Parte 1 Bio Cel

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Biologia Molecular de
A CÉLULA
Sexta edição
O livro de problemas
Biologia Molecular de
A CÉLULA
Sexta edição
O livro de problemas
John Wilson e Tim Hunt

ciência de guirlanda
Vice-presidente: Denise Schanck
Editor Associado: Allie Bochicchio
Editor de produção e layout: EJ Publishing Services Editor de
produção sênior: Georgina Lucas Revisor mestre:
Alastair Ewing Editor de texto: Jo Clayton
Revisor: Sally Huish
Ilustrador: Nigel Orme Designer:
Matthew McClements, Blink
Studio, Ltd.
Fotografia e design da contracapa: Nigel Orme Indexador:
Medical Indexing Ltd.
Coordenador de Permissões: Sheri Gilbert
© 2015 por John Wilson e Tim Hunt
John Wilson recebeu seu PhD do Instituto de Tecnologia da Califórnia e realizou seu pós-
doutorado na Universidade de Stanford. Ele é atualmente Distinguished Service Professor de Bioquímica
e Biologia Molecular no Baylor College of Medicine em Houston. Seus interesses de pesquisa
incluem instabilidade do genoma e terapia genética. Ele lecionou para estudantes de medicina e pós-
graduação por muitos anos, foi co-autor de livros sobre imunologia, biologia molecular e bioquímica e
recebeu inúmeras honras de ensino, incluindo o Robertson Presidential Award por excelência
em educação.
Tim Hunt recebeu seu PhD da Universidade de Cambridge, onde lecionou bioquímica e biologia
celular por mais de 20 anos. No final dos anos 1970 e início dos anos 1980, ele passou os verões
ensinando biologia celular e molecular no Marine Biological Laboratory, Woods Hole, Massachusetts.
Ele deixou Cambridge em 1990 e mudou-se para o Cancer Research UK Clare Hall Laboratories, nos
arredores de Londres, onde trabalhou no controle do ciclo celular até sua aposentadoria em 2010.
Ele compartilhou o Prêmio Nobel de Fisiologia ou Medicina de 2001 com Lee Hartwell e Paul
Nurse.
Este livro contém informações obtidas de fontes autênticas e altamente conceituadas. Todos os
esforços foram feitos para rastrear os detentores dos direitos autorais e obter sua permissão para o
uso de material protegido por direitos autorais. O material reimpresso é citado com permissão e as
fontes são indicadas. Uma grande variedade de referências são listadas.
Esforços razoáveis foram feitos para publicar dados e informações confiáveis, mas o autor e o editor
não podem assumir responsabilidade pela validade de todos os materiais ou pelas consequências
de seu uso.
Todos os direitos reservados. Nenhuma parte deste livro coberta pelos direitos autorais aqui
contidos pode ser reproduzida ou usada em qualquer formato de qualquer forma ou por qualquer meio -
gráfico, eletrônico ou mecânico, incluindo fotocópia, gravação, gravação ou sistemas de armazenamento
e recuperação de informações - sem permissão de O editor.
ISBN: 978-0-8153-4453-7 (brochura)
Publicado por Garland Science, Taylor & Francis Group, LLC, uma empresa de informação,
711 Third Avenue, Nova York, NY 10017, EUA
3 Park Square, Milton Park, Abingdon, OX14 4RN, Reino Unido
Impresso nos Estados Unidos da América
15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1
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Dedicamos este livro à memória de nosso camarada, Julian Lewis.

vii
Prefácio
Bem-vindo ao e Problems Book, que visa ajudar os alunos a apreciar as maneiras pelas
quais a compreensão de como as células funcionam, conforme discutido em Molecular
Biology of the Cell, Sixth Edition, de Alberts et al., pode ser mais explorada por meio de
experimentos e cálculos. Como sempre, esperamos estimular nossos leitores a fazer
perguntas, bem como aprender e digerir as histórias que “o grande livro” conta. Na vida real,
o conhecimento e a compreensão vêm da pesquisa, que envolve curiosidade, perplexidade,
dúvida, crítica e debate, bem como a realização de experimentos.
Tatear em meio à névoa da incerteza durante um projeto é um processo lento e muitas vezes
desanimador; momentos eureka (mesmo que se tenha sorte) são poucos e distantes entre
si. No entanto, esses momentos capturam a essência do drama, e tendemos a nos concentrar
neles, onde conseguimos lançá-los na forma de um problema. Dessa forma, tanto para
alunos quanto para professores, esperamos encorajar uma atitude questionadora em relação
à biologia. Sem curiosidade não haveria ciência nem cientistas.
Temos inventado problemas juntos desde 1985, e a revisão que levou a esta nova
edição do Livro de Problemas levou mais de quatro anos. Há várias novidades sobre esta
edição. Primeiro, o livro agora é colorido. Além de melhorar sua aparência como um todo,
acreditamos que isso melhorará a clareza e a inteligibilidade das figuras. Em segundo lugar,
adicionamos um novo tipo de pergunta, estilo MCAT, modelado no tipo de problemas
encontrados na maioria dos testes de admissão em faculdades de medicina. Estes foram
redigidos por Doug Kellogg na University of California, Santa Cruz, e achamos que são um
ótimo complemento para o livro. De fato, ficamos agradavelmente surpresos ao descobrir
que essas questões nos permitiram enquadrar os problemas de maneiras novas e
interessantes. Em outros lugares, fizemos uma quantidade considerável de podas, em parte
para abrir espaço para esses novos problemas e em parte para eliminar problemas que
mostravam sua idade ou não eram mais relevantes para o texto original. A organização do
Livro de
Problemas permanece basicamente a mesma. Existem termos para aprender,
denições e seções de verdadeiro/falso em cada capítulo. Em seguida, vêm os problemas,
alguns dos quais são mais desafiadores do que outros - eles podem ser divertidos ou
sérios, mas todos são projetados para fazer o leitor pensar. Em seguida, há uma seção
chamada Cálculos, projetada para lidar com aspectos quantitativos da biologia celular. Os
cálculos neste livro são muito diretos, geralmente envolvendo não mais do que a
interconversão de unidades, mas fornecem uma estrutura sólida para pensar sobre a célula.
Os receptores de superfície celular são esparsos na membrana plasmática ou estão lotados?
As moléculas se difundem em uma célula lentamente ou em um piscar de olhos? A cromatina
ocupa a maior parte do volume nuclear ou apenas uma pequena fração? Quão rápido uma
planta de tomate poderia crescer, teoricamente? A análise numérica de tais questões é
muito importante para se obter uma compreensão da base molecular da biologia celular. A
seção de tratamento de dados contém problemas baseados em pesquisa. Nosso objetivo
original era compor problemas baseados em experimentos para permitir que os leitores
tivessem uma ideia melhor da maneira como o conhecimento biológico é obtido. É
tremendamente importante continuar perguntando: “Como sabemos disso? Quais são as
evidências? ou imaginar como alguém poderia descobrir algo. Muitas vezes não é nada
óbvio, muitas vezes o avanço inicial foi uma observação de sorte, feita durante a investigação
de algo completamente diferente.
viii PREFÁCIO
negócios. Na verdade, a maioria de nós leva anos de experiência em pesquisa para compreender
a ideia de como um simples fato “pode iluminar uma área distante, até então escura” (Boveri,
1902). Ver como esses minúsculos fragmentos de evidência dão origem ao quadro geral
geralmente envolve considerável imaginação, bem como certa disciplina, para saber quanto peso
a evidência terá. Esperamos ter conseguido, pelo menos algumas vezes, captar a essência de
como os experimentos levam ao entendimento. Para fazer justiça aos autores dos experimentos
que usamos nesses problemas, porém, recomendamos fortemente o recurso aos artigos originais,
cujas referências sempre fornecemos.
Uma seção recém-compilada, Medical Links, contém problemas de particular

interesse para estudantes de ciências da saúde.
Esperamos que a organização e a classificação dos problemas ajudem tanto o aluno quanto o
professor a encontrar o que procuram. Como este livro deve ser usado? Construímo-lo através de
um processo de diálogo e discussão constante, e suspeitamos que o uso mais frutífero dos
problemas será para estimular discussões em sala de aula, ou entre alunos. Lidar com problemas
selecionados como lição de casa certamente ajudará. Os professores nos disseram que encontram
ideias para perguntas de exames aqui, e todas as respostas às nossas perguntas agora são
fornecidas no Livro de problemas, pois muitos desses problemas são difíceis de responder e não
devem ser colocados como testes. Em vez disso, esperamos que os leitores fiquem intrigados
(como nós ficamos) com as perguntas que fazemos e, depois de pensar um pouco, queiram ver
qual é a resposta, que forma a discussão assume e como começar a pensar sobre esse tipo
específico. de um problema.
As respostas para os problemas do final do capítulo em Molecular Biology of the Cell, Sixth
Edition também podem ser encontradas no final deste livro, incluindo as respostas para problemas
recém-escritos para os Capítulos 21 a 24.
Como sempre, queremos ouvir nossos leitores, pois, apesar de nossos melhores esforços,
nem sempre acertamos. Envie um e-mail para John Wilson em jwilson@bcm.edu ou Tim Hunt em
tim.hunt@cancer.org.uk com seus comentários ou dúvidas, e faremos o possível para respondê-
los.
ix
Agradecimentos
É verdade que nosso ritmo de produção, ao longo dos anos, é em média de um capítulo por
ano, mas mesmo esse progresso glacial não teria sido possível sem uma enorme ajuda de
amigos e colegas cujos nomes estão registrados em edições anteriores de e Problems Book,
que apareceu em 1989, 1994, 2002 e 2008. Como sempre, somos gratos a Alastair Ewing,
que trabalhou em todos os novos problemas, descobrindo erros embaraçosos e encontrando
maneiras melhores, mais claras e elegantes de colocar as coisas. Denise Schanck tem sido
uma torre de força, como sempre, e Emma Jecock, uma designer e amiga brilhante e
surpreendentemente eficiente. Allie Bochicchio coordenou nossas atividades e nos manteve
em ordem. Mike Morales ajudou a criar um lar longe de casa instantâneo durante as reuniões
na Califórnia, e seu bom humor ajudou tremendamente.
Adam Sendro, que cuidou do marketing e nos deu feedback do público, nos apoiou
infalivelmente. Somos especialmente gratos a todos os autores de Molecular Biology of the
Cell, que foram extremamente úteis na seleção e aprimoramento dos problemas que aparecem
no texto principal. Agradecemos-lhes calorosamente por suas sugestões. Mais uma vez, Nigel
Orme foi de grande ajuda com as ilustrações, especialmente no que diz respeito à adição de
cores. A pessoa que fez a contribuição mais importante para esta edição, porém, foi Doug
Kellogg, da University of California, Santa Cruz. Doug é um velho amigo que se deixou
persuadir a assumir a tarefa de redigir questões no estilo MCAT, apesar de suas pesadas
responsabilidades como professor, pesquisador e novo pai. Temos muita sorte, porém, de
contar com o apoio amoroso de nossos cônjuges e familiares, Lynda, Mary, Celia e Aggie. Eles
suportaram heroicamente nossas ausências e preocupações regulares.
XI
Algumas coisas úteis

para saber
Número de Avogadro (6,02 × 1023 moléculas/mol)

O número de Avogadro ( N) é talvez a constante mais importante nas ciências moleculares e
aparece repetidas vezes neste livro. Você sabe como isso foi determinado? Nós não sabíamos,
ou havíamos esquecido se algum dia soubemos. Como se pode medir o número de moléculas
em uma toupeira? E quem fez isso primeiro? Você não encontrará essas informações nos
livros de biologia modernos, em parte porque é história antiga e em parte porque era assunto
de físicos; alguns físicos muito bons também, como veremos.
Amadeo Avogadro não tinha ideia de quantas moléculas havia em 22,4 L de um gás.
Sua hipótese, apresentada em 1811, era simplesmente que volumes iguais de todos os gases
continham o mesmo número de moléculas, independentemente de seu tamanho ou densidade.
Só muito mais tarde, quando a realidade das moléculas era mais amplamente aceita e a base
microscópica para as propriedades dos gases estava sendo trabalhada, foram feitas as
primeiras estimativas. Um professor austríaco chamado Josef Loschmidt usou a teoria cinética
dos gases recentemente desenvolvida por James Clerk Maxwell para estimar quantas moléculas
havia em um centímetro cúbico de ar. Maxwell derivou uma expressão para a viscosidade de
um gás, que é proporcional à densidade do gás, à velocidade média das moléculas e ao seu
caminho livre médio. Este último poderia ser estimado se se conhecesse o tamanho e o número
das moléculas. Loschmidt simplesmente assumiu que, quando um gás é condensado em um
líquido, suas moléculas são compactadas o mais próximo possível, como laranjas expostas em
uma barraca de frutas, e a partir disso ele foi capaz de obter um valor bastante preciso para o
valor de Avogadro. número. Não surpreendentemente, na Áustria, eles costumam se referir a
N como “número de Loschmidt”. Na verdade, foi somente em 1909 que o termo “número de
Avoga-dro” foi sugerido por Jean Perrin, que ganhou o Prêmio Nobel de Física em 1926 (sua
palestra está disponível no site do Nobel, e seu livro intitulado, simplesmente, Atoms [Les
Atomes, 1913, traduzido do original francês por DL Hammick, reimpresso em 1990 pela Ox
Bow Press] é uma leitura altamente recomendada - e acessível. Foi considerado o melhor livro
de física do século XX).
Você pode se surpreender ao descobrir, como nós, que estimar o número de Avogadro foi
um componente importante do doutorado de Albert Einstein. tese. A maravilhosa biografia de
Einstein escrita por Abraham Pais, Sutil é o Senhor (com o subtítulo Science“ and the Life of
Albert Einstein, 1982, Oxford University Press), dedica o capítulo 5, Reality of Molecules, a
esse período da vida do grande físico. vida e trabalho. Einstein encontrou três maneiras
independentes de estimar N: a partir da viscosidade de soluções diluídas de sacarose, de sua
análise do movimento browniano e da dispersão de luz por gases perto do ponto crítico,
incluindo o azul do céu. Como o céu é cinco milhões de vezes menos brilhante do que a luz
solar direta, o número de Avogadro é 6 × 1023. Isso não é romântico?
Mas a de Einstein não foi a última palavra sobre o assunto. De fato, de acordo com Pais,
ele cometeu um “erro elementar, mas não trivial” em sua tese que foi posteriormente corrigido,
e foi realmente Perrin quem reuniu todo o campo com seus experimentos sobre o movimento
browniano. O discurso de apresentação do Nobel contém esta linha:
“Suas medições [de Perrin] sobre o movimento browniano mostraram que a teoria de
Einstein estava em perfeito acordo com a realidade. A partir dessas medições, uma nova
determinação do número de Avogadro foi obtida.”
Para a maioria dos métodos de contagem de moléculas, nem a física nem a matemática
são fáceis de seguir, mas duas são simples de entender. O primeiro vem do decaimento
radioativo, e outro físico ganhador do Prêmio Nobel, Ernest Rutherford. Quando o rádio decai,
ele emite partículas alfa, que são núcleos de hélio. Se você puder contar os eventos de
decaimento radioativo com um contador Geiger e medir o volume de hélio emitido, poderá
estimar o número de Avogadro. A segunda forma é muito mais moderna. Você pode ver
grandes proteínas e ácidos nucléicos com a ajuda de um microscópio eletrônico e contá-los
diretamente!
xii Algumas coisas a saber
Cálculos e Análise de Unidade

Muitos dos problemas deste livro envolvem cálculos. Onde os cálculos são baseados em uma equação (por exemplo,
a equação de Nernst ou a equação para o volume de uma esfera), fornecemos a equação juntamente com uma
breve explicação dos símbolos e, muitas vezes, de seus valores. Muitos cálculos, no entanto, envolvem a conversão
de informações de uma forma para outra forma equivalente. Por exemplo, se a concentração de uma proteína é
10-9 M, quantas moléculas dela estariam presentes em um núcleo mamífero com um volume de 500 ÿm3? Aqui,
uma concentração é dada como M (moles/L), enquanto a resposta desejada é moléculas/núcleo; ambos os valores
são expressos como “número/volume” e o problema é converter um no outro.
Ambos os tipos de cálculo usam constantes e fatores de conversão que podem ou não ser incluídos no
problema. A equação de Nernst, por exemplo, usa a constante do gás R (8,3 × 10–3 kJ/K mol) e a constante de
Faraday F (96 kJ/V mol). E a conversão de moles/L para moléculas/núcleo requer o número de Avogadro N (6,0 ×
1023 moles/mol). Todas as constantes, símbolos e fatores de conversão usados neste livro estão listados nas
Tabelas 1–8 no final do livro, nas páginas 963–966 (incluindo o código genético padrão, o código de aminoácidos
de uma letra, fórmulas geométricas úteis e dados sobre radioisótopos comuns usados em biologia).
Para cada tipo de cálculo, recomendamos fortemente a poderosa estratégia geral conhecida como análise de
unidade (ou análise dimensional). Se as unidades (por exemplo, moles/L) forem incluídas junto com os números nos
cálculos, elas fornecerão uma verificação interna sobre se os números foram combinados corretamente. Se você
cometeu um erro de matemática, as unidades não vão ajudar, mas se você dividiu onde deveria ter multiplicado, por
exemplo, as unidades da resposta não farão sentido: elas gritarão “erro”.
Considere a conversão de 10–9 M (moles/L) em moléculas/núcleo. Na conversão de mols em moléculas, você

multiplica 10–9 por 6 × 1023 (número de Avogadro) ou divide por ele? Se as unidades forem incluídas, a resposta é
clara.
10–9 moles 6 × 1023 moléculas 6 × 1014 moléculas

× = SIM
eu verruga eu
10–9 moles verruga 1,7 × 10–33 mol2

× = NÃO
eu 6 × 1023 moléculas moléculas L
Da mesma forma, na conversão de litros para núcleos, o objetivo é organizar a conversão

fatores de fusão para transformar as unidades na forma desejada.
6 × 1014 moléculas 1L ml cm3 500 µm3 300 moléculas

× × × × =
eu 1000 mL cm3 (104 µm)3 núcleo núcleo
Se você fizer esse cálculo com números puros, deve se preocupar a cada passo se deve dividir ou multiplicar.
Se você anexar as unidades, no entanto, a decisão é óbvia. É importante perceber que qualquer conjunto de fatores
de conversão (corretos) dará a mesma resposta. Se você se sentir mais confortável convertendo litros em onças,
tudo bem, contanto que conheça uma série de fatores de conversão que acabarão por transformar onças em ÿm3.
Existem algumas regras simples para lidar com unidades em cálculos.
1. Quantidades com unidades diferentes não podem ser adicionadas ou subtraídas. (Você não pode
subtraia 3 metros de 10 kJ.)
2. Quantidades com unidades diferentes podem ser multiplicadas ou divididas; basta multiplicar ou dividir as
unidades junto com os números. (Você pode multiplicar 3 metros por 10 kJ; a resposta é 30 kJ metros.)
3. Todos os expoentes não têm unidade. (Você não pode usar 106 mL.)
4. Você não pode obter o logaritmo de uma quantidade com unidades.
Ao longo deste livro, incluímos as unidades para cada elemento em cada cálculo. Se as unidades forem
arranjadas de modo que se cancelem para fornecer as unidades corretas para a resposta, os números se resolverão
sozinhos.
xiii
Conteúdo
problemas
Capítulo 1 Células e Genomas 1
Capítulo 2 Química Celular e Bioenergética 11
Capítulo 3 Proteínas 31
Capítulo 4 DNA, cromossomos e genomas 53
Capítulo 5 Replicação, reparo e recombinação do DNA 77
Capítulo 6 Como as Células Lêem o Genoma: Do DNA à Proteína

105
Capítulo 7 Controle da Expressão Gênica 135
Capítulo 8 Analisando Células, Moléculas e Sistemas 167
Capítulo 9 Visualizando Células 197
Capítulo 10 Estrutura da Membrana 209
Capítulo 11 Transporte por Membrana de Pequenas Moléculas e o

Propriedades Elétricas de Membranas 219
Capítulo 12 Compartimentos Intracelulares e Seleção de Proteínas 237
Capítulo 13 Tráfego de Membrana Intracelular 259
Capítulo 14 Conversão de energia: mitocôndrias e

Cloroplastos 285
Capítulo 15 Sinalização Celular 307
Capítulo 16 O Citoesqueleto 333
Capítulo 17 O Ciclo Celular 361
Capítulo 18 Morte Celular 387
Capítulo 19 Junções celulares e a matriz extracelular 393
Capítulo 20 Câncer 415
Respostas para problemas 435
Respostas a Problemas em Biologia Molecular do

Cell, Sexta Edição 861
Créditos 931
Índice 935
Tabelas 963
xiv
Conteúdo Detalhado
problemas RECOMBINAÇÃO HOMÓLOGA 95
TRANSPOSIÇÃO E CONSERVAÇÃO
Capítulo 1 Células e Genomas 1 RECOMBINAÇÃO ESPECÍFICA DO LOCAL 99
AS CARACTERÍSTICAS UNIVERSAIS DAS CÉLULAS NA TERRA 1 Capítulo 6 Como as Células Lêem o Genoma:
Do DNA à proteína 105
A DIVERSIDADE DOS GENOMAS E A ÁRVORE DA VIDA 4
INFORMAÇÕES GENÉTICAS EM EUCARIOTAS 6 DO DNA PARA O RNA 105
DO RNA À PROTEÍNA 118

Capítulo 2 Química Celular e
11 O MUNDO DO RNA E AS ORIGENS DA VIDA 130
Bioenergética
OS COMPONENTES QUÍMICOS DE UMA CÉLULA 11 Capítulo 7 Controle da expressão gênica 135
UMA VISÃO GERAL DO CONTROLE DE GENE 135

CATÁLISE E USO DE ENERGIA PELAS CÉLULAS 19
CONTROLE DE TRANSCRIÇÃO POR
COMO AS CÉLULAS OBTEM ENERGIA DOS ALIMENTOS 24 PROTEÍNAS DE LIGAÇÃO AO DNA DE SEQUÊNCIA ESPECÍFICA 137
REGULADORES DE TRANSCRIÇÃO INTERRUPTO DE GENES
Capítulo 3 Proteínas 31 LIGADO E DESLIGADO 144
MECANISMOS GENÉTICOS MOLECULARES QUE CRIAM

A FORMA E A ESTRUTURA DAS PROTEÍNAS 31 E MANTER TIPOS DE CÉLULAS ESPECIALIZADOS 149
MECANISMOS QUE REFORÇAM A MEMÓRIA CELULAR

FUNÇÃO DE PROTEÍNA 37
EM PLANTAS E ANIMAIS 154
CONTROLES PÓS-TRANSCRIÇÃO 157

Capítulo 4 DNA, cromossomos e REGULAÇÃO DA EXPRESSÃO GÊNICA POR
Genomas 53 RNAS NÃO CODIFICADO 161
A ESTRUTURA E A FUNÇÃO DO DNA 53

Capítulo 8 Analisando Células, Moléculas e Sistemas
DNA CROMOSSÔMICO E SUA EMBALAGEM
167
NA FIBRA DE CROMATINA 55
ESTRUTURA E FUNÇÃO DA CROMATINA 59 ISOLANDO CÉLULAS E CULTIVANDO-AS

CULTURA 167
A ESTRUTURA GLOBAL DOS CROMOSSOMOS 64
PROTEÍNAS PURIFICANTES 168
COMO OS GENOMAS EVOLUIM 67
ANÁLISE DE PROTEÍNAS 172
ANÁLISE E MANIPULAÇÃO DO DNA 177

Capítulo 5 Replicação, reparo e recombinação
do DNA 77 ESTUDANDO A EXPRESSÃO E FUNÇÃO DE GENE 184
ANÁLISE MATEMÁTICA DAS FUNÇÕES DAS CÉLULAS 190

A MANUTENÇÃO DE SEQUÊNCIAS DE DNA 77
Capítulo 9 Visualizando Células 197

MECANISMOS DE REPLICAÇÃO DE DNA 78
A INICIAÇÃO E CONCLUSÃO DO DNA OBSERVANDO AS CÉLULAS NO MICROSCÓPIO DE LUZ 197

REPLICAÇÃO EM CROMOSSOMOS 84
OBSERVANDO CÉLULAS E MOLÉCULAS NO
REPARAÇÃO DO ADN 90 MICROSCÓPIO ELETRÔNICO 204
Conteúdo Detalhado xv
Capítulo 10 Estrutura da Membrana 209 OS SISTEMAS GENÉTICOS DAS MITOCÔNDRIAS

