Campus Diadema

Bioqumica Estrutural
Docentes
Helotonio Carvalho
Karin Argenti Simon
Giselle Zenker Justo
Ndia Alice Pinheiro
Edimar Pereira
1 semestre de 2012

Tpicos a serem abordados

1. Viso Geral da Bioqumica; Teorias para a origem da vida; Importncia da
gua em organismos vivos; sistemas tampo.
2. Estrutura e propriedades de aminocidos; ligao peptdica.
3. Estruturas secundrias, tercirias e quaternrias de protenas: protenas
fibrosas e globulares.
4. Funes das protenas: o modelo da hemoglobina; protenas musculares.
5. Carboidratos: Isomeria. Monossacardeos, dissacardeos.
6. Polissacardeos estruturais e de reserva.
7. Glicosaminoglicanos e peptideoglicanos. Proteoglicanos e glicoprotenas
8. Mtodos experimentais utilizados com protenas.

Tpicos a serem abordados

9. Enzimas: atividade cataltica e especificidade; coenzimas.
10. Cintica enzimtica; regulao da atividade enzimtica.
11. Fontes de cidos graxos e lipdios de armazenamento.
12. Lipdios estruturais e de sinalizao.
13. Lipoprotenas, glicolipdios e vitaminas lipossolveis.

Bibliografia
1-VOET D / VOET J - Bioqumica, 3a ed, Ed Artmed, 2004 (Bsica), R$253,00R$338,00.
2-LEHNINGER - Princpios de Bioqumica, NELSON D. L. & COX M. M., 4 a ed., Ed.
Sarvier, 2007. (bsica), R$398,00-R$498,00.
3-DEVLIN T. M. , Manual de Bioqumica com Correlaes Clnicas, 6 a Ed. Edgard
Blucher, 2007. R$268,00 (25% c/ Ed. R$201,00).
4-MARZZOCO, A; TORRES, B.B. - Bioqumica Bsica, 2a ed, Ed. Guanabara
Koogan, 1999. (complementar), R$120,00.
5-CAMPBELL, M. K., FARRELL, S.O.- Bioqumica, 1 ed, ARTMED., 2007 ISBN:
8573076763 (complementar) (Obs: Existe tambm uma edio em trs volumes
da Ed. Thomson, 2006, O contedo correspondente ao dessa UC o do 1
volume,, mas este no contm o captulo sobre acares).
6-BERG, J.M.; TYMOCZKO, J.L.; STRYER, L. Bioqumica, 5a ed, Ed. Guanabara
Koogan,

Critrios de avaliao

M=

P1 + P 2 + L + S
4

L = Mdia das notas de laboratrios

S = Notas dos seminrios
A prova substitutiva ser aplicada apenas aos alunos que
perderam uma das provas regulares P1 ou P2.

Campus Diadema

Introduo Bioqumica

Prof. Dr. Helotonio Carvalho

Unidade Curricular de Bioqumica Estrutural
UNIFESP Campus Diadema
Diadema, agosto de 2011

O que Bioqumica??

A bioqumica descreve em termos moleculares as estruturas,

mecanismos e processos qumicos necessrios vida dos mais
diferentes tipos de organismos.

O que define um ser vivo?

Alto grau de
microscpica.

complexidade

qumica

organizao

Existncia de sistemas que extraem, transformam e utilizam

energia do ambiente.
Capacidade de auto-replicao.
Mecanismos que sentem
respondem a estas alteraes.

alteraes

no

ambiente

Cada um dos componentes possui uma funo definida, alm

de interagirem entre si de maneira regulada.

A origem da vida na
Terra

A origem da vida na Terra

A Terra tem aproximadamente 4,5 bilhes de anos.
Logo aps ter sido formada, a Terra era um ambiente extremamente
inspito, com temperaturas muito altas, elevados ndices de radiao
ultravioleta, devido ausncia de O3, e uma atmosfera com gases
txicos (CH4, CO, NH3, H2S...)
Evidncias de fsseis indicam que a vida na terra surgiu h 3,5
bilhes de anos, com o aparecimento das primeiras bactrias,
provavelmente nos oceanos. Isto ocorreu graas ao resfriamento
progressivo do planeta e ao aparecimento das primeiras molculas
orgnicas de importncia bioqumica.
Os eventos que levaram ao surgimento da vida na Terra e como isto
ocorreu exatamente so temas de extensos debates entre especialistas
da rea.

