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Trabalho apresentado para obtenção do título de especialista em Gestão

de Projetos – 2021

Gerenciamento do Cronograma de um Projeto de Tese de Doutorado na Área de


Bioinformática

Endrews Delbaje¹*; Maria Júlia Xavier Belém2


1 Universidade de São Paulo. Centro de Energia Nuclear na Agricultura. Mestre em Ciências. Avenida Centenário
303 - São Dimas; 13400-970 Piracicaba, SP, Brasil
2 PECEGE. Professor associado. Rua Alexandre Herculano, 120 - T6 - Vila Monteiro; 13418-445 Piracicaba, SP,
Brasil
*autor correspondente: endrews.delbaje@usp.br

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Trabalho apresentado para obtenção do título de especialista em Gestão
de Projetos – 2021

Gerenciamento do Cronograma de um Projeto de Tese de Doutorado na Área de


Bioinformática

Resumo

As teses de doutorado dos cursos de pós-graduação stricto sensu são projetos de


pesquisas com tempo total definido para a sua entrega, possuindo como um de seus objetivos
a formação de alunos capazes de desempenhar adequadamente projetos de pesquisa
científicas em diferentes áreas. No entanto, não existe formalmente um guia específico de
gerenciamento de projetos acadêmicos para ser utilizado durante esse processo. Nesse
contexto, a aplicação do gerenciamento de cronograma, descrito pelo “Project Management
Institute [PMI]”, apresenta técnicas e ferramentas que podem auxiliar no planejamento e
monitoramento desse tipo projeto. Portanto, essa pesquisa teve como objetivo a aplicação do
gerenciamento de cronograma em uma tese de doutorado, dentro de um período definido,
que envolve atividades dentro da área de bioinformática. Para este fim, foram feitos os
levantamentos, sequenciamento e estimativa de duração das atividades, para o mapeamento
por meio da construção gráfica, que permitiu encontrar o caminho crítico dentro do projeto,
usando como base o guia prático “Project Management Body of Knowledge [PMBOK]”. Por
fim, foi possível identificar as atividades que eram críticas ao projeto, cujo potencial atraso
dessas atividades acarretaria o atraso do projeto como um todo. Dessa forma, foi possível
tomar melhores decisões em relação às prioridades de despedimento de tempo e recursos
dentro do projeto, e demonstrou que o incentivo à aplicação de técnicas de gestão de projetos
em uma tese pode trazer melhores resultados para os alunos, em relação ao desenvolvimento
da pesquisa.
Palavras-chave: Caminho crítico; Planejamento; Diagrama de rede; Projeto Acadêmico.

Schedule Management of a Doctoral Thesis Project in the Area of Bioinformatics

Abstract

The doctoral thesis in stricto sensu post graduate programs are research projects with
a defined time to complete, and one of the main objectives is the training of students to be
capable of performing science research projects from different areas properly. However, there
is no formal project management guide during this process. In this context, the application of
schedule management, described by the “Project Management Institute [PMI]”, presents
techniques and tools that can help in the planning and monitoring of this type of project.
Therefore, this research work aimed to apply schedule management in a doctoral thesis, within
a defined period, which involves activities within the area of bioinformatics. For this purpose,
the surveys, sequencing and duration estimation of the activities were carried out, for the
mapping through the graphic construction, which allowed to find the critical path within the
project, using the Project Management Body of Knowledge [PMBOK] practical guide as a
basis. Finally, it was possible to identify the activities that were critical to the project, whose
potential delay would result in the delay of the project as a whole. In this way, it was possible
to make better decisions regarding priorities for spending time and resources within the project,
which demonstrated that encouraging the application of project management techniques in a
thesis can bring better results for students.
Keywords: Critical path; Planning; Network diagram; Academic project.

