15 16 18 20 23 26 29 30 33 36 37 43 44
100
RC3
93,75%
>93,75%
80
60
40
20
0
*
GD 3
**
6 13 14 24 25 35 40 42 43 44 45 48
80
81
biotecnologia
bramentos relacionados seleo assistida por marcadores moleculares, o que discutido a seguir.
0
sAU17.960
sAE18.1095
15
sT12.1320
25
sY20.520
29
32
sacacac.311
iaggcac.149
36
38
41
43
saagctc.137
iaggcag.263
sagccat.151
iI18.940
48
52
53
56
58
60
iAH14.925
mTcCIR32
iI17.1050
mTcCIR43
mTcCIR12
sacactg.176
65
sZ11.740
69
73
75
76
iAW02.720
sAR17.2040
iP081100
sAF08.860
83
85
sAV10.1465
iagccag.177
0
3
5
12
15
16
18
19
20
23
24
26
27
28
29
30
31
33
35
38
39
41
43
47
54
0
5
10
14
20
22
23
24
28
29
30
31
32
33
34
36
37
39
41
43
47
48
49
50
52
54
56
57
61
64
66
68
71
75
78
80
5/6
sAE06.585
saagctc.86
sAD17.1120
saagctc.264
mTcCIR6
iT02.2200sAR10.760
sAV11.1140iAL04.1230
iD08490
sagccat.210
iJ18.440
iR05.960
sAN16.1410sAN16.1100
sAA11.880
iagccat.163
iaaccag.288
iAU15.475
sZ19.640iBG04.1080
iT08.570iaagctc.395
iactcat.153sAF16.2315
iaagctc.266
iAS19.970
iZ06.470
sacacac.83
mTcCIR10
sX18.1430
iAH18.850iT12.260
mTcCIR25
iBB12.1100
iAH15.380iAE06.950
mTcCIR42
iacacac.261mTcCIR62
iBG09.580
iaaccag.126
iaagcac.256iAD19.965
iAC01.475
iaagctc.65
iAH05.980
iM09370
sacactc.97
saaccag.89
sAV16.610
iAU05.1170
sT09.1530
iAN16.1170iagccat.82
sZ15.1365
mTcCIR40
mTcCIR21
iH03.1270
iAB12.1075
iI18.830
sAV20.1400
iacactg.113iI16.910
iAV20.855
iAF15.900
sI061290iAL09.1340
iZ19.1140
sAB12.1750
iactcac.426
iAZ14.600sacacac.234
sAB12.990
iAE07.2140
sG06700
66
mTcCIR22
mTcCIR35
28
31
mTcCIR30
mTcCIR24
38
39
43
iAL04.1040
saggcat.108
sAR15.1380
sacgcag.138
iaaccat.130
10
saaccat.129
16
iacgcag.133
24
mTcCIR1
82
sactcat.106
sJ09520
10
sZ03.2100
16
20
21
26
27
28
29
30
32
33
34
36
39
41
43
47
51
57
sactctc.278
sactcat.216
saaccat.177
sactcat.313
sX18.1090
sAL04.2450
sAU05.980
sactcat.355iacgcat.102
sAI12.790
iacacac.145
sZ06.470
iX05.505
mTcCIR55
sacacac.113
mTcCIR56
mTcCIR46
iY20.800
sZ10.1590
sH08860
mTcCIR37
sT01920
9
10
iO03370
sL10590
sacccta.287
11
mTcCIR61
20
21
iP17570
sM02905
26
29
sC131230
iO18455
17
20
23
25
iAV14.710sT02.500
iAL04.620
sJ13.860
iAB12.1435
30
iAU17.505
33
35
38
sK03875
iP17340
sN071200
14
15
16
18
21
22
28
29
33
sJ13.1490sT1.900
iactcat.65
sAX07.820
sAB04.1305
sAF06.585
mTcCIR26
iAL09.1210
iaggcaa.86
sK08.700
37
39
sZ15.1140
sagccat.90
42
iO18725
42
sAU15.1540
iO03900
8a
10
iAC01.695
13
iacacta.283
13
iaaccag.108
sAE06.1710sAE06.2140
sAE06.1430
iQ01350
21
8b
iacccta.221
23
saaccag.106
66
sAV14.940
iAZ12.845
sacgcat.78
sZ1.2070
iAF05.1405iAH09.1500
iK18580
iY20.970
mTcCIR29
iAL01.1090sagccat.131
iI04.870
sAB11.775
iaagcac.248
iagccat.85
sacgcag.710
iAL02.1100
iAR17.390
sZ4.1355
iAV18.470
sactcat.80
iacacac.281
iagccat.105
sAL04.410
iacacta.198
iY18.1150
iJ18.540
sAV18.980
15
17
18
sactcat.202
26
6
11
17
18
20
22
23
24
26
27
29
30
31
33
35
37
41
42
43
47
53
56
sAV18.590
sacacac.307
sZ4.500
sX18.1545
iactcac.167
saccctg.80
sacacac.78
sAU15.785
sAB12.350
sAH01.960
sAB01.585
sS10.920iaggcac.121
iAV19.720
sAV11.840
sAI09.650
sacacac.279
iacacac.93
sactcac.150
sAH09.2100
mTcCIR60
sAB01.950
iT1.1020
sactcat.133iactcac.149
iAX07.480saaccag.122
sY18.800
iAE12.1170
iactcac.219
sAH18.1230mTcCIR19
iAX07.1020
iF091130
sAR16.715
0
2
3
6
9
10
13
0
4
8
11
17
18
20
22
26
27
29
32
33
35
36
37
38
40
41
42
43
45
49
56
iAR04.710
Mapeamento comparativo
A facilidade para construir mapas genticos para diferentes espcies
utilizando marcadores moleculares tem possibilitado anlises comparativas da estrutura genmica dessas espcies, quanto homologia de
genes e conservao de distncia e ordem de ligao desses genes nos
cromossomos (AHN; TANKSLEY, 1993; KELLER; FEUILLET, 2000).
Essas anlises so chamadas de mapeamento comparativo ou mapeamento de sintenia genmica. O termo sintenia tem sido usado em
anlises genticas comparativas para se referir a segmentos cromossmicos ou locos gnicos de diferentes espcies localizados e conservados a partir de uma mesma regio cromossmica de espcie ancestral comum.
Existem diferentes nveis de conservao entre genomas de diferentes espcies (KELLER; FEUILLET, 2000) (Figura 20). Um primeiro nvel, chamado de ortologia, a simples conservao de genes
ou locos gnicos derivados de uma espcie ancestral comum entre
diferentes espcies. Esses genes ou locos gnicos podem ser conservados mantendose uma mesma ordem linear entre eles dentro do
segmento cromossmico. Nesse caso, esse tipo de conservao chamado de colinearidade. Dentro desse segmento cromossmico conservado, pode haver inverses, inseres, duplicaes ou delees ao
longo do processo evolucionrio. Um ltimo nvel de conservao,
chamado de microcolinearidade, referese conservao da ordem
de regies codificadoras dentro do gene ou do fragmento de DNA
ortlogo. Inverses, inseres, duplicaes ou delees so frequentemente observadas nesse nvel.
83
biotecnologia
B
A,B, C
D, E
C
C
C
E
1
Ortologia
2
Colineridade
Microcolinearidade
A anlise dos diferentes nveis de conservao da estrutura genmica de diferentes espcies relacionadas, por meio do mapeamento
comparativo, apresenta importantes aplicaes cientficas. O conhecimento detalhado da estrutura genmica de diferentes espcies
pode facilitar a construo de mapas de ligao de uma espcie com
o mapeamento e utilizao de genes da espcie relacionada. Como
exemplo, Pereira etal. (1994) construram um mapa gentico de ligao em sorgo, utilizando sondas genmicas e de cDNA j mapeadas
em milho. Esse tipo de sonda heterloga, alm de facilitar a construo de mapas genticos, pode ser muito til na avaliao do grau de
conservao dos grupos de ligao de espcies relacionadas e do grau
de colinearidade entre essas espcies. Sondas heterlogas podem servir como ncoras permitindo a anlise conjunta de mapas genticos
de diferentes espcies. Essas informaes so valiosas para estudos de
evoluo (MOORE etal., 1995) e tambm para o estabelecimento de
84
modelos e mapa genticos nicos de referncia para grupos de espcies relacionadas (SEWELL etal., 1999).
Mapeamento gnico
O desenvolvimento de um nmero praticamente ilimitado de marcadores genticos moleculares associados evoluo dos aparatos
computacionais para clculos de cosegregao, agrupamento e distncias entre as marcas e sua associao com caractersticas de interesse tem permitido o mapeamento de importantes genes em diferentes espcies (CARNEIRO; VIEIRA, 2002; AMARAL etal., 2008).
Esse mapeamento tem sido feito tanto para genes associados a caractersticas qualitativas quanto para genes associados a caractersticas
quantitativas.
O mapeamento de genes associados a caractersticas qualitativas
ou caractersticas cujos fentipos observados apresentam segregaes Mendelianas (3:1; 1:2:1; 1:1) bastante simples. Nesse caso,
a cosegregao do fentipo e os marcadores moleculares so analisados diretamente, ou seja, a caracterstica qualitativa tratada
como se fosse um outro marcador. O resultado desse tipo de mapeamento so distncias (centiMorgan) entre os marcadores moleculares e o gene associado caracterstica qualitativa (FALEIRO
etal., 2003e). No caso do mapeamento de genes associados a caractersticas quantitativas ou de locos de caractersticas quantitativas
(QTLs), o resultado ser uma porcentagem da variao fenotpica
da caracterstica de interesse explicada pelos marcadores moleculares de forma isolada e conjunta (FALEIRO etal., 2006) (Figura 21).
85
biotecnologia
Mapeamento de caracterstica
qualitativa (resistncia
ferrugem)
OF10-105052
SCARF10-1050
OX1 1-550
sAV14.940
sacgcat.78
fer47
fer56
1.0
fer49
3.5
fer32
5.8
Marcador mT cCIR35
explica 35,5% da varinci a
fenotpica da resistncia
vassoura-de-bruxa
fer52
0.7
3.5
20
2.0
10
sAV18.950
sacacac.307
SCARBA8-560
8.9
2.4
15
8.0
5.4
0.3
Va lor de LO D
Marcadores
Dist
eM
Mapeamento de caracterstica
quantitativa (resistncia
vassoura-de-bruxa)
ant81
.mTcCIR35
mTcCIR30
MTcCIR24
ant73
ant89
saggcat.108
sAR15.1380
Figura 21. Resultados das associaes de marcadores moleculares com caracterstica qualitativa e quantitativa em mapas genticos .
biotecnologia
GS Y(X)
GS Y
K X . p . h X . rg XY . s gY
K Y . p . hY . s gY
88
89
biotecnologia
90
utilizando marcadores moleculares, entretanto poucos so os exemplos de variedades comerciais obtidas com o auxlio de marcadores
moleculares na seleo desses QTLs. Segundo Guimares e Moreira
(1999), a baixa variabilidade gentica dos genitores utilizados nos programas de melhoramento e a falta de interao entre as equipes envolvidas no mapeamento gentico e no melhoramento gentico so fatores que contribuem para esse fato.
Antes de pensar na SAMM, devese questionar a repetibilidade da
informao de ligao entre o marcador e o QTL, a interao entre o
QTL e o ambiente e a seleo simultnea de vrias caractersticas muitas vezes correlacionadas. Outro questionamento a validao desses
QTLs para outras populaes e outros ambientes. Temos que considerar tambm a dificuldade de selecionar concomitantemente vrios
QTLs, cada um explicando uma parte da variao fenotpica da caracterstica de interesse (BEARZOTI, 2000). Essa ltima dificuldade foi
analisada por Lande e Thompson (1990), os quais propuseram o uso
de um ndice de seleo que combina o valor fenotpico com a informao molecular, a qual o somatrio dos efeitos de cada marcadorQTL na caracterstica ponderados por um fator que depende da
herdabilidade da caracterstica e da proporo da varincia gentica
aditiva explicada pelos marcadoresQTLs (Figura 22).
i= i
b(
jXji)
j =1
Marcador
gentico j
Va lor
fentipo
Herdabilidade
da caracterstica
1
1
2
h
1
1 p
Efeito do marcador
gentico j
Proporo da varincia gentica
aditiva explicada pelos marcadores
2c
(R da regresso)
Figura 22. ndice proposto por Lande e Thompson (1990) para seleo de
caractersticas de interesse, combinando informaes fenotpicas e moleculares derivadas do mapeamento de QTLs.
91
biotecnologia
constatao de que o limite mximo de incremento de uma caracterstica quantitativa no poder ser atingido sem o mapeamento de todos
os locos envolvidos (FERREIRA; FALEIRO, 2008). Outro ponto a ser
considerado que, dependendo do nmero de genes envolvidos, um
grande nmero de indivduos e um grande nmero de anlises moleculares em cada indivduo pode tornar a SAMM invivel do ponto de
vista prtico, considerando o custo das anlises e, principalmente, o
tempo necessrio para a realizao delas, considerando o curto tempo
entre os ciclos de seleo em programas de melhoramento gentico.
Considerando as limitaes, dificuldades envolvidas e raros casos
de sucesso, a SAMM de caractersticas quantitativas baseada no
modelo atual de mapeamento e utilizao de QTLs est passando por
um momento de reflexo. Para que esse mtodo de seleo seja til,
os QTLs mapeados devem explicar grande parte da variao gentica
da caracterstica quantitativa, a qual controlada por vrios genes de
pequenos efeitos. Esse fato no tem sido observado na prtica, exatamente em funo da natureza polignica e da alta influncia ambiental nos caracteres quantitativos (RESENDE etal., 2008). Em funo
desses aspectos e outras limitaes mencionadas anteriormente, a
implementao prtica da SAMM de caractersticas quantitativas tem
sido limitada e os ganhos em eficincia muito reduzidos (DEKKERS,
2004; RESENDE etal., 2008).
biotecnologia
94
95
biotecnologia
96
biotecnologia
98
99
biotecnologia
~
Figura 23. Analogia entre impresso digital e a impresso digital gentica
obtida com base em marcadores moleculares.
A correta identificao de um material gentico animal ou vegetal essencial. A transferncia de resultados e recomendaes entre
diferentes instituies de pesquisa muitas vezes dificultada em virtude da identificao errada de materiais genticos. Erros de identificao podem ser causados por problemas de homonmia (o mesmo
nome para diferentes acessos); de sinonmia (diferentes nomes para
o mesmo acesso); administrao e controle inadequado do material
gentico; problemas de etiquetagem, mistura de material propagativo
(sementes, mudas, garfos para enxertia, estacas, etc.) utilizado na multiplicao do material gentico; crescimento de ramos a partir de porta
enxerto em materiais genticos mantidos no campo, entre outros.
A anlise de fingerprinting de DNA uma ferramenta poderosa para
a identificao desses erros e tem sido utilizada em vrios trabalhos
(CAETANOANOLLES etal., 1997; SMITH, 1998; YAMADA etal.,
2004). Praticamente todos os tipos de marcadores moleculares do DNA
podem ser utilizados para a identificao de acessos por fingerprinting,
embora diferenas relativas ao contedo de informao gentica por
loco, nmero de polimorfismos detectados, dificuldade e custo da anlise so observadas entre os diferentes marcadores (POWELL etal.,
1996; RUSSELL etal., 1997; PEJIC, 1998; MCGREGOR etal., 2000;
FALEIRO etal., 2004e). De um modo geral, marcadores codominantes e multiallicos so os mais indicados para esses estudos.
100
biotecnologia
Consideraes finais
Neste captulo, foram discutidas e exemplificadas as principais
aplicaes de marcadores moleculares como ferramenta auxiliar em
programas de conservao, caracterizao e uso de germoplasma e
melhoramento gentico vegetal. Considerando todas as aplicaes
discutidas em diferentes etapas, desde a coleta de germoplasma at
a caracterizao molecular de variedades melhoradas, difcil imaginar uma cultura ou um programa de pesquisa ou desenvolvimento
tecnolgico envolvendo germoplasma e (ou) melhoramento gentico
que no possa ser beneficiado com o uso de tal tecnologia em algumas situaes.
importante mencionar que prticas de avaliao fenotpica contabilizando os efeitos ambientais e das interaes gentipo x ambiente
102
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117
biotecnologia
118
Captulo 4
Prospeco gnica e
bioinformtica
Ana Maria Costa
Introduo
A biotecnologia vem contribuindo significativamente para a gerao de novos produtos como frmacos e alimentos. Genes isolados
de diferentes organismos hoje so transferidos para outros, conferindolhes novas propriedades. Por exemplo, a insulina disponvel
para tratamento do diabetes e o hormnio GH utilizado no controle
de distrbios do crescimento, que antes eram extrados de sunos e
cadveres, so produzidos atualmente por microorganismos portadores de genes humanos construdos por engenharia gentica. Como
resultado, a sociedade pde usufruir de medicamentos de melhor qualidade a preos mais acessveis e sem os riscos sade decorrentes do
processo de obteno antigo.
Hoje a indstria biotecnolgica emprega microorganismos, plantas
e animais como biofbricas de substncias de interesse. Plantas e animais geneticamente modificados esto sendo construdos para usos
especiais dos mais diversos. Como por exemplo, temos os alimentos vacinas, que so alimentos que carregam informaes genticas
que promovem imunizao para diferentes doenas e fibras de alta
qualidade para confeco de tecidos produzidos no leite de animais
(TRIPURANI etal., 2003; BOLDUC; LAZARIS, 2002).
Na agropecuria, a biotecnologia vem contribuindo para acelerar os
programas de melhoramento gentico. Os marcadores moleculares do
DNA, regies que cossegregam com genes de interesse, so empregados para selecionar plantas e animais que apresentem as propriedades desejadas antes que elas se manifestem. Permitindo, assim, que
produtos dos cruzamentos sejam selecionados logo nas primeiras etapas do desenvolvimento da planta ou do embrio de animais, economizando tempo e recursos dos programas de pesquisa.
evidente, portanto, a importncia da biotecnologia para a melhoria da qualidade de vida do homem. A questo : como so identifi121
biotecnologia
cados os genes de interesse para a construo de organismos geneticamente modificados e marcadores moleculares? A seguir sero
apresentadas algumas estratgias comumente empregadas pelos profissionais da rea.
Projetos genoma
Os projetos genomas foram criados para compreender as bases do
funcionamento dos seres vivos. a partir das informaes geradas
nesses estudos que se obtm os segmentos genmicos utilizados no
desenvolvimento biotecnolgico.
Genoma estrutural
A palavra genoma foi cunhada por Hans Winkler, em 1920, como
uma conjugao de gene e cromossomo. No entanto, o conceito geral
de genoma pode ser atribudo ao sculo IV antes da era crist, quando
Aristteles apontou os primeiros conceitos em relao hereditariedade. Embora os trabalhos de Mendel no final do sculo XIV tenham
trazido grandes contribuies no campo da hereditariedade, essa
rea mostravase ainda bastante abstrata. Com o avano dos mtodos
cientficos e das tecnologias, a hereditariedade passou a ser associada
s estruturas presentes no ncleo das clulas chamadas cromossomos (final do sculo XIX e incio do sculo XX) e finalmente com os
polmeros de nucleotdeos duplafita chamados de DNA (meados do
sculo XX) que formam os cromossomos (COSTA; MARTINS, 2010).
No DNA, encontramse codificados segmentos associados expresso de cadeias polipeptdicas e regies estruturais diversas, importantes na manuteno da estrutura do cromossomo e diviso celular. Denominase de genoma estrutural ao conjunto das informaes
contidas nos cromossomos e de projeto genoma estrutural ao programa de pesquisa que vem determinando a ordem das bases nitrogenadas dos polmeros de DNA dos genomas de diversos organismos
(Figura 1). Os resultados do sequenciamento dos segmentos clonados so depositados nos bancos de dados internacionais, sendo o mais
comum e mais importante na atualidade o do NCBI (NCBI, 2009
122
Genoma estrutural
Extrao do DNA
ACTTGGAAGTAAAGCTCTCCTCAGCAAATGTAAAAGAACACAAATTATAACAAACTATC
CTCAGACCACAGTGCAATCAAACTAGAACTCAGGATTAAGAATCTCACTCAAAACCGCT
Clonagem
vetor
AACTACATGGAAACTGAACAACCTGCTCCTGAATGACTACTGGGTACATAACGAAATGA
GGCAGAAATAAAGATGTTCTTTGAAACCAATGAGAACAAAGACACAACATACCAGAATC
CTGGGACGCATT CAAAGCAGTGTGTAGAGAGAAATTTATAGCACTAAATGCCCACAAG
AAAGCAGGAAAGATCCAAAATTGACACCCTAACATCACAATTAAAAGAACTAGAAAAGC
AGACCAAACACATTCAAAAGCTAGCAGAAGGCAAGAAATAACTAAAATCAGAGCAGAA
GAAGGAAATAGAGACACAAAAAACCCTTCAAAAAATTAATGAATCCAGGAGCTGGTTTT
TGAAAGGATCAACAAAATTGATAG ACCGCTAGTAAGACTAATAAAGAAAAAAAGAGA
GAATCAAATAGACACAATAAAAAATGATAAAGGGGATATCACCACCGATCCAACAGAAA
ACAAACTACCATCAGAGAATACTACAAACACCTCTACGCAAATAAACTAGAAAATCTAG
AGAAATGGATAAATTCCTCAACACATACACTCTCCCAAGACTAAACCAGGAAGAAGTTG
ATCTCTGAATAGACCAATAACAGGAGCTGAAATTGTGGCAATAATCAATAGCTTACCAA
CAAAAAGAGTCCAGGACCAGATGGATTCACAGCCGAATTCTACCAGAGGTACAAGGAG
ACTGGTACCATTCCTTCTGAAACTATTCCAATCAATAGAAAAAGAGGGAATCCTCCCTAA
CTCATTTTATGAGTCCAGCATCATTCTGATACCAAAGCCTGGCAGAGACACAACCAAAA
Sequenciamento
Banco de DNA
Banco de dados
Genoma funcional
Todas as clulas de um mesmo indivduo, salvo algumas excees,
possuem o mesmo genoma estrutural, ou seja, apresentam todas as
informaes genticas necessrias para gerar um organismo inteiro.
Contudo, cada clula, ao se especializar, passa a expressar somente
uma parte dessas informaes. Nos estudos de genmica funcional,
obtmse as informaes do que est sendo expresso nas clulas e tecidos (RNAs e protenas) do organismo. Como se trata de uma anlise
fenotpica, as informaes expressas podem se modificar em funo
das variaes ambientais, tais como temperatura, umidade, nutrio,
estgio de desenvolvimento e idade do organismo.
A genmica funcional, portanto, compreende a anlise das sequncias de RNAs mensageiros e do padro proteico codificado pelo
genoma estrutural numa determinada condio ambiental. So chamados de transcriptomas os bancos de genticos construdos com
os RNAs de um determinado tipo celular (Figura 2). O estudo protemico determina o padro de protenas/peptdeos peculiar cada
tipo celular (Figura 3). E o estudo metabolmico avalia e organiza em
mapas metablicos os compostos qumicos resultantes da expresso
gnica (Figura 4).
123
biotecnologia
Genoma funcional
ACTTGGAAGTAAAGCTCTCCTCAGCAAATGTAAAAGAACACAAATTATAACAAACTATCT
CTCAGACCACAGTGCAATCAAACTAGAACTCAGGATTAAGAATCTCACTCAAAACCGCTC
AACTACATGGAAACTGAACAACCTGCTCCTGAATGACTACTGGGTACATAACGAAATGAA
GGCAGAAATAAAGATGTTCTTTGAAACCAATGAGAACAAAGACACAACATACCAGAATCT
CTGGGACGCATTCAAAGCAGTGTGTAGAGAGAAATTTATAGCACTAAATGCCCACAAGAG
AAAGCAGGAAAGATCCAAAATTGACACCCTAACATCACAATTAAAAGAACTAGAAAAGCA
AGACCAAACACATTCAAAAGCTAGCAGAAGGCAAGAAATAACTAAAATCAGAGCAGAACT
GAAGGAAATAGAGACACAAAAAACCCTTCAAAAAATTAATGAATCCAGGAGCTGGTTTTT
TGAAAGGATCAACAAAATTGATAGACCGCTAGTAAGACTAATAAAGAAAAAAAGAGAGAA
GAATCAAATAGACACAATAAAAAATGATAAAGGGGATATCACCACCGATCCAACAGAAAT
ACAAACTACCATCAGAGAATACTACAAACACCTCTACGCAAATAAACTAGAAAATCTAGA
AGAAATGGATAAATTCCTCAACACATACACTCTCCCAAGACTAAACCAGGAAGAAGTTGA
ATCTCTGAATAGACCAATAACAGGAGCTGAAATTGTGGCAATAATCAATAGCTTACCAAC
CAAAAAGAGTCCAGGACCAGATGGATTCACAGCCGAATTCTACCAGAGGTACAAGGAGGA
ACTGGTACCATTCCTTCTGAAACTATTCCAATCAATAGAAAAAGAGGGAATCCTCCCTAA
CTCATTTTATGAGTCCAGCATCATTCTGATACCAAAGCCTGGCAGAGACACAACCAAAAA
Sequenciamento
Banco cDNA
Banco de dados
Purificao e
sequenciamento
de peptdeos
Extrao de peptdeos
MSASFSPHTITLIKSTVPLLAEHGTTIIEAMYHQLFEDPQIEALFNQ
ANQKNGTQIHALAGAILAYARNIDNPGVLASAIERISQKHVGYAIHP
Separao em gel bidimensional
EHYPHVATALLGAIKQVLGDVATSEVLQAWGEAYWFIANLLKDRE
AVIREGIMTKNGGWIHWRRFVISKRIPESETITSFMLHPDDGGPVV
Isolamento
PHQAGQYLTFRFDAAGMPGMKRNYSISCGPNSDHYRITVKREHG
TGASAFLHDQAKVGTIIECTPPVGDFFLPSVIERPIVLLSGGVGLTP
Sequenciamento do peptideo
MVSMMEQIAEAYPDAQVWYVHGTQNRETHAMDAHIRALVSRHK
HMKATTFYTQRSEADDAEAGFITIDWLRANTPFQKADFYLCGPRP
Banco de dados
FLRTFVRDLIGAGVPAAQVHYEFFGPMDEEMAA
Zetacaroteno
Lutena
Beta-caroteno
Violaxantina
cido Abscsico
125
biotecnologia
DNA e cDNA
ACTTGGAAGTAAAGCTCTCCTCAGCAAATGTAAAAGAACACAAATTATAACAAACTATCT
CTCAGACCACAGTGCAATCAAACTAGAACTCAGGATTAAGAATCTCACTCAAAACCGCTC
AACTACATGGAAACTGAACAACCTGCTCCTGAATGACTACTGGGTACATAACGAAATGAA
GGCAGAAATAAAGATGTTCTTTGAAACCAATGAGAACAAAGACACAACATACCAGAATCT
CTGGGACGCATTCAAAGCAGTGTGTAGAGAGAAATTTATAGCACTAAATGCCCACAAGAG
AAAGCAGGAAAGATCCAAAATTGACACCCTAACATCACAATTAAAAGAACTAGAAAAGCA
AGACCAAACACATTCAAAAGCTAGCAGAAGGCAAGAAATAACTAAAATCAGAGCAGAACT
GAAGGAAATAGAGACACAAAAAACCCTTCAAAAAATTAATGAATCCAGGAGCTGGTTTTT
TGAAAGGATCAACAAAATTGATAGACCGCTAGTAAGACTAATAAAGAAAAAAAGAGAGAA
GAATCAAATAGACACAATAAAAAATGATAAAGGGGATATCACCACCGATCCAACAGAAAT
ACAAACTACCATCAGAGAATACTACAAACACCTCTACGCAAATAAACTAGAAAATCTAGA
AGAAATGGATAAATTCCTCAACACATACACTCTCCCAAGACTAAACCAGGAAGAAGTTGA
Ferramentas de bioinformtica
As ferramentas de bioinformtica so programas de computador
que auxiliam na interpretao dos resultados gerados pelos diferentes sequenciamentos. Permitem identificar um possvel papel biolgico para os segmentos de DNAs e protenas, por meio de comparaes com sequncias e estruturas depositadas em bancos de dados e
desenvolver marcadores moleculares especficos e iniciadores de replicao (primers) para identificao e ou captura de genes de interesse.
Na pesquisa biotecnolgica, existem duas situaes corriqueiras em
que o pesquisador busca as ferramentas de bioinformtica:
1) Quando se tem uma ou conjunto de sequncias da qual se
deseja identificar a funo biolgica.
2) Quando se tem um problema biolgico para o qual h necessidade de se identificar os genes ou rotas metablicas.
A seguir sero apresentadas algumas dessas ferramentas no contexto da situao um e dois.
126
127
biotecnologia
Igualmente comum a situao em que apenas uma parte da sequncia apresenta similaridade com outras provenientes dos bancos de
dados. Esses casos geralmente ocorrem quando existem domnios
conservados entre famlias gnicas ou genes com origem evolutiva
comum, ou mesmo em virtude da presena de elementos repetitivos diversos de origem viral ou no viral (COSTA; MARTINS, 2010).
Identificada a similaridade, fazse a anotao das bases e (ou) aminocidos de incio e fim e sua funo hipottica, destacando o termo
hipottico quando a funo no tiver sido comprovada experimentalmente.
O Blast permite identificar e recuperar dos bancos de dados as fases
abertas de leitura (open reading frame ORF), ou seja, possveis peptdeos que poderiam ser codificados pelo segmento se a regio cor128
Comparao com
sequncias depositadas
(www.ncbi.nlm.nih.gov)
Consensos da
expresso gnica
(transcrio e traduo)
(http://www.bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/)
Anlise estrutural
(http://hydra.icgeb.trieste.it/~kristian/dna/)
Fase aberta de
leitura (ORF)
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
gorf/gorf.html)
Consenso com
elementos repetitivos
(transposons)
Figura 7. Anotaes mais comuns realizadas nas sequncias brutas: (1) retirada da regio do vetor; (2) Comparao com sequncias depositadas em
banco de dados; (3) Identificao de fases abertas de leitura; (4) Identificao
de consensos da transcrio ou traduo; (5) Identificao de elementos repetitivos; e (6) Anlise estrutural.
No caso particular de no existirem similaridades com as sequncias depositadas nos bancos de dados, dependendo da necessidade
do pesquisador, fazse uso de outros programas de bioinformtica
que permitam identificar outras informaes que possam auxiliar na
identificao do papel biolgico. Entre esses programas, destacamse
aqueles que identificam consensos ativadores ou repressores da transcrio, segmentos caractersticos de regio promotora. Essas regies
podem ser caracterizadas com o auxlio de programas do tipo Signal
scan. Tambm, podemse fazer anlises de curvaturas e dobramentos de DNAs e cadeias polipeptdicas com ferramentas especficas disponveis para tal (Figura 7).
129
biotecnologia
130
131
biotecnologia
FASTA
>C5 regio hibrida humana/minicrculo kDNA, 1075 bp
GAATTCTCTGTGGCATAGTTCCCAACTTCGATGGCTTACCCTGTTACTCAGCAACATCCTAG
GACTGTCCATCCTGCTTGAAAAATAAGGAAGTTGGCCAAAGTTATGGTTCAGAGGGTAACAT
ACTTGTGGAACAGCATGAGGGACCTCAGTTTGAATCCCCAGCGACCCTGTAAAAGTCAGTTG
TGACTGTACTACAAGTATCATGCTATAACTCCAGTTCTGGGAGGCAGAGACAGGTGGGTCCC
TGGAGTTCACAAGTCAGTCATCCTATTTCAATAGATAGTTTTATGTTCAGGGAAAGGGACTG
TCTCAAAATCGAGGAAGATACACGCACAACTCTGGTATACACACACACACACACACACACAC
ACACACACACACACTCACACACAGTTTTCAGCACCTCCATTTACCATAAAACACCACAACTA
TCACCAAACTCTCTATATTACACCAACCCCAATCGAACCCCACCTCCCGTAAACAACCCCCC
ACTTTCGGCCAAATAATGTACGGGGGAGATGCATGAATTTTCCGGCCAAAATCTGA
> FOSB_MOUSE Protein fosB. 338 bp
MFQAFPGDYDSGSRCSSSPSAESQYLSSVDSFGSPPTAAASQECAGLGEMPGSFVPTVTA
ITTSQDLQWLVQPTLISSMAQSQGQPLASQPPAVDPYDMPGTSYSTPGLSAYSTGGASGS
GGPSTSTTTSGPVSARPARARPRRPREETLTPEEEEKRRVRRERNKLAAAKCRNRRRELT
DRLQAETDQLEEEKAELESEIAELQKEKERL EFVLVAHKPGCKIPYEEGPGPGPLAEVRD
LPGSTSAKEDGFGWLLPPPPPPPLPFQSSRDAPPNLTASLFTHSEVQVLGDPFPVVSPSY
TSSFVLTCPEVSAFAGAQRTSGSEQPSDPLNSPSLLAL
de dados e colocao da palavrachave, o usurio dever clicar na palavra Go para iniciar a consulta. Para a busca geral, a pesquisa feita
sem a definio de um banco. Nesse caso, todos os bancos sero consultados, gerandose uma relao com o nmero de ocorrncias da
palavrachave em cada um dos bancos e chamadas para acesso.
133
biotecnologia
134
zadores (primers) para amplificar genes em organismos aparentados. O banco DBGAP disponibiliza os projetos e estudos que correlacionam os padres genotpicos aos fenotpicos, compreendendo
a diversidade allica e documentaes. O Gensat acessa o banco
de dados do projeto que objetiva o mapeamento dos genes expressos no sistema nervoso central de camundongo. O Geoprofiles e
Unigene disponibilizam a organizao e anlises de transcriptomas.