E CLOROPLASTOS 301
A BILAMADA LIPÍDICA 209
PROTEÍNAS DE MEMBRANA 214 Capítulo 15 Sinalização Celular 307
PRINCÍPIOS DE SINALIZAÇÃO CELULAR 307

Capítulo 11 Transporte por Membrana de
Pequenas Moléculas e a Eletricidade SINALIZAÇÃO ATRAVÉS DE PROTEÍNA-G ACOPLADA
RECEPTORES 312
Propriedades das Membranas 219
SINALIZAÇÃO ATRAVÉS DE ENZIMA ACOPLADA
PRINCÍPIOS DE TRANSPORTE DE MEMBRANA 219 RECEPTORES 320
TRANSPORTADORES E MEMBRANA ATIVA ROTAS ALTERNATIVAS DE SINALIZAÇÃO NO GENE

TRANSPORTE 222 REGULAMENTO 325
CANAIS E PROPRIEDADES ELÉTRICAS SINALIZAÇÃO EM PLANTAS 329

DE MEMBRANAS 227
Capítulo 16 O Citoesqueleto 333

Capítulo 12 Compartimentos Intracelulares e
237 FUNÇÃO E ORIGEM DO CITOESQUELETO 333
Separação de Proteínas
ACTINA E PROTEÍNAS DE LIGAÇÃO À ACTINA 335
A COMPARTMENTALIZAÇÃO DAS CÉLULAS 237
O TRANSPORTE DE MOLÉCULAS ENTRE OS MIOSINA E ACTINA 340
NÚCLEO E O CITOSOLO 240

MICROTÚBULOS 344
O TRANSPORTE DE PROTEÍNAS PARA
MITOCÔNDRIAS E CLOROPLASTIOS 246 FILAMENTOS INTERMEDIÁRIOS E SEPTINS 353
PEROXISOMAS 249 POLARIZAÇÃO CELULAR E MIGRAÇÃO 356
RETÍCULO ENDOPLASMÁTICO 252

Capítulo 17 O Ciclo Celular 361
VISÃO GERAL DO CICLO CELULAR 361

Capítulo 13 Membrana Intracelular
tráfego 259 O SISTEMA DE CONTROLE DO CICLO CELULAR 364
FASE S 366
OS MECANISMOS MOLECULARES DA MEMBRANA
MITOSE 368
TRANSPORTE E MANUTENÇÃO DE
CITOCINESE 376
DIVERSIDADE COMPARTIMENTAL 259
MEIOSE 379
TRANSPORTE DO ER ATRAVÉS DO
CONTROLE DA DIVISÃO CELULAR E CRESCIMENTO CELULAR 380
APARELHO DE GOLGI 264
TRANSPORTE DA REDE TRANS GOLGI

Capítulo 18 Morte Celular 387
AOS LISOSOMOS 269
TRANSPORTE DO PLASMA PARA A CÉLULA

Capítulo 19 Junções celulares e o
MEMBRANA: ENDOCITOSE 272
Matriz extracelular 393
TRANSPORTE DA REDE TRANS GOLGI
PARA O EXTERIOR DA CÉLULA: EXOCITOSE 277 JUNÇÕES CÉLULA-CÉLULA 393
A MATRIZ EXTRACELULAR DOS ANIMAIS 403
Capítulo 14 Conversão de Energia: JUNÇÕES CÉLULA-MATRIZ 408

Mitocôndrias e Cloroplastos 285
A PAREDE DA CÉLULA DA PLANTA 410
A MITOCÔNDRIA 285
Capítulo 20 Câncer 415

AS BOMBAS DE PRÓTONS DO ELETRÔ
CADEIA DE TRANSPORTE 287
O CÂNCER COMO UM PROCESSO MICROEVOLUCIONÁRIO 415
PRODUÇÃO DE ATP NAS MITOCÔNDRIAS 292
GENES CRÍTICOS PARA O CÂNCER: COMO SÃO
CLOROPLASTOS E FOTOSSÍNTESE 296 ENCONTRARAM E O QUE FAZEM 418
XVI Conteúdo Detalhado
PREVENÇÃO E TRATAMENTO DO CÂNCER:

PRESENTE E FUTURO 426
Respostas para problemas 435
Respostas para problemas em biologia molecular da

célula, sexta edição 861
Créditos 931
Índice 935
Tabela 1 Constantes 963

Tabela 2 Variáveis 963
Tabela 3 Unidades 964
Tabela 4 Prefixos 965
Tabela 5 Fórmulas geométricas 965
Tabela 6 Isótopos Radioativos 965

Tabela 7 O Código Genético 966
Tabela 8 Aminoácidos e Códons 966
problemas
Uma criatura marinha avistada entre

Antibes e Nice em 1562.
Nunca saberemos exatamente o que a

pessoa que desenhou esta imagem
realmente viu, mas é duvidoso que ela
(ou ela) a tenha inventado completamente.
Qualquer um que tenha feito um curso de
histologia saberá como é difícil aprender a
ver e abstrair detalhes salientes e precisos
de uma cena completamente desconhecida.
Isso é importante para os biólogos celulares;
é natural interpretar o desconhecido em
termos do que você já conhece, cegando-o
para o novo mais verdadeiro. Este tema
percorre as imagens de abertura deste livro,
mas se você estiver curioso para saber como
a “criatura do mar” realmente se parecia,
vá para a seção de Respostas.
Capítulo 1 11
CAPÍTULO
Células e Genomas 1
AS CARACTERÍSTICAS UNIVERSAIS DAS CÉLULAS NA TERRA NESTE CAPÍTULO
TERMOS PARA APRENDER AS CARACTERÍSTICAS UNIVERSAIS DE

aminoácido RNA mensageiro (mRNA) tradução de transcrição de CÉLULAS NA TERRA
Genoma do gene da nucleotídeo ácido ribonucleico
enzima de membrana plasmática (RNA) A DIVERSIDADE DOS GENOMAS
polipeptídeo E A ÁRVORE DA VIDA

replicação do DNA proteína
INFORMAÇÕES GENÉTICAS EM
DEFINIÇÕES EUCARIONTES
Combine cada definição abaixo com seu termo na lista acima.
1–1 Barreira seletiva em torno de uma célula viva que permite que a célula concentre
nutrientes, retenha produtos e excrete resíduos.
1–2 Uma proteína que catalisa uma reação química específica.
1–3 e cópia de uma fita de DNA em uma sequência de RNA complementar.
1–4 Processo pelo qual a sequência de nucleotídeos em uma molécula de mRNA direciona a
incorporação de aminoácidos em proteínas.
1–5 Região do DNA que controla uma característica hereditária discreta de um organismo,
geralmente correspondendo a uma única proteína (ou conjunto de variantes alternativas de
proteínas) ou a um RNA estrutural, catalítico ou regulador.
1–6 Molécula de RNA que especifica a sequência de aminoácidos de uma proteína.
1–7 e blocos de construção de proteínas.
1–8 A informação genética total de uma célula ou organismo incorporada em sua sequência
completa de DNA.
VERDADEIRO FALSO
Decida se cada uma dessas afirmações é verdadeira ou falsa e explique por quê.
1–9 Os genes e suas proteínas codificadas são colineares; ou seja, a ordem dos aminoácidos
nas proteínas é a mesma que a ordem dos códons no RNA e no DNA.
1–10 DNA e RNA usam o mesmo alfabeto de quatro letras.
PROBLEMAS DE PENSAMENTO
1–11 A “vida” é fácil de reconhecer, mas difícil de definir. O dicionário define vida como “o estado
ou qualidade que distingue os seres vivos ou organismos dos mortos e da matéria inorgânica,
caracterizada principalmente pelo metabolismo, crescimento e capacidade de se reproduzir
e responder a estímulos”.
2 Capítulo 1: Células e Genomas
Os livros didáticos de biologia geralmente elaboram um pouco; por exemplo, de acordo com
um texto popular, os seres vivos
1. São altamente organizados em comparação com os objetos inanimados naturais.
2. Apresentar homeostase, mantendo um ambiente interno relativamente constante.
3. Reproduza-se.
4. Cresça e se desenvolva a partir de um começo simples.
5. Retirar energia e matéria do ambiente e transformá-lo.
6. Responda aos estímulos.
7. Mostrar adaptação ao seu ambiente.
Pontue um carro, um cacto e você mesmo com relação a essas sete características.
1–12 A NASA pediu para você projetar um módulo que identificará sinais de vida em
Marte. O que seu módulo irá procurar?
1–13 Você embarcou em um ambicioso projeto de pesquisa: criar vida em um tubo de ensaio. Você
ferve uma rica mistura de extrato de levedura e aminoácidos em um copo junto com uma
pitada de sais inorgânicos conhecidos por serem essenciais para a vida. Você fecha a
peça e deixa esfriar. Depois de vários meses, o líquido está claro como sempre e não há
sinais de vida. Um amigo sugere que excluir o ar foi um erro, já que a maior parte da vida
como a conhecemos requer oxigênio. Você repete o experimento, mas desta vez deixa a
pergunta aberta para a atmosfera. Para sua grande alegria, o líquido torna-se turvo após
alguns dias e, ao microscópio, você vê lindas células pequenas que estão claramente
crescendo e se dividindo. Esse experimento prova que você conseguiu gerar uma nova
forma de vida? Como você pode redesenhar seu experimento para permitir a entrada de
ar na peça, mas eliminar a possibilidade de que a contaminação seja a explicação para
os resultados?
1–14 O código genético (ver Tabelas 7 e 8, página 966) especifica todo o conjunto de
códons que relacionam a sequência de nucleotídeos do mRNA à sequência de
aminoácidos das proteínas codificadas. Desde que o código foi decifrado há quase quatro
décadas, alguns afirmaram que deve ser um acidente congelado, enquanto outros
argumentaram que foi moldado pela seleção natural.
Uma característica marcante do código genético é sua resistência inerente aos
efeitos da mutação. Por exemplo, uma mudança na terceira posição de um códon
geralmente dá origem ao mesmo aminoácido ou a um com propriedades químicas
semelhantes. Mas o código natural é mais resistente à mutação (menos suscetível a
erros) do que outras versões possíveis? A resposta é um enfático “Sim”, conforme
ilustrado na Figura 1–1. Apenas um em um milhão de códigos “aleatórios” gerados por
computador é mais resistente a erros do que o código genético natural.
A extraordinária resistência à mutação do código genético argumenta a favor de sua
origem como um acidente congelado ou como resultado da seleção natural?
Explique seu raciocínio.
25
20
15
(milhares)
códigos
número
de
Figura 1–1 Suscetibilidade à mutação do código
natural mostrada em relação a milhões de
10
código outros códigos genéticos alternativos gerados
natural
por computador (Problema 1–14).
5 A suscetibilidade mede a mudança média
nas propriedades dos aminoácidos causada por
0 mutações aleatórias em um código genético.
0 5 10 15 20 Um valor pequeno indica que as mutações
suscetibilidade à mutação tendem a causar apenas pequenas alterações.
AS CARACTERÍSTICAS UNIVERSAIS DAS CÉLULAS NA TERRA 3
1–15 Você começou a caracterizar uma amostra obtida das profundezas dos oceanos em
Europa, uma das luas de Júpiter. Para sua surpresa, a amostra contém uma forma
de vida que cresce bem em um caldo rico. Sua análise preliminar mostra que é celular
e contém DNA, RNA e proteína. Quando você mostra seus resultados a uma colega,
ela sugere que sua amostra foi contaminada com um organismo da Terra. Que
abordagens você pode tentar distinguir entre contaminação e uma nova forma de vida
celular baseada em DNA, RNA e proteína?
1–16 Na década de 1940, Erwin Charga fez a notável observação de que, em amostras de DNA
de uma ampla gama de organismos, a porcentagem molar de G [G/(A+T+C+G)] era
igual à porcentagem molar de C , e as porcentagens molares de A e T eram iguais.
Essa era uma pista essencial para a estrutura do DNA. No entanto, as “regras” de
Charga não eram universais. Por exemplo, no DNA do vírus X174, que possui um
genoma de fita simples, as porcentagens molares são A = 24, C = 22, G = 23 e T =
31. Qual é a base estrutural para as regras de Charga, e como é que o DNA de X174
não obedece as regras?
1–17 Em 1944, no início de seu livro What is Life, o grande físico Erwin Schr Ödinger (famoso
por gatos) fez a seguinte pergunta: “Como podem os eventos no tempo e no espaço
que ocorrem dentro dos limites espaciais de um organismo vivo ser explicado pela
física e pela química?” Qual seria sua resposta hoje? Você acha que existem
propriedades peculiares dos sistemas vivos que desobedecem às leis da física e da
química?
1–18 Qual das seguintes opções descreve corretamente as relações de codificação (produto
modelo - placa) para replicação, transcrição e tradução?
A. DNA DNA
B. ADN ARN
C. DNA proteína D.
RNA DNA
E. ARN ARN
F. Proteína de RNA
G. Proteína de DNA
H. Proteína de RNA I.
Proteína de proteína
CÁLCULOS
1–19 Um ser humano adulto é composto por cerca de 1.013 células, todas derivadas da divisão
celular de um único óvulo fertilizado.
A. Supondo que todas as células continuem a se dividir (como bactérias em meio rico),
quantas gerações de divisões celulares seriam necessárias para produzir 1013
células?
B. Células humanas em cultura se dividem cerca de uma vez por dia. Supondo que todas
as células continuem a se dividir nessa taxa durante o desenvolvimento, quanto
tempo levaria para gerar um organismo adulto?
C. Por que você acha que os humanos adultos demoram mais para se desenvolver do
que esses cálculos podem sugerir?
1–20 Existem 21.000 genes codificadores de proteínas no genoma humano. Se você

quisesse usar um trecho do DNA de cada gene como uma marca de identificação
única, aproximadamente qual comprimento mínimo de sequência de DNA você
precisaria? Para ser único, o comprimento do DNA em nucleotídeos teria que ter uma
diversidade (o número de diferentes sequências possíveis) equivalente a pelo menos
21.000 e teria que estar presente uma vez no genoma humano haploide (3,2 × 10
9
nucleotídeos) . (Suponha que A, T, C e G estão presentes em quantidades iguais no
genoma humano.)
1–21 O crescimento celular depende da absorção de nutrientes e eliminação de resíduos.

Você pode imaginar, portanto, que a taxa de movimento de nutrientes e resíduos
produtos através da membrana celular seria um determinante importante da taxa de

crescimento celular. Existe uma correlação entre a taxa de crescimento de uma
célula e sua relação superfície-volume? Supondo que as células sejam esferas,
compare uma bactéria (raio 1 ÿm), que se divide a cada 20 minutos, com uma célula
humana (raio 10 ÿm), que se divide a cada 24 horas. Existe uma correspondência
entre as proporções superfície-volume e os tempos de duplicação dessas células?
[e área da superfície de uma esfera = 4r2; o volume = (4/3)r3.]
A DIVERSIDADE DOS GENOMAS E A ÁRVORE DA VIDA

TERMOS PARA APRENDER
família de organismo vírus
genes modelo homólogo procarioto
eucariotos mutação parálogo
de bactérias archaea ortólogo
DEFINIÇÕES
1–22 Um pequeno pacote de material genético que evoluiu como um parasita no

maquinário reprodutivo e biossintético das células hospedeiras.
1–23 Organismo selecionado para estudo intensivo como representante de um grande grupo
de espécies.
1–24 Uma das duas divisões de procariotos, normalmente encontrados em ambientes hostis,
como fontes termais ou salmoura concentrada.
1–25 O termo geral para genes relacionados por descendência.
1–26 Organismo vivo composto por uma ou mais células com núcleo e citoplasma distintos.
1–27 Principal categoria de células vivas que se distinguem pela ausência de um núcleo.
VERDADEIRO FALSO
1–28 A grande maioria da fixação de CO2 nos compostos orgânicos necessários para
a biossíntese posterior é realizada por fototróficos.
1–29 Cada membro da família de genes da hemoglobina humana, que consiste em sete genes
arranjados em dois grupos em diferentes cromossomos, é um ortólogo para todos
os outros membros.
1–30 Não é tão difícil imaginar o que significa alimentar-se das moléculas orgânicas
produzidas pelos seres vivos. Afinal, é isso que fazemos. Mas o que significa
“alimentar-se” da luz solar, como fazem os fototróficos? Ou, ainda mais estranho,
“alimentar-se” de rochas, como fazem os litotróficos? Onde está o “alimento”,
por exemplo, na mistura de produtos químicos (H2S, H2, CO, Mn+, Fe2+, Ni2+,
CH4 e NH4 +) expelidos de uma fonte hidrotérmica?
1–31 No fundo dos mares, onde fontes hidrotermais despejam seus produtos químicos no
oceano, não há luz e há pouco oxigênio, mas vermes tubulares gigantes (com 2
metros de comprimento) vivem felizes lá. Essas criaturas notáveis não têm boca
nem ânus, vivendo em vez dos produtos excretores e células mortas de suas
bactérias litotróficas simbióticas. Esses vermes tubulares são vermelhos brilhantes
porque contêm grandes quantidades de hemoglobina, que é fundamental para a
sobrevivência de suas bactérias simbióticas e, portanto, dos vermes. é
A DIVERSIDADE DOS GENOMAS E A ÁRVORE DA VIDA 5
a hemoglobina especializada transporta O 2 e H 2S. Além de fornecer O 2 para o

metabolismo oxidativo do verme tubular, que papel essa hemoglobina especializada
pode desempenhar na relação simbiótica que é crucial para a vida nesse ambiente hostil?
1–32 e reação geral para a produção de glicose (C 6 H12 O 6) pela fotossíntese oxigênica
(geradora de oxigênio),
6 CO2 + 6 H2O + luz C6H12 O 6 + 6 O 2 (Equação 1)
foi amplamente interpretado como significando que a luz dividiu o CO 2 para gerar O 2 e
que o carbono se uniu à água para gerar glicose. Na década de 1930, um estudante de
pós-graduação da Universidade de Stanford, CB van Neil, mostrou que a estequiometria
da fotossíntese por bactérias sulfurosas roxas era
6 CO2 + 12 H2S + luz C6H12O6 + 6 H2O + 12 S (Equação 2)
Com base nessa estequiometria, ele sugeriu que o oxigênio gerado durante a fotossíntese
oxigênica derivava da água, não do CO 2. Sua hipótese foi confirmada duas décadas
depois, usando água marcada isotopicamente. No entanto, como é que o 6 H 2 O na
Equação 1 pode dar origem a 6 O 2? Você pode sugerir como a Equação 1 pode ser
modificada para esclarecer exatamente como os produtos são derivados dos reagentes?
1–33 Quantas árvores diferentes possíveis (padrões de ramificação) podem, em teoria, ser
desenhadas para mostrar a evolução de bactérias, archaea e eucariotos, assumindo que
todas surgiram de um ancestral comum?
1–34 Os genes para o RNA ribossômico são altamente conservados (relativamente poucas
mudanças de sequência) em todos os organismos da Terra; assim, eles evoluíram muito
lentamente ao longo do tempo. Esses genes “nasceram” perfeitos?
1–35 Vários genomas procarióticos foram completamente sequenciados e seus genes

codificadores de proteínas foram contados. Mas como você supõe que alguém reconheça
um gene em uma sequência de Ts, As, Cs e Gs?
1–36 Qual dos processos listados abaixo NÃO contribui significativamente para a evolução de
novos genes? Por que não?
A. Duplicação de genes para criar cópias extras que podem adquirir novas funções -
ções
B. Formação de novos genes a partir de DNA não-codificante no genoma C. Transferência
horizontal de DNA entre células de espécies diferentes D. Mutação de genes
existentes para criar novas funções E. Mudança de domínios de
genes por rearranjo gênico
1–37 Os genes que participam de processos informacionais, como replicação, transcrição e

tradução, são transferidos entre espécies com muito menos frequência do que os genes
envolvidos no metabolismo. A base para esta desigualdade não é clara no momento,
mas uma sugestão é que ela se relaciona com a complexidade subjacente dos dois tipos
de processos. Os processos informacionais tendem a envolver grandes agregados de
diferentes produtos gênicos, enquanto as reações metabólicas são geralmente catalisadas
por enzimas compostas por uma única proteína.
A. Archaea estão mais intimamente relacionados com bactérias em seus genes metabólicos,
mas são mais semelhantes aos eucariontes nos genes envolvidos em processos
informacionais. Em termos de descendência evolutiva, você acha que as archaea se
separaram mais recentemente das bactérias ou eucariontes?
B. Por que a complexidade do processo subjacente — informacional ou metabólico — teria
algum efeito sobre a taxa de transferência horizontal de genes?
1–38 Por que você acha que a transferência horizontal de genes é mais prevalente em
organismos unicelulares do que em organismos multicelulares?
1–39 Você está interessado em descobrir a função de um determinado gene no genoma do

camundongo. Você sequenciou o gene, definiu a porção que
códigos para seu produto proteico e pesquisou os bancos de dados apropriados; no

entanto, nem o gene nem a proteína codificada se assemelham a nada visto antes. Que
tipos de informações sobre o gene ou a proteína codificada você gostaria de saber para
restringir as possíveis funções e por quê? Concentre-se nas informações que deseja, e
não nas técnicas que pode usar para obtê-las.
CÁLCULOS
1–40 A seleção natural é uma força tão poderosa na evolução porque as células com uma
pequena vantagem de crescimento rapidamente superam seus concorrentes. Para
ilustrar esse processo, considere uma cultura de células que contém inicialmente 106
células bacterianas, que se dividem a cada 20 minutos. Uma única célula nesta cultura
adquire uma mutação que permite que ela se divida com um tempo de geração de
apenas 15 minutos. Supondo que haja um suprimento ilimitado de alimentos e nenhuma
morte celular, quanto tempo levaria até que a progênie da célula mutante se tornasse
predominante na cultura? O número de células N na cultura no tempo t é descrito pela
equação N = N0 × 2t/ G, onde N0 é o número de células no tempo zero e G é o tempo
de geração. (Antes de fazer o cálculo, faça um palpite: você acha que levaria cerca de
um dia, uma semana, um mês ou um ano?)
INFORMAÇÕES GENÉTICAS EM EUCARIOTAS
VERDADEIRO FALSO
1–41 As células eucarióticas contêm mitocôndrias ou cloroplastos, mas não ambos.
1–42 A maioria das sequências de DNA em um genoma bacteriano codifica proteínas, enquanto
a maioria das sequências de DNA no genoma humano não.
1–43 A única transferência horizontal de genes que ocorreu em animais é do

genoma mitocondrial para o genoma nuclear.
1–44 As células animais não possuem paredes celulares nem cloroplastos, enquanto as células
vegetais possuem ambos. As células fúngicas estão em algum lugar no meio; eles têm
paredes celulares, mas não possuem cloroplastos. As células fúngicas são mais
provavelmente células animais que ganharam a capacidade de fazer paredes celulares
ou células vegetais que perderam seus cloroplastos? Essa questão representou uma
questão difícil para os primeiros pesquisadores que buscavam atribuir relações
evolutivas baseadas apenas nas características e morfologia das células. Como você
acha que essa questão acabou sendo decidida?
1–45 A giardíase é uma forma aguda de gastroenterite causada pelo parasita protozoário Giardia
lamblia. Giardia é um eucarioto fascinante; ele contém um núcleo, mas nenhuma
mitocôndria e nenhum retículo endoplasmático reconhecível ou aparelho de Golgi - um
dos exemplos muito raros de tal organização celular entre os eucariotos. Essa
organização pode ter surgido porque Giardia é uma linhagem antiga que se separou do
restante dos eucariontes antes que as mitocôndrias fossem adquiridas e as membranas
internas desenvolvidas. Ou pode ser uma versão simplificada de um eucarioto mais
padrão que perdeu essas estruturas porque não são necessárias no estilo de vida
parasitário que adotou. Como você poderia usar comparações de sequências de
núcleos otídeos para distinguir entre essas alternativas?
1–46 As taxas de evolução parecem variar em diferentes linhagens. Por exemplo, a taxa de
evolução na linhagem de ratos é significativamente maior do que na
INFORMAÇÕES GENÉTICAS EM EUCARIOTAS 7
linhagem humana. Essas diferenças de taxa são aparentes se olharmos para

