XVII CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UNIVERSIDADE FEDERAL DE CAMPINA GRANDE

FUNCIONALIZAÇÃO DO NANOTUBO DE CARBONO COM O B-DNA.

Emilly Dantas da Silva1, Luis Alberto Terrazos Javier2

RESUMO
Um alótropo do carbono empregado na nanotecnologia é o nanotubo de carbono,
onde também é aplicado na nanociência, devido a capacidade de transfecção celular
dos CNTs ligados a um marcador de folato, sendo responsável por permitir que
entrem nas células e atuem como um agente seletivo no tratamento de câncer. E a
combinação entre as propriedades únicas dos SWNTs com a estabilidade físico-
química, a rigidez mecânica e alta precisão de processabilidade do DNA, faz com
que ambos sejam utilizados em aplicações médicas. Nesse contexto, o presente
trabalho tem como finalidade entender a interação não covalente entre nanotubos de
única camada, com segmentos sintéticos de B-DNA. Onde identificamos que a
energia de adsorção varia entre os sistemas individuais formados por CNTs
semicondutores e metálicos com diâmetros diferentes, permitindo também
compreender o motivo de serem empregados na nanociência e na nanotecnologia.
Assim como, identificamos o comprimento e o diâmetro dos SWNTs e do DNA antes
da fisissorção, além da largura do material genético depois de se ligar a superfície do
adsorvente por forças de Van der Waals, já que é uma adsorção física e não
química. Também definimos que as energias de adsorção encontradas e a largura
do B-DNA, são inversamente e diretamente proporcionais ao diâmetro dos
nanotubos, respectivamente. E observamos que à medida que o diâmetro do CNT
aumenta à energia de adsorção fica mais fraca e a largura do DNA também
aumenta.

Palavras-chave: Nanotubo de Carbono, Ácido Desoxirribonucleico, Energia de

Adsorção, Câncer.

1Aluna do curso de Informática, da ECIT Jornalista José Itamar da Rocha Cândido, Cuité, PB, e-mail:
emillyd060dantas@gmail.com
2Doutor, Professor, UAFM, UFCG, Cuité, PB, e-mail: Iterrazo@ufcg.edu.br
 FUNCTIONALIZATION OF THE CARBON NANOTUBE WITH B-DNA.

ABSTRACT
An allotrope of carbon used in nanotechnology is the carbon nanotube, which is
also applied in nanoscience, due to the cellular transfection capacity of CNTs linked
to a folate marker, being responsible for allowing them to enter cells and act as a
selective agent in the cancer treatment. And the combination of the unique properties
of SWNTs with physicochemical stability, mechanical rigidity and high precision of
DNA processability, makes them both used in medical applications. In this context,
this work aims to understand the non-covalent interaction between single-layer
nanotubes with synthetic segments of B-DNA. Where we identified that the
adsorption energy varies between individual systems formed by semiconductor and
metallic CNTs with different diameters, also allowing us to understand why they are
used in nanoscience and nanotechnology. Likewise, we identified the length and
diameter of SWNTs and DNA before physissorption, as well as the width of the
genetic material after binding the surface of the adsorbent by Van der Waals forces,
since it is a physical and not chemical adsorption. We also defined that the
adsorption energies found and the width of the B-DNA are inversely and directly
proportional to the diameter of the nanotubes, respectively. And we see that as the
diameter of the CNT increases the adsorption energy gets weaker and the width of
the DNA also increases.

Keywords: Carbon Nanotube, Deoxyribonucleic Acid, Adsorption Energy, Cancer.