=HWDFDURWHQR
%HWDFDURWHQR
/XWHtQD
9LROD[DQWLQD
FLGR$EVFtVLFR
135
biotecnologia
^
^
'
136
137
biotecnologia
138
Clustal W: www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html
>C1, 181 bp
GAATTCGGCTTGGTTCGATTGGGGTTGGTGTAATATAGAGAGTTTGGTGATAGTTGTGGTGTTT TATGTAAAT
GGAGGTGCTGAAATGCAGATTTTGATTTTNAGGGCGTCAGATTTCCGACAAATCATTCATCTCC CCGACNNNG
CGAAGTGGTGNNGTTACTTAGTGTCGATGGGTGGG
>C2, 666 bp
GGTTCGATTGGGGTTGGTGTAATATAGAGAGTTTGGTGATAGTTGTGGTGTTTTATGGTAAATG GAGGTGCTG
AAAATTGGCAGAATTTTGATTTTGGGAGGGGCGTTCAGATTTCGGCGGAAAATTCATGCATCTC CCCCGTACA
TTATTTGGCCGAAAGTGGGGGTTGTTTACGCGAGGTGGGTTCGATTGGGGTTGGTGTAATATAG AGAGTTTGG
TGATAGTTGTGGTGTTTATGGTAAATGGAGGTCTAAAATGCAGATTTATTTGGAGGCTCAGTTG CGAATCATG
CATCTCCCCCGTACTGACTGCTAATAGGTCTCACGACGCGGTTCGATGGGTGGTGTATATAAAA GGTTGTGAT
AGTTGTGCTGCTTTATGTCAAATGGAGGTGCTTGAAAATGCAGAACTTTTGATTTTGGGAGGGC GTTCAGACT
TTTGGGCGGAAAACTTCATGCATCTCCCCCGTACATTACCTTTGGCCGAAAGTGGGGGTCTGTT TACGGGAGG
CTGGGGTTCGATTGGGGTTGGTGTAATATAGAGAGTTTGGTGATAGTTGTGGTGTTTTATGGTA AATGGAGGT
GCTGAAAACTGGCAGAATTTTGATTTTGGGAGGGGCGTTCAGATTTTGGCCGGAAAATTCATGC ATCTCCCCC
GTACATTAT
>C4, 151 bp
GGTTCGATTGGGGTTGGTGTAATATAGAGAGTTTGGTGATAGTTGTGGTGTTTTATGGTAAATG GAGGTGNTG
AAAATTGGCAGAATTTTGATTTTNGGAGGGGCGTTCAGATTTTGGGCGGAAAATTCATGCATCN CCCCCNTAC
ATTAT
Na Figura 14, mostrase o resultado da comparao de segmentos de DNA por meio do ClustalW. Identificada as regies similares e no similares, a informao pode servir para diferentes finalidades, incluindo o desenvolvimento de marcadores moleculares ou
para desenho de inicializadores que iro amplificar regies especficas para estudo e uso biotecnolgico.
139
biotecnologia
Consideraes finais
As ferramentas de bioinformtica e bancos de dados permitem que
o usurio adquira uma noo do estado da arte e acesso ao detalhamento de informaes biolgicas teis, tais como sequncias de DNA
e de protena, estruturas tridimencionais de cidos nucleicos e peptdeos, localizao de segmentos gnicos e no gnicos nos cromossmicos, identificao de rotas metablicas, entre outros. Esse conhecimento de extrema utilidade na gerao, interpretao e discusso
de dados e formulao de hipteses.
Como qualquer fronteira do conhecimento, os programas de bioinformtica esto em constante aprimoramento. Dia aps dia, novas
ferramentas surgem no mercado, exigindo ateno e esforos por
140
Referncias
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141
Captulo 5
Genmica funcional
Rodrigo da Rocha Fragoso
Erich Yukio Tempel Nakasu
Thales Lima Rocha
Artur Jordo de Magalhes Rosa
Introduo
A biodiversidade existente hoje, ou mesmo a extinta, que observada nos registros fsseis desde 3 billhes de anos atrs, nos mostra uma infinita variedade de formas, tamanhos, cores, nichos e relaes ecolgicas. Paradoxalmente, os seres vivos so bioquimicamente
iguais e, essa infinita variabilidade constituda basicamente de umas
dezenas de precursores moleculares idnticos. Da mesma forma,
incrvel que quase toda informao biolgica esteja armazenada
no cido desoxirribonucleico, o DNA, que apresenta apenas quatro
tipos de bases nitrogenadas diferentes (Adenina, Citosina, Timina
ou Guanina). Da mesma forma, quase todas protenas so constitudas de apenas 20 tipos de aminocidos, encadeados sequencialmente. A variao de nmero e de sequncia nucleotdica o que pode
gerar teoricamente infinitos genes diferentes (para uma introduo
detalhada, CORDEIRO, 2003). De forma semelhante, essa informao do gene pode ser utilizada para determinar a sequncia precisa
de aminocidos que constitui uma determinada protena, que aps
seu enovelamento, endereamento e ativao, ir assumir sua funo celular. Como os carboidratos, lipdeos e metablitos podem ser
observados como produtos enzimticos gerados por protenas especficas, muito pode ser entendido a partir dos genes e suas protenas
codificadas, num nico mecanismo de fluxo de informao biolgica,
que est baseado num nmero nfimo de precursores moleculares.
O conjunto completo dos genes de determinado ser vivo chamado
de genoma. A genmica a cincia que trata do sequenciamento e
os diversos estudos da informao gerada. J a genmica funcional
um campo da Biologia Molecular e Bioqumica que descreve a funo especfica de genes e protenas, relacionando as etapas do fluxo de
143
biotecnologia
Genmica
RNA
Transcriptoma
Protena
Proteoma
Metablito
Metaboloma
Ao contrrio da genmica, a genmica funcional focaliza os aspectos dinmicos como transcrio gnica, traduo proteica, interao protenaprotena e alterao metablica, alternativamente aos
aspectos estticos da informao genmica como sequncia de DNA
e estrutura gnica. Por natureza, a genmica estuda um fenmeno
populacional e apresenta enfoque gentico e evolutivo, enquanto a
genmica funcional aborda um fenmeno fisiolgico com enfoque
celular, molecular e bioqumico.
144
145
biotecnologia
146
Transcriptmica
Transcriptmica a cincia que estuda o transcriptoma, que, por
definio, o conjunto completo de RNA transcritos de determinado
indivduo, de determinada espcie, de determinada idade, de determinado tecido, em determinadas condies ambientais, sob determinado tratamento experimental, etc. Ou seja, se o genoma o conjunto
de genes de um certo indivduo, ele no varia para aquele indivduo.
Todas as clulas daquele indivduo apresentam o mesmo genoma,
exceto linfcitos e clulas germinativas devido a peculiaridades funcionais. Bastaria fazer um genoma por espcie, determinando todos
os alelos para cada lcus gnico. No entanto, um enorme nmero de
diferentes transcriptomas pode ser gerado de um nico indivduo,
considerando todas as condies especficas utilizadas para coletar as
147
biotecnologia
Biblioteca de cDNA
Molculas de RNA so sintetizadas (transcrio) para cumprir
diversas funes, sendo o mRNA responsvel por levar a informao biolgica armazenada no DNA para os ribossomos, local da sntese de protenas (traduo). Em eucariotos, a grande maioria dos
mRNA possui na sua extremidade 3 uma sequncia homopolimrica de adenosinas (cauda PoliA). Tal caracterstica explorada nas
tcnicas de transcriptmica para excluir outros tipos funcionais
de RNA. Utilizando um iniciador oligonucleotdeo com sequncia
homopolimrica de timidinas (OligodT) e uma DNA polimerase
RNAdependente (transcriptase reversa viral), possvel sintetizar
in vitro molculas de DNA complementar (cDNA), que podem ser
clonados (ligados em plasmdeos com DNA ligase e inseridos em
clulas bacterianas de Escherichia coli por eletroporao) para produo de massa e sequenciamento (GUBLER; HOFFMAN, 1983).
A biblioteca de cDNA representa todos os genes expressos nas condies de coleta da amostra.
Ferramentas de bioinformtica para anlise de sequncia so utilizadas para inferir funo gnica, mecanismos fisiolgicos, vias metablicas, etc que atuam em determinada situao. Quando se pretende
comparar tratamentos experimentais, devem ser geradas bibliotecas
de cDNA para cada situao. Posteriormente, fazse a subtrao in
silico por bioinformtica, que resulta na discriminao de quais genes
ocorrem apenas em um tratamento, apenas no outro tratamento ou
148
Biblioteca subtrativa
A biblioteca subtrativa representa o subconjunto de cDNA que
ocorre exclusivamente em uma determinada situao. Apesar de haver
certas variaes, os protocolos se baseiam na extrao de RNA de dois
tratamentos (A e B, por exemplo) e na incubao conjunta dos respectivos cDNA desnaturados para subtrao in vitro, que teoricamente
seleciona os exclusivos (ocorre em A, mas no em B, ou viceversa).
Assim, apenas so clonados e sequenciados os cDNA diferencialmente expressos, diminuindo o tempo e o custo em relao subtrao in silico, que sua principal vantagem (SARGENT; DAVID, 1983).
Na verdade, essa estratgia de subtrao foi idealizada para permitir
a clonagem de genes com baixa taxa de expresso, em que a amostra de cDNA era subtrada dela mesma usando uma massa de 10 a
30 vezes da mesma amostra (TIMBERLAKE, 1980; ZIMMERMANN
etal., 1980).
Apesar das vantagens de se clonar cDNA raros ou comparar dois
tratamentos sem a necessidade de sequenciar dezenas de milhares
de clones (SAMBROOK etal., 1989), tal estratgia no est to presente nas publicaes mais recentes devido provavelmente ao surgimento de novas estratgias e a gerao de grande nmero de falsos
positivos, ou seja, genes expressos nos dois tratamentos so clonados
como sendo genes diferencialmente expressos. Outra desvantagem
que variaes quantitativas menores no so detectadas e, inversamente, grandes variaes quantitativas podem ser confundidas com
variaes qualitativas.
DDRTPCR
A estratgia de apresentao diferencial por transcrio reversa
seguida de reao em cadeia da polimerase (DDRTPCR, do ingls
Differential Display RTPCR) uma poderosa tcnica de identificao
149
biotecnologia
Macroarranjo de DNA
O princpio do macroarranjo de DNA est baseado na tcnica de
hibridizao, sendo uma estratgia de anlise interessante para organismos que j apresentam estudos genmicos prvios. A utilizao de
uma coleo de DNA distintos arranjados para observao do padro
de expresso foi primeiramente descrito por Kulesh etal. (1987). O
macroarranjo pode ser interpretado como o inverso de um Southern
blot (SOUTHERN, 1975), que tem como princpio a separao das
amostras de DNA por eletroforese em gel desnaturante, transferncia do DNA para membrana, imobilizao por ligao covalente do
DNA com a membrana e a hibridizao com sondas de DNA marcadas com radioatividade correspondentes a um nico gene (Figura 2).
150
Teste
Controle
Marcao
radioativa de
cidos nuclicos
Hibridaes
paralelas
12 cm
m
Revelao
2 - 3,000
Sondas
Inversamente, a estratgia de macroarranjo inicia com a imobilizao em membrana de nylon de produtos de PCR ou cDNA clona-
151
biotecnologia
Microarranjo de DNA
O microarranjo de DNA (Microarray) tem sido a principal ferramenta de transcriptmica e que mais contribuiu para o avano do
152
conhecimento na era ps genmica at o momento. A miniaturizao do macroarranjo foi relatada em 1995 (SCHENA etal., 1995) e,
apenas dois anos depois, j era possvel organizar o primeiro genoma
eucaritico completo, da levedura Saccharomyces cerevisiae, em uma
nica e pequena lmina (LASHKARI etal., 1997).
A metodologia do microarranjo apresenta algumas melhorias em
relao estratgia anterior. Inicialmente, robs depositam dezenas
de milhares de sondas especficas em lminas de vidro ou silicone
(6.000 spots/cm2) em empresas privadas que comercializam chips de
DNA, padronizados ou encomendados (Figura 3). Assim, instituies
de pesquisa e universidades realizam seus experimentos de expresso
gnica em larga escala, gerando grande quantidade de dados com alta
reprodutibilidade e confiabilidade, sem precisar investir nos equipamentos de elevado custo de aquisio, operao e manuteno.
Outra melhoria foi na forma de marcao. No lugar da radioatividade, os cDNAs so marcados com dois fluorforos, ficando cada
tratamento com uma determinada cor. Aps a hibridizao, modernos aparelhos excitam as molculas fluorforas com laser e captam
imagens coloridas com alta resoluo em escaner fluorescente para
compor os dados de expresso gnica quando comparadas pela intensidade e colorao apresentada em cada ponto que representa um
determinado gene. O uso de diferentes fluorocromos permite que os
sinais de hibridizao sejam determinados para os dois tratamentos
distintos em um nico experimento. Cada spot apresenta uma cor
que resultante da mistura dos dois fluorocromos, cada qual com
sua intensidade, e representa aquela sequncia de DNA em relao
aos dois tratamentos observados. Dessa forma, o microarranjo de
DNA permite a anlise simultnea de expresso de milhares de genes.
Tambm existe o chip de DNA para genotipagem, em que os pontos
fixados correspondem a marcadores moleculares (normalmente do
tipo SNPs) que se correlacionam com fentipos conhecidos.
A maior desvantagem do microarranjo de DNA sua dependncia
de genes previamente caracterizados. Por isso, existem alguns estudos
de hibridizao heterloga, em que amostras de espcies sem genoma
utilizam chip de DNA da espciemodelo filogeneticamente mais prxima. A dependncia de empresas privadas eleva o custo, porm os
153
biotecnologia
Controle
Marcao
fluorescente de
cidos nuclicos
Cy5
Hibridao
competitiva
2,5
cm
7, 5 c
Cy3
20.000
Sondas
Scanner
SAGE
A poderosa tcnica de anlise seriada da expresso gnica (SAGE,
do ingls Serial Analysis of Gene Expression) permite estudar o
padro global de expresso gnica e foi desenvolvida e publicada em
154
biotecnologia
mento foi reduzido mais de 100 vezes e a capacidade de sequenciamento por mquina aumentou mais de 1.000 vezes. De fato, est
acontecendo uma mudana de paradigma na execuo dos experimentos. Os fatores tempo e dinheiro, que determinaram o sucesso
e insucesso de adoo das estratgias anteriormente descritas, j iniciam um redirecionamento metodolgico.
Num futuro bem prximo, teoricamente qualquer ser vivo conhecido poder ter seu genoma completamente sequenciado para estudos de genmica comparativa. Imaginem a gerao de milhares de
genomas de indivduos da mesma espcie para genotipagem total e
identificao de marcadores moleculares para todos os genes e seus
alelos. Ou milhares de transcriptomas de uma espcie direcionados
para responder questes biolgicas, mdicas, patolgicas, fisiolgicas e tantas outras. Ou ainda, genomas de inmeras amostras complexas de gua e solo (metagenmica), sem identificao prvia dos
seres vivos presentes.
Entretanto, novos desafios so lanados para a bioinformtica,
pois o tipo de dado gerado requer novos programas dedicados, e o
volume de dados que pode ser gerado a baixo custo em curto tempo
absurdamente grande, dificultando seu armazenamento e anlise.
Curiosamente, maior custo e tempo sero necessrios para armazenar
e analisar os dados do que para gerar as sequncias, ou seja, o inverso
do que vinha ocorrendo com a utilizao do sequenciamento automtico (SMITH etal., 1985; SMITH etal., 1986), baseado no mtodo de
Sanger (SANGER; COULSON, 1975).
Considerando essa transio, o sequenciamento de nova gerao
oferece nova perspectiva para genmica funcional. A rapidez e baixo
custo tornam o sequenciamento completo do transcriptoma melhor
que qualquer tcnica atual, que foram desenvolvidas justamente para
contornar a demora e alto custo necessrios para sequenciar um transcriptoma. Provavelmente, em pouco tempo, no haver mais interesse em se executar microarranjo ou SAGE para avaliar e comparar
a expresso gnica. O transcriptoma rene todos os transcritos, sejam
conhecidos ou no, codificadores ou no, mais abundantes ou no.
Seu dado quantitativo podendo ser utilizado para determinar nveis
de expresso gnica.
156
Protemica
A protemica pode ser definida como a varredura, em larga escala,
de protenas provenientes de uma clula, organismo ou fluido biolgico. O estudo de proteomas desafiador, uma vez que a expresso
gentica de uma clula muito dinmica e dependente do seu estdio de desenvolvimento, da presena de ativadores e inibidores e das
condies ambientais. Apesar disso, a protemica, por estudar os produtos finais do genoma, oferece as ferramentas mais adequadas para
a anlise e interpretao das funes gnicas.
Os dados gerados pela protemica, pela alta capacidade de resolver
diferenas mnimas entre protenas, incluem importantes descobertas relacionadas a vias de transduo de sinais, protenas reguladoras, modificaes pstraducionais, assim como condies fisiolgicas e patolgicas de clulas e organismos (WESTERMEIER; NAVEN,
2002). Do ponto de vista agronmico, a protemica de plantas cultivadas pode fornecer informaes como diferenas de expresso proteica entre cultivares com nveis variados de produo, de resistncia
a estresses biticos e abiticos, bem como no desenvolvimento de alimentos com altos valores nutritivos.
O estudo de um determinado proteoma tem aplicaes diretas na
descoberta de vias metablicas em todos os estdios do ciclo celular,
gerando uma massiva quantidade de conhecimento em biologia celular e bioqumica. Alm disso, permite a identificao de novas molculas bioativas em extratos naturais, levando ao desenvolvimento de
novos medicamentos e a caracterizao de marcadores biolgicos,
incluindo molculas endgenas e exgenas especficas a um estado
patolgico. Atualmente, as principais tcnicas utilizadas para anlise de proteomas so a eletroforese bidimensional, a cromatografia
lquida e a identificao por espectrometria de massa (MS, do ingls
mass spectrometry).
Eletroforese bidimensional
A eletroforese bidimensional (2DE, do ingls TwoDimensional
Electrophoresis) uma tcnica amplamente utilizada para a anlise
de misturas complexas de protenas extradas de clulas, tecidos ou
157
biotecnologia
158
Preparao de amostras
O preparo de amostras para 2DE essencial para aumentar a resoluo e representatividade dos spots derivados de misturas complexas (ROCHA etal., 2005). Devido grande diversidade das protenas,
159
biotecnologia
Focalizao isoeltrica
A focalizao isoeltrica (IEF, do ingls Isoelectric Focusing) um
mtodo eletrofortico que separa as protenas de acordo com seus
pontos isoeltricos. Na IEF, os gradientes so normalmente imobilizados em tiras contendo um intervalo especfico de pH (por exemplo,
pH 310, pH 47). As protenas so molculas anfotricas, podendo
ter carga positiva, negativa ou igual zero, dependendo do pH do
meio. A carga lquida de uma protena pode ser calculada pela soma
de todas as cargas positivas e negativas dos grupos laterais dos resduos de aminocidos e extremidades amino e carboxiterminais. O
ponto isoeltrico o pH especfico onde carga lquida da protena
zero. Protenas so carregadas positivamente em pH abaixo do seu
pI e negativamente carregadas em pH acima do pI.
A presena de um gradiente de pH essencial para a tcnica de IEF.
Em um gradiente de pH e sob influncia de um campo eltrico, as
protenas movemse para a posio onde sua carga ser igual zero.
Dessa forma, uma protena com carga positiva migrar na direo do
ctodo, tornandose progressivamente menos positiva ao moverse
pelo gradiente, at chegar ao seu prprio pI. Inversamente, uma protena com carga negativa migrar para o nodo, at atingir a carga zero.
Se uma protena difunde de seu pI, ela imediatamente adquire uma
160
biotecnologia
Espectrometria de massa
A espectrometria de massa (MS, do ingls Mass Spectrometry)
uma ferramenta amplamente utilizada para identificao de protenas, podendo caracterizar ainda modificaes pstraducionais, assim
como interaes protenaprotena e formao de complexos.
As protenas a serem identificadas podem ser inicialmente separadas eletroforeticamente (protemica topdown) ou cromatograficamente (bottomup ou mudpit). Utilizandose hidrlise enzimtica dessas protenas, comumente utilizando tripsina, possvel identificlas
por um perfil de digesto ou impresso digital de peptdeos (PMF,
do ingls Peptide Mass Fingerprinting) utilizando MS ou sequenciamento de novo via tandem MS (MS/MS).
Para a gerao desses dados, dois tipos de ionizao so mais
comumente utilizados: aqueles do tipo MALDI (matrixassisted laser
desorption/ionization) e ionizao do tipo eletrospray (ESI). No primeiro caso, as amostras so cocristalizadas com molculas pequenas
de cidos orgnicos em placas metlicas, seguindose dessoro e
ionizao por pulsos intensos e curtos de uma fonte de laser. Na ESI,
peptdeos em soluo acdica so dispersos por um spray e a soluo
em gotculas evapora, deixando os peptdeos ionizados.
Os analisadores de massa mais empregados em estudos protemicos so os baseados em tempo de voo (TOF, do ingls time of flight),
quadrupolo, ion trap (IT) e Fourier transform ion cyclotron (FTIC),
apresentando interfaces ou com MALDI ou com ESI. Cada um desses analisadores possui caractersticas especficas, podendo ser utilizados dois ou mais analisadores de massa em um mesmo aparelho,
possibilitando separar ons de acordo com sua razo massa/carga.
Finalmente, um detector utilizado para registrar o nmero de ons
que emergem de um analisador.
Os dados gerados por espectrometria so confrontados com bancos de dados computacionais, como NCBI e SwissProt, que contm
milhares de sequncias peptdicas e nucleotdicas, que podem ser
convertidas em sequncias de aminocidos.
162
Metabolmica
Metabolmica a cincia que estuda o metaboloma, definido como
o conjunto total de metablitos de um indivduo em condies especficas. Essas molculas podem atuar como precursores de importantes rotas metablicas, bem como substratos, inibidores ou ativadores
alostricos de diferentes enzimas. De uma forma geral, os metablitos so divididos em duas classes: primrios e secundrios, cuja composio varia enormemente conforme as condies genticas, fisiolgicas e ambientais.
Os metablitos primrios so encontrados dissolvidos no citosol de
qualquer clula, estando envolvidos nas principais rotas metablicas.
Entre esses, esto os aminocidos, nucleotdeos, lipdeos, carboidratos
e seus derivados fosforilados, alm de um grande nmero de cidos
mono, di e tricarboxlicos. So molculas altamente polares ou carregadas eletricamente, solveis em gua e presentes nas clulas em
pequenas concentraes (entre milimolar e micromolar).
Existe outro grupo de pequenas biomolculas que, ao contrrio dos
metablitos primrios, so especficas de certos tipos de clulas ou
organismos. Essas molculas so comumente chamadas de metablitos secundrios (DIXON, 2001). Os principais grupos de metablitos secundrios so os alcaloides, terpenos, taninos, flavonoides e
glicosdeos (HALL, 2006). Os alcaloides so bases nitrogenadas com
grande variao na estrutura molecular. Possuem sabor amargo e pH
alcalino quando em soluo. Nas plantas, tm funo de regulao do
crescimento e de proteo. Os terpenos so molculas de estrutura
cclica, tambm conhecidos como leos essenciais. Eles so volteis
e por isso so responsveis pelos odores dos vegetais.
Quanto ao nmero de tomos de carbono, podem ser classificados
como mono, sesqui, di e triterpenos. Nas plantas, possuem funes
como estimular polinizao por insetos, proteo contra patgenos
etc. Os taninos so compostos fenlicos (poli fenis) de estrutura varivel. Apresentam atividade adstringente, ou seja, precipitam protenas. Nos vegetais, tm funo de proteo. Os flavonoides so heterosdeos contendo uma poro acar (diferente da glicose) ligada a
uma poro noglicdica (aglicnio), que, neste caso, um pigmento.
Esses compostos possuem cores de acordo com o tipo de pigmento
163
biotecnologia
164
Escolha do organismo
Fracionamento
5
3
2
Preparo da
amostra
Converso de
Prfracionamento
6
Anlise estatstica
165
biotecnologia
166
Aplicabilidade da metabolmica
As informaes obtidas pela metabolmica, assim como aquelas
obtidas pelo metabolic profiling, tm sido frequentemente usadas
em pesquisas de diversas reas. Exemplos especficos para indicar o
alcance dessa tecnologia incluem a correlao entre perfis metablicos dos biofluidos e doenas em animais, na influncia da dieta no
padro metablico do indivduo, na investigao dos efeitos causados
pela insero de um gene em um organismo transgnico, entre outras
(BRINDLE etal., 2003; FUKUSAKI; KOBAYASHI, 2005; GIBNEY
etal., 2005; ROBERTSON, 2005; ROCHFORT, 2005; WECKWERTH;
MORGENTHAL, 2005).
Farmacologia
A metabolmica tem uma gama de aplicaes na rea farmacutica, tendo grande destaque as pesquisas para seleo de frmacos
efetivos e seguros, a identificao de marcadores biolgicos de toxicidade e doenas e o entendimento dos mecanismos de toxicidade
(ROBERTSON, 2005).
Certamente, a maior parte do esforo em prol da utilizao da metabolmica para esse fim realizada pelo Consrcio de Metabolmica
aplicada a Toxicologia (Comet). Esse consrcio visa montar um banco
de dados com milhares de espectros de RMN utilizando biofluidos
de animais tratados com toxinas modelo. Esse grupo formado pela
Imperial College de Londres e mais seis companhias farmacuticas
que investem milhes de dlares na seleo e produo de frmacos.
167
biotecnologia
Nutrio
Assim como na farmcia, a metabolmica tem varias aplicaes na
rea nutricional. Como a dieta influencia diretamente no desenvolvimento do indivduo, a metabolmica possibilita conhecer os arranjos e desarranjos metablicos causados pela alimentao (GERMAN
etal., 2005). Dessa forma, o papel que os componentes alimentares
desempenham na sade e na doena, assim como os efeitos causados
pela falta ou excesso de determinados nutrientes podem muito bem
ser conhecidos pela metabolmica (WATKINS etal., 2001; GERMAN
etal., 2003).
Ecologia e evoluo
Outro campo de notria aplicabilidade da metabolmica a ecologia (ROBERTSON, 2005; ROCHFORT 2005). A utilizao dessa plataforma nos estudos com vegetais tem sido constante nos ltimos
anos. A realizao desses estudos visa entender, sobretudo, o mecanismo de ao de compostos bioativos e a diferenciao de variedades selvagens daquelas modificadas geneticamente (OTT etal., 2003;
FUKUSAKI; KOBAYASHI, 2005; MUNGUR etal., 2005; RISCHER,
H.; OKSMANCALDENTEY, 2006).
Outra aplicao da metabolmica na botnica reside no entendimento da relao plantapatgeno. Ao serem parasitadas por insetos ou nematoides, por exemplo, as plantas produzem e liberam
uma srie de compostos como fenis, terpenos ou alcaloides. Esse
aumento de produo induzido pelo contato com sinalizadores qumicos oriundos dos patgenos. Contudo, apesar de todas as plantas
reagirem ao parasitismo, nem todas produzem os metablitos necessrios para o controle do patgeno. Dessa forma, a metabolmica pode
ser aplicada na identificao dos metablitos diferenciais entre variedades resistentes e susceptveis a uma determinada praga. Esse tipo
de trabalho j largamente efetuado a nvel transcriptmico e protemico. Entretanto, em se tratando de metabolmica, isso j bem
mais incomum (FORST, 2006).
168
Consideraes finais
Devido ao grande avano das modernas tecnologias de deteco, isolamento e quantificao em larga escala de genes, transcritos, protenas e metablitos, cujos estudos so organizados em micas (genmica, transcriptmica, protemica e metabolmica) e da capacidade
de armazenamento e anlise de dados pela bioinformtica (BINNECK,
2004), j possvel formar uma viso ampla de toda malha bioqumica
de interao, sinalizao, regulao e converso metablica, que permeia os mecanismos moleculares, processos bioqumicos e fisiologia
celular, considerando cada mica.
Mais recentemente, surgiu um novo conceito cientfico cunhado
como Biologia Sistmica ou Biologia de Sistemas (do ingls Systems
Biology), que objetiva compreenso funcional abrangente devido
integrao das cincias micas. Idealizada como a sobreposio de
dados de transcriptmica, protemica, metabolmica, glicmica
(todos carboidratos de uma clula) e lipidmica (conjunto completo
de lipdeos), a Biologia Sistmica opera numa viso holstica sobre
os fenmenos biolgicos. Dessa forma, esperase que os complexos
fenmenos biolgicos sejam desvendados profundamente, gerando
novas aplicaes biotecnolgicas em prol da sade humana, maior
qualidade de vida e uso sustentvel dos recursos naturais.
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169
biotecnologia
170
171
biotecnologia
172
173
Captulo 6
Metagenmica: princpios
e aplicaes
Marco Aurlio Caldas de Pinho Pessoa Filho
Introduo
O primeiro genoma microbiano sequenciado por completo foi
o do patgeno Haemophilus influenzae (FLEISCHMANN etal.,
1995). Nesse mesmo ano, o genoma de outro patgeno humano
Mycoplasma genitalium tambm foi publicado (FRASER etal., 1995).
Desde ento, dados genmicos tm sido gerados de forma exponencial para centenas de microrganismos. O sucesso na realizao de projetos genoma dos mais diversos organismos de interesse biotecnolgico evidenciado pela elevada quantidade de informaes presentes
em bancos de dados genmicos pblicos, disponveis online. Uma
consulta ao banco Entrez Genome, pertencente ao National Center for
Biotechnolgy Information (NCBI), demonstra que existem informaes armazenadas sejam elas sobre genomas, cromossomos completos, mapas de sequncia com contigs, ou mapas genticos e fsicos
integrados sobre 6.527 espcies. Considerandose somente genomas microbianos, uma busca no banco Entrez Genome Project lista
mais de 1.000 projetos j completos, de organismos pertencentes aos
mais variados grupos microbianos.
Para aqueles organismos cujo genoma completo j foi obtido, uma
srie de produtos e ferramentas resultantes do esforo de sequenciamento de DNA pode ser desenvolvida com maior rapidez. A posterior montagem genmica e anotao gnica e a integrao entre mapa
fsico e mapas genticos, permitem a elaborao e o teste de hipteses visando comparao entre dados genotpicos e fenotpicos.
Estratgias como a genmica comparativa e estudos de sintenia permitem que conhecimento baseado em experimentos prvios possa ser
transferido para novos genomas, e que ferramentas criadas como
o desenvolvimento de marcadores moleculares possam ser aplicadas em organismos evolutivamente prximos, para os quais pouco
175
biotecnologia
mos no cultivveis. Entre os anos 1960 e 1970, tal trabalho foi deixado
nas mos de cientistas que persistiam em acumular informaes que
sugeriam que meios de cultura no capturavam o espectro completo
da diversidade microbiana (HANDELSMAN, 2004).
De fato, trabalhos de levantamento da atividade de microrganismos aquticos no fotossintticos evidenciaram que grande parte do
mundo microbiano no era representada pelos organismos cultivveis
(STALEY; KONOPKA, 1985). Havia uma grande discrepncia entre os
tamanhos populacionais estimados por diferentes mtodos de quantificao. Esse fenmeno ficou conhecido como a grande anomalia em
contagem em placas. Era comum o relato de valores muito maiores
de clulas bacterianas por contagem microscpica direta do que por
contagem em placa de cultivo. Especulavase que as bactrias que no
cresciam em meio de cultura no eram viveis, ou como alternativa,
que elas poderiam ser consideradas vivas, mas incapazes de crescer
sob as condies fornecidas pelo procedimento de cultivo (STALEY;
KONOPKA, 1985). Em ambientes como o solo, os valores chegavam
a 0,1 % a 1 % de bactrias presentes no ambiente que poderiam ser
cultivadas em meios de uso padro (TORSVIK etal., 1990).
Uma nova mudana de paradigma aconteceu em 1985, com um
grande avano experimental embasado no trabalho pioneiro de Carl
Woese, que demonstrou que genes do RNA ribossomal (rRNA) poderiam ser utilizados como ferramentas de medida de divergncia evolutiva (WOESE, 1987). A anlise direta das sequncias dos genes rRNA
5S e 16S foi utilizada para a descrio da diversidade de microrganismos em uma amostra ambiental, sem isolamento ou cultivo (LANE
etal., 1985). Essa metodologia ficou conhecida como filotipagem. Na
poca, essa abordagem apresentava o grande desafio tcnico de se
trabalhar com sequenciamento direto de RNA ou de cpias de DNA
geradas por transcriptase reversa. O desenvolvimento da tecnologia
da reao em cadeia da polimerase (PCR) e o desenho de iniciadores
que poderiam ser utilizados na amplificao do gene ribossomal aceleraram a descoberta de novos txons nos mais diversos ambientes
terrestres (HANDELSMAN, 2004).
A partir da, diferentes tcnicas moleculares foram implementadas para a utilizao do gene ribossomal bacteriano como medida de
177
biotecnologia
178
Posteriormente, a construo de uma biblioteca metagenmica a partir de uma mistura de organismos enriquecidos em gramneas ressecadas em laboratrio permitiu a deteco de clones que expressavam atividade celuloltica (HEALY etal., 1995). A partir da, estavam
embasados dois dos componentes principais da pesquisa em metagenmica: a anlise de diversidade microbiana da frao no cultivvel de organismos e a anlise funcional de genes de organismos presentes em um ambiente de interesse, independente do cultivo desses.
O termo metagenmica foi descrito pela primeira vez por Jo
Handelsman, da Universidade de Wisconsin (EUA), a partir da sugesto de uma srie de procedimentos para acessar o metabolismo de
microrganismos desconhecidos no solo. Seu propsito era avanar
a pesquisa em produtos naturais. Partindo do pressuposto de que a
grande maioria dos microrganismos de solo nunca foi isolada nem
cultivada em laboratrio, foi sugerido que esse ambiente poderia constituir a maior fonte de recursos intocados para a qumica de produtos naturais (HANDELSMAN etal., 1998). A maneira sugerida seria
a clonagem de metagenomas a fim de se acessar os genomas coletivos e o maquinrio biossinttico da microbiota de solos.
