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PROTOCOLO DE

CAPTURA DE IMAGENS PROTOCOL


TO CAPTURE
DE MACROFUNGOS MACROFUNGI
IMAGES
Felipe Bittencourt
Fernanda Karstedt
Melissa Palacio Pulgarín
Aldo von Wangenheim
Elisandro Ricardo Drechsler-Santos
PROTOCOLO DE
CAPTURA DE IMAGENS PROTOCOL
TO CAPTURE
DE MACROFUNGOS MACROFUNGI
IMAGES
PROTOCOLO DE
CAPTURA DE IMAGENS PROTOCOL
TO CAPTURE
DE MACROFUNGOS MACROFUNGI
IMAGES
Felipe Bittencourt
Fernanda Karstedt
Melissa Palacio Pulgarín
Aldo von Wangenheim
Elisandro Ricardo Drechsler-Santos

— 2022 —
Este livro também é parte dos seguintes projetos de pesquisa:
this book is part of the follow research projects:

» CNPq (457451/2012-9);
» PQ311158/2018-8;
» CNPq/Capes/FAPs/BC - Fundo Newton/PELD nº 15/2016,
APRESENTAÇÃO
» FAPESC/2018TR0928
» FAPESC/CNPq PRONEM 04/2019.
» CNPq/MCTI/CONFAP-FAPS - PROTAX (CNPq 441821/2020-0, FAPESC2021TR390)
Antes do advento de microscópios e biologia molecular, a identificação
APOIO/SUPPORT de espécies era realizada por meio de características macroscópicas.
Atualmente, faz parte de uma identificação precisa uma combinação
de características macro e micromorfológicas, químicas e moleculares.
INCT-Herbário Virtual
da Flora e dos Fungos
Existem espécies similares e microscopicamente, metabolicamente ou
RE ALIZAÇÃO/ COORDINATION
geneticamente distintas. Assim como existem organismos com morfolo-
gia variada, mas que molecularmente compreendem uma única espécie.
Estas dificuldades nos processos de identificação são reconhecidas por
toda a comunidade científica.
Mesmo frente a essas dificuldades é de conhecimento comum que
existem muitas espécies neotropicais que podem ser reconhecidas
Dados Internacionais de Catalogação na Publicação (CIP)
(Câmara Brasileira do Livro, SP, Brasil) pela morfologia capturada em uma fotografia, sendo essas em nível de
Protocolo de captura de imagens de macrofungos = Protocol to capture macrofungi images espécie ou enquadrada em algum outro grupo taxonômico. Deste modo,
[livro eletrônico] / Felipe Bittencourt ... [et al.]. -- 1. ed. -- Florianópolis, SC : Officio, 2022. PDF
Outros autores : Fernanda Karstedt, Melissa Palacio Pulgarín, Aldo von Wangenheim, este guia tem como objetivo propor uma metodologia padrão para a
Elisandro Ricardo Drechsler-Santos.
Bibliografia.
captura de imagens que possibilitem o reconhecimento de espécies de
ISBN 978-65-87710-12-9 macrofungos por meio de fotografias em um aplicativo, app MIND.Funga.
1. Biologia 2. Fotografia 3. Fungos 4. Imagens fotográficas I. Bittencourt, Felipe.
II. Karstedt, Fernanda. III. Pulgarín, Melissa Palacio. IV. Wangenheim, Aldo von. V. Drechsler- Este aplicativo está ligado à uma base de dados que são utilizados para
Santos, Elisandro Ricardo. VI. Título : Protocol to capture macrofungi images.
21-92690 CDD-579.5 treinar uma rede neural artificial (inteligência artificial) com o objetivo
Índices para catálogo sistemático: de reconhecimento de fungos através de imagens.
1. Fungos : Microbiologia 579.5
Aline Graziele Benitez - Bibliotecária - CRB-1/3129
Assim, os passos a seguir sugerem boas práticas de fotografia de ma- P R E SE N TAT I O N
crofungos para que as imagens contenham um número mínimo de infor-
mações importantes, possibilitando uma maior eficiência do algoritmo
do aplicativo no reconhecimento de espécies e/ou grupos taxonômicos Before the arrival of microscopes and molecular biology, species identi­
mais inclusivos. fication was carried out using macroscopic characteristics. Currently, a
proper identification is a combination of macro-and micro-morphological,
chemical and molecular characteristics. There are similar and microscop­
ically, metabolically or genetically distinct species; as well as there are
organisms with diverse morphology, but that molecularly comprise a single
species. These difficulties in the identification processes are recognized
by the entire scientific community.
Even with these difficulties, is common knowledge that there are many
neotropical species that can be recognized by the morphology captured in
a photograph, at species level or framed in some other taxonomic group.
Thus, this guide aims to propose a standard methodology for capturing
images that make it possible to recognize macrofungi species through pho­
tographs in an application, app MIND.Funga. This application is connected
to a dataset used to train an artificial neural network (artificial intelligence)
with the purpose of recognizing fungi through images.
Thus, the following steps suggest good practices of macrofungi photogra­
phy to obtain images containing a minimum number of important informa­
tion; this will allow a greater efficiency of the application algorithm in the
recognition of species and/or more inclusive taxonomic groups.
OS MACROFUNGOS

Os fungos assim como os animais e as plantas, são seres vivos que fazem
parte do planeta e estão presentes em todos os ambientes. De modo geral
a fauna e a flora de um determinado local são bem conhecidas, mas e a
Funga? Na maior parte do tempo os fungos passam despercebidos, ob-
viamente porque muitos são microscópios, mas mesmo os macrofungos
em boa parte do seu ciclo de vida ficam escondidos nos substratos que
consomem. Os macrofungos, são assim nomeados, porque são capazes
de produzir estruturas reprodutivas (produtora de esporos), os esporomas
e/ou estromas, que são visíveis a olho nu. Estes esporomas possuem as
mais diversas formas, tamanhos e cores, sendo popularmente conheci-
das, por exemplo, como cogumelos, bolas-da-terra, dedos-de-defunto,
estrelas-da-terra, orelha-de-geleia, orelhas-de-pau.
Como já dito, muitas vezes uma boa fotografia pode ser suficiente para o
reconhecimento da espécie ou grupo taxonômico desses macrofungos.
Apresentamos a seguir o que foi avaliado como importante no ato de re-
alizar fotografias para ter boas imagens e suficientemente informativas
para o reconhecimento de espécies via aplicativo MIND.Funga.