mudanças nas sequências de nucleotídeos que codificam proteínas e estão
sujeitas a pressão seletiva ou para mudanças em sequências de nucleotídeos
não codificantes, que não estão sob pressão de seleção óbvia. Você pode
oferecer uma ou mais explicações possíveis para a taxa mais lenta de mudança
evolutiva na linhagem humana versus a linhagem dos ratos?
TRATAMENTO DE DADOS
1–47 É difícil obter informações sobre o processo de transferência gênica do genoma

mitocondrial para o nuclear em animais porque há poucas diferenças entre seus
genomas mitocondriais. O mesmo conjunto de 13 (ou ocasionalmente 12) genes
de proteínas é codificado em todos os numerosos genomas mitocondriais de
animais que foram sequenciados. Nas plantas, porém, a situação é diferente,
com um pouco mais de variabilidade nos conjuntos de proteínas codificadas nos
genomas mitocondriais. A análise de plantas pode, portanto, fornecer informações
valiosas sobre o processo de transferência de genes.
O gene respiratório Cox2, que codifica a subunidade 2 da citocromo
oxidase, foi transferido funcionalmente para o núcleo durante a evolução da
planta florescente. Extensas análises de gêneros de plantas identificaram o
tempo de aparecimento da forma nuclear do gene e identificaram vários
intermediários prováveis na perda final do genoma mitocondrial. Um resumo das
distribuições do gene Cox2 entre mitocôndrias e núcleos, junto com dados sobre
sua transcrição, é mostrado em um contexto filogenético na Figura 1-2.
A. Supondo que a transferência do gene mitocondrial para o núcleo ocorreu apenas

uma vez (uma suposição apoiada pelas estruturas dos genes nucleares), indique
o ponto na árvore filogenética onde ocorreu a transferência.
B. Existem exemplos de gêneros nos quais o gene transferido e o gene mitocondrial

parecem funcionais? Indique-os.
C. Qual é o número mínimo de vezes que o gene mitocondrial foi inativado ou
perdido? Indique esses eventos na árvore filogenética.
RNA GÊNICO
mt nuc mt nuc
Pisum +–+–
Clitoria +–+–
Tefrosia +–+–
Galáxia +–+–
Canavalia +–+–
Lespedeza + +++
Eriosema –+–+
Atilosia –+–+
Eritrina –+–+
Ramirezella –+–+
Vigna –+–+
Faseolo –+–+
Amanhã + +++
Calopogônio + ++–
Pachyrizus + ++–
Colônia +–+–
Puerária +–+–
Pseudeminia + +++
pseudovigna + ++– Figura 1–2 Resumo da distribuição do
Ortholobium –+–+
gene Cox2 e dados de transcrição em
Psoralea –+–+ um contexto filogenético (Problema 1–47).
Cullen –+–+ A presença do gene intacto ou do transcrito
glicina ++–+ funcional (RNA) é indicada por (+); a ausência
do gene intacto ou do transcrito funcional é
Neonotônia + +++
indicada por (-). mt, mitocôndrias; núcleo,
Teramno +–+–
Anficarpa + +++ núcleo.
D. Qual é o número mínimo de vezes que o gene nuclear foi inativado ou perdido? Indique
esses eventos na árvore filogenética.
E. Com base nessas informações, proponha um esquema geral de transferência de genes
mitocondriais para o genoma nuclear.
1–48 Embora as etapas do processo de transferência do gene mitocondrial possam ser deduzidas
de estudos como o da questão anterior, há muito menos informações sobre o mecanismo
pelo qual o gene é transferido da mitocôndria para o núcleo. Um fragmento de DNA
escapa da mitocôndria e entra no núcleo? Ou a transferência de alguma forma envolve
um transcrito de RNA do gene como intermediário? O gene Cox2 fornece uma janela
única sobre esta questão. Em algumas espécies, é encontrado no genoma mitocondrial;
em outros, no genoma nuclear. Ocorre que o transcrito inicial do gene mitocondrial Cox2
é modificado pela edição do RNA, processo que transforma várias citosinas específicas
em uracilos. Como essa observação pode permitir que você decida se o intermediário
informativo na transferência foi o DNA ou o RNA? Qual você acha que é a resposta?
1–49 Alguns genes evoluem rapidamente, enquanto outros são altamente conservados. Mas como
podemos saber se um gene evoluiu rapidamente ou simplesmente demorou muito para
divergir de seus parentes? A abordagem mais confiável é comparar vários genes das
mesmas duas espécies, conforme mostrado para ratos e humanos na Tabela 1-1. Duas
medidas de taxas de substituição de nucleotídeos são indicadas na tabela. Alterações
não sinônimas referem-se a alterações de núcleo único na sequência de DNA que
alteram o aminoácido codificado (ATC TTC, que é IF, por exemplo). Alterações sinônimas
referem-se àquelas que não alteram o aminoácido codificado (ATC ATT, que é II, por
exemplo). (Como é evidente no código genético, consulte as Tabelas 7 e 8 na página 966,
os aminoácidos individuais são tipicamente codificados por múltiplos códons.)
A. Por que existem diferenças tão grandes entre as taxas sinônimas e não sinônimas de
substituição de nucleotídeos?
B. Considerando que as taxas de mudanças sinônimas são aproximadamente as mesmas
para todos os três genes, como é possível que o gene da histona H3 resista tão
eficientemente às mudanças de nucleotídeos que alteram a sequência de aminoácidos?
C. Em princípio, um gene pode ser altamente conservado porque existe em um local
“privilegiado” no genoma que está sujeito a taxas de mutação muito baixas. Que
característica dos dados na Tabela 1-1 argumenta contra essa possibilidade para o gene
his tone H3?
TABELA 1–1 Taxas de substituições de nucleotídeos em três genes de ratos e

humanos (Problema 1–49).
Taxas de mudança
Gene Aminoácidos não sinônimo Sinônimo
Histona H3 135 0,0 4.5
Hemoglobina 141 0,6 4.4
Interferon 136 3.1 5.5
As taxas são expressas como alterações de nucleotídeos por local por 109 anos. A
taxa média de mudanças não sinônimas para várias dezenas de genes de ratos e
humanos é de cerca de 0,8.
1–50 As hemoglobinas vegetais foram encontradas inicialmente em leguminosas, onde funcionam

em nódulos radiculares para diminuir a concentração de oxigênio, de modo que as
bactérias residentes possam x nitrogênio. Essas hemoglobinas conferem uma cor rosa
característica aos nódulos radiculares. Quando esses genes foram descobertos pela primeira vez, era
INFORMAÇÕES GENÉTICAS EM EUCARIOTAS 9
Figura 1–3 Árvore filogenética para

genes de hemoglobina de uma variedade
VERTEBRADOS de espécies (Problema 1–50). As leguminosas
Baleia são mostradas em verde. Os comprimentos das
Coelho
Gato linhas que conectam as espécies atuais
Frango
cobra representam as distâncias evolutivas que as
Salamandra Humano
separam.
Vaca
Sapo
peixe dourado
Cevada
Minhoca PLANTAS
Lótus
Alfafa
Inseto Feijão
amêijoa
INVERTEBRADOS Chlamydomonas
Nematóide
PROTOZOÁRIOS
Paramécio
tão surpreendente encontrar um gene típico do sangue animal que foi levantada a hipótese
de que o gene vegetal surgiu por transferência horizontal de algum animal.
Muitos outros genes de hemoglobina
Q1.3 já foram sequenciados, e uma árvore filogenética
baseada em algumas dessas sequências é mostrada na Figura 1-3.

A. Esta árvore apóia ou refuta a hipótese de que o hemoglob da planta
ins surgiu por transferência horizontal de genes?
B. Supondo que os genes da hemoglobina vegetal tenham sido originalmente derivados de um
nematoide parasita, por exemplo, como você esperaria que a árvore filogenética se
parecesse?
Figura 01-03 Problema 01-50

ESTILO MCAT
Árvore filogenética para genes de hemoglobina da Passagem 1 (Questões 1–
51 a 1–53)naturais”)
“produtos
organismos uma
marinhos
leguminosas
verde.
variedade
libras
são
são
uma
são
com
uma
de rica
espécies.
mostradas
atividades
fonte
fonte
particularmente
de
AsMoléculas
biológicas
milho encontradas
que são úteisna
como
natureza
drogas.
(denominadas
Os
boa de produtos naturais. Imagine que você é um biólogo marinho em busca
de novos produtos naturais para uso como drogas anticancerígenas. Ao mergulhar em um recife de
coral perto do
Tahiti, você percebe uma esponja incomum que nunca viu antes. Você coleta uma amostra, leva para o
laboratório, faz um extrato e descobre que contém um composto que mata as células cancerígenas,
mas não as células normais. Você quer aprender mais sobre o composto ativo e como ele é produzido.
Com base em estudos anteriores, você suspeita que possa vir de bactérias ou archaea que vivem em
simbiose com a esponja, que é um eucarioto.
1–51 Para denir a origem do composto, você inicialmente deseja determinar se a amostra de esponja
contém bactérias ou archaea e, em caso afirmativo, quantos tipos diferentes. Qual seria a
maneira mais informativa de fazer isso?
A. Compare as sequências dos genes que codificam o RNA ribossômico para todos
as células que fazem parte da amostra de esponja.
B. Cultive cada um dos microorganismos e depois teste sua suscetibilidade a
antibióticos que matam bactérias ou archaea.
C. Cultive os microorganismos e classifique-os de acordo com suas necessidades

nutricionais e vias bioquímicas.
D. Examine os microorganismos ao microscópio para ver se eles se parecem com
bactérias ou archaea.
1–52 Você eventualmente consegue cultivar vários tipos de bactérias da esponja. Para sua
surpresa, você descobre que duas bactérias muito diferentes produzem o mesmo
composto anticancerígeno. Você sequencia seus genomas e descobre que a grande
maioria de seus genes são únicos para cada tipo de bactéria ou mostram diferenças
significativas de sequência. No entanto, vários genes são quase idênticos. Você
suspeita que um ou mais dos genes quase idênticos estão envolvidos na produção
do composto. Como é que bactérias tão divergentes podem ter genes quase idênticos?
As bactérias A. e obtiveram os genes por transferência horizontal da esponja. As

B. bactérias compartilharam os genes por transferência horizontal de um plasmídeo.
C. Os genes são de um ancestral comum dos dois tipos de bactérias. Os genes
D. tornaram-se quase idênticos pela evolução convergente.
1–53 Você identifica um gene que pode desempenhar um papel essencial na via biossintética
que produz o composto. Qual seria a maneira mais rápida de obter pistas sobre a
função ou atividade bioquímica da proteína codificada por esse gene?
A. Compare a sequência do gene com todas as outras sequências de genes para ver se é
semelhantes aos genes conhecidos.
B. Expressar e purificar a proteína codificada pelo gene e estudar sua enzima
funções in vitro.
C. Expresse o gene em E. coli e determine se E. coli pode agora produzir o composto.
D. Faça mutações no gene e determine como elas afetam a síntese do composto.

Capítulo 2 11
CAPÍTULO
Química Celular e
Bioenergética 2
OS COMPONENTES QUÍMICOS DE UMA CÉLULA NESTE CAPÍTULO
TERMOS PARA APRENDER OS COMPONENTES QUÍMICOS
atração eletrostática força hidrofóbica ligação de DE UMA CÉLULA
hidrogênio macromolécula íon hidrônio (H3O+)

tampão CATÁLISE E USO DE
escala de pH próton hidrofílico (H+)
ENERGIA POR CÉLULAS
ácido base grupo van der Waals hidrofóbico atração
químico ligação covalente
COMO AS CÉLULAS OBTEM ENERGIA
DE COMIDA
DEFINIÇÕES
2–1 Força exercida pela rede de ligações de hidrogênio de moléculas de água que une duas
superfícies apolares excluindo a água entre elas.
2–2 Ligação não covalente na qual um átomo de hidrogênio eletropositivo é parcialmente

compartilhado por dois átomos eletronegativos.
2–3 Substância que libera prótons quando dissolvida em água, formando um íon hidrônio (H3O+).
2–4 Tipo de ligação não covalente que é formada em uma faixa próxima entre átomos não
polares.
VERDADEIRO FALSO
2–5 Uma solução 10–8 M de HCl tem um pH de 8.
2–6 Ácidos fortes ligam prótons fortemente. 50
2–7 A maioria das interações entre macromoléculas pode ser mediada tanto por ligações
covalentes quanto por ligações não covalentes. 40
30
2–8 A massa de um átomo de hidrogênio - e, portanto, de um próton - é quase exatamente 1
(porcentagem)
abundância
relativa
dalton. Se prótons e nêutrons têm massas virtualmente idênticas e a massa de um elétron é 20

desprezível, todos os elementos não deveriam ter pesos atômicos quase inteiros? Uma
leitura atenta da tabela periódica mostra que essa simples expectativa não é verdadeira. O
10
cloro, por exemplo, tem um peso atômico de 35,5. Como é que os elementos podem ter
pesos atômicos que não são inteiros?
0
HCON Ca & que P outros
&
2–9 C, H e O respondem por 95% dos elementos nos organismos vivos (Figura 2-1). Esses mg k
átomos estão presentes na proporção C:2H:O, que equivale à fórmula geral dos carboidratos elementos
(CH2O). Isso significa que os organismos vivos são principalmente açúcar? Por que ou por Figura 2–1 Abundância de elementos em
que não? organismos vivos (Problema 2–9).
12 Capítulo 2: Química Celular e Bioenergética
Figura 2–2 Modelos de preenchimento espacial

de H2O e H2S (Problema 2–11).
água (H2O ) sulfeto de hidrogênio (H2S )
2–10 Ordene a seguinte lista de processos em termos de seu conteúdo de energia dos Problemas
menor para o maior. p2.02/2.02
A. Hidrólise de ATP nas células.
B. Movimentos térmicos médios.
C. Ligação C–C.
D. Oxidação completa da glicose.
E. Ligação não covalente em água.
2–11 O oxigênio e o enxofre têm propriedades químicas semelhantes porque ambos os elementos
têm seis elétrons em suas camadas eletrônicas mais externas. De fato, tanto o oxigênio
quanto o enxofre formam moléculas com dois átomos de hidrogênio: água (H2O) e
sulfeto de hidrogênio (H2S) (Figura 2–2). Surpreendentemente, a água é um líquido,
mas o H2S é um gás, embora o enxofre seja muito maior e mais pesado que o oxigênio.
Proponha uma explicação para essa notável diferença.
2–12 O que você acha que significa o “p” em pH?
2–13 Imagine que você dissolve alguns cristais de cloreto de sódio, acetato de potássio e cloreto
de amônio em béqueres separados com água. Preveja se os valores de pH das soluções
resultantes seriam ácidos, neutros ou básicos. Explique seu raciocínio.
2–14 Em solução com pH = 1, o aminoácido glicina (+H3NCH2COOH) possui dois grupos

ionizáveis: o grupo ácido carboxílico (–COOH) e o grupo amina básica (–NH3 +). A
adição de NaOH a esta solução fornece a curva de titulação mostrada na Figura 2–3.
A. Escreva as expressões (HA H+ + A–) para a dissociação do carboxílico

ácido (–COOH) e grupos amina (–NH3 +). 12
B. Lembre-se de que pK é o pH no qual exatamente metade dos ácidos carboxílicos ou
grupos amina estão carregados. Estime os valores de pKa para os grupos carboxilato e 10
amina da glicina.
C. Indique as espécies iônicas predominantes de glicina em cada um dos pontos mostrados
8
na curva da Figura 2–3.
D. O ponto isoelétrico de um soluto é o pH no qual ele não possui carga líquida.
Estime o ponto isoelétrico da glicina a partir da curva da Figura 2–3. pH 6
2–15 Se quiser encomendar glicina de um fornecedor químico, você tem três opções: glicina, sal 4
sódico de glicina e cloridrato de glicina. Escreva as estruturas desses três compostos.
2–16 A partir dos valores de pKa listados na Tabela 2–1, decida quais aminoácidos foram usados
nas curvas de titulação mostradas na Figura 2–4. 0
0 0,5 1,0 1,5 2.0
2–17 Durante um sprint total, os músculos metabolizam a glicose anaerobicamente, produzindo NaOH adicionado (equivalentes)
uma alta concentração de ácido lático, que reduz o pH do sangue e do citosol. O pH Figura 2–3 Titulação de uma solução de
mais baixo dentro da célula diminui a eciência de certas enzimas glicolíticas, o que reduz glicina (Problema 2–14). Um equivalente de OH– é
a taxa de produção de ATP e contribui para a fadiga que os velocistas experimentam a quantidade necessária para neutralizar
bem completamente um grupo ácido.
Problemas p2.03/2.03
OS COMPONENTES QUÍMICOS DE UMA CÉLULA 13
(A) (B) Figura 2–4 Curvas de titulação para dois

14 14
aminoácidos (Problema 2–16).
12 12
10 10
8 8
pH pH
6 6
4 4
2 2
0 0
0 1,0 2.0 3.0 0 1,0 2.0 3.0
OH - adicionado (equivalentes) OH- adicionado (equivalentes)
TABELA 2–1 Valores para os grupos ionizáveis de vários aminoácidos

(Problema 2–16).
Valores de pK
Aminoácido –COOH -NH3 + Grupo R

Problemas p2.04/2.04 9.6
leucina 2.4
Prolina 2.0 10.6
glutamato 2.2 9.7 4,3 (carboxila)
Histidina 1.8 9.2 6,0 (imidazol)
Cisteína 1.8 10.8 8.3 (sulfidrila)
Arginina 1.8 9,0 12.5 (guanidino)
Lisina 2.2 9.2 10,8 (amino)
antes que suas reservas de combustível se esgotem. O principal tampão sanguíneo

contra as alterações do pH é o sistema bicarbonato/CO2.
pK1 = pK2 = pK3 =

2,3 3,8 10,3
2–
CO2 CO2 (gás) H2CO3 H+ + HCO3 – H+ + CO3
(dissolvido)
Para melhorar seu desempenho, você aconselharia os velocistas a prender a respiração

ou respirar rapidamente por um minuto imediatamente antes da corrida?
Explique sua resposta.
2–18 A aspirina é um ácido fraco (Figura 2–5) que é absorvido pela corrente sanguínea por difusão
através das células que revestem o estômago e o intestino delgado.
A aspirina atravessa a membrana plasmática de uma célula de forma mais eficaz em
sua forma não carregada; em sua forma carregada, não pode atravessar a bicamada
lipídica hidrofóbica da membrana. O pH do estômago é de cerca de 1,5 e o do lúmen do
intestino delgado é de cerca de 6,0. A maior parte da aspirina é absorvida no estômago
ou no intestino? Explique seu raciocínio.
O O
C C
O O
H3C O H3C O
pK = 3,5
C C
OH O– + H+
forma não carregada formulário cobrado Figura 2–5 Aspirina (Problema 2–18).
O
2–19 O que há de errado com a seguinte afirmação: “Quando o NaCl é dissolvido em água, as
–
moléculas de água mais próximas dos íons tendem a se orientar de modo que seus –O P O
átomos de oxigênio apontem para os íons de sódio e se afastem do íons cloreto”. O

Explique sua resposta.
C O
2–20 Se as interações não covalentes são tão fracas em um ambiente aquático, como PARA CH
eles possivelmente são importantes para manter as moléculas juntas nas células?
CH2
2–21 As três moléculas na Figura 2-6 contêm os sete grupos reativos mais comuns em O
biologia. A maioria das moléculas na célula é construída a partir desses grupos –O SOBRE
funcionais. Indique e nomeie os grupos funcionais nessas moléculas.
O–
1,3-bifosfoglicerato
2–22 Existem muitas maneiras diferentes e quimicamente diversas nas quais pequenas
moléculas podem ser ligadas para formar polímeros. Por exemplo, o eteno (CH2=CH2)
O O–
é usado comercialmente para fazer o polímero plástico polietileno (…–CH2– CH2–CH2–
C
CH2–…). As subunidades individuais das três principais classes de macromoléculas
biológicas, no entanto, estão todas ligadas por mecanismos de reação semelhantes; ou C O
seja, por reações de condensação que eliminam a água.

CH3
Você consegue pensar em algum benefício que essa química oferece e por que ela pode
ter sido selecionada na evolução? piruvato
CÁLCULOS SH
2–23 Para ter uma noção melhor das dimensões atômicas, suponha que a página na qual esta CH2
O
questão está impressa seja inteiramente feita de celulose polissaca (Figura 2–7). A CH C
celulose é descrita pela fórmula (C6H12O6)n, onde n é um grande número que varia de O–
NH3 +
uma molécula para outra. Os pesos atômicos do carbono, hidrogênio e oxigênio são 12,
cisteína
1 e 16, respectivamente, e esta página pesa 5 gramas.
Figura 2–6 Três moléculas que ilustram os
A. Quantos átomos de carbono existem nesta página? sete grupos funcionais mais comuns
em biologia (Problema 2–21).
B. Em papel feito de celulose pura, quantos átomos de carbono seriam empilhados uns sobre
O 1,3-bifosfoglicerato e o piruvato são
os outros para abranger a espessura desta página (a página tem 21 cm × 27,5 cm × 0,07 intermediários na glicólise e a
mm)? (Em vez de resolver três equações simultâneas para os átomos de carbono em cisteína é um aminoácido.
cada dimensão, você pode tentar um atalho. Determine a densidade linear dos átomos
de carbono calculando o número de átomos de carbono na borda de um cubo com o
mesmo volume desta página, e ajuste esse número para a espessura da página.)
C. Agora considere o problema de um ângulo diferente. Suponha que a página seja composta
apenas por átomos de carbono, que possuem um raio de van der Waals de 0,2 nm.
Quantos átomos de carbono empilhados de ponta a ponta em sua distância de contato
van der Waals seriam necessários para abranger a espessura da página?
D. Compare suas respostas das partes B e C e explique quaisquer diferenças.
2–24 Nos Estados Unidos, a concentração de glicose no sangue é comumente relatada em

miligramas por decilitro (dL = 100 mL). Ao longo de um dia em um indivíduo normal, os Figura p2-6/2-6/Q2.2
níveis circulantes de glicose variam em torno de uma média de cerca de 90 mg/dL
(Figura 2-8). Qual seria esse valor se fosse expresso como uma concentração molar de
glicose no sangue, que é a forma como normalmente é relatado no resto do mundo?
PARA PARA PARA

PARA O PARA O PARA O
OH CH2 OH CH2 OH CH2
O O O
O O O
CH O PARA OH CH O PARA OH CH O PARA OH

2 2 2
OH OH OH
Figura 2–7 Estrutura do polissacarídeo celulose (Problema 2–23).

