Os anos que se seguiram ao Período Sengoku presenciaram o surgimento da Crise Separatista,

onde dezenas de territórios se retiraram da República de Coruscant e se juntaram à

Confederação de Reinos Independentes. Este período de tensão política e incitação à guerra
foi orquestrado pelos Sith, para que Sidious (Palpatine) ganhasse cada vez mais poder sobre a
República e consequentemente se tornasse o Shogun. Para permitir que Palpatine pudesse
reunir um exército e responder ao que a República via como a ameaça da Aliança Separatista
(a Confederação de Reinos Independentes), o Damiyo Jar Jar Date de Naboo fez um apelo aos
Daimyo para que poderes de emergência fossem concedidos ao Shogun. Os Daimyo
aprovaram a concessão, e o exército da República foi convocado, e as guerras do Período
Sengoku começaram.

O clã Jedi foi colocado na liderança do esforço de guerra, com os Jedi servindo como
Rikugunshokan e Shireikan nas forças armadas. Depois de anos de guerra, muitos dos cidadãos
da República passaram a se opor ao conflito e culparam os líderes Jedi pela guerra prolongada
e devastadora. A opinião pública começou a se voltar contra os Jedi, e muitos passaram a
enxergar o clã Jedi como sinônimo das Guerras. Barriss Offee, membra do Clã, também
acreditava que os Jedi haviam se tornado cúmplices de uma guerra equivocada, decidindo
fazer um atentado contra o Castelo Jedi em Coruscant. Outros Jedi também compartilhavam
de sua visão; a Mestre Jedi Depa Billaba acreditava que havia sido um erro dos Jedi aceitar
liderar a guerra. O Grão-Mestre Yoda e Daimyo do clã, depois de embarcar em um caminho
espiritual para aprender os segredos da consciência eterna dentro da Força, teve uma visão
em Dagobah dos Jedi lutando contra soldados imperiais e sendo mortos por Darth Sidious. Em
sua jornada, ele passou a acreditar que o Clã Jedi acabou perdendo a guerra simplesmente por
ter lutado nela.

Perto do fim da guerra, a conspiração foi descoberta pelo Ashigaru Kyo, que sofreu uma
ativação precoce do ritual 66 (um ritual magico que foi realizado em todos os Ashigaru do
exército da República que tinha como finalidade colocar todos os Ashigaru da república contra
os Jedi, com a intenção de extermina-los). Ele matou a Mestre Jedi Ayo durante a Batalha de
Ringo. Depois da morte de Ayo, seu amigo Ashigaru, Ryosuke, investigou o que havia
acontecido e descobriu a existência do ritual 66 e da conspiração que o cercava. Ryosuke
contou a Nobunaga Skywalker (Nobunaga Skywalker, era um Samurai Jedi considerado por
muitos de seu clã como o Escolhido dos Kami, destinado a destruir os Sith), seu Shireikan, e ao
Taisa Rex sobre suas descobertas, mas eles não acreditaram em seu relato. Ryosuke acabou
morto por outro Ashigaru depois de ser considerado uma ameaça, e a história oficial sobre o
que tinha acontecido com Kyo foi que ele havia sido exposto a uma magia negra que o tornou
violento. Os Jedi posteriormente descobririam que os Sith estavam envolvidos na criação do
exército da República, mas não descobriram a conspiração e continuaram a usar os Ashigaru
como sua única forma de combater a Aliança Separatista.

Os dias finais das guerras do Período Sengoku viram o Shogun Palpatine acumular cada vez
mais autoridade centralizada, e o Clã Jedi se tornou cada vez mais desconfiado do Shogun e
seu crescente poder. Eles sentiam que o lado sombrio da Força rodeava o Shogun, embora
ainda não soubessem que ele era o último Daimyo do Clã Sith que eles haviam procurado
durante toda a guerra. Depois da morte do Rikugunshokan Dookan durante a Batalha de
Coruscant, o Shogun prometeu um fim rápido para a guerra quando o Shireikan Grievous, líder
do Exército Separatista, fosse morto. O Conselho Jedi, suspeitando das promessas do Shogun
de abrir mão de seu poder executivo, discutiam em privado a remoção do Shogun caso ele não
cumprisse com suas promessas depois da morte de Grievous.

Foi nos últimos dias da guerra que Nobunaga Skywalker começou a ter visões de sua esposa, a
agora Magistrada Amidara, morrendo em parto. Determinado a salvar sua esposa e seu futuro
filho (o casal ainda não sabia que estava esperando gêmeos) Skywalker começou a procurar
pelo poder de salvar sua família. Palpatine o ludibriou com a Tragédia de Darth Plagueis, que
ele descreveu como uma antiga lenda Sith, e explicou que Plagueis havia sido um Lorde Negro
dos Sith que tinha descoberto os segredos da imortalidade. Logo depois, o Shogun revelou ao
jovem samurai Jedi que ele era, na verdade, Darth Sidious, e poderia ajudá-lo a salvar a vida de
Amidara. Nobunaga incialmente rejeitou a oferta e informou o Sensei Miyamoto Windu,
campeão do clã, sobre a identidade do Shogun.