Fungos possuem hábitos diversos. Hygrocybe sp.


é um cogumelo que cresce no solo das florestas.
Fungi have different habits. Hygrocybe sp. is a
mushroom that grows in the forests soils.
Alguns fungos se associam a outros organismos
formando simbioses, como é o caso dos fungos
liquenizados, que formam associações com algas.
Some fungi associate with other organisms forming
symbioses, as is the case of lichenized fungi, which
form associations with algae.
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P R OTO C O L O D E C A P T U R A D E P R OTO C O L TO C A P T U R E
[ 10] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S M AC R O F U N G I I M AG E S [ 11]
MACROFUNGI Sumário/Contents

Fungi, like animals and plants, are living beings that are part of the planet Preparo do cenário / Scenario planning. ........................................................................................... 15
and are present in all types of environments. In general, fauna and flora of 1. Limpe a área / Clean the area.................................................................................................................16
a given place are well known, but what about Funga? Fungi are not easily
2. Enquadramento / Framing.........................................................................................................................18
seen as some of them are microscopic and others, such as macrofungi,
spend much of their life cycle hidden in the substrates they consume. 3. Cuidado com a luz / Take care of the light.......................................................................... 20
4. Escala / Scale............................................................................................................................................................. 22
Macrofungi are so called because they can produce reproductive structures
(spore-bearing), sporomata and/or stromata, which are visible to the naked 5. Composição / Composition...................................................................................................................... 24
eye. These sporomata have many variable shapes, sizes, and colours; com­
O fungo (esporoma) / The fungi (sporoma)..................................................................................... 27
monly known, for instance, as mushrooms, puffballs, earthstars, jellyfungi,
and brackets. 1. Visão superior / Top view ............................................................................................................................ 32
As already said, a good photography can often be enough to recognize 2. Visão inferior / Underside view.......................................................................................................... 34
species or taxonomic group of these macrofungi. Below we present what 3. Visão de perfil / Side view (profile)................................................................................................. 36
was considered important in the act of taking photographs to have good 4. Aspecto geral e substrato / General appearance and substrate.......... 38
images and sufficiently informative for the species recognition through
the MIND.Funga application. Informações adicionais / Additional information. .................................................................. 41

A inteligência artificial pode ajudar você a conhecer os fungos


Artificial Intelligence can help you to recognize Fungi.................................................... 47

Colaboração na construção do aplicativo /


Collaboration to build the app........................................................................................................................ 63
Preparo
do cenário Scenario
planning
Como em todas as
fotografias, o preparo
do cenário é importante. As with all photographs,
scenario planning is
Veja abaixo algumas dicas
important. See below for
quando nos referimos some tips when referring
aos macrofungos. to macrofungi.

O himenóforo dos fungos, geralmente localizado na parte de baixo,


carrega as hifas produtoras de esporos. Além disso, possuem diversas
características importantes para a identificação das espécies.
The fungal hymenophore, usually located at the bottom, carries the
spore-producing hyphae. In addition, they have several important
characteristics for species identification.
VOLTAR AO SUMÁRIO
1. Limpe a área
Limpe a área: remova cui­da­do­sa­ 1. Clean the area
mente elementos que estiverem so-
bre e ao redor do esporoma (fungo) Clean the area: remove carefully
a ser fotografado como, por exemplo, elements on or around the sporo­
folhas, galhos, raízes. Deixe todas as ma (fungi), such as leaves, branch­
estruturas do esporoma bem expos- es, and roots. Leave all sporoma
tas (Figuras 1 e 2). Às vezes, é neces- structures well exposed (Figure 1
sário remover o esporoma do subs­ and 2). Sometimes it is necessary
tra­to, mas evite danificá-lo, princi­ to remove the sporoma from the
pal­mente na base, a qual pode ter substrate, but avoid damaging it,
A B
alguma informação importante. especially at the base, which may
have some important information.

FIGUR A 1 . A e C. Fotografia de espo­­­­ro­mas


sem limpeza e sem preparo do cenário. FIGURE 1 . A and C. Sporomata photo­graph
B e D. Fotografia após limpeza do ambiente. without cleaning or planning scenario.
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B and D. Photograph after cleaning.
C D

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[ 16] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 17]
2. Enquadramento
O enquadramento pode ser de um 2. Framing
esporoma em seu ambiente, de
The framing may be of a sporoma in
modo que ele ocupe o centro da
its environment, so that it occupies
imagem, de preferência ocupando
the image center, preferably occu­
pelo menos 60-75% dela (Figura 2).
pying at least 60-75% of it (Figure 2).
Se não for possível aproximar tanto
If it is not possible to get so close to
do esporoma sem perder o foco,
the sporoma without losing focus,
priorize o foco!
prioritize the focus!

