Proyecto del genoma humano:

Los esfuerzos de los bioquímicos por descubrir los mecanismos de la herencia, que
comenzaron hace un siglo,

Secuenciación del genoma humano.

La tecnología desarrollada por los bioquímicos y por los biólogos moleculares, como la
electroforesis, las sofisticadas máquinas automáticas para secuenciar el DNA y la
bioinformática, ha hecho posible esta extraordinaria proeza.
Ahora los investigadores están interpretando y a utilizar la enorme
avalancha de información generada por este esfuerzo para resolver los
problemas médicos y biológicos de los seres humanos.
Genómica: estrategias y tecnologías
empleadas para la caracterización
molecular del genoma.

Cartogra'a, u obtención del mapa de un

genoma,

Estructura fina del material gené;co de

cualquier especie.
Genómica Estructural: Estudio de las técnicas y estrategias necesarias para obtener
tanto los mapas físicos del genoma, posibles a distintos niveles de resolución:

Secuencias completas del DNA genómico, o mapa físico a la resolución máxima:

nucleótido individual.

Genómica Funcional: Estudio del conjunto de todas las proteínas originadas por el
genoma: expresión génica a proteínas, modificación y degradación de éstas y
desarrollo de su función.
El genoma humano

Un genoma humano contiene

aproximadamente 3.2 × 109 pares
de bases, distribuidos entre 22
cromosomas pares, más dos
cromosomas X en mujeres y X e Y
en hombres.

Los primeros genomas humanos

se determinaron en 2001, fue la
culminación de 10 años de
trabajo pionero.
Esto creó el desaFo de comprender la información que con;enen nuestros genomas y
aplicar los datos y el análisis para mejorar el bienestar humano.

La secuenciación de genomas de otras especies, facilita estos obje;vos y los ex;ende al

revelar los principios generales de la biología.
 ¿Cómo determinan los contenidos de nuestros genomas
quiénes somos?

EpigenéDca:
Cada persona en este salón, es un individuo, con características físicas, bioquímicas y
psicológicas particulares.

Cada uno de ustedes tiene una forma general y un metabolismo que es común a todos los
humanos.
Pero a nivel molecular, también ;enes
mucho en común con otras especies.

Y también existe una variación sustancial

dentro de nuestra especie, para darle su
apariencia y carácter individual:

✣ Tu salud está en algún punto entre

fuerte como roble y enfermedad
mórbida…

✣ Tu estado psicológico esta en cierto

mood

✣ Esto es un reflejo de tu personalidad y

tus acAvidades actuales
Tu genotipo es tu secuencia de DNA,
tanto nuclear como mitocondrial.

Tu fenotipo, es la colección de tus rasgos

observables, además de su secuencia de
ADN:

Propiedades macroscópicas como:

altura, peso, color de ojos y cabello;

y microscópicas, como: anemia

falciforme, la deficiencia de glucosa-6-
fosfato o la retención más allá de la
infancia de la capacidad de digerir la
lactosa.
Estos rasgos son de gran
importancia para las aplicaciones
clínicas de la genómica:

✣ Gobiernan la susceptibilidad a la
enfermedad y los factores de
riesgo

✣ Determinan la efectividad de
medicamentos en diferentes
individuos.

✣ Permiten la prevención y el
tratamiento personalizados de
enfermedades basadas en
secuencias de ADN o
farmacogenómica.
Tu historia de vida incluye tus
experiencias y el entorno Fsico y
psicológico en el que te
desarrollaste.

Tu historial nutricional ha influido en

tu desarrollo Fsico.

Un ambiente acogedor y
oportunidades educa;vas han
influido en su desarrollo mental.

Incluso se ha reconocido la
importancia del entorno intrauterino
para determinar tu curva de
desarrollo e incluso tus
caracterísAcas adultas.
Entre la interfaz entre el genoma y la
experiencia de vida hay factores
epigenéAcos.

Todas las células de tu cuerpo, excepto

los espermatozoides, los óvulos y las
células del sistema inmunitario, ;enen
casi la misma secuencia de ADN (sujeto
a can;dades generalmente modestas de
mutaciones acumuladas).

Sin embargo, sus tejidos están

diferenciados, con diferentes conjuntos
de genes expresados o silenciados en el
hígado, el cerebro, etc.

