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Disciplina:

Tópicos Especiais em Tecnologia em Saúde III:

Sistemas de Terminologia e
Classificação em Saúde

Stefan Schulz
Universidade de Freiburg (Alemanha)

stschulz@uni-freiburg.de
Organização da disciplina
 Calendário:
17.11. 18:30-21:30 Introdução, Aula expositiva
18.11. 18:30-21:30 Aula expositiva
24.11. 18:30-21:30 Aula expositiva / Laboratório
25.11. 18:30-21:30 Apresentação 01 / 02 / 03
01.12. 18:30-21:30 Apresentação 04 / 05 / 06
02.12. 18:30-21:30 Apresentação 07 / 08 / 09
05.12 18:30-21:30 Aula expositiva (UMLS), Laboratório
09.12. 18:30-21:30 Laboratório
10.12. 18:30-21:30 Apresentação 10
11.12. 18:30-21:30 Avaliação

Suporte na elaboração dos trabalhos a combinar


Organização da disciplina
 Trabalhos:
01. ICNP, NANDA, Denise, Roosewelt
25.11.
02. MeSH, Camila, Guilherme
25.11.
03. GeneOntology, Ricardo 25.22.
04. CID, ICD-9 CM, Mônica, Graziele
01.12.
05. Digital Anatomist Fernando, Elizângela
01.12.
06. SIA-SUS, SIH-SUS, Elziane, Jeferson 01.12.
07. LOINC, Gisele Josimara
02.12.
08. AMB CBHPM, Eduardo, Viviane 02.12.
09. SNOMED CT, Read Codes, Polo, Heitor
Conteúdo da disciplina (I)
 Justificativa
 Relevância da representação de conhecimento:
documentação medica, comunicação cientifica,
administração, recuperação de informação,
 Bases teóricas da representação de
conhecimento:
 Semiótica / Lingüística, Filosofia, Matemática /
Lógica, Ciência de computação,
Biblioteconomia, Psicologia
Conteúdo da disciplina (II)
 Introdução de terminologia específica:
 classe, código, conceito, disjunção, termo, objeto, herança,
hiponimo, hiperonimo, indivíduo, instância, taxonomia, meronimo,
precision, pre-coordenação, recall, significado,...
 Visão geral e tipologia de sistemas de terminologia biomédica
 Terminologias

 Terminologias  Classificações
 Tesauros  Nomenclaturas
 Vocabulários  Ontologias
Conteúdo da disciplina (III)
 Casuística: Analise de sistemas concretos:
 CID, MeSH, ICNP, NANDA, SNOMED CT, Read
Codes, LOINC, AMB CBHPM, SIA-SUS, SIH-SUS,
ICD-9 CM, GeneOntology, Digital Anatomist,
GALEN
(baseado em trabalhos de alunos)
 Unified Medical Language System (UMLS)
(aulas práticas usando o UMLS knowledge
source server e as fontes em formato de texto)
Dados / Informações / Conhecimento
em Saúde e Ciências Biomédicas

Códigos / Linguagem
Vocabulário Natural
Controlado
Linguagem Termos controlados/
Natural Códigos
• Detalhada  Exato
• Individual  Compacto
• Espontânea  Consistente
• Natural  Processável
• Ambígua  Rígido
• Imprecisa  Não intuitivo
• Redundante  Granularidade Fixa
• Imprevisível  Caro (manutenção)
Exemplo (1)
 Estatísticas epidemiológicas:
 número de óbitos por malária no estado do
Pará em 2000
 número de óbitos por causas externas em
Curitiba em 2000

http://www.datasus.gov.br/
Exemplo (2)
 Pesquisa bibliográfica:
 Recuperar artigos na MEDLINE sobre alérgicas
a antibióticos
 Recuperar também trabalhos sobre e.g.
 Asma e roxitromicina
 Exantema associado com clindamicina
 Henoch-Schonlein purpura associado com claritromicina
Exemplo (3)
 Pesquisa em bancos de dados de
medicamentos:
 Quais medicamentos podem causar exantema e
aumento de transaminases
 Quais antibióticos indicados em gestantes com
abscesso periamigdaliano
Exemplo (4)
 PEP: sistema de alerta contra efeitos
colaterais:
 Paciente tem úlcera de duodeno – médico
prescreve Voltaren®
 Paciente tem gastrite antral – médico prescreve

AAS
(regra: antiinflamatórios não esteróides
+ lesões do trato digestivo superior = >
ALERTA
Exemplo (5)
 Extração de Informação de protocolo de
estudo clínico:
 Selecionar todos os pacientes que tem
alterações do transito intestinal
...
Exemplo (6)
 Fixar preços de procedimentos terapêuticos:
 Agrupar procedimentos similares em termos de
custo, tempo, recursos
...
Semiótica
 Teoria dos signos / símbolos
 Um símbolo representa um objeto / uma
classe de objetos reais
 Lingüística = Semiótica dos signos da
linguagem natural (palavras, frases...)
 Cuidado: Não confundir signos com os
objetos designados, e.g.
 heart is_a organ
 heart is_a noun
Triangulo de Odgen & Richards
pensamento, referencia, interpretante, conceito

objeto ,
símbolo, signo instancia
„cadeira", "chair" referente
indivíduo
Triangulo de Odgen & Richards
 Símbolo, signo: representação de um
conceito por meio de uma linguagem
 Objeto, referente, instância, indivíduo:
Segmento de um mundo real ou fictício

pensamento, referencia, interpretante, conceito
Unidade de pensamento: Abstração de um
conjunto de objetos baseada em
propriedades que esses objetos têm em
comum
Dois classes de símbolos
Dados / Informações / Conhecimento
em Saúde e Ciências Biomédicas

Códigos / Linguagem
Vocabulário Natural
Controlado
Triangulo de Odgen & Richards
conceito de infarto de miocárdio

“infarto do miocárdio” (Português) infarto de


“myocardial infarction” (Inglês) miocárdio
“I21” (CID-10) do paciente
#123456
Exercício
 Usando o triângulo semiótico, descreva
 ambigüidade
 sinonímia
 engano
 nomes próprios
 conceitos + amplos, conceitos + estreitos
 Relacione o triângulo semiótico com
conceitos da teoria de conjuntos (conjunto,
subconjuntos, elemento, cardinalidade)
Conceitos fundamentais de
Lingüística
Signos Linguísticos
fonemas
em, ão

morfemas cardio, hepat,

palavras hepatite

frases
hepatite tipo B
O vírus da hepatite tipo B é
transmitido sobretudo por meio
sentenças do sangue.
Granularidade
Os vírus da hepatite tipo B (HBV) e C
(HCV) são transmitidos sobretudo por
textos meio do sangue. Usuários de drogas
injetáveis e pacientes submetidos a
Token / Type / Lexema

“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”

 quantas palavras ?
Palavras são...
 ocorrências (tokens)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”

 formas (types)
1 2 3 4 2 5 3 6 7 8
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”

 lexemas (unidades lexicais)


1 2 3 4 2 5 2 6 3 7
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”
Gramática
 Regras de formação de unidades
lingüísticas
 Sintaxe:
Formação de frases / sentenças
 Morfologia
Formação de palavras
Sintaxe, Semântica
 sintaxe: relações internas que mantêm os
signos entre si
“o cachorro está latindo”
“o cachorro estão latindo”
 semântica: relação dos signos com o seu
significado:
“o cachorro está latindo”
“o café está latindo”
Sintaxe, Semântica: outros signos
 Exemplo 1: códigos CID-10:
 sintaxe: letra + 2-3 algarismos, ponto depois do
2º algarism:
Válido: D01, S10.3, inválido: 10D, $R2
 Semântica: D01 = Carcinoma in situ de outros órgãos
digestivos 
 Exemplo 2: linguagens de programação:
 sintaxe: válido: sqrt(a), inválido sqrt(a,b)
 semântica: inválido: a= -1; b = sqrt(a)
Lexicografia
 Termo: signo lingüístico (não só palavra)
 Léxico, dicionário: lista de termos com atributos
lingüísticos e significação
 Critérios de inclusão / exclusão:
 Domínio (e.g. medicina, computação)
 forma básica (“neoplasia”, não “neoplasias”)
 atomicidade (“Escherichia coli”, não “neoplasia maligna
do esôfago”)
 Glossário: definições de termos usando linguagem
natural
 Relacoes semanticas
Relações Léxico-Semânticas
 Sinônimos : sentidos semelhantes:
falecer = morrer
 Antônimos: significação oposta:
distal  proximal
 Homônimos: escritas ou pronunciadas de modo
idêntico, significação diferente:
 Homófonos: cassar  caçar
 Homógráfos : almoço (S)  almoço(V)
 Homônimos perfeitos = homófonos + homógrafos
(são, verão)
Relações Léxico-Semânticas

p
ens
ame
nto
,re
fere
ncia
,in
terp
reta
nte
,co
nce
ito

ob je to,
símbolo
,s ig
no in
s ta ncia
„ca
deira
","chair" refe re nte
in
d iv íd
u o
Relações Semânticas (próprias)
 Hiperônimos : conceito mais geral:
Coração  Órgão
 Hipónimos: conceito mais específico:
Órgão  Coração
Holónimos:
}

inclusão:
 Merónimos mão  dedo
dedo  mão
Relações Semânticas (próprias)