Introdução

A bioinformática é um campo multidisciplinar da ciência que envolve a coleta,


classificação, armazenamento e análise de informações bioquímicas e biológicas, usando

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ferramentas computacionais e estatísticas, especialmente quando aplicado à genética


molecular e genômica (Luscombe et al., 2001). Nos últimos anos, houve o aumento
exponencial de dados biológicos disponíveis, além do desenvolvimentos de novas
abordagens de análise e a maior integração de diferentes tipos de dados (Yin et al., 2017),
estas propriedades insere a bioinformática dentro de um campo maior, denomidado “data
science”. Este campo que cresceu rapidamente, já possui uma ampla literatura sobre o uso
de ciência de dados e algoritmos que podem gerar resultados úteis, no entanto, existem
poucos trabalhos que descrevem sobre como um grupo poderia trabalhar melhor na execução
de um projeto dessa área (Saltz, 2015).
A padronização de execução de um projeto pode ajudar trabalhos de ciência de dados
em uma série de desafios, como a compreensão de quem precisa ser incluído como um parte
interessada no processo, seleção de uma apropriada infrestrutura técnica, determinação das
técnicas apropriadas e processos de validação dos resultados. A definição clara desses
processos permite que as partes envolvidas visualizem o projeto de forma estruturada e
aprendam com as próprias experiências, levando a um processo cada vez mais eficaz (Saltz
et al., 2017).
Uma das maiores referências entre as metodologias aplicadas na gestão de projetos,
o guia “Project Management Body of Knowledge [PMBOK]”, apresenta de modo detalhado
uma coleção de processos necessários para uma gestão satisfatória. Dentre esses processos,
o guia fornece instruções para o gerenciamento de cronogramas (PMI, 2017). O
gerenciamento de cronograma é um recurso poderoso de planejamento, controle e
comunicação. Quando executado corretamente, permite melhores estimativas de tempo e de
custos, aumenta a eficiência nas comunicações entre as partes envolvidas no projeto e
estabelece o compromisso com as atividades do programa (Bahnaier, 2001). Para projetos
relativamente pequenos, definir, sequenciar e estimar as durações das atividades e
desenvolver o modelo de cronograma são tão interconectados, que podem ser considerados
um único processo, adequado para ser executado por uma única pessoa (PMI, 2011).
Umas das técnicas de gerenciamendo de cronogramas mais utilizadas é o método do
caminho crítico [CPM]. Este método consiste em construir o diagrama do projeto em uma
rede, onde se colocam as relações de correspondência entre as atividades, de modo que se
possa observar a sequência de execução dentro do projeto (Cukierman, 2000). Ainda, fornece
uma visualização do mapeamento do projeto, em que podem ser destacados os pontos de
fragilidade e, portanto, pode minimizar os potenciais riscos em decorrência de imprevistos
durante a execução do projeto (Cukierman, 2000).
De acordo com a Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
[CAPES], órgão que regulamenta, acompanha e avalia os cursos de pós-graduação no Brasil,

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a pós-graduação Stricto Sensu tem como objetivo a formação científica de pesquisadores,


docentes e profissionais, fornecendo o título de mestre ou doutor em determinado campo do
conhecimento (Brasil, 1996). Para este trabalho, foram analisadas, especificamente, as
etapas de desenvolvimento de uma tese de doutorado, na qual trata-se de um projeto
acadêmico de pesquisa, necessária para a obtenção do título de doutor em curso de pós-
graduação stricto sensu.
O doutorado não deve se limitar apenas ao compartilhamento de conhecimento e deve
ter como foco a produção de um trabalho científico original (Raynaut e Zanoni, 2011). Esse
tipo de projeto tem duração máxima, definida pelos programas de pós-graduação
responsáveis pelo curso, e passam por procedimentos de avaliação, que são a qualificação e
os relatórios periódicos, com a finalidade de acompanhar o desenvolvimento do projeto e
garantir sua finalização adequada dentro do período.
É evidente que a administração do tempo é um recurso necessário para a execução
satisfatória do projeto, e dentro do contexto apresentado, o objetivo deste trabalho é aplicar o
gerenciamento do cronograma a uma tese de doutorado, seguindo as práticas estabelecidas
pelo “Project Management Institute [PMI]”, em um projeto acadêmico da área de
bioinformática.