(A) ESTRUTURA DA GLICOSE (B) NÍVEIS DE GLICOSE NO SANGUE Figura 2–8 Glicemia circulante
(Problema 2–24). (A) Estrutura da glicose.
CH2OH café da manhã jantar (B) Variação típica da glicemia ao longo
150
H
C O de um dia.
OH
H
C C 100
OH H glicemia
(mg/
dL)
PARA H
C C
H OH 50
almoço
0
3 6 9 12 15 18 21 24 3
hora do dia
2–25 Imagine que você tem um béquer com água pura em pH neutro (pH 7,0).
A. Qual é a concentração de íons H3O+ e como eles foram formados?
B. Qual é a molaridade da água pura? (Dica: 1 litro de água pesa 1 kg.)
C. Qual é a proporção de íons H3O+ para moléculas de H2O ?
2–26 Por uma coincidência conveniente, o produto iônico da água, Kw = [H+][OH–], é

um bom número redondo: 1,0 × 10–14 M2.
A. Por que uma solução com pH 7,0 é considerada neutra?
B. Qual é a concentração de H+ e o pH de uma solução 1 mM de NaOH?
C. Se o pH de uma solução é 5,0, qual é a concentração de íons OH–?
2–27 e equação de Henderson-Hasselbalch
[A–]
pH = pK + log
[HA]
é uma transformação útil da equação para a dissociação de um ácido fraco,

HA:
K= [H+][A–]
[HA]
A. É instrutivo usar a equação de Henderson-Hasselbalch para determinar a extensão da

dissociação de um ácido em valores de pH acima e abaixo do pK.
Para os valores de pH listados na Tabela 2–2, ll nos valores para log [A–]/[HA] e [A–]/
[HA] e indique a porcentagem do ácido que se dissociou.
TABELA 2–2 Dissociação de um ácido fraco em valores de pH acima e abaixo do pKa (Problema
2–27).
pH [A-] [A-] % dissociação

registro
[HA] [HA]
pK +4
pK +3
pK +2
pK +1
pK
pK-1
pK-2
pK-3
pK-4
+4
Figura 2–9 Gráfico para plotar os valores da
Tabela 2–2 (Problema 2–27).
+3
+2
+1
pH pK
-1
-2
-3
–4
0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100
tudo HA por cento dissociado tudo A—
B. Usando o gráfico da Figura 2–9, esboce a relação entre o pH da solução e a fração de

dissociação de um ácido fraco. A forma dessa curva será a mesma para todos os
ácidos fracos?
2–28 As células mantêm seu pH citosólico em uma faixa estreita em torno de pH 7,0 usando uma
variedade de ácidos fracos para compensar as mudanças no pH. Isso é essencial
porque um grande número de processos nas células gera ou consome íons H+ .
Ácidos fracos resistem a mudanças no pH - a definição de um tampão - mais
efetivamente dentro de cerca de uma unidade de pH em cada lado de seus valores de
pKa . A ionização do ácido fosfórico fornece um importante sistema tampão nas
células. O ácido fosfórico tem três prótons ionizáveis, cada um com um pKa único.
pK = 2,1 pK = 6,9 pK = 12,4

2– 3–
H3PO4 H+ + H2PO4 – H+ + HPO4 H+ + PO4
A. Usando os valores derivados no Problema 2–27, estime quanto de cada uma das quatro
formas de fosfato (H3PO4, H2PO4 –, HPO4 2– e PO4 3–), como uma porcentagem
do total, estão presentes no citosol de células em pH 7. (Não são permitidas
calculadoras).
B. Qual é a proporção de [HPO4 2–] para [H2PO4 –] ([A–]/[HA]) no citosol em pH 7? Se o
citosol é fosfato 1 mM (soma de todas as formas), quais são os con no citosol?
2–
H2PO4 – e HPO4 ted.) (Calculadoras permitem centrações de
2–29 Dentro das células, os dois sistemas buer mais importantes são fornecidos por fosfato e
proteínas. Os aspectos quantitativos de um sistema tampão referem-se tanto à faixa
efetiva de tampão (quão próximo o pH está do pKa para o tampão) quanto à
concentração geral das espécies tampão (que determina o número de prótons que
podem ser manuseados). Conforme discutido em 2– tem um pKa de 6,9 com uma
H2PO4 – HPO4 de cerca de 1 mM. concentração geral de fosfato intracelular de
Nas hemácias, a concentração de cadeias de globina (peso molecular = 15.000) é de
cerca de 100 mg/mL e cada uma possui 10 histidinas, com valores de pKa entre 6,5 e
7,0.
Qual desses dois sistemas de tamponamento você acha que é quantitativamente mais
importante nas hemácias e por que você acha isso?
2–30 O tampão mais importante na corrente sanguínea é o sistema bicarbonato/CO 2 . É muito mais
importante do que se poderia esperar de seu p K porque é um sistema aberto no qual o CO 2 é
mantido em um valor relativamente constante por troca com a atmosfera. (Em contraste, os
sistemas de tamponamento descritos no Problema 2–29 são sistemas fechados sem troca.)
Equilíbrios envolvidos nos sistemas de tamponamento bicarbonato/CO 2 -
dez são
p K1 = p K2 = p K3 =
2,3 3,8 10,3
H + + HCO – H + +CO 2–
CO2 (gás) CO2 (des) H2CO _3 3 3
+
pK3 (HCO 3 – H. p K2 + CO 3 2–) é tão alto que nunca entra em ação nos sistemas biológicos
+
(H 2CO 3 H + HCO 3 –) parece baixo demais para ser útil, mas é influenciado pelo CO2 [CO 2(dis)]
dissolvido, que é diretamente proporcional à pressão parcial do CO 2 na fase gasosa.O CO 2
dissolvido, por sua vez, é mantido em equilíbrio com o H 2CO 3 pela enzima anidrase carbônica.
[H 2CO
[CO 3 ] = 5 × 10–3, ou p K1 = 2,3 K1 =
2(dis)]
O equilíbrio para hidratação do CO 2(dis) pode ser combinado com o

equilíbrio para a dissociação de H 2CO 3 para dar ap Kÿeg para CO 2(dis) H ++
–
HCO3 _
[H +][HCO –]
K' = 3
= K1 × K2
[CO 2(dis)] p
Kÿ = p K1 + p K2 = 2,3 + 3,8 = 6,1
Mesmo o pKeg de 6,1 parece muito baixo para manter o pH do sangue em torno de 7,4, mas esse
sistema aberto é muito eficaz, como pode ser ilustrado por alguns cálculos. A concentração total de
carbonato em suas diversas formas, mas quase inteiramente CO 2(dis) e HCO 3 –, é de cerca de
25 mM.
A. Usando a equação de Henderson–Hasselbalch, calcule a proporção de – para CO 2(dis) em pH 7,4.
Quais são as concentrações de HCO 3 HCO 3 – e CO 2(dis)?
+ foram adicionados em condições em que o CO 2

B. Qual seria o pH se 5 mM H
não podia deixar o sistema; isto é, se a concentração de CO 2(dis) não fosse mantida em um valor
constante?
+ foram adicionados em condições em que o CO 2
C. Qual seria o pH se 5 mM H
foi autorizado a deixar o sistema; isto é, se a concentração de CO 2(dis) fosse mantida em um valor
constante?
2–31 As proteínas em uma célula de mamífero representam 18% de seu peso líquido. Se a densidade
de uma célula típica de mamífero é de cerca de 1,1 g/mL e o volume da célula é de 4 × 10–9 mL,
qual é a concentração de proteína em mg/mL?
TRATAMENTO DE DADOS
2–32 Os grupos ionizáveis em aminoácidos podem influenciar uns aos outros, como mostrado pelos
valores de p K para os grupos carboxila e amino de alanina e vários oligômeros de alanina (Figura
2-10). Sugira uma explicação de por que o p K do grupo carboxila aumenta com o comprimento do
oligômero, enquanto o do grupo amino diminui.
2–33 Sabe-se que uma cadeia lateral de histidina tem um papel importante no mecanismo catalítico de uma
enzima; no entanto, não está claro se a histidina é necessária em seu estado protonado (carregado)
ou não protonado (sem carga).
Para responder a essa pergunta, você mede a atividade enzimática em uma faixa de pH, com os
resultados mostrados na Figura 2–11. Qual forma de histidina é necessária para a atividade
enzimática?
FÓRMULAS QUÍMICAS VALORES DE pK
COO– +H3N
CH3
Terra COO– 2.34 9.69 120

+ H3NCH
100
CH3 CH3
Ala2 +H3N CCH APENAS COO– 3.12 8h30 80
O
atividade
máximo)
(%
do
60
CH3 CH3 CH3
Ala3 +H3N CCH APENAS C APENAS COO– 3.39 8.03 40
O O
20
CH3 CH3 CH3 CH3
asa4 +H3N CCH APENAS C APENAS C APENAS COO– 3.42 7,94

04 8 765 9 10
O O O
Figura 2–10 valores de pKa para os grupos carboxila e amino em oligômeros de alanina pH Figura 2–11 Atividade enzimática em
(Problema 2–32). função do pH (Problema 2–33).
LINKS MÉDICOS Problemas p2.19/2.10
2–34 A droga talidomida já foi prescrita como sedativo para ajudar com náuseas durante
os primeiros estágios da gravidez. Um de seus isômeros ópticos, (R)-talidomida
(Figura 2.12), é o agente ativo responsável por seus efeitos sedativos. Foi sintetizado, Problemas p2.20/2.11/Q2.1
no entanto, como uma mistura de ambos os isômeros ópticos - uma prática comum
que geralmente não causa problemas.
Infelizmente, o outro isômero óptico é um teratógeno que levou a uma terrível série de
defeitos congênitos caracterizados por membros malformados ou ausentes. Na fórmula
estrutural da Figura 2-12A, identifique o carbono responsável por sua atividade óptica
(seu centro quiral) e esboce a estrutura da forma teratogênica da talidomida.
2–35 O peso molecular do etanol (CH3CH2OH) é 46 e sua densidade é 0,789 g/cm3.
A. Qual é a molaridade do etanol na cerveja que contém 5% de etanol por volume?

[O teor de álcool da cerveja varia de cerca de 4% (cerveja light) a 8% (cerveja preta).]
O limite
B. legal para o teor de álcool no sangue de um motorista varia, mas 80 mg de etanol
por 100 mL de sangue (geralmente referido como nível de álcool no sangue de 0,08)
é típico. Qual é a molaridade do etanol em uma pessoa nesse limite legal?
C. Quantas garrafas de 12 onças (355 mL) de cerveja com 5% uma pessoa de 70 kg

poderia beber e permanecer abaixo do limite legal? Uma pessoa de 70 kg contém
cerca de 40 litros de água. Ignore o metabolismo do etanol e assuma que o teor de
água da pessoa permanece constante.
D. O etanol é metabolizado a uma taxa constante de cerca de 120 mg por hora por kg de
peso corporal, independentemente de sua concentração. Se uma pessoa de 70 kg
estivesse com o dobro do limite legal (160 mg/100 mL), quanto tempo levaria para que
seu nível de álcool no sangue caísse abaixo do limite legal?
(A) FÓRMULA QUÍMICA DA TALIDOMIDA (B) MODELO DE PREENCHIMENTO DE ESPAÇO DE TALIDOMIDA
O
O
O
N
H Figura 2–12 A estrutura do sedativo (R)-

talidomida (Problema 2–34).
CATÁLISE E USO DE ENERGIA PELAS CÉLULAS

energia de difusão entropia NAD+/

ativação do NADH NADP+/NADPH
equilíbrio
transportador ativado por acetil CoA oxidação
ADP enzima redução equilíbrio constante (K) energia
respiração aeróbica livre padrão energia livre (G) mudança (G°) mudança de energia
livre (G) metabolismo do substrato
Reação
acoplada ao catalisador de ATP
DEFINIÇÕES
2–36 Energia extra que deve ser possuída por átomos ou moléculas, além de sua energia no estado
fundamental, a fim de sofrer uma determinada substância química
reação.
2–37 Variação da energia livre de duas moléculas reagentes em temperatura e pressão padrão quando
todos os componentes estão presentes na concentração de 1 mol por litro.
2–38 Perda de elétrons de um átomo, como ocorre durante a adição de oxigênio a uma molécula ou
quando um hidrogênio é removido.
2–39 Molécula sobre a qual uma enzima atua.
2–40 Desvio líquido de moléculas na direção de concentração mais baixa devido a corrida
dom movimento térmico.
2–41 Proteína que catalisa uma reação química específica.
2–42 Par ligado de reações químicas em que a energia livre liberada por uma das reações serve para
impulsionar a outra.
2–43 Estado no qual não há mudança líquida em um sistema. Em uma reação química, esse
estado é alcançado quando as taxas direta e reversa são iguais.
2–44 A energia que pode ser extraída de um sistema para conduzir reações. Leva em
consideração as mudanças tanto na energia quanto na entropia.
VERDADEIRO FALSO
2–45 Animais e plantas usam a oxidação para extrair energia das moléculas dos alimentos.
2–46 Se ocorrer uma oxidação em uma reação, ela deve ser acompanhada por uma redução
ção.
2–47 Ligar a reação energeticamente desfavorável AB a uma segunda reação favorável BC deslocará
a constante de equilíbrio para a primeira reação.
2–48 A química orgânica das células vivas é considerada especial por dois motivos: ocorre em
meio aquoso e realiza algumas reações muito complexas. Mas você acha que é realmente
muito diferente da química orgânica realizada nos melhores laboratórios do mundo?
Por que ou por que não?

2–49 Diferencie as vias metabólicas catabólicas e anabólicas e indique de forma geral

como essas vias estão ligadas umas às outras nas células.
2–50 A segunda lei da termodinâmica afirma que os sistemas mudarão

espontaneamente para arranjos com maior entropia (desordem). No entanto, os
sistemas vivos são ordenados de forma tão intrincada que parece que eles
certamente violam a segunda lei. Explique resumidamente - e de uma forma que
seus pais possam entender - como a vida é totalmente compatível com as leis
da termodinâmica.
2–51 Na reação 2 Na + Cl2 2 Na+ + 2 Cl–, o que está sendo oxidado e o que está
sendo reduzido? Como você sabe?
2–52 Se uma célula em mitose for resfriada a 0°C, os microtúbulos no fuso se despolimerizam
em subunidades de tubulina. O mesmo vale para microtúbulos feitos de tubulina pura
em um tubo de ensaio; eles se montam prontamente a 37°C, mas se desmontam em
baixa temperatura. Na verdade, muitos conjuntos de proteínas que são mantidos
juntos por ligações não covalentes apresentam o mesmo comportamento: eles se
desmontam quando resfriados. Esse comportamento é governado pela equação
termodinâmica básica
G = H - TS
onde H é a variação de entalpia (energia de ligação química), S é a variação de

entropia (desordem do sistema) e T é a temperatura absoluta.
A. A mudança na energia livre (G) deve ser negativa para que a reação (subunidades
da tubulina, microtúbulos) ocorra em alta temperatura. Em baixa temperatura,
G deve ser positivo para permitir a desmontagem; isto é, para favorecer a reação
inversa. Decida quais devem ser os sinais (positivos ou negativos) de H e S e
mostre como suas escolhas levam em conta a polimerização da tubulina em
alta temperatura e sua despolimerização em baixa temperatura. (Suponha que
os próprios valores de H e S não mudem com a temperatura.)
B. A polimerização das subunidades de tubulina em microtúbulos na temperatura

corporal ocorre claramente com um aumento na ordem das subunidades (Figura
2-13). No entanto, a polimerização da tubulina ocorre com um aumento na
entropia (diminuição na ordem). Como pode ser?
Figura 2–13 Polimerização das subunidades

da tubulina em um microtúbulo (Problema
POLIMERIZAÇÃO
2–52). Os destinos de uma subunidade (verde)
e suas moléculas de água associadas (esferas
azuis) são mostrados. As subunidades
adicionais de tubulina no microtúbulo estão
levemente sombreadas; suas moléculas de água
associadas não são mostradas.
2–53 Discuta a afirmação: “o critério para saber se uma reação ocorre espontaneamente
é G e não G°, porque G leva em consideração as concentrações dos substratos
e produtos”. Problemas p2.21/2.13/Q2.3
2–54 Em uma concentração particular de substratos e produtos, a reação abaixo tem um

G negativo.
A + BC + D G = –20 kJ/mol
Nas mesmas concentrações, qual é G para a reação inversa?
C + DA + B
2–55 Os valores para G° e para G nas células foram determinados para muitas reações
metabólicas diferentes. Que informações esses valores fornecem sobre as taxas dessas
reações?
2–56 ermodinamicamente, é perfeitamente válido considerar a fosforilação celular da

glicose para produzir glicose 6-fosfato (G6P) como a soma de duas reações.
(1) glicose + Pi G6P + H2O G° = 13,8 kJ/mol
(2) ATP + H2O ADP + Pi G° = –30,5 kJ/mol
NET: glicose + ATP G6P + ADP
Mas biologicamente não faz o menor sentido. A hidrólise do ATP (reação 2) em uma
parte da célula pode não ter efeito sobre a fosforilação da glicose (reação 1) em outra
parte da célula, uma vez que [ATP], [ADP] e [Pi] são mantidos dentro de limites
estreitos . Como a célula consegue ligar essas duas reações para conseguir a
fosforilação da glicose?
2–57 Cada ligação fosfoanidrido entre os grupos fosfato no ATP é uma ligação de alta energia
com um valor G° de –30,5 kJ/mol. A hidrólise dessa ligação nas células normalmente
libera energia utilizável na faixa de 45 a 55 kJ/mol. Por que você acha que uma faixa
de valores para energia liberada é fornecida para
G, em vez de um número preciso, como para G°?
2–58 Considere os efeitos de duas enzimas. A enzima A catalisa a reação
ATP + PIB ADP + GTP
enquanto a enzima B catalisa a reação
NADH + NADP + NAD + + NADPH
Discuta se as enzimas seriam benéficas ou prejudiciais para as células.
2–59 Combine os portadores ativados abaixo com o grupo transportado em alta energia
ligação.
A. Acetil CoA B. 1. grupo acetil 2.
S-Adenosilmetionina C. ATP D. grupo carboxila 3.
Biotina elétrons e hidrogênios 4. glicose
carboxilada E. NADH, 5. grupo
NADPH, FADH2 F. Uridina metila 6. fosfato
difosfato glicose
2–60 Qual das seguintes reações ocorrerá apenas se acoplada a uma segunda reação
energeticamente favorável?
A. glicose + O2 CO2 + H2O B. CO2
+ H2O glicose + O2 C. nucleosídeo
trifosfato + DNAn DNAn+1 + 2 Pi D. nucleosídeos nucleosídeos
trifosfatos E. ADP + Pi ATP
CÁLCULOS
2–61 Se uma reação não catalisada ocorresse na taxa de 1 evento por século, e se uma
enzima acelerasse a taxa por um fator de 1014, quantos segundos a enzima levaria
para catalisar um evento?
2–62 “Diusion” soa lento – e em distâncias cotidianas é – mas na escala de uma célula é muito
rápido. A velocidade instantânea média de uma partícula em solução - isto é, a
velocidade entre suas colisões muito frequentes - é
½ v = (kT/m)
onde k = 1,38 × 10–16 g cm2/K seg2, T = temperatura em K (37°C é 310 K) e

m = massa em g/molécula.
Calcule a velocidade instantânea de uma molécula de água (massa
molecular = 18 daltons), uma molécula de glicose (massa molecular = 180
daltons) e uma molécula de mioglobina (massa molecular = 15.000 daltons) a 37°C.
Apenas por diversão, converta esses números em quilômetros/hora. Antes de
fazer qualquer cálculo, você pode tentar adivinhar se as moléculas estão se
movendo lentamente (<1 km/h), uma caminhada fácil (5 km/h) ou uma corrida
recorde (40 km/h). ).
2–63 A velocidade instantânea informa pouco sobre o tempo que uma molécula
leva para percorrer distâncias celulares porque sua trajetória é constantemente
alterada por colisões com outras moléculas em solução (Figura 2-14). O tempo
médio que uma molécula leva para percorrer x cm por difusão em três
dimensões é
começar terminar
t = x2/6D
onde t é o tempo em segundos e D é o coeficiente de difusão, que é uma Figura 2–14 Um passeio aleatório
bidimensional simulado de uma molécula
constante que depende do tamanho e forma da partícula. A glicose e a em solução (Problema 2–63).
mioglobina, por exemplo, têm coeficientes de difusão de cerca de 5 × 10-6 cm2/ Figura p2-25/2-14
seg e 5 × 10-7 cm2/seg, respectivamente. Calcule o tempo médio que a glicose
e a mioglobina levariam para difundir uma distância de 20 ÿm, que é Problema p2-92/2-63
aproximadamente a largura de uma célula de mamífero.
2–64 A fosfoglicose isomerase catalisa a interconversão de glicose 6-fosfato (G6P) e

frutose 6-fosfato (F6P):
G6P F6P
e G para esta reação é dado pela equação
[F6P]
ÿG = ÿG° + 2,3 RT log
[G6P]
onde R = 8,3 × 10–3 kJ/K mol e T = 310 K. Um número útil a ser lembrado é
que 2,3 RT = 5,9 kJ/K mol a 37°C, que é a temperatura corporal.
A. No equilíbrio, [F6P]/[G6P] é igual à constante de equilíbrio (K) para a reação.
Reescreva a equação acima para a reação no equilíbrio.
B. No equilíbrio, a proporção de [F6P] para [G6P] é de 0,5. Nessa razão de
equilíbrio, quais são os valores de G e G°?
C. Dentro de uma célula, o valor de G para esta reação é –2,5 kJ/mol. O que é
proporção de [F6P] para [G6P]? O que é G°?
2–65 Um ser humano adulto de 70 kg (154 lb) poderia satisfazer todas as suas Figura p2-25/2-14
necessidades de energia por um dia ingerindo 3 moles de glicose (540 g). (Não
recomendamos isso.) Cada molécula de glicose gera 30 moléculas de ATP
Problema p2-92/2-63
quando é oxidada a CO2. A concentração de ATP é mantida nas células em
cerca de 2 mM, e um adulto de 70 kg tem cerca de 25 L de líquido intracelular.
Dado que a concentração de ATP permanece constante nas células, calcule
quantas vezes por dia, em média, cada molécula de ATP no corpo é hidrolisada
e ressintetizada.
TRATAMENTO DE DADOS
2–66 A polimerização de subunidades em um anel pentamérico é mostrada na

Figura 2–15. As constantes de equilíbrio para associação de uma subunidade
em cada etapa da montagem do tetrâmero (isto é, K1, K2 e K3) são
aproximadamente iguais em 106 M–1. A constante de equilíbrio para associação
da subunidade final no anel (K4), entretanto, é >1012 M–1. Por que a
associação da subunidade final é muito mais favorecida do que a associação
das subunidades iniciais? Por que você supõe que a constante de equilíbrio para o
K1 + K2 K3 + K4
+ +
Figura 2–15 Polimerização de subunidades em um anel pentamérico (Problema 2–66).
associação da subunidade final é aproximadamente o quadrado das constantes de

equilíbrio para as etapas anteriores? Figura p2.26-2.15
2–67 Os glóbulos vermelhos obtêm energia na forma de ATP pela conversão de glicose em piruvato
Problema 2-96-2.66
por meio da via glicolítica (Figura 2–16). Os valores de G° e G (em kJ/mol) foram calculados
para cada uma das etapas da glicólise nas hemácias que metabolizam ativamente a
glicose, conforme resumido na Tabela 2–3. Os valores de G° são baseados nas constantes
de equilíbrio conhecidas para as reações; os valores G são calculados a partir dos valores
G° e medições reais das concentrações dos intermediários nos glóbulos vermelhos.
GLICOSE
ATP
O fluxo de metabólitos através de uma via metabólica pode ocorrer apenas quando ADP H + +
o valor de G para cada etapa é negativo. é uma afirmação verdadeira. G6P

Apesar dessa afirmação, três reações na glicólise das hemácias têm valores G ligeiramente
positivos. O que você acha que é a explicação para os resultados na tabela?
F6P
ATP
ADP H + +
TABELA 2–3 As reações da glicólise nas hemácias e seus F1.6BP

Valores G° e G em kJ/mol (Problema 2–67).
Etapa Reação G° G
DHAP G3P
1 GLC + ATP G6P + ADP + H+ –16,7 –33,4
+ Pi
NAD+
2 G6P F6P +1,7 –2,5 +
NADH H +
3 F6P + ATP F1,6BP + ADP + H+ –14,2 –22,2 1,3 BPG

ADP
4 F1,6BPDHAP+G3P +23,8 –1,3
ATP
5 DHAP G3P +7,5 +2,5 3PG
6 G3P + Pi + NAD + 1,3BPG + NADH + H+ +6,3 –1,7
7 1,3BPG + ADP 3PG + ATP –18,8 +1,3

2PG
8 3PG 2PG +4,6 +0,8

H2O
9 2PG PEP + H2O +1,7 –3,3

PEP
+
10 PEP + ADP + H+ PYR + ATP –31,4 –16,7 ADPH +
ATP
GLC = glicose; G6P = glicose 6-fosfato; F6P = frutose 6-fosfato; F1,6BP = frutose 1,6-bifosfato;
DHAP = fosfato de dihidroxiacetona; G3P = gliceraldeído 3-fosfato; 1,3BPG = 1,3-bifosfoglicerato; PIRUVATO
3PG = 3-fosfoglicerato; 2PG = 2-fosfoglicerato; PEP = fosfoenolpiruvato; PYR = piruvato.