p
ens
ame
nto
,re
fere
ncia
,in
terp
reta
nte
,co
nce
ito

ob je to,
símbolo
,s ig
no in
s ta ncia
„ca
deira
","chair" refe re nte
in
d iv íd
u o
Conceitos fundamentais de
Filosofia e Lógica
Semântica de Categorias
 Aristóteles: genus proximum et differentia specifica
 Significação não é atômico: Pode ser reduzido a
unidades semânticas
feminina adulta humana
Homem - + +
Mulher + + +
Menina + - +
Fêmea + 0 -
Semântica e Lógica Formal
 Descrição de relações semânticas entre entidades
(objetos, classes) usando linguagem formal:
Lógica de Primeira Ordem = Cálculo de
Predicados
 Predicados unários classificam objetos:
médico(Eduardo) = True
médico(Roosewelt) = False
M = { x | médico(x)} é o conjunto de todos
os médicos
 Predicados binários representam relações:
examina(Eduardo, João)
Semântica e Lógica Formal
 Introdução de variáveis e quantificadores
permite asserções sobre classes de objetos:
x: cirurgião(x)  médico(x)
x,y: opera(x,y)  trata(x,y)
Relação taxonômica
 Principal relação de ordem em sistemas de
classificação e terminologias
 Relaciona conceitos (classes) gerais com
conceitos (classes) mais específicos
 Corresponde a
 Implicação entre predicados:
x: A(x)  B(x)
 Inclusão entre conjuntos EA  EB
 Relação is-a entre conceitos A is-a B
Cuidados
 Não confundir is-a com outras relações:
 hexose biosynthesis is-a monosaccharide
biosynthesis
 hexose biosynthesis is a hexose metabolism
 Não confundir is-a com instance-of:
medico(Eduardo)
Eduardo instance-of medico
Eduardo  Emedico
 Teoria de conjuntos nem sempre aplicável:
 Marciano is-a Extraterrestre
 Preservativos previnem DST
Outras relações semânticas
 Propriedades algébricas:
 reflexiva: x: R(x,x)
 transitiva: x,y,z: R(x,y), R(y,z)  R(x,z)
 simétrica: x,y: R(x,y)  R(y,x)
 assimétrica: x,y: R(x,y)  not(R(y,x))
 Exemplos:
reflexiva transitiva simétrica assimétrica
pai - - - +
casado - - + -
subconjunto + + - -
descendente - + - +
Exercícios
 Caracterize as propriedades de típicas
relações biomédicas
UMLS SN reflexiva transitiva simétrica assimétrica
part-of - + - +
has-location + (?) + - +
instance-of - - - +
is a + + - +
prevents - - (?) - +
causes - + (?) - +
precedes - + - +
treats - - - +
adjacent to - - + -
Sistemas de Terminologia
Biomédica
 sinónimo: TERMINOLOGIAS
 termo geral para
 sistemas de codificação / classificação
 vocabulários (bio)médicos / clínicos
 nomenclaturas
 thesauri
 ontologias
Características
 Conceitos/classes: entidades de
pensamento (abstrações de objetos)
 Termos: descrições dos conceitos em
linguagem natural
 Códigos: strings de caracteres não
ambíguos para designar um conceito
Conceitos, Termos, Códigos
Conceitos/classes
p
ens
ame
nto
,re
fere
ncia
,in
terp
reta
nte
,co
nce
ito

ob je to,
símbolo
,s ig
no in
s ta ncia
„ca
deira
","chair" refe re nte
in
d iv íd
u o

Termos, Objetos
Códigos
Exemplos de Códigos
Códigos nao significativos
246.809.753-00 Códigos aleatórios
6711272-3
Códigos seqüenciais
80020-100
D50.1
FR-CX 203
Códigos significativos
AIS 6671
C10.228.228.180.500
00132V-691214-004
C003221
Códigos significativos vs. códigos
não significativos
 Vantagens de códigos significativos

 Vantagens de códigos não significativos


Definição de Conceitos
Extensão / Intensão
 Definição intensional: Gênero e
características específicas
Exemplo: Granulócitos sao leucócitos com
granulos
 Definição extensional: conjunto de
todos os conceitos mais específicos de
um conceito mais amplo.
Exemplo: Granulócitos: Neutrófilos,
Eosinófilos, or Basófilos
Discussão
Extensão / Intensão
 Vantagens de definições extensionais

 Vantagens de definições intensionais


Pré-Coordenação vs.
Pós-Coordenação
 Termos complexos constituem uma classe
Exemplo: “Neoplasia maligna da glândula
tireóide”
 Termos complexos são construídos pela
combinação de várias classes
Exemplo: Patologia: “Neoplasia”
Atributo: “maligno”
Anatomia: “Glândula
tireóide”
Estrutura Categorial
by technique 0.*
Surgical consists of 1.* Surgical
procedure deed

has
site has
has site
site has means
has object has object
has means has object
has means

Human Human Interventional


anatomy pathology equipment
Semântica de Categorias
 Aristóteles: genus proximum et differentia specifica
 Significação não é atômico: Pode ser reduzido a
unidades semânticas
feminina adulta humana
Homem - + +
Mulher + + +
Menina + - +
Fêmea + 0 -
Discussão Pré-Coordenação / Pós-
Coordenação
 Vantagens de pré-coordenação de conceitos

 Vantagens de pós-coordenação de
conceitos
Hierarquias simples /
Hierarquias múltiplas
árvore grafo dirigido

vértice
arco
Hierarquias Múltiplas /
Herança múltipla

Doença Infecciosa Doença do SNC

Meningite

Quais atributos são herdados ?


o o
a çã d
lam a rte o
n f us r p os
:i v ír u e e rv
gia a: l q
a an
l o i u
r fo log l: q stem
o i o c a si
m et lo
Doença Doença
Doença do SN
inflamatória viral ã o

fl am
: in us
g ia : vír ma
lo gia e
fo o s ist ral
or etiol a l: ent
m c
lo s o c
Doença inflamatória o r vo
ã e
Doença do nSNC
por Vírus aç
lam s
in íru ema
f
ia: : v sist l
log gia tra
r fo olo l: cen
o i a
m et loc voso
r
ne
Meningite Viral
Hierarquia simples
 Doenças inflamatórias
 Doenças inflamatórias causadas por vírus

 Doenças inflamatórias do sistema

nervoso causadas por vírus


 Doenças inflamatórias do sistema

nervoso central causadas por vírus


 Meningite viral
Discussão Hierarquias Simples /
Hierarquias Múltiplas
 Vantagens de hierarquias simples

 Vantagens de hierarquias múltiplas


Tipologia de Sistemas de
Terminologia Biomédica
Tesauros
Terminologia Vocabulários

Sistemas de
Terminologia

Classificações Ontologias

Nomenclaturas
Tesauros
Terminologia Vocabulários

Sistemas de
Terminologia

Classificações Ontologias

Nomenclaturas
Terminologia / Tesauro
Vocabulário
 Terminologia:
Lista de Termos
 Tesauro:
terminologia classificada por ordem
alfabética ou por assunto, contendo
sinônimos (e outras relações semânticas)
 Vocabulário:
Terminologia ou Tesauro acompanhado por
definições
(N de Keizer, MIM 2000)
Tesauros
Terminologia Vocabulários

Sistemas de
Terminologia

Classificações Ontologias

Nomenclaturas
Terminologia

pâncreas
aparelho digestivo
fígado
Brasil
Tesauros
Terminologia Vocabulários

Sistemas de
Terminologia

Classificações Ontologias

Nomenclaturas
(3)
(1) has-part (2)
Tesauro
(1) has-part (3)
(1)

(2)

ANATOMIA
(1) aparelho digestivo
{trato digestivo,
digestive tracet}
(2) fígado
{liver, hepar}
(4)
(3) pâncreas
GEOGRAFIA
(4) Brasil
Tesauros
Terminologia Vocabulários

Sistemas de
Terminologia

Classificações Ontologias

Nomenclaturas
(3)
(1) has-part (2)
Vocabulário
(1) has-part (3)
(1)

Parte do organismo
onde ocorre a digestão (2)
dos alimentos

ANATOMIA
(1) aparelhoÓrgão
digestivo
onde ocorre a
metabolização da
{trato digestivo,
maior parte dos
nutrientes
digestive tracet}
Glândula que produz o
(2) fígado suco pancreático e
{liver, hepar}
alguns hormônios