Material e Métodos

O gerenciamento do cronograma foi aplicado às atividades que ocorreram dentro do


período de abr. 2021 a out. 2021, referentes a um projeto de doutorado do programa de pós-
graduação em ciências do Centro de Energia Nuclear na Agricultura da USP, na subárea
‘Biologia na Agricultura e Ambiente’. As atividades que foram realizadas nesse período são
em maioria in sílico, baseadas na aplicação de análises de bioinformática. A pesquisa em
questão, elaborada para a tese de doutorado, se enquadra dentro da categoria de ‘pesquisa
descritiva’, que de acordo com Gil (2017), trata de uma pesquisa cujo objetivo é a
caracterização de determinado fenômeno a ser analisado.

Aplicação do gerenciamento do cronograma do projeto

O cronograma do projeto foi gerenciado de acordo com a metodologia descrita pelo


guia PMBOK (PMI, 2017). Por se tratar de uma tese de doutorado, o projeto já está definido
e não passou pela etapa de planejamento, dessa forma, o cronograma foi iniciado a partir da
definição das atividades da fase atual em que se encontra, que teve início em jul. 2018, com
finalização prevista para jul. 2022. As atividades dentro desse período são referentes as

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análises de bioinformática relacionadas às ‘análises filogenéticas’ e às ‘análises de genômica


comparativa’ que se inserem dentro de um contexto maior (Figura 1) que compreende o
estudo de seis linhagens de cianobactérias, específico da área que o projeto está envolvido.

Figura 1. Linha do tempo com as atividades planejadas e resumidas do projeto de tese,


incluindo atividades terminadas e atividades ainda a serem realizadas
Fonte: Dados originais da pesquisa

Definição das atividades

As atividades foram definidas de acordo com a literatura científica que descreve a


metodologia, pertinente a execução das análises do projeto. Além disso, foram feitas reuniões
periódicas com o orientador do projeto da tese, que teve um papel fundamental na apuração
dessas atividades. As reuniões ocorreram na fase de planejamento, para a definição das
atividades, e também durante o progresso do projeto para determinar a forma de execução
de algumas atividades, além de eventuais ajustes que foram necessários, que abrangeram
desde Maio 2021 a Jul. 2021.

Sequenciamento das atividades

Foi utilizado o método de diagrama de precedência, que inclui a construção gráfica


das atividades a serem realizadas e seus respectivos tempos de duração. A descrição das

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atividades seguiu os procedimentos descritos pelo guia PMBOK (PMI, 2017), que inclui a
determinação das dependências entre as atividades e possíveis antecipações e esperas. Para
isso, foi utilizado o “software” de registros em planilhas LibreOffice Calc (Foundation, 2020) e
o “software” de edição de imagens Inkscape (https://inkscape.org/).

Estimativa de duração das atividades

O tempo de duração das atividades foi calculado a partir de experiências e registros


passados. As atividades estabelecidas para o projeto foram divididas em três categorias
principais: Análises in silico, cultivo de microrganismos e análises moleculares.
As atividades enquadradas dentro de cultivo de microrganismos e análises
moleculares possuem o cálculo do tempo de duração já estabelecido, pois dependem de
condições altamente controladas de equipamentos e variáveis externas.
As atividades enquadradas dentro das análises in silico possuem um cálculo de tempo
de duração incerto, e, portanto, a experiência pessoal de indivíduos que executaram
atividades análogas, com recursos disponíveis semelhantes, foi considerada no cálculo. As
informações dessas experiências passadas foram fornecidas pelo orientador do projeto de
tese, que possui especialidade na área do projeto. Finalmente, o tempo dentro do
planejamento do cronograma foi estabelecido utilizando a estimativa de três pontos,
considerando as possibilidades pessimistas, prováveis e otimistas. Para isso foi utilizada a eq.
(1), adaptada de PMI (2017).

tO + tM + tP
tE = ( ) (1)
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onde, 𝑡𝐸 : é a duração esperada; 𝑡𝑂 : é a duração otimista; 𝑡𝑀 : é a duração provável; e 𝑡𝑃 : é a


duração pessimista.

