Fundamentos da Bioquímica ​ @livsmartina

Conceito  determinados íons e moléculas; ​proteínas

O estudo da bioquímica mostra como o receptoras transmitem sinais para o interior
conjunto de moléculas inanimadas que da célula; e ​enzimas de membrana participam
constituem os organismos vivos interagem em algumas rotas de reações.
para manter e perpetuar a vida exclusivamente ➪Como os lipídeos individuais e as proteínas
pelas leis físicas e químicas que regem o da membrana não estão covalentemente
universo inanimado. ligados, toda a estrutura é
extraordinariamente flexível​, permitindo
A Lógica Molecular da Vida  mudanças na forma e no tamanho da célula. À
A bioquímica descreve em termos moleculares medida que a célula cresce, novas moléculas de
as estruturas, os mecanismos e os processos proteínas e de lipídeos são inseridas na
químicos compartilhados por todos os membrana plasmática;
organismos e estabelece princípios de ➪O crescimento e a divisão celular (fissão)
organização que são a base da vida. ocorre sem perda da integridade da membrana.

Fundamentos Celulares  Citoplasma

Membrana Plasmática
➪Define o contorno da célula, separando seu
conteúdo do ambiente.
➪Ela é composta por moléculas de lipídeos e
proteínas que formam uma ​barreira fina,
resistente, flexível e hidrofóbica ao redor da
célula.
➪A membrana é uma barreira para a
passagem livre de íons inorgânicos e para a
maioria de outros compostos carregados ou
polares.
➪​Proteínas de transporte na membrana
plasmática permitem a passagem
É composto por uma solução aquosa, o ​citosol​,
e uma grande variedade de partículas em
suspensão com funções específicas. Esses
componentes particulados (organelas envoltas
por membrana) se sedimentam quando o
citoplasma é centrifugado a 150.000 g . O
que sobra como fluido sobrenadante é o
citosol, solução aquosa altamente concentrada
que contém enzimas e as moléculas de RNA
que as codificam; centenas de moléculas
orgânicas pequenas chamadas de metabólitos,
intermediários em rotas biossintéticas e
de degradativas; coenzimas, compostos
essenciais em muitas reações catalisadas por •​As evidências disponíveis sugerem que
enzimas; e íons inorgânicos. Bacteria e Archaea divergiram cedo na
_________________________ evolução.
➪Os microrganismos sem membrana nuclear, •​As células de bactérias e de arqueias contêm
antes classificados como procariontes são citosol, nucleoide e plasmídeos, todos contidos
agora reconhecidos como pertencentes a dois dentro de um envelope celular.
grupos muito distintos: ​Bacteria​ e ​Archaea​. Subgrupos em Bacteria e Archea:
_________________________ ➪​Aeróbios​: Com suprimento abundante de
oxigênio, alguns organismos obtêm energia
Dimensões Celulares pela transferência de elétrons das moléculas
O limite superior de tamanho celular de combustível para o oxigênio dentro da
provavelmente é determinado pela taxa de célula.
difusão das moléculas de soluto nos sistemas ➪​Anaeróbios​: Praticamente desprovidos de
aquosos. oxigênio, obtêm energia pela transferência de
elétrons para nitrato (formando N2 ), sulfato
Três grupos distintos de vida (formando H2S) ou CO2 (formando CH4 ).
➪​Eukarya Muitos organismos que evoluíram em
Todos os organismos eucariontes formam o ambientes anaeróbios são anaeróbios
grupo; evoluíram a partir do mesmo ramo que obrigatórios: morrem quando expostos ao
deu origem a Archaea; por isso, os eucariontes oxigênio. Outros são anaeróbios facultativos,
são mais proximamente relacionados às capazes de viver com ou sem oxigênio.
archaeas do que às bactérias.
➪​Bacteria Fontes de Energia 
As bactérias habitam o solo, as águas ➪​Fototróficos​: Luz solar
superficiais e os tecidos de organismos vivos ➪​Quimiotróficos​: Oxidação de um
ou em decomposição. combustível químico
➪​Archaea Os fototróficos e os quimiotróficos podem ser
•​Muitas das arqueias, reconhecidas na década subdivididos ainda mais
de 1980 por Carl Woese como um grupo ➪​Autotróficos​: Os que podem sintetizar
distinto, habitam ambientes extremos – lagos todas as suas biomoléculas diretamente do
de sais, fontes termais, pântanos altamente CO2.
ácidos e profundezas do oceano.
➪​Heterotróficos​: Os que requerem _________________________
nutrientes orgânicos previamente formados Métodos para separar as organelas do citosol
por outros organismos. e elas entre si​: Christian de Duve e George
  Palade desenvolveram o método onde células
Organelas  ou tecidos em solução são suavemente
➪​Mitocôndria​: O sítio da maior parte das rompidos por cisalhamento físico. Esse
reações extratoras de energia da célula. tratamento rompe a membrana plasmática, mas
Contêm enzimas oxidativas. deixa intacta a maioria das organelas. O
➪​Retículo endoplasmático e Aparelho de homogeneizado é então centrifugado;
Golgi​: Desempenham papéis centrais na organelas como núcleo, mitocôndria e
síntese e processamento de lipídeos e lisossomos diferem em tamanho e por isso
proteínas de membrana. sedimentam em velocidades diferentes.
➪​Peroxissomos​: Onde ácidos graxos de _________________________
cadeia bem longa são oxidados.  
➪​Lisossomos​: Preenchidos com enzimas Citoesqueleto 