Uma teoria para a origem da vida na

Terra: A teoria da sopa primordial
NH3, H2S, CO, CO2, CH4, N2, H2 e H2O. Um ambiente bastante redutor.
Uma das teorias para a origem das primeiras molculas pr-biticas sugere que
estas surgiram a partir da conjuno de fatores como altas temperaturas, grandes
quantidades de radiao UV e elevada incidncia de descargas eltricas provenientes
de relmpagos.

O experimento de Urey-Miller (1953)

Produtos:
Formaldedo Carboidratos
HCN Adenina
Glicina
Alanina
cido Glutmico
Leucina
Reaes entre outras molculas
simples levam formao de
outras bases nitrogenadas.
Os aminocidos so
produzidos muito mais
facilmente que os
nucleotideos!!

Gerao de adenina a partir da

condensao de molculas de HCN

Aminocidos tambm podem ter sido usados

para a sntese de bases nitrogenadas

Polimerizao em condies abiticas

A polimerizao abitica de carboidratos e nucleotdeos tambm

ocorre, mas menos facilmente.

Os RNAs podem ter atividade cataltica!

(Ribozimas)
Esta descoberta, ocorrida na dcada de 1980, levou hiptese de um
mundo de RNA, habitado por formas de vida primitivas dependentes
de RNA para exercer todos os papis principais em um organismo,
como herana, armazenamento de informao e catlise de reaes
especficas envolvidas na sntese de biomolculas e no metabolismo
energtico.
De acordo com a teoria do mundo do RNA o surgimento de uma
forma de RNA capaz de codificar sua prpria replicao foi o principal
evento na origem da vida.
Este sistema deve ter evoludo para a sntese de catalisadores mais
eficientes (protenas).
O DNA teria ento assumido o papel de material gentico principal
enquanto o RNA passou a ter um papel intermedirio.

Evoluo de um sistema de RNAs autoreplicantes

A importncia da compartimentalizao com

o uso de membranas

Em algum momento durante a evoluo, quantidades suficientes de lipdeos

devem ter se acumulado formando vesculas que, eventualmente aprisionaram
cidos nuclicos, formando estruturas semelhantes a clulas.
Vantagens da compartimentalizao:
Produtos de reaes enzimticas no se difundem para o ambiente,
podendo ser usados pela clula. Isto ocorre tambm devido ao fato de a
maioria das biomolculas serem carregadas e no se difundirem pela
membrana.

Outras teorias para a origem da vida

Teoria do Impacto: Molculas orgnicas vieram do espao, trazidas
por condritos carbonceos (um tipo de meteoro). Presena de
aminocidos e bases nitrogenadas.
Teoria das fendas submarinas (organismos termoflicos): gua
super-aquecida rica em ons de metais de transio e H 2S. Locais de
grande atividade biolgica, independente da luz solar. A reduo de CO 2
por FeS geraria molculas orgnicas mais complexas.
Teoria da argila: Molculas orgnicas surgiram inicialmente em
reaes catalisadas por silicatos.

A qumica dos
organismos vivos

Composio qumica comparativa da crosta

terrestre, da gua do mar e do corpo humano

* Valores expressos em % de tomos

A qumica das
biomolculas
baseada no
carbono

Grupos funcionais mais comuns em

biomolculas

Vrios grupos funcionais podem ser

encontrados na mesma molcula

Importncia da gua
em sistemas
bioqumicos

Importncia da gua em organismos vivos

A vida surgiu provavelmente em ambiente aquoso.
A gua representa 70 % ou mais do peso da maioria dos organismos.
Uma atividade metablica normal s pode ocorrer em clulas que tm pelo
menos 65 % de H2O.
As propriedades fsicas e qumicas da gua determinaram a vida como se
conhece hoje.
Dentre essas propriedades, so essenciais as foras atrativas entre
molculas de gua (pontes de H) e a tendncia da gua em se ionizar,
ainda que muito fracamente.
As propriedades da gua possibilitam a existncia dos sistemas tampo,
essenciais aos organismos vivos.
As propriedades da molcula de gua e seus produtos de ionizao (H + e
OH-), influenciam profundamente a estrutura e as propriedades dos diversos
componentes celulares como protenas, lipdeos e cidos nuclicos.

A natureza polar da molcula de gua

As diferenas de eletronegatividade
entre H e O conferem um momento
de dipolo gua.
Este momento de dipolo, e a
presena de pares de eltrons no
compartilhados no O, responsvel
pela formao de pontes de
hidrognio entre molculas de gua.
Os orbitais da molcula de gua,
incluindo os orbitais no-ligantes do
oxignio, possuem um arranjo
aproximadamente tetradrico.