(4)
(3) pâncreas
GEOGRAFIA Maior e mais populoso
país da América Latina

(4) Brasil
Tesauros
Terminologia Vocabulários

Sistemas de
Terminologia

Classificações Ontologias

Nomenclaturas
Sistemas de Classificação

eu sou o mais
organizado...
Qual é a melhor classificação ?
Sistema de Classificação Ideal
 Arvore (hierárquica simple) de classes
subclasses
 Definição extensional das classes não
terminais
 Disjunção de Classes:
Nenhum indivíduo pertence a dois classes
(não contando relação de inclusão de classes)
 Exaustão:
Cada indivíduo pertence a uma classe
Problemas Práticos em Sistemas
de Classificação
 Individualidade na definição e delimitação
das classes
 Granularidade depende do objetivo da
classificação (estatística, tarifas para o
reembolso de serviços, documentação
 Classes residuais “outros”, “não
especificado”
Exemplo: CID 10
Capítulo I  Algumas doenças infecciosas e parasitárias (A00-B99)
Capítulo II  Neoplasias [tumores] (C00-D48)
Capítulo III   Doenças do sangue e dos órgãos hematopoéticos e alguns transtornos
imunitários (D50-D89)
Capítulo IV  Doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas (E00-E90)
Capítulo V  Transtornos mentais e comportamentais (F00-F99)
Capítulo VI  Doenças do sistema nervoso (G00-G99)
Capítulo VII  Doenças do olho e anexos (H00-H59)
Capítulo VIII Doenças do ouvido e da apófise mastóide (H60-H95)
Capítulo IX  Doenças do aparelho circulatório (I00-I99)
Capítulo X  Doenças do aparelho respiratório (J00-J99)
Capítulo XI  Doenças do aparelho digestivo (K00-K93)
Capítulo XII  Doenças da pele e do tecido subcutâneo (L00-L99)
Capítulo XIII  Doenças do sistema osteomuscular e do tecido conjuntivo (M00-M99)
Capítulo XIV  Doenças do aparelho geniturinário (N00-N99)
Capítulo XV  Gravidez, parto e puerpério (O00-O99)
Capítulo XVI  Algumas afecções originadas no período perinatal (P00-P96)
Capítulo XVII  Malformações congênitas, deformidades e anomalias cromossômicas (Q00-Q99)
Capítulo XVIII  Sintomas, sinais e achados anormais de exames clínicos e de laboratório, não
classificados em outra parte (R00-R99)
Capítulo XIX Lesões, envenenamento e algumas outras conseqüências de causas externas (S00-
T98)
Capítulo XX  Causas externas de morbidade e de mortalidade (V01-Y98)
Capítulo XXI  Fatores que influenciam o estado de saúde e o contato com os serviços de saúde
(Z00-Z99)
Problemas Práticos em Sistemas
de Classificação
 Individualidade na definição e delimitação
das classes
 Granularidade depende do objetivo da
classificação (estatística, tarifas para o
reembolso de serviços, documentação
 Classes residuais “outros”, “não
especificado”
F17.4
Transtornos mentais e comportamentais devidos
ao uso de fumo - síndrome de abstinência com delirium

E12.5
Diabetes mellitus relacionado com a desnutrição -
com complicações circulatórias periféricas

I10
Hipertensão essencial (primária)

V62.2
Ocupante de um veículo de transporte pesado
traumatizado em colisão com um veículo a motor
de duas ou três rodas - pessoa viajando no exterior do
veículo traumatizada em um acidente não-de-trânsito
Problemas Práticos em Sistemas
de Classificação
 Individualidade na definição e delimitação
das classes
 Granularidade depende do objetivo da
classificação (estatística, tarifas para o
reembolso de serviços, documentação
 Classes residuais “outros”, “não
especificado”
Classes residuais

K13.7 Outras lesões e as não especificadas da mucosa oral

K75.8 Outras doenças hepáticas inflamatórias especificadas

X25.8 Contato com outros artrópodes venenosos


especificados - outros locais especificados
Semântica das Classes residuais
A20 Peste
A20.0 Peste bubônica
A20.1 Peste celulocutânea
A20.2 Peste pneumônica
A20.3 Peste meníngea
A20.7 Peste septicêmica
A20.8 Outras formas de peste
A20.9 Peste, forma não especificada
EA20.9 = EA20
EA20.8 = EA20 - EA20.0 - EA20.1 - EA20.2 - EA20.3 - EA20.7
Tesauros
Terminologia Vocabulários

Sistemas de
Terminologia

Classificações Ontologias

Nomenclaturas
Nomenclaturas
 Sistema de termos compostos obedecendo
regras de composição pré-estabelecidas
 Consiste em “eixos” (idealmente) ortogonais
 Cada eixo constitui, em si, um sistema de
classificação
 Examples: SNOMED ICNP
11 Eixos de SNOMED
Topografico (anatômico)
Morfológico
Diagnóstico -
Procedimentos
Funcional
Organismos vivos
Químico
Agentes físicos, ações e forças
Contexto social
Ocupações
Geral
Exemplos
 T-01000 (pele)
M-4300 (inflamação crônica)
M-01735 (eritema papulovesicular)
F-C3000 (reação de hipersensibilidade alérgica)
F-A2300 (coceira).
 T-28000 (pulmão)
M-40000 (inflamação)
L-25116 (Streptococcus pneumoniae) .
Problemas Práticos em Sistemas
de Nomenclatura
 Manuseio dificil
 “Sinonímia”
 - DB-6211 Diabetic nephropathy
- - DB-61 Diabetes mellitus + G-C025 Causing + D7-11 Nephropathy
- DB-61 Diabetes mellitus + G-C025 Causing + DF Disease + G-C006
Located In + T-71 Kidney

 Redundancia
 - DB-6211 Diabetic nephropathy + G-C006 Located In + T-71 Kidney,
NOS

 Inconsistência
 DB-6211 Diabetic nephropathy + G-C006 Located In + T-11 Bone
Nomenclaturas Classificações
Coleção de Dados Classificação de dados
Paciente Caso
Individual População
Caracterização Typing
Identificação Discriminação
Comunicativo Distributivo
Metas implícitas de observação Metas explícitas de observação

Abertos para termos novos Fechados e predeterminados


Criativo Reprodutivo
Identificação Discriminação
Descritivo Prescritivo
Intensional Extensional

Pós-Coordenação Pré-Coordenação
Linguagem Containeres Pré - Definidos

Ingenerf & Giere, 1998


Treatment Comparison Research

Recording Standardizing Classifying Statistics


based on (Concept System) (Classification) (Study Protocoll)
? ?

Patient Physician Medical Standardized Register Scientist Experiment


Record Medical Record

! !
Individual Compatible Comparative General
Information Information Information Information

n : 1 : m
Data Collection Data Ordering
depending on the physician´s experience depending on differentiation criteria
(implicit goals of observation) (explicit goals of observation)

Ingenerf / Giere, 1998


Tesauros
Terminologia Vocabulários

Sistemas de
Terminologia

Classificações Ontologias

Nomenclaturas
Exemplos de Sistemas de
Terminologia
Gene Ontology
Gene Ontology (I)
 Vocabulário controlado para descrição de
componentes celulares, funções
moleculares e processos biológicos.
 esforço colaborado e dirigido a necessidade
da descrição do produto de genes em
diferentes bases de dados.
 Num contexto celular o GO descreve o
comportamento do produtos de gene
Gene Ontology (II)
 Define conceitos comuns em toda biologia
 Referência para classificar genes e produtos
de genes de várias bases
O que a Gene Ontology não é
 Não é uma base de dados de seqüências de
genes, nem catalogo de produtos de genes.
 Não é uma base de dados biológicas
unificada.
 Não é um padrão ditado ou exigido a
nomenclatura através das bases de dados.
GO: Três Sub-Ontologias
 Função Molecular (atividade): ação
característica de um produto de gene
(bioquímico)
 Processo Biológicos: fenômeno marcado por
mudanças que conduzem a um resultado
particular, medidas por produtos de gene”
 Componentes celular: é uma condição que
é parte de um objeto maior, podendo ser
uma estrutura anatômica.
Arquitetura da Gene Ontology
 Dois princípios classificatórios
 Is-a
 Part-of
 Hierarquias múltiplas
Gráficos Acíclicos Dirigidos (DAGs)
 Conectada com um banco de dados de
genes e produtos de genes
Gene caracterizado por
conceitos das três sub-ontologias:
Processo Biológico
Componente Celular
Gene Função Molecular
Bibliografia

http://yanomami.fmrp.usp.br/cbab/programa.php
http://www.geneontology.org/doc/GO.doc.html
http://www.godatabase.org/dev/
Medical Subject Headings
(MeSH)
MeSH: Tesauro MeSH
 Vocabulário controlado para descrever
trabalhos científicos em MEDLINE
 Conjunto de termos denominados
descritores (descriptors) em uma
estrutura hierárquica que permite
pesquisa em vários níveis de
especificidade
MeSH: Hierarquias MeSH
 No nível mais geral da estrutura hierárquica
estão as entradas mais amplas
 “Anatomia”, “Desordens Mentais”
 No nível mais específico são encontradas as
entradas mais específicas
 “Tornozelo”, “Desordens de Condução Nervosa”
 Existem hierarquias múltiplas.
 Existem caminhos diferentes para alcançar um
descritor
MeSH: Hierarquias Múltiplas:
Exemplo
Tree numbers diferentes
Cells [A11]
Blood Cells [A11.118]
Leukocytes [A11.118.637]
Leukocytes, Mononuclear [A11.118.637.555]
Lymphocytes [A11.118.637.555.567]

Hemic and Immune Systems [A15]


Blood [A15.145]
Blood Cells [A15.145.229]
Leukocytes [A15.145.229.637]
MeSH ID comum: Leukocytes, Mononuclear [A15.145.229.637.555]
D008214 Lymphocytes [A15.145.229.637.555.567]

Hemic and Immune Systems [A15]