Dessa forma, assim como a genmica, a metagenmica consiste
tanto de um conjunto de tcnicas de pesquisa, contendo diferentes abordagens e metodologias, bem como de uma rea de pesquisa
propriamente dita. O significado do prefixo meta (alm, transcendente, em grego) inclui o ideal de se superar a impossibilidade de
se isolar e avaliar a diversidade genmica da grande maioria dos
microrganismos. Por um lado, a metagenmica busca a compreenso da biologia em um nvel de comunidades, transcendendo
o organismo individual e focando em genes e seus efeitos na prpria comunidade. Por outro, expressa a necessidade do desenvolvimento de mtodos computacionais que maximizem o entendimento
da composio gentica e das atividades de comunidades por vezes
to complexas que s podem ser avaliadas por amostragem, e nunca
completamente caracterizadas (RESEARCH COUNCIL (U.S.), 2007).
Em termos prticos, as diversas abordagens que compem o que
se chama hoje de metagenmica incluem a caracterizao de comunidades microbianas ou seus membros por mtodos que no depen-
179
biotecnologia
dem de cultivo, aplicando tcnicas de anlise em alta escala (ferramentas da genmica, protemica, transcriptmica, etc.)(RESEARCH
COUNCIL (U.S.), 2007).
A metagenmica difere da genmica na medida em que independe
do isolamento de um organismo em particular para posterior anlise de seu genoma individual. A princpio, a metagenmica poderia
acessar 100 % dos recursos genticos presentes em um ambiente,
enquanto mtodos tradicionais de cultivo e da genmica acessariam
1 % dessa diversidade. Os primeiros estudos de filotipagem respondiam com confiana perguntas sobre quem estava presente no
ambiente amostrado, sem grandes possibilidades de responder o
que esses organismos estavam fazendo, ou seja, que funes eles
potencialmente exerciam nesses ambientes. As tcnicas aplicadas atualmente em metagenmica aprofundam a capacidade de avaliar ecossistemas como unidades biolgicas, possuidoras dos seus prprios
mecanismos genticos, indo alm da considerao de espcies individuais. Sugerese que a pergunta principal em projetos em metagenmica seja O que est sendo feito pela comunidade microbiana?
(RESEARCH COUNCIL (U.S.), 2007)..
180
Escolha de um metagenoma
Projetos Genoma
Tradicionais
Projetos em
Metagenmica
Descrever ambiente
(coleta de metadados)
Amostra
Extrao
DNA/RNA
Baseados em sequncia
Baseados em funo
Anotao
Gerao
de genomas
completos
Comparar
com outras
comunidades
Criar biblioteca
Sequenciamento
Montagem
Avaliar diversidade
:
Avaliar funo
Identificar
genes
Identificar
vias
metablicas
Depsito e
curadoria de
banco de
dados
Bioinformtica
e Anlise
QUAIS ORGANISMOS?
Expresso de genes
em sistemas heterlogos
Deteco de clones positivos
para a funo de interesse
Sequenciamento de clones
O QUE ELES
ESTO FAZENDO?
Traduzido e adaptado de: RESEARCH COUNCIL (U.S.). COMMITTEE ON METAGENOMICS: CHALLENGES AND FUNCTIONAL APPLICATIONS, 2007
biotecnologia
182
183
biotecnologia
ambiental ou aps a separao e concentrao das clulas microbianas presentes na matriz ambiental (LEVEAU, 2007). O tipo de protocolo escolhido altamente dependente do ambiente em estudo, dada a
diferena gritante entre fatores como densidade microbiana, presena
de contaminantes ou inibidores de amplificao por PCR, por exemplo. Em alguns casos, um passo de purificao includo no protocolo
aps a extrao, a fim de se minimizar a contaminao com substncias indesejveis. Vrios kits comerciais tambm esto disponveis no
mercado, otimizados para tipos especficos de amostra.
Outros fatores que tambm devem ser levados em considerao
envolvem a representatividade microbiana na amostra de DNA extrado. Em alguns casos, o mtodo de extrao necessrio na obteno
de DNA de um organismo pode degradar o DNA de outro. Dessa
forma, possvel que, em algumas situaes, mais de um mtodo de
extrao deva ser utilizado na construo de uma biblioteca metagenmica. Alm disso, a integridade do DNA isolado vai refletir no tipo
de uso posterior desse material no fluxo do projeto: procedimentos
que envolvem lise por triturao com beads tendem a fragmentar o
DNA e so mais adequados construo de bibliotecas de pequenos
insertos, como, por exemplo, para sequenciamento shotgun. Por outro
lado, protocolos de lise qumica de clulas recuperadas de plugues de
gar podem produzir fragmentos clonveis de tamanho superior a 1
milho de pares de base, adequados ao screening de ncoras filogenticas ou de fentipos de interesse (LEVEAU, 2007).
Projetos pioneiros
Projeto Efluente cido de Minerao
A produo de cidos a partir da oxidao de minerais sulfdicos
expostos ao ar consequncia de atividade mineradora em vrias partes do mundo. As solues cidas que se formam nesses casos so
denominadas efluentes cidos de minerao (EAM). Comunidades
microbianas conduzem essa acidificao, e elas foram foco de uma
importante anlise em metagenmica, com o objetivo de explorar
a distribuio e a diversidade de vias metablicas envolvidas com o
184
EAM. Exemplos dessas vias so a fixao de nitrognio e a oxidao de enxofre e ferro. Esse estudo permitiria compreender como
microrganismos toleram ambientes altamente cidos, avaliando como
estes mecanismos de tolerncia afetam a geoqumica do ambiente
(RESEARCH COUNCIL (U.S.), 2007; TYSON etal., 2004).
A comunidade avaliada nesse tipo de ambiente estabeleceu um
paradigma de anlise em metagenmica em virtude de seu nvel de
complexidade relativamente simples: havia somente cinco principais
organismos (trs espcies bacterianas e duas espcies de Archaea) formando um denso biofilme no local de coleta. Isso tambm permitiu
que o ambiente fosse estudado em grande profundidade. Por causa
da baixa complexidade da comunidade microbiana, um processo de
sequenciamento shotgun do DNA do ambiente permitiu a montagem quase completa de dois genomas (dos cinco presentes) e a recuperao parcial dos outros trs. O desafio na montagem simultnea
de mltiplos genomas foi atingido por procedimentos de direcionamento de contigs genmicos a cada genoma especfico, tendo como
base a composio de bases da sequncia e frequncia de recuperao (RESEARCH COUNCIL (U.S.), 2007)
A anlise de dados de sequncia por bioinformtica demonstrou
as interaes bioqumicas que poderiam ocorrer entre os membros
da comunidade microbiana, alm de evidenciar interaes genticas
em termos de recombinao e transferncia gentica lateral. Foi possvel se determinar a presena de um processo de fixao de nitrognio ligado a uma espcie no abundante. Essa informao permitiu
que essa bactria fosse isolada em laboratrio em forma pura, a partir da elaborao de mtodos de isolamento baseados em informao
de metabolismo bacteriano gerada por sequenciamento e anlises do
genoma do organismo. Foi demonstrado, ento, um dos benefcios
de estudos em metagenmica: a possibilidade de se cultivar organismos previamente no cultivveis, a partir da compreenso das necessidades metablicas destes microrganismos (RESEARCH COUNCIL
(U.S.), 2007).
Um dos principais motivos do sucesso e rpido avano do projeto
relacionado aos efluentes cidos de minerao foi a baixa complexidade da comunidade microbiana em estudo. A maioria dos conjuntos
185
biotecnologia
microbianos na natureza no possui o mesmo nvel bsico de complexidade, sendo este um caso raro a exceo, e no a regra. Para os
nveis de complexidade mais altos encontrados em outros objetos de
estudo, sabese que somente o sequenciamento shotgun no pode ser
utilizado com o propsito de se montar genomas microbianos completos, mesmo que essa complexidade seja moderada. Nesses casos,
outras metodologias se fazem necessrias (RESEARCH COUNCIL
(U.S.), 2007).
186
Aplicaes da metagenmica
A metagenmica possibilita aplicaes de ordem prtica em diferentes reas, como, por exemplo, em biomedicina, agricultura, indstria
e meio ambiente. Na agropecuria, por exemplo, existe potencial no
desenvolvimento de metodologias de deteco precoce de ameaas
produo de alimentos como patologias vegetais ou animais. Em segurana alimentar, podese monitorar e detectar contaminantes microbianos nocivos. Alm disso, permite estudos que possibilitam o desenvolvimento de estratgias e prticas que maximizam os benefcios
de comunidades microbianas agindo em conjunto com culturas de
importncia agronmica, ou animais. Na pesquisa em bioenergia, permite estudos para o desenvolvimento de sistemas microbianos capazes
de processar novas fontes de bioenergia, mais sustentveis economicamente e ambientalmente. Ferramentas biotecnolgicas provenientes de estudos em metagenmica levariam identificao e explorao de mecanismos metablicos microbianos gerando benefcios em
produtos industrias, alimentcios e de sade. Em meioambiente,
ferramentas como a biorremediao podem ser resultantes de projetos em metagenmica, a partir do desenvolvimento de tcnicas de
187
biotecnologia
188
Consideraes finais
Apesar do enorme potencial de uso da metagenmica em diferentes objetos de pesquisa, o conhecimento de suas limitaes permite
um uso racional de suas metodologias e um melhor planejamento
de futuros projetos. Abordagens que fazem uso de uma triagem funcional dependem da expresso bem sucedida de genes clonados na
bactria hospedeira, conforme j mencionado anteriormente. Em
triagens baseadas em sequenciamento, no possvel a obteno de
genes completamente novos. Alm disso, pode ocorrer a clonagem de
genes parciais, e a seleo de genes no funcionais (DANIEL, 2005).
189
biotecnologia
O pesquisador deve ter em mente que o valor de predio e interpretao de dados em metagenmica limitado pela validade de informao presente em banco de dados. A quantidade de genes listados
com funo desconhecida enorme, e para aqueles genes com funo inferida a partir de anlises de similaridade, ainda necessria
validao experimental. Nesse sentido, o progresso no cultivo de bactrias antes no cultivveis, a fim de se obter representantes isolados
do ambiente em estudo, de extremo valor. Dessa forma, a metagenmica deve ser recebida como uma metodologia complementar a abordagens tradicionais em testes de hiptese sobre a composio, diversidade e funcionalidade de comunidades microbianas (LEVEAU, 2007).
A mudana de paradigmas de sequenciamento que tem ocorrido
nos ltimos anos tambm um fator limitante de abordagens que
geram quantidades exorbitantes de informao. Sero necessrios
avanos em bioinformtica diante da adaptao enorme quantidade
de dados de sequenciamento gerados. Em virtude da inexistncia de
pacotes para anlise global de dados, devem ser levados em conta,
em projetos de metagenmica, a complexidade da amostra e a montagem de genomas a partir de amostras complexas. Vale salientar que
todo o progresso e desenvolvimento em bioinformtica atenderam a
projetos que utilizavam a tecnologia de sequenciamento de Sanger,
sendo necessria uma renovao e adequao de processos e metodologias que atendam projetos futuros (CHEN; PACHTER, 2005;
KUNIN etal., 2008; RESEARCH COUNCIL (U.S.), 2007).
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192
193
Captulo 7
Biotecnologia e diagnsticos
moleculares
Maria Cristina Rocha Cordeiro
Introduo
Em primeiro lugar, necessrio conceituar o que seja biotecnologia e diagnstico molecular para, em seguida, explicar qual a relao entre biotecnologia e diagnstico molecular.
Biotecnologia um termo relativamente novo, muito embora sua
prtica seja at antiga. A biotecnologia em si a utilizao de processos biolgicos como geradores de tecnologias de forma que se agregue valor a um dado produto. A biotecnologia pode ser considerada
um processo antigo quando nos referimos por exemplo tecnologia
de produo de vinhos, cerveja, queijo etc. O que so, em ltima instncia, essas prticas? So processos biolgicos que foram aproveitados para a gerao de tecnologia tendo em vista a formao de um
novo produto com valor agregado. No caso do vinho e da cerveja, o
aproveitamento foi da fermentao anaerbica do suco da uva ou da
cevada e, no caso do queijo, do leite.
Diagnstico molecular pode ser conceituado como sendo o uso de
ferramentas moleculares que indique, ou demonstre, a soluo de
uma dada questo. Por exemplo, no campo da sade, o termo diagnstico utilizado como um meio de esclarecer os sintomas de uma
doena. Diagnstico molecular quando esse esclarecimento realizado em nvel molecular. No campo da biologia, o diagnstico molecular pode ser utilizado, por exemplo, quando se quer identificar especificamente uma planta ou um animal. Na agropecuria, o diagnstico
molecular pode estar relacionado com a identificao de uma dada
cultivar mais produtiva, mais resistente a uma dada doena, a identificao de um dado patgeno etc. O diagnstico molecular pode ser
considerado como um caminho que leva biotecnologia e esta, como
geradora de um processo, uma tecnologia nova com valor agregado.
Como exemplo dessa relao esto os processos de identificao em
195
biotecnologia
196
principais ferramentas utilizadas pela genmica so o sequenciamento automatizado de DNA e as ferramentas de bioinformtica de
anotao e anlise das sequncias gnicas. Porm, o sequenciamento
completo dos genomas no informa sobre a funcionalidade de muitas
das sequncias gnicas conhecidas nos estudos da genmica e esta
somente pode ser revelada por meio das ferramentas da transcriptmica e da protemica.
A transcriptmica representa todos os estudos que visam identificao e anlise de genes expressos especificamente em um determinado sistema como, por exemplo, os genes expressos em tecidos
vegetais infectados por diversos patgenos, em tecidos de plantas tolerantes a condies desfavorveis como a seca ou a presena de metais
pesados no solo e outras. Diversas metodologias moleculares so utilizadas nos estudos da transcriptmica como a sntese de biblotecas
de cDNA (DNA complementar), o PCR (Polymerase Chain Reaction),
o RTPCR (Reverse transcrition PCR), o PCR quantitativo (RTqPCR)
etc. Esses estudos inferem, em ltima anlise, situaes fisiolgicas
especficas e contribuem para respostas e identificao dos principais
genes (biomarcadores potenciais), que so ativados em diversas dessas situaes fisiolgicas diferentes.
A protemica representa os estudos de todas as protenas que so
expressas em clulas especficas (tecidos especficos, situaes fisiolgicas especficas). As principais ferramentas metodolgicas utilizadas, hoje, nesses estudos so a eletroforese em duas dimenses, o
sequenciamento de protenas, a espectroscopia de massa e as anlises de bioinformtica.
E, por fim, a metabolmica o conjunto de ferramentas utilizadas para estudar molculas relacionadas identifcao de compostos
no proteicos ou DNA/RNA como os alcaloides, flavonoides etc. e sua
relao com seus ciclos de sntese. Algumas dessas metodologias so
a cromatografia lquida de alta presso (HPLC), a cromatografia em
camada fina (TLC) e a ressonncia nuclear magntica (NMR).
Outros estudos no campo da genmica so aqueles relacionados
com a gentica. Nesse tipo de abordagem, utilizamse como ferramentas experimentais as tecnologias dos marcadores moleculares
197
biotecnologia
TTTTT
AAAAA
RNA-m
3
Vetor de clonagem
Sequncia biomarcadora
199
biotecnologia
Microarranjos de DNA
Microarranjos de DNA a metodologia mais avanada para a seleo de uma ou mais sequncias biomarcadoras ao mesmo tempo para
diversas situaes. Ela realizada por meio da construo prvia de
uma biblioteca de DNA genmico (biblioteca genmica). A partir do
pool de fragmentos genmicos, adicionase cada um desses clones em
uma microplaca de forma automatizada. Cada microplaca, portanto,
tem a representao de uma grande parte dos clones da biblioteca de
DNA para um determinado genoma. Logo, cada spot na microplaca
representa um clone de DNA que j conhecido por uma sequncia
gnica especfica, sequenciada previamente. Para a seleo das molculas biomarcadoras (p.ex., os genes expressos em um dado sistema),
fazse a hibridizao com diferentes pools de cDNA, cada um marcado com um fluorforo diferente (Figura 2). A leitura das diferentes
emisses de fluorescncia na microplaca analisada em um software
especfico e clculos estatsticos de forma a dizer qual dos genes ativado somente em um determinado sistema. Essa expresso diferencial, no entanto, deve ser confirmada por meio de experimentos de
RTqPCR. Os fundamentos tericos ou ideias fundamentais que esto
por trs dos microarranjos de DNA so, por exemplo, as bibliotecas
de DNA, a hibridizao em Southern blot etc. conveniente ressaltar
que a base da anlise em microarronjos de DNA o Southern blot que
rendeu o prmio Lasker de 2005 a seu inventor.
200
Gene
selecionado
Microplaca
Eletroforese em 2D
A eletroforese em 2D foi descrita pela primeira vez por OFarrel
em 1975. Ela consiste na separao de protenas em duas dimenses
em um gel de eletroforese de poliacrilamida. O fundamento terico
dessa metodologia consiste na qumica de protenas que, por meio
desses estudos, sabese quais protenas tm cargas eltricas positivas
e negativas em meio aquoso, por causa dos grupos amino e carboxila
dos aminocidos. Porque possuem cargas eltricas, podem migrar
em um campo eltrico (princpio da eletroforese), seja para o plo
positivo (se a predominncia de carga for negativa) ou negativo (se a
predominncia de carga for positiva). No entanto, se a protena tem
uma proporo de cargas positivas e negativas iguais, esta no migra
no campo eltrico, ento esse ponto chamado de ponto isoeltrico.
por esse motivo que se consegue a separao de uma amostra heterognea de protenas na primeira dimenso da eletroforese em 2D.
O outro princpio que molculas proteicas grandes migram em um
campo eltrico com uma velocidade menor do que molculas pequenas, podendo serem separadas por seu peso molecular. E essa a separao obtida na segunda dimenso da eletroforese em 2D. A vantagem
para um diagnstico molecular que essa metodologia, associada ao
sequenciamento de protenas, tem o potencial de identificar todas as
protenas componentes de um determinado tecido, como tambm
as protenas diferenciais expressas entre dois diferentes tecidos (biomarcadores proticos em potencial). Atualmente, essa identificao
realizada por meio de softwares especializados que escaneiam os
gis em anlise e subtraem in silico as marcas de protenas de um em
relao ao outro (Figura 3).
201
biotecnologia
(-)
(+)
(-)
(+)
Figura 3. Esquema geral de uma anlise de eletroforese em 2D demonstrando a expresso de protenas diferentes nos tecidos A e B.
Recapitulando, as duas dimenses em que so separadas as protenas em gel de eletroforese consistem na separao por pontos isoeltricos (pH em que a protena tem carga nula e, portanto, estaciona
no gel) em uma primeira etapa, e, em seguida, a separao em gel por
peso molecular. Essa tcnica parte da premissa de que as diversas protenas que existem no tm, ao mesmo tempo, o mesmo ponto isoeltrico e o mesmo peso molecular.
Sequenciamento de DNA
A metodologia do sequenciamento de DNA foi descrita por
Frederick Sanger na dcada de 1970. O procedimento original realizado por meio da amplificao em PCR da sequncia alvo com oligonucleotdeos (primers) especficos localizados no vetor (DNA plasmidial) onde est clonado a sequncia de interesse alvo (gene) e a
utilizao de dideoxnucleotdeos (ddNTPs). ddNTPs so nucleotdeos
que contm duas oxidrilas ao invs de apenas uma, normalmente
encontrada nos dNTPs. Esses dideoxinucleotdeos so adicionados
um a um no processo de amplificao em PCR (Polymerase Chain
Reaction). Na verdade, fazemse 4 reaes diferentes em que 3 dos
dNTPs so normais e apenas 1 ddNTP. A reao de polimerizao
das novas cadeias de DNA onde est o ddNTP parada com a adio
do mesmo gerando como produto da PCR uma gama de fragmentos
de DNA de tamanhos diferentes de acordo com a adio do ddNTP.
Assim, cada uma das reaes possuem fragmentos cujas pontas contm ddATP, outra ddTTP, outra ddCTP e outra ddGTP. Alm da adi202
a
b
A
T
T
C
T
T
G
A
C
G
A
T
biotecnologia
patgenos, plantas, animais, plantas transgnicas (geram biomarcadores) (Figuras 5 e 6). Esses diagnsticos tm sido alvo de muitos trabalhos (FERRI, 2009).
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
?
Figura 5. Esquema geral do diagnstico molecular de uma planta.
Figura 6. Gel de agarose 2% corado com brometo de etdio que demonstra o diagnstico molecular especfico para o nematoide Heterodera glycines.
MiMeloidogynes incognita; MjM. javanica; MaM. arenaria; HgHeterodera
glycines; PbPratylenchus brachyurus e RrRotylenchulus reniformis.
205
biotecnologia
206
Hibridizao
do
primer
Desnaturao
do
DNA
Polimerizao de
novas cadeias do
DNA
207
biotecnologia
2 3
6 7 8
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Figura 8. gel de agarose a 1,2% corados com brometo de etdio demosntrando o fingerprinting obtido por meio da metodologia do RAPD de diferentes plantas de mangueira.
biotecnologia
filtro de Nylon
gel
transferncia
gel
Filtro de Nylon
Marcao fluorescente
ou radioativa
Southern / Northern blotting
A metodologia do Northern blot foi batizada por Southern, pois consiste em uma anlise similar ao Southern blot, porm realizada com
RNA. As diferenas representam o gel de eletroforese que, nesse caso,
de glioxal ou formaldedo, e a etapa de desnaturao omitida pelo
fato dos RNAm serem cadeia simples. Essa metodologia tambm
tende a ser substituda pelos microarranjos de DNA em que se utiliza
como sondas pools de cDNA diferentes marcados com diferentes fluorforos e pela RTqPCR, j que essas tcnicas tambm so capazes de
detectar a expresso de um dado gene em um dado sistema, porm
de maneira muito mais sensvel. A deteco da expresso de um dado
gene em um dado sistema o principal resultado que a metodologia
do Northern blot pode trazer para um diagnstico molecular.
Western blot
A metodologia do Western blot foi batizada por Southern, assim
como o Southern e o Northern blot, realizada para identificar especificamente genes. Nesse caso, o reconhecimento especfico de protenas e, por isso, pode identificar apenas uma protena que est presente em uma amostra heterognea. Dessa maneira, a identificao
especfica proteica no realizada no Western blot por meio de sondas e, sim, pelo reconhecimento especfico com anticorpos monoclonais ou policlonais.
O fundamento terico dessa metodologia est na imunologia e o
reconhecimento especfico antgenoanticorpo. Em seu processo, tambm realizada uma separao eletrofortica de protenas em gel de
poliacrilamidaSDS similar segunda dimenso da eletroforese em
2D (separao por peso molecular). Em seguida, realizase a transferncia das protenas separadas no gel para um filtro de nylon por
meio de corrente eltrica. Nessa tcnica, no necessrio fixar as
protenas no filtro porque o processo mais rpido, o que evita perdas por difuso das protenas transferidas para o filtro. Em seguida,
realizada uma prlavagem do filtro em tampes especficos e, aps,
adicionado o anticorpo primrio especfico para a protenaalvo. A
ligao antgeno (regio antignica na protena alvo reconhecida pelo
anticorpo) anticorpo realizada por algumas horas e, depois, realizase a ligao de um segundo anticorpo especfico a outra a regio
211
biotecnologia
Polo (+)
Wessern
blot
1 2 34
gel
***
Marcao
luminescente
1 2 3 4
Membrana
de Nylon
Identificao de transgnicos
Identificao de doenas
(pecuria)
212
Elisa
A metodologia do Enzyme linked Immuno Sorbent Assay (Elisa),
assim como o Western blot e a eletroforese em 2D constitui mais uma
tcnica utilizada para gerar um diagnstico molecular tendo como
base biomolculas de protenas. O fundamento terico dessa metodologia o mesmo do Western blot. Nela tambm se identifica uma
protena especfica com anticorpos especficos desenvolvidos a ela e
a revelao tambm realizada de forma indireta com indicadores
luminescente, radioativos ou fluorescentes. Porm, utilizamse placas apropriadas para fixar a protena de escolha (protena alvo) que
(Figura 11) contm vrios pocinhos. Em cada pocinho, adicionado
um material que se quer investigar se h anticorpos especficos para
a protena alvo (ex.: soro humano). Aps essa primeira etapa, adicionado o segundo anticorpo marcado com um indicador. E, finalmente,
a revelao realizada por meio de reaes enzimticas tpicas para
cada indicador. Se o indicador for fluorescente, a placa lida em equipamentos adequados que indicar em qual pocinho encontrado a
marcao positiva. Essa a metodologia mais utilizada no teste de
Sndrome da Imuno Deficincia Adquirida (AIDS).
A metodologia do Elisa tambm pode ser realizada utilizandose
reconhecimento gnico especfico.
Elisa
Marcao
fluorescente
Protena biomarcadora
Identificao de
doenas (pecuria)
213
biotecnologia
Consideraes finais
Como uma recaptulao geral, podemos dizer que as metodologias de preparao de bibliotecas genmicas, de cDNA (subtrativas
ou no), os micorarranjos de DNA e a eletroforese em duas dimenses fornecem informaes valiosas sobre biomarcadores em potencial para diversos sistemas biolgicos sejam de origem DNA ou protena. O sequenciamento de DNA ou protena complementa a primeira
informao e permite o desenho de primers especficos ao biomarcador. E, finalmente, o PCR em suas vrias modalidades bem como as
metodologias do Southern blot, Northern blot, Western blot e Elisa
oferecem a possibilidade de um diagnstico molecular especfico, seja
para sequncias gnicas ou proteicas.
Todas essas metodologias so muito sensveis. Praticamente a eleio de uma ou outra depende do custo, da expertise e da velocidade
para a obteno de resultados.
O ideal para o diagnstico molecular ter 100% de sensibilidade
(deteco do biomarcador em quantidades nfimas de matria prima),
100% de reprodutibilidade, 100% de especificidade (que evita falsos
positivos e negativos), 100% de distinguibilidade em um custo baixo,
um tempo rpido e necessitando de pouca expertise para o operador. Porm, essa situao utpica. Portanto, deve ser avaliado o que
seja melhor caso a caso. Alguns problemas como reprodutibilidade
podem ser resolvidos com anlises em duplicata, triplicata e anlises estatsticas, e a especificidade, que pode gerar falsos positivos ou
negativos, pode ser resolvida com o uso de controles positivos e negativos no diagnstico. Com relao ao custo, em geral, avaliase e relacionase ao custo/benefcio do diagnstico, e o tempo e a expertise so
aspectos em que h sempre novos estudos na tentativa de superlos
o mximo possvel de modo a ter um diagnstico mais barato e de
fcil manipulao.
Na Tabela 1, apresentamse as vantagens e desvantagens de algumas metodologias utilizadas no diagnstico molecular para servir de
tomada de deciso para cada caso.
214
Tabela 1. Resumo das principais caractersticas, vantagens e desvantagens das metodologias utilizadas no diagnstico molecular.
Metodologia
Sensibilidade
Distinguibilidade
Reproducibilidade
PCR
RTPCR
++++
++++
++++
RAPD
++++
+++
+++
ISSR
++++
+++
+++
SSR
++++
++++
++++
Southern blot
Northern blot
++++
++++
Elisa
++++
Wessern blot
Especificidade
++++
Tempo para
obteno de
resultados
Custo
Expertise
++
+++
++
++++
++++
++
++++
++++
+++
++
++
++++
++++
++++
+++
++
++
++++
++++
++++
+++
++
++
+++++++
++++
++++
+++++
+++++
++
++++
RTqPCR
+++++++
++++
++++
++++
+++++
+++
215
++++
Microarranjos
de DNA
biotecnologia
Referncias
FERRI, E.; BARBUTO, M.; BAIN, O.; GALIMBERTI, A.; SHIGEHIKO,
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Amplification of DNA with a Thermostable DNA Polymerase. Science, v.239,
p.487491, 1988.
216
Captulo 8
Microbiologia do solo
e sustentabilidade de
sistemas agrcolas
Ieda de Carvalho Mendes; Fbio Bueno dos ReisJunior; Mariangela
Hungria; Marcelo Ferreira Fernandes; Guilherme Montandon Chaer;
Fbio Martins Mercante; Jerri dson Zilli
Introduo
Embora a afirmao de que os microrganismos controlam o mundo
parea um pouco exagerada, no . Todos os processos responsveis
pela vida no planeta terra dependem da atividade microbiana. Tratase,
de fato, de um universo paralelo. Por exemplo, um nico grama de
solo possui mais de 10 mil espcies diferentes de microorganismos,
cerca de 1 bilho de bactrias, 1 milho de actinomicetos e 100 mil
fungos. Esses nmeros tambm do uma ideia da imensa diversidade
metablica dessas comunidades microbianas e da diversidade de processos em que elas atuam.
O maior desafio para a agricultura do sculo XXI est na resoluo de uma equao que envolve o aumento da produo de alimentos baratos e saudveis a um baixo custo ambiental. A soluo dessa
equao, por sua vez, no pode negligenciar o componente biolgico
do solo, pois ele apresenta uma estreita interrelao com os componentes fsicos e qumicos, os quais iro em conjunto influenciar no
s a produtividade das culturas, mas tambm a sustentabilidade dos
sistemas agrcolas (Figura 1).
Neste captulo, sero abordados aspectos relacionados ao uso de bioindicadores nas avaliaes de qualidade do solo, os indicadores biolgicos mais apropriados para esse fim, o estado da arte da pesquisa
com bioindicadores e os ndices de qualidade de solo no Brasil e no
mundo e as suas perspectivas de uso pelos agricultores.
219
biotecnologia
Maquinaria
biolgica do solo
Altas produtividades,
baixo custo
ambiental, social
=
SUSTENTABILIDADE
Minimizar o preparo
mecnico
+
Maximizar o retorno
de resduos vegetais
+
Rotao de Culturas
220
Sustentar a
produtividade
Qualidade
do Solo
Qualidade
Ambiental
Promover a
sade
das pessoas,
animais e
plantas
221
biotecnologia
222
223
biotecnologia
224
massa aumenta, assim como o qMIC, mesmo se os teores de C orgnico permanecerem inalterados (POWLSON etal., 1987).
Determinaes da biomassa microbiana no fornecem indicaes
sobre os nveis de atividade das populaes microbianas do solo, ou
seja, podem ocorrer situaes em que os solos apresentem elevadas
quantidades de biomassa inativa e viceversa. Da a importncia das
anlises que medem a atividade microbiana ou o estado metablico
atual e potencial das comunidades de microrganismos do solo. Entre
esses, destacamse as determinaes do C e N prontamente mineralizveis e as de atividade enzimtica dos solos.
A quantidade de CO2 liberada pela respirao dos microrganismos
(tambm denominada, C prontamente mineralizvel) um dos
mtodos mais tradicionais e mais utilizados para avaliar a atividade
metablica da populao microbiana do solo (ZIBILSKE, 1994). Da
mesma forma que outras atividades metablicas, a respirao depende
do estado fisiolgico das clulas e influenciada por diferentes fatores,
como a umidade, a temperatura e a disponibilidade de nutrientes.
Enquanto os ensaios para determinao da respirao do solo como
um todo podem ser realizados no campo, os ensaios para respirao
microbiana so comumente realizados em vasos hermeticamente
fechados, incubados sob condies controladas de temperatura e
umidade em laboratrio, utilizandose uma base (KOH ou NaOH)
para capturar o CO2 que evoludo do solo. Atualmente, nos EUA,
o kit Solvita produzido pelo Woods End Research Laboratory,
baseado na tecnologia de gel colorimetria, tem sido comercializado
para que os prprios agricultores possam avaliar a respirao do
solo de uma maneira eficiente, rpida e barata (www.solvita.co.uk/
products/soillifetestkit.htm).
O quociente metablico (qCO2) um ndice que expressa a relao
entre a respirao basal do solo e o tamanho da biomassa microbiana.
Esse quociente foi proposto originalmente por Andersom e Domsch
(1978) baseado na teoria do desenvolvimento bionergtico dos ecossistemas de Odum (1969). Essa teoria prediz que comunidades microbianas sob estresse (metais pesados, limitaes de nutrientes, baixo
pH, etc.) ou expostas a qualquer tipo de perturbao (cultivo, queimada, etc.) sero menos eficientes em converter o C assimilado em
225
biotecnologia
nova biomassa, pois uma maior parte desse C dever ser utilizado
para fornecer energia (e portanto, respirado como CO2) para processos metablicos necessrios manuteno da homeostase celular. Por
conseguinte, sob tais condies de estresse ou distrbio, o qCO2 ser
mais elevado quando comparado a ambientes (solos) mais estveis,
ou mais prximos do seu estado de equilbrio.
As enzimas do solo participam das reaes metablicas intercelulares, responsveis pelo funcionamento e pela manuteno dos seres
vivos e tambm desempenham papel fundamental atuando como
catalizadoras de vrias reaes que resultam na decomposio de resduos orgnicos (ligninases, celulases, proteases, glucosidases, galactosidases), ciclagem de nutrientes (fosfatases, amidases, urease, sulfatase), formao da matria orgnica e da estrutura do solo (MENDES;
VIVALDI, 2001). A atividade enzimtica de um solo o resultado do
somatrio da atividade enzimtica dos organismos vivos (plantas,
microrganismos e animais) e das enzimas abinticas (enzimas associadas frao no viva, que se acumulam no solo protegidas da ao
de proteases atravs da adsoro em partculas de argila e na matria orgnica). Os ensaios para determinao da atividade enzimtica
so simples e rpidos e baseiamse na adio de substratos especficos para cada tipo de enzima, a uma amostra de solo suspensa em
um tampo (DICK etal., 1996). Aps um curto perodo de incubao,
as amostras so filtradas e realizada a determinao do produto,
por colorimetria (Figura 3). Quanto maior a intensidade da colorao, maior a quantidade de produto formado e, consequentemente,
maior a atividade enzimtica do solo (Figura 4) . Como esses ensaios
so realizados sob condies ideais de pH, temperatura e disponibilidade de substrato, representam a atividade potencial mxima e no a
atividade enzimtica real do solo (ALEF; NANNIPIERI, 1995). Vrios
trabalhos tm demonstrado o grande potencial das anlises enzimticas como indicadores sensveis para detectar diferenas entre solos
e mudanas que variam em funo da influncia antrpica nos mesmos (DICK,1994; DICK etal., 1996; TRASARCPEDA etal., 1998;
MENDES etal., 2003).