Figura 2–16 A via glicolítica (Problema
2–67). Consulte a Tabela 2–3 para obter a
chave para abreviações.
COMO AS CÉLULAS OBTEM ENERGIA DOS ALIMENTOS

ciclo do ácido cítrico fermentação cadeia de fixação de nitrogênio

transporte de elétrons glicogênio fosforilação oxidativa amido
Glicólise FAD/FADH2 gordura
GTP
DEFINIÇÕES
2–68 Via metabólica central encontrada em organismos aeróbicos, que oxida grupos acetil derivados
de moléculas de alimentos em CO2 e H2O. Nas células eucarióticas, ocorre nas
mitocôndrias.
2-69 Lipídios de armazenamento de energia em células que são compostos de triacilgliceróis (trig
licerídeos), que são ácidos graxos esterificados com glicerol.
2–70 Polissacarídeo composto exclusivamente por unidades de glicose usadas para armazenar
energia em células animais. Os grânulos são especialmente abundantes no fígado e nas
células musculares.
2–71 Processo em bactérias e mitocôndrias no qual a formação de ATP é impulsionada pela

transferência de elétrons de moléculas de alimentos para oxigênio molecular.
2–72 Série de moléculas transportadoras de elétrons ao longo das quais os elétrons se movem de
um nível de energia mais alto para um mais baixo para uma molécula aceptora final,
com a produção associada de ATP.
2–73 Via metabólica ubíqua no citosol na qual os açúcares são

metabolizado para produzir ATP.
VERDADEIRO FALSO
2–74 Como a glicólise é apenas um prelúdio para a oxidação da glicose nas mitocôndrias, que
produz 15 vezes mais ATP, a glicólise não é realmente importante para as células
humanas.
2–75 As reações do ciclo do ácido cítrico não requerem diretamente a presença de oxigênio.
2–76 Combine as moléculas poliméricas nos alimentos com as subunidades monoméricas nas quais
são digeridas antes de serem oxidadas para produzir energia.
A. 1. aminoácidos
gorduras B. 2. ácidos
polissacarídeos C. proteínas graxos 3.
glicerol 4. açúcares
2–77 Do ponto de vista químico, a via glicolítica (ver Figura 2–16) pode ser considerada como
ocorrendo em dois estágios. O primeiro estágio da glicose em gliceraldeído 3-fosfato
(G3P) prepara a glicose para que sua clivagem produza G3P e um fragmento equivalente
de três carbonos, que é então convertido em G3P. O segundo estágio – do G3P ao
piruvato – coleta energia na forma de ATP e NADH.
A. Escreva a equação balanceada para o primeiro estágio da glicólise (glicose

G3P).
COMO AS CÉLULAS OBTEM ENERGIA DOS ALIMENTOS 25
GLICOSE
B. Escreva a equação balanceada para o segundo estágio da glicólise (G3P
piruvato). ATP
C. Escreva a equação balanceada para a via geral (glicose piru ADP H + +

vate). G6P
2–78 À primeira vista, a fermentação do piruvato a lactato parece ser uma reação adicional
opcional à glicólise (Figura 2–17). Afinal, as células que crescem na ausência de
oxigênio não poderiam simplesmente descartar o piruvato como um resíduo? Na F6P
ausência de fermentação, quais produtos derivados da glicólise se acumulariam ATP
nas células em condições anaeróbias? O metabolismo da glicose pela via
+
glicolítica poderia continuar na ausência de oxigênio em células que não podem ADP H +
realizar a fermentação? Por que ou por que não? F1.6BP
2–79 Na ausência de oxigênio, as células consomem glicose em uma taxa alta e constante.
Quando o oxigênio é adicionado, o consumo de glicose cai vertiginosamente e é DHAP G3P
então mantido na taxa mais baixa. Por que a glicose é consumida em alta taxa na pi + NAD+
ausência de oxigênio e em baixa taxa em sua presença? +
NADH H +
2–80 O arsenato (AsO4 3–) é quimicamente muito semelhante ao fosfato (PO4 3–) e é 1,3 BPG
usado como um substrato alternativo por muitas enzimas que requerem fosfato. ADP
Em contraste com o fosfato, no entanto, a ligação anidrido entre o arsenato e um
ATP
grupo de ácido carboxílico é rapidamente hidrolisada em água. Sabendo disso,
3PG
sugira por que o arseniato é um composto de escolha para assassinos, mas não
para células. Formule sua explicação em termos da etapa da glicólise na qual o
1,3-bifosfoglicerato é convertido em 3-fosfoglicerato, gerando ATP (Figura 2-18).
2PG
2–81 O fígado fornece glicose para o resto do corpo entre as refeições. Ele faz isso
H2O
quebrando o glicogênio, formando glicose 6-fosfato na penúltima etapa. A glicose
6-fosfato é convertida em glicose pela separação do fosfato (G° = –13,8 kJ/mol). PEP
Por que você supõe que o fígado remove o fosfato por hidrólise, em vez de ADP H + +
+
reverter a reação pela qual a glicose 6-fosfato é formada a partir da glicose NADH H +
ATP
(glicose + ATP G6P + ADP, G° = –16,7 kJ/mol)? Ao reverter essa reação, o fígado NAD+
PIRUVATO
poderia gerar glicose e ATP.
NAD+ Com o
NAD+ NADH
CO2
2–82 O que há de errado com a seguinte afirmação: “o oxigênio consumido durante a
AcCoA LACTATO
oxidação da glicose nas células animais é devolvido como CO2 para a atmosfera”.
Como você pode apoiar sua resposta experimentalmente? ciclo do ácido via de fermentação
cítrico
(aeróbico) (anaeróbico)
CÁLCULOS Figura 2–17 Fermentação do piruvato em

lactato (Problema 2–78). AcCoA, acetil CoA.
2–83 Se uma célula hidrolisa e substitui 109 moléculas de ATP por minuto, quanto tempo Consulte a Tabela 2-3 para obter a chave para
o restante das abreviações.
levará para uma célula consumir seu próprio volume (1.000 ÿm3) de oxigênio?
Aproximadamente 90% do ATP na célula é regenerado por fosforilação oxidativa.
Assuma que 5 moléculas de ATP são regeneradas por cada Problemas p2.28/2.17
1,3-bifosfoglicerato 3-fosfoglicerato
O
–
OO P O O O–
C O– C
PARA CH ADP ATP PARA CH
CH2 CH2
O O
Figura 2–18 Conversão de 1,3-
–O SOBRE –O SOBRE
bifosfoglicerato e ADP em 3-fosfoglicerato
O– O– e ATP (Problema 2–80).
Problemas 2.292.17
molécula de oxigênio (O2) que é convertida em água. Lembre-se de que um mol

de gás ocupa 22,4 L.
2–84 Supondo que existam 5 × 1013 células no corpo humano e que o ATP esteja girando a
uma taxa de 109 moléculas de ATP por minuto em cada célula, quantos watts o
corpo humano está consumindo? (Um watt é um J por segundo.)
Suponha que a hidrólise do ATP produza 50 kJ/mol.
2–85 Uma barra de chocolate Snickers™ (65 g, 1360 kJ) fornece energia suficiente para
subir de Zermatt (elevação 1660 m) até o topo do Matterhorn (4478 m, Figura 2–
19) ou você precisa parar em HÖrnli Hut (3260 m) para comer outro? Imagine que
você e seu equipamento tenham uma massa de 75 kg e que todo o seu trabalho
seja feito contra a gravidade (ou seja, você está apenas subindo).
Figura 2–19 O Matterhorn (Problema 2–85).

trabalho (J) = massa (kg) × g (m/seg2) × altura ganha (m)
onde g é a aceleração devido à gravidade (9,8 m/seg2). Um joule é 1 kg m2/ seg2.
Quais suposições feitas aqui irão subestimar muito a quantidade de doces que Problemas p2.31/2.18/Q2.4
você precisa?
2–86 Os músculos contêm fosfato de creatina (CP) como fonte de energia para manter os
níveis de ATP nos estágios iniciais do exercício. O fosfato de creatina pode
transferir seu fosfato para ADP para gerar creatina (C) e ATP, com um
G° de –13,8 kJ/mol.
CP + ADP C + ATP G° = –13,8 kJ/mol
A. Em um músculo em repouso, [ATP] = 4 mM, [ADP] = 0,013 mM, [CP] = 25 mM e [C]

= 13 mM. Qual é o G para esta reação no músculo em repouso? Esse valor faz
sentido para você? Por que ou por que não?
B. Considere um estágio inicial de exercício vigoroso, quando 25% do ATP foi
convertido em ADP. Supondo que nenhuma outra concentração tenha mudado,
qual é o G para a reação nesse estágio do exercício muscular? Esse valor faz
sentido?
C. Se o ATP no músculo pudesse ser completamente hidrolisado (na realidade, nunca
é), ele daria força a um sprint total por cerca de 1 segundo. Se o fosfato de
creatina pudesse ser completamente hidrolisado para regenerar o ATP, por quanto
tempo um sprint poderia durar? De onde você acha que vem a energia para
permitir que um corredor termine uma corrida de 200 metros?
TRATAMENTO DE DADOS
2–87 Em 1904, Franz Knoop realizou o que provavelmente foi o primeiro experimento de
rotulagem bem-sucedido para estudar as vias metabólicas. Ele alimentou muitos
ácidos graxos diferentes marcados com um anel de benzeno terminal para cães e
analisou sua urina para excretar derivados de benzeno. Sempre que o ácido graxo
tinha um número par de átomos de carbono, o fenilacetato era excretado (Figura
2-20A). Sempre que o ácido graxo tinha um número ímpar de átomos de carbono,
o benzoato era excretado (Figura 2-20B).
A partir desses experimentos, Knoop deduziu que a oxidação de ácidos graxos
em CO2 e H2O envolvia a remoção de fragmentos de dois carbonos da extremidade
da cadeia do ácido carboxílico. Você pode explicar o raciocínio que o levou a
concluir que os fragmentos de dois carbonos, ao contrário de qualquer outro
número, foram removidos e que a degradação ocorreu na extremidade do ácido
carboxílico, em oposição à outra extremidade?
2–88 Em 1937, Hans Krebs deduziu a operação do ciclo do ácido cítrico (Figura 2–21) a
partir de observações cuidadosas sobre a oxidação de compostos de carbono em
preparações picadas de músculo de pombo. (O peito de pombo é uma rica fonte
de mitocôndrias, mas a função das mitocôndrias foi
COMO AS CÉLULAS OBTEM ENERGIA DOS ALIMENTOS 27
O Figura 2–20 O experimento de rotulagem

(A)
CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 C
original para analisar a oxidação de ácidos graxos
O– (Problema 2–87). (A) Derivados alimentados e
composto alimentado
cadeia de oito carbonos excretados de uma cadeia de ácido graxo de
número par. (B) Derivados alimentados e excretados
O
de uma cadeia de ácido graxo de número ímpar.
composto CH2C _
excretado O–
fenilacetato
O
(B)
CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 C
O–
composto alimentado
cadeia de sete carbonos
composto C
O–
excretado
benzoato
desconhecido na época.) Em um conjunto de experimentos, Krebs descobriu que a adição

de uma pequena quantidade de citrato resultou em um aumento muito maior no consumo de
oxigênio do que poderia ser explicado pela oxidação do citrato (Tabela 2-4) . . Essa observação
surpreendente acabou levando à descrição do ciclo do ácido cítrico.
A. Se o citrato fosse um intermediário em uma via linear de oxidação, você esperaria que a adição
de uma pequena quantidade levasse a um grande aumento no consumo de oxigênio? Por
que ou por que não?
Problemas p2.34/2.19/Q2.5
PYR
AcCoA CoA
NADH
OAA CIT
NAD+
H2O
APENAS
IIT
NAD+
H2O
Com o NADH + CO2
FUMAÇA ÿKG
Figura 2–21 O ciclo do ácido cítrico (Problema 2–88).
Com o PYR = piruvato, AcCoA = acetil coenzima A, CIT
NAD+
FADH2 = citrato, ICIT = isocitrato, KG =
SUC ScCoA -cetoglutarato, ScCoA = succinil coenzima A, SUC =
MANIA
NADH + CO2 succinato, FUM = fumarato, MAL = malato e OAA =
oxaloacetato.
GTP PIB + pi
TABELA 2–4 Respiração em peito de pombo picado na presença e ausência de citrato

(Problema 2–88).
Consumo de oxigênio (mmol)
Tempo (minutos) problemas

Sem de citrato p2.35/2.20 3 mmol de citrato Diferença
30 29 31 2
60 47 68 21
90 51 87 36
150 53 93 40
B. Como o funcionamento do ciclo do ácido cítrico explica o alto consumo de oxigênio (A) RESULTADO DA ALIMENTAÇÃO CRUZADA
após a adição de uma pequena quantidade de citrato?

C. No final do artigo, Krebs afirma: “Embora o ciclo do ácido cítrico pareça ocorrer
geralmente em tecidos animais, ele não existe em leveduras ou em E. coli , pois
levedura e E. coli não oxidam o ácido cítrico a uma taxa apreciável.” Por que você TrpE– TrpD–
acha que Krebs entendeu errado esse ponto?
2–89 As vias para a síntese de aminoácidos em microorganismos foram desenvolvidas em

parte por experimentos de alimentação cruzada entre organismos mutantes que
eram defeituosos para etapas individuais na via. Os resultados dos experimentos TrpB–
de alimentação cruzada para três mutantes defeituosos na via do triptofano —
TrpB–, TrpD– e TrpE–—são mostrados na Figura 2–22A. Os mutantes foram
semeados em uma placa de Petri e deixados crescer rapidamente na presença de (B) VIA SINTÉTICA
uma quantidade muito pequena de triptofano, produzindo três estrias pálidas. Como
corismato
mostrado, um crescimento mais intenso foi observado em pontos onde algumas
estrias estavam próximas a outras estrias. Esses pontos de crescimento mais intenso
antranilato
indicam que um mutante pode se alimentar de forma cruzada (fornecer um intermediário) para o outro.
A. A partir do padrão de alimentação cruzada mostrado na Figura 2–22A, deduza a
indol
ordem das etapas controladas pelos produtos dos genes TrpB, TrpD e TrpE .
B. Se os intermediários acumulados no bloco forem responsáveis pelo fenômeno de triptofano
alimentação cruzada, deve ser possível cultivar mutantes individuais em alguns Figura 2–22 Definindo a via para a
intermediários. Os três mutantes foram testados para crescimento em triptofano e síntese de triptofano usando experimentos
intermediários na via (Figura 2-22B), com os resultados mostrados na Tabela 2-5. de alimentação cruzada (Problema 2–89).
(A) Resultados de um experimento de alimentação
Use esta informação para organizar os genes defeituosos em relação à via do
cruzada entre mutantes defeituosos para as
triptofano. etapas da via biossintética do triptofano.
Áreas alaranjadas na placa de Petri mostram
regiões de crescimento
celular intenso . (B) A via biossintética do
triptofano. Várias etapas precedem o corismato na
via e existem várias etapas entre o antranilato e o
TABELA 2–5 Crescimento de mutantes em intermediários na via para a biossíntese do triptofano
indol.
(Problema 2–89).
Variedade Crescimento em meio mínimo suplementado com
Nenhum Antranilato Corismato indol triptofano
Tipo selvagem + + + + +
– – – – +
TrpB–
– – – + +
TrpD–
– – + + +
TrpE–
ESTILO MCAT
Passagem 1 (Perguntas 2–90 a 2–93)

Otto Warburg foi um dos cientistas pioneiros que elucidou a base bioquímica da glicólise no
início do século XX. Ele também fez uma descoberta intrigante sobre células cancerígenas que
continua interessante e relevante hoje. Células normais diferenciadas, que não proliferam,
dependem principalmente da respiração aeróbica para gerar ATP, exceto quando apresentam
níveis reduzidos de oxigênio, caso em que passam para a glicólise. Em contraste, as células
cancerígenas dependem quase inteiramente da glicólise para produzir ATP, independentemente
da presença de oxigênio. As células cancerígenas podem aumentar a taxa de glicólise em até
200 vezes em relação às células diferenciadas normais. Esse fenômeno, conhecido como
efeito Warburg, ainda é pouco compreendido. É também um foco de interesse renovado porque
sugere um atributo único das células cancerígenas que pode ser explorado para matá-las
seletivamente.
2–90 Qual das seguintes propriedades das células cancerígenas forneceria evidência para o
efeito Warburg?
ESTILO MCAT 29
I. Aumento da oxidação do piruvato II. Maior

liberação de CO 2 III. Maior
liberação de lactato
A. eu
B.II
C. III
D. I e II
2–91 Você deseja desenvolver uma droga que mate especificamente as células cancerígenas.
Conhecendo o efeito Warburg, você levanta a hipótese de que as células cancerígenas
podem ser especialmente sensíveis aos inibidores da glicólise porque são exclusivamente
dependentes de uma alta taxa de glicólise. Qual dos seguintes seria um bom alvo para o
desenvolvimento de drogas?
A. Acetil CoA B.
Isocitrato desidrogenase C. Piruvato
quinase D. e cadeia de
transporte de elétrons
2–92 As células cancerígenas sofrem rápida proliferação desenfreada. O aumento da dependência

das células cancerígenas na glicólise, portanto, parece paradoxal, uma vez que a glicólise
gera apenas 2 ATP de cada molécula de glicose, enquanto a respiração oxidativa completa
da glicose gera até 36 ATPs por molécula. Qual das alternativas a seguir melhor explica
por que a glicólise pode ser vantajosa para células cancerígenas de proliferação rápida?
A. A glicólise gera NADH que pode ser usado como fonte de redução
poder para a síntese macromolecular.
B. A glicólise produz intermediários que podem ser usados para gerar macromoléculas
necessárias para o crescimento celular.
C. Em relação à respiração aeróbica, a glicólise produz mais NADH, que pode ser usado
como fonte de energia.
D. Ao contrário da respiração aeróbica, a glicólise produz ácidos graxos, que podem ser
armazenado como fonte de energia.
2–93 O efeito de Warburg é explorado em uma técnica de imagem que é comumente usada
para detectar tumores. Um indivíduo recebe uma dose de uma molécula marcada com um
isótopo radioativo de uorine (18F). A molécula marcada é preferencialmente captada por
células cancerígenas e é detectada por tomografia por emissão de pósitrons (PET scan).
Qual das seguintes moléculas você marcaria com 18F para detectar tumores por meio do
efeito Warburg?
A. Acetil CoA B.
Glicose C.
Lactato D.
Piruvato
Extremófilos são microrganismos que podem sobreviver e proliferar em ambientes extremos. Um

grupo fascinante de extremófilos, chamados litotróficos, são organismos notáveis que são encontrados
nas profundezas da superfície da Terra, vivendo em rochas sob condições anaeróbicas e
sobrevivendo com CO 2 como sua única fonte de carbono.
2–94 Imagine que você esteja estudando um litotrófico recém-descoberto e tentando determinar o
que ele usa como fonte de elétrons para reduzir o CO 2 e produzir energia. Qual das
seguintes condições deve ser atendida para que uma molécula sirva como um doador de
elétrons útil?
A. A oxidação da molécula ocorre com uma diminuição da energia livre B. A
oxidação da molécula ocorre com um aumento da energia livre C. A redução da
molécula ocorre com uma diminuição da energia livre D. A redução da molécula
ocorre com um aumento da energia livre
2–95 Qual dos seguintes é mais provável de ser usado pelos litotróficos como
fonte de elétrons para reduzir o CO2 para formar moléculas orgânicas
úteis e como fonte de energia para gerar ATP?
A. Oxidação da glicose
B. Oxidação do H2S
C. Redução do H2
D. Redução do NO2
Capítulo 3 31
CAPÍTULO
Proteínas 3
A FORMA E A ESTRUTURA DAS PROTEÍNAS NESTE CAPÍTULO
TERMOS PARA APRENDER A FORMA E A ESTRUTURA

sítio polipeptídeo espinha dorsal estrutura quaternária DE PROTEÍNAS
de ligação da estrutura primária estrutura secundária cadeia
folha doença do príon lateral FUNÇÃO DE PROTEÍNA
de fibrila proteína estrutura terciária

amiloide em domínio da proteína
hélice conformação em espiral subunidade da proteína
DEFINIÇÕES
Combine a definição abaixo com seu termo na lista acima.

3–1 Relação tridimensional das diferentes cadeias polipeptídicas em uma proteína
multisubunidade ou complexo proteico.
3–2 Padrão de dobramento comum em proteínas, no qual uma sequência linear de aminoácidos se dobra
em uma espiral à direita estabilizada por pontes de hidrogênio internas entre os átomos do
esqueleto.
3–3 a sequência de aminoácidos de uma proteína.
3–4 Uma região na superfície de uma proteína que pode interagir com outra molécula
ecule através de ligação não covalente.
3–5 Agregado autopropagante e estável composto de cadeias polipeptídicas idênticas em

camadas em uma pilha contínua de folhas.
3–6 Cadeia de átomos de carbono e nitrogênio repetidos, ligados por ligações peptídicas, em
uma proteína.
3-7 Motivo estrutural comum em proteínas em que diferentes seções da cadeia polipeptídica correm lado
a lado e são unidas por pontes de hidrogênio entre os átomos do esqueleto polipeptídico.
3–8 Porção de uma proteína que possui uma estrutura terciária própria.
3–9 Padrões locais regulares de dobramento em uma proteína, incluindo hélice e folha.
VERDADEIRO FALSO
3–10 Cada fita em uma folha é uma hélice com dois aminoácidos por volta.
3–11 Regiões intrinsecamente desordenadas de proteínas podem ser identificadas usando

métodos de bioinformática para pesquisar genes para sequências de aminoácidos codificadas
que possuam alta hidrofobicidade e baixa carga líquida.
3–12 Alças de polipeptídeos que se projetam da superfície de uma proteína geralmente formam os locais
de ligação para outras moléculas.
32 Capítulo 3: Proteínas
3-13 As doenças causadas por príons podem se espalhar de um organismo para outro, desde que
o segundo organismo coma tecido que contenha o gene que codifica a proteína
envolvida na formação de brils amilóides.
3–14 Por que você supõe que apenas L-aminoácidos e não uma mistura aleatória de L- e D-
helicidade
aminoácidos são usados para produzir proteínas?
3–15 Quando a clara de ovo é aquecida, ela endurece. Esse processo de cozimento não pode ser
revertido, mas a clara de ovo cozida pode ser dissolvida aquecendo-a em uma solução
contendo um detergente forte (como dodecil sulfato de sódio) juntamente com um
0 4 6 8 10
agente redutor, como o 2-mercaptoetanol. Nenhum dos reagentes isoladamente tem 2 número de resíduos
qualquer efeito.
A. Por que ferver uma clara de ovo faz com que ela endureça? Figura 3–1 Helicidade de vários peptídeos de
B. Por que é necessário um detergente e um agente redutor para dissolver o comprimento crescente (Problema 3–16).
clara de ovo cozida?
3–16 Embora as hélices sejam componentes comuns das cadeias polipeptídicas, elas precisam
ter um certo comprimento mínimo. Para descobrir como o comprimento da cadeia afeta
a formação da hélice, você mede o dicroísmo circular (uma medida da helicidade) para Problemas p3.01/3.01
uma série de peptídeos de comprimento crescente (Figura 3-1). Por que essencialmente
não há formação de hélice até que a cadeia tenha pelo menos seis aminoácidos de
comprimento?
3–17 O arranjo uniforme dos oxigênios da carbonila do esqueleto e dos nitrogênios das
amida em uma hélice dá à hélice um dipolo líquido, de modo que carrega uma carga
parcial positiva na extremidade amino e uma carga parcial negativa na extremidade
carboxílica. Onde você esperaria que as extremidades das hélices estivessem
localizadas em uma proteína? Por que?
3–18 As hélices são muitas vezes incorporadas em uma proteína de modo que um lado
esteja voltado para a superfície e o outro lado voltado para o interior. Essas hélices são
frequentemente denominadas anfifílicas porque o lado da superfície é hidrofílico e o
lado interno é hidrofóbico. Uma maneira simples de decidir se uma sequência de
aminoácidos pode formar uma hélice anfifílica é organizar os aminoácidos em torno do
que é conhecido como “projeção da roda da hélice” (Figura 3-2). Se os aminoácidos
hidrofóbicos e hidrofílicos estiverem segregados em lados opostos da roda, a hélice é
anfifílica. Usando a projeção da roda da hélice, decida qual dos três peptídeos na
Figura 3-2 pode formar uma hélice anfifílica. (O mnemônico “FAMILY VW” ajudará você
a reconhecer os aminoácidos hidrofóbicos.)
3–19 Examine o segmento da folha mostrado na Figura 3–3. Para cada fio da folha, decida se ele
é paralelo ou antiparalelo a cada um de seus vizinhos.
3–20 Como as hélices, as folhas geralmente têm um lado voltado para a superfície da proteína e
o outro voltado para o interior, dando origem a um anfifílico Figura 3–2 Projeção da roda da hélice (Problema
3–18). (A) roda helicoidal. O círculo (roda)
representa a hélice vista de uma extremidade.
Os números mostram as posições das cadeias
laterais dos aminoácidos, projetadas na
(A) RODA HÉLICE (B) SEQUÊNCIAS DE PEPTÍDEOS roda. As posições dos primeiros 18
81 aminoácidos são mostradas; o aminoácido
15 12
19 ocuparia a mesma posição do aminoácido
4 5 S eu k S EM E M EM D E EM F R T F eu
1. O aminoácido 1 está mais próximo do leitor;
EU EU
11 16 o aminoácido 18 está mais distante. (B)