Interaes fracas em sistemas aquosos

Pontes de Hidrognio
Ponte de hidrognio so responsveis pelas foras coesivas que tornam a gua
lquida temperatura ambiente e que favorecem um arranjo extremamente
ordenado das molculas de gua em cristais de gelo.
Biomolculas polares se dissolvem na gua devido ao fato de poderem trocar
interaes gua-gua por interaes gua-soluto, que so energeticamente mais
favorveis.
Biomolculas no polares no conseguem formar interaes gua-soluto e, por
isso, so muito pouco solveis em gua.
A gua pode atuar tanto como aceptor, como doador de H em pontes de H!!
As pontes de hidrognio so isoladamente fracas
Energia de ligao de H: ~23 kJ/mol
Energia de ligao O-H na gua: 470 kJ/mol
Energia de ligao C-C: 348 kJ/mol

Pontes de Hidrognio
O arranjo aproximadamente tetradrico dos
orbitais ao redor do O da molcula de H2O
permite teoricamente pontes de hidrognio
com at 4 outras molculas de H2O.
No

estado lquido, devido ao estado

desorganizado das molculas de gua e ao
seu movimento constante, uma molcula de
H2O forma pontes de hidrognio com apenas
outras 3,4 molculas em mdia.
O

gelo, ao contrrio, apresenta uma

estrutura muito mais organizada, com cada
molcula de H2O fixa no espao, o que permite
que cada uma estabelea pontes de H com
outras 4 molculas.

Pontes de H no gelo

Influncia de pontes de hidrognio nos pontos

de fuso e de ebulio da gua

Pontes de hidrognio importantes em

sistemas biolgicos

Pontes de hidrognio so direcionais

Pontes de hidrognio so mais fortes quando orientadas de maneira a
permitir interao eletrosttica mxima, o que ocorre quando os tomos
envolvidos na ponte de H esto em linha reta.

gua como solvente

A solubilidade de uma substncia em determinado solvente depende da
capacidade que o solvente tem de interagir com esta de maneira mais forte que as
partculas do soluto interagem entre si.
A polaridade da gua faz com que esta dissolva facilmente substncias polares
(hidroflicas). Substncias apolares, por outro lado, no so solveis em gua e so
designadas hidrofbicas.
Os ons de um sal interagem de acordo com a lei de Coulomb
F=

Q1Q2
r2

F = fora de interao entre as cargas eltricas

Q1 e Q2= cargas eltricas
r = distncia entre as cargas
= constante dieltrica do meio

Assim, quanto maior a constante dieltrica, menor a fora que une as duas
cargas, ou seja, a constante dieltrica de um solvente uma medida de sua
capacidade de manter cargas opostas separadas.

A gua um dos solventes com

maior constante dieltrica!

Partculas carregadas so
solvatadas pela gua

Exemplos de biomolculas apolares, polares e

anfiflicas

Gases apolares so insolveis em gua

Isso tem implicaes importantes no transporte de O2 dos pulmes para os

tecidos e de CO2 dos tecidos para os pulmes! O O2 transportado atravs de
protenas carreadoras (hemoglobina). O transporte te CO2 feito principalmente
sob a forma de HCO3-, bastante solvel em gua (100 g/L a 25 oC).

Interaes fracas em sistemas aquosos

Interaes hidrofbicas

As foras que mantm as regies apolares de molculas diferentes juntas so

denominadas interaes hidrofbicas, que resultam de uma maior estabilidade
termodinmica atravs da minimizao de interaes com a gua.
Protenas, pigmentos, esteris, algumas vitaminas e fosfolipdeos de membrana
so anfipticos e dependem de interaes hidrofbicas para sua estabilizao.
Membranas biolgicas so estabilizadas por interaes hidrofbicas.
Interaes hidrofbicas entre aminocidos apolares so importantes na
estabilizao de protenas.

Os 4 tipos de interaes fracas (no covalentes)

entre biomolculas e o meio aquoso.

A importncia das interaes fracas em

sistemas biolgicos
Esses 4 tipos de interaes so muito mais fracas que uma interao
covalente, mas em conjunto seu efeito pode ser muito significativo!
A ligao de uma enzima a seu substrato pode envolver vrias
pontes de H, alm de interaes inicas, hidrofbicas e de van de
Waals.
Para separar a enzima de seu substrato necessrio romper todas
essas interaes simultaneamente!
Todas estas interaes so de importncia primordial na manuteno
da estrutura de biomolculas!!
A estrutura mais estvel (nativa) de protenas e cidos nuclicos
normalmente aquela em que as interaes fracas so maximizadas.
Isto determina o dobramento de protenas em folhas pregueadas e
-hlices por exemplo, assim como a estrutura de dupla hlice do
DNA.