Estrutura de proteínas:

A conformação proteica o arranjo dos átomos em uma proteína. A conformação é

variável em determinadas condições e são termodinamicamente mais estáveis (menor
energia livre de Gibbs). A conformação funcional reflete seu estado nativo, e a
estabilidade está em manter esta conformação. Uma série de ligações garante esta
estabilidade, como pontes dissulfeto, de hidrogênio e interações iônicas. As ligações
mais prevalentes são interações hidrofóbicas e interações não-covalentes fracas. A
melhor conformação é visando minimizar a energia livre.

Grupos apolares se agregam aumentando a entropia da água circundante e

favorecendo o enovelamento das proteínas gerando um núcleo compacto. Leu, ile, val,
phe e tryp. O número de ligações de H é maximizado reduzindo o número de grupos
capazes de fazer ligações de H e de grupos iônicos que não estão adequadamente
pareados.

Estrutura 2D:

A estrutura secundária de uma proteína é o segmento de uma cadeia peptídica e

descreve o arranjo espacial de seus átomos sem considerar a posição das cadeias
laterais. As formas mais comuns são as alfa-hélices e conformações beta.

Alfa-hélices: o esqueleto polipeptídico é firmemente enrolado em torno de um

eixo longitudinalmente no centro da hélice e os grupos R dos Aas se projetam para fora
da hélice, essa conformação maximiza ligações de H internas. Os segmentos podem se
desviar dos ângulos diedros formados, gerando torções, as mais comuns são curvaturas
para a direita.

As voltas sucessivas da alfa-hélice estão ligadas a voltas adjacentes por ligações

de H, que geram a estabilidade. Cada resíduo dos Aas tem uma propensão intrínseca
para formar uma alfa-hélice devido a variação de R´ e a capacidade de formação de
ângulos (ex. Ala mais propensa a formar alfa hélice, pro e gly menos). A formação de
alfa-hélice é dependente da composição dos Aas. Outros fatores que influenciam a
formação destas estruturas além da tendencia intrínseca, são as interações das cadeias R,
o volume dos grupos R adjacentes, a ocorrência de pro e gly.
 Conformações beta: O esqueleto polipeptídico é estendido na forma de zigue-
zague, o arranjo lado-a-lado é chamado de folhas beta. As ligações de H são formadas
entre segmentos adjacentes, dentro da folha. Os grupos R se projetam em zigue-zague
em direções opostas gerando um padrão alternado.

A formação de curvas beta conecta extremidades de dois segmentos de uma folha

beta antiparalela. Os resíduos gly e pro ocorrem frequentemente em curvas beta.

A conformação das ligações peptídicas é definida por ângulos de torção phi, psi e
ômega que refletem a rotação ao redor de cada uma das três ligações peptídicas (N=Ca,
Ca=C e C=N (não gira)). O ângulo formado entre os planos formados por estas ligações
é usado como medição para descrever a estrutura secundária e a conformação da
proteína. Os valores gerados pelos ângulos são plotados num diagrama chamado
Diagrama de Ramachandram, que é utilizado para testar a qualidade das estruturas 3D
geradas.

Neste gráfico, os ângulos diedros que diferem em alfa-hélice e conformação beta

são encontrados em uma região restrita. Com exceção que pode ser encontrada em
regiões específicas pois assume diferentes conformações.

Dicroísmo circular: A assimetria estrutural em uma molécula leva em diferenças

na absorção da luz polarizada, que pode ser para esquerda ou para a direita. A medida
desta diferença é chamada de espectômetro de dicroísmo circular. Uma estrutura
enovelada pode ter picos de espectro de absorção de luz pela ligação negativa ou
positiva obtida na região de luz UV distante (190-250 nm).

As conformações de alfa e beta possuem espectros característicos podendo assim

serem determinados através de um gráfico obtido a partir do coeficiente de extinção
molar em função do comprimento de onda obtido.

Estrutura tridimensional: Arranjo tridimensional de todos os átomos.

Aminoácidos distantes podem interagir na sequencia enovelada, esses segmentos que

interagem são mantidos em suas posições terciárias por interações fracas ou covalentes.
Fibrosas: um único tipo de estrutura 2D e 3D simples. Suporte e forma. Ex. Queratina e
colágeno.

