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Material Suplementar - Deduo

Integrao entre Biologia e Fsica: construindo redes de regulao gnica usando equaes diferenciais Ricardo Z. N. Vncio e Gustavo B. de Oliveira rvencio@vision.ime.usp.br

Deduo das equaes diferenciais utilizadas


As reaes bioqumicas so governadas pela Lei cintica da ao das massas:

(1) Mas a dinmica de reaes bioqumicas enzimticas no simples como as reaes qumicas. Em 1913, L. Michaelis e M. Menten propuseram uma srie de mecanismos e hipteses s reaes enzimticas que levaram a um modelo de cintica bem estabelecido experimentalmente. O modelo sugere que a reao enzimtica composta por 2 reaes elementares intermedirias, onde o substrato forma um complexo com a enzima e depois se decompem em produto e enzima:

Para este mecanismo: (2) (3) Essa equao no pode ser integrada explicitamente. Algumas aproximaes biologicamente razoveis podem ser feitas para resolver (3): assumir o equilbrio da primeira etapa da reao, e assumir atingido o estado estacionrio na formao do complexo intermedirio. A hiptese de equilbrio no sempre verdadeira mas uma boa aproximao. Biologicamente significa que a transformao do complexo em produto e recuperao da enzima muito mais lenta que a primeira etapa de encontro entre substrato e enzima. Matematicamente k-1 >> k2, levando a constante de dissociao da enzima: (4) A hiptese de estado estacionrio uma boa aproximao pois o transiente, quando enzima e substrato so colocados em contato, dura relativamente pouco tempo da ordem de milisegundos. Biologicamente significa que praticamente toda molcula de enzima est "ocupada" em reao, isto , a taxa de sntese de ES igual ao consumo de ES. Matematicamente: (5) Assim pode-se manipular (3) adequadamente com auxlio da equao de conservao: (6) Usando (5) e (6) em (3): Resolvendo para [ES] e introduzindo KM::

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Finalmente, usando (7) em (2), e observando que [Etot] constante e observvel experimentalmente: (8) O modelo pode ser adaptado para lidar com um inibidor da enzima. Um inibidor uma molcula, sinttica ou natural, que tambm liga-se enzima como o substrato. Este inibidor pode ser competitivo, isto , ligando-se a enzima da mesma forma que o substrato, competindo com esse pelo acesso ao stio ativo da enzima; ou pode ser um inibidor no competitivo, que tem outros mecanismos para interferir na ligao do substrato com a enzima. Para o inibidor competitivo:

Ento:

A equao de conservao muda para: (9) Resolvendo (3) para [E] sob o estado estacionrio e usando a definio de KI: :

(10)

Substituindo (10) em (9):

Resolvendo para [ES] e substituindo em (2), lembrando que [Etot] constante:

(11) Para o inibidor no competitivo:

A equao de conservao : (12) Analogamente ao caso competitivo, introduzimos uma constante do inibidor e usamos (3) em (12):
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(13) E finalmente, substituindo (13) em (2): (14)

Uma molcula repressora, no modelo do operon pode ser entendida como um competidor da protena regulatria pelo stio de ligao do operon, e por isso a dinmica de Michaelis-Menten relevante no modelamento da regulao via operon.

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