WEBCONFERÊNCIA III –

QUÍMICA MEDICINAL AVANÇADA

Profa. Dra. Karen Yasmim Pereira dos Santos Avelino
 SUMÁRIO DA WEBCONFERÊNCIA III

Tópicos de hoje!

PLANEJAMENTO ESTRUTURAL DE FÁRMACOS

1. Aspectos introdutórios
2. Homologia
3. Construindo modelos
4. Aspectos relevantes de Quimioinformática
5. Visualização tridimensional de estruturas
UNIDADE III - PLANEJAMENTO ESTRUTURAL DE
FÁRMACOS
1. ASPECTOS INTRODUTÓRIOS
1. ASPECTOS INTRODUTÓRIOS

▪ Planejamento racional baseado na estrutura e mecanismo de ação de um fármaco.

▪ Conhecimento de Química Computacional.
1. ASPECTOS INTRODUTÓRIOS
1. ASPECTOS INTRODUTÓRIOS

▪ Importância de se conhecer a estrutura dos receptores biológicos.

▪ As proteínas e aminoácidos.
▪ Obtenção de estruturas 3D de proteínas.
a) Ressonância magnética nuclear
b) Cristalografia de raio X
c) Modelagem comparativa por homologia
2. HOMOLOGIA
2. HOMOLOGIA

Por que estudar proteínas?

▪ Obter informações a cerca do papel de cada proteína em um dado organismo.

▪ Identificar proteínas homólogas
▪ Identificar proteínas intrínsecas a um dado organismo.
▪ Buscar por novos alvos moleculares para o tratamento de doenças.
▪ Auxiliar no desenho racional de fármacos baseado em estrutura.
2. HOMOLOGIA
2. HOMOLOGIA

Modelagem por homologia

▪ É um método não experimental, que permite, com base nos conhecimentos da

estereoquímica dos aminoácidos e nas informações adquiridas das estruturas proteicas
já resolvidas, prever a conformação de proteínas a partir da sequência primária de
aminoácidos.
2. HOMOLOGIA

Modelagem por homologia

▪ Usa como molde a estrutura 3D de

outra proteína de referência (resolvida
experimentalmente e com coordenadas
cartesianas depositadas em banco de
dados de estruturas).
2. HOMOLOGIA

Modelagem por homologia

▪ Se for feita a determinação experimental de um membro de uma família de proteínas

(proteína-molde) é possível ter um modelo inicial no qual a estrutura de outros
membros da família podem ser baseados.

▪ Utiliza como referência uma ou mais proteínas homólogas e de estrutura

terciária/quaternária já conhecida.

▪ Conhecido como modelagem por homologia ou modelagem comparativa.

2. HOMOLOGIA

Modelagem por homologia

▪ A metodologia se baseia no fato de que duas proteínas com função similar possuem
similaridade estrutural.

▪ Por isso é possível usar estruturas resolvidas experimentalmente como moldes para
construção de um modelo estrutural da sequência da proteína de interesse.
2. HOMOLOGIA

Condições para obter uma modelagem

▪ Similaridade entre a sequência alvo e o modelo inicial.

▪ Obter um bom alinhamento entre as sequências.

▪ Ter um bom modelo inicial.

2. HOMOLOGIA

Critérios para modelagem por homologia

▪ A alta taxa de similaridade entre duas (ou mais) sequências, sugere:

a) Possível homologia.
b) Que podem desempenhar funções similares.
c) Que podem possuir a mesma estrutura 3D.
2.2 MODELAGEM DE PROTEÍNAS COMO BASE
ESSENCIAL
Critérios para modelagem por homologia

▪ Acima de 30% de identidade: o alvo pode ser alinhado ao modelo com maior nível de
confiabilidade.

▪ < 30% de identidade - modelagem comparativa limitada.

