Química Farmacêutica I

• C.5. Métodos computacionais na descoberta de protótipos e

desenho de fármacos
• C.5.1. Introdução à Química Farmacêutica computacional:
• C.5.1.1. Estruturas 3D e minimização de energia
• C.5.1.2. Dimensão e propriedades moleculares
• C.5.1.3. Análise conformacional
• C.5.2. Mecânica Molecular (MM)
• C.5.2.1. Fundamento e aplicações
• C.5.2.2. Campos de força
• C.5.3. Identificação/construção de um farmacóforo 3D
• C.5.4. Docking molecular
• C.5.4.1. Fundamentos: algoritmos de procura; docking rígido, semi-flexível e
flexível; funções de scoring
• C.5.4.2. Programas de docking
• C.5.5. Pesquisa virtual de protótipos (screening virtual).
• C.5.6. Modelação por homologia.
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How to make a drug?

Well, it’s quite simple really…

800 000 000 €

Adapted from Roche

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“Hit to Otimização Ensaios

Alvo “Hit” “Lead”
Lead” Clínicos

Descoberta de novos Fármacos

→ Processo demorado e muito dispendioso

Esforço → Para diminuir o tempo de investigação e o custo

(reduzindo o tempo laboratorial)

→ Modelação Molecular/computacional é uma ferramenta

essencial no processo de descoberta e desenvolvimento de novos
fármacos
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Os rápidos desenvolvimento de hardware levaram ao aumento

do poder computacional disponível, o que, combinado com os
recentes desenvolvimentos teóricos e de algoritmos se traduz
num aumento da gama e da profundidade com que estas
técnicas podem ser aplicadas a sistemas com interesse médico e
farmacêutico

Tianhe-2
world’s fastest supercomputer
Building costs: about $390 million
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A pharmaceutical company utilizing computational drug design is

like an organic chemist utilizing an NMR. It won’t solve all of your
problems, but you are much better off with it than without it.
David Young
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A Modelação molecular envolve o uso de software e algoritmos para a previsão de

dados estruturais e de propriedades para uma molécula ou sistema molecular

Exemplos de aplicações:

• Relações estrutura-atividade (interpretação de resultados experimentais) usando

modelos físicos e empíricos
• Previsão de propriedades moleculares
• Estudo de propriedades não acessíveis a métodos experimentais
• “Folding” e mudanças conformacionais de proteínas
• Cálculos de estabilidade de compostos
• Associação de proteínas com pequenas moléculas ou outras proteínas ou DNA
• Desenho de fármacos baseado na estrutura do recetor ou ligando
• Cálculo de energias livres de ligação recetor-ligando
• Modelação da dinâmica de canais iónicos e de transporte de fármacos através de
membranas para dentro e para fora das células
• Modelação e análise de mecanismos enzimáticos
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Descrição do Sistema (átomos e posições)

PDB
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Descrição do Sistema (átomos e posições)

PDB
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Descrição do Sistema (átomos e posições)

PDB format
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Descrição do Sistema (átomos e posições)

- Cartesianas (x,y,z)
- Internas (átomos descritos em função uns dos outros)
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Desenho/visualização de estruturas químicas

Programas:

ChemDraw
ChemWindow
IsisDraw
MOE
Molden
PyMol
VMD
Chimera
Avogadro
…
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Estruturas tridimensionais

Ácido acetilsalicílico: Aspirina

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Visualização de estruturas
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Dimensões Moleculares

Distâncias
Ângulos
Diedros
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Problema
Decisão chave …
Que Metodologia usar ???

Tamanho do sistema
Tempo disponível
Mecânica Molecular
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Mecânica Molecular = Métodos de Campos de forças

As moléculas são tratadas como sistemas de átomos

ligados mecanicamente
Os electrões não são tratados explicitamente
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Mecânica Molecular = Métodos de Campos de forças

Utilizam modelos de mecânica clássica para prever a

energia de uma molécula ou sistema molecular em função
da sua conformação. Este cálculo permite a previsão de:
• Geometrias de equílibrio e de estados de transição
• Energias relativas entre conformeros ou entre diferentes
moléculas.
Pode ser usada para o cálculo da energia potencial de
sistemas moleculares em simulações de dinâmica
molecular.
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Mecânica Molecular = Métodos de Campos de forças

• usada em sistemas muito grandes

• Os movimentos electrónicos são igorados
• A energia é calculada em função das coordenadas nucleares
• Muito rápidos
• Não podem fornecer informações acerca de propriedades que
dependam da distribuição electrónica
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Aproximação de Born-Oppenheimer

