Meta-omics insights in the microbial community profiling and functional

characterization of fermented foods

Gu Chen; Congcong Chen; Zhonghua Lei

Resumo: A fermentação de alimentos é um processo tradicional realizado pela sociedade muito importante.
Muitas pesquisas foram e são feitas para fornecer informações importantes e mais profundas sobre os
mecanismos moleculares subjacentes dos alimentos fermentados por meio de análise de amplicons,
sequenciamento metagenômico e metatranscriptômico. Assim, as ferramentas meta-ômicas aplicadas em
alimentos fermentados são resumidas. Este artigo trás uma revisão sobre os recentes estudos meta-ômicos
em queijo, vinagre, bebida alcoólica fermentada, vegetais fermentados, chá fermentado e produtos de soja.

1. Introdução

A fermentação de alimentos foi tradicionalmente criada e reservada em todo o mundo em

diferentes regiões, representando um patrimônio cultural valioso, fornecendo produtos regionais de
economia e ricos recursos microbiológicos que aguardam nossa exploração. Além da qualidade, sabor e
textura especiais, outras características confirmam os benefícios para a saúde dos alimentos fermentados.
Nas últimas duas décadas, o sequenciamento de última geração e os analisadores avançados de massa, bem
como outras novas ferramentas, aumentaram bastante o rendimento e a sensibilidade do estudo de alimentos
fermentados.
Nos últimos anos, grandes esforços foram feitos para fornecer informações importantes e mais
profundas sobre os mecanismos moleculares subjacentes dos alimentos fermentados por meio do
sequenciamento metagenômico e metatranscriptômico, bem como a investigação metaproteômica e a
integração com a análise metabolômica. Assim, o artigo trás um resumo sobre os estudos ômicos e meta-
ômicos atualizados de alimentos fermentados na última década, focado principalmente na contribuição da
sucessão microbiana e na exploração de genes e enzimas funcionais, além de discutir as limitações
existentes e dar pistas promissoras para o futuro da fermentação de alimentos.

2. Ferramentas

2.1 Sequenciamento de DNA de alto rendimento

O sequenciamento de DNA de alto rendimento, análise de amplicons, sequenciamento

metagenômico e sequenciamento metatranscriptômico são aplicados em estudos ecossistemáticos de
comunidades microbianas, incluindo alimentos fermentados.
Com um banco de dados de referência, as composições taxonômicas de comunidades microbianas
inteiras são identificadas através do alinhamento das sequências de DNA dos marcadores. A análise de
amplicon tem sido muito utilizada para descrever a sucessão microbiana em alimentos fermentados
mundialmente. A análise de amplicons ajuda a identificar as sucessões microbianas normais e estranhas,
responsáveis pela qualidade e consistência do produto. O rendimento relativamente mais alto e o custo mais
baixo da análise de amplicons tornam adequado para estudos em larga escala exibir a dinâmica da
comunidade microbiana através do tempo e do espaço. No entanto, a análise de amplicons sofre de várias
desvantagens, como a baixa resolução da atribuição de taxonomia no nível das espécies, o viés de
amplificação por PCR e a incapacidade de detectar organismos sem genes marcadores.
O sequenciamento metagenômico supera esses problemas. Diferente da genômica revela as
sequências de DNA de um organismo individual, a metagenômica sequencia diretamente o DNA genômico
misto após fragmentação e construção da biblioteca. Assim, os genes marcadores intactos podem ser
reconstruídos e atribuídos a taxonomia precisa no nível das espécies, sem super ou sub-representação. Após
anotação e quantificação, a metagenômica também pode desvendar agrupamentos e caminhos funcionais
de genes que podem contribuir para o sabor ou estrutura característicos dos alimentos fermentados, como
no queijo.
Visando os genes ativamente expressos, a metatranscriptômica sequencia o cDNA após a
transcrição reversa do RNA da comunidade. Revela a população ativa e os genes expressos ativamente sob
tempo e espaço específicos, que podem estar associados a alterações metabolômicas contínuas, bem como
à formação de sabores e formação de sabor em alimentos fermentados.

2.2 Metaproteômica

Metaproteômica é a caracterização em larga escala de todo o complemento protéico da microbiota

ambiental em um dado momento. A metaproteômica continua sendo um campo promissor, porém pouco
explorado em alimentos fermentados.

2.3 Metabolômica

Metabolômica é a determinação e quantificação simultânea e de alto rendimento de metabólitos

de pequenas moléculas geradas pelo metabolismo. Metabolômica tem sido aplicada com sucesso para exibir
os perfis de metabólitos em vários alimentos fermentados para avaliar a qualidade, rastreabilidade,
autenticidade e segurança dos alimentos.

