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Microssatélite (genética)
Origem: Wikipédia, a enciclopédia livre.

Microssatélites são unidades de repetição de pares de bases do DNA (AT, GC), que são utilizados como
marcador genético em estudos de parentesco, as migrações humanas e de origem humana. Os microssatélites
apresentam taxas mais altas de mutação genética em relação a outras partes do DNA e, portanto, perfeito
para estudar ancestralidade humana. Eles são basicamente locos polimórficos presentes no DNA nuclear e
DNA organela que consistem em unidades repetitivas 1-4 pares de bases de comprimento.

O conceito de marcadores está intimamente ligado à incapacidade humana de definir, com precisão, os
fatores genéticos que governam as características fenotípicas de seu interesse. É prática comum no
melhoramento genético de plantas e animais tentar identificar caracteres facilmente detectáveis, como cor
de flor, que estejam fortemente correlacionados com uma característica de difícil mensuração, como a
resistência a determinada doença. Se a associação, de fato, existe, o caráter qualitativo é um marcador
fenotípico ligado à resistência. Neste caso, é muito provável que pelo menos um gene, que determine o
caráter qualitativo esteja localizado no mesmo grupo de ligação dos genes que governam a resistência.
Partindo desse princípio, qualquer fragmento de DNA próximo ao gene de resistência poderia ser utilizado
como marcador, que neste caso é denominado marcador molecular. A grande vantagem dos marcadores
moleculares de DNA, com relação a outros tipos de marcadores é a sua abundância, a sua insensibilidade aos
fatores do ambiente e o fato de o DNA estar presente em todas as células do organismo.[1]

Índice
1 Definição de microssatélites
2 Aplicações
3 Histórico
4 Marcadores baseados na amplificação de microsatélites
5 Base genética e deteccção de marcadores microsatélites
6 Vantagens de marcadores microsatélites
7 Limitações de marcadores microsatélites
8 O futuro de microssatélites Termociclador, Aparelho utilizado
9 Referências para realizar uma PCR.
10 Sites relacionados

Definição de microssatélites
Diferentes experimentos no início dos anos 80 demonstraram que,os genomas eucariotos são densamente
povoados por diferentes classes de sequências repetidas, umas mais complexas (minisatélites) e outras mais
simples. Sequências simples repetidas (“SSR-Simple Sequence Repeats”), mais tarde denominadas também
de microsatélites, consistem de pequenas sequências (“sequence motif”) com 1 a 4 nucleotídeos de
comprimento, repetidas em tandem. Em genomas de eucariotos, estas sequências simples são mais
freqüentes, melhor distribuídas ao acaso e formam locos hipervariáveis constituídos por minisatélites.[2] Este
loco altamente polimórfico, amplificado via PCR foi também denominado de “STMS- Sequence Tagged
Microsatellite Sites”, ou seja, sítios de microssatélies marcados por sequência,e constituem a classe mais
polimórfica de marcadores moleculares disponíveis hoje.O acrônimo SSRP (Simple Sequence Repeat
Polymorphism) também é comumente encontrado em literatura. Microsatélites têm sido observados em
diversos organismos, como em seres humanos, baleias, Drosophila , camundongos , bovinos e caprinos ,

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espécies vegetais, entre outros. Em plantas, a sua existência já havia sido sugerida, com a observação de que
oligonucleotídeos contendo elementos repetidos de TG e GATA/GACA detectam polimorfismo, quando
utilizados como sondas RFLP. Os elementos repetidos mais freqüentes em mamíferos são extensos de
di-nucleotídeos CA e TG. Em plantas, uma busca em bancos de dados de sequências de DNA publicadas
revelou que sítios de microsatélites são largamente distribuídos com uma freqüência de um a cada 50 mil
pares de bases. Sua presença foi constatada em 34 espécies vegetais, sendo que o alimento repetido mais
comum foi o di-nucleotídeo AT claramente documentaram a presença de sequências simples repetidas em
plantas pela primeira vez. O experimento surpreendentemente incluiu 5 espécies arbóreas tropicais, além de
milho. Marcadores baseados em microsatélites estão, atualmente, sendo desenvolvidos para aplicações de
mapeamento genético para algumas culturas anuais de maior expressão tais como soja, arroz e trigo bem
como, para arbóreas florestais como Pinus e frutíferas como Citrus.

