Proteínas:

estrutura, domínios, família,

desnaturação e enovelamento

Anderson Pinheiro, PhD

Março, 2011
 Proteínas– Estrutura 3ª

• Conformação enovelada de uma proteína, formada pela

condensação de vários elementos de estrutura secundária e
estabilizada por interações fracas;

TIM DHFR
 Proteínas– Estrutura 3ª

• Dobras e alças conectam os segmentos de -hélices e

folhas-β;

Domínio V de uma cadeia leve de

imunoglobulina. As alças formam sítios
de ligação a antígenos
 Proteínas– Estrutura 3ª

• Moléculas de água na superfície de uma proteína enovelada

são partes importantes da estrutura;

Pancreática elastase e a primeira

camada de hidratação.
Estrutura de proteínas de membrana
Parte do complexo citocromo bc1

~ 30 Å

Escala de hidrofobicidade dos 20

aminoácidos mais comumente
encontrados em proteínas
 Proteínas– Estrutura 3ª

• De acordo com a organização estrutural, as proteínas podem

ser classificadas em: fibrosas e globulares;

Proteínas

Fibrosas Globulares
 Proteínas– Estrutura 3ª

• De acordo com a organização estrutural, as proteínas podem

ser classificadas em: fibrosas e globulares;

Proteínas

Fibrosas Globulares

• Um único tipo de estrutura • Diversos tipos de estrutura

2ª; 2a;

• Insolúveis; • Solúveis;

• Suporte, proteção e formato • Inúmeras funções;

 Proteínas fibrosas
-Queratina

• Constitui cabelos, unhas, garras, bicos, chifres...

• Estrutura em -hélice;
• Duas cadeias polipeptídicas formam um coiled coil– aumento
da força;
• Estabilizada por pontes dissulfeto entre coiled coils;
 Proteínas fibrosas
Colágeno

• Tecido conjuntivo– tendões, cartilagens, ossos...

• Estrutura em hélice diferente da -hélice– possui somente 3
resíduos por volta;
• Coiled coil formado por 3 cadeias polipeptídicas– cadeias 
• Sequência de tripeptídeos: Gly-X-Y, onde X= Pro e Y= HyPro
 Proteínas fibrosas
Colágeno

Gly-X-Y
• Osteogenesis imperfecta: formação anormal de ossos;

• Sídrome de Ehlers-Danlos caracterizada por juntas fracas;

 Proteínas fibrosas
Fibrinoína da seda

• Produzida por insetos e aranhas

• Cadeia polipeptídica em folha ;
• Rica em Ala e Gly;
• Conformação estendida– não possui propriedades elásticas;
 Proteínas globulares

• Estruturas relativamente compactas;

• Apresentam grande diversidade estrutural;

Quimiotripsina Hemoglobina

Repressor Lac
 Proteínas globulares
• Aumento exponencial do número de estruturas de proteínas
determinadas;
 Proteínas globulares

• Estruturas depositadas no PDB– Protein Data Bank;

 Proteínas globulares
• Mioglobina– primeira proteína a ter sua estrutura 3D
determinada em resolução atômica;
• Proteína pequena ligadora de O2 no músculo;
• Única cadeia polipeptídica composta por 8 -hélices;
• Coordena heme;
 Proteínas globulares
• Mioglobina– primeira proteína a ter sua estrutura 3D
determinada em resolução atômica;
• Proteína pequena ligadora de O2 no músculo;
• Única cadeia polipeptídica composta por 8 -hélices;
• Coordena heme;
 Proteínas globulares
• Mioglobina– primeira proteína a ter sua estrutura 3D
determinada em resolução atômica;
• Proteína pequena ligadora de O2 no músculo;
• Única cadeia polipeptídica composta por 8 -hélices;
• Coordena heme;
 Proteínas globulares
Citcromo C Lisozima Ribonuclease A
 Domínios
• Algumas proteínas globulares são formadas por domínios;
• Domínios possuem núcleo hidrofóbico próprio;
• Cada domínio é capaz de enovelar-se independentemente e/ou
se movimentar de maneira independente do restante da ptn;