Uma vez que a massa dos electrões é

muito mais pequena que a massa do
núcleo, estes podem ajustar-se
rapidamente a qualquer mudança na
posição dos núcleos. A energia pode
assim ser calculada como função das
coordenadas nucleares
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• 4 componentes das forças (intra e intermoleculares)

Cada termo pode ser associado a mudanças

específicas nas coordenadas internas:
• Distância de ligação
• Ângulos de ligação
• Rotação da ligação
• Movimentos dos átomos uns em relação aos
outros
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A energia pode ser calculada pela seguinte expressão:

V (r ) = (r − r0 )2 +
k bond

bond 2
kangle
 ( − 0 ) +
2
angle 2


kdihedral
(1 + cos n( −  0 )) +
dihedral 2
  12    6  qi q j
  4   −    +
 r   4 0 r
i =1 j =i +1  r 
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Campos de forças mais comuns:

• CHARMm/M
• AMBER
• OPLS
• GROMOS
• MM3
• MMFF94
• UFF
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Utilização:

• Avaliar a energia de uma molécula em diferentes conformações

• Minimizar a energia de uma molécula ou sistema molecular
• Simulações de Monte Carlo
• Simulações de Dinâmica molecular

•…

Butadieno
Energia vs Ângulo diedro
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• Foram desenvolvidos para reproduzir prop. estruturais

• São empíricos
• Têm expressões para a energia muito semelhante
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Métodos Estatísticos
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Dinâmica Molecular:
é um programa de mecânica molecular desenhado para mimetizar
os movimentos dos átomos de uma molécula ou sistema molecular
num determinado intervalo de tempo. Após algum tempo de
movimento as posições e as velocidades de cada átomo são
determinadas. As forças que atuam em cada átomo são calculadas
e é prevista uma conformação seguinte.

Monte Carlo:
Neste método também são geradas novas conformações do sistema
(a partir de movimentos aleatórios), em que para cada nova
conformação a energia é calculada sendo esta nova conformação
aceite ou não.
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Building your system …

• Defining the box and filling it with solvent:

We now have a solvated system that contains a

charged protein

• add only the ions necessary to neutralize the net

charge on the protein by adding the correct
number of ions
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• The solvated, electroneutral system is now assembled.

• Before we can begin dynamics, we must ensure that the system has no
steric clashes or inappropriate geometry. The structure is relaxed
through a process called energy minimization (EM).
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• Now that we have simulated our protein, we should run some analysis on
the system.
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Docking Molecular
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O docking de proteínas e ligandos ocupa um lugar

especial no campo geral do docking devido às suas
aplicações na medicina

Docking:
Proteína-proteína
Proteína-DNA
Proteína-ligando
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O docking molecular envolve a previsão da conformação e orientação

do ligando, energeticamente mais favorável, num sítio de ligação
alvo

• Algoritmo de procura

• Algoritmo de scoring (scoring function)

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•Um programa de docking é usado para gerar e colocar ligandos numa

estrutura alvo (ou numa parte específica da estrutura, ex: sítio activo
de uma enzima) numa grande variedade de posições e orientações
(algoritmo de procura). Explora o espaço conformacional acessível.

• De forma a identificar as conformações energeticamente mais

favoráveis, cada conformação é avaliada (por uma função de scoring)
com base na sua complementaridade com o alvo em termos de forma e
de propriedades como por exemplo as propriedades electrostáticas.

• Um bom “score” (afinidade prevista) indica que a molécula é

possivelmente um bom ligando.

Rita C. Guedes (rguedes@ff.ul.pt Gab. C.2.8), FFUL 2020-2021

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Algoritmos de Procura

Determinação do modo correcto de ligação de um ligando num sítio

activo envolve a procura (algoritmo de procura) da orientação e da
conformação correctas.

Vários graus de liberdade a serem tidos em conta na procura:

• Translaccional
• Vibracional
• Rotacional
• Internos
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Funções de Scoring

As funções de scoring são essencialmente funções matemáticas usadas

para “estimar” a afinidade de um composto para com um receptor.
Cálculo (estimativa) da energia livre de ligação.

➢ Obtenção de valores rigorosos: Monte Carlo ou Dinâmica molecular

requerem muito tempo computacional
➢ Rápidas, capazes de lidar com um grande nº de ligandos
➢ Solvente explícito pode ser substituído por 1 contínuo dieléctrico
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Funções de Scoring

Exemplos de funções de scoring:

• Potenciais “Knowledge-based”
• Esquemas de Interacções físicas (campos de forças)
• Funções empíricas
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• Docking rígido – as estruturas do receptor e do ligando são rígidas

(aproximação usada pelos primeiros algoritmos de docking).