Aplicações
Os marcadores moleculares são utilizados em investigações genéticas com diversas finalidades, como por
exemplo, na identificação de clones, linhagens, híbridos, cultivares, paternidade, estimativas de diversidade,
fluxo gênico, taxa de cruzamento, parentesco e na construção de mapas genéticos. Marcadores permitiram
identificar espécies, independente do estado de vida do animal. Os microssatélites são essenciais marcadores
na seleção de animais, vegetais, bactérias, dentre outros e estão amplamente distribuídos pelos cromossomos
do genoma. A utilidade destes marcadores agrupados aos avanços na biotecnologia de reprodução possibilita
perspectivas promissoras no melhoramento animal, vegetal e outros, devido à elevação da intensidade e
precisão da escolha e na diminuição do intervalo entre gerações. Os microssatélites tem outras aplicações
como por exemplo: grau de estruturação de populações, a freqüência de fenômenos migratórios, o fluxo de
genes, o afunilamento demográfico, a redução do tamanho efetivo de uma população, a diagnose de
hibridismo e as aplicações forenses como o rastreio de abates ilegais.[3]

Histórico
1981 - Análise da sequência de alelos no lócus da globina encontrado um número variável de
sequências curtas.
1982 - Indetificação de um seqüenciamento alternado pirimidina purina (polímeros em genomas
eucarióticos).
1985 - Demostração de extensa variabilidade da duração do tandem DNA repetitivo como revelado
pelaDNA de minisatelites.
1986 - Regiões da “simplicidade enzimática” identificado como uma importante fonte de variação
genética.
1989 - Desenvolvimento de PCR baseados na extração de microssátelites.
1991 - Microssatélites introduzidos para estudos dos recursos naturais populacionais.
1992 - Microssatélites utilizados para derivar a primeira análise detalhada no mapa genômico do ser
humano.
1993 - Um grande número de microssatélites com mutações identificadas em análises de pedigree em
humanos.
1994 - Análise de escalas das reações entre possíveis populações humanas feitas por micossatélites.

Marcadores baseados na amplificação de microsatélites

Diferentes experimentos no início dos anos 80 demonstraram que os genomas eucariotos são densamente
povoados por diferentes classes de sequências repetidas, umas mais complexas (minisatélites) e outras mais
simples. Sequências simples repetidas (“SSR-Simple Sequence Repeats”), mais tarde denominadas também
de microsatélite, consistem de pequenas sequências (“sequence motif) com 1 a 4 nucleotídeos de
comprimento, repetidas em tandem. Em genomas de eucariotos, estas sequências simples são mais
freqüentes, melhor distribuídas ao acaso e formam locos hipervariáveis constituídos por minisatélites. Este

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loco altamente polimórfico, amplificado via PCR foram também denominados de “STMS- Sequence Tagged
Microsatellite”, ou seja, sítios de microsatélies marcados por sequência, e constituem a classe mais
polimórfica de marcadores moleculares disponíveis hoje. O acrônimo SSRP (Simple Sequence Repeat
Polymorphism) também é comumente encontrado em literatura.[4] Microsatélites têm sido observados em
diversos organismos como em seres humanos baleias, Drosophila , camundongos , bovinos e caprinos ,entre
outros. Em plantas, a sua existência já havia sido sugerida com a observação de que oligonucleotídeos
contendo elementos repetidos de TG e GATA/GACA detectam polimorfismo quando utilizados como sondas
RFLP. Os elementos repetidos mais frequentes em mamíferos são extensos de di-nucleotídeos CA e TG . Em
plantas, uma busca em bancos de dados de sequências de DNA publicadas revelou que sítios de
microsatélites são largamente distribuídos com uma freqüência de um a cada 50 mil pares de bases. Sua
presença foi constatada em 34 espécies vegetais, sendo que o alimento repetido mais comum foi o
di-nucleotídeo AT claramente documentaram a presença de sequências simples repetidas em plantas pela
primeira vez.O experimento surpreendentemente incluiu 5 espécies arbóreas tropicais além de milho.
Marcadores baseados em microsatélites estão atualmente sendo desenvolvidos para aplicações de
mapeamento genético para algumas culturas anuais de maior expressão tais como soja, arroz e trigo bem
como, para arbóreas florestais como Pinus e frutíferas como Citrus.[5]