digestivas para degradar os restos celulares ➪A microscopia de fluorescência revela
não necessários. Contêm enzimas vários tipos de ​filamentos proteicos
degradativas. atravessando a célula eucariótica em várias
Em Células Vegetais: direções, formando uma ​rede tridimensional
➪​Vacúolos​: Acumulam grandes quantidades interligada.
de ácidos orgânicos; ➪As organelas se movem pelo citoplasma ao
➪​Cloroplastos​: Nos quais a luz solar realiza a longo de filamentos proteicos, e seu
síntese de ATP no processo. Contêm movimento é impulsionado por proteínas
pigmentos fotossintéticos. motoras dependentes de energia.
No citoplasma de muitas células estão ➪O sistema de ​endomembranas segrega
presentes também grânulos ou gotículas processos metabólicos específicos e provê
contendo nutrientes armazenados, como amido superfícies sobre as quais ocorrem reações
e gordura. catalisadas por enzimas. A ​exocitose e a
endocitose​, mecanismos de transporte, para
fora e para dentro da célula, respectivamente.
_________________________
Estudos in vitro podem omitir interações Estrutura
importantes entre moléculas​: Os ➪A configuração molecular pode ser alterada
componentes “interferentes” eliminados na somente mediante quebra de ligações
purificação podem ser cruciais para a função covalentes. Para um átomo de carbono com
biológica ou para a regulação da molécula quatro substituintes diferentes (carbono
purificada. quiral), os grupos substituintes podem ser
_________________________ arranjados em duas diferentes formas,
  gerando estereoisômeros com propriedades
Fundamentos Químicos  distintas. ➪Somente um dos estereoisômeros
➪99% da Massa das Células: C, H, O, e N. é biologicamente ativo.
Carbono ➪​Estereoisômeros​: Moléculas com as
➪Biomoléculas são compostos de carbono mesmas ligações químicas e mesma fórmula
com uma grande variedade de grupos molecular, mas com diferentes configurações
funcionais; O Carbono pode produzi-las ➪A conformação molecular é a disposição dos
devido a sua versatilidade de ligação. átomos no espaço que pode ser mudada por
➪Contribui com mais da metade do peso seco rotação em torno de ligações simples, sem
das células quebrar ligações covalentes.
Macromoléculas
➪Proteínas e ácidos nucleicos são polímeros Estereoquímica
lineares feitos de subunidades monoméricas ➪Quando biomoléculas interagem, o “encaixe”
simples; suas sequências contêm as entre elas tem de ser estereoquimicamente
informações que fornecem a cada molécula sua correto, a estrutura tridimensional de
estrutura tridimensional e suas funções biomoléculas é de máxima importância nas suas
biológicas. interações biológicas.
➪Dadas as sequências características de ➪​Estereoespecificidade​: A capacidade de
suas subunidades, ricas em informação, as distinguir entre estereoisômeros, é uma
proteínas e os ácidos nucleicos são muitas propriedade das enzimas e de outras
vezes referidos como macromoléculas proteínas, sendo um aspecto característico da
informacionais, alguns oligossacarídeos lógica molecular das células vivas.
também podem ser.
 ➪Muitas reações celulares ocorrem a
Fundamentos Físicos  velocidades apropriadas somente porque as
Energia enzimas estão presentes para catalisá-las. A
Células vivas são sistemas abertos, que atividade catalítica das enzimas nas células é
trocam matéria e energia com o meio externo, regulada.
extraindo e canalizando energia para ➪A modificação das ligações existentes para
manter-se no estado estacionário dinâmico criar um ​estado de transição que tem energia
longe do equilíbrio. livre maior que a dos reagentes ou produtos.
Energia Livre de Gibbs ➪O ponto mais alto no diagrama da
➪A tendência de uma reação química em coordenada de reação representa o ​estado de
prosseguir em direção ao equilíbrio pode ser transição​, e a diferença de energia entre o
expressa como função da energia livre, ​Δ​G, reagente no seu estado fundamental e em seu
que tem dois componentes: a variação da estado de transição consiste na ​energia de
entalpia, ​Δ​H, e a variação da entropia, ​Δ​S. ativação​.
Essas variáveis estão relacionadas pela ➪As enzimas atuam em parte pela
equação ​ΔG=ΔH–TΔS​. estabilização do estado de transição,
➪Quando o ​Δ​G de uma reação é negativo, a reduzindo a energia de ativação, ​Δ​G ‡ , e
reação é ​exergônica e tende a caminhar para aumentando a velocidade de reação em várias
sua conclusão; quando ​Δ​G é positivo, a ordens de grandeza.
reação é ​endergônica e tende a ir na direção Metabolismo
oposta. ➪O conjunto de redes de rotas catalisadas
➪As reações que convertem ATP em Pi e por enzimas, tanto as catabólicas quanto as
ADP ou em AMP e PPi são altamente anabólicas, constituem o metabolismo celular.
exergônicas. ➪Metabolismo é a soma de muitas sequências
➪A variação da energia livre padrão, ​Δ​G°, é de reações interconectadas que
uma constante física relacionada à constante interconvertem ​metabólitos celulares​. O
de equilíbrio pela equação ​ΔG°=–RT In Keq. metabolismo é regulado para obter equilíbrio e
K é dado por: economia.
➪Cada sequência é regulada para suprir o que
a célula precisa em um dado momento e para
gastar energia somente quando necessário.
Enzimas  
 