• Docking semi-flexível – apenas a estrutura do ligando é flexível.

• Docking flexível – ambas as estruturas são flexíveis

(flexibilidade da proteína é um dos grandes desafios dos dias de hoje
no campo do docking).
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Preparação do cálculo

Representação da Macromolécula

• Coordenadas atómicas da proteína total (por vezes o tamanho é

“intratável”)
• Informação experimental
• Modelo de homologia

• Detecção do sítio activo (cavidade) e volume a incluir no cálculo

• Flexibilidade da proteína (flex. resíduos; diferentes conformações)
• Protonação (pH)
• Inclusão ou não de solvente (presença explícita de águas)
• Validação da estrutura ( rmsd < 2 Å)
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Preparação do cálculo

Representação do ligando/base de dados

• Coordenadas atómicas do ligando

• Minimização da estrutura
• Flexibilidade do ligando
• Protonação
• Tautomerismo
• Ficheiros com múltiplos ligandos
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Docking: Programas

Um razoável número de programas de docking estão

actualmente disponíveis …

• FlexX
• MOE
• GOLD
• Dock
• Autodock
• ICM
• Glide
• Fred

* Fig. retirada do artigo: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 65:15-12 (2006)
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Falcipaína FP-2
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Molecular Docking

S1
S1’

S3
S2
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Molecular Docking
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A maior parte dos programas de docking consegue prever estruturas

proteína-ligando com um rigor de 1.5 a 2 Å. Em 70% dos casos
consegue prever corretamente a geometria de ligação.

Porém uma melhoria destes resultados está para já posta de parte.

Factores limitantes: funções de scoring, efeitos de solvatação,

resolução das estruturas cristalográficas e claro, a flexibilidade das
proteínas.
Exemplo de um caso de sucesso …

AutoDock's role in Developing the First Clinically-Approved HIV Integrase

Inhibitor
Prof. J. Andrew McCammon and his colleagues used AutoDock and the Relaxed
Complex Method to discover novel modes of inhibition of HIV integrase.
Researchers at Merck Pharmaceutical Company have used McCammon's work
to design new drugs that target integrase, which lead in October 2007 to the
first clinically-approved HIV Integrase inhibitor: Isentress™ (raltegravir).

Schames, J.R., R.H. Henchman, J.S. Siegel, C.A. Sotriffer, H. Ni, and J.A.
McCammon, Discovery of a novel binding trench in HIV integrase. J Med
Chem, 2004. 47(8): 1879-81.
Exemplo de um caso de sucesso …

Isentress: Raltegravir
• HIV-1 integrase - attractive yet unexploited
target to the treatment of HIV infection.
• Lack of structural information about enzyme-
ligand interactions.
• One crystal structure 1QS4.pdb (information
was questionable !)
•There is a disordered flexible loop (Ile141-
Asn144) Whyse structure couldn’t be precisely
determined.
•The actual binding site of IN was not
understood. Only key residues were known.
Exemplo de um caso de sucesso …

Isentress: Raltegravir

• Relaxed Complex method was used to elucidate the

binding modes of the 5CITEP inhibitor.

Relaxed Complex method: scheme to take protein

flexibility into account by docking flexible ligands to
protein snapshots taken from a MD simulation.
1. MD simulations using the protein structure of the IN
(subunit A) of 1QS4.pdb, with all crystallographic
waters removed were run.
2. Snapshots from the simulation were taken from time
to time.
3. The 5CITEP was docked to those MD snapshots using
Autodock 3.0 program.
4. Docking studies revealed 2 predominant docked
conformations.
5. To take advantage of the 2 positions into which
5CITEP docks, a series (10) of ligands were designed.
6. Design of ligands that bind to both binding sites.
7. Ligand structure were based in 5CITEP but with 2
keto-enol and tetrazole groups in all possible
positions around a naphtalene spacer (butterfly
compounds).
8. Docking of the ligands to different snapshots.
FFUL 2020-2021
Conclusions:

• The structure of the HIV-1 IN in the vicinity of the

active site were not known.
• Combining MD with flexible docking, was shown the
existence of a new binding site.
• This “new” open protein conformation was
apparently stable and this potentially important part
of IN enzyme should be considered for drug targeting.
• Some of the butterfly compounds were able to take
advantage of this new protein conformation.