Incluso dos Vrus na

rvore da Vida
Contribuio da Filogenmica e
da Biologia Estrutural

O que a rvore da Vida?

Em "Origin of Species", Darwin props o que veio a se tornar a grande
teoria unificadora da Biologia!
Neste famoso trabalho, a nica informao no-verbal contida era uma
nica figura de uma hipottica rvore de descendncia, um esquema
puro sem inteno de designar formas de vida real aos ramos
Alguns anos depois, Ernest Haeckel populou a rvore com uma imensa
variedade de organismos, quase exclusivamente animais, inferindo
relaes entre eles, refletidas na topologia da rvore, a partir de dados de
anatomia comparada

Descendncia Linear e Evolulo Vertical

A ideia da rvore Universal da Vida representa visualmente o conceito de
descendncia linear da evoluo vertical, e portanto, a ideia de que todas as
formas de vida tm um ancestral comum.
Esta hiptese foi desenvolvida sem nenhum conhecimento sobre as bases
fsicas da hereditariedade, e at hoje, apesar dos muitos avanos que
mudaram drsticamente nossa viso cientfica da evoluo, representa uma
ideia vlida e til para a compreenso dos princpios biolgicos por trs da
evoluo

A Sntese Moderna ou o Neodarwinismo

Aps a redescoberta das leis de Mendel, com o desenvolvimento da

gentica populacional no comeo do sculo XX, estabeleceu-se as bases
genticas da evoluo.

Sua compreenso avanada, informada por trabalhos tericos e

experimentais em gentica, foi consolidada na Sntese Moderna da
biologia evolucionista.

Agora, 50 anos depois, a biologia evolutiva sem dvida encara um novo

grande desafio. E se a Sntese Moderna pode ser descrita como
Darwinismo sob luz da Gentica (neodarwinismo), ento, o novo estgio
a biologia evolucionista sob luz da Genmica e da Microbiologia.

Apesar de os arquitetos da Sntese Moderna certamente saberem sobre

genomas e micrbios em princpio, eles no sabiam o bastante para
incorporar informao sobre genomas alm do nvel da gentica formal, e
no realizaram a importncia dos micrbios para a compreenso da evoluo.

Estavam mais interessados nos mecanismos de microevoluo e especiao,

do que no curso da macroevoluo supostamente refletido na rvore da vida.
Os organismos mais relevantes neste esquema eram animais multicelulares.

Filogentica Molecular
Pela metade do sculo XX, microbilogos j sabiam claramente que micrbios
possuem genomas e podem mutar e evoluir, em princpio, similarmente a
animais e plantas, porm todas tentativas de inferir evoluo microbiana a
partir de caractersticas morfolgicas e fisiolgicas falharam.
Os rumos da filogentica e da evoluo microbiana mudaram drsticamente
nos anos 70 quando Carl Woese e colegas perceberam que a sequncia
nucleotdica de uma molcula universalmente conservada, 16S rRNA, poderia
ser usada para inferir uma rvore filogentica universal!

No curso dos anos seguintes, os filos maiores de Bactria, Archaea e

eucariotos unicelulares foram estabelecidos, e a famosa rvore tripartida
emergiu como o paradigma da histria da vida celular na terra que continua
mais ou menos intacto at hoje.
Este avano possibilitado pela filogentica molecular representou uma
ruptura dramtica com o modelo de rvore da Vida de Haeckel, onde Protista
(eucariotos unicelulares) e Monera (bactrias) ocupavam posies
inespecficas perto da raz e no eram organismos considerados importantes
para o quadro amplo da evoluo

Tcnicamente, esta rvore representa a histria de um nico gene,

unanimemente considerado o gene de referncia adequado a representao
da evoluo dos organismos respectivos. E outros genes universais, como
protenas ribossomais 18S RNA ou subunidades de RNA polimerase, foram
considerados importantes apenas no caso de sua incluso poder melhorar a
resoluo dos rvores filogenticas.
Mesmo aps realizarem a capacidade bacteriana de troca de informao
gentica via transferncia horizontal de genes (THG), e descreverem seus
mltiplicos mecanismos moleculares, microbilogos viram a THG como um
fenmeno menor, importante apenas em circunstncias especiais, e que no
minava o conceito da rvore da Vida, que poderia ser reconstruda por anlise
filogentica de rRNA e outros genes conservados.

Estas convices vieram a baixo graas aos estudos de filogenmica (anlise

filogentica comparada de mltiplos genes de vrios genomas):
Genomas de bactrias e archaeas so literalmente moldados por THG!
Em procariotos parece no existir dois genes com exatamente a mesma
histria evolutiva, aparentemente porque todos genes experenciaram THG
em algum estgio de sua evoluo.

Tree of Life x Network of Life

Ainda assim alguns genes, aqueles que codificam componentes do sistema de
translao, demostram congruncia substancial (mas no identidade real)
entre eles, e com a clssica rvore de rRNA. So poucas a quantidade dessas
rvores congruentes.
Estas constataes abalaram fortemente o conceito de descendencia linear da
evoluo vertical, base da concepo darwinista e neodarwinista da evoluo.