Conhecendo a verdadeira identidade de Palpatine, e perante a recusa de Palpatine de abrir

mão de seus poderes executivos mesmo com a morte do Shireikan Grievous durante a Batalha
de Utapau, Windu reuniu outros três Mestres Jedi—Kit Fisto, Agen Kolar, e Saesee Tiin—para
prender o Shogun. Os Mestres Jedi confrontaram o Lorde Sith em seu gabinete, e Sidious
atacou, matando os três Mestres e iniciando um duelo com Windu. O duelo se estendeu pelo
gabinete do Shogun até que Windu desarmou o Lorde Sombrio, no momento em que
Skywalker chegava para presenciar o que Sidious afirmava ser a tentativa dos Jedi de tomar o
controle da República. Como ele acreditava precisar de Sidious para salvar a vida de Amidara,
Nobunaga interviu quando Windu estava prestes a matar seu oponente e decepou a mão de
Windu. Sidious se aproveitou da oportunidade para liberar uma onda de relâmpagos da Força
sobre o Mestre Jedi, jogando Windu da janela para sua morte. Tendo se voltado contra o clã
Jedi, Skywalker jurou serviço a Darth Sidious e se tornou o Lorde Sith conhecido como Darth
Vader.

O atentado de Windu à vida de Sidious deu ao Lorde Sombrio a justificativa de que ele
precisava para denunciar os Jedi como traidores e destruir o clã Jedi. Ele ordenou que Vader
fosse até o castelo Jedi em Coruscant para matar todos os Jedi em seu interior. Vader levou
consigo um batalhão de soldados Ashigaru, leais aos Sith graças à ativação do ritual 66.
Enquanto Vader e o 501º Batalhão atacavam o Castelo, Sidious ordenou a execução do ritual
66 a Taisa por toda a república. Alguns Jedi, incluindo o Mestre Daisuke Kenobi, e o Mestre
Yoda em Kashyyyk, conseguiram escapar do massacre, mas a maioria dos Jedi acabaram sendo
mortos. Isso incluía os Jedi no castelo em Coruscant, onde quase todos, incluindo os
younglings, foram assassinados por Vader e suas tropas.

Com o clã Jedi essencialmente destruído, Sidious convocou uma sessão especial da República
para marcar o fim da República. Ele se apresentou como vítima de uma tentativa de golpe por
parte dos Jedi, exibindo sua aparência grotesca como evidência de feridas brutais, e prometeu
eliminar os traidores Jedi restantes. Ele usou a instabilidade causada pelas Guerras como
pretexto para transformar a República num Império, uma proclamação recebida
entusiasticamente por grande parte dos Daimyo. Enquanto Sidious se auto-proclamava
Imperador, Kenobi e Yoda se infiltraram no castelo Jedi e encontraram a destruição deixada
por Vader e suas tropas. Kenobi acabou descobrindo que Nobunaga Skywalker, seu antigo
aprendiz, havia sido responsável pelo massacre. Os dois Jedi decidiram tentar destruir os Sith,
com Yoda planejando enfrentar o Imperador enquanto Kenobi iria encontrar e matar seu ex-
amigo.

Kenobi seguiu Vader até o território vulcânico de Mustafar se escondendo a bordo do navio de
Amidara, depois que a Magistrada decidiu viajar em busca do marido. Vader, que havia
acabado de assassinar o Conselho Separatista e oficialmente acabar com as Guerras Sengoku,
ficou enfurecido ao ver seu antigo mestre, se convencendo de que ele e Amidara estavam
conspirando contra ele. Vader atacou a esposa e deixou-a inconsciente, enquanto ele e Kenobi
começaram um duelo. Yoda foi incapaz de derrotar o Imperador e foi resgatado pelo
Magistrado Bairu Organa de Alderaan, um aliado do clã Jedi. Em Mustafar, Kenobi amputou
três dos membros de Vader e deixou o Lorde Sith para sua morte à beira de um rio de lava. O
Imperador chegou a tempo de encontrar e salvar a vida de seu aprendiz. Eles retornaram para
Coruscant, onde Vader recebeu uma armadura com propriedades magicas de suporte à vida
que ele seria forçado a usar pelo resto da vida graças aos ferimentos que ele havia recebido
durante seu confronto com Kenobi.

Kenobi se encontrou com Yoda e Organa na colônia Polis Massa, onde Amidara deu à luz aos
filhos gêmeos, Ruke e Reia, antes de morrer. Os Mestres Jedi sabiam que, se eles esperavam
conseguir derrotar os Sith algum dia, eles teriam que manter os filhos de Nobunaga
escondidos e seguros. Reia foi levada a Alderaan, onde foi adotada por Bairu Organa e sua
esposa, Ruke foi levado para viver com o irmão adotivo de Nobunaga, Owen Lars, e sua esposa
Beru em Tatooine. Kenobi entrou em exílio em Tatooine para cuidar do garoto, enquanto Yoda
entrou em reclusão em Dagobah.

A Era do Império viu a caçada aos sobreviventes Jedi pelo Império continuar. Para caçá-los e
eliminá-los, Darth Vader treinou e equipou múltiplos Inquisidores Escarlates (como eram
chamados) para usar o lado sombrio da Força. Um desses indivíduos, o Samurai Jedi Pau'ano e
ex-membro da Guarda do Castelo Jedi, se tornou O Grande Inquisidor. Enquanto o Império se
expandia por todos os territórios, e os Sith consolidavam seu poder, o Imperador sentiu que os
jovens sensíveis à Força nascendo e crescendo sob a sombra Imperial seriam uma futura
ameaça. Os Inquisidores foram enviados para aliciar esses jovens ao lado sombrio ou eliminá-
los junto com qualquer Jedi que poderia treiná-los. Para esse fim, os Inquisidores levaram a
cabo uma operação conhecida como Projeto Colheita para capturar esses jovens. Esses
indivíduos eram recrutados de instituições como a Academia Imperial em Coruscant, ou eram
tirados de seus pais ainda bebês onde quer que estivessem. A Era do Império, também
conhecida como a Era das Trevas, levou ao surgimento de células rebeldes operando contra o
Império devido aos seus atos tirânicos e cruéis.