Qué es la epigené-ca y cómo explica que los hijos hereden los traumas de los padres:

h;ps://www.bbc.com/mundo/vert-fut-48073817
Algunas de estas señales reguladoras
sobreviven a la división celular:

Cuando una célula hepática

(somática) se divide, se divide en dos
células hepáticas.

La propia historia de vida de tus

padres podría haber alterado los
patrones epigenéticos en sus células,
y el óvulo fertilizado del cual te
formaste posteriormente contenía
algunas de estas señales de
diferenciación.

De esta manera, la herencia de las

características adquiridas ha vuelto
ser un tema central en la biología
convencional.

“A genome is like a page of printed music. The page is a fixed physical object, but the notes are
consistent with realiza@ons, in @me and space, in a variety of ways – a limited variety of ways”
Por lo tanto, un genoma restringe
pero no dicta las características de
un organismo.

Incluso en microorganismos, la
expresión de muchos genes es
condicional:

✣ La síntesis de enzimas para la

utilización de lactosa en E. coli
depende de la presencia de
sustrato en el medio…

✣ El cambio entre metabolismo

anaeróbico y el aeróbico en
levaduras es un cambio temporal
y reversible en respuesta a los
cambios en las condiciones
ambientales.
La mayoría de las personas no
consideraría maquillaje, cortes
esté;cos uñas etc. como cambios
fenoYpicos.

Por el contrario, muchos efectos

ambientales, “es;los de vida” etc.
;enen efectos a largo plazo en el
desarrollo:

El ejercicio mejora la musculatura.

La educación mejora el desarrollo

intelectual.

Una dieta controlada con

fenilalanina puede prevenir los
efectos nocivos de la enfermedad
metabólica fenilcetonuria.
La mayoría de las personas no
consideraría maquillaje, cortes
estéticos uñas etc. como cambios
fenotípicos.

Por el contrario, muchos efectos

ambientales, “estilos de vida” etc.
tienen efectos a largo plazo en el
desarrollo:

Por el contrario, la desnutrición, las

enfermedades, las lesiones y el trato
cruel pueden ser física y
mentalmente debilitantes.
La ciencia ha proporcionado una
interposición entre el geno;po y
el feno;po:

Cambio en el color del cabello, los

tatuajes, la cirugía esté;ca y la
"endocrinología esté;ca" (incluido
el tratamiento de niños con
deficiencia de la hormona del
crecimiento humano y el uso de
drogas para mejorar el
rendimiento por parte de los
atletas) e incluso, al menos
posiblemente, el psicoanálisis.
Gen CCR5 (HIV, Malaria y Cólera)

hcps://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201029142001.htm
Algunos efectos ambientales
tienen ventanas específicas de
respuesta para dar resultados
que posteriormente son
irreversibles.

Los tratamientos con hormonas

de crecimiento y la cirugía para
producir los famosos castrati

En las tortugas y otros reptiles,

la temperatura de incubación
controla si los huevos se
convierten en machos o
hembras.
¿Como entender como afectan
estos factores en las variaciones
entre los organismos?

El método clásico para dis;nguir los

efectos de la gené;ca de los del entorno y
la experiencia ("naturaleza" y "crianza")
son los experimentos controlados con
organismos gené;camente idén;cos.

Para los seres humanos, esto significa

gemelos monocigóAcos. (Los trillizos
humanos monocigó;cos son
extremadamente raros).

Muchos estudios han comparado las

similitudes de gemelos idén;cos criados
por separado, es decir mismos genes pero
diferentes ambientes.
¿Que contienen el genoma
humano?

Un inventario del genoma humano incluye:

✣ Las regiones que codifican proteínas.

✣ Entre 2-3 % de los genes codifican

proteínas

✣ No se distribuyen entre los cromosomas

de manera uniforma

✣ Muchos genes codificadores de proteínas

aparecen en múltiples copias, ya sea
idénticas o divergentes en familias

✣ Mucho DNA codifica RNA, que será

usado en la síntesis de proteínas
¿Que con8enen el genoma
humano?

Un inventario del genoma humano incluye:

✣ Si;os de unión para ligandos

responsables de la regulación de la
transcripción.

✣ Los elementos repe;;vos de función

desconocida representan fracciones
sorprendentemente grandes de nuestros
genomas:

✣ Los elementos intercalados largos y

cortos (LINES y SINES) representan
el 21% y el 13% del genoma.
✣ Los minisatélites y microsatélites:
pueden aparecer como decenas o
cientos de miles de copias, 15% del
genoma.
Genes que codifican el proteoma

Ahora se cree que el genoma humano

contiene alrededor de 23,000 genes
codificadores de proteínas.