A B

FIGUR A 2 . Exemplos de fotografias


em que o esporoma está enquadrado. FIGURE 2 . Examples of photographs in
A. Asorea rubra group. B. Cyathus sp. which the sporoma is framed. A. Asorea
A-B. Fotografados de cima. C. Boletinellus rubra group. B. Cyathus sp. A-B. Photo-
exiguus, fotografia da parte de baixo. graphed from above. C. Boletinellus
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D. Ionomidotis sp., fotografado de perfil. exiguus, underside photograph.
D. Ionomidotis sp., profile photograph. C D

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3. Cuidado com a luz
Certifique-se de que o lugar onde 3. Take care of the light
o esporoma está tenha uma lumi-
Make sure that the place where the
nosidade adequada e homogênea,
sporoma is, has adequate and homo­
sem focos de luz/sombra (Figura
geneous brightness, without light /
3). Se necessário transporte o es-
shadow (Figure 3A). If necessary, take A
pécime para uma área com ilumi-
the specimen to an area with more
nação mais adequada ou utilize
adequate lighting or use an umbrella D
um guarda-chuvas para homoge-
or other object to homogenize the
neizar a luz do ambiente e tripé
ambient light. In darker environments
para uma exposição
it is easier the photo to come out
blurry, so it is recommended to use
a tripod to set up a larger exposure of
the camera and thus compensate for
low light; another alternative is to use B E
flash, but use it sparingly, there may
be a significant natural coloration
loss of the sporoma.
FIGUR A 3 . A-C. Fotografia inadequada,
com manchas de luz ou ausência de luz
prejudicando a melhor imagem dos FIGURE 3 . A-C. Improper photo­graphs, with
esporomas. D-F. Fotografia adequada, overexposed light spots or light absence
com uma iluminação homogênea. impairing the photograph. D-F. Proper
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photo­graphs with homogeneous lighting.
C F

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4. Escala
Um esporoma pode medir milí- 4. Scale
metros ou atingir quase um me-
A sporoma can measure millime­
tro, caso seja possível, inclua em
ters or reach almost a meter, if
uma das fotografias algo que atue
possible, include in one photograph
como escala, por exemplo, uma
something as a scale, for example,
moeda ou uma régua (Figura 4).
a coin or a ruler (Figure 4). But, keep
Mas mantenha a escala distante
the scale away from the specimen
do espécime para que possa ser
so that it can be deleted and not
excluída e não prejudicar a esté-
affect your photo aesthetics.
tica de sua foto.

FIGUR A 4 . A. Exemplos de esporomas de


macrofungos e uma pequena amostra de
FIGURE 4 . A. Examples of macrofungi
diversidade de tamanhos. B. Exemplo de
sporomata as a little sample of size
fungo fotografado sem escala, Favolaschia sp.
diversity. B. Example of fungi photographed
C. Exemplo de fotografia com escala de cor,
without scale, Favolaschia sp. C. Example
Geastrum sp. D. Exemplo de fotografia com
of photograph with colored scale,
escala de medida, Agaricus sp.
Geastrum sp. D. Example of photograph
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with scale, Agaricus sp.
B C D

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5. Composição
Procure por outros exemplares de 4. Composition
esporomas da mesma espécie até
Look for other sporomata of the
cerca de dois metros e agrupe-os,
same species up to about two me­
deste modo terás uma ideia me-
ters and group them, this way you
lhor dos formatos e estado de ma-
will have a better idea of the shapes
turação dos fungos encontrados
and maturation status of the fungi
(Figura 3.B e 5). Você pode incluir
found (Figure 3.B and 5). You can
mais de um esporoma na mesma
include more than one sporoma in
foto, posicionando-os em diferen- A B
the same photo, positioning them
tes ângulos, porém mantendo dis-
at different angles, but maintaining
tância para que a imagem possa
a distance so that the image can be
ser fragmentada para possíveis
fragmented for possible individu­
enquadramentos individuais.
al framings. But be careful: avoid
grouping sporomata that may rep­
resent different species!

FIGUR A 5 . A-D. Exemplos de imagens


compostas. A. Pluteus crinitus. B. Trametes sp. FIGURE 5 . A-D. Examples of composite
C. Xylariaceae. D. Calvatia rugosa.
photos. A. Pluteus crinitus. B. Trametes sp.
C. Xylariaceae. D. Calvatia rugosa.
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C D

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[ 24] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 25]
O fungo
(esporoma) The fungi
(sporoma)
O registro das características
do esporoma que irão auxiliar o
reconhecimento do táxon é The recording of the sporoma
characteristics will assist the
tão ou mais importante que a
taxon recognition is as or more
qualidade do registro fotográfico. important than the quality of
the photographic record.

Fungos são os grandes responsáveis pela reciclagem da matéria orgânica dos


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ecossistemas. Este Hymenochaete sp. está decompondo um tronco morto.
Fungi are largely responsible for recycling organic matter from ecosystems.
This Hymenochaete sp. is rotting a dead trunk.
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[ 26] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 27]
O registro ideal, considerando o
reconhecimento via aplicativo The ideal record, considering re­co­g­
MIND.Funga, é de duas a quatro nition through the MIND.Funga ap­
fotografias para o mesmo espo- plication, is two to four quality pho­
roma, de modo que forneçam in- tographs for the same sporoma, so
formações como o substrato em that they provide information such
que o fungo está se desenvolven- as the substrate on which the fungi
do, formato geral e das partes que is growing, the general format and
compõem o esporoma, coloração, all sporoma components, coloring,
texturas e possíveis detalhes de textures and possible ornamenta­
ornamentação. tion details.
É importante ressaltar que cada It is important to note that each tax­
grupo taxonômico de macrofun- onomic group of macrofungi has its
gos possui suas particularidades, particularities, some require more
alguns requerem mais detalhes na details when collecting and taking
hora de realizar a coleta e fotogra- field photographs, others require
fias de campo, outros mais testes more chemical tests, but in general
químicos, mas de modo geral pen- think of a photographs set that would
Alguns belos detalhes dos esporomas só podem ser enxergados se em um conjunto de fotografias allow you to reproduce the specimen
através das lentes. Na foto, um espécime de Aegis luteocontexta.
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que permitiriam reproduzir o espé- in a three-dimensional way. This way
Some beautiful sporomata details can only be seen through the
lens. In the photo, a specimen of Aegis luteocontexta.
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[ 28] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 29]
cime de modo tridimensional. Des-
te modo terás contemplado um you will have contemplated an ideal
número mínimo ideal de imagens. minimum number of images.
Propomos que sejam realizadas We propose that at least three pho­
pelo menos três fotografias de cada tographs be taken of each sporoma,
esporoma, uma de visão superior, one from the top view, one from the A B C
uma de visão lateral (perfil) e uma de side view (profile) and one from un­
visão inferior (Figura 6-9) e em uma derside view (Figure 6-9) and in one
destas imagens recomendamos of these images we recommend
que esteja evidenciado o substrato. that the substrate is highlighted.
Procure sempre tirar a foto do fun- Always try to take the picture of the
go “de pé” ou na mesma direção do fungus “standing”, or in the same
seu crescimento (a base do fungo direction of its growth (the lower
na parte de baixo da foto, a parte de part of the fungus at the bottom of
the picture, and the upper part at D E F
cima dele na parte de cima da foto).
the top).
FIGUR A 6 . A-C. Esquema de como foto­
grafar. D-L. Exemplos de fotografias. FIGURE 6 . A-C. Layout of how to shoot.
A, D, G. Fotografia de visão superior, D-L. Photographs examples. A, D, G. from
B, E, H. Fotografia de visão inferior. the top view. B, E, H. underside view.
C, F, I. Fotografia de perfil. C, F, I. side view (profile). D-F. Polyporus sp.
D-F. Polyporus sp. G-I. Geastrum sp. G-I. Geastrum sp.
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G H I