Repressor Lac
 Domínios
• Na maioria das vezes, domínios distintos possuem funções
diferentes;
• Domínios podem manter a sua estrutura tridimensional nativa
mesmo quando separados da ptn
• Em uma ptn multidomínios, cada domínio aparece como um
lóbulo globular
 Domínios
• Exemplos de proteínas compostas por domínios
característicos;

Diagrama esquemático do arranjo

de domínios de proteínas
transdutoras de sinais
 Domínios
• Exemplos de proteínas compostas por domínios
característicos;

Domínio Função

SH2 Liga fosfotirosina

SH3 Liga seqüências rica em Pro

PH Liga a proteína G e membranas

WD40 Interação proteína-proteína

DH Troca de nucleotídeo guanina

EF Liga cálcio

TRBD Liga tRNA

Hélice-dobra-hélice Liga DNA

PUA Modificação de RNA

 Proteínas globulares
• Exemplos de proteínas compostas por domínios
característicos;
 Motivos

• Sequência de aminoácidos característica de uma função

bioquímica específica ;

Exemplos de motivos de seqüência e funções

Motivo Seqüência consenso Função
Loop P [A/G]XXXXGK[S/T] Liga ATP ou GTP
Dedo de Zn CX2-4CX12HX3-5H Liga Zn num domínio de ligação de DNA
Osteonectina CX[D/N]XXCXXG[K/R/H]XCX6-7PXCXCX3-5CP Liga cálcio e colágeno
Helicase DEAD XXDEAD[R/K/E/N]X Desenrola RNA
MARCKS GQENGNV[K/R] Substrato para quinase C
Calsequestrina [E/Q][D/E]GL[D/N]FPXYDGXDRV Liga cálcio
 Motivos

• Sequência de aminoácidos característica de uma função

bioquímica específica ;

Zif268
Tríade catalítica de Asp, His e Ser na (a) subtilisina e
na (b) quimotripsina.
 Proteínas globulares

• Motivos ou folds são arranjos particularmente estáveis de

elementos de estrutura secundária;

N-terminal

C-terminal

Hélice-dobra-hélice, encontrado
em proteínas que ligam DNA
 Proteínas globulares

• Motivos ou folds são arranjos particularmente estáveis de

elementos de estrutura secundária;
 Motivos

• Motivos são a base para a classificação estrutural de ptns;

beta

alfa

alfa/beta

alfa + beta
cross-link
 Classificação estrutural de proteínas

• SCOP– Structural Classification of Proteins;

 Classificação estrutural de proteínas
• A estrutura tridimensional de ptns é melhor conservada do
que a sequência primária;
• Ptns com alto grau de similaridadade em termos de estrutura
primária e/ou estrutura terciária e função pertencem a mesma
FAMÍLIA;
• Duas ou mais famílias com pouca similaridade de sequência
porém com motivos estruturais semelhantes são agrupadas
na mesma SUPERFAMÍLIA;
 Proteínas– Estrutura 4ª
• Muitas proteínas possuem várias subunidades;
• Interações fracas mantêm as subunidades;
• Complementaridade favorece estas interações;
• Interações de alta especificidade;
homodímero:
a2

heterodímero:
ab

heterotetrâmero:
a2b2

heteropentâmero:
a2bcd
Proteínas– Estrutura 4ª
Proteínas– Estrutura 4ª

Rinovírus Proteasoma
 Proteínas– Estrutura 4ª
• Refere-se ao modo pelo qual duas ou mais cadeias
polipeptídicas interagem;

• Cada uma das cadeias apresenta os 3 níveis estruturais

citados anteriormente;

• É mantida principalmente por ligações iônicas, ligações

hidrogênio e interações hidrofóbicas;
 Proteínas– Estrutura 4ª
• Hemoglobina-- 1ª proteína oligomérica a ter estrutura
determinada;
• Contêm 4 cadeias polipeptídicas– cadeias  e ;
• Liga a 4 grupamentos heme;
 Proteínas– Estrutura 4ª

• Oligômeros apresentam eixos de simetria;

 Proteínas– Estrutura 4ª
• Capsídeos virais– simetria icosaédrica;
 Desnaturação

É a alteração da estrutura
da proteína sem quebra
das
ligações peptídicas

Proteína
nativa

Proteína desnaturada
 Desnaturação

A desnaturação é o processo de rompimento

da estrutura nativa da proteína, expondo em
maior ou menor grau os seus resíduos. Com
isto, ocorre um ganho de entropia
conformacional que acaba contribuindo para o
processo.

