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Disciplina: Bioquímica (BMF1), Prof. Dra. Ana Maria Q. Lopez. 4º Estudo Dirigido
O carbono central, ou carbono alfa será, quiral, e, portanto, assimétrico, uma vez que possui,
além da ligação com os dois grupamentos supracitados, ligação com um hidrogênio e um
radical, que é variável. Na natureza, todos os aminoácidos (que formam proteínas) são do tipo
l-alfa, e, portanto, o grupo amina está localizado à esquerda do carbono alfa, o que faz com
que o feixe de luz polarizada que passa por tal molécula seja desviado para esquerda.
Quanto ao número de cadeias: podem ser classificadas de acordo com seu arranjo.
- Monoméricas: apenas uma cadeia de aminoácidos.
- Oligoméricas: interação entre mais de uma cadeia de aminoácidos. São mais
complexas.
Quanto à forma:
- Fibrosa: estrutura mais simples, como o colágeno ou a queratina.
- Globular: ou enovelada. Em geral são mais complexas e, portanto, a elas está atrelada
a função dinâmica, em sua maioria, como a hemoglobina ou calmodulina.
2. Estrutura secundária: aminoácidos, por si só, sofrem dobramentos, uma vez que as
ligações entre os carbonos não são em 180º; quando ligados a outros aminoácidos pela
ligação peptídica, o arranjo encontrado é rígido, não sofre torção, uma vez que o
nitrogênio fica em ressonância com a ligação dupla do oxigênio; porém, o radical que
está ligado ao carbono acil pode sofrer torção, bem como o ligante do nitrogênio.
Dessa forma, a estrutura primária é minimamente ondulada, o que provoca, a cada 3,
4 ou 5 resíduos de distância, a formação de pontes de hidrogênio entre as diversas
partes da cadeia, entre aminoácidos que não estão imediatamente adjacentes, o que
provoca o “encolhimento” da cadeia.
3. Estrutura terciária: interações entre as cadeias laterais (não mais conexões somente
entre as ligações peptídicas) por meio de pontes dissulfeto, ligações iônicas,
interações hidrofóbicas e pontes de hidrogênio. A dobra, antes vista na estrutura
secundária, se torna mais estável. Ocorre nas proteínas globulares, aquelas que
possuem função dinâmica.
e) Qual o conceito de desnaturação de proteínas, que fatores podem fazer isso ocorrer,
quais os tipos de ligações que se rompem durante o processo de desnaturação e descreva
quais as possibilidades de reversibilidade.
Homologia: quando é possível encontrar proteínas com similaridades de formato, com poucas
variações nas sequências de aminoácidos, devido à existência de um “ancestral” em comum.
Proteínas homólogas são, portanto, aquelas que, em diferentes espécies, apresentam a
mesma função, por conservarem grande parte da sequência de aminoácidos, havendo
pequenas variações sequenciais, que podem ser reconhecidas imunologicamente. Enquanto as
porções idênticas entre as proteínas, que são aquelas que exercem a função de fato, são
denominadas “fixas”, as porções que divergem de uma para a outra quanto à sequência de
aminoácidos são chamadas “segmentos variáveis”.
Zimogênios: são formas inativas de enzimas, que precisam de fatores de ativação para
começar a cumprir suas funções. Dessa forma, os precursores enzimáticos são transformados
em enzimas em locais diferentes do seu local de produção. Um exemplo é o
quimotripsinogênio, sintetizado no pâncreas, que é a forma inativa da quimotripsina, uma
protease, que se converte pela ação da tripsina.
h) Explique do que se trata a especificidade de proteínas e por que, por exemplo, isso
pode ocasionar problemas nos transplantes de órgãos.
A alta especificidade das proteínas está explicada pelo fato de elas serem resultantes de uma
sequência única de aminoácidos, seus monômeros, que se diferenciam entre si de acordo com
sua cadeia lateral, ou radical. Há uma variedade de 20 diferentes tipos que, combinados entre
si, atribuem características únicas a cada peptídeo: podem, ou não, estarem todos fazendo
parte de uma mesma proteína, em sequências variadas. Desse modo, as proteínas são
utilizadas, muitas vezes, no processo de sinalização celular; sua presença única é reconhecida
por determinadas moléculas, o que desencadeia diversos processos metabólicos
fundamentais. Nesse contexto, as proteínas constituem a identidade biológica das células, o
que permite que elas sejam, ou não, compatíveis, e, assim, interajam ou se rejeitem. O
processo principal de histocompatibilidade é responsável pela codificação das proteínas,
denominadas antígenos, que se encontram na superfície das células e, assim, podem ser
reconhecidas. Essa configuração é importante, por exemplo, para reconhecer corpos
estranhos e promover a defesa do organismo, com a eventual destruição de agentes invasores.