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1. Visão superior
Uma foto de cima. Nesta imagem 1. Top view
serão coletadas as características
A photo from above. In this image,
como aspecto da superfície pilear
the characteristics such as the pilear
para orelha-de-pau e cogumelos,
surface appearance for brackets
assim como número de “ovinhos” A B
and mushrooms will be collected,
nos ninhos-de-passarinho ou nú-
as well as the number of “eggs” in
mero de braços nas estrelas-da-
the bird’s nests or the number of
-terra (Figura 2.A-B, 6.A,D,G, J e
arms in the earthstars (Figure 2.AB,
7). Para alguns grupos de fungos,
6 .A, D, G, J and 7). For some fungi
como os crostosos, está será a
groups, such as corticioid, this will be
única foto possível (Figura 7.E).
the only possible photo (Figure 7.E).

C D

FIGUR A 7 . Exemplos de fotografias vista


de cima. A. Arambarria cognatas.
FIGURE 7 . Examples of top view photo-
B. Amanita coacta. C. Cookeina tricholoma.
graphs. A. Arambarria destruens.
D. Geastrum sp. E. Aleurodiscus miriabilis.
B. Amanita coacta. C. Cookeina tricholoma.
F. Parmotrema tinctorum (Foto: E. Gumboski).
D. Geastrum sp. E. Aleurodiscus miriabilis.
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F. Parmotrema tinctorum (Photo: E. Gumboski).
E F

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[ 32] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 33]
2. Visão inferior
Uma foto da parte de baixo do espo­ 2. Underside view
roma, podendo representar de-
A photo of the sporoma underside,
talhes das estrelas-da-terra e/
which may represent details of the
ou ninhos-de-passarinho ou da
earthstar and/or bird’s nests or the
região fértil (himenóforo) no caso
fertile part (hymenophore) in the
de cogumelos e orelhas-de-pau
case of mushrooms and brackets
(Figura 6.B, E, H, K e 8).
(Figure 6.B, E , H, K and 8).

A B

FIGUR A 8 . Exemplos de fotografias da


parte inferior de cogumelos e orelhas- FIGURE 8 . Examples of underside view
de-pau. A. Pleurotus sp. B. Geastrum sp. photographs of mushrooms and brackets.
C. Polyporales. D. Pluteus sp. A. Pleurotus sp. B. Geastrum sp.
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C. Poliporales. D. Pluteus sp.
C D

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3. Visão de perfil
Uma foto em perfil, lateral, do topo 3. Side view (profile)
até a base, é essencial para os
A profile photo, side, from top to
fungos que crescem e se alongam
bottom, is essential for fungi that
para longe do substrato. Além de
grow and stretch away from the
evidenciar o substrato, esta fo-
substrate. In addition, to showing A B
tografia poderá registrar carac-
the substrate, this photograph may
terísticas específicas de grupos
register specific characteristics
taxonômicos como a presença ou
of taxonomic groups such as, the
ausência de escamas, anel no es-
presence or absence of scales, ring
tipe e volva ou micélio na base do
in the stipe, and volva or mycelium
estipe (Figura 6.C,F, I,L e 9).
in the stipe base. (Figure 6.C, F, I, L
and 9).

C D

FIGUR A 9 . A-D. Exemplos de imagens em


perfil. A. Volvariella perciliata. B. Calvatia FIGURE 9 . A-D. Examples of profile photo­
rugosa. C. Phallus indusiatus group. graph. A. Volvariella perciliata. B. Calvatia
D. Mutinus argentinus. E. Ramaria sp. rugosa. C. Phallus indusiatus group.
F. Cladonia sp. (Foto F: Emerson Gumboski). D. Mutinus argentinus. E. Ramaria sp.
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F. Cladonia sp. (Photo: Emerson Gumboski).
E F

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[ 36] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 37]
4. Aspecto geral e substrato
Evidencie o fungo e o substrato em 4. General appearance
que está, por exemplo: se estiver and substrate
sobre um tronco, se está inserido na
Show the fungi and it’s substrate;
madeira (viva ou morta) ou somente
for instance: if it is on a trunk, if it is
entre os musgos na superfície deste
inserted in the wood (live or dead) A B C
tronco; se estiver no chão, se este
or only between mosses on the
está na serapilheira, em algum galho
trunk surface; if it is on the ground,
ou inseto ou em meio ao solo. Note
if it is on the litter, on a branch or
que nesta fotografia o esporoma
insect or in the middle of the soil.
também estará presente, assim ela
Note that in this photo the sporoma
poderá representar uma das fotos
will also be present, so it can repre­
sugeridas nos tópicos anteriores,
sent one of the suggested photos in
não necessariamente uma quarta
the previous topics, not necessarily
foto (Figura 10).
a fourth photo (Figure 10). D

