Um dos mais belos e equilibrados espaços arquitetónicos
do Renascimento tardio da cidade de Santarém habita o interior da Igreja da Misericórdia, obra da autoria do arquiteto régio Miguel Arruda, começada em 1559 e apenas concluída nos começos do século XVII. Segundo Vítor Serrão, a monumentalidade da nave da igreja-salão "refinada no arrojo e funcionalidade dos espaços, encontrou no exemplar de Santarém uma resposta por demais erudita e o arquiteto adequado para a levar ao nível da sublime execução". Contudo, o terramoto de 1755 causou sérios danos à fachada original, sendo esta reerguida de acordo com os pressupostos do estilo rococó.
A fachada primitiva foi executada pelo mestre pedreiro do
Senado Municipal, Luís Rodrigues, autor da varanda.
O terramoto de 1755 viria a destruir parcialmente a frontaria
tendo a sua reconstrução seguindo uma linha rococó.
A fachada é apresentada pelo rasgo da porta principal em verga
reta encimada por três janelas, também em verga reta, com sacadas de guarda em ferro, sendo a central curva. É rematado por um frontão curvilíneo, cuja parte central possui um nicho, ladeado por pináculos.
Este templo quinhentista construído segundo o projeto do arquiteto Miguel Arruda
foi bastante afetado pelo terramoto de 1755. As obras de restauro conferiram à fachada um cunho barroco. No interior destacam-se as pinturas, os azulejos do século XVIII, o mobiliário e a estatuária. A Igreja da Misericórdia é uma construção dos meados do século XVI (1559) e conta com a assinatura do arquitecto da casa real Miguel Arruda. É um exemplar perfeito de igreja-salão, de três naves, todas à mesma altura, com abóbadas de nervuras cruzadas, iluminadas por seis janelas retangulares e sustentadas por dez colunas toscanas, todas elas decoradas com ornatos brutos, elementos que criam a espacialidade rasgada e conferência monumentalidade ao conjunto. A obra decorada por empenhamento da rainha D. Catarina, regente pelo seu neto D. Sebastião, desde 1559 até 1606. No interior conserva-se uma sepultura rasa, epigrafada, de Nuno Velho Pereira (…- 1609), uma das personalidades mais significativas da época da expansão portuguesa no mundo, capitão da Índia e patrocinador da Santa Casa da Misericórdia. Com o terramoto de 1755 perdeu-se a fachada primitiva da Igreja. Esta foi vencida por outra barroca. Tutela da Santa Casa da Misericórdia de Santarém.
O Órgão de Tubos instalado na Igreja da Misericórdia foi originalmente assente
no coro alto do lado do Evangelho, com colocação lateral. Com o restaurante, em 2008 pelo mestre Dinarte Machado, colocou-se ao centro do mesmo coro, em posição frontal para o altar.
É um instrumento representativo da organaria portuguesa construído em 1818
por António Xavier Machado e Cerveira (1756-1828), um dos maiores organeiros do seu tempo
Foi construída em meados do século XVI.
A Igreja da Misericórdia terá sido erguida sobre a capela associada ao antigo Paço Real, residência dos Duques de Beja, casa eleita pela corte para momentos de lazer desde o reinado de Dom João I e onde terá nascido o próprio Rei Dom Manuel I. Neste edifício destaca-se a existência de uma torre de controlo de navegação fluvial construída no século XV, ou seja, 100 anos antes da actual Igreja. Estando situada num ponto estratégico, esta torre permitia a vigia do porto local para além de conseguir observar-se uma enorme área, desde Lisboa até Santarém. A arquitectura da Igreja da Misericórdia é constituída por duas áreas. Uma primeira, de planta quadrangular, com uma parte alpendrada de três portões em arco e onde cresce um segundo piso. Uma segunda, de planta rectangular, que corresponde à nave. Um interior de traçado maneirista, com uma nave única e um tecto de três planos, em madeira pintada. No centro encontram-se um escudo bipartido com as armas reais e as armas da Misericórdia e, nos restantes caixotões, os símbolos da Paixão de Cristo. O altar encontra-se sobrelevado, junto a um dos mais interessantes retábulos maneiristas que se conhece em Portugal, atribuído a Diogo Teixeira e António da Costa. Neste edifício encontram-se instalados o Núcleo de Arte Sacra do Museu Municipal de Alcochete, que faz a gestão do espaço e do acervo da Santa Casa da Misericórdia e o Posto de Turismo da Câmara Municipal de Alcochete. Actualmente, este edifício encontra-se classificado como Imóvel de Interesse Público.