226
Amostras no fumigadas
Bomba
de vcuo
Dessecador
solo
solo
solo
Incubao
10 dias
solo
CHCl 3
CO 2
Amostras
fumigadas
CO2 das
amostras
fumigadas
KOH
CO2 das
amostras
no fumigadas
Amostras no fumigadas
Bomba
de vcuo
Dessecador
solo
solo
solo
solo
CHCl 3
Amostras
fumigadas
Extrao com K2 S O4
C extrado das
amostras
fumigadas
C extrado das
amostras
no fumigadas
227
biotecnologia
Adio do substrato
Formao do produto
p-nitrofenil
fosfato
sulfato
glucopiranosideo
Filtragem
p-nitrofenil
Ta mpo + solo
Incubao
por 1 hora
Temperatura
pH
Determinao
colorimtrica
420 mm
228
229
biotecnologia
renas na composio do perfil cromatogrfico de cidos graxos derivados de fosfolipdios entre amostras. Maiores detalhes sobre todas
essas tcnicas podem ser obtidos em Kirk etal. (2004).
Tambm merecem destaque as metodologias moleculares que independem do cultivo, baseadas na extrao direta de cidos nuclicos
de amostras ambientais (metagenmica), associada s tcnicas de
hibridizao com sondas grupoespecficas e (ou) PCR, clonagem e
sequenciamento, que vm permitindo uma avaliao mais precisa da
diversidade microbiana no ambiente e a descoberta de novos grupos
de organismos, nunca antes cultivados (CANHOS; MANFIO, 2004).
O uso do sistema BiologTM (GARLAND; MILLS, 1991), baseado na
incubao de suspenses de solo em microplacas contendo sais de
tetrazlio e 95 fontes diferentes de C, permite a determinao dos perfis fisiolgicos da comunidade microbiana (communitylevel physiological profiles; CLPP). Originalmente essas placas destinavamse caracterizao de isolados bacterianos provenientes de amostras clnicas
(havia placas especficas para bactrias grampositivas e gramnegativas) e no para anlises de estrutura das comunidades microbianas do
solo. Posteriormente, foi desenvolvida a microplaca EcoPlateTM Biolog,
que utiliza o mesmo princpio, porm, com 3 repeties de 31 fontes
de carbono consideradas ambientalmente mais relevantes. O corante
tetrazlio, presente em cada poo das microplacas, incolor, mas, ao
ser reduzido pela atividade microbiana, tornase roxo. A intensidade
dessa colorao medida por espectrofotometria, e a absorbncia utilizada como medida da capacidade da comunidade em degradar os
substratos. Muitas espcies de fungos presentes no solo no conseguem promover a reduo dos sais de tetrazlio, por isso placas especficas para anlises das comunidades de fungo tambm foram desenvolvidas (CLASSEN etal., 2003). De acordo com a utilizao dessas
fontes, a similaridade entre as comunidades comparada por meio
de uma anlise de agrupamento dos dados. A importncia das anlises de diversidade funcional reside no fato de que, somente com
base nas alteraes na diversidade gentica, no possvel inferir se
algumas funes do solo foram perdidas ou no (TTOLA; CHAER,
2002). Alm disso, as anlises de diversidade funcional permitem uma
melhor compreenso do funcionamento da comunidade microbiana,
230
231
biotecnologia
fosfato
sulfato
glucosidase
Filtragem
p-nitrofenil
Ta mpo + solo
Incubao
por 1 hora
Temperatura
pH
Determinao
colorimtrica
420 mm
Amostra no fumigadas
Bomba
de vcuo
Dessecador
Incubao
10 dias
solo
solo
solo
solo
CHCl 3
Amostra
fumigadas
CO 2
CO2 das
amostras
fumigadas
KOH
CO2 das
amostras
no fumigadas
Fsicas
ndice de
qualidade
do solo
Textura
Densidade
Cap. ret. H2 O
Biolgicas
Diversidade
Biomassa
Atividade microbiana
biotecnologia
pesos para cada indicador associado a cada funo do solo. Cada indicador do modelo foi pontuado em uma escala de 0 a 1 por meio de funes de pontuao padronizada (FPPs) (WYMORE, 1993).
As FPPs possuem forma sigmoide e descendente ou do tipo menos
melhor, quando o aumento do valor do indicador representa piora
da funo do solo (ex.: densidade aparente); ascendente ou do tipo
mais melhor, quando o aumento do valor do indicador representa
melhora da funo (ex.: matria orgnica ou biomassa microbiana do
solo); e do tipo timo, usada para indicadores que possuem nvel
timo para a funo (ex.: pH ou nveis de determinados nutrientes).
Os valores dos limites inferiores, superiores e timo que determinam a forma das curvas das funes de pontuao foram definidos
com base na literatura (para os indicadores qumicos) e nos valores
encontrados em uma rea com mata nativa adjacente ao povoamento
de eucalipto (para os indicadores fsicos e biolgicos). Finalmente, o
IQS foi calculado pela soma das pontuaes obtidas por cada indicador, ponderada pelos pesos definidos de acordo com o grau de importncia atribudo tanto ao indicador, em relao funo do solo ao qual
ele foi associado, quanto prpria funo, em relao qualidade global do solo. Na profundidade de 0 cm a 5 cm, o maior IQS foi obtido
no solo sob vegetao natural, seguido dos solos sob eucalipto submetidos a manejos que priorizaram a conservao dos resduos orgnicos por ocasio da reforma do povoamento. Os valores mais baixos
dos IQS foram observados nos tratamentos em que houve a remoo
ou queima do material orgnico da superfcie do solo.
Wienhold etal. (2004) tambm usaram uma estratgia semelhante
e compararam vrios sistemas de manejo por meio do clculo de um
IQS a partir de valores normalizados de vrios indicadores. A pastagem fertilizada e bem manejada foi o sistema que apresentou o
maior IQS seguida em ordem decrescente pelos seguintes sistemas
de manejo: pastagem com moderada carga animal; pastagem sem
animais; pastagem com alta carga de animais; cultura anual sob plantio direto; e cultura anual sob plantio convencional, que apresentou
o menor IQS.
As planilhas utilizadas no trabalho de Chaer (2001) constituram
a base para o desenvolvimento do software SIMOQS Sistema de
234
Monitoramento da Qualidade do Solo, uma ferramenta computacional desenvolvida na Universidade Federal de Viosa. O Simoqs
permite a construo e conduo de testes de modelos para clculos
de ndices de qualidade de solos de forma rpida, com uma interface
amigvel e que podem ser aplicados a diferentes regies e culturas
(CHAER, 2001). Mendes etal. (2008) verificaram que o uso do Simoqs
foi eficaz como ferramenta para auxiliar na avaliao da qualidade do
solo em diferentes agroecossistemas na regio do Cerrado. Por meio
dos clculos do IQS, foi possvel confirmar os benefcios das pastagens bem manejadas (principalmente quando em consrcio com leguminosas), da rotao lavoura/pastagem e do plantio direto como sistemas de manejo capazes de favorecerem a qualidade desses solos.
Outra estratgia para elaborao de ndices de qualidade de solo
baseada na construo de modelos orientados por anlises de componentes principais (ACP) (ANDREWS etal., 2002) ou de regresso
mltipla (TRASARCEPEDA etal., 1998; CHAER etal., 2009). Por
exemplo, TrasarCepeda etal. (1998) sugeriram que a matria orgnica de solos no perturbados (sob vegetao nativa) est em equilbrio com vrias propriedades biolgicas e bioqumicas do solo. Esse
equilbrio pde ser expresso por uma equao de regresso linear
mltipla que estimou o contedo total de N do solo em funo do C
da biomassa microbiana, da capacidade de mineralizao de N e das
atividades de fosfatase, glucosidase e urease (R2=0,97). Desse modo,
esses autores propuseram um ndice bioqumico de qualidade de solo
calculado a partir dos teores reais e estimados de N do solo (relao N
medido/N estimado). Estudos posteriores demonstraram a validade
desse ndice para indicar a degradao ou o distrbio de solos afetados pelo manejo, minerao ou contaminao com efluentes orgnicos e metais pesados (LEIROS etal., 1999; TRASARCEPEDA etal.,
2000). Chaer etal. (2009), utilizando a mesma estratgia proposta por
TrasarCepeda etal. (1998), observaram que o teor de C total de diferentes solos de florestais de conferas noperturbadas do noroeste
dos EUA pde ser explicado apenas pelo C da biomassa microbiana e
pela atividade de fosfatase, independentemente do horizonte do solo
ou da poca de coleta das amostras. A relao entre o C medido (Cmed)
e o C estimado (Cest) por meio de um modelo de anlise de regresso
235
biotecnologia
linear mltipla (R2=0,97) provou ser um indicador simples para acessar os efeitos de diferentes estresses (pH e metais pesados) e distrbios (ciclos de umedecimento e secagem e de congelamento e descongelamento) aplicados aos solos daquela regio.
Em um mundo globalizado, em que a preocupao com a valorao dos servios ambientais e as barreiras ao comrcio internacional
se tornam cada vez mais evidentes, possvel que, uma vez bem definidos e normatizados, o uso de ndices de qualidade de solo permita
a agregao de valor aos produtos agrcolas oriundos de propriedades rurais/pases que sejam capazes de comprovar que as prticas de
manejo adotadas em suas lavouras permitem a manuteno/melhoria da qualidade do solo, garantindo a preservao desse recurso para
as geraes futuras. Seguindo esse raciocnio, o uso desses ndices
poderia tambm servir como referencial para a valorao das terras
(TTOLA; CHAER, 2002). Vrias agncias reguladoras internacionais tm discutido os padres a serem utilizados nas avaliaes de
qualidade do solo. A ttulo de exemplo, o comit tcnico internacional ISO 190, Qualidade do Solo, props uma lista de 35 parmetros (qumicos, fsicos e biolgicos) como indicadores de qualidade
de solo; o US Environmental Protection Agency (EPA) props uma
lista de 1.800 parmetros como indicadores de qualidade qumica
do solo, enquanto, na Organization for Economic Cooperation and
Development (OECD), esto sendo definidos diversos indicadores
agroambientais (aproximadamente 250, dos quais 58 relacionados
qualidade do solo) (BURNS etal., 2006).
Atualmente, a Nova Zelndia j possui um sistema governamental
online (http://sindi.landcare.cri.nz ) para avaliao da qualidade do
solo, denominado The New Zealand Soil Indicators (SINDI), que utiliza apenas sete parmetros. Os dados obtidos em cada propriedade
rural podem ser comparados, simultaneamente, a um banco de dados
nacional oriundo de 500 solos ou ao melhor conhecimento disponvel
para cada indicador (interpretao do especialista). A Holanda tambm possui um programa de monitoramento da qualidade do solo em
larga escala, onde 200 locais so monitorados (BLOEM etal., 2006). A
rede holandesa para monitoramento da qualidade do solo dividiu os
solos do pas, com seus respectivos usos da terra, em 10 classes. Para
236
cada classe de solo/uso, 20 locais diferentes (repeties) so amostrados. Desde 1997, um grupo de bioindicadores (biomassa, C e N mineralizvel, incorporao de timidina) foi includo no monitoramento
holands. As amostras de solo so coletadas na profundidade de 0 cm
a 10 cm, armazenadas em geladeira (12C) e princubadas a 12C e
50% da capacidade de campo por quatro semanas antes do incio das
determinaes analticas.
Longe da pretenso de representar um consenso, as vrias abordagens utilizadas para o monitoramento da qualidade do solo e para os
clculos de IQS constituem, antes de tudo, subsdios para discusses
tcnicas e filosficas sobre:
a) Quais os atributos (qumicos, fsicos e biolgicos) devem fazer
parte de um conjunto mnimo de dados para avaliar a qualidade do solo.
b) Como padronizar as metodologias utilizadas na sua determinao e os procedimentos para coleta e armazenamento das
amostras de solo.
c) Como ajustar modelos de referncia para cada sistema de
manejo/cultura avaliado, definindo os pesos e valores de cada
funo/indicador nesses modelos e levando em considerao
os aspectos locais, principalmente aqueles relacionados s condies edafoclimticas.
Conforme destacado por Chaer (2001), o estudo da qualidade do
solo implica na avaliao de um grande nmero de caractersticas que,
alm de gerarem um grande volume de dados, geram tambm muitas
dificuldades na interpretao dos mesmos, pois comum a ocorrncia de tendncias divergentes entre os indicadores. A ttulo de exemplo, esse autor cita que, em solos sob vegetao nativa que foram convertidos para agricultura com base em adubaes qumicas e calagem
do solo, a rpida melhoria nos atributos qumicos para o desenvolvimento das plantas cultivadas acompanhada simultaneamente por
uma drstica alterao nos aspectos relacionados biologia do solo,
tais como a reduo do carbono da biomassa microbiana, que no so
passveis de reconstituio no curto/mdio prazo. A compatibilizao
dessas questes, a incluso do componente econmico relacionado
produtividade das culturas nos clculos de IQS e a prpria forma de
237
biotecnologia
utilizao desses ndices so aspectos importantes que tambm devero ser objeto de discusso em estudos futuros. Uma certeza, porm,
permanece, conforme destacado por Mendes e Reis Junior (2004): a de
que a busca por prticas agrcolas que proporcionem altas produtividades, mas que tambm levem em considerao os diversos aspectos
relativos qualidade ambiental uma equao complexa cuja resoluo no pode, definitivamente, negligenciar o componente biolgico
do solo, pois este apresenta uma estreita interrelao com os componentes fsicos e qumicos, os quais iro em conjunto influenciar no
s a produtividade das culturas, mas tambm a sustentabilidade dos
sistemas agrcolas.
Consideraes finais
O futuro da utilizao dos bioindicadores nos estudos de qualidade dos solos brasileiros depende das aes que esto sendo conduzidas hoje. Existe a necessidade de um esforo a nvel nacional
para a realizao de avaliaes sistemticas para se medir e interpretar os parmetros que sirvam adequadamente como bioindicadores, padronizando os mtodos desde a amostragem, a estocagem e o
prtratamento das amostras at os procedimentos analticos e a apresentao dos resultados. Embora j existam atualmente algumas iniciativas nesse sentido no Pas, tais como o Projeto Uso de parmetros microbiolgicos como bioindicadores para avaliar a qualidade
do solo e a sustentabilidade dos agroecossistemas (www.cpac.cnptia.
embrapa.br), a articulao/estruturao de uma rede Rede Brasileira
para Monitoramento da Qualidade de Solos Agrcolas, com arranjo
multiinstitucional e carter transdiciplinar, seria uma forma de agregar todos os especialistas envolvidos no assunto. Esse esforo favoreceria a otimizao dos recursos investidos na pesquisa e auxiliaria
na comparao dos resultados obtidos em diferentes pontos do territrio nacional.
Outra questo referese necessidade da construo de uma base
de dados consistente sobre os atributos biolgicos de diferentes solos
brasileiros, semelhantemente ao banco de dados de 500 solos utilizados pelos pesquisadores neozelandeses para a elaborao do Sindi. A
formao, manuteno e alimentao constante de uma base de dados
238
Referncias
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biotecnologia
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biotecnologia
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Captulo 9
Introduo
Entre os nutrientes minerais essenciais s plantas, o nitrognio
(N) o mais caro, o que consome mais energia para sua produo e,
potencialmente, o mais poluente, sendo geralmente o mais limitante
produo vegetal (HUNGRIA etal., 2007). No entanto, no Brasil, o
uso do nitrognio bem menor quando comparado a outros pases,
o que se deve, em parte, utilizao e busca por sistemas produtivos
que se beneficiem da fixao biolgica do nitrognio (FBN).
A FBN considerada, aps a fotossntese, o mais importante pro
cesso biolgico do planeta, sendo fundamental para vida na terra.
baseada no fato de que alguns microrganismos especiais, conhecidos
como microrganismos fixadores de N2, tambm chamados de diazo
trficos, so capazes de quebrar a tripla ligao que une os dois to
mos de nitrognio atmosfrico (N2), transformandoo em amnia,
que assimilvel pelas plantas. Se a associao entre esses microrga
nismos e as plantas for eficiente, o N fixado pode suprir quase todas
as necessidades do vegetal, dispensando o uso de fertilizantes nitro
genados e oferecendo, assim, vantagens econmicas e ecolgicas.
O exemplo mais conhecido consiste na simbiose de bactrias da
ordem Rhizobiales, denominadas corriqueiramente como rizbios,
com plantas da famlia Leguminosae. Nesse caso, as bactrias diazo
trficas se associam simbioticamente s plantas, formando estrutu
ras especializadas nas razes chamadas ndulos, nos quais ocorre o
processo de FBN. Ainda nos ndulos, amnia sintetizada so rapi
damente incorporados ons hidrognio (H+), abundantes nas clulas
das bactrias, ocorrendo a transformao em ons amnio (NH4+) que
247
biotecnologia
Figura 1. Ndulos nas razes de soja (Glycine max (L.) Merr.). Dentro dos
ndulos, ocorre o processo de fixao biolgica de N2, pela ao do com
plexo enzimtico da nitrogenase, responsvel pela reduo do N2 atmosf
rico em amnia.
Fonte: Hungria etal., (2007) .
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Os BetaRizbios
Entre as pesquisas atuais envolvendo a simbiose entre bactrias
diazotrficas e leguminosas, devem ser citados os estudos que ajuda
ram a dissolver a velha idia de que apenas Rhizobium e seus relati
vos poderiam formar ndulos e fixar nitrognio em associao com
essas plantas. H alguns anos, acreditavase que as leguminosas eram
noduladas, exclusivamente, por membros das proteobactrias. Essas
bactrias seriam pertencentes a alguns gneros relacionados ordem
Rhizobiales, o que inclui Allorhizobium, Azorhibium, Bradyrhizobium,
Mesorhizobium, Rhizobium e Sinorhizobium (YOUNG, 1996). Em estu
dos recentes, entretanto, um nmero de outras proteobactrias
foram mostradas como noduladoras de leguminosas (MOULIN
etal., 2002) incluindo estirpes de Methylobacterium (SY etal., 2001),
Blastobacter (VAN BERKUN; EARDLY, 2002) e Devosia (RIVAS
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Inoculado com
H. seropedicae
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Consideraes finais
Alm da inegvel importncia econmica, muito importante a
busca por uma melhor eficincia de uso dos fertilizantes nitrogena
dos industriais para evitar ao mximo suas perdas por lixiviao e (ou)
transformaes para formas gasosas, que contribuem para a poluio
de cursos e mananciais de gua, a degradao da camada de oznio
e o aquecimento global. Nesse contexto, a explorao e a utilizao
da FBN em sistemas agrcolas visando substituio ou, ao menos, a
complementao do N fornecido por meio de fertilizantes industriais
uma estratgia fundamental.
Programas de melhoramento de plantas contando com equipes for
madas por especialistas de diversas reas, com nfase na busca por
gentipos capazes de suprir suas necessidades em N, principalmente
por meio da associao com bactrias diazotrficas, poderiam trazer
269
biotecnologia
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Captulo10
Captulo
5
Introduo
A micorriza arbuscular , provavelmente, a simbiose plantamicror
ganismo mais comum. Cerca de 70% a 90% das plantas terrestres so
hospedeiros desse grupo de fungos biotrficos obrigatrios altamente
especializados (HAYMAN, 1982; SMITH; READ, 1997; RENKER
etal., 2003).
As micorrizas arbusculares representam, entre os sete tipos distin
tos de associaes micorrzicas descritas (arbuscular, ectomicorriza,
ectendomicorriza, arbutide, monotropide, ericide e orquidide), a
associao simbitica mais abundante em todos os ecossistemas nas
mais diversas regies do planeta. As especificidades desses tipos so
descritas e ilustradas em Moreira e Siqueira (2002) e Miranda (2008).
As diferenas bsicas residem no fato de que, nas ectomicorrizas que
predominam em espcies arbreas de clima temperado, o fungo se
localiza externamente s clulas dos hospedeiros, enquanto, nas endo
micorrizas (arbusculares), parte das estruturas fngicas so intrace
lulares (PARNISKE, 2008).
Os primeiros estudos cientficos sobre a anatomia e a ocorrncia
dessas associaes entre fungos e razes, j especulando sobre os pos
sveis benefcios para as plantas, comprovando experimentalmente a
natureza mutualista da relao e descrevendo as bases funcionais da
mesma, foram conduzidos por Frank, cientista alemo considerado o
pai da micorrizologia, a partir de 1885. Foi ele tambm quem empre
gou o termo micorriza (mico, do grego mykes = fungo e riza, do grego
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Extrao de esporos
A diversidade dos FMAs a campo tem sido tradicionalmente esti
mada pelo nmero de esporos das diferentes espcies encontradas. A
identificao dos fungos se d aps os mesmos terem esporulado no
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biotecnologia
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biotecnologia
Glomalina
A estimativa da biomassa fngica pela determinao da produo
de hifas externas (SYLVIA, 1994), considerada difcil e morosa por
alguns autores (JAKOBSEN etal., 1992; MILLER etal., 1995; RILLIG
etal., 1999 citados por ROSIER etal., 2006), evoluiu para o uso de
marcadores bioqumicos como ergosterol, quitina e glomalina como
indicadores dos FMAs (NYLUND; WALLANDER, 1994; WRIGHT
etal., 1996). Posteriormente, verificouse que vrios outros organis
mos produzem ergosterol e quitina (FREY etal., 1994), bem como
que existem FMAs que no contm ergosterol (OLSSON etal., 2003).
Assim, a determinao da glomalina vem sendo usada para identi
ficar a presena (WRIGHT etal., 1996) e estimar a biomassa desses
fungos (KRIVTSOV etal., 2004; LOVELOCK etal., 2004). Tratase de
uma glicoprotena insolvel (WRIGHT; UPADHYAYA, 1996) pro
duzida pelas hifas de todos os FMAs, mas no por outros grupos
de fungos do solo (WRIGHT etal., 1996), que atua efetivamente na
cementao das partculas do solo (WRIGHT; UPADHYAYA, 1998),
incrementando a estabilidade dos agregados, j promovida pelo efeito
292
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biotecnologia
Subordem Gigasporineae
Arbsculos fungos
micorrzicos arbusculares
Clulas auxiliares
294
Famlia Glomaceae
Gnero Glomus
a) Esporos desenvolvidos terminalmente na hifa, presena de
pedicelo.
b) Esporos menores, com maior nmero de camadas e em cores
variadas.
c) Esporos isolados, em agregados ou em esporocarpos, podendo
se formar dentro das razes.
d) Hifa contnua parede do esporo.
e) Ausncia de paredes germinativas.
f) Vesculas podem ou no se formar.
Figura 3. (a) e (b) Glomus clarum; (c) Glomus intraradices; e (d) Glomus
etunicatum.
295
biotecnologia
Famlia Acaulosporaceae
Paredes germinativas, formao de sculo esporfero antes do
desenvolvimento dos esporos, esporos formados na hifa do sculo
esporfero.
Gnero Acaulospora:
a) Esporos formados na lateral da hifa do sculo esporfero.
Gnero Entrophospora:
a) Esporos formados dentro da hifa do sculo esporfero.
a
Famlia Archaeosporaceae
Gnero Archaeospora
a) No formam vesculas.
b) Arbsculos se colorem muito pouco; distribuio irregular em
cereais e gramneas hospedeiras.
c) Formao de esporos glomo e acaulosporoides 3 modos:
sculo esporfero larteral, semelhante a Acaulospora; termi
nalmente na hifa, como Glomus e com formao de pedicelo
no sculo esporfero que se desprende.
296
Famlia Paraglomaceae
Gnero Paraglomus
a) Vesculas pobremente caracterizadas.
b) Arbsculos tambm no se colorem bem.
c) Formao de esporos semelhante ao gnero Glomus.
d) Duas espcies: P. occultum e P. brasilianum.
A famlia Gigasporaceae, da subordem Gigasporineae, possui dois
gneros, Gigaspora e Scutellospora. Essa famlia tem por caracters
tica principal a formao de esporos em clula bulbo ou esporgena.
As peculiaridades que diferem os gneros dessa famlia so listadas
a seguir.
Famlia Gigasporaceae
Formao de esporos em clula bulbo ou esporgena
Gnero Gigaspora
a) Esporos gigantes.
b) Esporos sem ornamentao.
c) Tubo germinativo emerge a partir de camada fina e verrugosa
da parede laminar interna.
d) Paredes dos esporos possuem duas camadas.
e) Clulas auxilares com ornamentao equinulada.
Gnero Scutellospora
a) Esporos com escutelo, escudo ou placa de germinao
b) Placa de germinao persistente formada a partir da parede
interna, de onde emergem os tubos de germinao
c) Clulas auxiliares com ornamentao nodosa ou lobada
d) Paredes do esporo: camadas permanente e laminar (at 30)
e) Esporos com ou sem ornamentao
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biotecnologia
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Planta
Reconhecimento, aderncia
raiz, formao do apressrio
Relao fungo-planta
Penetrao da raiz,
colonizao do crtex
Produo de
propgulos
Resposta em
crescimento
Estabelecimento na raiz
Crescimento e diferenciao
do miclio (arbsculos)
Fotoassimilados
Relao simbitica
Nutrientes
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Consideraes finais
As pesquisas sobre fungos micorrzicos arbusculares e sua sim
biose com as plantas terrestres tiveram incio h mais de um sculo
e se desenvolveram dentro das mais variadas vertentes das cincias
biolgicas e agrrias. As temticas no se esgotam e os fundamentos
e benefcios dessa associao seguem instigando os cientistas, apesar
das limitaes metodolgicas decorrentes do carter biotrfico obri
gatrio da simbiose.
As biotecnologias, incluindo os mtodos enzimticos e molecula
res, representam ferramentas importantes para o progresso das pes
quisas em micorrizas, permitindo elucidar desde aspectos evolucio
nrios e ecolgicos da simbiose, at a participao desses importantes
fungos na eficincia e sustentabilidade ambiental de sistemas de pro
duo agroalimentares.
A identificao de genes e sinais envolvidos na infeco e estabele
cimento da colonizao, a diversidade da populao dos FMAs asso
ciados s diferentes espcies vegetais e os padres de colonizao
das plantas representam um universo enorme para as pesquisas em
ecologia, e estudos nessa linha vem sendo conduzidos em todo o
mundo. A funo dessa simbiose no aproveitamento dos fertilizantes
e nutrientes, bem como nos aspectos de conservao de solo e armaze
namento de carbono pela glomalina, apresentamse como estratgias
de manejo de agroecossistemas condizentes com as demandas atuais
da agricultura em aliar a produtividade com a conservao ambiental.
Nesse sentido, a potencializao dessa associao pelo uso de espcies
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311
biotecnologia
312
313
biotecnologia
314
315
biotecnologia
316
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biotecnologia
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319
Captulo11
Captulo
5
Biotecnologia aplicada
engenharia de alimentos
Sonia Maria Costa Celestino
Klecius Renato Silveira Celestino
Introduo
A tecnologia da fermentao est concernida com a conduo de
processos biolgicos em escala industrial, fazendo a ligao entre a
biologia, a microbiologia, a engenharia qumica e a engenharia de ali
mentos. Os processos na tecnologia de fermentao so catalisados
ou por clulas vivas, ou por seus substratos.
O uso da microbiologia para a obteno de alimentos antecede a Era
Crist; e h milhares de anos, sem saber da existncia dos microrganis
mos, fabricavase po, vinho, cerveja, leite fermentado, queijos e outros.
A tecnologia da fermentao iniciouse com Pasteur, em 1857. Esse
descobriu que certas doenas eram causadas por microrganismos e
que fermentaes alcolicas tambm ocorriam na presena deles.
Em 1921, o primeiro antibitico foi fabricado por Piocianases; em
1928, ocorreu a descoberta da penicilina por Fleming; e, na Segunda
Guerra Mundial, houve grande avano na rea de biotecnologia, como
a fabricao de antibiticos e solventes por meio da conduo de pro
cessos microbiolgicos.
H cerca de 50 anos, poucos produtos, como bebidas alcolicas e
lcool etlico, eram produzidos em escala industrial, hoje essa produ
o abrange reas mais amplas como tratamento de resduos, obten
o de alimentos e raes, protenas, enzimas, vitaminas, hormnios,
antibiticos, solventes orgnicos, cidos, polmeros, soros e vacinas.
Engenharia bioqumica
A engenharia bioqumica o ramo da engenharia que se concentra
na conduo de processos biolgicos em escala industrial, utilizando
conhecimentos de microbiologia, bioqumica, termodinmica, fen
menos de transporte e operaes unitrias.
321
biotecnologia
Conduo do processo
Recuperao do produto
Meio de cultura
Microrganismo
Sucesso do Processo
Fermentativo
323
biotecnologia
Matrias-primas
Preparo do inculo:
etapa de laboratrio
Esterilizao
Preparo do inculo:
etapa industrial
(germinadores)
Ar
Compressor
Esterilizao
do ar
Biorreator
industrial
324
X (n de clulas/mL)
S (substrato)
P (produto)
0:00
2:00
4:00
6:00
8:00
10:00
Tempo (h)
325
biotecnologia
Crescimento microbiano
O crescimento microbiano usualmente caracterizado pelo tempo
requerido para duplicar massa celular ou nmero de clulas. Tempo
de duplicao de massa difere do de duplicao de clulas, pois a
massa celular pode aumentar sem um acrscimo no nmero de clu
las. Todavia, se, em dado ambiente, o intervalo entre duplicaes de
massa celular ou do nmero de clulas constante com o tempo, o
microrganismo est crescendo a uma velocidade exponencial.
Nessas condies, o crescimento dado por:
Em que:
X = concentrao celular em g/L.
N = concentrao celular em clulas/L.
t = tempo.
= velocidade especfica do crescimento em h1.
n = velocidade especfica de crescimento em h1.
Na maioria das circunstncias, crescimento medido pelo aumento
de massa. O valor .X a taxa de crescimento volumtrico (produti
vidade volumtrica) em g/L.h.
326
Integrando:
Crescimento bacteriano
Bactrias se dividem por fisso ou diviso simples; durante o cresci
mento, a clula duplica a sua massa e a quantidade de todos os cons
tituintes da mesma. Algumas bactrias, em dadas condies, divi
demse em 15 a 20 minutos, porm os tempos de duplicao tpicos
so de 45 a 60 minutos.
Crescimento de leveduras
Normalmente as leveduras se multiplicam por brotamento, algu
mas, por exceo, crescem (multiplicam) por fisso ou por formao
de hifas.
Em condies maximizadas, leveduras podem se dividir a cada 45
minutos, porm os tempos de 90 a 120 minutos so os mais tpicos.
327
biotecnologia
328
329
biotecnologia
Xm
Xd
Xc
Xi
X0
0
Tempo
In (X)
331
biotecnologia
332
Em que:
= velocidade especfica de crescimento.
m = velocidade especfica de crescimento mximo.
S = concentrao do substrato.
KS = constante, igual a S quando = 0,5.m
(velocidade especfica)
max
max
2
Ks
S (concentrao de substrato)
1/
Grfico de Lineweaver-Burk
-10
16
14
12
10
8
6
4
2
0
-5
KS / m
1/ m
0
10
15
20
25
KS 1
1
+
m S m
1/S
-1/Ks
1
Figura 7. Representao grfica da equao:
333
biotecnologia
KS (mg/L)
Microrganismo
Glicose
1,0
Enterobacter aerogenes
Glicose
2,0 4,0
Escherichia coli
Glicose
25,0
Saccharomyces cerevisiae
Observaes:
a) Os valores de Ks so muito pequenos em relao concentra
o do substrato nas fermentaes industriais.
b) m, quando S>10.KS.
c) Para S<10.KS, uma forte funo da concentrao de substrato.
d) Durante a fase exponencial, =constante.
Muitos outros modelos tm sido propostos para relacionar veloci
dade de crescimento com concentrao de substrato, mas o modelo
de Monod mais comumente usado.
Exerccios:
1) Foi verificado em laboratrio que um certo microrganismo a
25 C e tendo como substrato a maltotriose segue a cintica de
Monod, determine os parmetros cinticos KS e m a partir da
tabela abaixo.
334
(h1)
S de maltotriose(g/L)
0,05
2,04
0,10
4,50
0,15
7,50
0,20
11,25
0,25
16,07
0,30
22,50
0,35
31,50
0,40
45,00
0,45
67,50
0,50
112,50
0,55
247,50
S de maltose (g/L)
0,05
2,00
0,10
4,50
0,15
7,70
0,20
12,00
0,25
18,00
0,30
27,00
0,35
42,00
0,40
72,00
0,45
162,00
Aerao e agitao
A velocidade de agitao e a taxa de aerao so importantes para
o suprimento de oxignio ao microrganismo no processo fermenta
tivo, sendo o oxignio normalmente suprido cultura microbiana na
forma de ar. Entre os processos biotecnolgicos de interesse indus
trial, envolvendo culturas de clulas microbianas, os de aerobiose
encontramse em maior destaque: produo de antibiticos, enzimas,
vitaminas, tratamento biolgico de resduos, etc; assim um adequado
dimensionamento do sistema de transferncia de oxignio necess
rio para uma alta produo da biomolcula de interesse.
Transferncia de oxignio
O objetivo central de um sistema de aerao e agitao o forneci
mento de oxignio para a manuteno de uma dada atividade respira
tria de um certo conjunto de clulas. Assim o que se visa transferir
o oxignio da fase gasosa (bolha de ar) para o lquido, fazer com que
335
biotecnologia
336
Concentrao de Oxignio
(ppm)
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
0
10
20
30
40
50
Tempo (min)
biotecnologia
Figura 9. Tipos de biorreatores: (A) Stirred Tank Reactor (STR); (B) coluna
de bolhas; (C) air lift.
338
Figura 10. Principais tipos de agitadores: (A) tipo hlice marinha (propeller);
(B) tipo lmina (paddle) verticail; (C) turbina com seis ps.
Em que:
: viscosidade dinmica do meio de cultura (Pa.s).
N: velocidade rotacional do agitador (rps).
k: constante que depende da geometria do sistema (k=15 para agita
dor tipo turbina com 6 ps e k=11 para agitador tipo hlice marinha).