Todo esse cenário deve ser levado em consideração em processos de transplantes de órgãos:
isso porque o recebimento de órgãos cujas células possuem proteínas não compatíveis com as
do receptor pode desencadear processos de rejeição, levando até mesmo a morte da pessoa, já
que o organismo, ao reconhecer um antígeno estranho, trabalha para destruí-lo. Por isso, é
muito difícil encontrar pessoas compatíveis para a doação de órgãos, sendo a maioria achada
na família do próprio receptor, já que o sistema supracitado possui influência genética (Ex:
tipagem sanguínea). Ainda assim, o uso de medicamentos imunossupressores é feito para
adequar o sistema imune ao recebimento do órgão.
Admitindo-se uma mutação que altere o aminoácido da proteína 2 que interage com
aquele da proteína 1, qual destas mutações seria mais destrutiva para a interação entre
as proteínas 1 e 2? E qual seria menos destrutiva?
Nesse contexto, é importante considerar a polaridade das moléculas. Sendo a arginina
parcialmente carregada positivamente e o acido glutâmico negativamente, sua conexão é
facilitada pela atração entre as cargas, ou seja, mediada por ligação iônica. Desse modo,
pode-se afirmar que a mutação menos danosa se daria caso o ácido glutâmico se
transformasse em aspártico, uma vez que a polaridade seria mantida. A mais danosa, então, se
daria em caso de transformação em lisina, com a alteração da polaridade. Tais diferenças
também são explicadas pela relação entre ácidos e bases.
l) Qual a definição e quais as propriedades de uma enzima? Quais são as vantagens das
enzimas em relação aos catalisadores não-biológicos?
São moléculas, em sua maioria protéicas, que são responsáveis por catalisar reações
químicas, isto é, aumentar sua velocidade de ocorrência, o que é necessário para o
metabolismo dos seres vivos, uma vez que a homeostase requer a existência de uma
estabilidade, que mantém funções fundamentais. Isso não quer dizer, porém, que as reações
não aconteceriam na ausência da enzima, mas a velocidade seria incompatível com o decorrer
da vida biológica. A realização dessa atividade se dá por meio da diminuição da energia de
ativação necessária para a ocorrência de tais reações. Desse modo, as propriedades
enzimáticas são:
- Diminuem a energia de ativação necessária para a ocorrência da reação;
- Não alteram o estado de equilíbrio da reação;
- Não alteram a variação de energia entre os reagentes e produtos;
- Atuam em condições específicas de pH e temperatura;
- Não são consumidas durante a reação;
Cabe ressaltar a existência dos catalisadores não biológicos, que são desvantajosos em
relação aos enzimáticos, uma vez que:
- Enzimas biológicas são compostas por substâncias que o organismo pode fabricar
facilmente;
- A velocidade das reações mediadas pelos catalisadores biológicos é maior que a dos
não-biológicos;
- As condições ambientais, de pH e temperatura, para o funcionamento dos
catalisadores biológicos, são mais acessíveis e mais fáceis de serem reguladas.
m) O que é energia de ativação de uma reação? De que maneira os catalisadores
aumentam a velocidade da reação? O que aconteceria se a energia de ativação de uma
reação fosse nula?
n) Cite quais são as principais grandes classes de enzimas e explique cada uma.
1. Oxirredutases: catalisam reações que envolvam a transferência de elétrons, ou de
oxirredução. Normalmente utilizam as coenzimas.
- Desidrogenases: irão mediar a catalisação da transferência de hidrogênios,
vindos do substrato, para a coenzima. NAD e FAD participam da
transferência de tais elétrons.
Ex: piruvato transfere, por meio do NADH, dois hidrogênios para a formação do lactato, o
que ocorre com a clivagem da ligação dupla do oxigênio. A reação inversa também é
possível.
- Oxidases: irão mediar a catalisação da transferência de hidrogênios, vindos do
substrato, para o oxigênio molecular. Ocorre a formação de peróxido de
hidrogênio. Redução do oxigênio molecular.
Ex: para a conversão de glicose em gluconolactona, o carbono anomérico, na presença de gás
oxigênio, perde seus hidrogênios e forma uma ligação dupla com o oxigênio; o subproduto é
o H2O2.
