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MÓDULO III
Atenção: O material deste módulo está disponível apenas como parâmetro de estudos para
este Programa de Educação Continuada. É proibida qualquer forma de comercialização do
mesmo. Os créditos do conteúdo aqui contido são dados aos seus respectivos autores
descritos nas Referências Bibliográficas.
MÓDULO III
TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO
1. Código genético
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Essas 64 combinações ou códons têm papel específico na síntese de
proteínas, pois 61 códons representam aminoácidos e três causam o término da
síntese de proteínas, por não especificarem nenhum aminoácido. Por existir um
número maior de códons (61) do que de aminoácidos (20), quase todos os
aminoácidos são representados por mais de um códon (Figura 2).
A descoberta de que o código genético é lido em trincas foi feita por Brenner
e Crick, em 1961. Mas, somente em 1966, pela ação de vários pesquisadores, foi
desvendado todo o código genético.
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diversos organismos, desde as bactérias até o homem. Ou seja, todos os
organismos vivos são descendentes de um único grupo de célula primitiva. As
mudanças significativas no genoma principal de uma espécie são determinadas
pelos códons de terminação.
Os códons UAA, UGA e UAG não são reconhecidos por nenhum tRNA (RNA
transportador), determinando assim, uma parada no processo ao cessar a
incorporação de aminoácidos, portanto, o térmido da síntese de proteínas. Esses
códons são chamados de códons de terminação, códon de parada, ou ainda stop
codon.
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têm tRNA correspondente. Então, o ribossomo se desassocia para ser reutilizado na
tradução de outro mRNA (Figura 3).
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2. Processo de transcrição (iniciação, alongamento e término)
2.1. Iniciação
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duas fitas. É necessário que os nucleotídeos de um dos filamentos estejam
disponíveis a novos pareamentos. A RNA polimerase deve desenrolar o DNA dupla
hélice, formando uma bolha de transcrição, cerca de 17 pares de bases
desenrolados.
2.2. Alongamento
2.3. Término
Local
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3. Enzimas Polimerases
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RNAP I são compostos por dois domínios, um localizado entre -45 e +25 (domínio
central ou núcleo do promotor), e o outro localizado entre -107 e -180 (domínio
upstream ou elemento a montante). A transcrição nesse sistema necessita dos
fatores de transcrição (auxiliares): UBF1 e SL1. O fator UBF 1 é uma proteína que se
liga em regiões do DNA ricas em G/C, sendo que uma molécula UBF 1 irá se ligar ao
núcleo promotor e outra ao elemento controlador (UCE). O fator SL1 é um complexo
formado por um fator geral de transcrição, a proteína TBP, associado a outras três
proteínas acessórias, as TAFs. Os fatores UBF1 e SL1 se ligam especificamente ao
DNA, fazendo com que a RNAP I se ligue ao núcleo promotor, e a transcrição se
inicie.
A RNA polimerase II sintetiza os mRNAs. Todos os pré-mRNAs das células
são sintetizados pela RNAP II, que, portanto, transcreve a maior parte dos RNA
heterogêneos nucleares (hnRNA) precursores dos mRNAs. As RNAPs II possuem
três subunidades maiores de 210, 140 e 50 kDa e vários componentes menores (de
6-8). As três subunidades maiores relacionam-se com os componentes β’, β e α da
RNAP de E. coli.
A RNA polimerase III sintetiza os tRNA, rRNA 5S, e outros RNAs. Essas
polimerases catalisam a síntese de cerca de 10% do RNA da célula, do rRNA 5S,
dos tRNAs, e de outro pequenos RNAs. A enzima é a mais complexa das RNAPs,
com tamanho aproximado de 700 kDa, sendo formado por cerca de 14 subunidades.
Assim como as outras RNAPs, 2 subunidades são maiores, com 160 e 128 kDa, e
têm identidade com as correspondentes subunidades de RNAP II.