Immune System [A15.382]
Leukocytes [A15.382.490]
Leukocytes, Mononuclear [A15.382.490.555]
Lymphocytes [A15.382.490.555.567]
MeSH: Registro completo de um
descritor
 ID, tree number(s)
 Termo preferencial (MeSH heading)
 Anotações
 Definição em texto livre (scope note)
 Sinônimos (entry terms)
 Atributos (qualifiers)
 Histórico do termo
MeSH: Atributos (qualifiers)
 Especificam o descritor de forma ortogonal
 Conjunto de atributos permitidos
dependente do descritor
 Exemplos:
 Terapia
 Etiologia
 Prognóstico
Semântica do MeSH
 Não é uma classificação
 Significação dos links hierárquicos não
especificada (broader term / narrower term)
 Descritor D2 “narrower” D1:
nem sempre ED2  ED1 (extensões), mas:
 Conjunto de documentos relevantes para
D2 é subconjunto dos documentos
relevantes para D1
Semântica do MeSH - exemplo
Heart [A07.541]

part-of Heart Valve [A07.541.510]

is-a Mitral Valve [A07.541.510.507]

 O conjunto de todas as válvulas mitrais não faz


parte do conjunto de todos os corações, mas:
 O conjunto de todos os documentos que tratam
de válvula mitral é um subconjunto de todos os
documentos que falam de coração
MEDLINE e MeSH
 MEDLINE: Banco de dados bibliográficos em
ciências de saúde
 Cada artigo cadastrado é manualmente
indexado usando termos MeSH
 Existem várias implementações, a mais
usada: PUBMED
Pubmed busca no MEDLINE mapeando a
expressão de busca o usuário pra termos
MeSH
MeSH / Pubmed
 Mesh Browser:
http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html
 PubMed:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed
CIPE/ICNP
Classificação Internacional
para a Prática de Enfermagem
CIPE / INCP
 Elaborado desde 1991 pelo Conselho Internacional de
Enfermagem (CIE), contribuição brasileira desde 1997
 Linguagem universal para descrever as práticas de enfermagem
numa diversidade de locais, institucionais e não-institucionais
 Permitir comparação dos dados de enfermagem entre
populações, clínicas, locais, áreas geográficas ou tempos
diferentes.
 Demonstrar e projetar tendências sobre a prestação de
tratamentos e cuidados e sobre a alocação de recursos aos
doentes
 Disponibilizar dados para investigação científica
 Fornecer dados para gestão de qualidade e promoção de
mudanças na políticas de saúde
CIPE: Principais Elementos
 Fenômenos de enfermagem (diagnósticos
de enfermaria)
 Ações de enfermagem (as intervenções)
 Resultados de enfermagem
Âmbito da CIPE/ICNP
Fenômenos Ações
de Enfermagem de Enfermagem

A A
H Foco da H Tipo de
Portador B Beneficiário Ação B
Prática Juízo Alvo

G C G C
Probabilidade Freqüência Via Recursos

F D F D
Localização Duração Localização Tempo
anatômica E E
Topologia Topologia
CIPE: Classificação dos Fenômenos
de Enfermagem
Eixos:
A,B: A
obrigatórios H
Foco da
C,D,E,F,G,H: Portador Prática B
Juízo
opcionais
G C
Probabilidade Freqüência

F D
Localização Duração
anatômica E
Topologia

http://www.icn.ch/pdfinfo.htm

Somente um termo de cada eixo pode ser usado no diagnóstico.


CIPE: Definições dos eixos dos
Fenômenos de Enfermagem (I)

A. Foco da: Área de atenção social, ex: dor, auto-


estima, pobreza.
B. Juízo: Opinião clínica que determina a prática
do profissional de enfermagem, ex. reforçado,
inadequado, melhorado.
C. Freqüência: número de ocorrências durante um
intervalo de tempo, ex:Intermitente, freqüente.
D. Duração: intervalo de tempo durante o qual um
fenômeno de enfermagem ocorre, ex: agudo,
crônico
CIPE: Definições dos eixos dos
Fenômenos de Enfermagem (II)
E. Topologia: região anatômica em relação a um ponto
mediano ou extensão desta, ex: direito, parcial
F. Localização Anatômica: posição anatômica ou a
localização no organismo de um fenômeno de
enfermagem, ex: olho, dedo
G. Probabilidade: possibilidade de ocorrência de um
fenômeno de enfermagem, ex: risco
H. Portador: entidade relativamente à qual se pode dizer
que possui o fenômeno de enfermagem, ex: família,
individuo, comunidade.
CIPE: Exemplo 1
Eixos selecionados Termo selecionado
Foco da prática Dor (A.1.1.1.13.3.1)
Julgamento Aumentada (B.9)
Freqüência Intermitente ( C.2)
Lugar do corpo Pé (F.19)
Topologia Direito (E.2.1)
Diagnóstico: Dor aumentada e intermitente no pé
direito.
CIPE: Exemplo 2
Eixos selecionados Termo selecionado
Foco da prática Edema (A.1.1.1.7.3.1)
Probabilidade Alto risco para (G.1.2)
Lugar do corpo Mão (F.14)
Portador Mulher mastectomizada
(H.1)
Topologia Direito (E.2.1)
Diagnóstico: Alto risco de edema ou Alto risco para edema em
mão direita de mulher mastectomizada
CIPE: Resultados de Enfermagem
 Medição ou Condição de um diagnóstico de
enfermagem a intervalos de tempos após uma
intervenção de enfermagem.
 Os resultado são produtos da intervenção, medido
ao longo do tempo, sob a forma de mudanças
efetuadas nos diagnósticos de enfermagem.
 Medida para descrever os resultados relacionados
com os diagnósticos de enfermagem. Contribui
para modelos de resultados de saúde mais amplos
e genéricos.
Resultados
de Enfermagem
CIPE: Classificação das Ações
de Enfermagem
A
Eixos:
Tipo de
A: H
Ação B
Beneficiário
obrigatório, Alvo
B,C,D,E,F,G,H:
opcionais G C
Via Recursos

F D
Localização Tempo
E
Topologia

http://www.icn.ch/pdfinfo.htm
Somente um termo de cada eixo pode ser usado no diagnóstico.
CIPE: Ações e Intervenções
 Ações de Enfermagem: Comportamento
das enfermeiras na prática
 Intervenções de Enfermagem: Ação
realizada em resposta a um diagnóstico de
enfermagem, com a finalidade de produzir
um resultado de enfermagem. Uma
intervenção de enfermagem é composto por
conceitos contidos nos eixos da
Classificação das Ações.
CIPE: Definições dos eixos das Ações de
Enfermagem (I)

A. Tipo de Ação: realizações levadas à prática por


uma ação, ex: ensinar, inserir, monitorizar.
B. Alvo: entidade que é afetada ou que confere
conteúdo à ação de enfermagem, ex: dor, latência,
serviços domiciliários.
C. Recursos: entidade usada no desempenho da ação
de enfermagem. Inclui os instrumento e serviços,
ex.ligadura, radioterapia.
D. Tempo: orientação temporal de uma ação: eventos,
episódios. Ex: na alta, intra-operatório, pré-natal.
CIPE: Definições dos eixos das Ações de
Enfermagem (II)

E. Topologia: Região anatômica em relação a um


ponto mediano ou extensão desta. Ex: direito,
parcial
F. Localização: Posição anatômica no organismo e a
localização geográfica. Ex: cabeça, braço, local de
trabalho, domicílio.
G. Via: Trajeto através do qual se realiza uma ação de
enfermagem. Ex. Oral, subcutânea.
H. Portador: Entidade a favor do qual a ação é
realizada. Ex: individuo, grupo.
CIPE: Ações: Exemplo
NANDA
North American Nursing
Diagnosis Association
NANDA - Objetivos
 Direcionar a padronização de linguagem dos
diagnósticos de enfermagem

 Auxílio n prática clínica,


informática/desenvolvimento de sistemas e
desenvolvimento de linguagens.
NANDA - Vantagens
 Linguagem comum descreve práticas de
enfermagem
 Melhora comunicação entre enfermagem e
outros
 Incentiva investigação articulando dados
disponibilizados por SI em enf e SIS
 Fornecer dados da prática de enfermagem
 Conhecido e difundido
 Multiaxial
NANDA - Desvantagens
 Poucos diagnósticos
 Linguagem não é de fácil assimilação
 Não contempla ações de enfermagem
NANDA - Diagnóstico de
Enfermagem
 Descreve respostas humanas a condições
de saúde
 Forma de expressar as necessidades de
cuidados de quem necessita dos mesmos
 Exemplo: Alto risco para lesão de pele: se
necessita de intervenção de enfermagem, é
uma necessidade de cuidados.
NANDA - Taxonomia II
 13 domínios: baseados em padrões
funcionais de saúde. Cada um com pelo
menos duas classes
 106 classes: cada uma congrega um ou
mais conceitos diagnósticos
 155 conceitos diagnósticos - diagnósticos
aceitos
 07 eixos
NANDA - Eixos
 Eixos: 1
Conceito
Diagnóstic
2
Tempo

7 3
Topologia Unidade de
Cuidado
6 4
Descritor Idade
5
Potencialidade
EIXOS: DIMENSÃO DA RESPOSTA
HUMANA
 1) Conceito diagnóstico – Principal elemento, a origem do
diagnóstico
 2) Tempo – Duração de um período, agudo, crônico, intermitente
e contínuo
 3) Unidade de Cuidado – A que população: indivíduo, família,
grupo
 4) Idade – Extensão de tempo: feto, neonato, lactente, criança,
etc.
 5) Estado de Saúde – Posição no “continuum”de saúde: bem
estar, risco, real
 6) Descritor –limita ou especifica um significado : alterado,
ineficaz, potencial, aumentado
 7) Topologia – Partes ou estruturas do corpo: auditivo, cerebral,
oral, renal, cutâneo, visual
NANDA - Exemplo
Nível Conteúdo

Domínio 11 Segurança e
proteção
Classe 2 Lesão Física

Conceito Integridade de
Diagnóstico Pele
Integridade de
pele prejudicada
Diagnósticos
Risco para
Aprovados
integridade de
CID (ICD)
Classificação Internacional de
Doenças
CID: Função
O CID (internacional) é designado para:
 classificar dados de morbi-mortalidade

com propósito estatístico;


 indexar arquivos hospitalares por

doenças;
 armazenamento de dados e o seu

resgate para pesquisa.