- Peroxidases: mediam a catalisação de variados substratos, tais como corantes,
clorofenóis e aminas, pelo peróxido de hidrogênio.
Ex: o guaiacol perde hidrogênio para a formação de metanol, e o oxigênio restante forma
uma ligação dupla. Após isso, o peróxido cede um oxigênio para a porção de onde o
hidrogênio foi retirado, promovendo a oxidação da molécula e formação de água a partir do
resíduo do peróxido
- Oxigenases: promovem a catalisação da oxidação, pelo oxigênio molecular, de
um substrato, com a posterior incorporação de oxigênio ao produto.
2. Transferases: transferência de grupamentos que possuem carbono, nitrogênio, fósforo
ou enxofre em sua composição, de um substrato para outro. Podem, portanto, ser
transaminases, transaldolases, transmetilases, quinases e transcetolases.
6. Ligases: catalisam reações, que demandam o gasto de ATP, ou energia, para a adição
de água, amônia ou gás carbônico a uma ligação dupla entre carbonos ou entre
carbono e nitrogênio. São denominadas sintetases.
Ex: glutamina sintetase, com adição de amônia.
> Chave-fechadura (1894): pelas enzimas possuírem alto grau de especificidade, o substrato
encaixaria perfeitamente a um sítio de ligação rígido, tal qual uma chave se encaixa em sua
fechadura. De acordo com essa teoria, enzima e substrato seriam complementares.
As enzimas desencadeiam importantes reações para o organismo, mas suas atividades não são
necessárias a todo o tempo; a atividade enzimática desenfreada poderia, até mesmo, causar
danos ao organismo. Por exemplo, caso as enzimas proteolíticas tenham sua atividade
prolongada, danos à mucosa do trato gastrointestinal poderiam ocorrer, com a digestão das
proteínas do próprio organismo. Desse modo, sua atividade deve ser bem regulada, para que
não ocorra de forma aleatória, causando prejuízos à homeostase.
r) Por que o gráfico de Lineweaver-Burk é útil na análise dos dados cinéticos de uma
reação enzimática?
Por proporcionar uma determinação confiável de Km e Vmáx, uma vez que se trata de um
formato linear, e não uma parábola, o que o torna de leitura e interpretação mais fácil, sendo
sua utilização no dia-a-dia acessível.
s) Quais os diferentes tipos de inibidores enzimáticos? Explique. Como os valores de
inibição influenciam os valores de Km e Vmax?
A ação de um inibidor suicida se dá por meio da ligação covalente irreversível com o sítio
ativo a enzima, o que provoca a sua inutilização e, portanto, cessar de sua atividade catalítica.
Ao destruir a enzima, se autodestrói também. Sua ação, desse modo, seria mais eficaz, por ter
foco específico, sem o risco de atingir e danificar outras áreas.
u) Por que a curva obtida para a cinética alostérica é sigmóide, e não hiperbólica? O
gráfico da cinética de uma enzima alostérica tem forma sigmóide, e há um valor de [S]
que tem Vo = 1⁄2 Vmax. Este valor pode ser considerado Km? Por quê?
R1: As enzimas alostéricas são aquelas que exigem, além da presença do substrato, a ligação
com moduladores, no sítio que não o catalítico, positivos ou negativos, que favoreçam ou
dificultem a sua ação, aumentando ou diminuindo sua atividade. Pode ocorrer, também, por
meio da adição de grupamentos químicos em sítios específicos da enzima. O gráfico de
funcionamento das enzimas seguem a lógica:
- Cinética de primeira ordem: comum às enzimas não alostéricas, que dependem de
apenas um fator para a sua ação. São curvas hiperbólicas, de crescimento exponencial
até a Vmáx.
- Cinética de segunda ordem: comum às enzimas alostéricas, que dependem de mais de
um fator. São sigmóides.
O comportamento sigmoidal da enzima alostérica, é, portanto, fruto da cooperação entre as
subunidades protéicas.
R2: Dependendo do modulador utilizado, sim. Em condições normais, o valor da
concentração do substrato corresponde a Km quando a velocidade é metade da Vmax; porém,
na presença de moduladores:
- Modulador positivo: diminui Km da enzima. É necessário, portanto, pouco substrato
para atingir a reação, uma vez que a afinidade é grande. A velocidade em tal Km,
nesse caso, é maior.
- Modulador negativo: aumenta Km, é preciso de mais substrato para a reação ocorrer,
a afinidade diminui. A Vmax é diminuída.
v) Graficamente, qual a diferença entre uma enzima com efetor e outra com inibidor
alostérico?