Pictoricamente, muitos ramos da rvore da Vida se tornaram interconectados,

sendo a transio de uma rvore, para uma Rede da Vida, um tpico especial
de estudo sobre o tema.

rvore Estatstica da Vida

A anlise estatstica de milhares de rvores filogenticas para diversos genes
de procariotos demonstrou que uma tendencia central altamente significativa
detectada na floresta filogentica.
Assim, apesar de uma rvore filogentica de um componente central e
conservado do maquinrio de processamento informacional celular
representar apenas a minoria dos sinais filogenticos pela floresta
filogentica, e portanto, no poder representar uma rvore Universal da
Vida, tambm tampouco pode ser considerada uma rvore filogentica
arbitrria e irrelevante, pois representa uma tendencia evolutiva central e
relfete uma rvore Estatstica da Vida

E os vrus? Primeiros incentivos, fagos e mdulos...

Houve desde os princpios da microbiologia, um enorme incentivo ao estudo
dos vrus devido a sua importncia mdica e econmica.
Mas a pesquisa em vrus de bactrias (fagos) no tiveram esse incentivo, e o
foco inicial desta se tornou os mecanismos bsicos por trs da funo do fago
T4 e lambada no hospedeiro E.coli, e no a diversidade e evoluo dos fagos.
Apenas mais tarde veio a hiptese modular da evouo dos fagos onde seu
genoma compreendido como um embaralhado aleatrio de clusters de
gene, ou mdulos, onde cada um realiza uma dada funo.

Evoluo horizontal por troca lateral de mdulos gnicos foi descrita em

fagos muito antes de se tornar um assunto quente em modelos evolutivos de
bacterias.
E mesmo no apresentando evoluo vertical no sentido darwiniano, esssa
descobertas no foram tidas como relevantes para o grande quadro da
evoluo, pois fagos eram vistos apenas como material gentico derivado do
genoma bacteriano que apenas atingiu certo grau de independncia

Hiptese Top-Down: fagos so resultados de extrema perda gnica do

genoma bacteriano acompanhada pela sua transformao em parasitas
celulares.

Hiptese Bottom-Up: fagos so resultados da agregao de genes que

escaparam do controle celular, atingindo independncia em relao ao
cromossomo bacterial com respeito replicao, assim como
plasmdeos; e em algum ponto o DNA egosta adquiriu um escudo
protetor para seu transporte de uma bactria a outra de modo a facilitar
a travessia em ambientes quimicamente hostis.

Importncia Evolutiva dos Vrus

Ao longo das duas ltimas dcadas, novos dados acumulados permitiram aos
bilogos investigar a questo das origens evolutivas dos vrus, e talvez a
origens da vida na terra, em termos cientficos.
Diversas linhas de pesquisa recente mudaram radicalmente esta viso
reducionista e promoveram os vrus a uma posio central no palco da
evoluo
Progresso significativo veio graas a genmica, biologia estrutural e a
descoberta de vrus no usuais.

Desafios do estudo da evoluo dos vrus

Talves o problema mais desafiador em estudar com profundidade a evoluo
dos vrus a rpida evoluo e alta taxa de mutao da maioria dos genes
virais (especialmente vrus de RNA)
Isto torna dificil a unificao de familias virais especialmente quando usase anlise filogentica baseada em sequncias.
Protenas homlogas normalmente divergem tanto, em nvel de sequncia,
com o passar de um longo tempo evolutivo, que se tornam irreconheciveis.
Nestes casos, buscas por homologia baseadas em sequncia e softwares
de alinhamento tm desempenho muito pobre.

Contribuies: Biologia Estrutural e Bioinformtica

O empacotamento tridimensional de correntes laterais dos aminocidos em
ncleos de domnios estruturais proteicos, mantm seus arranjos por longos
perodos evolutivos.
Como protenas homlogas normalmente conservam suas dobraduras
tridimensionais e propriedades bioquimicas, elas ainda podem ser
reconhecidas a nvel estrutural e funcional.
Empiricamente, foi mostrado como estruturas de protenas so pelo
menos 3 a 10 vezes mais conservadas que sequncias!

Em trabalho recente, foram analisados 5080 proteomas completamente

sequnciados de clulas (Archaea, Bacteria, Eukarya) e vrus (3,460) e
atribuidos domnios FSF (fold superfamilies) a suas protenas.
Aplicando genmica comparada e estratgias de filogenmica, foram
identificadas 442 protein folds compartilhadas entre clulas e vrus, e 66 que
so nicos aos vrus!
Estas 66 FSF especficas dos vrus incluem domnios envolvidos em
patogenicidade viral como ligao ao DNA do hospedeiro e receptores,
munipulao do sistema imune do hospedeiro, e encapsulao do genoma
viral com protenas de capsdeo

LUCA e outros modelos de vida

A hiptese mais cautelosa inferida dos dados protemicos sugere que vrus
originaram-se de mltiplas clulas arcaicas que coexistiram com os ancestrais
das clulas modernas.
Isto implica a existncia de linhagens celulares antigas comuns a clulas e a
vrus anteriormente ao aparecimento do "last universal cellular ancestor"
(LUCA) que deu origem s clulas modernas.