Versões da CID
 1893: Primeira versão da CID para a
codificação das causas de morte
 1946: CID-6: também morbididade
 CID-9 até 1995 - 2000
 Hoje: CID-10 em quase todos os países,
mas ainda:
 CID-9-CM (modificações clínicas) nos EEUU:
mais refinada, contém também uma
classificação de procedimentos
CID: Código significativo
 1º nível: capítulos: A-Z, mas tem capítulos
com 2 letras (ex. cap. I) , e uma letra para
2 capitulos (ex. letra H)
 2º nível: agrupamentos
 3º nível: categorias (em algumas partes não
há subdivisões)
 4º nível: subcategorias
CID-10
 21 capítulos, totalizando 250 grupos
Capítulo I  Algumas doenças infecciosas e parasitárias (A00-B99)
Capítulo II  Neoplasias [tumores] (C00-D48)
Capítulo III   Doenças do sangue e dos órgãos hematopoéticos e alguns transtornos
imunitários (D50-D89)
Capítulo IV  Doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas (E00-E90)
Capítulo V  Transtornos mentais e comportamentais (F00-F99)
Capítulo VI  Doenças do sistema nervoso (G00-G99)
Capítulo VII  Doenças do olho e anexos (H00-H59)
Capítulo VIII Doenças do ouvido e da apófise mastóide (H60-H95)
Capítulo IX  Doenças do aparelho circulatório (I00-I99)
Capítulo X  Doenças do aparelho respiratório (J00-J99)
Capítulo XI  Doenças do aparelho digestivo (K00-K93)
Capítulo XII  Doenças da pele e do tecido subcutâneo (L00-L99)
Capítulo XIII  Doenças do sistema osteomuscular e do tecido conjuntivo (M00-M99)
Capítulo XIV  Doenças do aparelho geniturinário (N00-N99)
Capítulo XV  Gravidez, parto e puerpério (O00-O99)
Capítulo XVI  Algumas afecções originadas no período perinatal (P00-P96)
Capítulo XVII  Malformações congênitas, deformidades e anomalias cromossômicas (Q00-Q99)
Capítulo XVIII  Sintomas, sinais e achados anormais de exames clínicos e de laboratório, não
classificados em outra parte (R00-R99)
Capítulo XIX Lesões, envenenamento e algumas outras conseqüências de causas externas (S00-T98)
Capítulo XX  Causas externas de morbidade e de mortalidade (V01-Y98)
Capítulo XXI  Fatores que influenciam o estado de saúde e o contato com os serviços de saúde (Z00-Z99)
1O. nível - Capítulos
2O. nível - Agrupamentos
3O. Nível - Categorias
4O. Nível - Subcategorias
3O. nível - não possui subdivisões
CID

... ... I00-I99 ... ... M00-I99 ... ... ...

I00-I02 I10-I15 ... ... M00-M03 M05-M14 ... ...



I00 I01 I02 I10 I11 ... I15 M00 M01 M02 M03 M05 M06 ... M14
... ... ...... ... ... ... ... ...
I01.0 I01.1 ... I01.9 ... I11.0 I11.9 ... ... M03.0 M03.1 M03.2 M03.6 ... ...
M14.0 M14.1 ...M14.8
CID: Características ideais
A princípio:
 Semântica is_a;

 Hierarquias simples;

 Monoaxialidade,

Porquê ?
 Classes mutuamente exclusivas - ideal para

análise estatística: Todas as classes se


somam para 100 %
CID: Na prática...
 Classificação por mais de um código:
Traumatismo (capítulo XIX) + causa externa (cap.XX)
 Hierarquias múltiplas “disfarçadas” em classes marcadas
com * que apontam para uma classe em outra parte da
hierarquia marcada com “+”. Exemplo:
 G02.0* Meningite em doenças virais classificadas em outra parte
 Meningite devida a adenovírus (A87.1+)
 Biaxialidade “disfarçada”, por exemplo nos capítulos de
distúrbios mentais:
 3º dígito: etiologia, 4º dígito: sintomatologia, leva a classes pouco
plausíveis, ex.
F17.6 Transtornos mentais e comportamentais devidos ao uso de
fumo - síndrome amnésica
CID: Classes residuais
Exemplo:
A20 Peste
A20.0 Peste bubônica
A20.1 Peste celulocutânea
A20.2 Peste pneumônica
A20.3 Peste meníngea
A20.7 Peste septicêmica
A20.8 Outras formas de peste
A20.9 Peste, forma não especificada
EA20.9 = EA20
EA20.8 = EA20 - EA20.0 -EA20.1 - EA20.2 - EA20.3 - EA20.7
Links para CID
http://www.datasus.gov.br/
http://tabnet.datasus.gov.br/cgi/sim/obtcid9br.htm
http://www.datamos.gov.br/cid10/webhelp/cid10.htm
http://www.dcc.ufmg.br/pos/html/spg97/anais/doc/luciano.doc
http://www.funasa.gov.br/pub/Iesus/pdfs/iesus_vol7_3/iesus_vol7_3_4347.pdf
http://icd9cm.chrisendres.com/
http://www.cms.hhs.gov/medlearn/icd9code.asp

Referência:
Tese de doutorado da Profª Cláudia Maria Moro Barra
FMA – Foundational Model of
Anatomy
Introdução

Anatomia
 Anatomia é a base de todas as ciências
biomédicas
 Manifestações da saúde e doenças referenciam
estruturas anatômicas que variam no tamanho das
moléculas às peças de corpo
 Sistemas de classificação de doenças ou
procedimentos referenciam implícita (ex. CID) ou
explicitamente (ex. CIPE) – mas:
 Não se usa um sistema de terminologia anatômica
na rotina clínica
Informação
Formas de representar
conhecimento anatômico:
 Modelos gráficos:

 Modelos simbólicos:
Brain has-part BrainStem
Heart has-part MitralValve
MitralValve is-a HeartValve
Digital Anatomist Foundational
Model of Anatomy:
 Modelo simbólico mais elaborado e
completo da anatomia humana
 Motivação original: Descrever estruturas
anatômicas de um atlas digital de Anatomia
FMA: Taxonomia
 Taxonomia simples para todos os conceitos
anatômicos (sem hierarquias múltiplas)
Anatomical entity
Physical anatomical entity
Material physical anatomical entity
Organ part
Organ subdivision
Subdivision of brain
Subdivision of forebrain
Subdivision of telencephalon
Cerebral hemisphere
FMA: Partonomia
 Partonomia (conceitos classificados por
“has-part”) . Hierarquias múltiplas.
Body
Nervous system
Neuraxis
Brain
Forebrain
Telencephalon
Cerebral hemisphere
Body
Head
Head proper
Brain
Forebrain
Telencephalon
Cerebral hemisphere
FMA: Outras relações
 Subrelações de Part-of:
regional-part
systemic part
 Relações de ramificação:
Brachial artery
Ulnar artery
Common interosseous artery
Anterior interosseous artery
FMA e uso em medicina
 FMA representa anatomia canônica
(anatomia ideal)
 Não contém conceitos de anatomia
patológica (ex. cisto renal, tumor de cólon...)
 Interpretação estrita de part-of
(A implies part-of B  B implies has-part A)
dificulta uso para representar conhecimento
sobre casos concretos:
(Apêndice  part-of Intestino  Intestino  has-part Apêndice) ???
FMA links
 Foundational Model Explorer:
http://fme.biostr.washington.edu:8080/FME/index.html

 Para comparar: Modelo simbólico da


anatomia do rato:
http://www.informatics.jax.org/
SIA-SUS e SIH-SUS
SIH / SAI: Conceito
 SIH-SUS:
Faturamento Hospitalar
 SAI-SUS:
Faturamento Ambulatorial
 Controlar o pagamento Ambulatorial e
Procedimento Hospitalar.
 Ministério da Saúde – Organização Pan-
Americana de Saúde
SIH / SAI: Objetivo
 Faturamento Ambulatorial e Hospitalar dos
Estabelecimentos de Saúde, vinculados ao
Sistema Único de Saúde - SUS

 Utilizado exclusivamente no Brasil


SIH / SAI: Subdivisão dos
Procedimentos
32 Grupos, distribuídos em 3 Blocos:
 Bloco 01 – Procedimentos de Atenção

Básica (Grupos 01 a 05)