Embora consigam sintetizar RNA a partir de nucleotídeos livres, as RNAs
polimerases sempre precisam de proteínas acessórias, chamadas de fatores de
transcrição, que auxiliem o início da transcrição. São estes fatores que identificam ao
longo de um gene as sequências específicas no DNA que indicam o local de início
da transcrição, ou seja, a partir de qual base o gene deve ser copiado em RNA. O
primeiro par de bases do segmento de DNA que será transcrito é chamado de sítio
de início e recebe o valor +1. Sequências anteriores ao sítio de início são chamadas
upstream sendo que as bases progridem negativamente (-1, -2, -3...) a partir do +1
para trás. Sequências localizadas após o sítio de início são chamadas dowstream, e
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progridem positivamente (+2,+3, +4...).
As sequências reguladoras da transcrição podem ser divididas em dois tipos:
promotores e elementos reforçadores (enhancers). Essas sequências reguladoras
nada mais são do que um padrão de bases encontrado em todos os genes. A
decodificação do código acontece por intermédio de um agente específico capaz de
decodificar esse código, se aproximando e atuando sobre ele. Isto se dá de duas
formas: ligando-se a ele e assim sinalizando a outros agentes o local de ação
(promotor), ou ainda liga-se ao código, mas para modular a atividade de outros
agentes (enhancer). Por estarem presentes em todos os genes, podem ser
chamados de região, consenso ou conservada, termos que também se aplicam para
outras sequências que não somente regulam, mas sinalizam.
Os promotores para transcrição no DNA são inicialmente reconhecidos por
fatores de transcrição que, ligados ao DNA, interagem com outros fatores, formando
um complexo aos quais as RNAPs se associam. Os promotores são, em geral,
sequências de 100 a 200 pb. Eles sempre estão próximos ao sítio de início da
transcrição e possuem sequências consenso, comuns a todos os promotores, que
são reconhecidas pelos fatores de transcrição. Eles são responsáveis por uma
transcrição em nível basal – muito baixo.
Os enhancers são sequências pequenas de DNA que podem ocorrer na
região 5' do gene, antes do promotor ou após o terminador, e ativam a expressão.
Podem estar muito distantes do promotor (até milhares de pb) e ainda assim serem
ativados. Alguns desses elementos de regulação dão a especificidade à transcrição,
tanto temporal quanto tecido-específico.
O processo pode ser dividido em três partes: iniciação, alongamento e
terminação.
Iniciação:
O primeiro passo da transcrição requer regiões reguladoras, acoplamento de
fatores de transcrição, e fatores de RNAP II. O início da transcrição em genes que
utilizam RNAP II é complexo e envolve uma cascata, na qual vários fatores de
transcrição vão se ligando ao DNA. Primeiramente há ligação de um fator ao TATA
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Box. Essa ligação sinaliza para que outros fatores se liguem entre si e a outros
elementos do promotor. Quando todos os fatores já estiverem em seus devidos
locais, o complexo estará pronto para receber a RNAP II e formar o chamado
complexo de iniciação da transcrição. A RNAP II é responsável por abrir as fitas de
DNA, e colocar a primeira base. Essa abertura das cadeias forma a bolha de
transcrição, estrutura que é característica do processo. Para ativar a transcrição,
outros fatores ligam-se ao enhancer e interagem com o complexo de iniciação da
transcrição.
Alongamento:
É o aumento da cadeia de RNA para os quais outros fatores acessórios são
necessários. Os fatores utilizados no complexo de iniciação da transcrição são
liberados e a RNAP II sofre alterações na sua conformação. A bolha de transcrição
move-se sobre o molde de DNA, abrindo o DNA à frente e fechando atrás de si. Um
duplex híbrido DNA-RNA forma-se dentro da bolha à medida que o RNA é
sintetizado. Os erros na sequência da cadeia produzidos nesta etapa são
cuidadosamente corrigidos pela RNA polimerase.
Terminação:
Muito pouco se conhece sobre o término da transcrição. Sabe-se que todas
as três RNAPs terminam a síntese em regiões consenso do DNA ricas em T. Essas
regiões são sinais codificados pelo DNA, que indicam onde deve ser a extremidade
3'. Esses sinais são reconhecidos por enzimas que se ligam ao RNA, clivando-o
para formar a extremidade 3', ou seja, o sítio de clivagem precede esta região
consenso. Após a clivagem, esses nucleotídeos que compunham a região consenso
sinalizadora para a clivagem, são degradados no núcleo.