Base genética e deteccção de marcadores

microsatélites
Regiões contendo sequências simples repetidas são amplificadas
individualmente através de PCR utilizando-se um par “primers”
específicos (de 20 a 30 bases) complementares a sequências únicas
que flanqueiam e microsatélite. Segmentos amplificados a partir
Os microsatélites tem uma vasta
desses sítios quase que invariavelmente apresentam um polimorfismo
utilidade.
extensivo, resultante da presença de diferentes números de elementos
simples repetidos. Assim, cada “ilha” microsatélite,
independentemente do elemento repetido (CA, TG, ATG, etc.), constituiu um loco genético altamente
variável, multialélico, de grande conteúdo informativo. Cada segmento amplificado de tamanho diferente
(geralmente de várias dezenas até algumas centenas de pares de bases) representa um alelo diferente do
mesmo loco. Apresenta a base genética dos marcadores microsatélites.

A detecção de sequências SSR via PCR, é feita em gel de

eletroforese utilizando-se poliacrilamida ou agarose especial de alta
resolução, uma vez que é necessário um gel adequado para separação
de segmentos que diferem por poucos pares de bases, dependendo do
número de nucleotídeos do elemento repetido no microsatélite. A
visualização das bandas no gel pode ser feita diretamente com
brometo de etídio, nitrato de prata ou através de autoradiografias, ou
se utilizar primers marcados com radioisótopos na reação de PCR.
Cada loco de microsatélites é analisado individualmente ao se
analisar o par de “primers”, constituído especialmente para sua
amplificação. Mais do que um loco pode ser analisado de cada vez, Oito tubos de PCR, cada tubo
quando os alelos de cada loco têm tamanho suficientemente contendo 100µl.
diferentes e migram para zonas separadas no gel. Nesses métodos de
genotipagem, denominados “multiplex”, mais do que um par de
“primers” específicos é utilizado simultaneamente, na mesma reação de PCR. Locos SSR parecem ser
somaticamente estáveis, possuem expressão co-dominante, ou seja, ambos os alelos de um indivíduo
heterozigoto são visualizado e são altamente multialelos, numa população onde potencialmente todos os
alelos daquele loco podem ser detectados e discriminados.[6]

Vantagens de marcadores microsatélites

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Tendo em vista a expressão co-dominante e multialelismo, os