 Bloco 02 – Procedimentos Especializados

(Grupos 07 a 22)
 Bloco 03 – Procedimentos Assistenciais de

Alta Complexidade (Grupos 26 a 40)


SIH / SAI: Tipologia – Is_a

Grupo 01 Sub-Grupo 1 Procedimento 1

G 02
Consulta
Ações Procedimentos
Bloco 01 Médica
Médicas Clínicos
Domiciliar
Básicas

Grupo n Sub-Grupo n Procedimento n


SIH / SAI: Código Significativo
GG.SSO.DD-DV
GG = Identifica o grupo de procedimentos (2 dígitos)
SS = Identifica o subgrupo de procedimentos (2 dígitos)
O = Representa o nível de organização dado a um
determinado conjunto de ações de saúde (1 dígito)
DD = Identifica o detalhamento do procedimento (2
dígitos)
DV = Identifica o Dígito Verificador do código do
procedimento (1 dígito)  
Estrutura da Tabela SIA-SUS
 código, nome do procedimento
 descrição de procedimentos
 valor do procedimento
 nível de hierarquia
 atividade profissional
 serviço/classificação        
 tipo de atendimento
 grupo de atendimento
 faixa etária
 CID – 10
 motivo da cobrança   
SIH / SAI: Exemplo
Grupo 01 – Ações Executadas por Profissionais de Enfermagem e
Outros Profissionais de Saúde de Nível Médio
Sub-grupo 02 - ATENDIMENTO INDIVIDUAL
0102207-5 CURATIVO POR PACIENTE
instituição
Valor total vigente: 0,00
Nível Hierárquico: 01 02 03 04 05 06 07 08 Classe
Atividade: 01 60 64 76 90 91 92 93 profissional
Não exige Serviço Classificação
Tipo de Prestador: 01 02 03 04 05 06 07 08 09
11 12 13 14 15 16 17 18 19
Tipo de Atendimento: 00
Grupo de Atendimento: 00
Faixa Etária: 00
Estruturação dos Códigos SIH
Tratamento Cirúrgico Alta
na Coluna Vertebral V Complexidade

Ortopedia Complexidade

Redução Incruenta Média


de Fratura de Úmero Complexidade
Exemplo

Grupo 32 – Cardiologia Cirúrgica

32.038.04-6 Ligadura das Veias Cardio-Tuberositárias


Bloco: Média/Baixa Complexidade
Tipo de Procedimento: Principal não aceita secundário
Faixa Etária: Geral
Sexo: Ambos
Média de Permanência: 03 dias
Faturamento Ambulatorial
 Fixo por procedimento
 Baseado em tetos (físico e financeiro)
definidos na Programação individual por
Prestador de Serviço
 Subdivido em grupos de atividade – Alta
Complexidade, Média Complexidade e
Atenção Básica
 Permite remanejamento entre Prestadores
desde que do mesmo Grupo de Atividades
Faturamento Hospitalar
 valor base de tabela (SH, SP, SADT)
acrescido dos valores dos procedimentos
complementares (RN, UTI, SANGUE, OPM,
ACOMP) realizados durante a internação
hospitalar
 além dos valores da tabela, alguns
hospitais recebem incentivos por serem
instituições de ensino e pesquisa ( % da
soma dos valores de serviços hospitalares e
profissionais cobrados)
Faturamento SIH
 AIH 1 – geradora da cobrança
 AIH 2 - modelo manual extinto em 1994
 AIH 3 – folha de continuação da AIH 1, quando o
total de procedimentos ultrapassa 13
 AIH 4 – codificação específica para cobrança de
registro civil – Hospital Amigo da
Criança
 AIH 5 – longa permanência, utilizada
principalmente em internações psiquiátricas
SIH / SAI: Manutenção e
Atualização
 contribuição dos Estados e Municípios
 avaliação de grupo na SAS – MS
 publicado no DOU – Portarias
 publicação no site
http://www.datasus.gov.br/novidades/novid
ades.htm
LOINC
LOGICAL OBSERVATION
IDENTIFIER NAMES AND
CODES
Definição
 Base de dados com nomes e códigos padronizados para
a identificação de resultados de laboratório, observações
clínicas e observações de estudos diagnósticos
 Lançado em 1996, versão atual com mais de 29.300
registros;
 Projeto colaborativo, mantido pelo Regenstrief Institute
 Distribuição gratuita
 Website: http://www.regenstrief.org/loinc
LOINC - Objetivos

 Facilitar a organização, troca e análise de resultados

 Unificar a identificação de resultados

 Organização para a troca de mensagens por:


 HL7(Health Level 7)
 ASTM (American Society of Testing and Materials)

 Somente identificar resultado do teste


LOINC - Características
 A base de dados se encontra dividida em duas
categorias principais :
 Laboratório: química, hematologia, serologia,
microbiologia, toxicologia;
 Clínica: sinais vitais, hemodinâmia, ECG, ecografia
obstétrica, estudos de função pulmonar;

 Adotado pela maioria dos laboratórios Norte


Americanos.
LOINC - Componentes
 Cada registro do LOINC corresponde a um único resultado
de teste laboratorial que indica os seguintes dados:
 Nome do componente pesquisado
 Propriedade/Medida
 Tempo
 Tipo de Amostra
 Escala
 Método

<Analito/componente>:<tipo de propriedade da observação ou


medição>:<aspecto tempo>:<amostra>:<escala>:<método>
LOINC - Exemplo
Componente

AMOSTRA CREATININA
ESCALA

LÍQ.AMIN
QUANTITATIVA

LOINC
2159-2
MÉTODO
TEMPO
ENZIMÁTICO
MEDIDA PT

MASSA
LOINC Componente - Analito
•Nome principal
<[analito].[subclasse].[sub-subclasse]> ^ CALCIUM.IONIZED
HEPATITIS B VIRUS AB.IGG

•Challenge – sobrecarga ou tolerância CORTICOTROPIN^1H


(incluindo: tempo, substância utilizada, POST DOSE INSULIN IV
quantidade e via de administração)
<[tempo] post [quantidade] [sustância] [via
de administração])> ^

CREATININE RENAL
•Ajuste CLEARANCE^^CORRECTED
<ajustes ou correções> FOR SURFACE AREA

O componente é separado por “^” até em três subpartes


LOINC Propriedade - Medida
 Medida das quantidades relacionadas com uma
substância.
 Principais:
 Massa (mg – g);
 Substância (moles – mEq);
 Número
 Atividade catalítica (atividade enzimática)

 Subcategorias:
 Concentração (mg/dl);
 Conteúdo (mg/g);
 Razão;
 Categorias/classes(mg/dia);
 Fração (porcentagem).
LOINC Tempo - Amostra
 Aspecto do tempo: amostra isolada ou coletada durante um
intervalo de tempo.
ALPHA 1 ANTITRYPSIN CLEARANCE:VRAT:24H:SER/PLAS+STL:QN
HEMATOCRIT:VFR:PT:CSF:QN

 Tipo de amostra: soro, urina(SER, UR)

 Pode consistir em duas partes separadas por “^”


Amostra^supersistema
(ABO GROUP:TYPE:PT:BLD^NEWBORN:NOM)

 Diferentes testes combinando analito e amostra (mesmo


analito amostras diferentes)
LOINC - Escala

 Especifica a escala utilizada para a medição.


 Tipos:
 Quantitativa: valor numérico contínuo
 Ordinal: categorias fixas :positivo/negativo
 Nominal: sem ordenamento natural :cor da urina
 Narrativo: texto descritivo: informe microscópico

 Exemplos:
MAGNESIUM:SCNC:PT:SER/PLAS:QN:

ESCHERICHIA COLI O157:H7 IDENTIFIED:PT:STL:NOM:ORGANISM


SPECIFIC CULTURE
LOINC – Método
 Método específico utilizado para realizar o ensaio
 Exemplos:

ERYTHROCYTE SEDIMENTATION RATE:VEL:PT:BLD:QN:WESTERGREEN

ERYTHROCYTE SEDIMENTATION RATE:VEL:PT:BLD:QN:WINTROBE


LOINC – não contempla

 Instrumentação utilizada para medição;


 Quem verifica o resultado;
 Tamanho da amostra coletada;
 Onde foi realizada a coleta (no laboratório);
 Detalhes do local da coleta (sítio anatômico).
Classificação Brasileira
Hierarquizada de Procedimentos
Médicos
CBHPM
 Finalidade
 Histórico
 Como foi elaborada
 O que define
 Capítulos
 Classificação
CBHPM: Finalidade
 Lista ética e científica : transparência,
segurança e respeito
 Garantir remuneração digna
 Elaborada por:
 AMB
 Sociedades de especialidades
 CFM
 Metodologia proposta pela FIPE
CBHPM: Histórico
 Resolução CFM nº 1673/03 : “A CBHPM é
adotada como padrão mínimo e ético de
remuneração dos procedimentos médicos
para o sistema de saúde suplementar”
 Em utilização desde ago/2003
CBHPM: Como foi elaborada
 Valores definidos considerando:
 Complexidade técnica
 Tempo de execução
 Atenção requerida
 Grau de treinamento necessário do profissional.
 FIPE : acessoria na pontuação
 14 portes e 3 subportes (A, B, C)
 Unidade de Custo Operacional (UCO):
depreciação, manutenção
CBHPM: O que define
 Inclui pós operatório
 Vídeo : 1,5x o valor
 Urgência e Emergência : +30% (noite e FS)
 Múltiplos procedimentos:
 Mesma via :100% do principal + 50% de cada
adicional, DESDE QUE não haja código conjunto.
 Diferentes vias: 100% P + 70% dos demais
 Valores para auxiliares e anestesistas (30%)
 Condições de internação (hospedagem) :
superior : 2x para operadoras, x+A particular
CBHPM: Capítulos
1. Procedimentos Gerais
2. Procedimentos Clínicos
• Ambulatoriais
• hospitalares
3. Procedimentos Cirúrgicos e Invasivos
divididos por sistemas humanos
4. Procedimentos Diagnósticos e
Terapêuticos
divididos por especialidades
CBHPM: O Código : S&S

