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Southern blot
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O Southern blot é um método da biologia molecular que serve para verificar se uma determinada seqüência
de DNA está ou não presente em uma amostra de DNA analisada. Isso é feito por meio do realce do
resultado de uma eletroforese em gel de agarose, conforme será descrito mais adiante. O método foi batizado
com o nome de seu inventor, o biólogo britânico Edwin Southern, e isso fez com que outros métodos de blot
fossem batizados com trocadilhos ao nome de Southern, por exemplo, Western blot e Northern blot.

Índice
1 Método
1.1 Desnaturação
1.2 Transferência do DNA para uma membrana
1.3 Tratamento com a sonda
2 Resultados
3 Ligações externas

Método
Desnaturação

O gel onde foi feita a eletroforese de DNA é tratado com uma solução alcalina (tipicamente contendo
hidróxido de sódio) para promover a desnaturação da dupla fita do DNA, separando-a em simples fitas. A
desnaturação é necessária porque o DNA nas etapas seguintes irá aderir à membrana e irá parear com a
sonda.

Transferência do DNA para uma membrana

Uma membrana de nitrocelulose (ou, alternativamente, nylon) é posta sobre o gel. Uma pressão é aplicada
uniformemente sobre o gel (tanto usando-se sucção, ou pondo-se sobre a membrana uma pilha de toalhas de
papel com um peso em cima). Isso faz com que o DNA passe do gel para a membrana, onde ele se adere.

A membrana é então aquecida (no caso da nitrocelulose) ou exposta a radiação ultravioleta (no caso do
nylon) para permanentemente ligar o DNA à membrana.

Tratamento com a sonda

A membrana é agora tratada com uma sonda hibridizadora - que é uma molécula de DNA isolada cuja
seqüência é conhecida e é idêntica, ou então complementar, àquela seqüência a qual se quer determinar a
presença ou não na amostra (como as duas fitas da dupla hélice do DNA são complementares uma a outra,
tanto faz escolher uma sonda que seja idêntica ou complementar à seqüência procurada). A sonda de DNA é
marcada de tal forma que permita ser detectada a sua presença, essa marcação é normalmente feita
incorporando-se a ela átomos radioativos ou ligando-se a ela corantes fluorescentes ou cromogênicos
(substâncias incolores que produzem cor ao interagirem com um determinado meio). Em alguns casos, a
sonda hibridizadora pode ser feita de RNA, em vez de DNA.

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Essa sonda irá parear com qualquer seqüência de DNA complementar a ela. Portanto se a seqüencia
procurada não estiver presente na amostra não haverá o pareamento.

Então o excesso de sonda é lavado da membrana, e toda a sonda não hibridizada (não pareada) será
removida. Depois disso, a presença ou não da sonda na membrana (e as posições onde ela está presente) é
revelada por uma auto-radiografia em um filme de raio-x, ou pelo aparecimento de uma cor caso a marcação
cromogênica tenha sido usada.

Resultados
As manchas no Southern Blot abaixo mostram onde a sonda se hibridizou com a amostra. E conhecendo-se
os pontos onde a amostra de DNA foi clivada, é possível então dizer em quais trechos a seqüência procurada
está ou não presente.

Ligações externas
Preparo de membranas para hibridação (http://www.dnalc.org/vshockwave/southblot.dcr)
Animação ilustrando o Southern Blot (http://www.icb.ufmg.br/big/genmed/southblot.html)

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