1. lista de exerccios Biofsica I (maro de 2005) 1) Quais so os componentes bsicos das principais macromolculas biolgicas ?

? Comente sobre cada um delas. 2) O Carbono (C) e o Slicio (Si) pertencem ao Grupo IV da tabela peridica, cuja valncia 4, entretanto a bioqumica de organismos vivos est baseada no C. No poderia a vida ter como elemento principal o Si? Por que? 2) A gua um solvente especial e essencial para vida. Quais so as propriedades que a distingue de outros solventes e explique qualitativamente a origem atmica dessas propriedades. 4) Qual a importncia e quais so as interaes entre tomos no ligados em sistemas biolgicos? Comente sobre sobre elas. 5) O que o efeito hidrofbico. D exemplos. 6) Dada a seguinte seqncia de aminocidos, NH2-DRTYWAACGGNLACYGPPTTDFK-COOH, qual a carga terica total do peptdeo nos pHs 3, 4, 5, ...., 9, at 10. Utilize os valores de pKa para cada um dos resduos tabelados. Faa o grfico pH versus carga total terica e interprete. Dados os seguintes pKa (Garret & Grisham):
grupo Carboxila Terminal (C-terminal): pKa = 2 grupo Amino Terminal (N-terminal): pKa = 9 Arginina: pKa(grupo guanidina) = 12.5 cido Asprtico: pKa = 3.9 Cistena: pKa = 8.3 cido Glutmico: pKa = 4.3 Histidina: pKa = 6.0 Lisina: pKa = 10.5 Serine: pKa = 13 Treonina: pKa = 13 Tirosina: pKa = 10.1

7) Hidrofobicidade uma propriedade que pode ser quantificada. A tabela abaixo mostra os ndices de hidrofobicidade para os 20 aminocidos mais comuns. Os valores so dados em unidades de energia livre de Gibbs, ou seja, kcal/mol e tem o seguinte significado: quanto mais positivo o valor da hidrofobicidade mais hidrofbico o resduo; e quanto mais negativo mais hidroflico, ou seja, tem maior preferncia pela gua. Ela tambm conhecida como tabela de escala de hidropaticidade por motivos bvios. Dadas as seguintes seqncias de aminocidos (no considerar N- e Cterminais na anlise): I) AGKLKLYVEAYDG II) GDGEIVLIVLLLLGVIGL III) LLLLLLLLLLLLLLLLL IV) KDKDKDKDKEGEW Calcule os valores totais e analise a distribuio da hidrofobicidade de cada seqncia. Como cada peptdeo se comportaria se fosse dissolvido a) na gua, b) no leo e c) numa soluo contendo gua e leo (forma 2 fases). Tabela de escala de hidrofobicidade Ala 1.8 Cis 2.5 His -3.2 Met 1.9 Thr -0.7 Arg -4.5 Gln -3.5 Ile 4.5 Phe 2.8 Try -0.9 Asn -3.5 Glu -3.5 Leu 3.8 Pro -1.6 Tyr -1.3 Asp -3.5 Gly -0.4 Lys -3.9 Ser -0.8 Val 4.2 Tabela conforme: Kyte J and Doolittle RF: A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. Journal of Molecular Biology 157:105, 1982.