marcadores SSR são os que possuem o mais elevado conteúdo de
informação de polimorfismo, ou seja, “PIC” (“Polymorphism
Information Content”) na triminologia de marcadores moleculares.
Por causa disso, essencialmente, toda e qualquer população
segregante pode ser utilizada como população referência, para
estudos de ligação e mapeamento genético. Assim, a escolha da
população para mapeamento não mais precisa ser feita com base na
maximização da distância genética, e sim, visando a população mais
informativa do ponto de vista das características biológicas ou
econômicas de interesse. Os SSR são muito freqüentes e distribuídos
ao acaso, permitindo a mais completa cobertura de qualquer genoma
eucarioto. A observação, pelo menos em genomas animais, de que
ocorre conservação de sítios de microsatélites entre espécies
relacionadas, torna possível, em alguns casos, a transferência de
Resultado da PCR após ser realizada
marcadores entre espécies ou mesmo gênero, usando-se primers
heterólogos. Somado estas características genéticas, os segmentos
uma eletroforese em gel de agarose ou
polimóficos gerados são pequenos o suficiente para serem detectados
de poliacrilamida.
utilizando-se a reação PCR. Todas estas características reunidas,
fazem com que marcadores baseados em SSR sejam marcadores
ideais para mapeamento genético e físico de genomas, para a identificação e discriminação de genótipos e
estudos de genética de populações. A relevância, o nível de recursos e o número de laboratórios envolvidos
fizeram com que milhares de marcadores SSR tenham sido desenvolvidos como parte do projeto de
mapeamento do genoma humano. Os primeiros mapas genéticos do genoma humano baseados em centenas
de marcadores microsatélites foram publicados nos últimos anos. Microsatélites representam um passo muito
importante do projeto genoma humano, após resolverem os problemas associados ao baixo nível de
polimorfismo dos locos RFLP anteriormente utilizados para mapeamento. Mapas semelhantes foram
construídos para camundongos, ratos e para animais domésticos, entre eles bovinos, suínos e caprinos.Em
soja, vários grupos estão desenvolvendo marcadores e mapas genéticos baseados em SSR. Isto se deve não
somente à grande expressão e valor comercial da cultura no mundo, mas também aos baixos níveis de
diversidade genética ao nível de DNA no germoplasma cultivado, o que tem tornado a construção de mapas
genéticos baseados em RFLP ou mesmo RAPD difícil e tediosa.[7]

Limitações de marcadores microsatélites

O protocolo de obtenção de marcadores SSR envolve resumidamente os seguintes passos. Uma biblioteca
genômica de fragmentos genômicos pequenos (300 a 50 pares de bases) é construída para o organismo de
interesse. Estes clones são relacionados para a presença de microsatélites utilizando-se sondas sintéticas
complementares aos elementos repetidos mais comuns no organismo. Os clones positivos são seqüenciados e
pares de “primers” específicos são construídos para sequências únicas cuidadosamente relacionadas
(utilizando-se programas de computador) de cada lado do microsatélite.No desenvolvimento de
microsatélites para mapeamento humano, de um total de 12.014 clones seqüenciados, somente 2.995 foram
selecionados para a obtenção de SSR. A maioria dos descartes se deve, geralmente, a um número muito
reduzido de elementos repetidos no microsatélite (somente clones com acima de 10 a 12 di-nucleotídeos são
úteis), ou à posição do microsatélite nas extremidades do clone, o que não permite a seleção apropriada de
primers específicos. Com um fator de seleção de 1 a 6, uma grande quantidade de trabalho de
seqüenciamento é necessária para o desenvolvimento de cada marcador. Para reduzir a quantidade de
trabalho, em vez de sequênciar todas as 4 bases, pode-se seqüenciar apenas uma das bases presentes no
elemento repetido (ex. somente A ou somente T para elementos AT de plantas). Esta informação é suficiente
para se descartar clones com base na posição e extensão do microsatélite. Diversas estratégias têm sido
desenvolvidas nos últimos anos visando acelerar a seleção de clones genômicos contendo microsatélites. A
limitação básica que existe hoje para a aplicação mais ampla desta tecnologia na análise genética e

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melhoramento de plantas refere-se à grande quantidade de trabalho envolvida, exigindo pessoal

especializado e equipamento sofisticado para seqüenciamento automático aliado ao elevado custo de um
empreendimento desta natureza. Além disso, para várias espécies de plantas, principalmente de hábito
alógamo, o elevado nível de diversidade genética no DNA, detectável com técnicas mais acessíveis, não
justifica, hoje, a magnitude do investimento necessário para o desenvolvimento de marcadores baseados em
SSR. Entretanto, na medida em que novas estratégias moleculares para o isolamento de clones contendo
microsatélites e que as metodologias utilizadas para seqüenciamento se tornarem mais simples,
automatizadas e economicamente acessíveis, esta tecnologia será certamente utilizada para um número cada
vez maior de espécies.[8]