FIGUR A 10 . A. Cogumelo crescendo no


chão, em areia. B. Cogumelo crescendo no FIGUR E 10 . A. Mushroom growing on the
chão, na serapilheira. C. Cogumelo cres­ ground, in sand. B. Mushroom growing on
cendo no chão, em bainha de palmeira. the ground, in leaf litter. C. Mushroom
D. Orelha-de-pau crescendo em galho. growing on the ground, in leaf sheath
E. Ninhos-de-passarinho crescendo em palm. D. Bracket growing on a branch.
esterco de gado. F. Fungo crescendo E. Bird’s nests growing on cow dung.
M I N D. F U N G A

M I N D. F U N G A
em lagarta enterrada. F. Fungi growing on buried caterpillar.
E F

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[ 38] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 39]
Fungos possuem colorações variadas e
às vezes muito vivas. Na foto, apotécios
de Chlorociboria sp.
Fungi have varied and sometimes very Informações
vivid colors. This photo shows apothecia
of Chlorociboria sp. adicionais Additional
Além das fotografias, information
outras informações
associadas ao material In addition to photographs,
fotografado também other information associated
with the photographed
são importantes.
material are also important.
Nome do fotógrafo
É sempre importante reconhecer Photographer’s name
o autor da imagem. It is always important to recognize
the image author.
Data do registro fotográfico
Ao longo do tempo, possibilitará Date of the photograph record
uma análise de sazonalidade. Over time, will allow seasonality
analysis.
Localização geográfica
Cidade, estado, país – possibilitará Geographic location
conhecer a distribuição mais real City, state, country – make it pos­
da espécie. sible to know the most real species
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distribution.

P R OTO C O L O D E C A P T U R A D E P R OTO C O L TO C A P T U R E
[ 40] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 41]
Muitas pessoas lembram apenas dos cogumelos, mas o reino
dos fungos é infinitamente mais rico em formas. Alguns são
Coletor, número de chamados de coraloides, como este Clavulina fuscolilacinea.
coletor e herbário Many people only remember mushrooms, but the kingdom
No qual foi ou será depositado (se Collector, collection Fungi is infinitely richer in shapes. Some are called coralloids,
houver) – possibilitará o acesso a number and herbarium like this Clavulina fuscolilacinea.

interessados em estudar o mate- In which it was or will be deposited


rial fotografado. (if any) – will allow access to those
interested in studying the photo­
Identificação graphed.
Do fungo, em espécie, gênero ou
família, na medida do possível. Fungi Identification
species, genuso or family as far as
Através destas informações o
possible.
banco de espécies se tornará
mais robusto, confiável, sendo Through this information, the spe­
possível utilizá-lo no futuro como cies bank will become more robust,
uma ferramenta conhecer melhor reliable, and it will be possible to use
a distribuição, habitat, sazonali- it in the future as a tool to better
dade e fenologia das espécies, understand the distribution, habitat,
bem como seu monitoramento seasonality and phenology of spe­
na Região Neotropical, frente às cies, as well as their monitoring in
mudanças no espaço e no tempo. the Neotropical region, considering
changes in space and time.
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P R OTO C O L O D E C A P T U R A D E P R OTO C O L TO C A P T U R E
[ 42] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S M AC R O F U N G I I M AG E S [ 43]
Trametes sp. crescendo em um tronco à luz do sol.
Trametes sp. growing on a log in the sunlight.
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[ 44] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S M AC R O F U N G I I M AG E S [ 45]
A inteligência
artificial pode ajudar Artificial
você a conhecer Intelligence can help
os fungos you to recognize
Fungi
O MIND.Funga App
emprega uma técnica The MIND.Funga App
de Visão Robótica para employs a technique of
classificar os fungos. Robotic Vision in order to
classify fungi specimens.
O registro fotográfico é essencial
para muitas espécies de fungos serem
identificadas e estudadas. Muitas
características se perdem durante
o estudo dos espécimes.
The photographic record is essential for
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many fungal species to be identified and
studied. Many features are lost during
the study of specimens.

