Disciplina: Sistemtica Molecular

CDIGO DE BARRAS DE DNA

Dra. Karina Alessandra Morelli

IBRAG-DECOL-UERJ
Maio, 2015

BIODIVERSIDADE
A variabilidade entre organismos vivos de todas as
origens compreendendo, dentre outros, os ecossistemas
terrestres, marinhos e outros ecossistemas aquticos e
os complexos ecolgicos de que fazem parte;
compreendendo ainda a diversidade dentro de espcies,
entre espcies e de ecossistemas.
(CDB,1992)

BIODIVERSIDADE

Fonte: FAO

BIODIVERSIDADE : SERVIOS ECOSSISTMICOS

Fonte:

POR QUE PRESERVAR E ESTUDAR A

BIODIVERSIDADE?

A boticria da Caatinga

Produz secreo rica em compostos

capazes de eliminar bactrias
causadoras de doenas hospitalares
e diarrias, e tambm reduzir a
presso arterial.
Phyllomedusa hipocondrialis

Fonte: Revista Fapesp.

POR QUE PRESERVAR E ESTUDAR A

BIODIVERSIDADE?

Bothrops jararaca

Fonte: Revista Fapesp.

Captopril e derivados - um
inibidor da enzima conversora de
angiotensina, utilizado em
tratamento de hipertenso
arterial, teve como prottipo, um
polipeptdeo isolado do veneno de
serpente brasileira Bothrops
jararaca, comercializado por
multinacionais farmacuticas,
rendendo de 3-5 bilhes de
dlares anuais ...

PERDA DA BIODIVERSIDADE

INVENTRIO DA BIODIVERSIDADE
Mapeamento,
catalogao
e
preservao
da
biodiversidade
Inventrio e documentao da biodiversidade: Colees
Biolgicas (ex situ, banco de germoplasma, amostras
fixadas, bancos de DNA)
Base do conhecimento: composio, distribuio e
contedo da biodiversidade (fontes primrias de material
para estudos bsicos e aplicados; testemunho destes
estudos)
Qualidade da informao, visibilidade dos acervos,
tratamento interdisciplinar

BIODIVERSIDADE
A variabilidade entre organismos vivos de todas as
origens compreendendo, dentre outros, os ecossistemas
terrestres, marinhos e outros ecossistemas aquticos e
os complexos ecolgicos de que fazem parte;
compreendendo ainda a diversidade dentro de espcies,
entre espcies e de ecossistemas.
(CDB,1992)

BIODIVERSIDADE

Fonte: FAO

BIODIVERSIDADE : SERVIOS ECOSSISTMICOS

Fonte:

POR QUE PRESERVAR E ESTUDAR A

BIODIVERSIDADE?

A boticria da Caatinga

Produz secreo rica em compostos

capazes de eliminar bactrias
causadoras de doenas hospitalares
e diarrias, e tambm reduzir a
presso arterial.
Phyllomedusa hipocondrialis

Fonte: Revista Fapesp.

POR QUE PRESERVAR E ESTUDAR A

BIODIVERSIDADE?

Bothrops jararaca

Fonte: Revista Fapesp.

Captopril e derivados - um
inibidor da enzima conversora de
angiotensina, utilizado em
tratamento de hipertenso
arterial, teve como prottipo, um
polipeptdeo isolado do veneno de
serpente brasileira Bothrops
jararaca, comercializado por
multinacionais farmacuticas,
rendendo de 3-5 bilhes de
dlares anuais ...

PERDA DA BIODIVERSIDADE

INVENTRIO DA BIODIVERSIDADE
Mapeamento,
catalogao
e
preservao
da
biodiversidade
Inventrio e documentao da biodiversidade: Colees
Biolgicas (ex situ, banco de germoplasma, amostras
fixadas, bancos de DNA)
Base do conhecimento: composio, distribuio e
contedo da biodiversidade (fontes primrias de material
para estudos bsicos e aplicados; testemunho destes
estudos)
Qualidade da informao, visibilidade dos acervos,
tratamento interdisciplinar

IDENTIFICAO MOLECULAR DA
BIODIVERSIDADE

O QUE

DNA BARCODING?

