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O tamanho do corpo é uma característica chave do ciclo de vida que influencia a montagem da
comunidade ao afetar como os processos ecológicos operam no nível do organismo. No
entanto, ainda é desconhecido em que medida as influências relativas dos processos
ecológicos medeiam a montagem de organismos do solo de tamanhos diferentes. Aqui,
investigamos a montagem da comunidade de microrganismos e microfauna do solo de
tamanhos diferentes usando um esforço de amostragem em escala continental combinado
com uma meta-análise em escala global. Nossos resultados revelam uma relação geral entre o
tamanho do corpo do organismo e o equilíbrio estocástico-determinístico que opera na
montagem da comunidade. Os microrganismos mais pequenos (bactérias) são relativamente
mais influenciados por processos estocásticos baseados em dispersão, enquanto os maiores
(fungos, protistas e nematoides) são mais estruturados por processos determinísticos baseados
em seleção. Este estudo elucida uma relação significativa e consistente entre uma característica
do ciclo de vida do organismo e como processos ecológicos distintos operam na mediação de
suas respectivas montagens de comunidades, proporcionando assim uma melhor
compreensão dos mecanismos que sustentam a biodiversidade do solo.
Foram obtidas 26.994 sequências bacterianas, 29.312 fúngicas e 16.089 protistas por amostra,
após a exclusão de singleton e a rarefação para uma profundidade uniforme. Essas sequências
foram agrupadas em 10.379 OTUs bacterianas, 3.541 fúngicas e 4.716 protistas,
respectivamente. A atribuição taxonômica em níveis mais altos das sequências indicou a
presença de 47 grupos bacterianos, 27 grupos fúngicos e 39 grupos protistas (Figura
Suplementar 1). Vinte e oito grupos com uma abundância relativa ≥1% e presença ≥80% de
todas as amostras foram selecionados para análises posteriores. Isso resultou em 10 grupos
bacterianos representando 95,5% de todas as sequências bacterianas (a abundância relativa
média variou entre 2,6% (Gemmatimonadetes) e 27,1% (Actinobacteria)), 7 grupos fúngicos
representando 79,8% de todas as sequências fúngicas (a abundância relativa média variou
entre 1,1% (Chytridiomycota) e 21,1% (Eurotiomycetes)), e 11 grupos protistas representando
80,8% de todas as sequências protistas (a abundância relativa média variou entre 1,3%
(Discosea) e 22,9% (Glissomonadida)).
As relações de decaimento com a distância (DDRs) foram utilizadas para estimar a diminuição
da similaridade da comunidade de bactérias, fungos e protistas em toda a Ásia Oriental,
abrangendo uma distância geográfica de 4165 km (Figura 3a). As DDRs para os três grupos de
organismos foram significativas (P < 0,001), com uma inclinação mais acentuada para os fungos
(inclinação = -0,58, R² = 0,25) do que para as bactérias (inclinação = -0,32, R² = 0,28) e protistas
(inclinação = -0,35, R² = 0,16). Observou-se consistentemente DDRs significativas para os 28
grupos selecionados (Figura Suplementar 4). As inclinações das DDRs para as bactérias
variaram entre -0,11 (Alphaproteobacteria) e -0,30 (Gammaproteobacteria), para os fungos
entre -0,20 (Basidiomycota) e -0,36 (Leotiomycetes), e para os protistas entre -0,11
(Labyrinthulomycetes) e -0,29 (Ochrophyta). Entre os 28 grupos de organismos, observou-se
que tanto a inclinação do decaimento com a distância (R² = 0,24, P < 0,01) quanto a metade da
distância (R² = 0,17, P < 0,05) estavam significativamente correlacionadas negativamente com
os logaritmos do tamanho corporal, mas a similaridade inicial não se correlacionou
significativamente com o tamanho corporal (R² = 0,09, P = 0,13; Figura 3b-d).