Sequências peptídicas. Os terminais N
18 9 F eu EU R EM eu R k EM F R EM eu T R EU eu S
são mostrados à esquerda;
7 2 aminoácidos hidrofóbicos são destacados em
amarelo; aminoácidos hidrofílicos não são
14 13 R eu F R S R EM eu k EU A EM EU R F eu eu EU
marcados. (Consulte a Tabela 8, página 966,

3 6
10 17 para o código de aminoácidos de uma letra.)
A FORMA E A ESTRUTURA DAS PROTEÍNAS 33
folha com uma superfície hidrofóbica e uma superfície hidrofílica. Das sequências
listadas abaixo, escolha aquela que pode formar uma fita em uma folha anfifílica. N N
tinta sobre a maneira como as cadeias laterais são dispostas em um fio de uma
N
folha. (Consulte a Tabela 8, página 966, para o código de aminoácidos de uma N
N N
letra; o mnemônico no Problema 3-18 também pode ser útil.)
A. ALSCDVETYWLI N
N
B. DKLVTSIAREFM N N
C. DSETKNAVFLIL N
D. TLNISFQMELDV E. VLEFMDIASVLD N
N N
N
N N
3–21 Várias dobras de proteínas diferentes são representadas de forma esquemática N
na Figura 3-4. Esses diagramas preservam a topologia da proteína e permitem N

N
decidir, por exemplo, se uma proteína está enovelada de uma nova maneira ou N
se é um exemplo de enovelamento de proteína já conhecido. Esses diagramas
também permitem uma demonstração imediata de um princípio fundamental do Figura 3–3 Um segmento de folha do interior da
tiorredoxina (Problema 3–19).
enovelamento de proteínas. Para cada uma dessas dobras, imagine que você
Nitrogênios de amida são indicados por Ns circulados;
pode segurar os terminais N e C e separá-los. Alguma das dobras ilustradas ligações de hidrogênio são mostradas como linhas vermelhas.
produziria um nó quando totalmente esticada? Problemas p3.03/3.03
3–22 É uma observação comum que as fitas antiparalelas em uma folha são conectadas por
laços curtos, mas que as fitas paralelas são conectadas por hélices. Por que você
acha que é isso?
3–23 Em 1968, Cyrus Levinthal apontou uma complicação no enovelamento de proteínas que
é amplamente conhecida como o paradoxo de Levinthal. Ele argumentou que, como
há números astronômicos de conformações abertas para uma proteína no estado
desnaturado, levaria muito tempo para uma proteína pesquisar todas as
possibilidades para encontrar a correta, mesmo que testasse cada conformação
possível com extrema rapidez. . No entanto, as proteínas desnaturadas
normalmente levam menos de um segundo para se dobrar dentro da célula ou no
tubo de ensaio. Como você acha que as proteínas conseguem se dobrar tão rapidamente?
3–24 A comparação de uma proteína de homeodomínio de levedura e de Drosophila

mostra que apenas 17 dos 60 aminoácidos são idênticos. Como é possível uma
proteína mudar mais de 70% de seus aminoácidos e ainda se dobrar da mesma
maneira?
3–25 Freqüentemente, a parte difícil da determinação da estrutura da proteína por

direção de raios X é obter bons cristais. Em casos difíceis, existem duas
abordagens comuns para obtenção de cristais: (1) usando fragmentos da
proteína e (2) tentando proteínas homólogas de espécies diferentes.
Figura 3–4 Representações topológicas de várias

dobras de proteínas (Problema 3–21).
As setas vermelhas verticais representam fios em
folhas; os conectores azuis podem ser loops ou
hélices. Linhas diagonais azuis grossas estão acima
do plano da página; finas linhas azuis ficam abaixo
do plano da página.
Figura 3–5 Proteína ativadora de catabólito b7

de E. coli (Problema 3–25). O
C
sombreamento amarelo indica sua estrutura de domínio. b6 N
b1
b5
B2
b4
b3
Figura 3–6 O domínio de repetição kelch da

galactose oxidase de D. dendroides
(Problema 3–27). Os sete indivíduos
as hélices são codificadas por cores e rotuladas.
terminaisProblemas
N e C sãop3.06/3.06/Q3.1
indicados por N Os
e C.
A. Examine a proteína na Figura 3-5. Onde você clivaria essa proteína para obter fragmentos
que se espera que se dobrem adequadamente e talvez formem cristais?
B. Por que você supõe que proteínas homólogas de diferentes espécies

Problemas
podem p3.05/3.05
morrer em sua capacidade de formar cristais?
3–26 Uma estratégia comum para identificar proteínas homólogas distantemente relacionadas é
pesquisar o banco de dados usando uma sequência de assinatura curta indicativa da
função específica da proteína. Por que é melhor pesquisar com uma sequência curta do
que com uma sequência longa? Você não tem mais chances de um “acerto” no banco
de dados com uma sequência longa?
3–27 O chamado motivo kelch consiste em uma folha de quatro fios, que forma o que é
conhecido como uma hélice. Geralmente é encontrado repetido quatro a sete vezes,
formando um domínio de repetição kelch em uma proteína multidomínio.
Um desses domínios de repetição de kelch é mostrado na Figura 3-6. Você classificaria
este domínio como um domínio do tipo “in-line” ou “plug-in”?
3–28 Examine os três monômeros de proteína na Figura 3–7. A partir da disposição das superfícies
de ligação complementares, que são indicadas por saliências e invaginações de formato
semelhante, decida qual monômero se agruparia em um anel, qual se reuniria em uma
cadeia e qual se reuniria em uma folha.
3–29 Cro é uma proteína reguladora de genes bacterianos que se liga ao DNA para desativar os
genes. É um dímero “cabeça-a-cabeça” simétrico. Cada uma das duas subunidades do
dímero reconhece uma determinada sequência curta de nucleotídeos no DNA.
Se a sequência de nucleotídeos reconhecida por uma subunidade é representada por
uma seta (), de modo que a “cabeça” da seta corresponda ao DNA reconhecido pela
“cabeça” da subunidade, qual das seguintes sequências no DNA representa a ligação
local para o dímero Cro?
A.
B.
(A) (B) (C)
C.
D.
E. Pode ser mais de um dos itens acima
3–30 Por que existem numerosos exemplos de dímeros “cabeça-a-cabeça” e “cauda-cauda”, mas Figura 3–7 Três monômeros de proteína
poucos, se houver, exemplos de dímeros “cabeça-cauda”? (Problema 3–28).
Proteínas p3.07/3.07
A FORMA E A ESTRUTURA DAS PROTEÍNAS 35
Figura 3–8 Superfícies de ligação para seis

+– +d + um +– +d + um
proteínas diferentes (Problema 3–31). Em cada
e a- –d de Anúncios -a d- caso, a maior parte da proteína está abaixo do
plano da página.
12345 6
3–31 As proteínas ligam-se umas às outras por meio de interações fracas entre superfícies
complementares. Aminoácidos com cargas opostas são opostos, assim como doadores
e aceitadores de ligações de hidrogênio, e as protuberâncias correspondem às
invaginações para que os contatos de p3.08/3.08
Problemas van der Waals possam ser maximizados. Quando
duas cópias de uma proteína se ligam para formar um dímero “cabeça a cabeça”, elas
usam a mesma superfície de ligação. Examine as superfícies de ligação das seis
proteínas mostradas na Figura 3-8, onde os aminoácidos carregados são indicados–, por
+ e os doadores e receptores de pontes de hidrogênio são indicados por d e a.
(Protrusões e invaginações — formas tridimensionais — não são representadas nas
superfícies de encadernação na Figura 3-8 apenas porque é difícil fazê-lo, mas sua
ausência não altera os princípios gerais derivados desse problema.) Em que casos,
duas cópias de uma proteína poderiam formar um dímero “cabeça a cabeça” no qual as
cargas e os grupos de pontes de hidrogênio são apropriadamente combinados? Você
consegue identificar alguma característica comum das superfícies que permite a
formação desses dímeros?
3–32 A lâmina nuclear C é um membro da família do lamento intermediário. Assim, ele deve
mostrar regiões do motivo de repetição heptal espiralada AbcDefg, onde A e D são
aminoácidos hidrofóbicos e b, c, e, f e g podem ser quase qualquer aminoácido. A
sequência da lâmina nuclear C é mostrada na Figura 3-9 com as potenciais regiões
espiraladas destacadas. Examine o segmento marcado como “bobina 1A”. Quão bem
ele está de acordo com a repetição do heptal? (Não se esqueça do mnemônico FAMILY
VW.)
bobina 1A
METPSQRRATRSGAQASSTPLSPTRITRLQEKEDLQELNDRLAVYIDRVRSLETENA
bobina 1B
GLRLRITESEEVVSREVSGIKAAYEAELGDARKTLDSVAAKERARLQLELSKVREEFK
ELKARNTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAK
LEAALGEAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVE
bobina 2
IDNGKQRFESRLADALQQLRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLV
GAAHELQQSRIRIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKE
REMAEMRARMQQQLDEYQQLLDIKLALDMQIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSR
GRASSHSSQTQGGGSVTKKRKLESTESRSSPSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRN
KSNEDQSMGNWQIKRQNGDDPLLTYRFPPKFTLKAGQVVTIWAAGAGATHSPPPTDLV
WKAQNTWGCGNSLRTALINSTGEEVAMRKLVRSVTVVEDDEDEDGDDLLHHHHVSGS
Figura 3–9 A sequência de aminoácidos da lâmina
RR nuclear C (Problema 3–32).
CÁLCULOS
3-33 Proteínas típicas têm estabilidade variando de 30 a 60 kJ/mol a 37°C.
A estabilidade é uma medida do equilíbrio
Problemas entre as formas dobradas e não dobradas da
p3.09/3.09
proteína: dobrada [F]
desdobrada [U], K = [U]/[F]
Para uma proteína com estabilidade de 41,5 kJ/mol, calcule a fração de proteína não
dobrada que existiria no equilíbrio a 37°C. No equilíbrio, G° = – RTlnK = – 2,3RTlog K,
onde R = 8,3 × 10–3 kJ/(mol K) e
T é a temperatura em K (37°C = 310 K).
3–34 Considere a seguinte declaração. “Para produzir uma molécula de cada tipo possível (A)
de cadeia polipeptídica, com 300 aminoácidos de comprimento, seriam necessários CH2 CH2
mais átomos do que os que existem no universo.” Dado o tamanho do universo, + H+
PEQUENO NH +HN
você acha que esta afirmação poderia estar correta? Como contar átomos é um
negócio complicado, considere o problema do ponto de vista da massa. A massa
do universo observável é estimada em cerca de 1080 gramas, mais ou menos (B)
uma ordem de magnitude. Supondo que a massa média de um aminoácido seja 1

de 110 daltons, qual seria a massa de uma molécula de cada tipo possível de
cadeia polipeptídica de 300 aminoácidos de comprimento? Isso é maior que a desdobramento de proteína
massa do universo?
0,5
protonação
TRATAMENTO DE DADOS
de histidina
desdobrada
protonada
fração
ou
3–35 A maioria das proteínas desnatura tanto em pH alto quanto baixo. Em pH alto,
acredita-se que a ionização das tirosinas internas seja a principal influência 0
desestabilizadora, enquanto em pH baixo, a protonação de histidinas enterradas
234 5 6 78
(Figura 3-10A) é a provável culpada. Uma curva de titulação para o desdobramento
pH
da enzima ribonuclease é mostrada na Figura 3-10B. Sobreposta a ela está a
curva de titulação esperada para a ionização de uma cadeia lateral de histidina Figura 3–10 Desnaturação de proteínas
(Problema 3–35). (A) Protonação de histidina.
com um pKa de cerca de 4, que é típico para uma histidina enterrada (o pKa para
(B) Curvas de titulação para desdobramento de
a cadeia lateral do aminoácido livre é 6). A curva de titulação para desnaturação proteínas e protonação de histonas.
é claramente muito mais íngreme do que para a cadeia lateral. Dada a discrepância Problemas p3.11/3.10
entre as curvas de titulação para o desdobramento da proteína e a protonação
da histidina, como pode ser verdade que a protonação da histidina causa o
desdobramento da proteína?
3-36 A titina, que tem um peso molecular de cerca de 3 × 106, é o maior polipeptídeo já
descrito. As moléculas de titina estendem-se dos ligamentos espessos do músculo
até o disco Z; acredita-se que eles atuem como molas para manter os grossos
lamentos centrados no sarcômero. A titina é composta por um grande número
de sequências repetidas de imunoglobulinas (Ig) de 89 aminoácidos, cada uma
delas dobrada em um domínio de cerca de 4 nm de comprimento (Figura 3-11A).
Você suspeita que o comportamento de mola da titina seja causado pelo
desdobramento sequencial (e redobramento) de domínios de Ig individuais. Você
testa essa hipótese usando o microscópio de força atômica, que permite pegar
uma extremidade de uma molécula de proteína e puxá-la com uma força medida
com precisão. Para um fragmento de titina contendo sete repetições do domínio
Ig, esse experimento fornece a curva de força versus extensão em dente de serra
mostrada na Figura 3-11B. Se o experimento for repetido em uma solução de
ureia 8 M (um desnaturante de proteína), os picos desaparecem e a extensão
medida torna-se muito mais longa para uma determinada força. Se o experimento
for repetido após a proteína ter sido reticulada por tratamento com glutaraldeído,
mais uma vez os picos desaparecem, mas a extensão torna-se muito menor para
uma determinada força.
A. Os dados são consistentes com sua hipótese de que o comportamento de mola
da titina se deve ao desdobramento sequencial de domínios de Ig individuais?
(A) (B)
400
300
força
(pN)
N 200
C
Figura 3–11 Comportamento primaveril da
100
titina (Problema 3–36). (A) A estrutura de um
0 domínio de Ig individual. (B) Força em
piconewtons versus extensão em nanômetros
0 50 100 150 200 obtidos por microscopia de força atômica.
extensão (nm)
B. A extensão para cada evento putativo de desdobramento de domínio é a magnitude que lisado insulina + BSA
você esperaria? (Em uma cadeia polipeptídica estendida, os aminoácidos são espaçados *NÃO NÃO *NÃO NÃO
em intervalos de 0,34 nm.) TDT TDT TDT TDT
C. Por que cada pico sucessivo na Figura 3-11B é um pouco mais alto que o NÃO *NÃO NÃO *NÃO
antes?
D. Por que a força colapsa tão abruptamente após cada pico?
3–37 Você é cético em relação à afirmação geral de que as cisteínas nas proteínas intracelulares
albumina
não estão envolvidas em ligações dissulfeto, enquanto nas proteínas extracelulares
elas estão. Para testar essa afirmação, você realiza o seguinte experimento. Como
fonte de proteína intracelular, você usa reticulócitos, que não possuem membranas
internas e, portanto, não possuem proteínas do retículo endoplasmático (ER) ou outros
compartimentos envoltos por membrana. Como exemplos de proteínas extracelulares,
você usa a albumina de soro bovino (BSA), que possui 37 cisteínas, e a insulina, que
possui 6. Você desnatura as proteínas solúveis de um lisado de reticulócitos e as duas
proteínas extracelulares para que todas as cisteínas sejam expostas. Para sondar o
status das cisteínas, você trata as proteínas com N-etilmaleimida (NEM), que reage cadeias
covalentemente com os grupos –SH de cisteínas livres, mas não com átomos de de insulina
enxofre em ligações dissulfeto. No primeiro experimento, você trata as proteínas

desnaturadas com NEM marcado radioativamente, então quebra qualquer ligação
dissulfeto com ditiotreitol (DTT) e reage uma segunda vez com NEM não marcado. No
segundo experimento, você faz o inverso: primeiro trata as proteínas desnaturadas com Figura 3–12 Teste para ligações
NEM não marcado, depois quebra as ligações dissulfeto com DTT e trata com NEM dissulfeto em proteínas citosólicas e
marcado radioativamente. As proteínas são separadas de acordo com o tamanho por extracelulares (Problema 3–37). A
ordem de tratamento com NEM e DTT é
eletroforese em um gel de poliacrilamida (Figura 3-12).
indicada no topo de cada raia; *NEM indica
NEMProblemas
radiomarcado.
p3.13/3.12
A. Alguma proteína citosólica possui ligações dissulfeto?
B. As proteínas extracelulares possuem algum grupo cisteína –SH livre?
C. Como você acha que os resultados podem diferir se você usar lisados de células
que possuem compartimentos internos envoltos por membrana?
FUNÇÃO DE PROTEÍNA

proteína alostérica de inibição por feedback do local ativo proteína fosfatase proteômica
Anticorpo de proteína de sítio regulador
ligação a GTP (GTPase) andaime substrato
antígeno ligante ligação catalisador lisozima proteico estado de
coenzima constante de equilíbrio (K) proteína transição
proteína motora ubiquitina ubiquitina
quinase enzima ligase
DEFINIÇÕES
3–38 Uma proteína que serve tanto para unir um conjunto de proteínas em interação quanto para
posicioná-las em um local específico em uma célula.
3–39 Tipo de regulação metabólica na qual a atividade de uma enzima que atua próximo ao início
de uma via de reação é reduzida por um produto da via.
3–40 Proteína produzida pelo sistema imunológico em resposta a uma molécula estranha
ecule ou microorganismo invasor.
3–41 Região da superfície de uma enzima à qual uma molécula de substrato se liga em
para sofrer uma reação catalisada.
3–42 Um catalisador de proteína que acelera uma reação, muitas vezes por um fator de um milhão
ou mais, sem ele mesmo ser alterado.
3–43 primeiro exemplo de uma família especial de pequenas proteínas cujos membros
estão covalentemente ligados a outras proteínas para influenciar sua atividade ou destino.
3–44 Efeito mútuo da ligação de um ligante na ligação de outro que

é uma característica central do comportamento de todas as proteínas alostéricas.
3–45 Enzima que transfere o grupo fosfato terminal do ATP para um

aminoácido em uma proteína-alvo.
3–46 Estrutura limitante de velocidade que se forma transitoriamente no curso de uma reação
química e tem a maior energia livre de qualquer reação intermediária.
3–47 Proteína que altera sua conformação (e frequentemente sua atividade) quando se liga a uma
molécula reguladora ou quando é modificada covalentemente.
3–48 Um termo frequentemente usado para descrever pesquisas focadas na

análise de um grande número de proteínas.
3–49 Molécula pequena que está fortemente associada a um catalisador de proteína e participa
da reação química, muitas vezes formando uma ligação covalente com o substrato.
VERDADEIRO FALSO
3–50 A tendência de um grupo da cadeia lateral de um aminoácido, como –COOH, liberar

um próton, seu pKa, é a mesma para o aminoácido em solução e para o aminoácido
em uma proteína.
3–51 Para uma família de genes relacionados que não correspondem a genes de função
conhecida no banco de dados de sequências, deve ser possível deduzir sua função
usando “rastreamento evolutivo” para ver onde os aminoácidos conservados se
agrupam em suas superfícies.
3–52 Concentrações mais altas de enzima dão origem a um número de rotatividade mais alto.
3–53 Enzimas que passam por transições alostéricas cooperativas invariavelmente consistem
em montagens simétricas de múltiplas subunidades.
3-54 A adição e remoção contínuas de fosfatos por proteínas quinases e proteínas fosfatases é
um desperdício de energia – uma vez que sua ação combinada consome ATP – mas é
uma consequência necessária da regulação efetiva por fosforilação.
3-55 Alterações conformacionais em proteínas nunca excedem alguns décimos de

nanômetro.
Dissostichus eleginoides, o
robalo chileno
3–56 Os peixes nototenióides antárticos (Figura 3–13) evitam o congelamento em seu ambiente
perpetuamente gelado por causa de uma proteína anticongelante que circula em seu
sangue. Essa adaptação evolucionária permitiu que a subordem Notothenioidei se
tornasse dominante no gelado Oceano Antártico. Diz-se que todas as proteínas
funcionam ligando-se a outras moléculas. A que ligante você acha que as proteínas
anticongelantes se ligam para evitar que o peixe congele? Pagothenia borchgrevinki
Ou você acha que isso pode ser um exemplo de uma proteína que funciona na ausência
Figura 3–13 Dois nototenióides sh
de qualquer interação molecular? (Problema 3–56). A família dos
nototenióides agora domina a plataforma
3–57 Como o ambiente protéico ao redor de uma cadeia lateral de aminoácido afeta suas
continental da Antártica, respondendo por
propriedades químicas? Considere o grupo carboxila em uma cadeia lateral de aspartato 50% das espécies e 95% da biomassa
nos seguintes ambientes em uma proteína. Ordene esses ambientes da maior para a de peixes. O robalo chileno é comumente
servido em restaurantes.
menor proporção de
H3C CH3 H3C OH

grupos carboxila na forma –COO–; isto é, em termos de seus pKas. Explique sua classificação.
CH CH
1. Uma cadeia lateral de aspartato na superfície de uma proteína sem nenhum outro grupo
CH CH
ionizável próximo.
+H3N COO– +H3N COO–
2. Uma cadeia lateral de aspartato enterrada em uma bolsa hidrofóbica na superfície de
uma proteína.
valina treonina
3. Uma cadeia lateral de aspartato em uma bolsa hidrofóbica adjacente a um glutamato
cadeia lateral. Figura 3–14 Estruturas de valina e
4. Uma cadeia lateral de aspartato em um bolso hidrofóbico adjacente a um lado de lisina treonina (Problema 3–58).
corrente.
3–58 Aminoacil-tRNA sintetases ligam aminoácidos específicos a seus tRNAs apropriados na preparação
para a síntese de proteínas. A sintetase que liga a valina ao tRNAVal deve ser capaz de Problemas p3.15/3.14
discriminar valina de treonina, que diferem apenas ligeiramente em estrutura: a valina tem
um grupo metil onde a treonina tem um grupo hidroxila (Figura 3-14). Valil-tRNA syn thetase
atinge essa discriminação em duas etapas. No primeiro, ele usa um bolso de ligação cujos
contornos permitem que valina ou treonina (mas não outros aminoácidos) se liguem, mas a
ligação de valina é preferida. Este sítio é responsável pelo acoplamento do aminoácido ao
tRNA. Na segunda etapa, a enzima verifica o aminoacil-tRNA recém-criado usando um
segundo sítio de ligação que é muito específico para a treonina e o hidrolisa do tRNA. Como
você acha que o segundo sítio de ligação pode ser muito específico para a treonina, enquanto
o primeiro sítio de ligação tem apenas uma especificidade moderada para a valina?
3–59 Você criou um anticorpo monoclonal específico de alta anidade contra a enzima em que está
trabalhando e identificou seu local de interação como um trecho de seis aminoácidos na
enzima. Seu orientador sugere que você possa usar o anticorpo para purificar a enzima por
cromatografia de anidade. Essa técnica envolveria anexar o anticorpo à matriz inerte de uma
coluna, passando um lisado celular bruto sobre a coluna, permitindo que o anticorpo se
ligasse à sua enzima, mas não a outras proteínas, e finalmente eluindo sua enzima lavando
a coluna com uma solução contendo o peptídeo de seis aminoácidos correspondente ao
sítio de ligação. A principal vantagem da cromatografia de anidade é que ela permite uma NÃO CATALISADO
purificação rápida em uma etapa sob condições suaves que retêm a atividade enzimática.
ativação
Em um experimento preliminar, você mostra que, se incubar o anticorpo com o peptídeo energia
correspondente ao local de ligação, ele não se ligará mais à sua enzima, demonstrando que
energia
livre
o anticorpo se liga ao peptídeo.