 
Fundamentos Genéticos  Fundamentos Evolutivos 
➪A informação genética é codificada na ➪Ocasionalmente, ​mutações herdadas geram
sequência linear de quatro tipos de organismos mais bem adaptados para
desoxirribonucleotídeos no DNA. sobreviver e, com a reprodução em um dado
➪A ​dupla-hélice da molécula de DNA contém nicho ecológico, os seus ​descendentes passam
um molde interno para sua própria ​replicação e a predominar na população desse nicho. O
reparo​. grande número de ​genes compartilhados por
➪Moléculas de DNA são extremamente todos os seres vivos explica suas semelhanças
grandes, com massas moleculares de milhões fundamentais.
ou bilhões. Apesar do tamanho enorme do ➪A vida surgiu há cerca de 3,5 bilhões de
DNA, a sequência de nucleotídeos nela é anos, mais provavelmente com a formação de
muito precisa, e a manutenção dessa precisão um compartimento fechado por membrana
no decorrer de períodos bem longos de tempo contendo uma ​molécula de RNA
é a base da continuidade genética dos autorreplicante​.
organismos. ➪Os papéis catalíticos e genéticos exercidos
➪A sequência linear de aminoácidos em uma pelos primeiros genomas de RNA foram ao
proteína, que está codificada no DNA do gene longo do tempo sendo realizados por proteínas
dessa proteína, produz a estrutura e DNA, respectivamente.
tridimensional específica da proteína – ➪Células eucarióticas adquiriram a
processo que também depende das condições capacidade de promover a ​fotossíntese e a
ambientais. fosforilação oxidativa a partir de bactérias
➪Macromoléculas individuais com afinidade endossimbióticas. Em organismos
específica por outras macromoléculas têm a multicelulares, alguns tipos de células
capacidade de autoorganização em complexos diferenciadas se especializaram em uma ou
supramoleculares por meio de uma série de mais funções essenciais para a sobrevivência
pequenas mudanças (mutações), cada uma do organismo.
conferindo uma vantagem seletiva.