: tenso cisalhante mdia (Pa).
: taxa de deformao.
339
biotecnologia
340
Produo de vinho
No contexto geral, podese destacar que o vinho uma bebida ela
borada a partir da fermentao alcolica dos acares de frutas ss e
maduras, estimuladas pela ao de leveduras, que so responsveis
diretas pela transformao dos acares (glicose e frutose) em lcool e
gs carbnico. Ao referirse a bebida como apenas vinho, predizse que
a matriaprima uva, logo vinhos elaborados de outras frutas devem
ser rotulados com a denominao vinho acompanhado do nome da
fruta que lhe deu origem: vinho de laranja, vinho de pera, vinho de
manga, etc. A composio do vinho no s se origina em funo da
variedade e qualidade da matriaprima, mas tambm de outros fato
res do produto acabado, como sua idade, safra e conservao. Porm
todos os compostos que o constituem so desenvolvidos pelo processo
fermentativo, em que h uma decomposio parcial de cidos diver
341
biotecnologia
342
Recepo e Seleo
Extrao da polpa
Chaptalizao da polpa
Fermentao tumultuosa
Inculo
Trafega
Fermentao Lenta
Afinamento
Extrao da polpa
A extrao do suco a partir da parte comestvel da fruta pode ser
efetuado em despolpador munido de peneiras, importante principal
mente para frutas com polpa fibrosa, como manga e abacaxi, visto que
as fibras insolveis prejudicam a fase de fermentao, e dificultam as
etapas de filtrao. No caso de uva, devese romper as bagas por com
presso em uma esmagadeira que separa as sementes, as cascas e o
343
biotecnologia
Chaptalizao da polpa
Uma correo (chaptalizao) do teor de acar da polpa pode ser
realizada a partir da adio de sacarose, para se obter uma bebida com
graduao alcolica entre aproximadamente 9% e 15% (V/V). A adio
de sacarose permitida at que o Brix duplique seu valor em relao
ao medido na polpa in natura.
344
Afinamento
Aps o fim do processo fermentativo, centrifugase o vinho para
eliminar todos os resduos, o que facilita o processo de filtrao. Em
todo processo de fabricao de vinho, ele deve passar por um estgio
de filtrao, pois, ao trmino da fermentao, a sua caracterstica com
relao aparncia turva.
345
biotecnologia
Separao do produto
O meio fermentativo dever ser filtrado. O citrato precipitado da
soluo por adio de suspenso de hidrxido de clcio (que deve ter
um baixo teor de magnsio para no haver formao de citrato de
magnsio, que solvel em gua). Em seguida, o citrato de clcio
filtrado e a massa, transferida para um tanque, onde ela vai ser tra
tada com cido sulfrico para precipitar o sulfato de clcio. O sobrena
dante contendo cido ctrico purificado por tratamento com carvo
ativado e desmineralizado (retirada de ons) por sucessivas passagens
346
Produo de carotenoides
Microorganismos produzem pigmentos como carotenoides, mela
ninas, flavonas, quinonas, etc. Os carotenoides so pigmentos (coran
tes) e apresentamse na cor amarelo, laranja, vermelho. Possuem
a funo de antioxidantes, protegendo as clulas contra os radi
cais livres; so precursores de vitamina A (caroteno, caroteno e
criptoxantina); e esto presentes como aditivos em diversos alimen
tos como manteigas, queijos, compotas e cereais.
Os corantes carotenoides podem ter preparao sinttica, extrao
de fontes naturais (extrato de pimento, tomate, cenoura) ou obten
o por processo fermentativo.
O uso de corante sinttico em alimentos altamente controverso
devido sua avaliao negativa, mas permitido pela legislao. Um
substituto natural (biocorante) mais bem aceito devido ao apelo de
vida saudvel. Plantas e microorganismos so fontes dessas subs
tncias, no entanto, no que se refere produo por fermentao,
ainda so necessrios estudos sobre a segurana do uso alimentar.
Os carotenoides licopeno e caroteno provenientes de fontes vege
tais esto disponveis no mercado como suplementos na forma far
macutica. Os principais microrganismos produtores desses carote
noides so algas unicelulares e fungos: Blakeslea trispora (caroteno)
e Erwinia uredovora e Fusarium sporotrichioides (licopeno). Em adio
a isso, outros microrganismos, incluindo Serratia e Streptomyces, pro
duzem outros carotenoides em grande quantidade.
A biotecnologia poder permitir uma produo eficiente e massiva
de corantes alimentcios, mas o sucesso de qualquer pigmento pro
duzido por fermentao depende de sua aceitabilidade no mercado,
aprovao pela legislao e o investimento requerido para o desenvol
vimento da produo contnua.
347
biotecnologia
Penicillium simplicissimum
farelo de soja
lipase
Thermoascus auranticus
palha de trigo
celulase
Trichoderma reesei
gro de trigo
celulase
Trichoderma harzianum
bagao de frutas
endo ou exopoligalacturonase
(pectinase)
348
xilanase (hemicelulase)
biotecnologia
350
dos valiosos compostos de aroma e cor contidos nas cascas das uvas
e no engao, estes, aps a macerao, sofrem um tratamento enzi
mtico com um complexo de pectinases, celulases e hemicelulases.
O resultado um vinho tinto de melhor qualidade e mais apreciado
pelo mercado.
Consideraes finais
Os processos fermentativos na indstria de alimentos represen
tam mtodos de conservao, obteno de alimentos mais saborosos
e aditivos cada vez mais necessrios a outros processos industriais. A
biotecnologia aplicada Engenharia de Alimentos tem por finalidade,
alm da obteno de produto, o desenvolvimento de processos indus
triais, com a determinao de parmetros que permitam clculos e
dimensionamentos. Tratase de um campo de trabalho multidiscipli
nar, que necessita da colaborao em diversas reas do conhecimento
(bioqumica, microbiologia, gentica, engenharia). Com o envolvi
mento de tantos ramos da cincia, a biotecnologia em alimentos apre
senta constante agregao de profissionais atuantes e inovaes.
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351
biotecnologia
352
Captulo12
Captulo
5
Interaes moleculares
plantapatgeno
Magnlia de Arajo Campos
Mrio Lcio Vilela de Resende
Marilia Santos Silva
Introduo
A evoluo de plantas na terra tem sido compartilhada por intera
es moleculares com microrganismos simbiticos e patognicos,
sendo estas constantemente expostas a eles. A interao entre plantas
e seus patgenos fruto de relacionamento coevolucionrio entre eles
e a resistncia da planta, logo a patogenicidade do patgeno resul
tado dessa interao. Portanto, a interao entre plantas e seus pat
genos ntima (gentica, gene a gene), complexa (ativao de reaes
bioqumicas em cascatas, acmulo de protenas de defesa e mudan
as citolgicas e morfolgicas na planta) e antiga (desde a evoluo
das plantas na terra). Numa batalha coevolutiva, plantas respondem
ao ataque de patgenos e pragas, fazendo uso de mecanismos efeti
vos de resistncia a doenas.
Frente ao ataque de patgenos, esses mecanismos so acionados no
momento em que elas reconhecem a agresso. Se o reconhecimento
for rpido, uma resistncia eficiente contra doenas e ferimentos pode
ser induzida, impedindo o seu alastramento e alertando a planta sobre
agresses posteriores. Um reconhecimento tardio pode conduzir a
uma resistncia induzida atrasada, quando o patgeno j se insta
lou, mas que pode, ainda, prevenir a planta contra futuras infeces.
Este captulo apresenta uma sntese da viso global emergente
de descobertas importantes sobre as interaes entre plantas e seus
patgenos, numa abordagem que envolve terminologia e eventos
envolvidos, tais como barreiras prformadas, o reconhecimento dos
patgenos e as diferentes respostas imunes inatas de hospedeiras e
nohospedeiras eliciadas por eles.
355
biotecnologia
Hospedeira
Raas
No patgeno
Espcie
Cultivares
Espcie
No hospedeira
Susceptibilidade
Resistncia
raa-no especfica
(RH)
Resistncia
raa-especfica
(R V)
Imunidade inata
Doena
Doena
Doena
Doena
357
biotecnologia
359
biotecnologia
Estruturais (Fsicos)
Atraso na penetrao
Pr-formados
Ps-formados
Bioqumicos
Inibio do crescimento
Condies adversas para a sobrevivncia
Pr-formados
Ps-formados
- Cutcula
- Halos
- Fenis
- Fitoalexinas
- Estmatos
- Papilas
- Alcaloides
- Pilosidade
- Lignificao
- Lactonas insaturadas
- Protenas PR
(Pathogenesis-Related )
- Vasos condutores
- Camadas de cortia
- Glicosdeos fenlicos
- Camada de absciso
- Glicosdeos cianognicos
- Tiloses
- Fitotoxinas
- Espcies reativas
de oxignio
- Outros
360
Citoplasma
a
bran
Mem mtica
Plas
Reconhecimento ou
Percepo do Sinal
Transduo do Sinal
Deteco do Patgeno:
receptores de PAMPs/MAMPs
Efetores, Eliciadores
Sinalizao:
MAP Cinases (MAPKs),
Fatores de Transcrio,
cido Saliclico (SA),
cido Jasmnico (JA),
Etileno (ET)
Ncleo
a
bran
Mem clear
Nu
Traduo do Sinal
Resposta:
Hypersensitive Response (HR),
Espcies Ativas de Oxignio (AOS),
Resistncia Sistmica (SAR, ISR),
Transcrio de Genes relacionados
a Defesa (Protenas PR)
361
biotecnologia
362
363
biotecnologia
364
biotecnologia
366
SDE
IDP
IDE
PAMPs
Patgeno
Membrana
Plasmtica
Receptor
PRR
Protena R
(NB-LRR)
Citoplasma
Efetor
Cascata de
MAPKs
disparada
Cascata de
MAPKs
disparada
MAPK
MAPK
Cascata de
MAPKs
disparada
MAPK
Ncleo
Membrana
Nuclear
Ativao
de Genes
Resposta
Imune
disparada
por PAMPs
RESISTNCIA
Ativao
de Genes
SUSCETIBILIDADE
Ativao
de Genes
Resposta
Imune
disparada
por Efetor
RESISTNCIA
biotecnologia
Resposta biolgica
LPS
Xanthomonas
Pseudomonas
Lipdeo A?
Flagelina
Bactrias Gram
negativas
flg22 (fragmento
do amino terminal
da flagelina)
Fator de
elongao
(EFTu)
Bactrias Gram
negativas
Efl18 (fragmento
amino terminal
Nacetilado
do EFTu)
Harpina (HrpZ)
Pseudomonas
Erwinia
Indefinido
Bacillus spp.
Protena indutora Fusarium spp.
Indefinido
de necrose
Phytophthora spp.
Pythium spp.
Motivo Pep13
Transglutaminase Phytophthora spp. (epitopo exposto da
transglutaminase)
Induo de resposta de
defesa em salsa e batata.
PAMP
Patgeno
Elicitinas
Phytophthora spp.
Indefinido
Pythium spp.
Xylanase
Trichoderma spp.
Pentapeptdeo
TKLGE (epitopo
exposto da xilanase)
Fermento
Peptdeo
Nmanosilado
(fragmento da
invertase)
Invertase
Continua
368
Tabela 1. Continuao.
Estrutura mnima
requerida para
ativao de defesa
PAMP
Patgeno
Resposta biolgica
glucanas
Tetraglicosil glucitol,
Pyricularia oryzae
hepta glucosdeo
Induo de resposta de defesa
Phytophthora spp.
ramificado, oligo
em legumes, fumo e arroz.
Algas marrons
glucosdeo linear
Algas marrons
Oligossacarideos
de fucanas
Induo de resposta
de defesa em tomate
e resistncia sistmica
adquirida infeco viral.
Quitina
Vrios fungos
Oligossacardeos
de quitina (grau de
polimerizao > 3)
Ergosterol
Vrios fungos
Indefinido
Induo de fluxo de
ons em tomate.
Cerobrosdios
A,C
Magnaporthe spp.
Base esfingoide
Produo de fitoalexinas
em arroz.
Glicoprotenas
fngicas
Vrios fungos
Nacetilglicosamina
Induo de resposta de
defesa em salsa.
Fucanas
sulfatados
369
biotecnologia
370
Organismo
Funo Bioqumica
Gene R
RIN4
RPS2
AvrRpt2
Pseudomonas syringae
AvrB
Pseudomonas syringae
RIN4
RPM1
AvrRpm1
HopPtoD2
AvrPphB
Pseudomonas syringae
Pseudomonas syringae
Pseudomonas syringae
RIN4
RPM1
PBS1
RPS5
AvrPtoB
EPI10
EPI1
Ecp2
PWL1 e
PWL2
Fosfatase*
Protease*
E3 ligase, uma enzima
Pseudomonas syringae
conjugada a ubiquitina
Xanthomonas campestris Cistena protease*
Xanthomonas campestris Cistena protease
Xanthomonas campestris Cistena protease
Cladosporium fulvum
Inibidor de Protease
Cladosporium fulvum
Ligao quitina*
Cladosporium fulvum
Inibidor de protease
Phytophthora infestans
Kazallike*
Inibidor de protease
Phytophthora infestans
Kazallike*
Cladosporium fulvum
Magnaporthe grisea
Fentipo
Referncia
Quebra RIN4, interfere na defesa
mediada por genes R, inibe a
1
defesa basal, e manipula a rota
do cido jasmnico (AJ)
Fosforilao do RIN4, manipula a rota do
1
AJ
Fosforilao do RIN4, inibe a defesa basal
1
Suprime a HR e a expresso de PRP**
1
Quebra a PBS1, manipula a rota do AJ
1
2
Pto
SUMO
SUMO
SUMO
Rcr3
Chitinase
XV4
Cf2
Cf4
Cf9
Subtilisina A,
P69B subtilase
P69B subtilase
CfECP2
1
1
1
3
4
5
6
7
5
8
371
Continua
XopD
AvrXv4
AvrBsT
Avr2
Avr4
Avr9
Protease*
Alvo na planta
AvrP123
Melampsora lini
Nip1
Phynchosporium secalis
AvrL567
Melampsora lini
ATR1NdWsB
ATR13
Avr3a
Avr1b
AvrPita
Hyaloperonospora
parasitica
Hyaloperonospora
parasitica
Phytophthora infestans
Phytophthora infestans
Magnaporthe grisea
Funo Bioqumica
Alvo na planta
Gene R
M
P4
P1, P2,
P3
Rrs1
L5, L6,
L7
RPP1
Fentipo
Referncia
8
9
9
9
8
10
11
12
Metaloprotease
R3a
Rps1b
Pita
13
14
15
*Funo bioqumica demonstrada in vitro; **PRP: protena relacionada patognese. ***Referncias: (1) Revisado por Mudgett (2005): (2) Janjusevic
et al., 2005: (3) Rooney et al., 2005: (4) Van den Burg et al., 2003: (5) Revisado por Rivas & Thomas (2005): (6) Tian et al., 2005: (7) Tian et al., 2004:
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Fonte: Resende et al., 2007, adaptado de Chisholm et al., 2006.
Efetores
Organismo
AVR2YAMO Magnaporthe grisea
Melampsora lini
AvrM
Melampsora lini
AvrP4
biotecnologia
372
Tabela 2. Continuao.
IDP
SDE
IDE
SDE
IDE
Amplitude da Defesa
Limiar para HR
Efetores do
Patgeno
Efetores do
Patgeno
Avr-R
Avr-R
Limiar para
Resistncia Efetiva
Baixa
PAMPs
373
biotecnologia
Consideraes finais
Nos ltimos anos, foi possvel observar um incremento em nossos
conhecimentos a cerca da natureza, elicitao e regulao de defesas
de plantas a micrbios, e muitas descobertas so aplicveis ao nosso
entendimento da resistncia de nohospedeira. Entretanto, a identi
ficao inequvoca de caractersticas que realmente impedem o desen
volvimento de patgenos em uma determinada planta nohospedeira
ainda rara, assim como para plantas hospedeiras. Portanto, novas
questes esto sempre surgindo na elucidao do Dogma Central
da resistncia de plantas a doenas e sobre quais seriam as estratgias
mais eficientes para se obter visando resistncia durvel e de amplo
espectro contra micrbios em espcies economicamente importantes.
Em virtude da conhecida durabilidade da resistncia de nohospe
deiras ao longo dos tempos, comumente especulase que essa resis
374
Referncias
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376
377
biotecnologia
378
Captulo13
Captulo
5
Controle biolgico de
insetospraga
Roberto Teixeira Alves
Introduo
De uma maneira geral, segundo Gallo etal. (2002), os meios de con
trole de insetospraga so os seguintes:
Mtodos legislativos: quarentena, medidas obrigatrias, fiscali
zao do comrcio.
Mtodos mecnicos: barreiras, esmagamento, sulcos armadi
lha, frasco caamosca, etc.
Mtodos culturais: rotao, arao, poca de plantio, destruio
de restos de cultura, cultura no limpo, adubao, poda, irriga
o, plantio direto.
Mtodos de controle fsico: fogo, drenagem, inundao, som,
temperatura, armadilhas luminosas, radiao, etc.
Resistncia de plantas: no preferncia ou antixenose, antibiose
e tolerncia.
Mtodos de controle por comportamento: atraentes, repelen
tes e feromonas.
Mtodo qumico: inseticidas, fungicidas, nematicidas e herbi
cidas.
Mtodos de controle biolgico: patgenos, parasitoides e pre
dadores.
Como se observa, o controle biolgico um dos vrios mtodos
existentes de controle de insetospraga.
importante entender bem o conceito de controle biolgico e que
existem vrias formas de conceitulo; no entanto, neste captulo, ele
ser conceituado como o mtodo que consiste no controle de pragas
por meio de inimigos naturais, que so os organismos que mantm
os nveis de populao dessas pragas em equilbrio. O controle bio
lgico deve ser considerado como um componente de programas de
381
biotecnologia
382
383
biotecnologia
Vantagens
Apresenta especificidade na maioria das vezes, isto , controla ape
nas a praga visada sem afetar outros insetos e inimigos naturais.
Apresenta capacidade de multiplicao e disperso natural no
campo.
Os patgenos provocam efeitos secundrios benficos: dimi
nuem a oviposio e a viabilidade dos ovos e aumentam a sen
sibilidade da populao da praga a outros agentes biolgicos e
qumicos.
Controle mais duradouro.
Liberao simples no campo ou aplicao com equipamento
convencional.
No causa poluio ou toxicidade.
Pode ser utilizado em cultivos orgnicos, que produzem alimen
tos mais saudveis e um mercado que est em franca expanso.
Os insetospraga dificilmente podero se tornar resistentes aos
patgenos ou ao ataque de predadores e de parasitos.
Normalmente so mais baratos que os produtos qumicos.
Desvantagens
A especificidade no permite que o inimigo natural tenha um
largo espectro de ao sobre diferentes pragas ao mesmo tempo.
Determinados patgenos necessitam de condies climticas
favorveis.
Exigem maiores cuidados no armazenamento.
Exige certo grau de conhecimento de tecnologia, s vezes de dif
cil implementao, por causa do nvel cultural de alguns agri
cultores.
Entomopatgenos
Os entomopatgenos so os microrganismos causadores de doenas
em insetos e alguns deles podem ser multiplicados em laboratrio e
aplicados racionalmente no campo ou em casas de vegetao, visando
baixar a populao de insetospraga a nveis economicamente no pre
384
judiciais (ALVES, 1986). Vale lembrar que eles devem sempre ser uti
lizados como parte de um programa de manejo integrado de pragas.
Entomopatgenos a base de fungos, bactrias e vrus so os mais
utilizados no Brasil e sero comentados neste captulo.
385
biotecnologia
(%)
Adultos
Ninfas
60
Mortalidade
50
40
30
Epizotica
20
10
Psepizotica
Pr-epizotica
Abr.
Jun.
Ago.
Out.
Dez.
Fev.
Acme de
Adultos
386
0,0
10
20
40
80
160
320
2,60 e
72,40 d
79,30 cd
84,60 c
93,10 b
98,90 a
100,00 a
8,13
7,57
7,23
6,67
6,68
6,59
1LE = 1 lagarta grande (> 2,5 cm) morta pelo vrus ou cerca de 1,3 x 109 poliedros do vrus.
Mdia de 3 repeties = 30 lagartas (3 4 nstar)/repetio.
3
Mdias seguidas pela mesma letra no diferem estatisticamente entre si (Duncan a 5%).
1
2
387
biotecnologia
melha ao resultado obtido na dose mais alta. Por isso, pode ser a dose
escolhida para uso em maior escala.
Fatores abiticos
a) Temperatura: um dos fatores de grande importncia e atua
sobre os patgenos afetando principalmente a estabilidade e,
subsequentemente, sua aplicao e eficincia no campo.
Podese observar na Figura 2 a faixa mdia de temperatura favor
vel aos patgenos.
Patgeno
-20
Hibernao
temporria
0
Favorvel a
preservao
10
Desfavorvel
Estivao
temporria
15
20
25
28 30 38
Estivao
permanente
48
52 C
Bactrias
Desfavorvel
Fungos e Vrus
Desfavorvel
Favorvel aos
patgenos
Inseto
Hibernao
permanente
Faixa favorvel
aos insetos
Letais
Patgeno
Inseto
Desfavorvel
388
32
31
30
Temperatura (C)
29
28
27
11
26
10
8
12
7
5
1
25
24
96
2
3
Zona
favorvel
23
22
21
45 50
60
70
80
90
100
389
biotecnologia
32
31
30
Temperatura (C)
29
28
10
27
11 12
26
2
3
25
24
23
Zona
favorvel
6
7
22
21
45 50
60
70
80
90
100
32
31
30
Temperatura (C)
29
11 12 1
28
10
27
9
8
26
4
5
25
24
Zona
favorvel
23
22
21
45 50
60
70
80
90
100
390
Fungos entomopatognicos
Modo de ao
Conforme pode ser visto na Figura 6 (ALVES, 1986), primei
ramente, ocorre a adeso dos condios do fungo no tegumento do
inseto e, logo em seguida, iniciase a germinao desses condios (12
horas em temperaturas entre 23C e 30C). O processo de penetra
o se d com atuao enzimtica (lipases, proteases, amilases, etc)
ou pela presso mecnica exercida pelo tubo germinativo e apressrio
sobre o tegumento do inseto. A colonizao tem incio com a pene
trao das hifas que engrossam e se ramificam inicialmente no tegu
mento do inseto e depois no hemocele. A reproduo pode ser sexu
ada ou assexuada. Os condios assexuais so os principais propgulos
de Deuteromycotina, em que se incluem os gneros Metarhizium,
Beauveria e Nomuraea. A disseminao a ltima fase, quando os pro
pgulos infectivos, como os condios de M. anisopliae, dispersamse
no ambiente com o auxlio do vento, chuva, homem e outros animais
(ALVES, 1998).
391
biotecnologia
SS
DI
Tubo
Germinativo
EM
A
IN
O
vento
chuva
animais
insetos
homem
Apressrio
Esporo
Grampo de
Penetrao
AO
GERMIN
PE
epicutcula
prcuticula
epiderme
NE
Histlise
(enzimas)
TRA
O
hemolinfa
distrbios
fisiolgicos
morte
Traqueias
Produo de
Micotoxinas
Corpos
gordurosos
Msculos
Aparelho
Digestivo
Bloqueio
Mecnico
Tubos de
Malpighi
Figura 7. (A) Espumas provocadas pela suco da seiva da cana pelas nin
fas da cigarrinhadaraizdacana, M. fimbriolata.; (B) ninfa da cigarri
nhadaraizdacana; (C) adultos da cigarrinhadaraizdacana.
393
biotecnologia
Figura 8. (A) Pastagem seca provocada pela suco da seiva pelas ninfas e
adultos da cigarrinhadaraiz, Mahanarva spectabilis; (B) Adulto da cigar
rinhadaraiz, M. spectabilis, saindo da espuma; (C) Adulto da cigarri
nhadaraiz, M. spectabilis, sugando folha de Brachiaria; (D) Espumas de
cigarrinhadaspastagens, Deois flavopicta em Brachiaria; (E) Adulto da cigar
rinhadaspastagens, D. flavopicta, sugando folha de Brachiaria; (F) Adultos
da cigarrinha D. flavopicta, mortos pelo fungo M. anisopliae.
394
395
biotecnologia
396
Figura 12. (A) Adulto do besouro R. barbirostris, morto pelo fungo B. bassiana.
(B) Adulto do besouro R. palmarum, morto pelo fungo B. bassiana; (C) Adulto
do besouro H. coriaceus, morto pelo fungo B. bassiana; (D) Lagartas de
B.sophorae contaminadas pelo fungo B. bassiana .
397
biotecnologia
Aplicao em campo
h) Via area: avio equipado com barra pulverizadora com volume
de aplicao entre 20 L/ha e 30 L/ha com doses entre 1 e 5 x
1012 condios viveis/ha (Figura 14).
Figura 14. Avio agrcola equipado com barras pulverizadoras e bicos hidru
licos .
398
Figura 15. Tipos de pulverizadores. (A) Costal manual; (B) Costal motori
zado; (C) Atomisador tratorizado; (D) Pulverizador de barras tratorizado .
Bactrias entomopatognicas
Entre as bactrias, a espcie Bacillus thuringiensis se destaca como
a mais utilizada para o controle de pragas, principalmente da Ordem
Lepidoptera.
399
biotecnologia
CB
CB
E
Liberao
Ingesto
Dissoluo (pH 9,5 a 10,5)
CP
Formao do esporo e cristal
CP
7
Figura 16. Ciclo evolutivo do B. thuringiensis em uma lagarta; CB, clula bac
teriana; E, esporo; CP, cristal proteico.
Fonte: Alves, 1986.
400
Insetospraga
Lagartadasoja
Lagartafalsamedideira
Lagartadasmas
Curuquer
Lagartadoscapinzais
Lagartamilitar
Curuquerdacouve
Lagartamedepalmo
Traadascrucferas
Brocagrande
Lagartamedepalmo
Lagartaverde
Mandarov
Lagartamagnfica
Lagartadoseucaliptus
Continua
401
biotecnologia
Tabela 2. Continuao.
Culturas
Alfafa
Citrus
Maracuj
Seringueira
Abacaxi
Amendoim
Coqueiros
Cucurbitceas (abbora, pepino, melo, melancia)
Insetospraga
Lagartadaalfafa
Lagartamilitar
Curuquerdoscapinzais
Automeris
Lagartadomaracuj
Mandarov
Brocadofruto
Lagartadasoja
Lagartadoscapinzais
Lagartadaspalmeiras
Brocadascucurbitceas
Vrus entomopatognicos
Existem estudos que demonstram a existncia de mais de 700 viro
ses que atacam insetos e caros, porm s as mais promissoras so
utilizadas no controle de pragas (Figura 17).
Estrutura de um vrus entomopatognico
Granulina
Poliedrina
Virion
Envelope ou
Membrana
0,5 a 15 m
0,5 m
Nucleocapsdeo
Capsdeo
DNA + Protena
Nucleocapsdeo
individualizado
em 1 envelope
(SEV)
(a)
Diversos nucleocapsdeos
por envelope (MEV)
(b)
402
Modo de ao e disseminao
O vrus s atua sobre as lagartas quando ingerido, isto , via oral.
Segundo Moscardi (1983), os poliedros localizados sobre as folhas de
soja, ao serem ingeridos, atingem o intestino do inseto e ali so dis
solvidos, propiciando a liberao das partculas de vrus, os virions
(Figura 18). Estes penetram na membrana da parede do intestino e
atingem a hemolinfa, multiplicando-se no ncleo das clulas de dife
rentes tecidos, inicialmente no tecido gorduroso e epiderme; depois
na epiderme da traqueia e nos rgos reprodutivos.
Adsoro, Penetrao
12 a 24h
Sntese de
Partculas
Colonizao
2 Dias
Insetos
Parasitos
Virion
Ncleo (NPV)
1 Dia
Morte (odor)
Inoculao
Ocasionalmente
o
in
st ,5
te
7
>
Ph
In
po
P
(N lant
PV
a
)
Moribundo
To
Vento
gua
Insetos
Virion
Folhas
Poliedro
Disseminao
Liberao de
Partculas
Homem
Solo
403
biotecnologia
Figura 19. (A) Potes contendo dose de lagartas mortas por vrus para um
hectare; (B) B. anticarsia formulado como p molhvel; (C) Lagarta-da-soja
morta por Baculovirus.
404
Parasitoides
Microhimenpteros
Cotesia flavipes
O microhimenptero Cotesia flavipes (Hymenoptera: Braconidae)
utilizado no controle da broca-da-cana-de-acar, onde parasita na
fase de lagarta de piraldeos e noctudeos. A fmea oviposita seus ovos
no interior do corpo da lagarta, onde se desenvolvero as larvas e se
empupam em forma de casulo na parte externa do corpo do hospe
deiro, de onde sairo novos adultos. O seu ciclo dura, em mdia, 23
dias na temperatura de 25C. utilizado em larga escala na regio
canavieira do Estado do So Paulo.
Trichogramma sp.
Trichogramma sp. (Hymenoptera: Trichogrammatidae): um para
sita de ovos de lepidpteros que possui grande potencial para as con
dies de nosso pas.
Segundo Parra et al. (1987), esto sendo utilizados em liberaes
inundativas na Rssia (10 milhes de hectares), China, Taiwan,
Mxico, EUA, Europa Ocidental, ndia, frica e Amrica do Sul
(Colmbia e Peru).
No Brasil, j est se utilizando o Trichogramma em larga escala
para o controle biolgico de Diatraea saccharalis, Alabama argillacea e
Heliothis virescens. O ciclo de vida do Trichogramma sp. pode ser visto
na Figura 20.
405
biotecnologia
Ovo do
parasito
Oviposio
do parasito
Ovo do
inseto-praga
A
B
Larva do
parasito
Larva do
parasito
D
Pupa do
parasito
Emergncia
do parasito
406
Dpteros
Moscas taquindeas Metagonistylum minense (moscadoAmazo
nas) e Paratheresia claripalpis: so parasitos da brocadacanadea
car. Os adultos so liberados no campo, onde procuraro ovipositar
na brocadacana. As larvas se desenvolvem no interior do corpo do
hospedeiro e empupam no orifcio feito pela broca, de onde sairo
os adultos.
Consideraes finais
Com base nas informaes contidas neste captulo, observase que o
controle biolgico de insetospraga j vem sendo utilizado no Brasil h
vrios anos em diferentes culturas agrcolas e na pecuria e que apre
senta um potencial enorme para ser cada vez mais utilizado, pois novos
resultados de pesquisa tm ajudado a aperfeioar tcnicas de produo
e liberao de predadores e parasitos e principalmente de patgenos,
onde envolve novas tcnicas de produo em larga escala, formula
o, armazenamento e de aplicao no campo visando a um aumento
da eficincia desses inimigos naturais contra diferentes pragas.
Apesar deste captulo visar, apenas, dar uma viso geral e resumida
da utilizao dos principais inimigos naturais utilizados no controle
biolgico de insetospraga no Brasil, esperase que o leitor possa com
preender um pouco mais sobre esse mtodo e sobre os diferentes
inimigos naturais, seus modos de ao e que seja mais um colabora
407
biotecnologia
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409
Captulo14
Captulo
5
Introduo
O termo cultura de tecidos vegetais utilizado para definir a cul
tura assptica in vitro de clulas, tecidos, rgos e seus componen
tes sob condies fsicas e qumicas definidas. A cultura de tecidos
constitui uma importante ferramenta para estudos bsicos, como a
compreenso dos fatores responsveis pelo crescimento, metabo
lismo, diferenciao e morfognese das clulas vegetais, bem como
para estudos aplicados, como micropropagao, produo de com
postos secundrios, transformao gentica, manuteno de germo
plasma in vitro e limpeza clonal (SMITH, 2000). O desenvolvimento
da tcnica tem uma longa histria. Os esforos iniciais se concentra
ram na compreenso dos vrios aspectos do crescimento, desenvol
vimento e diferenciao vegetal, do papel dos reguladores de cresci
mento, dos tipos de nutrientes necessrios, entre outros fatores. To
logo os princpios e mtodos bsicos foram estabelecidos (primeiro
quarto do sculo XX), verificou-se o valor prtico para a agricultura e
para a indstria da propagao de plantas, bem como na conservao
de germoplasma (RAZDAN, 2003). Atualmente, a cultura de tecidos
desempenha papel importante nos mtodos moleculares utilizados
em biotecnologia. A base fundamental da cultura de tecidos a capa
cidade de clulas, tecidos ou rgos se desenvolverem e regenera
rem plantas completas, idnticas planta-me. A disponibilidade de
mtodos adequados de cultura de tecidos para um crescente nmero
de espcies vegetais permite ampliar o leque de aplicaes da biotec
nologia vegetal.
411
biotecnologia
413
biotecnologia
Embries
Somticos
Explantes maduros
Desinfestao
Planta
Enraizamento
Brotos
Explante
Calo
Explante meteristemtico
Meio de cultura
Matriz
Razes
Suspenso
celular
Melhoramento gentico
O papel da cultura de tecidos no melhoramento gentico de plan
tas tem sido reconhecido de forma crescente. Variaes herdveis
podem ser observadas nas colnias de clulas ou em plantas regene
radas in vitro, as quais podem posteriormente se expressar por meio
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biotecnologia
416
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biotecnologia
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biotecnologia
Transformao gentica
A atual importncia da transformao gentica de clulas por meio
da introduo de DNA exgeno tem gerado enorme interesse pelas
tcnicas de regenerao oferecidas pela cultura de tecidos. A trans
formao gentica consiste basicamente de quatro passos: insero,
integrao, expresso e replicao do DNA exgeno dentro da clula
hospedeira (TORRES etal., 1998).