A análise de partição de variação foi utilizada para medir a influência relativa de gradientes
ambientais e espaciais nas comunidades bacterianas, fúngicas e protistas (Figura 3e e Tabela
Suplementar 1). Fatores ambientais puros, incluindo MAT, MAP e pH, explicaram 2,6%, 1,7% e
1,1%, enquanto os fatores espaciais explicaram 9,8%, 12,8% e 8,9% da variância nas
comunidades bacterianas, fúngicas e protistas, respectivamente. Para os 28 grupos de
organismos selecionados, os fatores espaciais explicaram mais da variação (2,6–19,5%) do que
os fatores ambientais (1,2–7,3%). Para metade dos 28 grupos selecionados, apenas os fatores
espaciais explicaram significativamente sua variação (5,7–15,0%). Em geral, as variações nas
comunidades foram amplamente explicadas pela combinação de fatores espaciais e ambientais
(2,9–25,7%), implicando em uma alta autocorrelação entre fatores espaciais e fatores
ambientais como MAT, MAP e pH (P < 0,05, Figura Suplementar 5).
O modelo β-null baseado na abundância foi utilizado para quantificar as influências relativas de
processos distintos de montagem de comunidades. Valores altos e baixos de desvio nulo
(NDVs) indicam maior influência de processos determinísticos e estocásticos, respectivamente.
Os resultados mostraram que os três grupos de organismos desviaram das previsões neutras,
com as comunidades fúngicas (média NDVs = 0,67) e protistas (média NDVs = 0,52) exibindo
desvios beta-nulos significativamente maiores do que as comunidades de bactérias (média
NDVs = 0,41, P < 0,001; Figura 4a, b). Os NDVs dos organismos do solo estavam
significativamente correlacionados positivamente com os logaritmos de seus tamanhos
corporais (R² = 0,39, P < 0,001, Figura 4c). Essa correlação positiva também existia dentro dos
grupos bacterianos (R² = 0,15, P < 0,001), fúngicos (R² = 0,36, P < 0,001) e protistas (R² = 0,13, P
< 0,001).
Calculamos a taxa de dispersão (m) para cada OTU ajustando a distribuição de frequência dos
dados ao modelo neutro de Sloan. Entre os 28 grupos de organismos selecionados, os grupos
bacterianos (média R² = 0,49) sempre puderam ser melhor ajustados ao modelo neutro do que
os grupos fúngicos (média R² = 0,09) e protistas (média R² = 0,22) (Tabela Suplementar 2). A
comunidade bacteriana apresentou taxas de dispersão significativamente mais altas (m = 0,10)
do que as comunidades fúngicas (m = 0,01) e protistas (m = 0,02) (P < 0,05; Figura 4 a, f e
Tabela Suplementar 2). Detectamos uma correlação significativamente negativa entre os
logaritmos dos tamanhos corporais e as taxas de dispersão (R² = 0,31, P < 0,001) entre os 28
grupos de organismos selecionados; no entanto, nenhuma correlação significativa foi
encontrada dentro dos grupos taxonômicos (R² = 0,01−0,26, P > 0,05; Figura 4g). Além disso, as
taxas de dispersão foram significativamente negativamente correlacionadas com os NDVs (R² =
0,45, P < 0,001; Figura 4i) e houve uma correlação positiva significativa entre as taxas de
dispersão e os OMIs (R² = 0,03, P < 0,001; Figura 4j).
Para obter uma compreensão mais aprofundada dos processos de montagem da comunidade
em diferentes tamanhos corporais, foram comparados os NDVs de organismos com tamanhos
corporais variados usando dados globais previamente publicados (variando de -78 N a +79 N,
incluindo ~3966 conjuntos de dados contendo bactérias, fungos, protistas e nematoides; Figura
5a). Nossos conjuntos de dados abrangeram múltiplos ecossistemas, como pastagens,
florestas, tundra, desertos e arbustos (Figura 5b, c). Em geral, o valor médio de NDV dos
nematoides (0,63) foi significativamente maior do que o dos protistas (0,59), fungos (0,55) e
bactérias (0,37) (P < 0,001). Especificamente, para quase todos os grupos de organismos, o
NDV mais alto foi encontrado em desertos (0,40, 0,34 e 0,77 para bactérias, fungos e
nematoides, respectivamente) e em pastagens temperadas para protistas (0,59); o NDV mais
baixo para bactérias, fungos, protistas e nematoides ocorreu em florestas de coníferas
temperadas (0,34), florestas de folhas largas úmidas temperadas e florestas de coníferas
temperadas (0,55), bosques de pântanos (0,30) e florestas de folhas largas úmidas temperadas
(0,60), respectivamente.