P R OTO C O L O D E C A P T U R A D E P R OTO C O L TO C A P T U R E
[ 46] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 47]
O MIND.Funga App emprega uma
técnica da área da Visão Robótica The MIND.Funga App employs a
chamada de Inteligência Artificial technique of the field of Robotic
com Redes Neurais de Aprendizado Vision called Artificial Intelligence
Profundo para classificar imagens with Deep Learning Neural Net­
de espécimes de macrofungos works in order to classify the im­
que você enviar para ele e tam- ages of specimens of macrofungi
bém para aprender novas imagens that you will be sending to it. It also
e novas espécies que forem ali- employs Deep Learning to learn
FIGUR A 11 . O mindFunga App
mentadas por pesquisadores que new images and new species fed
FIGURE 11 . The mindFunga App to it by researchers that participate
participam do nosso projeto.
on our project.
Com o MIND.Funga App você pode
Você já viu que este protocolo de fotografar e enviar imagens de With the MIND.Funga App you can
fotografia aqui, além de servir You must have seen that this pho­ macrofungos para classificação photograph and upload images of
para você fotografar melhor ma- tographic protocol here, besides automática pela Inteligência Artifi- macrofungi for automatic recog­
crofungos que você for encontrar serving as a guide for you to pho­ cial que nós desenvolvemos e, as- nition by the artificial intelligence
na natureza, seja você um pesqui- tograph better macrofungi that sim, ficar sabendo que fungo você that we developed and, so, know
sador ou naturalista amador, serve you will eventually find in nature, fotografou. Você pode também, se which fungus you have photo­
também para alimentar o nosso regardless if you are a researcher desejar, participar do projeto como graphed. You can also, if you want,
aplicativo MIND.Funga App de or an amateur naturalist, serves pesquisador ou naturalista ama- participate in our project as a re­
reconhecimento de fungos com also to feed our fungi recognition dor e coletar fotos de novos espé- searcher or amateur naturalist and
imagens padronizadas e com boa MIND.Funga App with standard­ cimes e contribuir para o acervo collect photographs of new speci­
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qualidade de registro científico. ized images of a good scientific de imagens do nosso Projeto. mens and contribute to the image
record quality. collection of our Project.
P R OTO C O L O D E C A P T U R A D E P R OTO C O L TO C A P T U R E
[ 48] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 49]
O que é a Visão Robótica?
What is Robotic Vision?
Também chamada de Visão Com-
putacional, é o conjunto de téc- Also called Computer Vision, it is
nicas de programação e modelos the set of programming techniques
matemáticos que nós utilizamos and mathematical models that we
para desenvolver programas de use in order to develop computer
computador que são capazes de programs that are able to “see”,
“enxergar”, isto é, compreender e that is, understand and classify the
classificar o conteúdo de imagens content of images or videos.
ou vídeos. The basic idea of computer vision is
A ideia básica da Visão Computa- that you take an image and gradu­
cional é você tomar uma imagem ally simplify it and extract important
e gradativamente ir simplificando features from this image until you
e extraindo características impor- have an abstract version of the im­
tantes dessa imagem até você ter age that describes only the objects
FIGUR A 1 2 .
uma versão abstrata da imagem, you’re looking for, through only a
Visão computacional few mathematical parameters or
que descreve só os objetos que
clássica: vários
você está procurando, através de characteristics. Computer vision
passos para extrair
alguns poucos parâmetros ma- began to be developed in the 1960s
características.
temáticos, ou características. A but, far from producing robots that
FIGURE 1 2 . see everything and will dominate
visão computacional começou a
Classic computer the world, during many decades
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ser desenvolvida na década de
vision: several steps
1960 mas, longe de produzir robôs
to extract features.
P R OTO C O L O D E C A P T U R A D E P R OTO C O L TO C A P T U R E
[ 50] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 51]
que enxergam tudo e ameaçam E o que é a
dominar o mundo, durante mui- this area of the Computer Sciences Inteligência Artificial? And what is
tas décadas essa área da Ciência was limited to developing computer Artificial Intelligence?
programs that always were able É o conjunto de técnicas de progra-
da Computação esteve limitada mação e modelos matemáticos que It is that set of programming tech­
a desenvolver programas que only to solve one single, very specific niques and mathematical models
problem: to identify and intruder permite você desenvolver progra-
sempre só conseguiam resolver mas de computador que possuem that allow you to develop computer
um problema: ou identificar um on security camera images, or to programs that show some kind of
identify a tumor in a tomographic algum tipo de comportamento inte­
intruso em uma câmera de vigi- ligente. E um dos comportamentos intelligent behavior. and one of the
lância, ou identificar um tumor examination, or to identify storm intelligent behaviors that interest
clouds on satellite images. These inteligentes que mais interessam
em um exame de tomografia, ou a nós é a capacidade de aprender. us most is the ability to learn. Enter
identificar nuvens de tempesta- programs were not able to learn the neural networks.
new things and, for each different Aqui entram as redes neurais.
de em uma imagem de satélite. Then, what are
Os programas não eram capazes problem, many years of research Então, o que são
were necessary to develop a new Redes Neurais? Neural Networks?
de aprender coisas novas e para
cada problema diferente eram ne- program. Sim, são programas de compu- They are computer programs, ini­
cessários anos de pesquisa para tador, inicialmente inventados tially also invented in the 1960s,
desenvolver um novo programa. também na década de 1960, que that simulates the workings of
simulam o funcionamento de par- parts of the neural structures of
tes do tecido cerebral de animais. animals. For this purpose, these
Para isso, esses programas pos- programs possess computational
suem modelos computacionais models of neurons and of how
de neurônios e de como esses these neurons are connected and
respond to stimuli. One important
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neurônios são conectados entre
si e como respondem a estímulos. feature of neural networks is that