.
INTRODUÇÃO
Os cilindros ocos compostos por alótropos de carbono com proporções
nanométricas, são conhecidos como nanotubos de carbono (CNTs), sendo
descobertos por um físico japonês (Iijima S., 1991). Mas, são considerados como
nanomateriais utilizados na área da nanotecnologia e da nanociência, com diversas
aplicações por meio da adição de grupos químicos funcionais à sua estrutura (Kam,
N. W. S., 2005). Esse processo denominado de funcionalização é fundamental, pois
os CNTs em seu estado original, são completamente insolúveis na maioria dos
solventes orgânicos e meios aquosos (Bianco et al., 2011). Além da solubilização, a
funcionalização traz outras vantagens para as pesquisas biológicas, estando estas
relacionadas à capacidade de translocação através de membranas celulares dos
nanotubos e à redução de efeitos citotóxicos (Kostarelos K., 2007).
Além disso, as propriedades físicas intrínsecas dos CNTs através da
funcionalização adequada e estimulação óptica dos nanotubos no interior da unidade
fundamental dos seres vivos, isto é, a célula (Kam, N. W. S., 2005) (Saito, R., 1998),
facilitam a entrega de drogas ou a atuação dos nanotubos como carregadores de
compostos complexos, como o ácido desoxirribonucleico (DNA) (Kam, N. W. S.,
2005) (Tang, X. W., 2006). Mas também, os nanotubos de carbono de parede única
(SWNTs) são empregados como agentes de contraste fotoacústico aplicados em
dispositivos transistores de efeito de campo (FET) para a produção de imagens de
células humanas e de animais (Barone, P. W., 2005), já que sistemas biológicos são
extremamente transparentes à luz infravermelha próxima (NIR) de 700 a 1.100 nm
(Kam, N. W. S., 2005), assim como transportadores de várias moléculas por meio da
membrana celular sem citotoxicidade, que, por sua vez, podem ser denominados de
CNTs funcionalizados e solúveis em água (Kam, N. W. S., 2004). Essas descobertas
contribuem com o atual progresso na implementação de nanotubos de carbono para
o desenvolvimento de estudos sobre a entrega e transporte de medicamentos in
vitro, como também, esforços para o tratamento do câncer in vivo (Yehia, H. N.,
2007). E a funcionalização de nanotubos de carbono é vista como uma forma de
aumentar o potencial desses novos materiais, inclusive os SWNTs podem ser
internalizados seletivamente em células cancerosas, isto é, possuem como alvo os
tumores. Como também, são empregados como marcadores tumorais específicos,
contribuindo com a radiação NIR dos CNTs in vitro, que, podem então ativar ou

3
desencadear a morte de células cancerosas com mascadores tumorais de receptor
de folato (FR) sem prejudicar as células normais sem marcador (Kam, N. W. S.,
2005).
O sistema de nanotubos de DNA (DNA-CNTs) funcionalizado pode ser
utilizado como um "assassino" de diversas variedades de células cancerosas sem
danificar as células normais (Kam, N. W. S., 2005). Desse modo, a capacidade de
transporte de moléculas dos nanotubos de carbono combinadas com a capacidade
de funcionalização e as propriedades ópticas intrínsecas dos SWNTs podem ampliar
o processo de entrega de drogas e na terapia do câncer (Kam, N. W. S., 2005)
(Madani, S.Y. et al., 2011). Já que nanotubos de carbono de múltiplas camadas
(MWNTs) não funcionalizados podem representar um risco cancerígeno em
camundongos, por causa da sua semelhança com o amianto referente à forma da
sua fibra como uma agulha, gerando preocupações de que a utilização generalizada
de CNTs pode ocasionar a mesotelioma, câncer relacionado ao revestimento dos
pulmões devido à exposição ao amianto (Poland, C. A., 2008), que têm sido
aplicados intratraquealmente (IT) em animais, mostrando toxicidade pulmonar óbvia,
incluindo inflamação incomum e reações fibróticas, devido à agregação de CNTs
brutos hidrofóbicos nas vias respiratórias pulmonares (Lam, C. W., 2004), refletindo,
assim, sobre a importância de estudos da toxicidade de CNTs durante à aplicação
biomédica, especialmente quando eles são administrados através de outras vias,
como por injeções intravenosas (IV) (Poland, C. A., 2008), principalmente com o
emprego de nanotubos de carbono de parede única na terapia de câncer (Kam, N.
W. S., 2005).
E neste trabalho calculamos a energia de adsorção da molécula de DNA
presente na superfície do nanotubo de carbono de única camada, zig-zag (n,0) e
armchair (n,n), através do Adsorption Locator. E o Adsorption Locator identifica
possíveis configurações de adsorção baseado no método Monte Carlo e, por sua
vez, esse programa está presente na plataforma Materials Studio (Biovia, 2020).

