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Resumo Bioquimica Lehninger Cap 2
Resumo Bioquimica Lehninger Cap 2
Ligações de hidrogênio entre moléculas de água produzem a força coesiva que torna a
água líquida à temperatura ambiente e favorece a ordenação das moléculas de água para
a formação de cristais (gelo).
As ligações de hidrogênio conferem à água uma alta coesão interna, fazendo com que o
seus pontos de liquefação e ebulição sejam mais altos do que o de outros solventes
similares.
Cada hidrogênio sustenta uma carga positiva parcial e o oxigênio uma carga negativa
parcial. O resultado é uma atração eletrostática entre um oxigênio de uma molécula de
água e um hidrogênio de uma outra molécula de água: ligação de hidrogênio (10%
covalente e 90% eletrostática).
Cada molécula de água forma ligações de hidrogênio com 3,4 outras moléculas de água.
Na forma de gelo, a água forma 4 ligações de hidrogênio. Portanto de acordo com a
equação da densidade o gelo é menos denso que a água por ocupar maior volume.
Moléculas apolares não podem interagir com a água, formando aglomerados de maneira
a interferir o mínimo possível na interação água-água.
A região hidrofílica de uma molécula anfipática tende a interagir com a água, já a região
hidrofóbica da molécula tende a evitar o máximo possível o contato com a água
formando agrupamentos, gerando micelas.
Ácidos podem ser considerados como doadores de prótons e bases como aceptoras
de prótons.
Capítulo 3
O C dos aa estão ligados a 4 grupos diferentes (exceto pela glicina cujo R=H),
constituindo-se em centros quirais.
Pontes dissulfeto têm função importante na estrutura de muitas proteínas uma vez que
essas formam interações covalentes entre partes de um mesmo polipeptídeo ou entre
polipeptídeos diferentes. Ocorre apenas entre cisteínas e o conjunto C-C forma uma
cistina.
A histidina é o único aa que tem um grupo R ionizável com pKa próximo ao pH neutro,
assim a histidina pode se encontrar positivamente ionizada ou sem carga no pH 7,0.
Devido a essa característica, os resíduos de histidina facilitam muitas reações
catalisadas por enzimas por servirem como doadores/aceptores de prótons.
Além desses 20 aa, proteínas podem conter resíduos de aa que foram modificados após
terem sido incorporados à sequência da proteína.
Aminoácidos podem agir como ácidos e bases fracas: As formas não ionizadas não
ocorrem em quantidades apreciáveis em solução aquosa, onde predominam as formas
ionizadas.
O pKa de qualquer grupo funcional pode ser altamente afetado por seu ambiente
químico. Esse fenômeno é muitas vezes explorado pelo sítio ativo de enzimas para
promover mecanismos de reação que dependem de valores de pKa alterados de resíduos
que são doadores/aceptores de prótons.
Ponto isoelétrico: é o ponto no qual não existe carga elétrica em determinado PH. Este
PH pode ser encontrado a partir da média aritimetica:
PH= PK1+PK2
2
Peptídeos são cadeias de aa.
Ligação peptídica: é bastante estável no ambiente celular (meia vida de 7 anos).
Capitulo 4
Os aminoácidos são unidos por ligações peptídicas com a liberação de uma molécula de
água e passam a ser denominados resíduos A cadeia polipeptídica se dobra devido aos
graus de liberdade da ligação e dos resíduos originando uma estrutura tridimensional
Funcional.
O primeiro passo para o sequenciamento de uma proteína grande é a quebra das pontes
dissulfeto. O segundo é a quebra da proteína, utilizando-se de proteases, em fragmentos
peptídicos menores. Os fragmentos peptídicos são então separados por cromatografia
ou outro método eletroforético e então submetidos ao processamento de Edman.
Além desse método, a sequência de proteínas pode ser deduzida por espectrometria de
massa ou através do sequenciamento do DNA.
Partes hidrofóbicas das proteínas tendem a serem mantidas em regiões internas, que não
apresentam contato com a água, provendo grande estabilização à estrutura.
A ligação peptídica é rígida e planar porque a ligação C-N é parcialmente dupla não
apresentando rotação. Isso limita as possibilidades de conformações possíveis para uma
cadeia polipeptídica.
Estruturas Secundárias:
Refere-se ao arranjo espacial local de um determinado segmento de uma cadeia
polipeptídica (os ângulos do segmento obedecem a uma certa ordem).
a-hélice
25% dos aa de proteínas apresentam a conformação de α-hélice
As α-hélices são estabilizadas por pontes de H entre o H ligado ao N da ligação
peptídica e o O da carbonila do quarto aa (direção amino-terminal).
Aa nas posições 1 e 4 interagem através da cadeia lateral (positivo com negativo ou
hidrofóbico com hidrofóbico).
Prolinas desestabilizam α-hélices por seu N estar em um anel rígido e por não possuir
H ligado ao N para estabeler ligação de H.