O princpio da transformao baseado no mecanismo de infec
o por vrus. Desde 1976, muitos trabalhos tm relatado que vrios
genes eucariticos introduzidos em bactria so capazes de expres
sar sua atividade especfica no hospedeiro e que isso possibilita obter
uma transformao similar de clulas eucariticas. Na natureza,
Agrobacterium tumefaciens pode transferir informao gentica para
clulas de plantas na forma de um plasmdeo que promove forma
o tumoral (galha). Usando a tecnologia do DNA recombinante, foi
possvel introduzir o gene para resistncia kanamicina no DNA do
plasmdeo do A. tumefasciens, e o plasmdeo modificado foi poste
riormente incorporado em protoplastos de tabaco. Plantas do tabaco
transformado expressaram resistncia kanamicina. Atualmente
tem-se obtido xito em modificar geneticamente plantas por meio da
introduo de outros genes teis, como resistncia a insetos, ervas
daninhas, herbicidas, doenas, ou para estudos do mecanismo da
ao gnica (Figura 4).
Plantas geneticamente modificadas podem ser obtidas por mto
dos vetores-dependentes (transformao indireta) ou vetores-indepen
dentes (transformao direta). A transformao gentica de plantas
por transferncia direta de DNA por meio de mtodos vetores-inde
pendentes pode ser utilizada para transformar protoplastos e clulas
bacterianas, e incluem eletroporao (POTRYKUS etal., 1985), fuso
de liposoma (DESHAYES etal., 1985), microinjeo (CROSSWAY
etal., 1986), bem como bombardeamento de micro partculas (biols
tica) (KLEIN etal., 1987). O mtodo da biolstica pode ser executado
com clulas, tecidos e rgos.
420
421
biotecnologia
Conservao de germoplasma
Tradicionalmente, os germoplasmas de plantas cultivadas tm sido
mantidos na forma de materiais propagativos como sementes, tubr
culos, razes, bulbos, rizomas, gemas, estacas, etc. Canteiros, estufas
e casas de vegetao so outras formas de se manter os germoplas
mas ou bancos genticos. Entretanto, algumas dificuldades podem ser
encontradas na utilizao dessas formas de conservao. Entre elas,
est o fato de que importantes espcies produzem sementes recalci
trantes, com degenerao rpida do embrio (SMITH, 2000). Alm
disso, a manuteno de colees a campo pode ser cara e ter como
422
biotecnologia
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biotecnologia
427
biotecnologia
Consideraes finais
A ferramenta biotecnolgica da cultura de tecidos vegetais tem
papel relevante em vrias linhas de pesquisa de natureza bsica e
aplicada, e seu uso tem sido largamente empregado na indstria da
428
Referncias
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biotecnologia
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431
biotecnologia
432
433
biotecnologia
434
Captulo15
Captulo
5
Introduo
O melhoramento gentico iniciou entre 8 e 10 mil anos atrs, basi
camente com a mudana de comportamento do homem, que deixou
de ser nmade e se fixou em locais mais protegidos e com maior faci
lidade de coleta de alimentos. Esse comportamento gerou a necessi
dade de plantar espcies vegetais a partir da identificao e seleo de
indivduos mais saborosos, saudveis, produtivos, resistentes e teis.
Durante esse processo, domesticamos grande parte das espcies, sele
cionando empiricamente os indivduos que apresentavam caracte
rsticas agronmicas reproduzveis, maior uniformidade e produti
vidade (ORGANIZATION FOR ECONOMIC COOPERATION AND
DEVELOPMENT, 1993). Entretanto, no incio do sculo XX, aps a
redescoberta das leis de Mendel, do desenvolvimento dos estudos
bsicos da hereditariedade e do uso de estatstica para seleo e cru
zamento de indivduos, esses estudos passaram a ser realizados com
base cientfica, aumentandose a eficincia do melhoramento gen
tico (ANDRADE; FALEIRO, 2009; ARAGO, 2009).
O melhoramento gentico vegetal visa obteno de plantas mais
produtivas, adaptadas a diferentes agroecossistemas, resistentes a
doenas e pragas e com maior qualidade nutricional. O grande desa
fio atual produzir alimentos em quantidade e qualidade e ao mesmo
tempo minimizar o impacto ambiental e reduzir o uso de defensivos
agrcolas. Grandes avanos foram obtidos pelo melhoramento gen
tico no sentido de aumentar a produtividade das culturas e consequen
temente diminuir o preo dos alimentos.
Esses resultados de produtividade foram obtidos devido pes
quisa agrcola, nas reas de melhoramento gentico vegetal e tam
bm melhoramento ambiental com o desenvolvimento de tcnicas
de manejo das culturas. No entanto, apesar dos grandes avanos
437
biotecnologia
438
439
biotecnologia
Transformao gentica
A transformao gentica a introduo controlada de cidos
nucleicos utilizando ferramentas de engenharia gentica. Um dos
objetivos da transformao gentica a obteno dos organismos
geneticamente modificados. Para efeito didtico, podemos dividir a
transformao gentica em cinco etapas:
1) Identificao, isolamento e caracterizao do gene de interesse.
2) Construo de um cassete de expresso e clonagem.
3) Transformao propriamente dita.
4) Regenerao e seleo das clulas transformadas.
5) Testes dos organismos transformados.
Na Figura2, ilustramse as principais etapas envolvidas na obten
o de organismos geneticamente modificados. Essas etapas so dis
cutidas a seguir.
440
Identificao
do gene
de interesse
Isolamento
Enzimas de
restrio
Clonagem
Insero do
gene
Multiplicao
do gene
Gene de interresse
Agrobacterium
Bactria incubada
com clulas vegetais
Bombardeamento
insero do gene
no plasmdio Ti
Replicao do
gene
DNA adsorvido em
Micropartculas
Transformao
Clulas bombardeadas
e insero do gene
no genoma da planta
Transferncia do
gene para o
genoma da planta
Clulas selecionadas
para o transgene
1 2 3
Testes finais
4 5 6 7
Clulas transformadas
selecionadas por
um marcador
Planta transgnica
regenerada de um a
clula transformada
Anlises
moleculares
Anlise
da prognie
Testes em casa de
vegetao e no campo
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biotecnologia
442
MOLCULA B
5'------ G
:
3'------ C C T A G
G A T C C ---- 3'
:
G ---- 5'
Pontas
adesivas
Mix
DNA Ligase
DNA Recombinante
443
biotecnologia
EcoRI
PstI
SmaI
HaeIII
HpaII
Organismo fonte
Stio de restrio
Escherichia coli
5'GAATTC
CTTAAG5'
Providencia stuartii
5'CTGCAG
GACGTC5'
Serratia marcescens
5'CCCGGG
GGGCCC5'
Haemophilus aegyptius
5'GGCC
CCGG5'
Haemophilus parainfluenzae
5'CCGG
GGCC5'
444
P1
P1
P2
T1
P3 = regio promotora
P2
Gene de seleo
T1
P3
Gene reprter
T1
T1
= regio terminadora
biotecnologia
446
Gene de interresse
Agrobacterium
Bombardeamento
DIRETA
INDIRETA
Bactria incubada
com clulas vegetais
Insero do gene
no plasmdio Ti
Replicao do
gene
DNA adsorvido em
Micropartculas
Transferncia do
gene para o
genoma da planta
Clulas bombardeadas
e insero do gene
no genoma da planta
C
Seleo das clulas
contendo o
transgene
Clulas selecionadas
para o transgene
Clulas transformadas
selecionadas por
um marcador
Planta transgnica
regenerada de uma
clula transformada
Transformao indireta
a transformao por meio de um vetor biolgico para intermediar
a transferncia do DNA. O mtodo mais eficiente a transformao
mediada por Agrobacterium tumefaciens, mas tambm se pode utili
zar A. rhizogenes e vrus vegetais com capacidade de transferncia de
DNA (SANTARM, 2000; RAO etal., 2009).
As bactrias do gnero Agrobacterium so fitopatgenos e possuem
a capacidade natural de transferir DNA para algumas espcies de
dicotiledneas, induzindo a formao de um tumor conhecido como
galhadacoroa (crown gall) ou a sndromedaraizemcabeleira (hairy
root) (Figura6). A infeco ocorre em algum tipo de ferimento da
planta, onde a agrobactria reconhece o mesmo, acoplase a planta e
inicia a transferncia do DNA (Figura7). Estudos demonstraram que,
mesmo aps a desinfeco das plantas, os sintomas permaneciam,
sugerindo a presena de um fator determinante nas plantas infecta
das. Mais tarde, foi identificado que a agrobactria transferia um frag
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biotecnologia
448
Transformao direta
a transformao por mtodos que no utilizam bactrias como
mediadoras. Esses mtodos foram desenvolvidos com o intuito de
obter a introduo de DNA em clulas de qualquer espcie ou reino
(vegetal, animal ou microrganismo), utilizando meios qumicos ou
fsicos. Nesse caso, o cassete de expresso introduzido nas clu
lasalvo atravs de modificaes nas paredes e membranas celulares.
Atualmente, as principais metodologias utilizadas so a biobalstica
(bombardeamento ou acelerao de micropartculas), eletroporao
de protoplastos (choques eltricos), politileneglicol PEG ou fosfato
de clcio (agentes permeabilizantes) e microfibras de carboneto de
silcio (processos fsicos) (ANDRADE, 2003; SANTARM, 2000; RAO
etal., 2009; ALTPETER etal., 2005). Entre esses mtodos, a transfor
mao por bombardeamento de micropartculas a mais eficiente e
de maior sucesso. Os demais mtodos apresentam baixa eficincia ou
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biotecnologia
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biotecnologia
Microinjeo
um processo preciso e especfico para a introduo de macromo
lculas no citoplasma, ncleo ou outro compartimentoalvo da clula.
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biotecnologia
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biotecnologia
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Clulas alvo
Transgnico
Calo
Organogenese
Alongamento
Aclimatao
Enraizamento
Seleo
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biotecnologia
Anlises moleculares
1 2 3 4 5 6 7
Anlise
de prognie
Novos produtos
Qumicos especiais
Farmacuticos
Qualidade de alimentos
Tratos Agronmicos
1995
2000
2005
2010
biotecnologia
Pas
rea (milhes/ha
Culturas biotecnolgicas
*1*
EUA*
62,5
*2*
Argentina*
21,0
*3*
Brasil*
15,8
*4*
ndia*
7,6
Algodo
*5*
Canad*
7,6
*6*
China*
3,8
*7*
Paraguai*
2,7
Soja
*8*
frica do Sul *
1,8
*9*
Uruguai*
0,7
Soja, milho
10*
Bolvia*
0,6
Soja
11*
Filipinas*
0,4
Milho
12*
Austrlia*
0,2
13*
Mxico*
0,1
Algodo, soja
14**
Espanha*
0,1
Milho
15*
Chile
<0,1
16*
Colmbia
<0,1
Algodo, cravo
17*
Honduras
<0,1
Milho
18*
Burkina Faso
<0,1
Algodo
19*
Repblica
Tcheca
<0,1
Milho
20*
Romnia
<0,1
Milho
21*
Portugal
<0,1
Milho
22*
Alemanha
<0,1
Milho
23*
Polnia
<0,1
Milho
24*
Eslovquia
<0,1
Milho
25*
Egito
<0,1
Milho
460
180
Caracterstica
Total
Indstria
Desenvolvimento
25 Cultura biotecnolgica
160
140
120
100
80
60
40
20
0
1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008
461
biotecnologia
Clulas tronco
embrionrias
Clulas da
camada
interna
Microinjeo pronuclear
Pr ncleos
Implante no
tero
Gene de
interesse
vulos
fertilizados
Implante no
tero
Fmea
parideira
462
463
biotecnologia
Consideraes finais
O vasto conhecimento sobre as tecnologias de engenharia gentica
adquirido durante as quatro ltimas dcadas trouxe grandes avanos
para a medicina, e agropecuria, alm significativos impactos econ
micos e sociais para diferentes setores da sociedade. Ainda existe um
amplo campo a ser estudado, considerando todas as potencialidades
que a engenharia gentica pode oferecer. Nesse sentido, estratgico
o investimento em cincia e tecnologia e na formao de recursos
humanos para atender crescente demanda do mercado.
Referncias
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465
biotecnologia
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biotecnologia
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468
Captulo16
Captulo
5
Biossegurana ambiental
e alimentar de OGMs
Solange Rocha Monteiro de Andrade
Fbio Gelape Faleiro
Introduo
A preocupao com a biossegurana de organismos geneticamente
modificados (OGMs) surgiu na dcada de 1970, aps a divulgao dos
primeiros trabalhos sobre a construo de genes (JACKSON etal.,
1972) e a transferncia de genes entre espcies diferentes via engenha
ria gentica (COHEN etal., 1972). Nesse momento, acendeu o sinal
de alerta na comunidade cientfica em relao s possibilidades ilimi
tadas que as novas ferramentas estavam trazendo e seus imprevisveis
impactos na sade humana e ambiental. Assim, de maneira volun
tria, houve mobilizao da comunidade cientfica para estabelecer
um sistema legal com fundamentao cientfica para normatizar os
assuntos referentes biossegurana (ANDRADE; FALEIRO; 2009a).
Resumidamente, a biossegurana de OGMs compreende as nor
mas necessrias para minimizar os impactos das tecnologias gera
das pela biotecnologia por meio de leis, procedimentos e diretivas
discutidas mundialmente, porm aplicadas de modo especfico em
cada pas. Essas normas e regulamentaes so importantes para o
desenvolvimento e utilizao das tcnicas de biotecnologia (FALEIRO;
ANDRADE, 2009; JESUS etal., 2006).
Neste captulo, so abordados aspectos histricos, conceituais e tc
nicos sobre a biossegurana de OGMs. Os principais riscos e anli
ses de OGMs relacionados biossegurana ambiental e alimentar so
discutidos e exemplificados.
471
biotecnologia
472
473
biotecnologia
474
475
biotecnologia
Anlise de risco
A anlise de risco um processo reproduzvel que envolve vrias
etapas de avaliao prvia visando obteno de resultados com um
nvel aceitvel de incerteza, pois a certeza absoluta ou risco zero em
uma avaliao de segurana nunca possvel. Assim, a incerteza
um aspecto incontornvel de todos os processos de avaliao e gesto
de riscos, sendo que o nvel de incerteza aceitvel depende de fatores
sociais, econmicos e polticos. O processo geralmente consiste de um
conjunto prescrito e prplanejado de avaliaes de risco de dados e
de recursos. Por exemplo, quando certo potencial de efeito adverso
considerado em uma avaliao de risco, necessrio apresentar uma
descrio do cenrio aceitvel dentro de uma cadeia causal de even
tos por meio da qual o efeito especfico pode ocorrer, bem como uma
avaliao do estado de conhecimento sobre a plausibilidade de cada
etapa acontecer, e, finalmente, uma deciso sobre a aceitabilidade das
consequncias (CRAIG etal., 2008).
A anlise de risco de OGMs composta das seguintes etapas: (i) a
avaliao do risco; (ii) o gerenciamento do risco; e (iii) a comunicao
do risco (LAJOLO; NUTTI, 2003). Essa anlise baseada em metodo
logias cientficas que buscam a sistematizao das informaes sobre
um determinado perigo e auxiliam no processo de avaliao de risco
e na adoo de medidas para minimizlo ou eliminlo (LAJOLO;
NUTTI, 2003). Ela realizada tanto para biossegurana ambiental
quanto alimentar.
O processo se inicia com a identificao do possvel efeito adverso
ou perigo que o OGM possa causar ao ambiente ou sade animal e
humana, seguido das consequncias potenciais e, por fim, da deter
minao da probabilidade que isso ocorra. O risco dessa caracters
tica especfica do OGM pode ento ser estimado, e, assim, subsidiar a
tomada de decises necessrias para evitlo ou minimizlo (CRAIG
etal., 2008).
476
biotecnologia
Acres
222
90
198
80
173
70
148
60
Tolerncia a herbicida /
Resistncia a insetos
124
50
99
40
74
30
49
20
25
10
0
1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008
478
Disperso das
culturas OGMs
Impacto ambiental
dos produtos
transgnicos
Efeito em
organismos no
alvo
Desenvolvimento
de resistncia
Transferncia de plen
para parentes silvestres
e formao de hbridos
Sobrevivnci a
fora das reas
cultivadas
Persistncia,degradao
e disperso dos
produtos transgnicos
Absoro direta ou
indireta de produtos
transgnicos pel a
alimentao
Desenvolvimento de
resistnci a
Sobrevivncia e
reproduo dos
hbridos
Reproduo
fora das reas
cultivadas
Acmulo dos
produtos
transgnicos do solo
Efeito nos
organismos no alvo
Efeitos indiretos
Lixiviao dos
produtos
transgnicos do solo
Efeito na
dinmica da
populao
Emisso dos
produtos transgnicos
para a gua
Efeitos indiretos
Efeito nos sistemas produtivos e mtodos agrcolas
Desenvolvimento de resistnci a
Desenvolvimento
de resistncia nas
pragas e doenas
alvo
Seleo de
plantas silvestres
tolerantes a herbicidas
Alterao nas
prticas de cultivo
Perda da eficci a
do produto transgnico
Reduo da eficcia
do herbicida especfico
Alterao nos
intervalos e reas
de cultivo
Alterao no
uso dos recursos
Alteraes nas
caractersticas fsicas, qumicas
e biolgicas dos solos
Depreciao da
qualidade do sol o
Efeito na biodiversidade
Efeitos econmicos
Efeitos ambientai s
479
biotecnologia
481
biotecnologia
482
No restrio ao GM
Zona de excluso ao GM
biotecnologia
484
Sudoeste
25
20
15
10
0
0,5
1,5
2,5
3,5
4,5
5,5
6,5
7,5
Distncia (metro)
485
biotecnologia
486
487
biotecnologia
488
489
biotecnologia
Grupo Funcional
Associao
com a cultura
Importncia funcional
no sistema agrcola
1 etapa
2 etapa
O que exposto ao
produto do transgene?
Qual os outros
impactos ecolgicos?
3 etapa
Espcie ou processo
prioritrio
Vias de
efeitos
trficos
mediados
Via de
outros
efeitos
ecolgicos
Hipteses
4 etapa
Experimentos
Hipteses podem
ser descartadas
Deciso baseada
em dados
Hipteses podem
ser confirmadas
490
biotecnologia
492
493
biotecnologia
biotecnologia
496
497
biotecnologia
498
499
biotecnologia
500
biotecnologia
502
Algodo Bt
No parecer conclusivo do CTNBio n 5132005, referente ao Algodo
Bolgard, o relator pondera que:
A exposio de organismos vivos s protenas Cry produzi
das pelo B. thuringiensis um evento que ocorre abundante
mente na natureza e o modo de ao dessa protena j bem
conhecido. A Agncia de Proteo Ambiental dos Estados
Unidos (EPA), em 1998, concluiu a partir do grande volume
de dados de toxicologia submetidos que as subespcies de
B. thuringiensis no so txicas ou patognicas para mamfe
ros, incluindo seres humanos. Recentemente, a Organizao
Mundial da Sade (OMS) revisou os extensos bancos de
dados de segurana e concluiu que o Bt no causa efeitos
adversos na sade humana quando presente na gua pot
vel ou nos alimentos.
Baseado em avaliaes da equivalncia nutricional:
os estudos realizados no mostraram alteraes nos prin
cipais componentes e nos antinutrientes naturais presentes
no algodo. A segurana dos produtos alimentares do algo
do Bollgard evento 531 foi determinada pela equivaln
cia na composio de macro e micronutrientes em estudos
de salubridade com animais e concluiuse que este produto,
como componente de rao animal e as protenas Cry1Ac e
NPTII expressas nos tecidos da planta, mostrouse seguro e
com valor nutritivo equivalente para o consumo humano e
animal. Aps o processamento das fibras e do caroo, as pro
tenas expressas pela planta no so detectadas. Como o leo
e as fibras processadas so os nicos produtos do algodo usa
dos na alimentao humana e como vesturio, respectiva
mente, o consumo das protenas no esperado.
Diante do exposto, a Comisso Tcnica Nacional de
Biossegurana CTNBio aps a anlise de biosse
gurana do algodo Bollgard evento 531, processo
01200.001471/200301, delibera favoravelmente sua libe
rao para plantio comercial e consumo humano e animal.
503
biotecnologia
Soja RR
No Comunicado 54 de 1998, o CTNBio declarou que:
a introduo do transgene no altera as caractersticas da
composio qumica da soja, com exceo da acumulao da
protena transgnica CP4 EPSPS. Esta concluso de equi
valncia de composio qumica baseada em avaliaes
realizadas atravs de metodologia cientfica, publicadas em
revistas cientficas indexadas e de circulao internacional.
A segurana da protena CP4 EPSPS, quanto aos aspectos
de toxicidade e alergenicidade, tambm, foi comprovada.
importante registrar que, aps a utilizao da soja geneti
camente modificada e de seus derivados na Amrica do Sul,
Central e do Norte, na Europa e na sia, no foi verificado
um s caso de desenvolvimento de reaes alrgicas em huma
nos que no fossem previamente alrgicos soja convencional.
Adicionalmente, importante registrar que indivduos sens
veis soja convencional continuaro sensveis soja transg
nica e, portanto, no devero fazer uso deste produto.
A anlise dos resultados descritos na literatura no confirmou
um possvel aumento, na soja geneticamente modificada, da
concentrao de protenas que reagem com uma combina
o de soros de pacientes alrgicos soja convencional. De
fato, os artigos cientficos disponveis e citados sobre a mat
ria mostraram que a expresso do transgene no resultou
no aumento dos nveis de protenas reativas, especialmente
daquelas de peso molecular prximo a 30 kilodltons, a uma
combinao de soro de indivduos sensveis soja comer
cial (BURKS and FUCHS, 1995, Journal of Allergy and
Clinical Immunology, 96: 10081010). Os autores do artigo
cientfico acima mencionado afirmaram que nossos estudos
demonstram que a introduo do gene codificador da prote
na EPSPS, que confere tolerncia a Glifosate, no causou
modificao discernvel, qualitativa ou quantitativamente,
na composio de protenas alergnicas endgenas de soja
em qualquer dos cultivares resistentes a Glifosate analisados.
504
Consideraes finais
A engenharia gentica, o desenvolvimento de OGMs e o cultivo
comercial desses organismos geram preocupaes referentes bios
segurana ambiental e alimentar. Essas preocupaes esto sendo
alvo de trabalhos cientficos que tm subsidiado a tomada de decises
sobre a liberao ou no do cultivo e utilizao comercial dos OGMs,
ponderandose os riscos potenciais com os benefcios e efeitos posi
tivos da tecnologia.
Podese dizer que existem diversos estudos que geraram dados
substanciais a respeito do impacto ambiental de OGMs. Embora exis
tam alguns dados controversos, os resultados obtidos at o momento
no demonstram evidncia cientfica de efeito no ambiente. Do ponto
de vista alimentar, o nvel de segurana de AGMs muito alto, uma
vez que esses alimentos so submetidos a uma bateria de testes rela
cionados caracterizao da protena expressada, testes de digestibi
lidade in vitro, avaliao de toxicidade aguda oral em camundongos,
avaliao de homologia estrutural da protena com toxinas proteicas
conhecidas, avaliao do potencial alergnico e equivalncia nutri
cional. Com base nesses testes, podese dizer que o risco que um ali
mento transgnico oferece pode ser considerado menor que o de outro
tipo de alimento liberado para consumo humano que no passou por
uma bateria de testes to rigorosa.
importante salientar que as anlises caso a caso dos OGMs quanto
biossegurana ambiental e alimentar devem continuar sendo fei
tas com todo critrio tcnico e cientfico. Nesse contexto, as aes de
pesquisa e desenvolvimento assumem importncia estratgica, uma
vez que essas aes tm assumido uma importncia cada vez maior
nas tomadas de deciso sobre todos os assuntos relativos a transgni
cos, principalmente gerando informaes para subsidiar a liberao
comercial ou no dos OGMs.
505
biotecnologia
Referncias
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506
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biotecnologia
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biotecnologia
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Captulo17
Captulo
5
Introduo
Quando pensamos na biotecnologia aplicada, a capacidade de con
servar, caracterizar e utilizar recursos genticos vegetais, animais e
microbianos para avanos tecnolgicos na agropecuria e na inds
tria assume importncia estratgica. Nesse sentido, as atividades rela
cionadas conservao, caracterizao e uso de recursos genticos
esto entre as mais relevantes da pesquisa agropecuria brasileira e
mundial.
A variabilidade gentica a essncia da vida, sendo o fator bsico
para a evoluo das espcies. A existncia da variabilidade gentica
permitiu a obteno, via melhoramento gentico, de variedades e
animais produtivos, resistentes a pragas e doenas e adaptados aos
mais diferentes ambientes. No caso dos vegetais, existem aproxima
damente 250 mil espcies de plantas superiores identificadas e 40%
delas podem ter importncia para a agricultura, considerando as esp
cies cultivadas e espcies relacionadas. Quando pensamos nos recur
sos genticos animais e microbianos, a variabilidade gentica tambm
riqussima, assim como sua utilizao atual e potencial nos mais
variados campos da atividade humana.
Atualmente, existe uma grande preocupao com a significativa
reduo da variabilidade gentica de plantas e animais, a qual repre
senta um srio risco para a sustentabilidade da agropecuria. Essa
perda de variabilidade gentica, tambm chamada eroso gentica,
significa a perda de genes ou combinaes gnicas de plantas ou
animais que possuem valor atual ou potencial para a agropecuria.
Entre as causas da eroso gentica, podese citar a perda do habi
tat dessas plantas e animais (desmatamento, desertificao, expan
so urbana, modernizao da agropecuria), distrbios no habitat
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Conservao in situ
Com aproximadamente 50 mil espcies de plantas superiores (18%
do total mundial), o Brasil possui uma das mais diversas floras do
mundo (NASS etal., 2009). Na tentativa de conservar parte dessas
espcies em seu habitat, tm sido criadas e estabelecidas reas de pro
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biotecnologia
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biotecnologia
Conservao ex situ
A conservao ex situ envolve a manuteno, fora do habitat, de
uma representatividade da biodiversidade, de importncia cientfica
ou econmicosocial, inclusive para o desenvolvimento de programas
de pesquisa e desenvolvimento, particularmente aqueles relaciona
dos ao melhoramento gentico. A conservao ex situ considerada
complementar conservao in situ, servindo tanto para conserva
o de espcies silvestres como para espcies cultivadas. Os princi
pais objetivos da conservao ex situ so: (i)permitir que, em apenas
um local, sejam reunidos recursos genticos de muitas procedncias,
facilitando as aes de pesquisa e desenvolvimento, especialmente o
trabalho do melhoramento gentico; (ii)assegurar a conservao e a
disponibilidade contnua e imediata de recursos genticos; (iii)pre
servar espcies que ocorrem em habitat ameaado; (iv)diminuir a
eroso gentica das espcies; (v)garantir melhor proteo diversi
dade intraespecfica, especialmente de espcies de ampla distribuio
geogrfica; (vi)conservar, no curto, mdio e longo prazos, recursos
gentico com importncia atual ou potencial, garantindo a sustenta
bilidade dos trabalhos de melhoramento gentico e, em consequn
cia, o futuro da sociedade.
Existem diferentes estratgias ou metodologias utilizadas para a
conservao ex situ, podendose citar: (i)conservao de sementes,
no longo prazo, em cmaras frias a 20C; (ii)conservao de semen
tes, no curto e mdio prazos, em cmaras frias a 5C; (iii)conser
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Boa Vista
Macap
Soure
Belm
Manaus
Sobral
Pacajus
Teresina
Pedro Avelino
Campina Grande
So Joo do Piau
Joo Pessoa
Petrolina
Cruz das Almas
Porto Velho
Aracaju
Conceio do Almeida
Braslia
Goinia
Sete Lagoas
Corumb
Campo Grande
Juiz de Fora
Campinas
animal
Londrina
vegetal
Curitiba
microrganismo
Passo Fundo
Bag
Vitria
Niteri
Itaguai
Florianpolis
Bento Gonalves
Porto Alegre
Pelotas
Conservao on farm
A conservao on farm uma estratgia semelhante conservao
in situ, uma vez que tambm permite que as espcies continuem o
seu processo evolutivo, sendo permanentemente submetidas a dife
rentes condies edafoclimticas. A conservao on farm uma das
formas para a conservao da agrobiodiversidade, que um termo
usado para referir diversidade de seres vivos, de ambiente terres
tres ou aquticos, cultivados em diferentes estgios de domesticao.
Apresenta como particularidade o fato de envolver recursos genti
cos, principalmente variedades crioulas, cultivados por agricultores
(pequenos agricultores de comunidades locais, tradicionais e popu
laes indgenas) detentores de grande diversidade de recursos gen
ticos e de um amplo conhecimento sobre eles.
525
biotecnologia
526
mica, o que faz com que sejam altos os riscos de eroso gentica e
perda de acessos (LOUETTE, 2001). A falta de controle sobre os recur
sos genticos relacionada ao dos agricultores e condies adversas
do meio ambiente tambm um alto risco manuteno da variabili
dade gentica das colees. Essas desvantagens fazem com que a con
servao on farm seja uma estratgia para complementar e no subs
tituir a conservao in situ e ex situ.
Algumas aes de instituies governamentais e sociais podem ser
implementadas para promover a conservao on farm. Freitas etal.
(2009) relatam algumas dessas aes implementadas no Brasil nos
ltimos anos: (i)melhoramento participativo uma metodologia
que preconiza a participao efetiva dos agricultores, extensionistas
e pesquisadores na seleo de variedades melhoradas para determi
nada regio (VIEIRA etal., 2008); nesse mtodo, vrios acessos desen
volvidos pela pesquisa e cultivados localmente pelos agricultores so
testados e conservados na propriedade; (ii)feira de sementes so
eventos onde pequenos agricultores de comunidades locais, tradi
cionais e populaes indgenas apresentam experincias com dife
rentes recursos genticos e trocam sementes e material propagativo;
(iii)Centros Irradiadores de Manejo da Agrobiodiversidade so ins
tituies implantadas em vrios estados do Brasil por iniciativa do
governo federal, em parceria com movimentos sociais e organizaes
nogovernamentais. Esses centros possuem como linhas temticas
a produo de sementes crioulas pelas prprias comunidades, o uso
de plantas medicinais e aromticas, a implantao de sistemas agro
florestais e agroextrativistas e o manejo animal alternativo, visando
proporcionar a segurana alimentar, a gerao de renda e a conserva
o da agrobiodiversidade; (iv)reconhecimento oficial de populaes
tradicionais esse reconhecimento oficial tem como objetivo pro
mover o desenvolvimento sustentvel dos povos e comunidades tra
dicionais com nfase no reconhecimento, fortalecimento e garantia
dos seus direitos territoriais, sociais, ambientais, econmicos e cul
turais. Entre outras expectativas, esperase, com tal reconhecimento,
aumentar a demanda pela conservao de recursos genticos de cul
tivo local com vistas produo sustentvel.
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Figura14. Espcies de maracujs doce: (A) Passiflora alata; (B) Passiflora seta
cea; e (C)Passiflora nitida.
Consideraes finais
As atividades relacionadas conservao, caracterizao e uso de
recursos genticos so estratgicas para a soberania nacional e para
toda humanidade, sendo um grande desafio para a pesquisa bsica e
aplicada, considerando a complexidade e o grande potencial dos recur
sos genticos para ampliar a base da cadeia alimentar do homem e dos
animais domsticos, alm de atender outras necessidades relaciona
543
biotecnologia
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551
Captulo18
Captulo
5
Melhoramento gentico de
plantas e biotecnologia
Fbio Gelape Faleiro
Walter Quadros Ribeiro Jnior
Austeclnio Lopes de Farias Neto
Introduo
Segundo seu conceito amplo, a biotecnologia o uso de conheci
mentos sobre os processos biolgicos e sobre as propriedades dos
seres vivos, com o fim de resolver problemas e criar produtos de uti
lidade. Conceitualmente, o melhoramento de plantas no deixa de ser
uma biotecnologia, como cincia que visa modificao gentica das
plantas para tornlas mais teis ao homem.
O melhoramento de plantas pode ser definido de forma clssica
como a cincia e ou a arte de modificar as plantas para o benefcio
humano (BORM, 1998; BERNARDO, 2002). Tratase de uma cincia
multidicisplinar que aplica os princpios da gentica para o desenvol
vimento de cultivares melhoradas para utilizao humana e animal,
utilizandose de conhecimentos de agronomia, botnica, gentica,
gentica molecular, citogentica, fisiologia, patologia, entomologia,
bioqumica e estatstica (SCHLEGEL, 2003).
Aps a descoberta da hereditariedade por Gregor Mendel em 1865,
novas e grandes descobertas como a heterose, a mutagnese, a gentica
quantitativa, avanos na fisiologia e bioqumica, a cultura de tecidos,
a bioinformtica e os avanos na gentica e biologia molecular tive
ram influncia direta e muito positiva no melhoramento de plantas.
Nas ltimas dcadas, surgiram inmeras tecnologias baseadas em
anlises do DNA e na sua manipulao controlada e intencional por
meio das tcnicas de engenharia gentica. Essas tecnologias abriram
novas possibilidades para o melhoramento gentico por romperem a
barreira de cruzamentos entre diferentes espcies estabelecidas pela
compatibilidade sexual. Mediante a engenharia gentica, possvel
transferir, para plantas, genes isolados de plantas de outras espcies
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biotecnologia
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555
biotecnologia
Produo de
semente gentica
Nova cultivar
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biotecnologia
biotecnologia
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Importncia e exemplos do
desenvolvimento de novas cultivares
O melhoramento clssico tem contribudo de forma significativa
para o aumento da produo brasileira de plantas cultivadas, assim
como para a reduo dos custos de produo dessas culturas e para
a incorporao de novas reas de produo (RAMALHO, 2004). O
melhoramento de plantas de diversas espcies produtoras de gros,
fibras, frutos e energia foi fundamental para a ocupao agrcola
da regio, por meio da criao de cultivares adaptadas regio do
Cerrado. Hoje, essa regio responde por quantidades significativas da
produo nacional de carne, soja, milho, feijo, algodo, arroz, caf,
entre outras culturas.
O melhoramento baseado na biotecnologia e engenharia gentica
tambm tem contribudo significativamente na produo de alimen
tos no mundo, com um nmero crescente de pases que cultivam
plantas geneticamente modificadas e considervel aumento de reas
cultivadas com estas plantas. Um total de 25 pases cultiva plantas
geneticamente modificadas em aproximadamente 134 milhes de
hectares, dos quais 15 tem a rea cultivada superior a 50 mil hecta
res (Figura4) (JAMES, 2009). Os pases com maiores reas cultivadas
com plantas geneticamente modificadas so EUA, Brasil e Argentina
com 64; 21,4 e 21,3 milhes de hectares, respectivamente.