MATERIAIS E MÉTODOS (OU METODOLOGIA)

O SWNT zig-zag (7.0) foi obtido do banco de dados de macromoléculas do
Materials Studio, já os nanotubos de única camada obtidos no programa Nanotube
Modeler (CoNtub v2.0, 2011) foram o CNT armchair (7.7) e zig-zag (10.0), com a
finalidade de identificar se a energia de adsorção muda com a utilização de

4
diferentes tamanhos e do enrolamento das folhas de grafeno nos CNTs. Já o
segmento do duplex de dodecâmero (B-DNA) foi adquirido do banco de dados do
Protein Data Bank (PDB) (PDB ID: 1BNA) (Drew, H. R., 1981), com a sequência de
bases nitrogenadas equivalente à CGCGAATTCGCG, que é colocado na superfície
dos CNTs.

DESENVOLVIMENTO
Primeiramente, utilizamos um SWNT semicondutor zig-zag (7.0) com
comprimento de 61,8 Å, diâmetro de 5,4 Å e formado por 420 átomos de carbono
(figura 1, (a)), funcionalizado com um segmento de B-DNA, um dodecâmero de DNA
sintético com sequência de bases nitrogenadas equivalente à CGCGAATTCGCG
com comprimento de 39,1 Å, largura de 9,6 Å e contém 566 átomos (figura 1, (b)).
Sendo utilizados no Adsorption Locator (Frenkel D., 2002) para se identificar um
local de adsorção de baixa energia baseado no método Monte Carlo, referente ao
espaço configuracional do sistema substrato-adsorbato, isto é, o material genético
colocado na superfície do CNT (figura 1, (c)). Já que caracteriza uma fisissorção,
pois não ocorre ligação química entre o substrato e o adsorbato, como também, o
adsorbato liga-se à superfície por uma diferença de força ou energia de atração,
denominadas de forças de Van der Waals, permitindo que a proteína fique
fisicamente presa ao adsorvente (SWNT) (Foust S. A. et al., 1982) (Masel, R. I.,
1996). E depois identificamos que a largura do B-DNA após o processo de
funcionalização com o naonotubo de carbono foi alterada para 13,160 Å.

Figura 1: (a) Nanotubo de carbono de parede única zig-zag (7.0). (b)

Macromolécula de B-DNA. (c) Funcionalização do nanotubo de carbono de parede
única semicondutor com o B-DNA.

5
 b

Fonte: MATERIALS STUDIO

Posteriormente, empregamos o nanotubo de carbono de única camada

metálico armchair (7.7) que possui 29,5 Å de comprimento, 9,2 Å de diâmetro e
formado por 350 átomos (figura 2, (a)), juntamente com a macromolécula de B-DNA
no Adsorption Locator para se calcular a energia de adsorção do sistema individual
formado pelo ácido desoxirribonucleico colocado na superfície do CNT (figura 2, (b)).
E após o processo de funcionalização do SWNT com o material genético foi
identificado que a largura do DNA aumentou, equivalendo a 13,608 Å.

Figura 2: (a) Nanotubo de carbono de parede única armchair (7.7). (b)

Funcionalização do nanotubo de carbono de parede única metálico com o B-DNA.

6
 a

Fonte: MATERIALS STUDIO

E depois foi colocado um CNT de parede única semicondutor zig-zag (10.0)

na plataforma Materials Studio, que apresenta comprimento de 29,8 Å, diâmetro de
7,8 Å e composto por 290 átomos (figura 3, (a)). Em seguida, foi adicionada a
molécula do B-DNA para ser funcionalizada ao SWNT e obter a energia de adsorção
do sistema (figura 3, (b)). E notamos que a largura do B-DNA após a funcionalização
com o CNT foi modificada para 15,069 Å.

Figura 3: (a) Nanotubo de carbono de parede única zig-zag (10.0). (b)

Funcionalização do nanotubo de carbono de parede única semicondutor com o B-
DNA.