Monitorização Neurofisiológica intraoperatória 2.02.02.004-5
Capítulo = proced. clínicos
hospitalares*
Subdivisão=monitorizações*
Nº seqüencial*
Checksum

* ordem alfabética
CBHPM: O Código : S&S

Extensor próprio do dedo gordo (extensor hallucis longus) 3.07.03.003-2
Proced. cirurg. e invasivos
Sistema músculo esquelético e articulações*
Transplantes Musculares
(com microanastomoses vasculares) *
Nº seqüencial*
Checksum

* ordem alfabética
CBHPM: Classificação
 Código significativo
 Possui uma estrutura de montagem
 Definições extensionais
 um conceito amplo define vários específicos
 Termos complexos
 várias classes dentro de um conceito
 Hierarquia simples. Semântica do tipo is_a
R$ 16,00 + R$ 11,50 x 0,200 = R$ 2,30 = R$ 18,30 ± 20%
SIA/SIH-SUS x CBHPM
 SIA/SIH-SUS  CBHPM
 SUS  Particulares, convênios
 Define habilitações  Ética e valoriza o
 Define critérios de trabalho médico
permanência, faixa  Definida pelas
etária e sexo Sociedades e pela AMB
 Definida por estados,  Tabela de referência
municípios, secretarias para médicos
de saúde
 Valores impostos
 Sistema de Saúde
CBHPM: Conclusão
 Cumpre sua finalidade
 Estrutura organizada
 Consulta online : trabalhosa
 Como referencial para cobranças é prática,
mas não traz detalhes sobre os
procedimentos
Bibliografia
 www.amb.org.br
 A tabela
SNOMED
Systematized Nomenclature of
Medicine
SNOMED: Histórico
 1965-1976: Systematized Nomenclature of
Pathology (SNOP)  Systematized
Nomenclature of Medicine (SNOMED)
 1993: SNOMED Internacional
 1998: SNOMED RT (Reference Terminology)
Descrições lógicas de conceitos
 2000: SNOMED CT (Fusão com Read Codes)
 2004 – 2009: SNOMED CT livremente
disponível nos EEUU
SNOMED: Características (I)
SNOMED é um sistema terminológico multi-
axial tipo nomenclatura:
 Vantagem: Permite a codificação muito
detalhada de qualquer tipo de entidade
 Desvantagens:
 Processo de codificação trabalhoso
 Existem várias alternativas para codificar a

mesma entidade
 Risco de codificação redundante e

inconsistente
SNOMED: Características (II)
SNOMED é composta de 11 eixos:
 Topografico (anatômico) - T : anatomia funcional para
medicina humana e veterinária
 Morfológico - M: alterações encontradas nas células,
tecidos e organismos
 Diagnóstico - D: classificação de condições reconhecidas
clinicamente encontradas na medicina humana e
veterinária
 Procedimentos - P: procedimentos administrativos,
diagnósticos e terapêuticos
 Funcional - F: sinais e sintomas; fisiologia e fisiopatologia
dos processos da doença
SNOMED: Características (III)
 Funcional - F: sinais e sintomas; fisiologia e fisiopatologia dos
processos da doença
 Organismos vivos - L: organismos com vida de etiologia
significante na doença humana e animal
 Químico - C: drogas, produtos biológicos e manufaturados
farmacêuticos
 Agentes físicos, ações e forças - A: compêndio de ações
físicas, perigos físicos, e forças da natureza
 Contexto social - S: condições sociais e suas relações de
importância para a medicina
 Ocupações - J: termos que descrevem a ocupação
 Geral - G: ligações, descrições e qualificações que se
associam ou que modificam os termos contidos em cada eixo
SNOMED: Exemplo 1
 D-13510 (Pneumonia pneumocócica) é
equivalente a combinação de :

 T-28000 (código topográfico para pulmão);


 M-40000 (código morfológico para inflamação)
 L-25116 (código para Streptococcus
pneumoniae do eixo de organismos vivos)
SNOMED: Exemplo 2
 Dermatite atópica (D0-10130) equivale:
 T-01000 (código topográfico para pele)
 M-4300 (código morfológico para inflamação
crônica)
 M-01735 (código morfológico para eritema
papulovesicular)
 F-C3000 (código funcional para reação de
hipersensibilidade alérgica)
 F-A2300 (código funcional para o sintoma
coceira).
Uso da SNOMED
 Amplamente usada: Eixo M para a
morfologia de neoplasias, como eixo
adicional da CID (ICD-O), veja “Morfologia
das Neoplasias” na CID-DATASUS
 Visão: SNOMED como terminologia de
referência com mapeamentos para
terminologias com objetivo estatístico e de
faturamento (CID, SAI/SIH)
Projeto UMLS
 Iniciado em 1986 pela National Library of
Medicine (EEUU)
 Vocabulário médico unificado e interligado
através de conceitos
 Banco de referências cruzadas
 Atualização permanente
 Uso gratuito para pesquisa científica e
educação (depois de assinar um termo de
acordo de licença)
Componentes do UMLS

UMLS Metathesaurus 3500 M

UMLS Semantic Network 0,6 M

UMLS Specialist Lexicon 266 M


Componentes do UMLS

UMLS Metathesaurus 3500 M

UMLS Semantic Network 0,6 M

UMLS Specialist Lexicon 266 M


UMLS Metathesaurus (UMLS META)
 ~ 980 000 conceitos
 ~ 2 400 000 strings
 ~ 100 vocabulários fonte:
CID, MeSH, FMA, NANDA, SNOMED, GO,
LOINC, ...
 Preserva a semântica e estrutura interna
das fontes
 Estabelece sinonímia e novas relações entre
conceitos de fontes diferentes
UMLS Interfaces
 Interface WEB: UMLS Knowledge Source Server
http://umlsks.nlm.nih.gov/
 user: pucpr
 senha: pucpr2003
 “Search”: busca interativa
 “Advances Search”: Busca de linha de comando
 Interface JAVA: Knowledge Source Server API
 Semantic Navigator
UMLS Arquivos
 Arquivos locais em:
 No VNC client: hercules.ppgia.pucpr.br:1
cd 2003AC
 user: senha: (com Roose)
 Manipulação dos arquivos em LINUX usando comandos
shell, PERL, PYTHON, JAVA,...
 Recomendação: customizar arquivos usando
grep e cut
UMLS Documentação
 Documentação das fontes
http://www.nlm.nih.gov/research/umls/UML
SDOC.HTML
 Documentação do Knowledge Source
Server:
UMLS META

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UMLS META

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outros
UMLS MRCON
C0023886|ITA|P|L1234371|PF|S1476317|Ascesso epatico amebico|3|
C0023886|POR|P|L0319334|PF|S0427639|ABSCESSO HEPATICO AMEBIANO|3|
C0023886|POR|S|L0425515|PF|S0549797|AMEBIASE HEPATICA|3|
C0023886|POR|S|L0429003|PF|S0553285|ENTAMEBIASE HEPATICA|3|
C0023886|POR|S|L2361076|PF|S2796947|Abcesso amebiano do figado|3|
C0023886|RUS|P|L0901413|PF|S1105230|PECHENI ABSTSESS AMEBNYI|3|
C0023886|RUS|S|L1508281|PF|S1804190|AMEBIAZ PECHENI|3|
C0023886|SPA|P|L0613063|PF|S0779557|ABSCESO HEPATICO AMEBIANO|3|
C0023886|SPA|S|L0442067|PF|S0566349|ENTAMEBIASIS HEPATICA|3|
C0023886|SPA|S|L0613260|PF|S0779749|AMEBIASIS HEPATICA|3|
C0023886|SPA|S|L2342901|PF|S2778756|Absceso hepatico amebiano|3|
C0023889|DUT|P|L2053941|PF|S2392163|Circulatie, lever-|3|
C0023889|DUT|S|L2065427|PF|S2403649|Levercirculatie|3|
C0023889|ENG|P|L0023889|PF|S0058030|Liver Circulation|0|
C0023889|ENG|P|L0023889|VC|S0421389|liver circulation|0|
C0023889|ENG|P|L0023889|VW|S0025533|Circulation, Liver|0|
C0023889|FIN|P|L1559216|PF|S1855125|maksan verenkierto|3|
C0023889|FRE|P|L0170066|PF|S0234547|CIRCULATION HEPATIQUE|3|
C0023889|GER|P|L1270517|PF|S1512463|Leberkreislauf|3|
C0023889|GER|S|L1270498|PF|S1512444|Leberblutkreislauf|3|
UMLS MRCON: Campos
 CUI: identificador de conceito
(Código principal do UMLS )
 LAT: Linguagem
 TS: Term status
 LUI: identificador de lexema
 STT: String type
 SUI: identificador de string
 STR: String
 LRL: Nível de restrição mínima
UMLS MRCON: Sinonímia (I)
CUI LAT TS LUI STT SUI STR LRL
C0004238|ENG|P|L0004238|PF |S0016668|Atrial Fibrillation|0|
C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S0220832|Fibrillation, atrial|3|
C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S0288232|FIBRILLATION ATRIAL|0|
C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S1623628|Fibrillation atrial|3|
C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S1912105|Fibrillation;atrial|3|
C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0353486|ATRIAL FIBRILLATION|0|
C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0356997|Atrial fibrillation|0|
C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0415228|atrial fibrillation|0|
C0004238|ENG|P|L0004238|VP |S0016669|Atrial Fibrillations|0|
C0004238|ENG|P|L0004238|VWP|S0041388|Fibrillations, Atrial|0|
C0004238|ENG|P|L0004238|VW |S0372707|Fibrillation, Atrial|0|
C0004238|ENG|S|L0004327|PF |S0016899|Auricular Fibrillation|0|
C0004238|ENG|S|L0004327|VC |S0353545|AURICULAR FIBRILLATION|0|
C0004238|ENG|S|L0004327|VC |S0357130|Auricular fibrillation|0|
C0004238|ENG|S|L0004327|VP |S0016900|Auricular Fibrillations|0|
C0004238|ENG|S|L0004327|VWP|S0041389|Fibrillations, Auricular|0|
C0004238|ENG|S|L0004327|VW |S0372708|Fibrillation, Auricular|0|
C0004238|ENG|S|L0495689|PF |S0580463|AF - Atrial fibrillation|3|
Lexemas vs. Strings
 ocorrências (tokens)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”