Estrutura secundaria que se repete, são insolúveis em água e alto conteúdo de Aas
hidrofóbicos. Ex. queratina possuem alfa-hélices voltadas para a direita. Duas fitas são
orientadas em paralelo enrolam-se uma sobre a outra formando um espiral supertorcido,
conferindo resistência. Rica em aminoácidos hidrofóbicos, sua superfície é ligada pelos
resíduos R-hidrofóbicos que se interconectam. O entrelaçamento de dois peptídeos a-
helicoidais é um exemplo de 4D. As ligações que estabilizam são dissulfeto.

Colágeno: Estrutura 2D diferenciada, gira para a esquerda e tem 3 resíduos de Aa por

volta. A estrutura 4D é formada por três polipeptídeos separados (cadeias-a),
supertorcida um sobre o outro. Composição gly, ala, pro e 4-hyp que permitem uma
compactação junta na estrutura. A ligação é sustentada por ligações covalentes com lys
ou his.

Fibroína de seda: Predomínio de folhas B. Ala e gly que permitem a compactação de

folhas B e arranjo entrelaçado de grupos R. Estabilização por pontes de H e Van der
Walls resultando em uma estrutura flexível.

Globulares: Vários tipos de estrutura 2D. Enzimas, reguladoras. Possuem um denso

núcleo hidrofóbico. Formada por segmentos diferentes que se dobram um sobre os
outros gerando uma forma compacta. Gera uma grande diversidade estrutural. Ex.
Mioglobina: composta por um grupo heme, contêm 8 segmentos de a-hélice
interrompidos por dobras e algumas curvas beta. A estabilidade é resultante do efeito
hidrofóbicos e ligações Van der Walls no núcleo, os resíduos R estão voltados para o
interior e a maioria dos R polares são externos, formando uma estrutura altamente
compacta. Formam filamentos helicoidais pela ligação complementar a uma outra
região de superfície da mesma molécula.

Padrões estruturais de enovelamento: Motivos e domínios.

Motivo: Envolve dois ou mais elementos característicos de estrutura secundária e a

conexão entre eles. Ex. alça B-a-B. São relativamente simples ou estrutura bem
elaborada como segmentos proteicos dobrados juntos como barril beta. Motivos
complexos podem ser formados a partir de motivos simples.
Domínio: Parte da cadeia polipeptídica estável e pode ser isolada em relação ao resto da
proteína. Enovelamento de mais de 100 Aas e pode representar junções diferentes.
Podem estar relacionados a ligação, interação. Sub-estrutura gerada em qualquer parte
da cadeia polipeptídica e que pode se enovelar independente do resto da proteína.

Famílias: Porções de proteínas que são idênticas tanto em AA quanto em conformação.

Podem desempenhar funções diferentes.

Sítio de ligação: Região de superfície proteíca que pode interagir com outra molécula.
A forte ligação de duas cadeias polipeptídicas enoveladas cria uma molécula maior e
geram subunidades proteícas.

Estrutura desordenada: Não há núcleo hidrofóbico, contém alto número de

aminoácidos carregados positivos (lys e arg) e negativos (glu), e pro que rompe
estruturas ordenadas. São flexíveis, possuem função de espaçadores, isoladores,
interação. A estrutura pode variar dependendo da interação.

Banco de dados baseados em estruturas:

Estabelecem relações entre proteínas, classes, função, tipos, evolução, localização.

Organização de acordo com a estrutura α, β. Agrupamento de estruturas semelhantes em
famílias.

Superfamília: Pouco semelhante em Aas, mas alta semelhança em motivos estruturais e

funcionais.

3D softwares que predizem estruturas.

Estrutura quaternária:

Formação de subunidades (multímeros), agem com reguladoras. Subunidades

conectadas podem assumir funções diferentes que podem estar associadas. Ex.
Ribossomos que apresentam diversas subunidades associadas. Multímeros com algumas
subunidades é um oligômero, geralmente são idênticos. Unidades de repetição em uma
proteína multimérica são protômeros.
A estabilidade é marginal, ou seja, uma existência precária. Logo após a síntese no
ribossomo devem se enovelar em sua conformação nativa. Caso ocorra um mal
enovelamento, as proteínas formam agregados inativos pela exposição de resíduos
hidrofóbicos. Doenças.

Certas condições celulares podem levar a mudanças estruturais, o que pode acarretar a
perda da função. A desnaturação pode representar um desenrolamento parcial. Uma
proteína pode suportar uma determinada temperatura, porém a mudança abrupta pode
levar a desnaturação e consequente perda da função.