7
 a

Fonte: MATERIALS STUDIO

RESULTADOS E DISCUSSÕES
Os nossos resultados sobre o comprimento, o diâmetro, o número de átomos
das estruturas, a largura do B-DNA após a funcionalização com os CNTs e a energia
de adsorção do sistema estão representados na Tabela 1. Podemos observar que, o
SWNT zig-zag (7.0) possui um comprimento maior que os CNTs armchair (7.7) e zig-
zag (10.0), já que definimos o comprimento desses nanotubos de carbono no
Nanotube Modeler. Além disso, percebemos que as energias de adsorção da
molécula de B-DNA sobre a superfície dos SWNTs podem ser consideradas
diferentes. Notamos também que as energias dos SWNTs semicondutores zig-zag
(7.0) (10.0) são mais negativas em comparação à energia do nanotubo de carbono
de parede única metálico armchair (7.7), porque percebemos que essa energia está
relacionada ao diâmetro das CNTs.

Tabela 1. Número de átomos, comprimento, diâmetro, energia de adsorção das

estruturas e largura do B-DNA após a funcionalização.

8
 Diâmetro Energia de Funcionalização
Número de Comprimento
Estruturas adsorção – largura do
átomos (Å) (Å)
(kcal/mol) DNA (Å)

SWNT (7.0) 420 61,786 5,400 -6802,467 13,160

SWNT 7,770 -6797,748 13.608

290 29,841
(10.0)

SWNT (7.7) 350 29,535 9,160 -6794,334 15.069

B-DNA 566 39,144 9,616

Fonte: MATERIALS STUDIO

Então, quando se aumenta o diâmetro dos CNTs, percebemos que à energia

de adsorção fica mais fraca e se o diâmetro é menor à fisissorção é mais negativa,
dessa forma podemos afirmar que a energia de adsorção do sistema e o diâmetro
dos nanotubos de carbono de única camada são inversamente proporcionais. E
obtemos que as larguras das macromoléculas do B-DNA depois do processo de
funcionalização com os SWNTs aumentaram.

CONCLUSÃO
Nesse trabalho estudamos a contribuição da nanotecnologia referente ao
emprego de nanotubos de carbono funcionalizados com macromoléculas de DNA na
medicina, na biologia e suas aplicações no tratamento de câncer in vitro e in vivo
para efetuar a destruição das células cancerosas sem prejudicar células normais e
no transporte de drogas. Utilizamos SWNTs semicondutores zig-zag (7.0) (10.0) e
armchair (7.7) juntamente com a molécula de B-DNA no Materials Studio, onde
obtemos as energias de adsorção dos sistemas, no que corresponde ao local mais
estável de fixação do adsorbato na superfície do substrato, utilizando o método
Monte Carlo presente no Adsorption Locator. Através da funcionalização do material
genético com o CNT de parede única zig-zag (7.0) encontramos -6802,467 kcal/mol
como a energia de adsorção do sistema substrato-adsorbato. Já a energia
encontrada após a molécula de B-DNA ser colocada na superfície do SWNT
armchair (7.7) foi de -6794,334 kcal/mol. E a energia de adsorção obtida com a
funcionalização do DNA com o nanotubo de carbono de única camada zig-zag (10.0)
equivale a -6797,748 kcal/mol. A partir desses valores encontrados para a
fisissorção do DNA com os CNTs se percebe que os SWNTs zig-zag (7.0) (10.0)
apresentam uma energia maior em comparação ao nanotubo de carbono de parede

9
única armchair (7.7). Pois as energias de adsorção obtidas estão relacionadas ao
diâmetro dos SWNTs, então, quanto maior essa medida mais fraca é o valor da
energia e se o diâmetro é menor à energia é mais forte. E também se percebeu que
após o processo de funcionalização dos CNTs com o material genético, a largura do
B-DNA foi aumentada porque é diretamente proporcional ao diâmetro dos
adsorventes.

AGRADECIMENTOS
O presente trabalho foi realizado com apoio do CNPq, Conselho Nacional de
Desenvolvimento Científico e Tecnológico – Brasil. Destino os meus sinceros
agradecimentos ao CNPq por participar de uma atividade de pesquisa, ao Programa
Institucional de Bolsas de Iniciação Cientifica (PIBIC-UFCG) e ao laboratório de alto
desempenho do CES pelo uso dos equipamentos necessários no desenvolvimento
desse trabalho.