 formas (tipos de string)


1 2 3 4 2 5 3 6 7 8
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”

 lexemas (unidades lexicais)


1 2 3 4 2 5 2 6 3 7
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”
UMLS MRCON: CUI, LUI, SUI (II)
Concept (CUI) Terms (LUIs) Strings (SUIs)
C0004238 L0004238 S0016668
Atrial Fibrillation Atrial Fibrillation Atrial Fibrillation
(preferred) (preferred) (preferred)
Atrial Fibrillations  Atrial Fibrillations
Auricular Fibrillation S0016669
Auricular Atrial Fibrillations
Fibrillations L0004327 S0016899
(synonym) Auricular Fibrillation
Auricular Fibrillation  (preferred)

Auricular S0016900
Fibrillations (plural variant)
Auricular
Fibrillations
UMLS MRCON: Homógrafos
14:34 schulz@supreme:/data/data/umls2003AA/2003AA/META )
grep -i "|COLD <" MRCON | more

C0009264|ENG|S|L0009264|PF|S0007170|Cold <1>|0|
C0009443|ENG|S|L0009264|PF|S0007171|Cold <2>|0|
C0010412|ENG|S|L0009264|PF|S1556597|Cold <4>|0|
C0024117|ENG|S|L0009264|PF|S0829315|COLD <3>|0|
C0234192|ENG|S|L0009264|PF|S1556598|Cold <5>|0|
C0719425|ENG|S|L0009264|PF|S1789118|Cold <6>|0|
UMLS META

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outros
Relações entre Conceitos

1º CUI 2º CUI
Relações como:
broader
narrower
parent
child
is-a
has-location
part-of...

A fonte é a autoridade para as relações, não o UMLS !


UMLS MRREL
CUI1 REL CUI2 RELA SAB SL MG
C0001209|CHD|C0816432|isa |UWDA|UWDA||
C0001209|CHD|C0816433|isa |UWDA|UWDA||
C0001209|CHD|C0822997|part_of |UWDA|UWDA||
C0001209|CHD|C0823051|part_of |UWDA|UWDA||
C0001209|CHD|C0823068|part_of |UWDA|UWDA||
C0001209|PAR|C0036277|has_part |UWDA|UWDA||
C0001209|PAR|C0036277| |MSH |MSH ||
C0001209|PAR|C0223623| |SNMI|SNMI||
C0001209|PAR|C0223623| |SNM |SNM ||
C0001209|PAR|C0507245|inverse_isa |UWDA|UWDA||
C0001209|RB |C0036277|has_part |UWDA|UWDA||
C0001209|RB |C0507245|inverse_isa |UWDA|UWDA||
C0001209|RL |C0153514|mapped_from |SNMI|SNMI||
C0001209|RN |C0816432|isa |UWDA|UWDA||
C0001209|RN |C0816433|isa |UWDA|UWDA||
C0001209|RN |C0822997|part_of |UWDA|UWDA||
C0001209|RN |C0823051|part_of |UWDA|UWDA||
C0001209|RN |C0823068|part_of |UWDA|UWDA||
C0001209|RO |C0159669|has_location|SNMI|SNMI||
UMLS MRREL: Campos
 CUI1: identificador do 1º conceito,
construido por “C” mis 7 algarismos
 REL: Relação de CUI2 com CUI1
 CUI2: identificador do 2ºconceito
 RELA: Relação mais específica (relation
attribute)
 SAB: Fonte da relação
 SL: Fonte da relação
UMLS MRREL: Valores de REL
 RB: has a broader relationship  RN: has a narrower relationship
 RO: has relationship other than synonymous,
narrower, or broader
 RL: the relationship is similar or "alike".
 RQ: source asserted relatedness and possibly
synonymous.
 SY: source asserted synonymy.
 PAR: has parent relationship  CHD: has child relationship
(in a Metathesaurus source vocabulary)
 SIB: has sibling relationship in a Metathesaurus
source vocabulary.
 AQ: is an allowed qualifier for the first concept in a Metathesaurus
source vocabulary.  QB: can be qualified by.
UMLS META

Relações p
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Lexico- MRCON 151 M


Semânticas sím
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Semânticas
MRREL
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outros
Outros Arquivos de UMLS META
 MRFILES
 MRATX Associated Expressions
 MRCOC Co-occurring Concepts
 MRCOLS Attribute Relation
 MRCXT Concept Contexts
 MRDE Definitions
 MRSAB Source Metadata
Componentes do UMLS

UMLS Metathesaurus 3500 M

UMLS Semantic Network 0,6 M

UMLS Specialist Lexicon 266 M


UMLS SN (semantic network)
 Sistema hierárquico de
 135 categorias semânticas
 54 Relações semânticas
 Definições em texto livre
 Categorias e relações identificadas por “type
identifier”:
T + 3 algarismos
 Relações identificadas por
 Todos os CUIs são categorizados conforme a SN
Semântica da UMLS SN (I)
 Taxonomia de categorias
 Taxonomia de relações
 Relações / Categorias:
rel (C1, C2) significa:
Relação é possível entre conceitos
pertencentes às categorias C1 e C2
 Relações possíveis podem ser bloqueadas
para categorias subordinadas
 http://www.nlm.nih.gov/research/umls/META3_Figure_3.html
Arquivos
 Em /NET
 SRDEF
informações básicas sobre categorias e relações
 SRSTR estrutura da rede semântica
 SRSTRE1 ,SRSTRE2
Todas as relações, inclusive as relações
herdadas
 Em /META:
 MRSTY: Tipos semânticos por conceito
Exercícios LINUX (I)
 Crie uma tabela mrcon_port que só contenha os
registros das strings portuguesas
[grep]
 Crie uma tabela mrcon_pref que só contenha o
CUI e sua preferred string em Inglês [grep cut]
 Faça uma estatística dos registros em Português,
Espanhol, Inglês, Francês [grep, wc]
 Crie uma tabela mrcon_port_word que só
contenha termos portugueses de uma palavra só
 Crie uma tabela mrrel_amostra contendo uma
amostra aleatória de 1% da tabela MRREL
Exercícios LINUX (II)
 Use mrrel_amostra e substitua os CUI pelas
strings preferenciais (tabela mrcon_pref)
 Liste todos os homógrafos que ocorrem no UMLS
português
 Explore a tabela MRCXT. Pesquise o signnificado
Extraia o sistema SNOMED International e guarde-
o numa tabela separada.
 Explore a tabele STSTR. Selecione as relações
anormais (que nao tem “|D|”)
 Explore a tabela MRSTY. Calcule a média de tipos
semânticos por conceito
Exercícios WEB (I)
 Acesse a interface “search” e pesquise os
seguintes termos variando as relações que
você quer exibir.
 atherosclerosis  coxarthrosis
 cancer  fracture of navicular
 pineal gland  femoral fracture
 Brazil  appendectomy
 ornidazole  bronchial neoplasm
 Pemphigus vegetans  eclampsia
 Ascaris lumbricoides  renal metastasis
 Research nurse
Exercícios Web (II)
 Procure detectar a origem das relações
 has_location
 is_a
 part_of
 mapped_to
 associated_with
 Explore os tipos semânticos de
 Adenoma
Exercícios WEB (III)
 Explore o “UMLS semantic navigator” e dê
uma breve apresentação
 Explore o “UMLS Advanced Search”
 Focused Search
 Command Line Query
 ASCII Relational Records

Você também pode gostar