Desenvolvimento do cronograma

Foi aplicado o método do caminho crítico para o desenvolvimento do cronograma, que


inclui a análise de rede e geração do modelo do cronograma. Com a aplicação desse método,
foi possível calcular a possível duração mínima do projeto e observar a flexibilidade do
cronograma. De acordo com a definição do caminho crítico descrito pelo guia PMBOK (PMI,
2017), a sequência de atividades que demandam mais tempo, representam a duração mínima
do projeto. Nesse método, para cada atividade, foram marcados os períodos de duração
estimados e os pontos de início e término mais cedo e mais tardio.

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Monitoramento do cronograma

O cronograma foi acompanhado e atualizado em paralelo à realização das atividades.


Foi feito o registro do tempo dispendido para cada atividade, que pode auxiliar na atualização
do modelo do cronograma e contribuir com estimativas de tempo de duração futuras. O
progresso do cronograma foi avaliado e as possíveis variações de tempo que ocorreram foram
comparadas com o caminho crítico.
Por fim, os resultados obtidos para cada etapa do gerenciamento do cronograma para
o projeto analisado estão discutidos na seção a seguir.

Resultados e Discussão

Caracterização dos recursos do projeto

O projeto executado dentro deste estudo foi realizado em um laboratório do instituto


Centro de Energia Nuclear na Agricultura da Universidade de São Paulo. Todas as atividades
foram realizadas pelo aluno designado ao projeto de tese em questão. Os principais recursos
do projeto se caracterizam como os instrumentos analíticos e o servidor para análises in silico.
Algumas das análises in silico do projeto necessitam de grande consumo de tempo e
espaço dentro do servidor, que se caracteriza como um recurso limitado, e possui
disponibilidade relativamente imprevisível, devido a característica pública desse recurso, que
é dividido com os outros alunos e pesquisadores do instituto de pesquisa.
O servidor em questão possui 80 núcleos lógicos no total, com possibilidade de uso
máximo de 48 por vez, seguindo a regra interna de uso do Instituto, que tem acesso disponível
para 42 alunos ou pesquisadores. O revezamento de uso é feito de acordo com a
disponibilidade, sem agendamento prévio, portanto, se caracteriza como um recurso que deve
ser utilizado sempre que disponível, quando houver trabalhos a serem feitos.

Definição das sequências das atividades dentro do projeto e estimativa de tempo


de duração

O primeiro passo para a montagem do cronograma foi levantar as atividades que


seriam realizadas dentro do projeto proposto, descritas na Tabela 1.

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Tabela 1. Levantamento das atividades dos projetos a serem executadas e estimativas do


tempo de duração através do método de estimativa de três pontos
Cenários Duração
Ativ. Descrição das atividades
Pessimista Provável Otimista (dias)*
Crescimento de biomassa das
A linhagens selecionadas.
28 21 16 21
Liofilização das células das
B bactérias.
7 5 3 5
Separação cromatográfica dos
C compostos produzidos.
10 6 2 6
Análise e geração de dados
D com espectrômetro de massas.
21 12 9 13
Identificação de compostos
E através dos dados de 9 4 2 5
espectrometria.
Aquisição dos dados brutos e
F montagem dos genomas.
5 4 2 4
Polimento das montagens e
G separação de sequências 5 3 2 3
contaminantes.
Anotação dos agrupamentos
H gênicos.
7 5 3 5
Busca de sequências de
I enzimas de interesse industrial.
4 2 1 2
Integração das análises
J genômicas e metabolômicas.
4 3 2 3
Construção dos gráficos dos
K resultados.
9 6 4 6
Compilação dos genes e
L construção das databases de 3 2 1 2
sequências de referências.
Busca nos metagenomas por
M genes de resistência utilizando 3 2 1 2
as dabases.
Compilação das buscas e
N construção dos gráficos 8 5 3 5
descritivos.
Revisão da literatura sobre
O genes específicos alvos do 5 3 2 3
projeto.
Estudo para aplicação de
P ferramentas de bioinformática.
21 14 7 14
Fonte: Resultados originais da pesquisa
Nota: * Estimativa de três pontos (pessimista + provável + otimista)/3