Algunas regiones del genoma son

relativamente pobres en genes codificadores
de proteínas:

✣ Regiones subteloméricas, en todos los

cromosomas, y los cromosomas 18 y X.

✣ Los cromosomas 19 y 22 son relativamente

ricos en genes codificadores de proteínas.
La mayoría de los genes humanos que codifican proteínas con;enen exones (regiones
expresadas) interrumpidos por intrones (regiones empalmadas de ARNm y no traducidas a
proteínas).

La variabilidad en el tamaño del intrón es lo que causa las diferencias de tamaño entre los
genes que codifican proteínas:

✣ Gen para la insulina ;ene una longitud de 1.7 kb

✣ Gen del receptor de LDL es de 5.45 kb

✣ Gen de la distrofina es de 2400 kb.

Un locus gené;co codificador de proteínas Ypico con;ene los exones e intrones, con si;os
de señal de splicing en las uniones intrón-exón.

La transcripción del gen puede estar bajo el control de elementos reguladores cis cerca del
gen, ya sea corriente arriba o abajo.

Otros elementos reguladores trans pueden aparecer en otras partes del genoma, incluso
en diferentes cromosomas.
A menudo, en la vecindad de un gen existen un conjunto de genes estrechamente
relacionados.

Esto se debe a que un mecanismo común de evolución es la duplicación de genes

seguida de divergencia.
Variaciones en la organización
del genoma.

Cromosomas, organélos y plásmidos

La clasificación más general de las células

divide a los procariotas: células simples
sin núcleo, de eucariotas, células con
núcleo.

Desde el punto de vista de la genómica,

la diferencia más relevante entre las
células procariotas y eucariotas es la
forma y organización del material
genético.
Secuenciación de genes

La secuenciación del genoma

de cientos de especies ha
proporcionado una cantidad
colosal de datos para el análisis
y la comparación.

Métodos permiten identificar

qué genes en el genoma se
transcriben en tipos de tejido
particulares, en momentos
específicos de desarrollo o en
diferentes etapas del ciclo
celular.
Estos son los datos en bruto de la genómica, que se ocupan de la secuencia de ADN, la
organización, la función y la evolución de los genomas.
Estos son los datos en bruto de la genómica, que se ocupan de la secuencia de ADN, la
organización, la función y la evolución de los genomas.
Estos son los datos en bruto de la genómica, que se ocupan de la secuencia de ADN, la
organización, la función y la evolución de los genomas.
La secuenciación del genoma se ha vuelto rápida y barato como
resultado de nuevas tecnologías.
En 1985, surgió la idea de que sería ú;l conocer la secuencia completa de los tres mil
millones de nucleó;dos en el genoma humano.

Esto parecía una idea extravagante en ese momento, porque el costo de la secuenciación
del ADN era de aproximadamente $ 1 por par de bases.
El Proyecto Genoma Humano se inauguró formalmente en 1990; para cuando se completó
la secuencia del genoma humano en 2003, los costos de secuenciación habían caído y
continuaron cayendo.

Hoy, el costo de secuenciar un genoma humano es de aproximadamente $1000.

Los obje;vos del Proyecto Genoma Humano
también incluyeron la secuenciación de los
genomas de varios organismos modelo
u;lizados en la inves;gación gené;ca
debido a su u;lidad demostrada en el
descubrimiento de la función genéAca.

Se generarían grandes canAdades de datos,

que tendrían que almacenarse y hacerse
accesibles.

Se creó un nuevo campo interdisciplinario

llamado bioinformáAca, que combina
informá;ca, ingeniería, estadís;ca y
matemá;cas para analizar secuencias del
genoma y otros datos biológicos.
El Proyecto Genoma Humano fue un gran éxito, pero requerirá muchos años,
probablemente décadas, antes de que la función y la regulación del genoma se entiendan
en detalle.
Son necesarios métodos para indexado de su contenido, genómica compara;va, perfiles
transcripcionales y estudiar la expresión, función e interacción de proteínas:
Frederick Sanger desarrolló un método para secuenciar el ADN basado en la terminación
del alargamiento de la cadena durante la síntesis por medio de di-desoxinucleótidos, de
ahí que el método a menudo se llame secuenciación de Sanger

Originalmente desarrollado en 1977, el método ha experimentado muchas

modificaciones y mejoras para aumentar la velocidad y la precisión.
high-throughput 1
Secuenciación por síntesis
Seq® Illúmina
El paso inicial:

Cortar el ADN genómico en pedazos

pequeños y unir adaptadores a los
extremos 3´ y 5´

Los adaptadores de PCR son secuencias

cortas que pueden hibridarse con
primers de PCR complementarios para
permi;r la amplificación.