Algumas proteínas são termo resistentes. Apresentam uma alta carga de resíduos
carregados na superfície ou interior hidrofóbico compacto. Enovelamento fica mais
flexível devido a formação de uma rede de pares iônicos.

pH extremos ou solventes orgânicos: Álcool, ureia, detergentes. Ureia- Age nas

ligações hidrofóbicas desestabilizando o núcleo apolar e desfaz as ligações de H.
Agentes redutores rompem ligações dissulfeto.

A estrutura tridimensional é definida pela composição de Aas assim a desnaturação e a

perda da função são reversíveis. Quando colocados em condições ideais, são
renaturados.

Como ocorre o enovelamento? Estruturas 2D locais se formam primeiro, a-hélice e

folhas B se organizam facilmente, seguido de interações iônicas nos grupos carregados
próximos na cadeia linear. Posteriormente são realizadas interações de longo alcance
como o enovelamento de estruturas 2D que facilitam a estabilidade. Essa estabilidade é
favorecida pelas interações hidrofóbicas formadas. Esse processo continua até a
formação dos domínios e enovelamento total polipeptídeo. Domínios situados a N-
terminal podem se enovelar antes mesmo que toda a proteína não esteja enovelada.

Chaperonas: Interagem com polipeptídeos parcialmente enovelados ou incorretos,

possibilitam o microambiente para ocorrer o enovelamento, proporcionando o
dobramento correto.

HSP70: são mais abundantes. Ligam-se em resíduos hidrofóbicos e protegem da

desnaturação causada pela temperatura. Bloqueiam o enovelamento que deve
permanecer não enovelados até o deslocamento para a membrana. Os polipeptídeos
ligados a HSP70 é liberado e pode ser enovelado novamente ou pode ser entregue a uma
chaperonina (GroEL/ES) ou HSP60 em eucariotos.

São dois anéis que formam uma câmara (GroEL): Proteínas desenoveladas ligam-se a
região hidrofóbica e ficam presas dentro da câmara que é fechada por uma tampa
(GroES). A proteína fica isolada, limitando seu espaço conformacional e evitando a
agregação inapropriada, e pode então se renovelar. Após a proteína é liberada, e pode
repetir esse processo até que seja dobrada corretamente. Outras proteínas como a
proteína dissulfeto-isomerase e prolil cis-trans isomerases podem também auxiliar.

Defeitos no dobramento podem gerar acúmulo de fibras amilóides que são proteínas
extracelulares insolúveis. Gera doenças.

Em eucariotos proteínas secretadas começam o enovelamento no RE. Em determinadas

condições de stress pode ocorrer o acúmulo de proteínas não enoveladas, isso acarreta a
resposta à proteínas não-enoveladas, composta por um conjunto de reguladores
transcricionais que aumentam a concentração de chaperonas ou diminuem a síntese de
proteínas global.

As proteínas erradas são degradadas por autofagia ou por um sistema chamado

ubiquitina-proteossomo.

Difração de raios X: é a medida dos átomos em um retículo cristalino pela sua

localização e intensidade dos pontos produzidos por um feixe de luz em um
determinado comprimento de onda.

Há a necessidade de purificação para cristalização da proteína de forma que sua

estrutura fique altamente ordenada. O cristal é colocado entre uma fonte de raios X e o
detector, é gerado um conjunto de pontos produzidos pelos átomos da molécula. Através
de técnicas matemáticas (Fourier) é construído um mapa de densidade eletrônica e o
modelo da estrutura é gerado. A acurácia é comprovada por RMN.
Ressonância magnética nuclear: são realizados com macromoléculas em solução.
Pode esclarecer o lado dinâmico, conformações, enovelamento e interações.

Nesse técnica é manifestado o momento angular do spin nuclear dos átomos H,C, N F e
P. Esses spins geram um dipolo magnético quando um campo magnético é aplicado. Os
dipolos magnéticos da molécula em solução são deixados em orientações paralela e
antiparalela.

Um pulso de energia eletromagnética é aplicado nos ângulos alinhados no campo

magnético e energia é absorvida. O espectro de absorção contem informações sobre a
ID do núcleo e o ambiente químico das imediações.

Para a analise estrutural de proteínas é utilizado RMN bidimensional que mede o

acoplamento dependente da distância, dos spins do núcleo de átomos próximos ou pelo
acoplamento dos spins dos átomos conectados por ligações covalentes. A representação
3D é gerada por um computador onde medem as restrições de distancia e restrições
geométricas conhecidas (quiralidade, Van der Waals).