Com a aplicação da estimativa de três pontos, seguindo o guia PMBOK (PMI, 2017),
permitiu estabelecer o tempo de duração aproximado de cada atividade (Tabela 1). Os
cenários considerados (pessimistas, provável e otimista) foram estimados com base em
experiências prévias de outros projetos, quando possível acessar tal informação.
Algumas atividades possuem difícil acesso do tempo de duração, devido a
especificidade do material de estudo, que pode ter grande variação caso a caso, ou devido à
falta de exploração em projetos passados. Nessa situação, foi utilizada uma maior amplitude
de tempo para os cenários pessimistas, como no caso das atividades ‘A’ e ‘D’ (Tabela 1). No

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caso da atividade ‘A’ o cumprimento ocorreu pelo acúmulo de células de diferentes


microrganismos, que possuem grande variação a depender da linhagem biológica em
questão. Para a atividade ‘D’, o tempo de análise pode variar a depender de quantos
resultados positivos (moléculas encontradas) ocorrem. Esta consideração está associada a
prudência na estimativa, pois uma estimativa mal elaborada pode gerar um planejamento
equivocado, devido ao falso senso de otimismo (Terribili Filho, 2013).

Construção do cronograma e aplicação do método do caminho crítico

O cronograma foi construído com as atividades definidas previamente e permitiu


observar três sequências principais de tarefas e suas relações de dependências (Figura 2).

Figura 2. Cronograma de três sequências de atividades paralelas representado pelo diagrama


de rede
Fonte: Resultados originais da pesquisa

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O caminho crítico encontrado dentro do cronograma compreende as atividades A, B,


C, D, E, J e K (Figura 2), compondo principalmente a sequência de atividades ‘Análises
metabolômicas’. O caminho crítico representa a sucessão de tarefas que possuem a condição
de folga zero, o que significa que os atrasos dessas tarefas leva ao atraso da finalização do
projeto como um todo (Ballestero-Alvares, 2010). Portanto, encontrar o caminho crítico dentro
do cronograma pode auxiliar a escolha de quais tarefas têm maior prioridade, para reduzir as
chances de atrasos no projeto.
A sequência de tarefas de ‘Análises metabolômicas’, além de estar contida no caminho
crítico, possui duas das tarefas com os maiores tempos de duração (Tabela 1), sendo-as: ‘A’
com 21 dias e ‘D’ com 13 dias. Foi aplicada especial atenção para essas tarefas, pois os
problemas que interferem na sua condução tendem a causar influências no projeto como um
todo. Portanto, o investimento extra de tempo de trabalho e recursos nestas tarefas, a fim de
garantir a execução adequada, pode ter representado um ganho no médio-longo prazo.
Em contrapartida, as sequências de atividades ‘Análises genômicas’ e ‘Análises
metagenômicas’ possuem, respectivamente, uma folga de 20 e 31 dias. Além disso, ficou
evidente a relação de dependência entre as sequências de atividades ‘Análises genômicas’ e
‘Análises metabolômicas’, que são requisitos para a execução das tarefas J e K, que coloca
o final de ambas as sequências dentro do caminho crítico.
Também, ficou evidente que as sequências de atividades contempladas dentro de
‘Análises metagenômicas’ possuem a menor prioridade de recursos dentre todas, pois não
fazem parte do caminho crítico e possuem uma folga grande de 34 dias. Dessa forma, o tempo
de trabalho utilizado no servidor para as análises, o principal recurso dessa atividade, foi
priorizado para as atividades de ‘Análises genômicas’ que fazem parte do caminho crítico.

Monitoramento do tempo das atividades do cronograma

Para o monitoramento do tempo das atividades executadas, foi feito o


acompanhamento do tempo de duração de cada atividade, em dias, que foram compiladas ao
final do período determinado (Tabela 2).

