Universidade Federal de Viçosa

Departamento de Nutrição e Saúde

Programa de Pós-graduação em Ciência da Nutrição

Resenha da aula 4: Métodos de análises em microbioma intestinal

A aula sobre aspectos gerais em microbioma intestinal foi ministrada pela professora
Hércia Martino. Inicialmente, houve uma revisão de alguns principais conceitos nesta área
para permitir melhor entendimento dos métodos de análises descritos na aula, como os de
microbiota, microbioma e metataxonomia, metagenômica e unidade taxonômica operacional
(OTU’s).
A explanação sobre os métodos de análises foi bastante interessante. Foi possível notar
que para análises de expressão gênica ou de microbiota/microbioma a etapa inicial se dá pela
extração do DNA, que pode ser realizada por métodos de bancada, que parte do princípio da
precipitação do DNA (onde primeiro se tem a lise mecânica e depois, separação das fases com
precipitação do DNA com a utilização de reagente), ou por meio de kit’s de extração, com
princípio por troca aniônica (DNA com carga se liga a coluna separando as proteínas e outros
metabólitos). Após, segue-se a análise da qualidade do DNA extraído para verificar se está
com baixa contaminação de proteínas ou fenol e sais, bem como a integralidade desse DNA
(por eletroforese, agarose ou outro método), finalizando com o sequenciamento (shotgun ou
de amplicons) e análise de bioinformática (análises de agrupamento (família, gênero, espécie),
de diversidade (alfa (shannon e simpson) e beta diversidade e estatística) dos dados
sequenciados. Para analisar esses dados, pode-se utilizar algumas possibilidades, como a
análise de predição funcional, que pode ser feito, por exemplo, por meio KEGG que permite
cruzar os seus dados com um banco de dados (KEGG pathway) que possui mapas
metabólicos de inúmeros microrganismos já encontrados no meio científico. A partir desse
cruzamento é possível se predizer as funções, ou seja, vias metabólicas que os
microrganismos da sua amostra podem estar exercendo naquele ambiente. Outra possibilidade
é a análise de Lefse, que permite identificar características microbianas (ex.: qual o gênero ou
espécie) estão associadas aos diferentes efeitos encontrados nos grupos ou ambientes
analisados.
Porém, a análise de saúde intestinal vai muito além de análise de microbioma. É
possível analisar a saúde intestinal por meio de diversos outros métodos, dentre eles nós
temos a expressão gênica e a quantificação de proteínas envolvidas na funcionalidade
intestinal, a histologia de tecidos intestinais, quantificação de células envolvidas ao sistema
imune (ex.: IgA) e de permeabilidade intestinal (ex.: lactoferrina, zonulina, lactose e manitol),
o pH fecal ou cecal, quantificação de ácido graxos de cadeia curta, aplicação de escalas de
saúde intestinal (ex.: Bristol, coloração das fezes), dentre diversas outras possibilidades.
Assim, a depender do objetivo do estudo e da disponibilidade financeira, uma
variedade de abordagens está disponível para analisar o microbioma e a saúde intestinal, cada
uma com suas próprias vantagens e limitações.