Utilizao PADRONIZADA de UMA regio

CURTA do genoma para a identificao de

ESPCIES
Regies flanqueadoras conservadas
Fcil de amplificar
Baixa variao intraespecfica
Variao descontnua entre espcies (barcoding gap)
Banco de dados
Longo o suficiente pra ser informativo e curto o
suficiente para um nico sequenciamento

BARCODING

GAP

Meyer & Paulay, 2005, PLoS Biology

O QUE DNA BARCODE NO PRETENDE E NO ?

-Suplantar a taxonomia tradicional
-Taxonomia baseada em DNA (uma nica sequncia
ou caracter somente no indicado pra descrever
NADA!)
-No rvore da vida, os clusters formados em sua
anlise no so rvores filogenticas!

Animais: COI
Fungos: ITS?
Planas: RbcL e MatK
Protozorios: ?????

Limitaes:

Hajbabaei et al, 2007, TRENDS in

Genetics

ASSOCIATING LIFE STAGES,

PROCESSED PARTS, ETC

-536 amostras

-4 ordens, 15 famlias, 27 gneros e 37 espcies

-99,81%
- Densidade, abundncia e composio taxonmica
*recrutamento de peixes

2013

Teia Lepdoptera x parasitides

Informao molecular (DNA barcode) dos
parasitides e hospedeiros : 3x mais interaes
observadas na teia.

Bioessays 35: 10041013, 2013

2007

2014

EXEMPLOS: BIODIVERSIDADE X DNAMT X

FORENSE

Barcodes offer distinct opportunities for the study of

parasite taxa that are largely under-represented in
the record of animal species
Because diversity and distributions of parasitic taxa
are necessarily described in terms of their host
organisms, naming is more than a cataloguing
procedure but, instead, constitutes a diagnosis

2009

MARCADOR

Greater differences among species, on average

5- to 10-fold higher in mitochondrial than in
nuclear genes. Thus shorter segments
distinguish among species, and because
shorter, less expensively.

Copy number. There are 100-10,000 more copies of

mitochondrial than nuclear DNA per cell, making
recovery, especially from small or partially degraded
samples, easier and cheaper.
Relatively few differences within species in most
cases. Small intraspecific and large interspecific
differences signal distinct genetic boundaries
between most species, enabling precise identification
with a barcode.
Introns, which are non-coding regions interspersed
between coding regions of a gene, are absent from
mitochondrial DNA of most animal species, making
amplification straightforward. Nuclear genes are
often interrupted by introns, making amplification
difficult or unpredictable.

WHY CYTOCHROME OXIDASE I

?

Folmer et al, 1994

WHY CYTOCHROME OXIDASE I ?

-Conserved flanking regions
- Easy to amplify
- Low intraspecific variation
- Discontinuous variation between species *
- Database
- Long enough to be informative and short
enough for a single sequencing
- Few amino acid changes (mutations
generally in the third codon)

WHAT ARE THE MAIN LIMITS TO BARCODING

ENCOUNTERED SO FAR?

Groups with little sequence diversity

Groups with high sequence diversity

Resolution of recently diverged species

Hybrids (introgression)

Nuclear pseudogenes

mtDNA
Genetic

code is different in some taxa

STOP CODON=> 2 universals e more 2 others .

Herdmania momus. Singh et al.

2009

Dotson & Beard, 2001

Gastropods

Grande et al. BMC

Evolutionary Biology
2008
8:61 doi:10.1186/14712148-8-61

MTDNA

Mitochondrial
(passed on complete,
but only by daughters)

Butler, J.M. (2010). Fundamentals of Forensic DNA Typing. p. 364.

MTDNA
Heteroplasmy

COMO TRABALHAR COM BARCODING

1. Construindo uma biblioteca de referncia:

Espcimes bem identificados

Amostragem de tecidos
Extrao e Amplificao de DNA
Sequenciamento
Submisso dos dados em uma base de dados online

2 Identificao de desconhecidos:
Adulto, fragmento do organismo, juvenil, larvas
Amostragem de tecidos, DNA, sequenciamento
Comparao com a biblioteca de referncia

MTODOS PARA IDENTIFICAR ESPCIES

ATRAVS DE DNA BARCODING

(i) mtodos baseados em rvores; (NJ;BI)

(ii) os mtodos baseados em similaridade; (BLAST)
(iii) mtodos baseados em caracteres ("mtodos de
diagnstico").

Weitschek et al, 2014