10
 REFERÊNCIAS
Barone, P. W.; Parker, R. S.; Strano, M. S. In vivo fluorescence detection of glucose
using a single-walled carbon nanotube optical sensor: Design, fluorophore properties,
advantages, and disadvantages. Anal. Chem. 2005, 77, 7556 7562.

Bianco, A. et al. Biomedical applications of functionalised carbon nanotubes.

Chemical Communication, v.41, n.5, p.557- 680, 2005.

Biovia Materials Studio, Dassault Systèmes, Biovia Corp. 2020.

CoNTub v2.0 - Algorithms for Constructing C3-Symmetric Models of Three-Nanotube

Junctions." S. Melchor; F.J. Martin-Martinez; J.A. Dobado. J. Chem. Inf. Model. 2011,
51, 1492-1505.

Drew, H. R. , Wing, R. M. , Takano, T. , Broka, C. , Tanaka, S. , Itakura,

K. , Dickerson, R. E. (1981) Proc Natl Acad Sci USA 78: 2179-2183.
Foust, S. A. et al. Princípios das Operações Unitárias. 2 ed. Rio de Janeiro: LTC,
1982.

Frenkel, D.; Smit, B. Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to

Applications , 2nd Edition, Academic Press: San Diego (2002).

Iijima, S. Helical microtubules of graphitic carbon. Nature, 1991, 354, 56 58.

Ito, Y.; Fukusaki, E.; DNA as a Nanomaterial, Journal of Molecular Catalisys B:
Enzymatic, v. 28, p. 155-166, 2004.

Kam, N. W. S.; Jessop, T. C.; Wender, P. A.; Dai, H. J. Nanotube molecular

transporters: Internalization of carbon nanotube-protein conjugates into mammalian
cells. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6850 6851.

Kam, N. W. S.; O'Connell, M.; Wisdom, J. A.; Dai, H. Carbon nanotubes as

multifunctional biological transporters and near-infrared agents for selective câncer
cell destruction. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 11600 11605.

Kostarelos, K. et al. Cellular uptake of functionalized carbon nanotubes is

independent of functional group and cell type. Nature Nanotecnology, v.2, n.2, p.108-
113, 2007.

11
Lam, C. W.; James, J. T.; McCluskey, R.; Hunter, R. L. Pulmonary toxicity of single-
wall carbon nanotubes in mice 7 and 90 days after intratracheal instillation. Toxicol.
Lett. 2004, 77, 126 134.

Madani, S.Y. et al. A new era of cancer treatment: carbon nanotubes as drug delivery
tools. International Journal of Nanomedicine, v.6, p.2963-2979, 2011.

Masel, R. I. Principles of Adsorption and Reaction on solid Surfaces. John Wiley &
Sons. 804 p. New York, 1996.

Poland, C. A.; Duffin, R.; Kinloch, I.; Maynard, A.; Wallace, W. A. H.; Seaton, A.;
Stone, V.; Brown, S.; MacNee, W.; Donaldson, K. Carbon nanotubes introduced into
the abdominal cavity of mice show asbestos-like pathogenicity in a pilot study. Nat.
Nanotech. 2008, 3, 423 428.

Saito, R.; Dresselhaus, G. and Dresselhaus, M. S., Physical Properties of Carbon

Nanotubes, Imperial Colege Press, Londres, 1998.

Tang, X. W.; Bansaruntip, S.; Nakayama, N.; Yenilmez, E.; Chang, Y. L.; Wang, Q.
Carbon nanotube DNA sensor and sensing mechanism. Nano Lett. 2006, 6, 1632
1636.

Yehia, H. N.; Draper, R. K.; Mikoryak, C.; Walker, E. K.; Bajaj, P.; Musselman, I. H.;
Daigrepont, M. C.; Dieckmann, G. R.; Pantano, P. Single-walled carbon nanotube
interactions with HeLa cells. J. Nanobiotech. 2007, 5, 8.

12