Las hebras de ADN de plan;lla se

separan y se ex;enden sobre una
superficie plana densamente cubierta
con imprimaciones que se adhieren y se
adhieren como briznas de hierba. Los adaptadores permiten la unión con el
chip, de los fragmentos de DNA a amplificar
Cada cadena de templado se adhiere a un primer y comienza la amplificación por PCR.

En cada ciclo, la cadena de ADN alargada de cada primer está anclada en su lugar en un
extremo, pero está libre en el otro extremo para formar un bucle y emparejarse con un
primer casi complementario (el método se llama PCR puente).

El resultado de múltiples rondas de PCR es un pequeño grupo de productos de PCR

idénticos.
Estos productos ahora sirven como
templados de secuenciación para la
secuenciación del terminador
u;lizando una ingeniosa
modificación química para crear
terminadores reversibles.

Cada Nucleó;do ;ene un fluóroforo

específico
Aparece una señal fluorescente en
cualquier posición de la placa
donde se incorpora un nucleótido
particular.

hcps://www.youtube.com/watch?v=BimurK8vlYc
High-throughput method 2 : Ion torrent
Secuenciación de torrente de iones

En este caso, los adaptadores de PCR

terminan en grupos químicos que se
adhieren a cuentas microscópicas;
cuando la muestra de ADN se diluye y se
mezcla con un exceso de cuentas, cada
fragmento de ADN se une a una cuenta

Se añaden reactivos de PCR y el mezcla

emulsionada en aceite.

La emulsión mantiene cada cuenta en su

pequeño compartimento de agua, donde
se produce una reacción de PCR.
Cuando cada cuenta está tachonada
con millones de copias de su
fragmento de ADN, las cuentas se
dispersan en pequeñas cámaras de
un chip semiconductor, donde ;ene
lugar la secuenciación.

Cada vez que se una un nucleó;do

a la cadena complementaria se
generará una variación de pH en
micro pozo que es detectado por un
semiconductor.

hcps://www.youtube.com/watch?v=j6u0_rmJHjg
High-throughput method 3
Secuenciación de una sola molécula de DNA

En este método, cada uno de los

nucleótidos con una sonda
fluorescente se agrega uno a uno al
chip, en cualquier cámara en la que
se incorpora un nucleótido, se libera
una señal.
La secuenciación usa terminadores
reversibles, y un detector óptico
convierte una señal fluorescente en
una señal electrónica.

Con un círculo pequeño como

plantilla, el complejo de polimerasa
puede atravesar la plantilla varias
veces, lo que mejora la precisión,

Son posibles lecturas de 50 kb y más

con este dispositivo, pero dichas
lecturas largas pueden tener tasas
de error superiores al 10%.

hcps://www.youtube.com/watch?v=v8p4ph2MAvI
High-throughput method 4
Secuenciación de nanoporos

Esta diseñado para lecturas de

secuenciación extremadamente
largas (hasta 1 Mb).

En este método, el templado es una

cadena larga monocatenaria de ADN
que es reconocida por una proteína
motora que se une a la cadena y la
impulsa a través de un canal en una
proteína transmembrana.

A medida que cada nucleó;do pasa

a su vez a través de la proteína
transmembrana, cambia la
conductancia de la membrana de
acuerdo con la iden;dad del
nucleó;do. Este pequeño cambio en
la conductancia se amplifica y
registra.
Un disposi;vo de secuenciación de
nanoporos es más pequeño que un
teléfono inteligente y puede leer casi
100 nucleó;dos por segundo.

El principal inconveniente es que los

nucleó;dos pueden pasar sin
detección, se pueden agregar
nucleó;dos fantasmas o se pueden
llamar incorrectamente a los
nucleó;dos: cada ;po de error
ocurre a una tasa de hasta 5 a 10 por
ciento.

hcps://www.youtube.com/watch?v=iT_A_ucWMls