4. Transcrição em procariotos
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sequências específicas no DNA (promotor);
- Iniciação: nessa etapa ocorre a formação do complexo de iniciação, que é
quando a hélice dupla do DNA é aberta, a partir do rompimento das pontes de
hidrogênio;
- Alongamento: o alongamento da cadeia de RNA ocorre quando os
ribonucleotídeos são incorporados, sucessivamente, originando a cadeia nascente
de RNA;
- Terminação: o término da transcrição ocorre quando sequências no DNA
são reconhecidas (terminador) e a síntese de RNA é cessada, liberando o complexo
RNAP, a molécula sintetizada de RNA e a molécula de DNA.
5. Tradução
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RIBOSSOMO
Subunidade pequena
Subunidade
grande
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Figura 5. Diferença entre a estrutura do ribossomo em procariotos e eucariotos. O
ribossomo em procariotos apresenta coeficiente de sedimentação de 70S, com subunidades de 50S e
30S, enquanto em eucariotos o coeficiente de sedimentação do ribossomo é de 80S, com
subunidades de 60S e 40S.
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5.2. Processo da tradução
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novo tRNA carregado.
Alongamento (Tradução)
Anticódon
tRNA
Continuação do Alongamento
Stop códon
Este processo
Síntese
continua até alcançar
da
um stop códon
proteína
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Terminação
Proteína recém-sintetizada
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♦ Braço aceptor (acceptor arm): consiste numa haste de sete pares de
bases, com uma região pareada entre as extremidades 5’ e 3’ do tRNA, a qual
contém na região 3’ uma sequência de fita simples conservada, CCA 3’, com o
grupamento livre 3’-OH livre;
♦ Braço TΨC (TΨC arm and loop): consistem numa haste de cinco pares
de bases, em geral, cinco pareamentos formando a haste e, na alça apresenta a
base não usual pseudouridina (Ψ);
♦ Braço D (D arm and loop): consiste numa haste de três a quatro pares
de bases que termina numa alça de cinco a sete nucleotídeos. O nome de braço D
ocorre em função da presença de bases modificadas (diidrouridina-D);
♦ Braço anticódon (anticódon arm and loop): consiste numa haste de
cinco pares de bases que termina em um laço que contém a trinca do anticódon no
centro da sequência, correspondendo à alça desse braço;
♦ Braço variável: é o braço que apresenta maiores variações entre os
tRNAs. Em alguns tRNAs esse braço apresenta uma sequência de 3-5 bases, em
outros esse braço pode ser longo apresentando até 7 pares de bases. 75% dos
tRNAs presentes na célula apresentam braço pequeno.
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Figura 6. Estrutura secundária dos tRNAs em folha de trevo, ilustrando os braços e regiões
pareadas da estrutura.
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permanecem na estrutura terciária, surgindo uma estrutura tridimensional com duas
hélices duplas em ângulo específico. A haste da região aceptora e a haste TΨC
representam uma hélice dupla contínua e as hastes do anticódon e D formam a
segunda hélice dupla. A região entre as hélices duplas é que forma a volta da forma
L, contendo as alças D e TΨC, posicionando a região 3’ onde se liga o aminoácido,
e a região do anticódon nas duas extremidades do L. Essa estrutura é mantida pela
presença de bases modificadas covalentemente, e pelos grupamentos fosfato. A
estrutura terciária determina a compactação dos tRNAs.
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6. Controle da expressão gênica e o operon
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proteína CAP é responsável por esta ativação, em conjunto com o cAMP (AMP
cíclico). Na presença de glicose os níveis celulares de cAMP ficam muito baixos, e a
proteína CAP não se liga ao seu sítio logo acima do operon lac. Na ausência de
glicose os níveis de cAMP aumentam, este interage com CAP, e ocorre a ligação ao
DNA em locais adequados.
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