S
Encorajado, você liga o anticorpo à coluna e mostra que ele remove completamente sua
enzima do lisado celular bruto. Quando você tenta eluir sua enzima com uma solução P
contendo uma alta concentração do peptídeo, no entanto, você descobre que nenhuma
progresso da reação
enzima sai da coluna. O que poderia ter dado errado? (tinta sobre o que deve acontecer para
que a enzima saia da coluna.) CATALIZADO
3–60 Examine a Figura 3–15, que compara a energia de uma reação catalisada e não catalisada durante
o progresso da reação do substrato (S) ao produto (P). O pico mais alto em tal diagrama
corresponde ao estado de transição, que é um arranjo instável e de alta energia de átomos energia
livre
ativação
de substrato que é intermediário entre substrato e produto. A energia livre necessária para energia
superar essa barreira à reação é denominada energia de ativação. As enzimas funcionam S É
diminuindo a energia de ativação, permitindo assim uma aproximação mais rápida ao equilíbrio.
P
progresso da reação
Com este diagrama em mente, considere a seguinte questão. Suponha que a enzima no
Figura 3–15 Reações catalisadas e não
diagrama sofreu uma mutação de tal forma que sua anidade para o substrato foi aumentada catalisadas mostrando a energia livre
por um fator de 100. Suponha que não houve outro efeito além de aumentar a profundidade em vários estágios no progresso da
da calha rotulada como ES reação (Problema 3–60).
(complexo enzima-substrato) na Figura 3-15. Você esperaria que a velocidade da reação

catalisada pela enzima alterada fosse mais rápida, mais lenta ou igual à velocidade da
reação catalisada pela enzima normal?
3–61 Qual das seguintes propriedades de uma enzima é responsável por seu comportamento de
saturação; isto é, uma taxa máxima insensível a aumentos adicionais na concentração de
substrato?
A. A enzima não altera a constante de equilíbrio global para uma reação
ção.
B. A enzima reduz a energia de ativação de uma reação química. A enzima é um
C. catalisador que não é consumido pela reação. A enzima tem um número
D. fixo de sítios ativos onde o substrato se liga. O produto da reação enzimática
E. geralmente inibe a enzima.
3–62 A constante de Michaelis, Km, é freqüentemente mencionada como se fosse uma medida
da anidade da enzima para o substrato: quanto menor o Km, maior a anidade de ligação.
Isso seria verdadeiro se Km fosse o mesmo que Kd (a constante de equilíbrio para a reação
de dissociação), mas não é. Para uma reação catalisada por enzima
k1 kcat
E + S ES ÿ E + Pk -1
(k–1 + kcat)
km =
k1
A. Em termos dessas constantes de velocidade, qual é o Kd para dissociação do ES com

plex para E + S?
B. Em que condições Km é aproximadamente igual a Kd?
C. O Km superestima ou subestima consistentemente a capacidade vinculativa? Ou às vezes
superestima e às vezes subestima a anidade obrigatória?
3–63 Você está tentando determinar se é melhor purificar uma enzima de sua fonte natural ou expressar
o gene em bactérias e depois purificá-lo. Você purifica a enzima da mesma forma de ambas
as fontes e mostra que cada preparação fornece uma única banda por eletroforese em gel
desnaturante, uma medida comum de pureza. Quando você compara os parâmetros
cinéticos, descobre que ambas as enzimas têm o mesmo Km , mas a enzima da bactéria
tem um Vmáx 10 vezes menor . Proponha possíveis explicações para esse resultado.
3–64 A enzima hexoquinase adiciona um fosfato à D-glicose, mas ignora sua imagem
especular, a L-glicose. Suponha que você seja capaz de sintetizar a hexaquinase
inteiramente a partir de D-aminoácidos, que são a imagem espelhada dos L-aminoácidos
normais.
A. Supondo que a enzima “D” se dobraria para uma conformação estável, que relação você
esperaria que ela tivesse com a enzima “L” normal?
B. Você acha que a enzima “D” adicionaria um fosfato à L-glicose e ignoraria a D-glicose?
3–65 Em 1948, Linus Pauling propôs o que hoje é considerado uma chave
aspecto da função enzimática.
“Acredito que uma enzima tem uma estrutura muito semelhante àquela encontrada para os
anticorpos, mas com uma diferença importante, a saber, que a configuração da superfície
da enzima não é tão complementar ao seu substrato específico como é a de um anticorpo,
mas em vez disso, é complementar a uma molécula instável com apenas existência
transitória - ou seja, o 'complexo ativado' [estado de transição, na linguagem moderna] para
a reação que é catalisada pela enzima. O modo de ação de uma enzima seria então o
seguinte: a enzima apresentaria um pequeno poder de
H H H Figura 3-16 A reação catalisada pela

triosefosfato isomerase e o inibidor da
H C OH C OH C O enzima fosfoglicolato (Problema 3-65).
C O C O– H C OH
2– 2– 2–
H2 C OPO3 H2 C OPO3 H2 C OPO3
fosfato de dihidroxiacetona intermediário cis- gliceraldeído 3-fosfato

enodiolato
C O–
2–
H2 C OPO3
inibidor de fosfoglicolato
atração pela molécula ou moléculas de substrato, que se ligariam a ela em sua

região de superfície ativa. Essa molécula de substrato, ou essas moléculas,
seriam então tensionadas pelas forças de atração da enzima, que tenderiam a
deformá-la na configuração para o complexo ativado, para o qual o poder de
atração pela enzima é maior…. A suposição feita acima de que a enzima tem
uma configuração complementar ao complexo ativado e, portanto, tem o maior
poder de atração para o complexo ativado, significa que a energia de ativação

para a reação é menor na presença da enzima do que na sua ausência , e,
portanto, que a reação seria acelerada pela enzima.” A enzima triosefosfato
isomerase catalisa a interconversão de gliceraldeído 3-fosfato e diidroxiacetona
fosfato através de
um intermediário cis-enodiolato (Figura 3-16). O fosfoglicolato (Figura
3-16) é um inibidor competitivo da triosefosfato isomerase com um Kd de 7 ÿM.
Os substratos normais para a enzima têm um Kd de cerca de 100 ÿM. Você
acha que o fosfoglicolato é um análogo do estado de transição? Por que ou por
que não?
3–66 O mecanismo de clivagem da lisozima de seu substrato polissacarídeo

requer Glu35 em sua forma não ionizada, enquanto o próximo Asp52 deve
estar ionizado (Figura 3-17). Os valores de pKa para os grupos carboxila da
cadeia lateral nos dois aminoácidos em solução são virtualmente idênticos.
A. Como um grupo carboxila pode ser carregado e o outro não carregado no
sítio ativo da lisozima?
B. O pH ótimo para a lisozima é cerca de 5. Por que você supõe que a atividade
diminui acima e abaixo desse ótimo?
Glu35
NAG
O
Figura 3–17 Formas de Glu35 e Asp52
necessárias para a clivagem do
Asp52
C polissacarídeo pela lisozima (Problema 3–
O H O 66). No modelo de preenchimento
O
– espacial, as posições de Glu35 e Asp52
Glu35 C C
são mostradas em relação ao trissacarídeo
O
O C Asp52
de unidades de N-acetilglicosamina
O (NAG), tri-NAG, que não é longo o
suficiente para ser clivado. No diagrama
NAG esquemático, as posições de Glu35 e
tri-NAG Asp52 são mostradas em relação à
ligação glicosídica a ser clivada em um
polissacarídeo composto de resíduos NAG.
FG AMP Figura 3–18 Diagrama esquemático da

via metabólica para síntese de AMP e
R5P A B CD E GMP a partir de R5P (Problema 3–70).
HI GMP
3–67 Como você supõe que uma molécula de hemoglobina é capaz de ligar o oxigênio de maneira
eficiente nos pulmões e, ainda assim, liberá-lo com eficiência nos tecidos?
Problemas p3.19/3.18/Q3.4
3–68 Se você fosse responsável pelo projeto de uma enzima para uma célula, em que circunstâncias
você poderia projetar uma enzima que tivesse um Km muito, muito menor do que a
concentração de substrato predominante ([S] >> Km)? A Km em torno da concentração de
substrato predominante ([S] ÿ Km)? Um Km muito, muito maior que a concentração de
substrato predominante ([S] << Km)?
3–69 Qual das opções a seguir NÃO descreve um mecanismo que as células usam para
regular as atividades enzimáticas?
A. As células controlam a atividade enzimática por fosforilação e desfosforilação
ção.
B. As células controlam a atividade enzimática pela ligação de pequenas moléculas.
C. As células controlam as taxas de difusão de substratos para enzimas.
D. As células controlam as taxas de degradação enzimática.
E. As células controlam as taxas de síntese enzimática.
F. As células controlam o direcionamento de enzimas para organelas específicas.
3–70 A síntese dos nucleotídeos purínicos AMP e GMP prossegue por uma via ramificada começando
com ribose 5-fosfato (R5P), conforme mostrado esquematicamente na Figura 3–18. Usando
os princípios da inibição por retroalimentação, proponha uma estratégia regulatória para esta
via que assegure um suprimento adequado de AMP e GMP e minimize o acúmulo dos
intermediários (A–I) quando os suprimentos de AMP e GMP são adequados.
3–71 As vias dedicadas à síntese de bioprodutos específicos, como as purinas, são comumente
reguladas por inibição por feedback do produto final. Em contraste, o fluxo de metabólitos
através da teia de caminhos dedicados ao metabolismo energético geral – produção e
utilização de ATP, bem como o acúmulo e degradação das reservas internas de combustível
– é regulado por metabólitos cujas concentrações refletem o estado energético da célula.
Os metabólitos de sinal semelhantes ao ATP (como ATP e NADH) tendem a se acumular

quando a célula está consumindo ATP lentamente para atender às suas necessidades
energéticas; Metabólitos de sinal do tipo AMP (como AMP, ADP, fosfato inorgânico e NAD+)
tendem a se acumular quando a célula está usando ATP rapidamente.
Considere as vias para a síntese e degradação do glicogênio, a principal reserva de
combustível nas células musculares (Figura 3-19). A via de síntese é controlada pela
glicogênio sintase, enquanto a via de degradação é controlada pela glicogênio fosforilase. No
músculo em repouso, que tipo de metabólito sinal seria esperado para acumular? Como seria
esperado que esses metabólitos sinalizadores afetassem a atividade das duas enzimas
reguladas do metabolismo do glicogênio? E quanto ao exercício muscular?
glicogênio
fosforilase
Figura 3-19 Vias para a síntese de

ATP ATP
glicogênio e sua quebra em glicose 6-
GLICOGÊNIO G1P G6P
fosfato, que é um intermediário ao
CO2
longo da via para o metabolismo
da glicose em CO2 (Problema 3-71).
UDPG G6P significa glicose 6-fosfato, G1P
glicogênio GLICOSE para glicose 1-fosfato e UDPG para
sintase uridina difosfoglicose.
3–72 A enzima glicogênio fosforilase usa o fosfato como substrato para separar a glicose-1-
fosfato do glicogênio, que é um polímero da glicose. A glicogênio fosforilase na ausência
de quaisquer ligantes é um dímero que existe em duas conformações: uma predominante
com baixa atividade enzimática e outra mais rara com alta atividade. Tanto o fosfato, um
substrato que se liga ao sítio ativo, quanto o AMP, um ativador que se liga a um sítio
alostérico, alteram o equilíbrio conformacional ligando-se preferencialmente a uma
conformação. A qual conformação da enzima você esperaria que o fosfato se ligasse e por
quê? A qual conformação você esperaria que o AMP se ligasse e por quê? Como a ligação
de qualquer uma das moléculas altera a atividade da enzima?
3–73 Monod, Wyman e Changeux (MWC) explicaram originalmente o comportamento cinético das
enzimas alostéricas usando quatro postulados, conforme resumido abaixo.
Figura 3–20 Um subconjunto de todos os arranjos

1. Todas as subunidades da enzima alostérica têm conformações idênticas e
possíveis de um tetrâmero, composto de subunidades
estão dispostos simetricamente. com uma de duas conformações (Problema 3–73).
2. Cada subunidade carrega um sítio de ligação para cada ligante. Círculos e quadrados representam as duas
3. A enzima alostérica pode existir em pelo menos duas conformações que conservam conformações das subunidades dos Problemas
p3.21/3.20 ; azul escuro indica uma subunidade
sua simetria geral. As diferentes conformações podem ter anidades muito diferentes para
com um ligante ligado.
os ligantes, que podem estar ligados a qualquer combinação de subunidades.
4. A capacidade de ligação de um ligante depende apenas do estado conformacional da

enzima alostérica e não da ocupação de sítios vizinhos.
Um subconjunto de todos os arranjos de subunidades em uma enzima alostérica
composta por quatro subunidades idênticas é mostrado na Figura 3-20. Cada subunidade
possui duas conformações possíveis e as subunidades azuis escuras possuem um ligante
ligado. Assumindo que o ligante se liga muito mais firmemente a uma conformação de
subunidade (círculo), decida quais das espécies tetraméricas são consistentes com os
postulados do MWC. Qual seria sua resposta se o ligante se ligasse igualmente bem a cada
uma das duas conformações da subunidade?
3–74 Muitas proteínas dentro das células são reguladas por fosforilação e desfosforilação. Considere
uma reação metabólica catalisada por uma enzima que é totalmente ativa quando não
fosforilada e completamente inativa quando é fosforilada (Figura 3-21). Dentro da célula, a
taxa dessa reação metabólica pode variar continuamente de muito rápida a muito lenta (ou
zero) em qualquer concentração de substrato. Como é que a reação na célula pode
prosseguir em qualquer velocidade entre muito rápido e zero, mesmo que as moléculas de
enzimas individuais estejam totalmente ligadas ou completamente desligadas?
3–75 Proteínas motoras geralmente requerem hidrólise de ATP (ou GTP) para garantir o movimento
unidirecional.
A. Na ausência de ATP, você esperaria que uma proteína motora parasse de se mover, andasse
para frente e para trás, se movesse no sentido inverso ou continuasse se movendo para
frente, mas mais lentamente?
B. Suponha que as concentrações de ATP, ADP e fosfato foram ajustadas de modo que a
mudança de energia livre para hidrólise de ATP pela proteína motora fosse igual a zero (em
vez de muito negativa, como normalmente é).
Nessas condições, você esperaria que uma proteína motora parasse de se mover, andasse
para frente e para trás, se movesse para trás ou continuasse se movendo para frente, mas
mais lentamente?
2–
PO4
CÁLCULOS
SOBRE DESLIGADO
3–76 Um anticorpo se liga a outra proteína com uma constante de equilíbrio, K, de 5 × 109 M–1. Figura 3–21 Estados fosforilados e não
Quando se liga a uma segunda proteína relacionada, forma três pontes de hidrogênio a fosforilados de uma enzima metabólica (Problema
menos, reduzindo sua capacidade de ligação em 11,9 kJ/mol. 3–74).
Qual é o K para sua ligação à segunda proteína? (A mudança de energia livre está
relacionada com a constante de equilíbrio pela equação G° = –2,3 RT log K, onde R é 8,3
× 10–3 kJ/(mole K) e T é 310 K.)
3–77 A constante de equilíbrio para uma reação como a da ligação do anticorpo (Ab) a uma
proteína (Pr) para formar um complexo anticorpo-proteína (Ab-Pr) é igual à razão entre a
constante de taxa de associação, kon, e a constante de taxa de dissociação , ko (K = [Ab–
Pr]/([Ab][Pr]) = kon/ ko). Lembre-se de que a taxa de associação (kon[Ab][Pr]) é igual à
taxa de dissociação (ko[Ab–Pr]) no equilíbrio. Considere duas dessas reações. O primeiro
tem uma constante de taxa de ativação de 105 M–1 seg–1 e uma constante de taxa de O
de 10–3 seg–1 a 37°C. O segundo tem uma constante de taxa de ativação de 103 M–1
seg–1 e uma taxa de o de 10–5 seg–1 a 37°C.
A. Quais são as constantes de equilíbrio para essas duas reações?
B. Em concentrações iguais de anticorpo e proteína, qual deles reage
ções atingirão seu ponto de equilíbrio mais rapidamente?
C. Você deseja usar um anticorpo para purificar a proteína que está estudando. Você está
preocupado que o complexo possa se desintegrar no tempo que leva para isolá-lo e não
tem certeza de como as taxas de oxigênio se relacionam com o meio-tempo de dissociação;
isto é, o tempo em que metade do complexo terá se dissociado. Pode-se mostrar que a
fração do complexo remanescente no tempo t ([Ab–Pr]t) em relação ao presente inicialmente
([Ab–Pr]0) é
[Ab–Pr]t = e–kot
[Ab–Pr]0
uma equação mais facilmente tratada em sua forma logarítmica,
[Ab–Pr]t
log [Ab– = –kot 2.3
Pr]0
Usando essa relação, decida quanto tempo levará para a dissociação de metade dos
complexos Ab-Pr em cada uma das duas reações acima. Despreze qualquer contribuição
do novo complexo sendo formado na reação de associação.
3–78 Considere uma reação não catalisada, A B. As constantes de velocidade para as reações direta
e inversa são kf = 10–4 seg–1 e kr = 10–7 seg–1. Assim, as taxas ou velocidades (v) das
reações direta e inversa são
vf = kf [A] e vr = kr [B]
e a taxa de reação global é
v = vf – vr = kf [A] – kr [B]
A. Qual é a taxa de reação global no equilíbrio?

B. Qual é o valor da constante de equilíbrio, K?
C. Agora você adiciona uma enzima que aumenta kf por um fator de 109. Qual será o valor da
constante de equilíbrio com a enzima presente? Qual será o valor de kr ?
3–79 Muitas enzimas obedecem à cinética simples de Michaelis–Menten, que é resumida pela
equação
Vmax [S]Taxa
=
[S] + Km
onde Vmax = velocidade máxima, [S] = concentração de substrato e Km = a constante de

Michaelis.
É instrutivo inserir alguns valores de [S] na equação para ver como a taxa é afetada.
Quais são as taxas para [S] iguais a zero, iguais a Km e iguais à concentração infinita?
3–80 Suponha que a enzima que você está estudando seja regulada pela fosforilação. Quando a
enzima é fosforilada, o Km para o seu substrato
aumenta por um fator de 3, mas Vmax permanece inalterado. Em uma

concentração de substrato igual ao Km para a enzima não fosforilada, decida se
a fosforilação ativa a enzima ou a inibe? Explique seu raciocínio.
3–81 Para uma enzima que segue a cinética de Michaelis-Menten, por qual fator a
concentração do substrato deve aumentar para alterar a velocidade da reação de
20% para 80% Vmáx?
A. Um fator de 2
B. Um fator de 4
C. Um fator de 8
D. Um fator de 16
E. O fator necessário não pode ser calculado sem conhecer o Km
3–82 e “número de renovação”, ou kcat, para uma enzima é o número de moléculas

de substrato convertidas em produto por uma molécula de enzima por unidade
de tempo quando a enzima está totalmente saturada com substrato. A velocidade
máxima de uma reação, Vmax, é igual a kcat vezes a concentração da enzima.
(Lembre-se de que a velocidade máxima ocorre quando toda a enzima está
presente como complexo ES.) A anidrase carbônica catalisa a hidratação do CO2
para formar H2CO3. Operando em sua taxa máxima, 10 ÿg de anidrase carbônica
pura (Mr 30.000) em 1 mL hidrata 0,90 g de CO2 em 1 minuto. Qual é o número
de rotatividade da anidrase carbônica?
3–83 O vírus do sarcoma de Rous (RSV) carrega um oncogene chamado Src, que codifica
uma proteína tirosina quinase continuamente ativa que leva à proliferação celular
descontrolada. Normalmente, o Src carrega um grupo de ácido graxo (toilato de
myris) ligado que permite que ele se ligue ao lado citoplasmático da membrana
plasmática. Uma versão mutante de Src que não permite a ligação do miristoilato
não se liga à membrana. A infecção de células com RSV que codifica a forma
normal ou mutante de Src leva ao mesmo alto nível de atividade de proteína
tirosina quinase, mas o Src mutante não causa proliferação celular.
A. Supondo que o Src normal esteja todo ligado à membrana plasmática e que o Src
mutante esteja distribuído por todo o citoplasma, calcule suas concentrações
relativas na vizinhança da membrana plasmática. Para fins deste cálculo, suponha
que a célula seja uma esfera com um raio (r) de 10 ÿm e que o Src mutante
esteja distribuído por toda a célula, enquanto o Src normal está confinado a uma
camada de 4 nm de espessura imediatamente abaixo a membrana. [Para este
problema, suponha que a membrana não tenha espessura. O volume de uma
esfera é (4/3)r3.] O alvo (X) para fosforilação por Src reside na membrana.
B.
Explique por que o mutante Src não causa proliferação celular.
TRATAMENTO DE DADOS pentapeptídeos com tirosina
684 708 719 731 739 743 746 755

3–84 A ligação do fator de crescimento derivado de plaquetas (PDGF) ao receptor
de PDGF estimula a fosforilação de oito tirosinas no domínio citoplasmático do
receptor. A enzima fosfatidilinositol 3-quinase (PI 3-quinase) liga-se a uma ou
mais das fosfotirosinas através de seus domínios SH2 e é assim ativada. Para pentapeptídeos com fosfotirosina
identificar as fosfotirosinas ativadoras, você sintetiza oito pentapeptídeos que 684 708 719 731 739 743 746 755
contêm as tirosinas críticas (no N-terminal) em suas formas fosforiladas ou não
fosforiladas. Você então mistura um excesso de cada uma das várias marés
pentapep com receptor fosforilado de PDGF e PI 3-quinase. A imunoprecipitação Figura 3–22 Ensaio para PI 3-quinase
do receptor de PDGF reduzirá qualquer PI 3-quinase ligada, que pode ser em imunoprecipitados do receptor de
avaliada por sua capacidade de adicionar 32P-fosfato ao seu substrato (Figura PDGF (Problema 3–84). Os
3-22). pentapeptídeos são indicados por
números
referemno que
à receptor
posição se
p3.24/3.22
PDGF. da tirosina
Os círculos vermelhos indicam a
A. Seus resultados apóiam a noção de que a PI 3-quinase se liga a fosfot-rosinas no incorporação de 32P-fosfato no substrato
receptor de PDGF ativado? Por que ou por que não? para PI 3-quinase.
B. As sequências de aminoácidos dos pentapeptídeos do receptor de PDGF testados

acima (numeradas de acordo com a posição da tirosina no receptor de PDGF) e de
segmentos peptídicos que se sabe se ligarem à PI 3-quinase em outros receptores
ativados são mostradas abaixo.
684 YSNAL YMMMR (receptor de FGF)
708 YMDMSYTHMN (receptor de insulina)
719 YVPML YEVML (receptor do fator de crescimento de hepatócitos)
731 YADY YMDMK (receptor de fator de aço)
739 YMAPS YVEMR (receptor CSF-1)
743 YDNYE
746 DE PSA
755 YRATL
Quais são as características comuns dos segmentos peptídicos que formam sítios de
ligação para PI 3-quinase?
C. Qual dos três tipos comuns de interação proteína-proteína — superfície-fita, hélice-hélice
ou superfície-superfície — a ligação da PI 3-quinase com o receptor PDGF mais
provavelmente ilustra?
3–85 Um método comum para determinar o equilíbrio da ligação de um ligante (L) a uma proteína
(Pr) é usar a eletroforese em gel para separar as formas ligada (Pr–L) e livre do ligante.
Por convenção, o equilíbrio é geralmente considerado para a reação de dissociação
(Pr–L Pr + L), em vez da reação de associação (Pr + L Pr–L), e assim a constante de
equilíbrio é chamada de constante de dissociação, Kd. Esse método foi usado para
mostrar que a proteína, SmpB, se liga especificamente a uma espécie especial de tRNA
(tmRNA) que é usada em bactérias para eliminar as proteínas incompletas feitas de
mRNAs truncados. Neste experimento, o tmRNA foi marcado e incluído nas reações
de ligação em uma concentração de 0,1 nM (10–10 M). A proteína SmpB purificada foi
incluída em uma variedade de concentrações e a mistura foi incubada até que a reação
de ligação estivesse em equilíbrio. O tmRNA livre e ligado foi então separado por
eletroforese e tornado visível por autorradiografia (Figura 3-23). (Observe que esse
método requer que a taxa de oxigênio seja lenta o suficiente para que o complexo não
se dissocie durante o tempo que leva para realizar a eletroforese, geralmente algumas
horas.)
A. Considere a equação Kd = [Pr][L]/[Pr–L]. Quando as concentrações de ligante ligado e

livre são iguais, qual é a relação entre a concentração de proteína livre e o Kd?
B. Pela inspeção visual da Figura 3–23, estime o Kd. Você precisa se preocupar com a
concentração de proteína ligada neste experimento? Por que ou por que não?
C. A concentração de tmRNA marcado nestas experiências foi de 100 pM.