561
biotecnologia
5
Canad
8.2 milhes/ha
Canola, milho, soja
beterraba
20
Portugal
0.05 milho/ha
Milho
14
Espanha
0.1 milho/ha
Milho
19
Repblica Tcheca
0.05 milho/ha
Milho
22
Polnia
0.05 milho/ha
Milho
25
Eslovquia
0.05 milho/ha
Milho
6
China
3.7 milho/ha
Algodo, tomate,
papaia, pimento
1
EUA
64.0 milhes/ha
Soja, milho, algodo
canola, abbora,
papaia,alfafa,
beterraba
4
ndia
8.4 milho/ha
Milho
15
Mxico
0.1 milho/ha
Algodo, soja
11
Filipinas
0.5 milho/ha
Milho
18
Honduras
0.05 milho/ha
Milho
24
Egito
0.05 milho/ha
Milho
23
Costa Rica
0.05 milho/ha
Algodo, soja
12
Austrlia
0.2 milho/ha
Algodo, canola
17
Colmbia
0.05 milho/ha
Algodo
10
Bolvia
0.8 milho/ha
Soja
21
Romnia
0.05 milho/ha
Milho
13
Burkina Faso
0.1 milho/ha
Algodo
16
Chile
0.05 milho/ha
Milho, soja, canola
3
Argentina
21.3 milhes/ha
Soja, milho, algodo
9
Uruguai
0.8 milho/ha
Soja, milho
7
Paraguai
2.2 milhes/ha
Soja
2
Brasil
21.4 milho/ha
Soja, milho, algodo
8
frica do Sul
2.1 milho/ha
Milho, soja, algodo
562
biotecnologia
Consideraes finais
inquestionvel a grande importncia do melhoramento gentico
vegetal para a humanidade. So inmeros os exemplos de sucesso no
desenvolvimento de cultivares de plantas melhoradas geneticamente
que trouxeram grandes benefcios para o agronegcio, garantindo a
sustentabilidade econmica e ambiental da agricultura. Os exemplos
vo desde as primeiras atividades de domesticao de gentipos selva
gens, passando pelas inmeras cultivares desenvolvidas pelo melho
ramento clssico, at o uso de tecnologias avanadas de engenharia
gentica para o desenvolvimento de novas cultivares. Certamente,
essas tecnologias modernas podem beneficiar diferentes culturas e
programas de melhoramento gentico em algumas situaes, em
que o melhorista teria dificuldades utilizando apenas metodologias
convencionais de melhoramento. Logicamente, as novas tecnologias
como ferramentas auxiliares ao melhoramento gentico nunca iro
substituir as prticas essenciais do melhoramento como a avaliao
fenotpica das plantas contabilizando os efeitos ambientais e das inte
raes gentipo x ambiente.
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566
Captulo19
Captulo
5
Introduo
O genoma bovino consiste de 30 pares cromossmicos homlogos,
dos quais 29 so autossmicos e 1 sexual. O genoma de machos
heterogamtico XY e o de fmeas homogamtico XX, com aproxi
madamente 3.000 cM no total. Os cromossomos so classificados de
acordo com a posio do centrmero como metacntricos, submeta
cntricos ou acrocntricos, e numerados segundo o tamanho. O seg
mento curto do cromossomo denominado p e o longo q. Por
meio de colorao com Ginsa, possvel visualizar os cromossomos
com um padro de bandas caracterstico, que so ento numerados
(BandaG). Um determinado loci em um cromossomo pode ser loca
lizado no genoma pelo nmero do cromossomo, o segmento (p ou q)
e nmero da bandaG (FRIES etal., 1993) (Figura1). Dessa forma, o
gene do hormnio do crescimento est localizado no 19q17, o gene da
Betalactoglobulina no 11q28 e o da kapacasena no 6q26.
A partir da dcada de 1980, a genmica bovina progrediu de mapea
mento sintnico de genes codificadores de protenas ao sequencia
mento completo do genoma. O genoma bovino serve como um prot
tipo para estudos em outros bovdeos como cabras, ovelhas e bfalos,
que possuem os genomas altamente conservados em nvel citoge
ntico (WOMACK, 2006; DALRYMPLE, 2006), e ainda mais impor
tante para o entendimento da evoluo e funcionamento dos geno
mas de mamferos, especialmente o humano (GIBBS etal., 2002;
ADELSON, 2008).
569
biotecnologia
570
Bovinos
Co
Cavalo
Morcego
Camundongo
Rato
Humanos
Preguia
Placentrios
Elefante
Marsupiais
Gamb
Cangur
Monotremados
Ornitorrinco
Sequenciamento genmico
Com o incio do projeto genoma humano, no incio dos anos 1990,
as sequncias do DNA do genoma humano e de diversas espcies
experimentais foram determinadas. Desde ento, os projetos de
sequenciamento incluram tambm animais domsticos de impor
571
biotecnologia
Marcadores
Nome do
Mapa
Projeto
BAC FPC
Mapa RH
Cobertura
ChickRH6
de 20X
Seq. Genmica
ESTs
UniGene
6.6X
Galinha
2110
WUR, NCBI
625.790
33.713
Porco
1283
38.782
Vaca
3925
USDAMARC, 6604
NCBI
contigs
Ovelha
1411
Sheepmap4.7, Cobertura
USUoRH500
NCBI
de 5,4X
Pato
155
CAU
NA
Planejamento
NA
2.990
NA
Coelho
745
INRA
NA
NA
NA
49.300
6.413
SUNbRH,
TXAM_RH,
COMRAD
7.7X
Planejamento
1.506.587 41.891
187.701
12.142
572
573
biotecnologia
574
biotecnologia
576
Mapeamento gentico
Quando diferentes genes esto localizados prximos no mesmo
cromossomo, dizse que esses loci esto em ligao. O processo da
recombinao ou permuta, que ocorre durante a meiose, respons
vel pela troca de segmentos cromossmicos entre homlogos. A fre
quncia de recombinao proporcional distncia entre os loci. As
distncias so medidas em funo da frequncia de recombinao na
prognie e expressas em centiMorgan (cM). Um centiMorgan equi
vale a aproximadamente 106 pares de base (EMERY; MALCON, 1995).
O mapa gentico construdo a partir da frequncia de recombina
o gnica na prognie (FRIES, 1993) estimada por meio da anlise de
segregao de polimorfismos genticos em famlias informativas, em
que um parental heterozigoto para os dois loci (populao refern
cia) (WELLER etal., 1990) (Figura6). O mapeamento gentico tam
bm pode ser efetuado pela anlise de espermatozoides, avaliando a
frequncia de recombinao diretamente nos gametas, com impacto,
especialmente, em espcies que possuem intervalo entre geraes
muito longo ou outras restries gerao de famlias estruturadas
(ARNHEIN etal., 1994).
577
biotecnologia
M1
M2
M3
M4
M6
M5
- M7
m1
m2
m3
m4
m6
m5
- m7
Parental
F1
- M8
- M10
- M12
M9
M11
- m8
- m10
- m12
m9
m11
- M13
- M15
M14
- m13
- m15
m14
Linhagem M
Linhagem m
F1
Gametas
F2
M1M1
M2M2
m1m1
m2m2
M1m1
M2m2
M1M2 parental
M1m2 recombinante
M1M2 recombinante
m1m2 parental
579
biotecnologia
580
Polimofismos genticos
causativos de variao
581
biotecnologia
583
biotecnologia
584
585
biotecnologia
586
587
biotecnologia
588
biotecnologia
590
QTL
Caracterstica
QTL
Score de marmoreio
33
Peso vivo
Rendimento em carne
16
Gordura ajustada
23
Ganho psdesmama
Caracterstica Leiteira
Maciez da carne
Expessura de gordura
Qualidade do bere
Rendimento de carcaa
14
Angularidade
Ganho prdesmama
13
Peso a um ano
12
Estatura
Rendimento em leite
71
Tamanho de tetas
59
Colocao de tetas
55
Profundidade do bere
58
Velocidade de ordenha
62
Temperamento
Taxa de gmeos
20
Peso ao abate
Peso ao nascimento
37
Resistencia a tripanossonomiase
Taxa de ovulao
Maciez da carne
591
biotecnologia
592
Figura8. Resultado de QTL para bovinos de leite e corte relacionados a produo de gordura. Note que, na maioria
dos casos, QTL para carcaa e leite se sobrepem.
Fonte: Adaptado de Adelson, 2008.
Espcie
Caracterstica
Mutao
KIT
Porco
Branco dominante
Duplicao
RYR1
Porco
Gene do alotano
R614C
PRKAG3 Porco
RN
R200Q
IGF2
Porco
DGAT
Vaca
K232A
MSTN
Vaca
Musculatura dupla
Diversas
CLPG
Ovelha
Musculatura dupla
Substituio A/G
IGF1
Diversas
MITF
Insero SINE
CBD103
Deleo de 3pb
PMEL17
Galinha
Branco dominante
Insero/deleo de 915pb
MC1R
Galinha
Colorao de pluamagem
E92K
SLC45A2 Galinha
Colorao de pluamagem
106delT
593
biotecnologia
594
595
biotecnologia
1990
Melhoramento tradicional
Avaliao da variao fenotpica para
predizer o valor gentico (DEPs - diferena
esperada na progenie).
596
Fentipos
Marcadores
Variao em caracteres
de importncia econmica
Caixa Preta
597
biotecnologia
R
L
j
j
ir
IH
j
598
599
biotecnologia
RN (Rendement Napole)
14 Tamanho de leitegada
Tamanho de leitegada
Continua...
600
Tabela 4. Continuao.
RYR1 (Alotano)
IGF2
HFABP
Gordura intramuscular
CKIT rec.
Colorao de pelagem
Seleo genmica
Seleo Genmica (Genomic SelectionGS) se refere seleo
de reprodutores com base somente em valores genticos genmi
cos (Genomic Estimated Breeding Values GEBV) e est revolucio
nando o melhoramento de gado de leite. Os GEBVs so calculados
como a soma dos efeitos dos marcadores, ou hapltipos desses mar
cadores, distribudos ao longo do genoma com altssima densidade,
e, dessa forma, permite, teoricamente, a captura de todos os QTL,
contribuindo para a varincia gentica de uma caracterstica. Os efei
tos dos QTL, inferidos a partir dos marcadores ou hapltipos, so pri
meiramente estimados em grandes populaes referncia com dados
fenotpicos e genotpicos coletados. Somente dados genotpicos so
necessrios para as geraes subsequentes. As acurcias dos GEBVs
preditos por GWA foram avaliadas em experimentos nos EUA, Nova
Zelndia, Austrlia e Holanda utilizando populaes referncia de
650 a 4.500 touros com teste de prognie e gentipos de aproxima
damente 50.000 marcadores. Os resultados indicam acurcias para
GEBV para tourinhos jovens, sem teste de prognie, variando de 20%
a 67% e so dependentes das herdabilidades das caractersticas, do
nmero de touros na populao referncia e do mtodo estatstico.
As acurcias dos GEBV foram significativamente superiores a valores
genticos estimados como a mdia dos EBVs dos progenitores, que
o critrio utilizado para seleo de tourinhos para entrar em teste
de prognie, gerando uma expectativa que a utilizao de GS poder
aumentar ganho gentico anual em mais de 100%.
Mtodos tradicionais de seleo, como as predies Best Linear
Unbiased Prediction (Blup) a partir de meioirmos e irmos comple
tos, que aumentam o ganho gentico pelo aumento da acurcia, leva
601
biotecnologia
602
qq
Populao
receptora
Qq F1
qq R
Qq RC1
qq R
Qq RCn-1
qq R
Qq RCn
Qq RCn
Alelo Q = Resistncia
tripanossonomase
Zebu Africano
Europeu
Retrocruzamentos
-Recuperar genoma - R
-Manter QTL - D
MAS LD
IC 1
IC 1
IC 2
IC 2
Intercruzamentos
-Fixar o QTL - QQ
603
biotecnologia
Gentipos
Cruzamento
Prognie
Prognie
Freq. Q
Selecionados
% Genoma R
DXR
F1
0,5
50
F1 X R
BC1
Qq/qq
0,5
75
BC1 x R
BC2
Qq/qq
0,5
87,5
BC2 x R
BC3
Qq/qq
0,5
93,75
BC3 x R
BC4
Qq/qq
0,5
96,88
BCn X BCn
IC1
QQ/Qq/qq
0,5
QQ(+Qq)
99,?
IC1 x IC1
IC2
QQ/Qq/qq
>0,5
QQ(+Qq)
99,?
ICk X ICk
ICk+1
QQ/Qq/qq
>0,5
QQ(+Qq)
99,?
604
605
biotecnologia
Velogentica e Whizzogentica
Estimar efeito de marcadores, hapltipos, ou Segmentos Genmicos.
1a gerao:
1 - Genotipar Embries
2 - Selecionar Embries Superiores
3 - Induzir MeioseOcitos e espermatozoides
4 - Fertilizao in vitro
5 - Maturao in vitro,
2a gerao:
Genotipagem, Seleo, Meiose, Fertilizao, entre outros.
Quantas Geraes? Linkage e Acurcia.
Repetir estimao de efeitos de marcadores, hapltpos ou segmentos
genmicos (densidade do mapa de SNPs, nmero de animais e
geraes na famlia referncia).
606
Marcadores mitocondriais
Mitocndrias so organelas citoplasmticas encontradas na grande
maioria dos organismos eucariotos. Elas so usualmente descritas
como casa de fora celular, visto que so responsveis pela produ
o de ATP via fosforilao oxidativa. Os eucariotos surgiram da inte
607
biotecnologia
608
609
biotecnologia
610
Cromossomo Y
Os cromossomos sexuais dos mamferos so bastante divergentes e
heteromrficos. O cromossomo X mais longo e denso em genes em
comparao com o cromossomo Y, que curto e degenerado. A teoria
atualmente mais aceita que o Y descende de um protocromossomo
Y, homlogo ao X. A falta de recombinao entre estes considerada o
fator determinante da perda de genes pelo cromossomo Y (degenera
o) (GVOZDEV etal., 2005; ELLIS; AFFARA, 2006; GRAVES, 2006).
O cromossomo Y consideravelmente menor do que os outros cro
mossomos (60Kb) e contm 178 genes em humanos (SKALETSKY
etal., 2003), sendo 45 destes codificadores de protenas, em que a
maioria controla funes machoespecficas como espermatognese,
e vrios pseudogenes (LAHN; PAGE, 1997). Ele possui sequncia de
DNA altamente repetitiva, mltiplas cpias do mesmo gene arranja
dos em sequncia (in tandem) e regies palindrmicas (TOURE etal.,
2005; BACHTROG, 2006; GRAVES, 2006). Segmentos sequencia
dos em diversos mamferos apresentaram baixo nvel de diversidade
nucleotdica (HELLBORG; ELLEGREN, 2004; MEADOWS etal., 2004;
MEADOWS etal., 2006).
A identificao de linhagens paternas, estudos de dinmica popu
lacional e biogeografia so facilitados, entre outros fatores, pela ava
liao do estado haploide dos alelos e na ausncia de recombinao
XY. Marcadores Yespecfcos se mostraram eficiente em estudos glo
bais de expanso e disperso de populaes humanas (DENG etal.,
2004). Anlise de mtDNA e cromossomo Y foi utilizada por Eriksson
etal. (2006) para avaliar a magnitude da disperso efetiva de machos e
fmeas e investigar a histria demogrfica de bonobos. Foi observada
uma diferenciao maior do cromossomo Y em relao ao mtDNA,
o que esperado para espcies em que a disperso mediada princi
palmente por fmeas.
A investigao de linhagens paternas tambm importante em
espcies domsticas, uma vez que a taxa reprodutiva muito mais
elevada em machos, e j revelou aspectos fascinantes relacionados
domesticao dos animais. Sondas Yespecfico desenvolvidas por
Bradley etal. (1994) permitiram a discriminao entre raas bovinas
zebunas e taurinas. Microssatlites localizados no cromossomo Y que
611
biotecnologia
biotecnologia
N
382
915
328
383
182
No Locos
14
22
11
19
24
He
0.686
0.816
0.875
0.775
0.702
AM
10.07
13.18
14.36
10.84
10.00
FIS
0.224
0.086
0.204
0.015
0.114
Amova (%)
11.91*
11.87
12.37*
11.76*
15.73*
* p<0.001.
N= nmero indivduos; He= heterozigosidade esperada; AM= nmero mdio de alelos; FIS=
coeficiente de endogamia intrapopulacional; Amova (%)= Anlise varincia molecular, porcen
tagem de variao entre as raas analisadas em cada espcie.
Fonte: Adaptado de Mariante etal. (2009).
SNPs
Variaes pontuais na cadeia de nucleotdeo (SNPs) so polimor
fismos considerados muito promissores para estudos evolucion
rios, ecolgicos ou de conservao, uma vez que informao sobre a
sequncia genmica se torne disponvel para um nmero maior de
espcies (SEDDON etal., 2005; MARRIS etal., 2009).
Por serem marcadores geralmente biallicos, SNPs so menos poli
mrficos do que microssatlites, entretanto SNPs so extremamente
freqentes e, consequentemente, existe um aumento substancial no
nmero de loci disponveis para as diversas espcies (BRUMFIELD etal.,
2003). Alm disto, a dinmica mutacional mais simples dos SNPs gera
uma taxa menor de homoplasia, e, por outro lado, podem ser geno
614
biotecnologia
616
Teste de paternidade
O parentesco inequvoco entre os indivduos de uma popula
o prcondio para um programa de melhoramento gen
tico eficiente (VAN VLECK, 1970; GELDERMANN etal., 1986;
GLOWATSKIMULLIS etal., 1995). A estimao dos parmetros gen
ticos populacionais e a predio do valor gentico dos indivduos so
dependentes de genealogia indubitvel (RON etal., 1995), uma vez
que dados de desempenho de animais aparentados so utilizados para
solucionar um modelo misto gerando valores genticos com proprie
dades (Best Linear Unbiased Prediction Blup), alm dos efeitos pre
judiciais no controle da endogamia.
Testes de paternidade em gado bovino, usando grupos sanguneos
e protenas do leite, evidenciaram uma alta frequncia de paterni
dade incorreta em pases como Israel (5%), Alemanha (4% a 23%),
Dinamarca (8% a 30%), Holanda (8%) e Irlanda (20%), justificando a sua
utilizao em programas de melhoramento gentico (GELDERMANN
etal., 1986; BEECHINOR; KELLY, 1987; RON etal., 1995).
Erros de identificao geram estimativas tendenciosas de parme
tros genticos populacionais (VAN VLECK, 1970). Por outro lado,
Geldermann etal. (1986) estimaram uma perda de 8,7% a 16,9% no
ganho gentico anual em bovinos de leite com 15% de erro de iden
tificao. Ron etal. (1995) sugerem que um aumento de aproxima
damente 5% no ganho gentico anual poderia ser obtido ao realizar
teste de paternidade na prognie dos 50 touros testados anualmente
em Israel.
As relaes de parentesco podem ser examinadas utilizando diver
sas categorias de marcadores genticos. Se o gentipo de um prov
vel touro for incompatvel com o gentipo da prognie, este exclu
do de paternidade, ou seja, a prognie deve apresentar um dos alelos
617
biotecnologia
618
Perspectivas
Diversas abordagens genmicas, que incluem Genmica Estru
tural (sequenciamento genmico e mapas de SNPs), Funcional
(Transcriptmica, Protemica, Glicmica e Metabolmica e outras
micas) e Comparativa (Comparao de Sequncia de DNA, RNA,
Protena, Metablitos, etc.), devem ser utilizadas, de forma sistem
tica e integradas, para se elucidar os mecanismos genticos contro
lando a expresso de caractersticas de importncia econmica, uma
vez que podem ser reguladas em qualquer dos nveis de um sistema
biolgico (Figura19). Esse conhecimento servir de base ou con
tribuir para o desenvolvimento de diversas reas de pesquisa, das
quais se destacam: Estudos de Fertilidade/Reproduo, Nutrio/
Alimentao, Comportamento/Manejo e Adaptao/Rusticidade
de animais domsticos e silvestres, caracterizao da biodiversi
dade e diversidade gentica, assim como em estudos de Taxonomia,
Evoluo, Desenvolvimento, Simbiose e Ecologia.
619
biotecnologia
Clula
Tecido
rgo
Organismo Populao
Genmica
Sequenciamento
genmico
Predio da
estrutura gnica
Transcriptmica
Coleo
de RNAs
Regulao
ps-transcrio
Ecossistema
Fisionmica
epigenmica
mRNA
Protemica
Traduo
Glicmica
Glicosilao
de protenas
Metabolmica
Concentrao
de metablitos
mRNA no-codificadores
Turnover
Regulao
protico
ps-traduo
Fenmica
Biologia
Evolucionria
Network
Seleo de
linhagens para
cruzamentos
Novos produtos,
melhoramento
qualitativo
por trasgnie
Clonagem de animais
altamente produtivos
Melhoramento
gentico
Desenvolvimento
sustentvel
Sistemas integrados
de produo (ILPe ILPS)
Consorciamento e
rotao de culturas
Controle biolgico
de pragas
Desenvolvimento
de vacinas
Tratamento e/ou
reciclagem de
resduos e gua
biotecnologia
622
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653
Captulo20
Captulo
5
Biotecnologia aplicada
a pecuria bovina
Carlos Frederico Martins
Luiz Gustavo B. Siqueira
Margot Alves Nunes Dode
Introduo
O aumento da exigncia mundial para produo de alimentos seguros e de forma sustentvel tem obrigado a pecuria bovina a sofrer
adaptaes, buscando o aumento da eficincia reprodutiva e produtiva dos animais em reas cada vez menores. Nesse sentido, as biotcnicas de reproduo animal tm contribudo para a produo de
animais com gentipos superiores e com eficincia produtiva destacada. Atualmente, a tecnologia de produo de embries bovinos tem
combinado a reproduo assistida com tcnicas celulares, moleculares
e genmicas, permitindo a multiplicao de animais geneticamente
valiosos, bem como a produo de animais transgnicos, com aplicao nas reas biomdica e agropecuria. Alm disso, os avanos na
criopreservao de espermatozides e embries tm facilitado o processo de multiplicao de animais superiores, devido a facilidade de
intercmbio de material gentico dentro e fora do pas.
A inseminao artificial e a transferncia de embries so as tcnicas que proporcionam os maiores ganhos genticos para bovinos,
pois, juntamente com os programas de teste de prognie, aumentam
a presso de seleo das raas. Atualmente, a tcnica de produo in
vitro de embries bovinos tem se incorporado fortemente ao setor produtivo, tornando o Brasil o maior produtor de embries por essa tecnologia. A tcnica de fecundao in vitro tambm tem auxiliado no
desenvolvimento do processo de clonagem animal, o qual tem sido
utilizado comercialmente no pas como uma tecnologia de multiplicao de animais geneticamente superiores e estratgicos dentro de
determinadas linhagens.
655
biotecnologia
Criopreservao de genomas
A preservao de clulas em baixas temperaturas denominada
de criopreservao, uma rea aplicada da criobiologia. Os avanos na
tecnologia de criopreservao tm desenvolvido mtodos que permitem manter uma variedade de clulas viveis a baixas temperaturas.
Nesse sentido, a criopreservao tem se tornado uma ferramenta fundamental para reproduo de bovinos, bem como para formao de
criobancos genticos para conservao animal ex situ, possibilitando
o armazenamento de espermatozides, ocitos, embries e clulas
somticas. Essas clulas conservadas podem oportunamente ser utilizadas pelas biotcnicas de reproduo, tais como a inseminao artificial, transferncia de embries, fecundao in vitro e transferncia
nuclear, e, dessa forma, promover a multiplicao de animais com
elevado mrito gentico, bem como de animais em risco de extino.
Criopreservao de espermatozides
O relativo sucesso alcanado com a criopreservao de smen tem
permitido avanos significativos no campo da agropecuria, tornando
possvel uma troca internacional de germoplasma de animais geneticamente superiores; da biotecnologia, por permitir uma eficiente
estocagem de linhagens de murinos cientificamente importantes;
da conservao de espcies em risco de extino, por meio do banco
de recursos genticos; e da medicina reprodutiva humana (WOODS
etal., 2004).
O espermatozide uma clula altamente polarizada e especializada com uma estrutura tripartida em cabea, pea intermediria e
cauda. Esse gameta perde a habilidade de biosntese, reparo, crescimento e diviso celular durante a fase final da espermatognese.
Dessa forma, a conservao de espermatozides requer uma reduo
656
ou atraso do metabolismo das clulas espermticas para gerar um prolongamento de sua vida (YOSHIDA, 2000).
Uma estocagem efetiva de smen no estado congelado implica
em uma completa interrupo no processo de desenvolvimento das
clulas espermticas, que comeam no testculo e continuam atravs do epiddimo e aps a ejaculao. A criopreservao do smen
pode ser considerada como uma lacuna entre o perodo de suspenso da animao espermtica e o processo que demarca a continuidade do desenvolvimento, que eventualmente conduz a fecundao
(VISHWANATH; SHANNON, 2000).
A maioria dos mtodos de criopreservao de espermatozides
de mamferos ainda consiste de vrios passos no fisiolgicos, que
envolvem a adio hipertnica de um agente crioprotetor permevel
(ACP), resfriamento, aquecimento e a remoo do ACP (WOODS
etal., 2004). Teoricamente, tem sido possvel calcular a adio mnima
de ACP requerida antes do resfriamento para evitar os danos osmticos, bem como a taxa tima de resfriamento para evitar a formao
de gelo intracelular. Um dos mais importantes princpios da criopreservao reside na necessidade de remover o mximo possvel de
gua das clulas antes de proceder a sua congelao. Se essa desidratao no ocorrer, grandes cristais de gelo se formaro, lesando severamente a estrutura intracelular. No entanto, a remoo demasiada de
gua das clulas tambm pode ser deletria (SEIDEL JUNIOR, 1984).
A fortuita descoberta do glicerol (POLGE; SMITH, 1949) como um
efetivo agente crioprotetor introduziu um novo sistema de estocagem de smen, o qual prolonga a viabilidade espermtica e mantm o
potencial fecundante por longos perodos. Existe um argumento que
espermatozides estocados a -79C (gelo seco) ou a -196C (nitrognio lquido) mantm seu potencial fecundante indefinitivamente. No
entanto, outros especialistas consideram um perodo de tempo mais
curto para os espermatozides sobreviverem a baixas temperaturas
e manterem o potencial fecundante. Outras evidncias sugerem que
esse fato pode ocorrer devido inadequada manuteno da temperatura de estocagem.
Vrios aspectos da criopreservao espermtica tm sido estudados,
tais como a composio qumica dos diluentes e seus efeitos sobre a
657
biotecnologia
658
Criopreservao de embries
No sistema de produo de bovinos, a criopreservao de embries
tem contribudo com o processo de seleo gentica e tem reduzido
significativamente os custos dos programas de cruzamentos, porque
os embries podem permanecer disponveis at que as fmeas receptoras estejam prontas naturalmente, evitando os custos com a sincronizao hormonal do cio (WOODS etal., 2004). A criopreservao de
embries permite uma melhor explorao da fmea doadora, pois os
embries excedentes dos programas de transferncia de embries e
fecundao in vitro podem ser estocados, formando um banco gentico que poder ser utilizado em momento oportuno. Alm disso,
essa tecnologia garante com mais facilidade a importao e exporta-
659
biotecnologia
o de germoplasma de interesse. Uma vez que os custos so menores, h segurana higinico-sanitria e menores riscos de transporte.
As tcnicas de criopreservao de embries bovinos produzidos in
vivo esto bem estabelecidas. Inicialmente, o glicerol foi o crioprotetor mais utilizado (BILTON; MOORE, 1979), entretanto, como os
embries devem ser lavados vrias vezes para remover o glicerol antes
da transferncia para as fmeas receptoras e, por causa da sua toxicidade, esse crioprotetor tem sido substitudo pelo etilenoglicol. O etilenoglicol se difunde para dentro ou para fora do embrio com rapidez, permitindo a transferncia direta dos embries (sem lavagem
fora da palheta), fornecendo taxas de prenhezes similares ao glicerol
(VOELKEL; HU, 1992). Nesse caso, os embries so resfriados a 0,3C
por minuto at -36C para garantir a formao de poucos locais de
gelo, seguido pela imerso em nitrognio lquido (TOMINAGA, 2004).
Aps um rpido aquecimento (>300C por minuto), os e mbries bovinos tm apresentado taxas de gestao superiores a 50%.
A aplicao comercial em grande escala da tecnologia de produo in vitro de embries bovinos altamente dependente de procedimentos adequados de criopreservao. A sobrevivncia dos embries produzidos in vitro e criopreservados pelo mtodo lento tem sido
bem menor do que os embries produzidos in vivo (DINNYS etal.,
1996; VAJTA etal., 1997). H muitas diferenas morfolgicas entre os
embries produzidos in vitro e os de origem in vivo, as quais podem
afetar a sobrevivncia aos procedimentos de criopreservao lenta
(WRIGHT JUNIOR; ELLINGTON, 1995; THOMPSON, 1997). O estgio de mrula produzida in vitro apresenta menos clulas compactas, a sensibilidade da zona pelcida digesto enzimtica alterada, e os embries produzidos in vitro so usualmente mais escuros
e mais leves, possivelmente devido ao aumento do contedo lipdico
(LEIBO; LOSKUTOFF, 1993). Alm disso, os embries produzidos
in vitro apresentam menos complexos juncionais, sendo encontradas diferenas na expresso do gene connexin 43 (protena de juno
tipo gap) (WRENZYCKI etal., 1996). A presena de soro fetal bovino
(SFB) no sistema de cultivo in vitro pode gerar vacuolizao, escurido e menor compactao dos embries. A reduo na temperatura
durante o processo de resfriamento pode causar mudanas fsicas nas
660
membranas celulares, tais como separao dos componentes lipdicos que resultam em alterao da funo da membrana plasmtica
(SCHIMSHICK; MCCONNELL, 1973).
Com as atuais tcnicas in vitro, um grande nmero de embries
pr-implantacionais podem ser produzidos relativamente a baixos
custos. Entretanto, os embries produzidos in vitro so caracterizados
pelo aumento da sensibilidade ao resfriamento e diminuio da tolerncia a criopreservao quando comparados com os embries produzidos in vivo (POLLARD; LEIBO, 1994). Nesse contexto, o maior
obstculo associado com essa tecnologia a carncia de mtodos adequados para preservar os embries provenientes do sistema in vitro.
Dessa forma, h, no mnimo, duas abordagens para superar esse problema: melhorar os mtodos de criopreservao ou melhorar a qualidade do embrio por meio da otimizao do ambiente para produo dos embries in vitro.
At o presente, a congelao lenta e a vitrificao so comumente
utilizados para preservar os embries bovinos. A congelao lenta, que
mais amplamente utilizada, tem a vantagem de utilizar baixas concentraes de crioprotetores e permite a transferncia do embrio na
receptora logo aps a descongelao (VOLKEL; HU, 1992). As taxas
de produo de bezerros so levemente mais baixas aps a transferncia de embries produzidos in vivo e criopreservados em comparao
com a transferncia de embries frescos. No entanto, a congelao
lenta de embries produzidos in vitro tem reduzido as taxas de sobrevivncia ps-descongelao, devido principalmente a sua susceptibilidade a formao de cristais de gelo (KASAI etal., 2002).
O processo da conservao embrionria por vitrificao tem surgido como grande alternativa para a criopreservao de embries bovinos produzidos in vitro. A vitrificao a solidificao da soluo,
no pela cristalizao, mas sim pela extrema elevao da viscosidade
durante a congelao rpida. Embora a vitrificao elimine as injrias
dos cristais de gelo, a alta concentrao de crioprotetores requeridos
aumenta o risco dos danos osmticos e txicos (KUWAYAMA et al,
1994). Comparaes entre os dois mtodos de criopreservao tm
levado a diferentes resultados, mas parece que a vitrificao mais
661
biotecnologia
Criopreservao de ocitos
A criopreservao de ocitos ainda ineficiente em bovinos, sendo
um dos grandes gargalos para a tcnica de fecundao in vitro (FIV).
O sucesso da criopreservao de ocitos tornaria a produo in vitro
de embries uma tcnica completa.
Os ocitos tm uma menor permeabilidade tanto gua quanto aos
agentes crioprotetores. Assim, os ocitos resfriados a baixa temperatura apresentam leses em elementos do citoesqueleto, grnulos corticais e membrana plasmtica (AMAN; PARKS, 1994). O rompimento
nos grnulos corticais e membrana plasmtica provavelmente conduzem a baixa taxa de fecundao e morte celular, respectivamente
(VINCENT; JOHNSON, 1992). Muitos problemas foram encontrados
e associados com o resfriamento e criopreservao de ocitos imaturos, maturados in vitro ou ovulados. Como exemplo possvel citar
as anormalidades no fuso meitico anormal, com desorganizao
dos microtbulos e cromossomos (ROJAS etal., 2004; SUCCU etal.,
2007), alterao na distribuio dos grnulos corticais e aumento da
poliespermia (MAVRIDES; MORROL, 2005; MORATO etal., 2008).
A criopreservao de ocitos em fase de vescula germinativa ou em
metfase II, utilizando mtodos de resfriamento lento, tem resultado
em baixa sobrevivncia.
662
Inseminao artificial
A tcnica de Inseminao Artificial (IA) , por definio, a deposio mecnica do smen no aparelho genital feminino por meio
de instrumentos especialmente desenvolvidos para este propsito.
Atualmente, a IA considerada a biotecnologia de reproduo assistida que causa o maior impacto em programas de melhoramento animal, como resultado da sua eficiente forma de disperso de genes de
animais de superior mrito gentico.