2.2 MODELAGEM DE PROTEÍNAS COMO BASE
ESSENCIAL
Passos da Modelagem por Homologia

1. Identificação e seleção de moldes de proteínas: pesquisar proteínas homólogas em

bancos de dados de estruturas terciárias de proteínas. O PDB (Protein Database Bank)
é o mais utilizado para este fim.
2. Alinhamento das sequências de aminoácidos das proteínas homólogas e a proteína-
alvo.
3. Construção de modelos (geração das coordenadas cartesianas).
4. Otimização do modelo (minimização de energia e dinâmica molecular).
5. Validação do modelo.
2.2 MODELAGEM DE PROTEÍNAS COMO BASE
ESSENCIAL
Fluxograma da modelagem por homologia
3. CONSTRUINDO MODELOS
3. CONSTRUINDO MODELOS

▪ Modelos: São representações de objetos e fenômenos físicos reais.

▪ Um modelo nasce da necessidade de se entender algum fenômeno da natureza com auxílio
de uma representação ou reprodução equiparada, por isso, sua inestimável importância na
construção do conhecimento científico.
▪ Cada parte da estrutura representativa deve ser criteriosa e particularmente estudada antes
mesmo de se partir para a observação do modelo constituído.
▪ Validação do modelo.
3. CONSTRUINDO MODELOS

Pontos a serem considerados:

▪ Tamanho do sistema a ser estudado, com relação do número de átomos na molécula.
▪ O custo computacional.
▪ Uso de softwares de modelagem mais adequados.
▪ Quantidade de máquinas necessárias.
▪ Suporte de apoio informacional (tipo de biblioteca).
▪ Adaptação do formato de banco de dados.
▪ Necessidade de integração a grades computacionais para aumento de processamento.
▪ Adaptação do formato de banco de dados.
▪ Criação de uma base de dados adequada.
▪ Desenvolvimento das ferramentas a serem utilizadas
▪ Conhecer o banco de dados com o qual se pretende trabalhar.
4. ASPECTOS RELEVANTES DE
QUIMIOINFORMÁTICA
4. ASPECTOS RELEVANTES DE
QUIMIOINFORMÁTICA
4. ASPECTOS RELEVANTES DE
QUIMIOINFORMÁTICA
4. ASPECTOS RELEVANTES DE
QUIMIOINFORMÁTICA
5. VISUALIZAÇÃO TRIDIMENSIONAL DE
ESTRUTURAS
5. VISUALIZAÇÃO TRIDIMENSIONAL DE
ESTRUTURAS
5.1 AS BASES DA ESTEREOQUÍMICA
ESTEREOQUÍMICA
▪ É a área da química que estuda a influencia do arranjo espacial dos átomos em uma molécula.

ISÔMEROS
▪ Isômeros são dois ou mais compostos diferentes que apresentam a mesma fórmula molecular.

ISOMERIA ÓPTICA
▪ Este é um tipo de isomeria espacial, ou seja, onde os isômeros são identificados pela sua disposição
espacial.

CARBONO QUIRAL OU ASSIMÉTRICO

▪ O átomo de carbono que se liga à quatro ligantes diferentes
5.1 AS BASES DA ESTEREOQUÍMICA
5.1 AS BASES DA ESTEREOQUÍMICA
5.1 AS BASES DA ESTEREOQUÍMICA
5.1 AS BASES DA ESTEREOQUÍMICA

MOLÉCULAS COM MAIS DE UM CARBONO

ASSIMÉTRICO

▪ Estereoisômeros que não são imagens especulares uns dos

outros são chamados diastereoisômeros.

▪ Diferentemente dos enantiômeros, os diastereoisômeros

apresentam propriedades físicas diferentes, além de diferentes
rotações específicas.

▪ Diastereoisômeros são estereoisômeros que não são

enantiômeros.
 OBRIGADA

Docente Universitária
Profa. Dra. Karen Yasmim E-mail:
Pereira dos Santos Avelino Farmacêutica Analista karen.avelino@sereducacional.com
Clínica