P R OTO C O L O D E C A P T U R A D E P R OTO C O L TO C A P T U R E
[ 52] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 53]
entrada pesos interna pesos
ξk Wjk Vj Wik pesos esp.
Oi ζi
ξ1 Uma característica especialmente
W11 W11 they are able to learn. you teach a
V1 O1 ζ1
importante das redes neurais é que
elas são capazes de aprender. Você neural network presenting examples
“ensina” uma rede neural apresen- of stimuli and of the answer that
ξ2 you expect the network to present
tando exemplos de estímulos e da
V2 O2 ζ2 for these stimuli. A special compu­
resposta que você espera que ela
apresente para este estímulo. Uma tational training routine goes through
ξ3 rotina computacional especial the whole network and strengthens
W33 W33 O3 ζ3 de treinamento passa por toda a connections between neurons that
V3
rede e fortalece as conexões entre generated a good answer and weak­
FIGUR A 13 . Exemplo de uma rede neural clássica, x1 neurônios que geraram uma boa ens connections that generated
w1 j
dos anos 1980-90, baseada no “Neurônio de Hebb”. resposta e enfraquece conexões errors in the answer. Thus the neural
Cada neurônio calcula a soma dos sinais recebi­ que geraram erros na resposta. As- network gradually modifies its con­
dos em suas conexões de entrada, atenuados pe­ Wi j sim a rede neural vai gradualmen- nections in order to respond in a
x1 ∑ƒ( ) yi “correct” way to the stimuli.
los pesos (w) dessas conexões. Esse valor excita te modificando as suas conexões
uma função de ativação (f(()) que gera uma saída de maneira a responder de forma The ideal solution would be to unify
(V ou O), caso esse valor extrapole um limiar de wn j mais “correta” a estímulos. computer vision and neural net­
excitação θ. A rede é formada por camadas de works and to be able to develop
O ideal seria você juntar a visão
neurônios, cada camada ligada à próxima. xn
computacional e as redes neurais computer programs which could
FIGURE 14 . Example of a classic neural network from the 1980-90s, based on the “Hebb e fazer programas de computador teach the “appearance” of any­
Neuron”. Each neuron calculates the sum of the signals received through its incoming aos quais você poderia ensinar thing, simply showing images of
connections, attenuated by the weights (w) of these connections. This value excites an a “aparência” de qualquer coisa, that thing, don’t it?
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activation function (f()), which generates an output (V or O), in case this value extrapo- simplesmente mostrando ima-
lates an excitation θ threshold sigma. The network is composed by layers of neurons, gens dessa coisa, não?
each layer fully connected to the next.
P R OTO C O L O D E C A P T U R A D E P R OTO C O L TO C A P T U R E
[ 54] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 55]
O problema é que durante muito rais, ao invés de apenas aprende-
tempo as redes neurais só foram The problem is that for a long time rem a modificar as conexões entre how to adapt connections between
capazes de processar estímulos neural networks were able only to neurônios, aprendessem filtros, que neurons, should learn filters that
simples. Para um programa de process simple stimuli. For a com­ modificam o sinal que passa de um modify the signal that passes
computador “entender” o conteú- puter program to be able to learn to um neurônio para outro de uma from one neuron to the other in
do de uma imagem, não basta ele understand the content of an image, forma bem mais complexa do que a much more complex way than
“decorar” os pixels de uma ima- it does not suffice to “learn by simplesmente fortalecendo ou ate- simply attenuating or enhancing
gem. Se você fizer isso, a rede só heart” the pixels of an image. If you nuando este sinal. Filtros são ope- this signal. Filters are extremely
vai aprender aquela uma imagem do that, it will only be able to iden­ radores muito poderosos em visão powerful operators in computer vi­
específica. O programa precisa tify that specific image. What the computacional, pois eles podem ser sion, because they can be adapted
ser capaz de aprender a extrair program needs to be able to learn adaptados para fazer muitas coisas to do many different things, from
aquelas informações simplifica- is how to extract those simplified diferentes, desde eliminar o chu- despeckling an image up to extract
das, as “características essenciais” features, the “essential character­ visco de uma imagem até extrair specific features such as straight
da imagem, que permitem dizer se istics” of an image, that will allow it características específicas como lines, curves and colors, which are
a imagem contém um fungo, um to tell that an image contains a linhas retas, curvas e cores, que são important elements in the recogni­
navio, ou um cavalo, independen- fungus, a ship, or a horse, inde­ elementos importantes no reconhe- tion of fungi, for example.
temente deste cavalo ser malhado pendently of this horse being brown cimento de fungos, por exemplo. Image filters are based upon a
ou marrom e de estar olhando para or black, or being looking to the mathematical operation called
right or to the left. Filtros de imagem se baseiam
direita ou para esquerda. numa operação matemática, que é convolution. Even if you are not
Tudo isso mudou em 1998, quando Everything changed in 1998, when a convolução. Mesmo que você não from the technology area, you will
um pesquisador francês chamado a French researcher named Yann seja da área tecnológica, você vai remember math from school, where
Yann LeCun1 sugeriu que redes neu- LeCun1 suggested that neural net­ lembrar da matemática da escola, you learned matrix multiplication. A
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works, instead of simply learning onde você aprendeu a fazer multi- convolution filter is exactly that:
1 Hoje Diretor de Inteligência Artificial da Facebook.
Current Director of Artificial Intelligence at Facebook. plicação de matrizes. Um filtro de
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[ 56] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 57]
imagem convolvida
0 0 0 0 0 0 (resultado para píxel 105)
Convolved image convolução é isto: é uma matriz
0 105 102 100 97 96 0 -1 0 (result for the 105th pixel
pequena que você vai passando a small matrix that you will pass
0 103 99 103 101 102 -1 5 -1 320 por cima de uma outra matriz bem over a larger matrix, your image,
0 101 98 104 102 100 0 -1 0 maior, a sua imagem, e vai multi- and multiply it by each pixel and its
Matriz de convolução plicando cada ponto da imagem e vicinity. The result is a new, filtered
0 99 101 106 104 99
Convolution matrix sua vizinhança. O resultado é uma image, where a particular feature
0 104 104 104 100 98 was enhanced or something that
nova imagem filtrada, onde uma
determinada característica foi res- we do not want was deleted.
Imagem de entrada
input image 0 * 0 + 0 * –1 + 0 * 0 saltada ou alguma coisa que não So was born the marriage between
+ 0 * –1 + 105 * 5 + 102 * -1 queremos foi apagada. artificial intelligence and computer
+0 * 0 + 103 * -1 + 99 * 0 = 320
E assim nasceu o casamento entre a vision: the Convolutional Neural
Cálculo da convulação para o píxel de valor 105
Convolution calculation for the 105th value pixel inteligência artificial e a visão com- Networks, also called Deep Learn-
putacional: as Redes Neurais Con- ing Neural Networks. They pos­
volucionais, também chamadas de sess many, many layers of neurons
redes neurais de aprendizado pro- and, between these layers, instead

FIGURA 15. Uma conexão de entrada em uma camada de rede neural convolucional não é sim­
plesmente mo­dulada apenas por um peso, mas sim por uma matriz de convolução, que realiza
um cálculo sobre uma região da camada anterior. O processo de aprendizado modifica e
adapta a matriz, além de poderem existir várias matrizes que são aprendidas ao mesmo tempo.
FIGURE 15. An input connection in a convolution neural network layer is not simply modulated by
its weights, but also by a convolution matrix that performs a calculation on a region of the
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preceding layer. The learning process also modifies and adapts this matrix, besides the
possibility that there can be several matrices that are learned at the same time.