Hallmark genes virais

Pesquisadores da genmica tm identificado series de "hallmark genes" virais
que so compartilhados por muitos grupos diversos de vrus, mas nunca por
todos. Estes genes possuem homlogos distantes em organismos celulares.
Forterre (Forterre 2002; Forterre & Gribaldo 2007) especulou que estas
protenas especficas de vrus foram ou diretamente inventadas em um antigo
mundo viral, ou recrutadas por linhagens celulares antigas que existiram
paralelas a LUCA, mas que esto agora extintas.

Exemplos de Hallmark genes e o Self viral

Protena de capsdeo jelly-roll;

Genes de replicao de DNA e de empacotamento.

Dennis Bamford (2003) formulou a hiptese de que a estrutura de capsideo e

a maquinaria de empacotamento genmico so o "self" do vrus, o qual foi
fielmente herdado do ancestral viral. E outros traos do vrus como
recognio e multiplicao em um dado hospedeiro necessitam adaptao
especfica, e protenas envolvidas nesta tarefa tendem a ser adquiridas
horizontalmente, tipicamente do hospedeiro ou de outros vrus explorando o
mesmo hospedeiro.

Evoluo vertical em vrus

A ideia de que estes genes constituintes do "self" viral, possibilitam a
identificao de traos de evoluo vertical entre alguns grupos de vrus
E os genes que pertencem a parte "non-self" do genoma viral no apresentam
relaes arcaicas. Esta hiptese se encaixa bem com a categorizao
genmica de genes virais e as ideias de Forterre sobre evoluo viral.

Importncia dos vrus para evoluo da clula

Alm da corrida armamentista entre vrus e clulas ser vista por muitos
bilogos como a principal fora dirigente da evoluo, a genmica tem
fornecido cada vez mais evidencias de fluxo gnico de fagos para o domnio
celular (McGeoch & Bell 2005).
Grandes vrus elaboram complexas estruturas na clula hospedeira, incluindo
um fbria viral intracelular que de alguma forma de assemelha a um ncleo
celular (Suzan-Monti et al. 2007).
Isto levou a especulao que o ncleo eucarioto talvez seja uma inveno
viral! (Claverie 2006).

Mimivrus: quarto domnio ou simplesmente THG?

Em contraste com outros vrus, o mimivrus codifica algumas protenas
envolvidas na sntese proteica que pertencem ao conjunto de genes
universais conservados na vida celular.
Quando essas protenas so concatenadas para uma anlise filogentica, os
mimivrus se tornam um quarto ramo na rvore Universal da Vida localizado
perto diviso Eucariota
Porm anlises por outros grupos discordam fortemente deste viso,
sugerindo que o mimivrus adquiriu muitos desses genes por THG a partir do
seu hospedeiro natural, a ameba. (Moreira & Brochier-Armanet 2008)

Vrus na biosfera
Estudos metagenmicos em massa tm demonstrado como vrus so as
entidades biolgicas mais comuns na Terra (Edwards and Rohwer, 2005;
Suttle, 2005, 2007).
Sequncias genticas de mamferos derivadas de elementos mveis e vrus
endgenos representam pelo menos 50% do genoma, quando nas plantas a
frao pode chegar a 90%!
A diversidade gentica dos vrus excede substancialmente a das formas de
vida celulares

Duas principais categorias de organizao biolgica

Vrus, com sua distinta estratgia de vida, o parasitismo informacional, na
verdade dominaram, dominam e provavelmente continuaro a dominar a
biosfera tanto fsicamente quanto genticamente, e representam uma das
duas principais formas de vida que to intrinseca a histria da biosfera
quanto so as clulas.
Seu meio de evoluo so distintos do regime evolutivo de animais e plantas,
os objetos tradicionais da biologia evolutiva:
De um lado, parasitas informacionais, de outro, organismos genticamente
auto-sustentados

Concluso:

Vrus (e outros elementos mveis relacionados) e clulas so as duas

principais categorias de organizao biolgica;
(RaoultandForterre,2008;Koonin, 2010; OMalleyandKoonin,2011)

Apesar de diferentes origens evolutivas, so conectadas por intensa

transferncia gnica nos dois sentidos, e suas interao so o maior
condutor da evoluo para ambos imprios biolgicos;

A unidade de esquemas tipo rvore da evoluo um gene individual,

no um genoma, e a rvore da Vida, pode ser considerada apenas como
uma tendncia estatstica em meio a floresta de rvores genticas
(Koonin and Wolf, 2009b).