663
biotecnologia
biotecnologia
666
0
Horrio da Inseminao
Muito cedo
12
Bom
18
timo
24 Horas
Bom
Muito Tarde
Figura 1. Ilustrao dos sinais que auxiliam a deteco de cio durante trs
fases do ciclo estral bovino (proestro, estro e metaestro); durao mdia (mn.
e mx.) de cada fase; e indicadores do melhor horrio para se realizar a
Inseminao Artificial.
Fonte: Adaptado de Wattiaux, 2009.
667
biotecnologia
70
60
b
50
bc
40
30
20
10
0
gua a 37 C
gua a 20 C
gua a 5 C
"Na vaca"
Mtodo de descongelao
669
biotecnologia
Induo de lutelise e
remoo da exposio
a progesterona exgena
Induo de do pico
pre-ovulatrio de LH para
sincronizar a ovulao
IATF
Dias 7 ou 8
Dias 9 ou 10
Dias 10 ou 11
Trasferncia de embries
A finalidade bsica da Transferncia de embries (TE) em bovinos
a multiplicao, de forma acelerada, do material gentico de uma
671
biotecnologia
672
menor risco sanitrio; e (6) fornece a base para adoo de outras biotecnologias.
A TE em bovinos se caracteriza por trs etapas principais: (1) induo da superovulao; (2) coleta, identificao e classificao dos
embries; e (3) transferncia ou congelao dos embries.
Superovulao de doadoras
A primeira etapa da TE diz respeito seleo de doadoras. Nesse
sentido, avalia-se o gentipo, o fentipo, a prognie (quando disponvel), aspectos sanitrios do animal, o histrico reprodutivo e ainda
realizado um exame ginecolgico completo visando a identificao de
eventuais patologias ou qualquer outra condio de restrio. A superovulao de doadoras de embries tem a finalidade de induzir o crescimento e a consequente ovulao de vrios folculos em uma espcie monovulatria (bovinos). Os protocolos de superovulao (SOV)
so baseados em conhecimentos da fisiologia reprodutiva dos bovinos, especificamente dinmica do crescimento de folculos ovarianos
e endocrinologia do ciclo estral. importante que se tenha em mente
alguns aspectos bsicos de fisiologia da reproduo, como por exemplo, a ocorrncia de, na grande maioria dos animais, duas ou trs
ondas de crescimento folicular durante um ciclo estral. A emergncia de cada onda precedida por uma elevao nas concentraes de
FSH, o que causa o desenvolvimento de um pool de folculos pequenos (3mm a 4mm em dimetro), que iro crescer simultaneamente
at que se estabelea o processo de divergncia e dominncia folicular. O folculo dominante passar a crescer a taxas maiores do que os
chamados subordinados e exercer um efeito negativo sobre eles, causando sua atresia. O folculo dominante se torna ovulatrio, pois produz estradiol a concentraes suficientes para induzir a ovulao, caso
no haja o bloqueio da progesterona produzida pelo corpo lteo (aps
a ocorrncia de lutelise; proestro). Havendo alta progesterona (diestro), o folculo dominante ir iniciar sua regresso (atresia), haver
uma elevao no FSH circulante e uma nova onda de crescimento folicular ir emergir (Figura 4) (GINTHER etal., 1996).
673
biotecnologia
Emergncia da
2 onda
12
10
FD1
Fov
Fd2
FSH
P4
8
6
LH
4
0
9 10 11
15
20 21
Dias do ciclo
674
Estro
Dia 0
Cio base
Coleta
e
TE
10
11
12
PGF2
13
14
15
Cio
e
IA
IA
Dia 21
675
biotecnologia
676
biotecnologia
678
Realidades e limitaes da TE
Dados mundiais de coletas de embries indicam um nmero mdio
de embries viveis por coleta de 6,22; considerando dados de 122 mil
coletas. Analisando-se os dados dos diferentes continentes, a variao
de 5,1 a 7,6 embries viveis/coleta (THIBIER, 2008). Esses dados
representam uma das grandes limitaes da TE, pois a mdia no
reflete a realidade, em que so observadas respostas excelentes (25-30
embries viveis) e respostas sofrveis (nenhum embrio coletado).
Essa grande variao na resposta pode ser explicada por alguns fatores: (1) diferenas no tratamento superovulatrio (preparao hormonal, durao e momento do tratamento); (2) fatores inerentes ao animal doador (variao individual na reserva de folculos ovarianos e,
consequentemente, na populao de folculos disponveis para recrutamento; o status ovariano no incio do tratamento; e resposta ao FSH
679
biotecnologia
exgeno); (3) fatores inerentes ao ambiente e histria do animal (condio nutricional, histrico reprodutivo, repetidas superovulaes,
idade e raa); e (4) erros no procedimento de coleta e preparao das
doadoras (MAPLETOFT etal., 2002).
Apesar dos grandes avanos em tecnologia, a mdia de embries
viveis/coleta pouco variou nas ltimas dcadas, como demonstrado
por um estudo com 1.733 doadoras, que foram coletadas nos anos
de 1979 ou 1999 (HASLER, 2003). Em um programa de TE, aproximadamente 1/3 (25% a 35%) das doadoras no respondero ao tratamento (sem produo de embries); 50% a 60% tero respostas
ruins ou intermedirias; e apenas um nmero reduzido de doadoras
ter respostas acima da mdia, ou seja, boas ou excelentes. Ainda,
cerca de 30% das doadoras produziro a maioria (~70%) dos embries (DONALDSON, 1984; MAPLETOFT etal., 2002).
Quando se inicia um programa de transferncia de embries, seja
ele de carter comercial ou no, deve-se ter em mente que para o
sucesso da manipulao hormonal do crescimento de folculos ovarianos necessrio um bom conhecimento da fisiologia reprodutiva e
endocrinologia da fmea bovina. Alm disso, importante saber que
a tcnica de TE apresenta limitaes inerentes fisiologia das doadoras (variao individual) e que a tcnica caracterizada por grande
varincia nos resultados. Embora um grande progresso tenha sido
feito em fisiologia da reproduo dos bovinos, fatores inerentes doadora que afetam a resposta superovulatria so apenas parcialmente
entendidos.
681
biotecnologia
e mais utilizado, e pode ser realizada com uma seringa ou com uma
agulha acoplada a uma bomba a vcuo, com a qual se aspiram todos
os folculos presentes na superfcie dos ovrios cujas medidas variem
entre 2mm e 8mm de dimetro (GORDON, 2003). A quantidade e
qualidade dos COCs recuperados so influenciadas por vrios fatores, tais como: poca do ano; estado fisiolgico do animal; tamanho
do folculo aspirado (DODE etal., 2001); raa e idade das doadoras.
A recuperao de COCs in vivo pode ser realizada cirurgicamente,
quando animais muito jovens so utilizados, ou por OPU, em que a
obteno de ocitos feita pela puno folicular com uma agulha acoplada a uma sonda transvaginal, de forma que, os folculos a serem
puncionados so visualizados na tela do ultrassom. A aspirao dos
folculos realizada com auxlio de uma bomba a vcuo, sendo os
COCs, juntamente com o lquido folicular, transportados por um sistema de cnulas ao tubo coletor. A mdia de ocitos obtidos tambm
varia com a raa, a idade, o estgio fisiolgica da doadora e a estratgia de puno adotada. possvel puncionar os folculos de uma doadora duas vezes por semana, uma vez por semana ou uma vez a cada
duas semanas, sendo as duas ltimas alternativas possveis de dobrar
os resultados mediante a estimulao hormonal (GOODHAND etal.,
1999). Independente da estratgia, o resultado final esperado de pelo
menos uma gestao por semana por doadora (PEIXER etal., 1996;
BOUSQUET etal., 2000).
Independente do procedimento utilizado, aspirao in vivo ou in
vitro, os COCs coletados juntamente com o lquido folicular so depositados em um tubo estril, que se deixa decantar por em torno de 10
minutos. Aps esse perodo, o decantado transferido para uma placa
de Petri, em que ser realizada a busca e seleo dos ocitos.
Seleo de ocitos
Aps a recuperao, COCs devem ser classificados, utilizando como
critrio a homogeneidade e colorao do citoplasma e aparncia, compactao e nmero de camadas de clulas do cumulus. Essa morfologia dos CCOs tem sido utilizada como mtodo de seleo visual por
ter sido correlacionada com as taxas de blastocistos. Existem vrios
682
biotecnologia
Fecundao in vitro
Para a fecundao in vitro, espermatozides e ocitos maturos so
co-incubados, em um meio especifico, por um perodo em torno de
18 horas, sendo possvel co-incubar por perodos menores sem afetar
as taxas de produo de embries (DODE etal., 2002a).
Para que a FIV ocorra com sucesso, necessrio que os ocitos
tenham sofrido uma maturao completa e que os espermatozides
tenham sido adequadamente preparados.
Para a preparao do smen a ser utilizado na FIV, vrios mtodos para remover o plasma seminal e (ou) crioprotetor e melhorar as
caractersticas seminais tem sido descritos. Entre eles, pode-se citar
a lavagem por centrifugao; gradientes de densidade; filtragem em
coluna de fibra de vidro; e migrao ascendente. Os mais utilizados
so gradiente de densidade utilizando percoll, e a migrao ascendente
conhecida por swim-up.
684
685
biotecnologia
O co-cultivo com clulas somticas tornou possvel o cultivo totalmente in vitro de embries PIV. Sendo que vrios tipos de clulas
somticas tais como da granulosa, epiteliais de oviduto, uterinas e
clulas de linhagem estabelecidas para cultivo como clulas VERO e
clulas BRL (Buffalo rat Liver Cells) podem ser utilizadas.
Entretanto, com o desenvolvimento do meio SOF, que foi criado
baseado na constituio do fluido do oviduto de bovinos, foi eliminada a necessidade de co-cultivo (WATSON, 2000). Esse meio, contudo, requer uma atmosfera de 5% de 02, a qual difere da utilizada
para a MIV e FIV. Estudos tm demonstrado que o meio SOF tambm pode ser utilizado com alta tenso de O2 sem afetar o desenvolvimento embrionrio, desde que as clulas do cumulus remanescentes
no zigoto aps a FIV sejam mantidas (CORRA etal., 2008).
Aplicaes da PIV
A utilizao comercial dessa tcnica ainda est limitada ao custo, e
vai depender do balano entre o mrito gentico do produto (bezerro)
e o custo de sua produo. Entretanto, apesar do custo ainda ser alto,
a PIV est sendo gradualmente integrada a programas de melhoramento gentico, como uma ferramenta complementar para multiplicao animal.
Em termos prticos, o potencial da PIV fica mais evidente quando
se discute suas diferentes aplicaes. medida que o sistema PIV
melhora, novas alternativas surgem como a criopreservao do ocito
e do embrio para formao de bancos de germoplasma comercial ou
para preservao de espcies. No entanto, os maiores impactos da PIV
para a produo animal so: expanso gentica rpida pelo aumento
do nmero de produtos provenientes de fmeas geneticamente superiores; produo de embries de vacas com subfertilidade adquirida,
vacas em incio de gestao e vacas senis, bem como, bezerras pr-pberes; possibilidade de se estabelecer fbricas de embries com
grau de sangue definido segundo o ecossistema e sistema de produo; e sua aplicao associada sexagem de espermatozides produzindo vrias gestaes com apenas uma dose inseminante sexada.
biotecnologia
a) Animal doador
b) Cultura de clulas
doadoras
d) Enucleao
c) Ocitos
maturados
e) Transferncia
nuclear
i) Nascimento
dos clones
h) Transferncia
para receptoras
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biotecnologia
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Aplicaes biomdicas
O maior potencial da clonagem de animais de fazenda parece ser
para as aplicaes biomdicas. Desde a dcada de 1980, tem sido
possvel modificar mamferos geneticamente por meio da injeo de
cpias de genes desejveis no interior dos pr-ncleos no zigoto. No
entanto, esse mtodo extremamente ineficiente, pois a maioria dos
embries injetados no se desenvolve, e menos de 1% dos animais
nascidos apresenta a mudana gentica desejada (GABOR; GJERRIS,
2006). Alm disso, o mtodo pode introduzir somente novos genes
no genoma e estes podem causar problemas, porque o local de integrao aleatrio (PATERSON etal., 2003).
Aps vrias tentativas, a transferncia nuclear de clula somtica
tem se configurado na forma mais eficiente de produzir animais geneticamente modificados. Pela introduo de modificaes genticas nas
clulas doadoras e escolha daquelas com a mudana desejada para o
procedimento de clonagem, modificaes genticas mais precisas no
genoma animal podem ser garantidas. Ademais, pela perspectiva econmica e aplicaes biomdicas, a ineficincia da tecnologia de clonagem um problema menor, uma vez que os animais que sero criados tero um valor comercial relativamente alto. Adicionalmente, a
transferncia nuclear com clula somtica pode ser utilizada para uma
rpida multiplicao dos animais transgnicos, os quais iro carregar
as mudanas desejadas (PATERSON etal., 2003).
As duas aplicaes da transferncia nuclear animal que parecem
ser mais realistas para os prximos anos so a criao de animais
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biotecnologia
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Aplicaes agropecurias
Embora os problemas tcnicos e cientficos sejam similares a rea
biomdica, as aplicaes da clonagem na agropecuria tm sido altamente produtivas, por tornar eventualmente o procedimento vivel
com custo eficiente.
A clonagem tem sido utilizada para criar cpias de animais com
alto valor gentico, tais como vacas com alta produo de leite ou
touros com qualidade de carne superior (PATERSON etal., 2003).
Alternativamente, a clonagem pode ser utilizada para produzir cpias
de animais cuja linhagem so especialmente demandadas nos programas de cruzamento, e dessa forma, evitando a necessidade de repetir
vrios ciclos de cruzamento. Como exemplo, clonar um touro que tem
uma linhagem desejada e utiliz-lo para o cruzamento e aumentar o
nmero de filhos; ou clonar um grande nmero de animais para melhorar a qualidade gentica geral do rebanho (PATERSON etal., 2003).
A clonagem combinada com a modificao gentica animal tem
sido considerada uma melhor opo para competir com os esquemas
de cruzamentos tradicionais, uma vez que caractersticas que no
podem ser introduzidas de outra maneira nos animais podem, com
essa associao, ser disseminadas para uma populao. Nesse caso,
as principais estratgias de associao entre a clonagem e modificao gentica incluem o aumento da resistncia de uma animal a doenas, tais como a mastite (WALL etal., 2005), touros transgnicos que
produzem somente filhas fmeas ou somente filhos machos (FABER
etal., 2003), e vacas leiteiras que produzem casena modifica e alterao na sua proporo, melhorando desta forma a qualidade no leite
693
biotecnologia
etal., 2001), assim como em outras espcies, incluindo caprinos, ovinos e coelhos, mais de 65% dos embries de uma clula falham em
se desenvolver em mrula compacta ou blastocisto.
Aproximadamente 50% dos embries clonados de bovinos estabelecem prenhez aps a transferncia de um nico embrio em fmeas
receptoras. Entretanto, prximo dos 30 dias e continuando at 60 dias
de prenhez, a morte embrionria pode ocorrer em 50 a 100% das prenhezes de clone (ausncia de batimento cardaco e destacamento das
membranas fetais), caracterizando o segundo perodo de perdas de
prenhezes (EDWARDS etal., 2003).
As perdas nas prenhezes de fetos clonados so significativamente
mais altas que o esperado para animais provenientes de forma natural (HASLER, 1998). A avaliao da placenta de embries clonados na
idade entre 40 e 50 dias de gestao, revela que as placentas so hipoplsicas, parcialmente desenvolvidas, com cotildones rudimentares,
ou eventualmente normais quando comparadas com placentas derivadas de embries de fecundao in vitro (HILL etal., 2000).
O terceiro perodo de perdas tem sido notado associado com o
aumento de abortos espontneos durante o segundo trimestre de prenhez (EDWARDS etal., 2001). Exames macroscpicos e histopatolgicos dos fetos abortados tem demonstrado poucas anormalidades,
porm, a placenta frequentemente se apresenta de forma anormal,
com uma marcada reduo dos cotildones (menos de 20 cotildones,
quando se espera para este perodo 70 a 120 estruturas). As membranas fetais tambm se apresentam delgadas e edematosas (SCHLAFER
etal., 2000).
O quarto perodo de perdas observadas para prenhezes de bovinos clonados ocorre durante o terceiro trimestre, entre os dias 200 a
265 de gestao. As perdas durante esse perodo so caracterizadas
pela grande incidncia de hidroalantide e morte fetal (CHAVATTEPALMER etal., 2002). Alm disso, o hidroalantide acompanhado
pela reduo do nmero de placentomas, hipertrofia de cotildones
e edema de membrana intercoltiledornria (EDWARDS etal., 2003).
Anasarca fetal com edema generalizado do umbigo so usualmente
presentes. Dessa forma, a morte de fetos clonados ocorre primariamente devido a inadequada placentao (EDWARDS etal., 2003).
695
biotecnologia
Lquido aminitico e mecnio esto geralmente presentes no pulmo de todos os fetos a termo, indicando algum grau de estresse no
tero antes da morte. A maioria dos bezerros derivados de uma placenta anormal necessita de monitoramento intensivo e terapia aps
o nascimento para tratar toda uma infinidade de complicaes. Os
principais problemas encontrados so imaturidade pulmonar, hipertenso pulmonar, dificuldade respiratria, hipxia, hipotermia, hipoglicemia, acidose metablica, aumento de veias e artrias umbilicais
(HILL etal., 2000). No entanto, a severidade das complicaes pode
no ser evidente por vrios meses aps o nascimento.
De acordo com Vadja e Gjerris (2006), as anormalidades relacionadas com a tcnica de transferncia nuclear podem ser causadas pelos
seguintes fatores: inapropriada clula doadora ou ocito receptor; inapropriada sincronia entre a fase do ciclo celular do ncleo doador e o
citoplasma receptor; inadequada reprogramao do genoma doador;
inapropriada manipulao dos ocitos, clulas somticas e dos embries durante o cultivo; vrias manipulaes mecnicas, osmticas, eltricas, trmicas e outros tipos de danos.
Apesar da extrema ineficincia da clonagem com clulas somticas, h clones nascidos normais e saudveis, requerendo poucos cuidados aps o nascimento (LANZA etal., 2001). Pace etal. (2002) tm
observado similares taxas de crescimento, desempenho reprodutivo
e caractersticas lactacionais dos animais clonados em comparao
com bovinos leiteiros no clonados.
O sucesso da transferncia nuclear parece ser devido a uma suficiente atividade de reprogramao presente no citoplasma do ocito
para mudar completamente a clula adulta, mas a natureza dos fatores
envolvidos no tem sido precisamente caracterizada (ALLEGRUCCI
etal., 2005).
Consideraes finais
As biotcnicas de reproduo animal se encontram em vrias fases
de desenvolvimento. A inseminao artificial e a transferncia de
embrio so as tecnologias mais consolidadas, porm a fecundao
in vitro j assume lugar de destaque no cenrio nacional, especialmente para o criador da raa Nelore, pois a raa possui caracterstica
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Captulo21
Captulo
5
Biotecnologia agropecuria
e propriedade intelectual
Luciana Harumi Morimoto Figueiredo
Mnica Cibele Amncio
Chang das Estrelas Wilches
Introduo
A Propriedade Intelectual compreende os direitos conferidos, em
lei, para a proteo das criaes da mente humana, ou seja, proteo
do resultado do trabalho intelectual nos campos industrial, cientfico,
literrio e artstico. De acordo como o Artigo 2, Pargrafo VII, da
Conveno da Organizao Mundial da Propriedade Intelectual, assinada em Estocolmo, em 14 de julho de 1967, os direitos da propriedade intelectual dizem respeito s obras literrias, artsticas e cientficas; s interpretaes e s execues dos artistas; aos fonogramas e
s emisses de radiodifuso; s invenes em todos os domnios da
atividade humana; s descobertas cientficas; aos desenhos e modelos
industriais; s marcas industriais, comerciais e de servios, bem como
s firmas comerciais e denominaes comerciais; proteo contra
a concorrncia desleal e todos os outros direitos inerentes atividade
intelectual nos domnios industrial, cientfico, literrio e artstico.
As invenes so protegidas pelo sistema de patentes e esto relacionadas com uma ideia concretizada, nova e aplicvel industrialmente.
A inveno deve ser resultante de um experimento e pode estar relacionada a um processo ou a um produto, como uma mquina, um
artigo de manufatura, uma composio ou qualquer aperfeioamento
desses produtos.
No que diz respeito s protees das biotecnologias, vrios setores
da propriedade intelectual podem estar envolvidos. Um exemplo do
envolvimento dos diversos tipos de proteo na rea biotecnolgica
o famoso queijo Roquefort (legalmente reconhecido na Frana desde
1411), que depende da seleo e cultivo de um micro-organismo particular, Penicillium roqueforti, usado na fermentao do queijo. Esse
711
biotecnologia
queijo foi originado na vila Roquefort-sur-Soulzon na Frana e amadurecido nas cavernas calcrias dessa regio. O sistema de propriedade intelectual tem sido utilizado durante vrios anos para proteger
os interesses dos comerciantes de queijo no distrito de Roquefort.
Alguns aspectos do processo de se fazer o queijo usado no distrito
de Roquefort esto protegidos como segredo industrial. A Roquefort
Socit des Caves foi estabelecida em 1842 e formada por produtores locais e registrou uma marca distintiva oval em 1863. O governo
francs, em 1924, concedeu reconhecimento formal para o termo
Roquefort como uma proteo de denominao de origem (forma
de indicao geogrfica). Proteo similar foi adquirida no exterior,
por exemplo, a comunidade Roquefort registrou, em 1952, a palavra
Roquefort como uma marca de certificao para queijo nos Estados
Unidos, com a seguinte condio A marca de certificao usada
sobre os produtos para indicar que os mesmos foram manufaturados com leite de ovelha e que foram curados em cavernas naturais
da Comunidade de Roquefort, departamento de Aveyron, Frana.
(WIPO, 2007)1.
Enquanto a biotecnologia tem se desenvolvido rapidamente nos
anos recentes, as principais aplicaes da biotecnologia na agricultura foram identificadas h muito tempo e tm contribudo enormemente para o aumento na produo e qualidade do produto. A proteo de micro-organismos e processos relacionados pelo sistema
de patente tambm possui uma longa histria. Em 1873, o cientista
francs Louis Pasteur recebeu uma patente americana (US135245
Figura 1) pelo mtodo de purificar levedura para uso na indstria de
cerveja, para leveduras derivadas desse mtodo e para o equipamento
usado na purificao da levedura, com base no melhoramento significativo da tecnologia de produo da cerveja que foi revelada no documento de patente.
World Intellectual Property Organization (WIPO), 2007: Apostila do WIPO Advanced Course:
Biotechnology and Intellectual Property.
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World Intellectual Property Organization (WIPO), 2007: Apostila do WIPO Advanced Course:
Biotechnology and Intellectual Property.
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Pesquisas epidemiolgicas ou aquelas que visem identificao de agentes etiolgicos de doenas, assim como a medio da
concentrao de substncias conhecidas cujas quantidades, nos
organismos, indiquem doena ou estado fisiolgico.
Pesquisas que visem formao de colees de ADN, tecidos,
germoplasma, sangue ou soro.
A autorizao de acesso e remessa de amostra de patrimnio gentico para fins de pesquisa cientifica concedida pelo Ibama ou CNPq,
na qualidade de instituio credenciada pelo CGEN, desde que no
haja acesso ao conhecimento tradicional associado. As autorizaes
de acesso e remessa de amostras de patrimnio gentico e (ou) conhecimento tradicional para fins de bioprospeco e de desenvolvimento
tecnolgico so concedidas, exclusivamente, pelo CGEN6.
Sistema de patentes
Conforme pode ser observado, o mecanismo de proteo das invenes biotecnolgicas pode envolver uma srie de segmentos da propriedade intelectual, mas um dos principais mecanismos de proteo atravs do sistema de patentes. O documento de patente de
extrema importncia para esse tipo de proteo e ele composto basicamente de: relatrio descritivo (descreve a inveno, de modo a ser
reproduzvel por um tcnico da rea, podendo incluir na maioria das
vezes, a citao de exemplos), reivindicaes (define a matria que o
inventor pretende proteger) e resumo (apresenta as informaes bsicas da inveno para efeito de divulgao). Dependendo do caso, o
documento de patente pode ter ainda desenhos (servem para facilitar
a compreenso da inveno) e listagem de sequncias (sero necessrias se, na inveno, estiverem contidas sequncias novas que sero
reivindicadas, quer se trate de sequncias de cidos nucleicos, quer
de aminocidos). Cada uma das partes do documento possui sua particularidade; no entanto, o relatrio descritivo e as reivindicaes so
fundamentais para esse tipo de proteo (FIGUEIREDO etal., 2008).
No relatrio descritivo de um documento de patente, a inveno
deve estar revelada de forma detalhada para que uma pessoa ver J est em andamento o credenciamento do CNPq para essas atividades (deliberao em
vias de publicao).
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quisadores ter conhecimento do que est livre para ser utilizado (freedom to operate).
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Alm disso, quando o levantamento feito precocemente, h possibilidade de redirecionar a pesquisa para a obteno de um produto
ou de um processo passvel de proteo.
A busca de informaes tecnolgicas tambm permite a identificao de nichos no explorados, o que pode orientar linhas de pesquisa.
Oferece ainda uma noo do interesse mercadolgico ou do potencial
de mercado da tecnologia.
A organizao das informaes contidas nos documentos de patente
feita segundo uma normatizao estabelecida por um tratado internacional (Strabourg Agreement, 1971): a classificao internacional
de patentes (CIP). Essa classificao tem como objetivo a uniformizao do arquivamento de dados tecnolgicos, distribuindo-os em
oito sees do conhecimento, as quais esto divididas em subsees,
classes, subclasses, grupos e subgrupos. As oito sees da CIP so:
Necessidades humanas (A).
Operaes de processamento; transporte (B).
Qumica; metalurgia (C).
Txteis; papel (D).
Construes fixas (E).
Engenharia mecnica; iluminao; aquecimento; armas;
exploso (F).
Fsica (G).
Eletricidade (H).
A rea biotecnolgica abrangida pelas sees A e C. Mais especificamente, a subclasse C12N a que possui maior relao com a biotecnologia moderna Micro-organismos ou enzimas; composies
das mesmas; propagao, preservao ou manuteno dos micro-organismos; mutao ou engenharia gentica; meio de cultura. A busca
dos documentos de patente por meio da utilizao da classificao
internacional uma ferramenta extremamente til e eficiente para
recuperar os principais documentos protegidos na rea de interesse.
Alm da Classificao Internacional de Patentes (CIP), existem
classificaes locais utilizadas por algumas bases de patente, como
o caso da base do escritrio europeu (http://ep.espacenet.com), do
escritrio americano (www.uspto.gov) e da Derwent (http://apps.isiknowledge.com). A Derwent Innovations Index possibilita o acesso
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a mais de 14,800,000 documentos de patente com links para patentes citadas e documentos citando determinada patente, artigos citados e o texto completo do documento de patente. A classificao da
Derwent que est mais relacionada com a rea agrobiotecnolgica
a C06, que diz respeito biotecnologia, incluindo gentica de plantas
e vacinas veterinrias.
Todas as informaes contidas no documento de patente possuem
um elevado valor tecnolgico. Segundo informaes do Instituto
Nacional da Propriedade Industrial (MAYERHOFF, 2005)7, cerca de
80% de toda informao sobre tecnologias encontra-se nos bancos
de dados sobre patentes. Isso significa que, ao se realizar uma busca
bibliogrfica, sem prvia consulta aos bancos de dados de patente, o
pblico ter acesso a apenas 20% da informao existente no mundo, o
que poder impactar negativamente os resultados de muitas pesquisas.
Dados da OECD (2006) mostram que patentes em biotecnologia
tm crescido mais rapidamente do que todos os depsitos de patente
ocorridos no escritrio europeu de patentes (EPO). Entre 1991 e 2002,
o nmero de patentes biotecnolgicas cresceu 8,3% ao ano, enquanto
o depsito de patentes na EPO cresceu cerca de 5%. A taxa de crescimento mundial de patentes na rea de biotecnologia comeou a
aumentar a partir de 1994. Depois de um crescimento constante na
dcada de 1990, o nmero de pedidos de patentes de biotecnologia
depositados sob o acordo internacional de patentes (PCT)8 diminuiu
de mais de 11 500 pedidos em 2000 para 8 700 em 2006 (-4,6% ao ano
OECD, 2009). Por outro lado, o nmero total de pedidos de patente
PCT aumentou uma mdia de 5,7% ao ano de 2000 a 2006. O surto de
patentes de biotecnologia no final dos anos 1990 foi, em parte devido
aos pedidos de patentes relativos ao genoma humano, enquanto a
recente diminuio explicada por muitas vezes mais rigorosas
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Figueiredo etal. (2006) demonstraram que a maior parte das protees biotecnolgicas no Brasil est na rea de preparaes medicinais,
e a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuria (Embrapa) lidera o
nmero de depsitos brasileiros na rea de composies biocidas,
repelentes ou atraentes de pestes e reguladores de crescimento de
plantas. Entre todos os pedidos de patente da Embrapa, a rea de controle biolgico foi a mais focada nos tipos de protees da empresa. O
trabalho tambm revelou que a maior parte dos pedidos da Embrapa
est centralizada principalmente na rea biotecnolgica agropecuria.
Caractersticas do
Projeto ou Soluo
proposta
Resultado que se
espera alcanar
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o diagrama, ao identificar todas as caractersticas de possveis solues, deixa perceber possibilidades at ento no imaginadas, durante
a busca de informaes em documentos de patente.
Existem algumas bases de dados que so gratuitas e trazem informaes muito amplas. Algumas permitem acesso ao texto completo
da patente, incluindo as figuras. H tambm bases de dados privadas
que so bem qualificadas, mas, em geral, muito caras. As principais
bases gratuitas utilizadas para busca de documentos de patente so:
Escritrio brasileiro de propriedade intelectual (INPI): www.
inpi.gov.br (http://pesquisa.inpi.gov.br/MarcaPatente/jsp/servimg/servimg.jsp?BasePesquisa=Patentes) recuperao de
documentos de patente brasileiros com acesso ao documento
na ntegra atravs do escritrio europeu de patentes.
Escritrio norte-americano de patentes e marcas (USPTO):
www.uspto.gov (http://www.uspto.gov/patents/process/search/
index.jsp) recuperao de documentos de patentes americanos com acesso ao documento na ntegra.
Escritrio europeu de patentes (Espacenet): http://ep.espacenet.
com/ recuperao de documentos de patente do mundo todo
com possibilidade de acessar o documento na ntegra.
Para muitos Institutos de Pesquisa, atravs do portal da CAPES,
h a possibilidade de acessar a base da Derwent (apps.isiknowledge.
com), que uma tima base privada e possibilita o acesso aos documentos de patente do mundo todo.
A busca em documentos de patente pode ser realizada por: (i) cruzamento de palavras-chave; (ii) classificao internacional de patentes; e (iii) por combinao de (i) com (ii).
O primeiro tipo, cruzamento de palavras-chave, familiar aos pesquisadores que o utilizam para fazer o levantamento bibliogrfico,
especialmente quando recorrem a ferramentas de pesquisa (search
engines) da web (World Wide Web), tais como o Google, o Yahoo e
outros. O sucesso desse tipo de busca depende diretamente da qualidade da estratgia montada para encontrar a informao desejada.
Palavras de significado geral, como process, analysis, gene, apparatus
e semelhantes dificultam muito o direcionamento da busca.
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Esses estudos de monitoramento tecnolgico so muito importantes para formao de parcerias, conhecimento do portflio tecnolgico na rea de interesse, planejamento de pesquisa, entre outros.
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Consideraes finais
O crescente volume de conhecimento gerado por intermdio da biotecnologia unido ao avano do sistema de patentes nos pases detentores desse conhecimento torna imprescindvel um monitoramento
das tecnologias de interesse para que o Brasil no fique eternamente
dependente do monoplio das empresas multinacionais e aumente
seu potencial tecnolgico. Estudos mostram a tendncia no aumento
do nmero de depsitos de pedido de patente no setor agrobiotecnolgico, o que intensifica a importncia de um melhor conhecimento
do sistema de proteo por patentes e sua utilizao como fonte de
informao tecnolgica.
Para que se obtenha xito no processo de internalizao do conhecimento de propriedade intelectual no meio acadmico, detentor do
conhecimento, importante que os pesquisadores incorporem em sua
metodologia de pesquisa a busca em bancos de patente. Dessa forma,
poderemos reduzir gastos com pesquisas em duplicata, evitar a infrao de tecnologias de terceiros e aumentar a formao de parceiras e
o portflio de tecnologias a serem utilizadas na pesquisa.
Referncias
AUSTRALIA. Australia Patent Office: Pattents Act 1990. Disponvel em: <http://
www.austlii.edu.au/au/legis/cth/consol_act/pa1990109/>. Acesso em: agosto de
2010.
BRASIL. Medida provisria n. 2.186-16, de 23 de agosto de 2001. Conveno sobre
Diversidade Biolgica, dispe sobre o acesso ao patrimnio gentico, a proteo
e o acesso ao conhecimento tradicional associado, a repartio de benefcios e o
acesso tecnologia e transferncia de tecnologia para sua conservao e utilizao,
e d outras providncias. Disponvel em: <http://www.planalto.gov.br/ccivil_03/
mpv/2186-16.htm>. Acesso em: 15 jul. 2010.
BRASIL. Lei N 9.279, de 14 de maio de 1996. Lei da propriedade industrial. Regula
direitos e obrigaes relativos propriedade industrial. Disponvel em: < http://
www.planalto.gov.br/ccivil_03/Leis/L9279.htm> Acesso: 16 jul. 2010.
CHAN, H.p.International Patent Behavior of Nine Major Agricultural
Biotechnology. AgBioForum, v.9, n. 1,p.59-68, 2006.
European Patent Convention (EPC 1973). Disponvel em: <http://www.epo.org/
patents/law/legal-texts/html/epc/1973/e/contents.html>. Acesso em: ago. de 2010.
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Impresso e acabamento
Embrapa Informao Tecnolgica
O papel utilizado nesta publicao foi
produzido conforme a certificao
do Bureau Veritas Quality International
(BVQI) de Manejo Florestal.