Tabela 2. Comparação dos tempos de duração estimados com o tempo ocorrido das
atividades executadas dentro do projeto
(continua)
Duração
Cenários considerados Duração
Atividade ocorrida
estimada*
Pessimista Provável Otimista
A 28 21 16 21 24
B 7 5 3 5 2

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Tabela 2. Comparação dos tempos de duração estimados com o tempo ocorrido das
atividades executadas dentro do projeto
(conclusão)
Duração
Cenários considerados Duração
Atividade ocorrida
estimada*
Pessimista Provável Otimista
C 10 6 2 6 3
D 21 12 9 13 26
E 9 4 2 5 5
F 5 4 2 4 4
G 5 3 2 3 1
H 7 5 3 5 2
I 4 2 1 2 3
J 4 3 2 3 2
K 9 6 4 6 3
L 3 2 1 2 2
M 3 2 1 2 3
N 8 5 3 5 3
O 5 3 2 3 2
P 21 14 7 14 7
Fonte: Resultados originais da pesquisa
Nota: * Estimativa de três pontos (pessimista + provável + otimista)/3

Dessa forma, foi possível comparar o tempo estimado pela técnica de estimativa de
três pontos com o tempo dispendido de fato, e observou-se que a maioria das estimativas
estão próximas do tempo de duração real, com a exceção da atividade ‘D’, que teve duração
além do tempo considerado ‘pessimista’ (Tabela 2). Embora possa ter se conferido um atraso
na atividade ‘D’, que faz parte do caminho crítico do cronograma, não houve o atraso no
projeto como um todo, pois houve compensações nos tempos de realização de outras
atividades desse caminho no diagrama, que ficaram próximas do cenário otimista estimado,
que foram os caso das atividades ‘B’, ‘C’, ‘J’ e ‘K’.
A priorização do recurso ‘tempo de servidor’ para as ‘Análises genômicas’, que
abrangem as atividades ‘F’, ‘G’, ‘H’ e ‘I’, teve efeitos positivos nos tempos de execução das
tarefas, que tiveram durações próximas dos cenários otimistas estimados.
É evidente o possível ganho de eficiência dentro do projeto, demonstrando que a
aplicação de metodologias de gerenciamento em projetos na área de bioinformática é
altamente viável. Nota-se na literatura que a maioria dos projetos relacionados à ciência de
dados são gerenciados de forma ad hoc, ou seja, sem uma gestão formal com base empírica
(Bhardwaj et al., 2014). Portanto, a aplicação da gestão de cronogramas, e o levantamento
de seus resultados, em projetos de data science, são importantes para criar uma base para
que outros projetos dessa natureza passem a adotar esse tipo de metodologia.

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Conclusão

Este estudo demonstrou a possibilidade de aplicação do método do caminho crítico


para um projeto de tese de doutorado. O delineamento das atividades permitiu observar as
etapas do projeto em sua completude, com folgas e atividades críticas, que mostraram os
pontos de prioridade para aplicação de tempo e recursos disponíveis. Embora a literatura da
área de gestão de cronogramas seja mais rica para áreas fora do campo de pesquisa
acadêmica, foi possível realizar a aplicação neste projeto, com ganhos em eficiência
resultantes. É evidenciado neste trabalho que o incentivo à aplicação da técnica de gestão de
cronogramas, e provavelmente outras técnicas para gestão de projetos, são ferramentas que
podem trazer ganhos de produtividade para a realização de trabalhos acadêmicos de
pesquisa, além de auxiliar em uma formação mais completa de alunos de cursos de pós-
graduação stricto sensu. Uma limitação deste trabalho foi a aplicação da técnica de
gerenciamento de cronogramas em apenas um projeto, que não permite uma comparação
objetiva dos ganhos de tempo e recursos em relação a um projeto sem nenhum tipo de gestão
formal. Como sugestão para trabalhos futuros, aponta-se estudar a técnica de gestão do
cronogramas aplicada dentro de um “design” experimental, com acompanhamento de
diversos projetos de diferentes alunos durante o mesmo período.

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