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[ 58] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 59]
fundo. Elas possuem muitas e muitas rede neural convolucional para a
camadas de neurônios e, entre as of learning only strengths of con­ classificação de macrofungos. Ela set, which was built from images
camadas, ao invés de aprenderem nections between neurons, these foi treinada com a nossa base de collected by our researchers and
apenas conexões entre neurônios, networks learn and adapt several imagens, que foi construída com many more images which were
estas redes aprendem vários con- sets of image filters. imagens coletadas por nossos contributed by many amateur natu­
juntos de filtros de imagem. pesquisadores e muitas imagens ralists who have been sending us
From the mid 2010s on this became
A partir de meados da década de contribuídas por pesquisadores de their images. We regularly curate
the main image processing tech­
2010 esta se tornou a principal outras universidades e também por and classify these images, in order
nology. It allows you to teach a
tecnologia de processamento de muitos naturalistas amadores que to guarantee that only those of the
computer program to learn suc­
imagens. Ela permite você ensi- têm enviado as suas imagens para best quality and only the correctly
cessive filters that it can then use
nar um programa de computador nós. Nós regularmente curamos classified specimens will come to
in order to gradually modify, sim­
a aprender filtros sucessivos que e classificamos estas imagens, integrate our database. Afterwards
plify and extract image features
ele pode usar para ir gradativa- para garantir que só as de melhor we retrain our neural network, so
in a way that, in the end, it will be
mente modificando, simplifican- qualidade e só os espécimes cor- that it will now be able to recognize
able to classify what is important
do e extraindo características de retamente identificados integrem more specimens and, eventually
inside this image and tell you what
imagens, de forma que ao final ele a nossa base de dados e, a seguir, also new species.
this image is representing.
seja capaz de classificar o que é retreinamos a nossa rede neural For this reason it is important that
This is what we are doing in the de forma que ela agora conheça
importante dentro de uma imagem you follow this photographic pro­
MIND.Funga project: the MIND. mais espécimes e, eventualmente
e dizer o que é que aquela imagem tocol strictly: all images that were
Funga App that you can access também, novas espécies.
está representando. used to train our neural network
on your phone has the last version
É isso que nós estamos fazendo no Por isso é importante você seguir were captured using this protocol.
of our convolutional neural network
MIND.Funga: o MIND.Fung App que este protocolo fotográfico à risca: This was done in this manner in
for the recognition of macrofungi.
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você pode acessar no seu celular todas as imagens que foram usa- order to evidentiate the fungus
It was trained on our image data­
possui a última versão da nossa das para treinar a nossa rede neu-
P R OTO C O L O D E C A P T U R A D E P R OTO C O L TO C A P T U R E
[ 60] I M AG E N S D E M AC R O F U N G O S VOLTAR AO SUMÁRIO M AC R O F U N G I I M AG E S [ 61]
ral foram capturadas utilizando-se
and teach the network important Colaboração
este protocolo. Isso foi feito assim
para ressaltar o fungo e ensinar
features of the fungus and not, for na construção Collaboration
à rede características do fungo
e não, por exemplo, do substrato
example, features of the subtract
where the fungus is found or of the do aplicativo to build the app
vegetation that is in the vicinity of
onde o fungo se encontra ou da
the fungus. The network does not Participe do projeto
vegetação que está na vizinhança Take part in the project
“know” fungi photographed in a disponibilizando sharing your photographs
do fungo. A rede não “conhece” fun- suas fotos.
different manner and, if you send
gos fotografados de outra forma e,
images acquired in a very different
se você enviar imagens adquiridas Para um bom funcionamento do
way, the MIND.Funga App will proba­
de um jeito muito diferente, o MIND. aplicativo MIND.Funga é neces- For the proper operation of the
bly classify them incorrectly.
Funga App provavelmente vai clas- sário que a base de dados utili- MIND.Funga app, it is necessary
sificá-las de forma incorreta. This is even more important if you
zada para treinar a rede neural that the database used to train
are already contributing or is in­
Isto é ainda mais importante se artificial (inteligência artificial) the artificial neural network (ar­
tending to contribute for the MIND.
você já está contribuindo ou está seja abastecida constantemente tificial intelligence) be constantly
Funga: in order to expand our data­
pensando em contribuir para o e seja composta por um número supplied and composed of an ex­
base we need specimens acquired
MIND.Funga: para expandir a nossa expressivo de fotografias de boa pressive number of good quality
criteriously and that represent im­
base de dados nós necessitamos qualidade e de um número repre- photographs and a representative
ages that will be able to contribute
de espécimes adquiridos criterio- sentativo de táxons. number of taxa.
to enhance the classification accu­
samente e que representem ima- O aplicativo tem por meta ser MIND.Funga app aims to be initially
racy off the MIND.Funga App in the
gens que possam contribuir para inicialmente disponibilizado com available with 500 taxa, but over
future.
melhorar acurácia de classificação 500 táxons, mas ao longo dos the years, we would like to incor­
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do MIND.Funga App no futuro. porate the largest possible number

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anos, gostaríamos de incorporar
o maior número possível de espé- of Neotropical macrofungi species
cies de macrofungos neotropicais through the collaborative insertion
através da inserção colaborativa of new images.
de novas imagens.
The photographs can be made
As fotografias podem ser dispo- available by any user, so that they
nibilizadas por qualquer usuário, will be curated by specialists to
de modo que estas passarão pela have their identification recognized
curadoria de especialistas para and / or confirmed. Only then they
terem a identidade reconhecida will be included in the app’s image
e/ou confirmada. Somente então bank so that they can be used in the
serão incluídas no banco de ima- artificial neural training network
gens do aplicativo para que sejam responsible for the macrofungi
utilizadas no treinamento da rede species recognition. This proposal
neural artificial responsável pelo is to be periodically updated and
reconhecimento de espécies de checked for accuracy.
macrofungos. Este tem por pro-
posta ser periodicamente atuali-
zado e verificado sua acuracidade.

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