3. Investigações meta-ômica em alimentos fermentados

3.1 Queijo

Os queijos são produtos lácteos fermentados antigos, com importância nutricional e comercial em
todo o mundo. Eles podem ser fabricados a partir de leite de vaca, cabra, búfalo e ovelha através do processo
de acidificação e amadurecimento pela complexa comunidade microbiana derivada do leite cru, ambiente
de fabricação e, às vezes, iniciar culturas. As comunidades microbianas do queijo são compostas por
bactérias, leveduras e bolores, que contribuem para o desenvolvimento de suas propriedades sensoriais
características. Muitos estudos enfocam a diversidade microbiana e a sucessão em vários queijos, enquanto
vários relatórios recentes aplicaram metagenômica e metatranscriptômica para investigar os mecanismos
que influenciam a montagem da comunidade microbiana e funcionam em sistemas de queijo natural ou
reconstruído.

3.2 Bebida alcoólica fermentada

As bebidas alcoólicas fermentadas foram preparadas em todo o mundo a partir de frutas, cereais,
leite e mel. As comunidades microbianas de várias bebidas alcoólicas fermentadas durante a fermentação,
no ambiente de produção e a partir de matéria-prima foram intensivamente caracterizadas usando métodos
independentes e dependentes da cultura. A abordagem metaproteômica avançou a compreensão da bebida
alcoólica fermentada.

3.3 Legumes fermentados

Existem vários tipos de vegetais fermentados em todo o mundo. Diferentes tipos de bactérias do
ácido láctico, como Lactobacillus, foram identificados e aplicados em vegetais fermentados. Além de
inúmeras análises de sucessão microbiana, abordagens ômicas foram aplicadas em vários vegetais
fermentados na última década e seus resultados podem ser benéficos para melhorar a qualidade e a
segurança.

3.4 Chá fermentado

 O chá preto fermentado é consumido em todo o mundo. Vários relatórios recentes fornecem
insights meta-ómicos interessantes em Pu-erh, bem como outros chás preto. Para estudar as mudanças
dinâmicas nos constituintes químicos voláteis e não voláteis do chá fermentado, várias abordagens
metabolômicas foram aplicadas.

3.5 Produtos fermentados de soja

Existem principalmente dois tipos de produtos de soja fermentados, um é um alimento pegajoso e

o outro é um produto salgado de soja fermentado por fungos filamentosos como Aspergillus, Mucor e
Rhizopus. Outro importante produto de soja fermentado é o molho salgado de soja, um condimento popular
na Ásia, cuja fermentação industrial geralmente envolvia o Aspergillus.

3.6 Vinagre

O vinagre é um produto antigo de ácido acético produzido a partir da fermentação açucarada do

substrato. Sua qualidade é determinada por muitos fatores, incluindo matérias-primas e diversidade
microbiana durante os estágios de fermentação alcoólica e fermentação com ácido acético. A diversidade
microbiana e a sucessão em diferentes tipos de vinagre foram investigadas em todo o mundo. Vários estudos
recentes correlacionaram a flutuação da microbiota e do metabólito durante a fermentação do vinagre.
Um estudo mais aprofundado sobre a funcionalidade da microbiota na fermentação do vinagre por
meio de metagenômica, metatranscriptômica e metaproteômica pode ajudar a descobrir sua contribuição
metabólica, promover o processo de fabricação e aumentar o valor nutricional do vinagre.

4. Conclusões e perspectivas

Há um número crescente de publicações utilizando metagenômica, metatranscriptômica e

metaproteômica na pesquisa de alimentos fermentados. Tais abordagens, no entanto, dependem
criticamente da disponibilidade de bancos de dados genômicos de referência apropriados, contra os quais
as leituras de sequenciamento ou os dados espectrais de massa podem ser alinhados. Sem bancos de dados
genômicos de referência apropriados, parte dos dados do seqüenciamento ou espectro de massa seria inútil.
Felizmente, durante os últimos anos, o sequenciamento de todo o genoma e a análise comparativa do
genoma foram relatados em mais e mais micróbios isolados de alimentos fermentados. Melhorar a
qualidade dos bancos de dados de genoma, sequência de proteínas e taxonomia é o pré-requisito para o
desenvolvimento de meta-ômicas de microbiomas, como mencionado como meta-omics 2.0.
Com base no progresso das tecnologias de sequenciamento e MS, a maior disponibilidade de
sequências genômicas, bem como uma poderosa interpretação de dados bioinformáticos e estatísticos, está
convencido de que abordagens meta-ômicas integradas, incluindo metagenômica, metatranscriptômica,
metaproteômica e metabolômica, oferecem uma grande variedade de aplicações no complexo sistema de
alimentos fermentados. Eles levarão a caracterização funcional detalhada e práticas de produção mais
eficientes e sustentáveis de alimentos fermentados na próxima década.