Glicinas são muito flexíveis, por isso formam outros tipos de estruturas.
Conformação β ou folha β
Proteínas fibrosas:
Consistem de um tipo único de estrutura secundária, sendo que sua estrutura terciária é
simples. Em geral provem suporte, forma ou proteção externa para vertebrados.
Proteínas globulares:
Solúveis em água.
Desnaturação de proteínas:
A perda da estrutura implica em perda de função.
CAPÍTULO 5
A ligação é específica
Uma proteína pode ter sítios diferentes para ligantes diferentes, sendo que um ligante
pode afetar a afinidade de um outro ligante devido a alterações conformacionais por ele
induzidas.
PIGMENTOS RESPIRATORIOS
MIOGLOBINA E HEMOGLOBINA
O oxigênio é pouco solúvel em água, devendo ser transportado pelo sangue ligado a
uma molécula transportadora. Entretanto, os grupos R de aa não se ligam ao oxigênio.
Oxigênio se liga ao ferro, mas esse forma espécies reativas de oxigênio (radicais ivres)
quando se encontra na forma livre. Por isso o ferro encontra-se incorporado ao grupo
heme.
MIOGLOBINA
Formada por uma única cadeia polipeptídica (153 aa) e contem um grupo heme.
Formada por a-hélices (70%) e voltas B.
Seu interior é formado por resíduos hidrofóbicos e a maioria dos R dos aa polares
interagem com a água e estão na superfície da molécula.
É tão compacta que seu interior tem espaço para apenas 4 H2O.
HEMOGLOBINA
O sangue arterial, através da passagem pelos pulmões, se satura pela ligação de 96% de
suas hemoglobinas ao oxigênio. O sangue venoso retorna ao coração com 64% da
hemoglobina ligada a oxigênio.
A concentração de oxigênio não afeta muito a sua ligação à mioglobina, uma vez que
essa ligação é de alta afinidade e com curva de ligação hiperbólica. Já a hemoglobina
apresenta várias subunidades de ligação ao oxigênio, sendo que a interação entre elas
afeta a conformação e a afinidade de ligação ao oxigênio.
A estrutura tridimensional das cadeias a e B da hemoglobina e a mioglobina são
similares.
Modulação alostérica:
ANEMIA FALCIFORME
PROTEÍNAS MOTORAS
Capitulo 6
Embora o _G para uma reação seja negativo, isso não quer dizer
que a reação irá ocorrer numa velocidade detectável.
Enzimas não são usadas na reação, não alteram o equilíbrio da reação, elas apenas
aceleram a velocidade da reação, fazendo com que a reação chegue ao equilíbrio mais
rapidamente.
Algumas interações fracas são formadas entre a enzima e o substrato, porém o total
de interações só ocorre entre a enzima e o estado de transição.
O estado de transição não é uma espécie estável nem mesmo no sítio da enzima,
apresentando-se apenas por um período muito curto (no topo da curva).
A razão porque enzimas são tão grandes é porque as demais regiões são necessárias para
manutenção da estrutura do sítio ativo e das várias interações entre a enzima e o estado
de transição.
Quando a enzima interage com o substrato, este promove uma alteração da estrutura da
proteína (que pode ser apenas local ou pode envolver toda a molécula): encaixe
induzido. O encaixe induzido ajuda a posicionar grupos importantes para a catálise,
como também a formação de novas ligações fracas com o estado de transição.
Enzimas Regulatórias
Regulam a velocidade de uma determinada via metabólica. Em geral, a primeira enzima
de uma via metabólica é regulável.
Fosforilação
Um terço de todas as proteínas existentes podem ser fosforiladas por proteínas quinases.
CAPITULO 10
Insolúveis em água
-Funções biológicas:
- Estocagem de energia
- Elementos estruturais das membranas biológicas
- Cofatores enzimáticos
- Carreadores de elétrons
- Pigmentos
- Âncoras hidrofóbicas
- Hormônios
- Mensageiros intracelulares
Ácidos graxos
Ácidos carboxílicos que apresentam cadeias hidrocarbônicas com 4-36 átomos de
carbono
- Podem ser saturados ou insaturados
- Nomenclatura:
Comprimento da cadeia: Número de duplas ligações DPosição das duplas
-A maioria dos ácidos graxos que ocorrem naturalmente apresentam de 12 a 24
carbonos, apresentando um número par de átomos de carbono As duas ligações duplas
em geral apresentam configuração cis. Os AC graxos trans são obtidos a partir de
produtos do leite e carne.
TRIGLICERIDEOS
Lipídios de membrana
• Membranas são formadas por uma bicamada lipídica e têm a função de impedir a
passagem de íons e moléculas polares.
• Lipídeos de membrana são anfipáticos.
Glicerofosfolípidios
Esfingolipidios
Esteróis (4 anéis fundidos)
CAPITULO 11
A membrana é semipermeável: é permeável a substâncias apolares e impermeável a
substâncias polares, que chegam até o interior da célula através de transportadores
ou canais.