O futuro de microssatélites
O processo evolutivo de repetições simples está longe de ser simples. Uma implicação importante da
complexidade da evolução de microssatélites é, portanto, que o cuidado deve ser tomado, quando se utiliza
dados de microssatélites na população de estudos de genética. Por exemplo, a significativa taxa de mutação
e heterogeneidade entre os locos, significa que ele pode ser difícil para traduzir as estimativas de distância
genética em absoluto prazos. Da mesma forma, preconceitos direcionais no processo de mutação podem ter
consequências importantes para a interpretação das diferenças, na distribuição de tamanho entre os alelos
das espécies, especialmente se o personagem for diferente entre as 116 espécies. Futuros modelos
matemáticos de evolução de microssatélites, deverão ter como objetivo incorporar, como muitas das
diferentes formas de heterogeneidade mutacional possível. Aqueles que usam microssatélites em estudos de
genética populacional devem selecionar apenas os marcadores que estão bem caracterizados, em termos de
mutação propriedades (taxas de mutação, direcionalidade, se todos os alelos de igual comprimento são
idênticos em seqüência), e, preferencialmente, usa marcadores que mostram uniformes taxas e padrões,
como alternativa, mas, em muitas espécies menos realisticamente, o uso de muitos marcadores poderiam
compensar para heterogeneidade nas propriedades mutacional entre os locos. Microssatélites continuam a
encontrar sua aplicação em áreas, tais como mapas de ligação, o teste de paternidade, análise forense e para
a inferência de processos. Mais recentemente, eles encontraram a maioria de uso em desequilíbrio de
ligação, estudos de mapeamento, em que as associações entre marcadores e locos de características são
procuradas pela população amostra e no mapeamento de carona, na qual o genoma larga telas para as
regiões que apresentam sinais de seleção são feitas. Mas também há perspectivas de novas aplicações. Dada
a sua alta taxa de mutação, microssatélites oferecem um meio realista, para estudar como a taxa de mutação
genômica global é afetada por fatores ambientais (toxicologia genética).Elevadas taxas de mutações de
microssatélites em germinativas foram observados em animais e plantas, que são expostos às radiações,
ee,observações semelhantes têm sido feitas para minissatélites em humanos.Taxas estimadas de mutação de
microssatélites em amostras, são expostos a diferentes formas de radiação ou compostos tóxicos poderão,
quando configurado corretamente em relação aos dados de grupos de controle, ajuda para fazer avaliações
de risco.[9]

Referências
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throughout eucaryotic evolution is found between the human δ- and β-globin genes. Nucleic Acids Res. 9,
5931–5947 (1981).
2. ↑ Levinson, G. & Gutman, G. A. High frequencies of short frameshifts in poly-CA/TG tandem repeats borne by
bacteriophage M13 in Escherichia coli K-12. Nucleic Acids Res. 15, 5323–5338 (1987).
3. ↑ CAMINHAS, M.M.T.; BERTOLOZZI, J.; CHAMMA, O.S.; CURI, P.R. Grupos sanguineos de bovinos.
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4. ↑ Zayed A, Packer L, Grixti JC et al. (2005) Increased genetic differentiation in a specialist versus a generalist
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6. ↑ Tran, H. T., Keen, J. D., Kricker, M., Resnick, M. A. & Gordenin, D. A. Hypermutability of homonucleotide

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7. ↑ Schlotterer, C. Hitchhiking mapping — functional genomics from the population genetics perspective. Trends
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Sites relacionados
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http://www.repeatmasker.org
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http://c3.biomath.mssm.edu/trf.html
http://espressosoftware.com/pages/sputnik.jsp
http://genome.cshlp.org/content/7/5/471.full.html#ref-list-1
http://genome.cshlp.org/content/7/5/471.full.html#related-urls
http://genome.cshlp.org/content/13/10/2242.full.html#ref-list-1
http://genome.cshlp.org/content/13/10/2242.full.html#related-urls
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