G = H − T  S
 Agentes Desnaturantes

• Físicos
Temperatura
Radiação
Ultra-som

• Químicos
Ácidos e bases fortes
Detergentes
Uréia e cloreto de guanidina
Mercaptanas (agentes redutores)
 Agentes Desnaturantes

• Desnaturação de proteínas por alteração de pH do meio;

 Desnaturação
• Estado desnaturado não signfica estrutura randômica;

• Desnaturação é um processo cooperativo;

Enovelamento

Hipótese termodinâmica: que a estrutura

tridimensional de uma proteína nativa em seu
meio fisiológico é a única na qual a energia livre
de Gibbs de todo sistema é mínima, ou seja, que
a conformação nativa é determinada pela
totalidade das interações atômicas e desta forma
pela seqüência de aminoácidos e pelas condições
ambientais
Que a estrutura primária trazia o conjunto de
informações para o enovelamento correto das
proteínas.

Experimento de Christian B. Anfinsen (anos 1950).

Ganhou o Nobel em 1972.
 Enovelamento

Como uma ptn chega a sua conformação nativa?

Trabalhando com uma proteína de 100 resíduos de aminoácidos e considerando que cada um
pode assumir apenas 10 configurações em média tería-se 10100 configurações possíveis.

Se para se enovelar a proteína testasse todas as configurações possíveis aleatoriamente e se

cada conformação levar um tempo de 10-13 s levaria-se aproximadamente 1077 anos para se
testar todas as conformações.

Paradoxo de Levinthal
 Enovelamento

Como uma ptn chega a sua conformação nativa?

O enovelamento protéico não

é aleatório!
 Foças estabilizadoras

• Efeito hidrofóbico;
É a tendência da água minimizar o seu contato com moléculas hidrofóbicas.
 Foças estabilizadoras

• Efeito hidrofóbico;
A substância hidrófóbica será excluída do seio da solução aquosa
formando agregados na tentativa de diminuir a superfície em contato
com a água.

maior entropia no sistema

 Foças estabilizadoras

• Ligações hidrogênio;

As ligações hidrogênio embora possuam função fundamental

na formação da estrutura secundária, “contribuem pouco”
para a estabilização da estrutura terciária.
 Foças estabilizadoras

• Interações eletrostáticas;

+ -
Interações Iônicas - Pontes Salinas
 Foças estabilizadoras

• Interações eletrostáticas;

+ -
Interações Iônicas - Pontes Salinas

As interações iônicas, embora possuam uma forte atração, da

mesma forma que as ligações H, também “contribuem pouco”
para a estabilização da estrutura terciária, uma vez que a
energia livre desta interações normalmente não é suficiente
para compensar a diminuição de entropia das cadeias
laterais, assim como a perda da energia livre de solvatação
quando ocorre a formação dos pares iônicos.
 Foças estabilizadoras

• Proteínas são marginalmente estáveis;

Modelos de enovelamento
 Modelos de enovelamento

Como uma ptn chega a sua conformação nativa?

• Modelo 1– o enovelamento protéico é hierárquico: elementos

de estrutura secundária são formados primeiro!
 Modelos de enovelamento

Como uma ptn chega a sua conformação nativa?

• Modelo 2– colapso hidrofóbico;

• Estado de molten globule ou glóbulo fundido;
Enovelamento protéico
 Enovelamento
• Chaperonas moleculares são proteínas que evitam o
enovelamento errado e a agregação das proteínas recém
sintetizadas;