O tamanho corporal dos 38 grupos selecionados nos metadados variou de 0,2 a 904 μm (Figura
5d e Dados Suplementares 1). Os comprimentos médios de células/corpos de bactérias (19
grupos) variaram de 0,2 μm (Elusimicrobia) a 5 μm (Nitrospirae), de fungos (8 grupos) de 5 μm
(Chytridiomycota) a 130 μm (Glomeromycetes), de protistas (6 grupos) de 8 μm
(Glissomonadida) a 27 μm (Discosea), e de nematoides (5 grupos) de 357 μm (Bacterívoros) a
904 μm (Predadores). O maior NDV ocorreu em Verrucomicrobia bacterianos (0,58),
Glomeromyceta fúngicos (0,57), Discosea protistas (0,64) e predadores de nematoides (0,71); o
menor NDV ocorreu em TM6 bacterianos (0,14), Chytridiomycota fúngicos (0,16), Myxogastria
protistas (0,54) e bacterívoros de nematoides (0,58; Figura 5d e Figura Suplementar 6).
Uma correlação positiva significativa ocorreu entre o NDV e os logaritmos dos tamanhos
corporais em todos os grupos (R2 = 0,39, P < 0,001), o que também existiu dentro dos grupos
bacterianos (R2 = 0,19, P < 0,001), fúngicos (R2 = 0,27, P < 0,001), protistas (R2 = 0,33, P <
0,001) e de nematoides (R2 = 0,01, P < 0,001; Figura 5e). Essas relações também apareceram
em todos os ecossistemas para todos os grupos selecionados (P < 0,001; Figura Suplementar
7), com inclinações variando de 0,043 (florestas boreais) a 0,075 (Mediterrâneo), e com o R2
variando de 0,22 (tundra) a 0,49 (Mediterrâneo). Para os grupos bacterianos, fúngicos e
protistas, foram encontradas relações positivas entre os tamanhos corporais e os NDVs em
todos os ecossistemas observados (P < 0,001), com R2 variando de 0,16 (deserto) a 0,31
(florestas de coníferas temperadas) para comunidades bacterianas, 0,14 (savanas) a 0,29
(florestas boreais) para comunidades fúngicas, e 0,15 (pastagens temperadas) a 0,69 (pântano)
para comunidades de protistas. Para os nematoides, foram observadas relações significativas
na maioria dos ecossistemas, exceto na tundra, com R2 variando de 0,03 (florestas tropicais
úmidas) a 0,16 (pastagens temperadas).
Discussão
As relações de decaimento com a distância (DDRs) estavam presentes para todos os grupos
microbianos testados, indicando que os microorganismos não estão distribuídos de forma
ubíqua no espaço. Os padrões biogeográficos dos diferentes grupos de microorganismos do
solo diferiram significativamente na medida em que são influenciados pela seleção ambiental,
em oposição à limitação de dispersão. A inclinação do DDR se acentuou e a metade da
distância diminuiu com o aumento do tamanho corporal (Figura 3), destacando que o tamanho
corporal determinou os padrões biogeográficos observados. A análise de partição de variação
revelou que os fatores espaciais, em vez dos fatores ambientais, foram consistentemente
importantes impulsionadores da variabilidade observada nas comunidades microbianas (Figura
3e). Contrariamente a estudos anteriores, nossos resultados apontam para a proeminência da
limitação de dispersão na estruturação da montagem do microbioma em solos de arrozais. É
provável que essa discrepância entre estudos esteja relacionada à escala na qual as
comunidades são investigadas, a chamada 'dependência de escala'. Como apontado nesses
estudos, é importante perceber que modelar como processos de montagem distintos operam
na estruturação de tipos de comunidades é fundamentalmente dependente da escala na qual
as comunidades são investigadas. Além disso, também podemos argumentar que regimes de
manejo semelhantes usados em campos de arroz, como inundações constantes, ciclos
regulares de seca-úmida de longo prazo e o mesmo cultivo de arroz, podem ter
consistentemente criado micro-hábitats relativamente homogêneos que reduzem as diferenças
ambientais nos locais de estudo. No entanto, não podemos descartar a possível importância de
variáveis não mensuradas (incluindo abióticas e bióticas) que explicam as diferenças
observadas nas comunidades microbianas.
O modelo β-nulo mostrou uma relação significativa entre o tamanho corporal e os processos
de montagem da comunidade, com os microorganismos menores sendo mais fortemente
influenciados pela estocasticidade (Figura 4). Acreditamos que isso deve estar intimamente
relacionado aos potenciais discrepantes de dispersão de microorganismos de diferentes
tamanhos corporais.