Os resultados teriam sido os mesmos se tmRNA tivesse sido usado em 100 nM? A 100
ÿM?
3–86 Se os dados na Figura 3–23 forem plotados como fração ligada ao tmRNA versus
concentração de SmpB, obtém-se uma curva simétrica em forma de S, conforme
mostrado na Figura 3–24. Esta curva é uma exibição visual de uma relação muito útil
entre Kd e concentração, que tem ampla aplicabilidade. A expressão para a fração de
ligação do ligante é derivada da equação
vinculado
Figura 3-23 Ensaio da ligação da proteína

SmpB purificada ao tmRNA marcado com
32P (Problema 3-85). Da esquerda para a
direita ao longo do gel, o experimento em
livre cada pista sucessiva usou um aumento de 2
vezes na concentração da proteína
0,08 0,3 1,2 4,7 18,8 75 300 1200
SmpB; concentrações em todas as outras faixas são
concentração de SmpB (nM) indicado.
1,0 Figura 3–24 Fração de ligação de tmRNA

versus concentração de SmpB (Problema 3–86). TABELA 3–1 Fração de
ligante ligado versus concentração
0,75
de proteína (Problema 3–86).
Limite de fração
fração
limite
de
0,5
concentração de proteína (%)
0,25 104 Kd
103 Kd
0 10–11 10–9 10–7 10–5 102 Kd

concentração de SmpB (M)
101 Kd
para Kd substituindo ([L]TOT – [L]) por [Pr–L] e reorganizando. Como a concentração Kd

total do ligante ([L]TOT) é igual ao ligante livre ([L]) mais o ligante ligado ([Pr–L]), 10–1 Kd
Problemas p3.28/3.24/Q3.3 10–2 Kd
limite de fração = [Pr–L] = [Pr]
[L]TOT [Pr] + Kd 10–3 Kd
10–4 Kd
(Uma relação equivalente em termos da fração de proteína ligada pode ser derivada
de forma análoga; é [Pr–L]/[Pr]TOT = [L]/([L] + Kd).)
Usando essa relação, calcule a fração de ligante ligado para pro
concentrações teínas expressas em termos de Kd, usando a Tabela 3–1.
3–87 As taxas de produção do produto, P, a partir do substrato, S, catalisadas pela
enzima, E, foram medidas em condições nas quais muito pouco produto foi formado.
Os resultados estão resumidos na Tabela 3–2.
TABELA 3–2 Taxas iniciais de formação
A. Por que é importante medir as taxas de formação de produto sob condições nas quais de produto em várias concentrações
muito pouco produto é formado? de substrato (Problema 3–87).
B. Plote esses dados como taxa versus concentração de substrato. Este gráfico é uma
Taxa [S]
hipérbole retangular como esperado para uma enzima que obedece à cinética de
(mol/min) (M)
Michaelis-Menten? O que você estimaria como os valores de Km e Vmax para esta
enzima? 0,15 0,08
C. Para obter valores mais precisos para as constantes cinéticas, a transformação
0,21 0,12
Lineweaver-Burk da equação de Michaelis-Menten é frequentemente usada para que
os dados possam ser plotados como uma linha reta. 0,7 0,54
Equação de Michaelis-Menten: 1.1 1.23

Vmáx [S] 1.3 1,82
avaliar =
[S] + Km
1,5 2.72
Equação de Lineweaver-Burk: 1.7 4,94

1 km 1 1 1.8 10.00
= +
avaliar Vmáx [S] Vmáx
1/Taxa 1/[S]
(min/mol) (1/M)
Essa equação tem a forma de uma reta, y = ax + b. Assim, quando 1/taxa (y) é
plotado versus 1/[S] (x), a inclinação da linha é igual a Km/Vmax (a) e a interceptação 6.7 12.5
y é 1/Vmax (b). Além disso, pode-se mostrar que o intercepto x é igual a –1/ Km.
4.8 8.3
Plote 1/taxa versus 1/[S] e determine os parâmetros cinéticos Km e 1.4 1.9

V máx. (os valores para 1/taxa e 1/[S] são mostrados na Tabela 3–2.)
0,91 0,81
3-88 A lisozima atinge seu efeito antibacteriano pela clivagem das cadeias polissacas que
0,77 0,55
formam a parede celular bacteriana. Na ausência desse suporte mecânico rígido, a
célula bacteriana literalmente explode devido à sua alta pressão osmótica interna. O 0,67 0,37
polissacarídeo da parede celular é composto de açúcares alternados, N-
acetilglucosamina (NAG) e N-acetilmuramato (NAM), ligados entre si por ligações 0,59 0,20
glicosídicas (Figura 3-25). A lisozima normalmente cliva após unidades NAM na 0,56 0,10
cadeia (ou seja, entre NAM e
NAG MACHO NAG MACHO Figura 3-25 Disposição de NAM e

NAG no polissacarídeo da parede
CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH celular bacteriana (Problema 3-88).
O O O O
O O O
OH OU OH OU
N H N H N H N H
CO CO CO CO
COO–
H2O R = CHCH3
CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH
O O O O
OH
O O
OH OU OH OU
PARA
N H N H N H N H
CO CO CO CO
CH3 CH3 CH3 CH3
NAG), mas também clivará substratos artificiais compostos inteiramente por

unidades NAG. Quando a estrutura cristalina da lisozima ligada a uma cadeia de
três unidades NAG (tri-NAG) foi resolvida, descobriu-se que a fenda de ligação
problemas p3.29/3.25 na lisozima incluía seis sítios de ligação de açúcar, A a F,
e que tri NAG preencheu os três primeiros desses sites. A partir da estrutura
cristalina não era aparente, no entanto, qual das cinco ligações entre os seis
açúcares era a que normalmente era quebrada. O Tri-NAG não é clivado pela lis
ozima, embora os polímeros NAG mais longos o sejam. Ficou claro a partir de
estudos de modelagem que o NAM é muito grande para caber no sítio C. Onde
estão os grupos catalíticos responsáveis pela clivagem localizados em relação
aos seis sítios de ligação do açúcar?
A. Entre os locais A e B B.
Entre os locais B e C C.
Entre os locais C e D D.
Entre os locais D e E E.
Entre os locais E e F
3-89 Aspartato transcarbamoilase (ATCase) é uma enzima alostérica com seis subunidades
catalíticas e seis reguladoras. Existe em duas conformações: uma com baixa 200
atividade enzimática e outra com alta atividade. Na ausência de quaisquer ligantes,
a conformação de baixa atividade predomina.
O malato é um inibidor da ATCase que se liga no sítio ativo na posição onde o (porcentagem)
atividade
100
substrato aspartato normalmente se liga. Um efeito muito peculiar do malato é
observado quando a atividade da ATCase é medida em baixas concentrações de
aspartato: há um aumento na atividade da ATCase em concentrações muito baixas
0
de malato, mas a atividade diminui em concentrações mais altas (Figura 3-26). 0 5 10 15
malato (mM)
A. Como é que o malato, um bom inibidor, pode aumentar a atividade da ATCase
sob estas condições? Figura 3–26 A atividade da ATCase
com concentrações crescentes do
B. Você esperaria que o malato tivesse o mesmo efeito peculiar se as medições inibidor malato (Problema 3–89).
fossem feitas na presença de uma alta concentração de aspartato? Essas medições foram feitas em uma
Por que ou por que não? concentração de aspartato bem abaixo de seu Km.
Cdk2 – + + – –
TABELA 3–3 As constantes de dissociação observadas ( valores de Kd) de Cdk2 para ATP, P-Cdk2 + – ––
+
ADP, ciclina A e histona H1 (Problema 3–90). – +++
ciclina A -
Kd (M) histona H1 + + +++
ATP ADP Ciclina A Histona H1 histona H1
Cdk2 0,25 1.4 0,05 não detectado

12345
P-Cdk2 0,12 6.7 0,05 100
Figura 3–27 Fosforilação da histona H1 por
Cdk2 + ciclina A 1,0 várias combinações de Cdk2 e ciclina A
(Problema 3–90). A quantidade de fosfato
P-Cdk2 + ciclina A 0,7
radioativo ligado à histona H1 nas pistas 1
e 3 é 0,3% e Problems p3.32/3.27 0,2%,
na pistarespectivamente,
5. daquela
3–90 A proteína quinase 2 dependente de ciclina (Cdk2) regula eventos críticos na

progressão do ciclo celular em células de mamíferos. Cdk2 pode formar um
complexo com ciclina A e pode ser fosforilado por outra proteína quinase para
produzir P-Cdk2. Para determinar os papéis da ciclina A e da fosforilação na
função de Cdk2, você purifica Cdk2 não fosforilada e fosforilada. Você mistura
essas duas formas de Cdk2 e ciclina A em várias combinações com 32P-ATP e
analisa a fosforilação da histona H1 (Figura 3-27). Você também mede a anidade
de ligação de várias formas de Cdk2 para ATP, ADP, ciclina A e histona H1
(Tabela 3–3).
A. Da Figura 3–27, o que é necessário para Cdk2 fosforilar a histona H1
eficientemente?
B. Como os requisitos identificados na parte A afetam especificamente a função de
Cdk2 em relação ao seu alvo, a histona H1 (Tabela 3–3 e Figura 3–27)? As
C. concentrações intracelulares usuais de ATP e ADP estão na faixa de 0,1 a 1
mM. Assuma que a ligação da ciclina A a Cdk2 ou P-Cdk2 não altera as anidades
de nenhuma das formas de Cdk2 para ATP e ADP. É provável que as mudanças
observadas na anidade de ATP e ADP sejam importantes para a função de
Cdk2? Por que ou por que não?
3–91 A -catenina é um alvo para a fosforilação pela glicogênio sintase quinase 3 e

também um substrato para a ubiquitilação, que desencadeia a degradação nos
proteassomas. O tratamento de broblastos de camundongos com um inibidor
de proteassoma, ALLN, aumenta a estabilidade da -catenina e causa o
aparecimento de novas formas de migração mais lenta da proteína em géis de
poliacrilamida de dodecil sulfato de sódio (SDS) (Figura 3-28, pistas 1 e 2 ).
Essas novas bandas representam proteínas fosforiladas, que geralmente correm
mais lentamente nesses géis, ou surgem pela adição de ubiquitina, o que
aumentaria seu tamanho? Para testar a fosforilação, você trata as amostras com
uma proteína fosfatase que remove eficientemente os fosfatos das proteínas e
as processa em géis (pistas 3 e 4). Para testar a ubiquitilação, você expressa
nas células uma forma modificada de ubiquitina que carrega seis resíduos de
histidina em seu terminal C, permitindo sua fácil purificação via cromatografia em
coluna de Ni2+ . Você trata essas células com ALLN (ou não) e, em seguida, His-Ub + +
purifica as proteínas His-ubiquitiladas (His-Ub) antes de executá-las em géis fosfatase + +
(pistas 5 e 6). Em todos os casos, você detecta a -catenina especificamente, TUDO N + + +
usando anticorpos direcionados contra ela. 190

As formas de migração mais lenta de -catenina são devidas à fosforilação ou
108
ubiquitilação? Explique sua resposta.
89
3–92 O sequenciamento do genoma revelou um número surpreendentemente grande de 1 2 345 6
proteínas tirosina fosfatases (PTPs), muito poucas das quais têm papéis
Figura 3–28 Análise eletroforética de
conhecidos na vida de uma célula. PTP1B foi o primeiro membro da família PTP
-catenina (Problema 3–91). A -catenina foi
a ser descoberto, e sua estrutura tridimensional e mecanismo catalítico são bem detectada usando anticorpos específicos
definidos. PTP1B irá desfosforilar quase qualquer proteína ou peptídeo contendo para -catenina. Marcadores de tamanho em
kilodaltons Os problemas
fosfotiro-sine no tubo de ensaio, mas na célula é p15.33/3.28 são mostrados à esquerda.
TABELA 3–4 Parâmetros cinéticos de mutantes PTP1B purificados (Problema 3–92).
Enzima Vmax km (nM) kcat (min–1)

[nmol/(min/mg)]
Tipo selvagem 60.200 102 2244
Tyr46 Leu 4160 1700 155
Caminho Glu115 5700 45 212
Lys120 Awa 19.000 80 708
Asp181Ala 0,61 126 0,023
His214 Wake 700 20 26
Cys215 Ser nenhuma atividade
Arg221 Luz 11 80 0,41
Arg221 Met 3.3 1060 0,12
provavelmente terão alvos mais bem definidos. Uma estratégia para identificar um
alvo de ligação é incubar a proteína conhecida com um lisado celular e, em seguida,
isolar a proteína conhecida e identificar quaisquer proteínas que estejam ligadas a ela.
Uma enzima como a PTP1B, no entanto, se liga e libera seu alvo como parte de seu
ciclo catalítico. Você raciocina que, se interferir na catálise, poderá aumentar o tempo
de permanência do substrato, tornando-o estável o suficiente para o isolamento. Para
esse fim, você cria vários mutantes de PTP1B alterando aminoácidos específicos no
sítio ativo e mede seus parâmetros cinéticos (Tabela 3–4).
Você escolhe o mutante Cys215 Ser (C215S) para estudo porque o grupo –SH de
Cys215 inicia um ataque nucleofílico na fosfotirosina, liberando o fosfato. Você escolhe
um segundo mutante – mutante 2 – porque ele tem propriedades cinéticas promissoras.
Você usa truques de engenharia genética para fundir esses dois mutantes e a enzima
do tipo selvagem à glutationa S-trans ferase (GST), de modo que cada uma das três
proteínas possa ser rapidamente purificada por precipitação com glutationa-Sepharose.
Você expressa as proteínas marcadas com GST, precipita-as a partir de lisados PTP1B
GST- C215S
GST- GST-
M2 controle
vetores
de
celulares, separa as proteínas precipitadas por eletroforese em gel e identifica proteínas

contendo fosfotirosina usando anticorpos antifosfotirosina. Como mostrado na Figura
3-29, GST-mutante 2 ligou duas proteínas contendo fosfotirosina (as duas bandas kd
escuras na pista 3), enquanto GST-C215S não ligou nenhuma. 200
A. Qual mutante PTP1B na Tabela 3-4 provavelmente corresponde ao mutante GST 2?

Por que você acha que essa proteína deu um resultado bem-sucedido? 116
B. Por que GST-C215S não conseguiu precipitar nenhuma proteína contendo fosfotirosina? 97
LINKS MÉDICOS 87
3–93 A proteína Ras é uma GTPase que funciona em muitas vias de sinalização do
fator de crescimento. Em sua forma ativa, com ligação GTP, transmite um sinal
1234
downstream que leva à proliferação celular; em sua forma inativa, com GDP vinculado,
o sinal não é transmitido. Mutações no gene para Ras são encontradas em muitos Figura 3–29 Proteínas contendo fosfotirosina
tipos de câncer. Das opções abaixo, qual alteração da atividade de Ras tem maior precipitadas com enzimas PTP1B marcadas
probabilidade de contribuir para o crescimento descontrolado de células cancerígenas? com GST (Problema 3–92). GST PTP1B
é a proteína de tipo selvagem fundida;
GST-M2 é a proteína 2 mutante fundida. As
A. Uma mutação que impede que Ras seja feito. posições das proteínas “marcadoras” de
B. Uma mutação que aumenta a anidade de Ras para PIB. massas moleculares conhecidas são indicadas à esquerda.
C. Uma mutação que diminui a anidade de Ras para GTP.

D. Uma mutação que diminui a anidade de Ras para seus alvos a jusante.
E. Uma mutação que diminui a taxa de hidrólise de GTP por Ras.
3–94 A atividade de Ras é cuidadosamente regulada por duas outras proteínas, um fator de
troca de nucleotídeos de guanina (GEF) que estimula a captação de GTP por Ras, e uma
proteína ativadora de GTPase (GAP) que estimula a hidrólise de GTP por Ras. As
atividades dessas proteínas reguladoras, por sua vez, também são reguladas. Qual das
seguintes alterações nas proteínas GAP e GEF pode fazer com que uma célula prolifere
excessivamente?
A. Um GAP não funcional B.
Um GAP permanentemente ativo C.
Um GEF não funcional D. Um
GEF permanentemente ativo
ESTILO MCAT
A proteína E2F se liga a sequências específicas de DNA por meio de seu domínio de ligação ao
DNA e ativa a transcrição de genes que promovem a divisão celular. Outra proteína chamada Rb se
liga ao E2F e o inibe, impedindo assim a divisão celular. Quando a célula recebe um sinal para iniciar
a divisão celular, uma proteína quinase chamada Cdk se liga a Rb e a fosforila. Cdk liga-se a Rb
através de um sítio de ligação separado do sítio catalítico da quinase. A fosforilação de Rb causa a
dissociação do complexo Rb-E2F, liberando E2F para ativar a transcrição de genes de divisão
celular. Rb é, portanto, um inibidor da divisão celular. A inativação de Rb por mutação ou deleção é
um evento importante na gênese de muitos tipos de câncer.
3–95 Qual das opções a seguir melhor descreve as características definidoras de uma proteína
domínio?
A. Uma unidade estrutural e funcional discreta dentro de uma proteína B.
Um grupo de proteínas que compartilham funções relacionadas
C. Uma sequência evolutivamente conservada de aminoácidos D. A
região da célula na qual uma proteína funciona
3–96 Imagine uma mutação que inativa o sítio na Cdk que se liga à Rb.
Qual seria o efeito dessa mutação na reação em que Cdk fosforila Rb?
A. Uma grande diminuição no

Km B. Um grande aumento no
Km C. Uma grande diminuição no
Vmax D. Um grande aumento no Vmax
3–97 Qual dos seguintes aminoácidos pode ser fosforilado?

A. Alanina B.
Leucina C.
Lisina D.
Serina
3–98 A fosforilação pode afetar a estrutura ou a função de uma proteína de qual das seguintes
maneiras?
I. A atração de carga entre o grupo fosfato e os aminoácidos carregados positivamente causa
uma mudança conformacional na proteína.
II. A repulsão de carga entre o grupo fosfato e os aminoácidos carregados negativamente
causa uma mudança conformacional na proteína.
O grupo fosfato III.e cria um sítio de ligação para outra proteína.
A. eu
B. III
C. I e II D. I,
II e III
3–99 Qual das seguintes hipóteses fornece a explicação mais provável de como a fosforilação de Rb
causa sua dissociação de E2F?
A. A fosforilação de Rb faz com que E2F mude de conformação de modo que dispare
associados da Rb.
B. A fosforilação de Rb faz com que ele sofra uma mudança conformacional que
bloqueia o sítio de ligação E2F.
C. A fosforilação de Rb inativa o sítio de ligação de Rb para Cdk.
D. A fosforilação de Rb leva a uma repulsão de carga entre o grupo fosfato e um bolsão
carregado positivamente em E2F.
Passagem 2 (Questões 3–100 a 3–103)
Hormônios esteróides, como estrogênio, testosterona e cortisol, são moléculas sinalizadoras

pequenas e diusíveis que controlam diversos aspectos da fisiologia celular. Os hormônios esteróides
sinalizam para as células por meio de proteínas receptoras. Tipicamente, um hormônio esteróide se
difunde através da membrana celular e se liga a uma proteína receptora no citoplasma.
A ligação do hormônio esteróide à proteína receptora faz com que o receptor se ligue às proteínas
do fator de transcrição que controlam a transcrição. Desta forma, os hormônios esteróides ativam ou
reprimem genes que controlam a fisiologia celular.
3–100 Qual das opções a seguir melhor descreve como um hormônio esteroide pode fazer com que
o receptor se ligue a proteínas que controlam a transcrição?
A. O hormônio esteróide atua cataliticamente para promover a reação de ligação entre
o receptor e o fator de transcrição. O hormônio esteroide
B. diminui o Km da reação de ligação entre o receptor e o fator de transcrição. O
hormônio esteróide induz o receptor a sofrer uma
C. conformação
alteração que expõe um sítio de ligação para o fator de transcrição.
D. O hormônio esteróide promove feedback positivo para garantir que mais e mais
receptores se liguem ao fator de transcrição.
3–101 Que tipos de interação provavelmente são responsáveis pela ligação da proteína receptora à
proteína do fator de transcrição?
I. Forças hidrofóbicas II.
Ligações não covalentes III.
ligações covalentes
A. eu
B. III
C. I e II D. I,
II e III
3–102 Todas as alternativas a seguir são afirmações corretas sobre características comuns de
interações de ligação entre proteínas, EXCETO:
A. Em equilíbrio, as proteínas freqüentemente sofrem associação e dissoluções frequentes.
ciation.
B. As reações de ligação geralmente requerem uma entrada de energia da hidrólise do ATP.
C. Algumas proteínas, uma vez ligadas umas às outras, permanecem fortemente associadas
D. comido. A taxa de ligação geralmente não depende da força da interação.
3–103 Qual das seguintes abordagens forneceria informações sobre a força da interação entre o
hormônio esteróide e seu receptor?
A. Meça a constante de equilíbrio B. Meça a

taxa de associação C. Meça a taxa de
dissociação D. Meça o Vmax para a reação
de ligação
Capítulo 4 53
CAPÍTULO
DNA, cromossomos
e genomas 4
A ESTRUTURA E A FUNÇÃO DO DNA NESTE CAPÍTULO
TERMOS PARA APRENDER A ESTRUTURA E

par de ácido desoxirribonucléico (DNA) modelo FUNÇÃO DO DNA
bases dupla hélice de genoma
antiparalelo complementar gene DNA CROMOSSÔMICO E SEUS
EMBALAGEM NA CROMATINA
DEFINIÇÕES FIBRA
Combine cada definição abaixo com seu termo na lista acima. ESTRUTURA DA CROMATINA E
FUNÇÃO
4–1 a totalidade da informação genética contida no DNA de uma célula ou organismo.
A ESTRUTURA GLOBAL DE
4–2 A estrutura tridimensional do DNA, na qual duas cadeias de DNA mantidas juntas CROMOSSOMOS
por pontes de hidrogênio entre as bases são enroladas uma na outra.
COMO OS GENOMAS EVOLUIM
4–3 Elemento contendo informação que controla uma característica hereditária discreta.
4–4 Descreve a orientação relativa das duas fitas em uma hélice de DNA; a polaridade de
um fio é orientada na direção oposta à do outro.
H
CH3
N H O
4–5 Dois nucleotídeos em uma molécula de RNA ou DNA que são mantidos juntos por pontes de
N
hidrogênio.
N H N
VERDADEIRO FALSO N N
N
O
Decida se essa afirmação é verdadeira ou falsa e explique por quê. adenina timina
4–6 As células humanas não contêm nenhuma molécula circular de DNA.
H
O
H N
4–7 N
O início da região de codificação para o gene da -globina humana é 5ÿ-
ATGGTGCAC-3ÿ. Qual é a sequência da fita complementar para esse segmento de N H N
DNA? N N
N
N H
4–8 Ao retornar de uma recente viagem ao exterior, você explica ao despachante alfandegário O
que está trazendo uma amostra de DNA, ácido desoxirribonucléico. H
Ele está horrorizado que você queira trazer um ácido para o país dele. Qual é o ácido guanina citosina
no DNA? O despachante aduaneiro deve ficar atento? Figura 4–1 Um par de bases AT e GC,
conforme visto ao longo do eixo da hélice
4–9 As estruturas químicas de um par de bases AT e GC são mostradas na Figura 4-1, (Problema 4–9). Cada base está ligada
juntamente com seus pontos de ligação aos esqueletos de açúcar-fosfato. ao seu açúcar desoxirribose através da linha
que se estende do nitrogênio do anel.
54 Capítulo 4: DNA, cromossomos e genomas
A. Indique as posições dos sulcos maiores e menores da hélice do DNA

nessas representações. O
A
B. Desenhe a estrutura de um par de bases TA da mesma forma que na Figura 4–1.
CH2 O
C. Faça as mesmas porções químicas (por exemplo, o grupo metil de tim
ine) sempre se projetam no mesmo groove?
4–10 Examine os modelos de preenchimento de espaço dos pares de bases mostrados na Figura 4–2. O
Cada par de bases inclui duas bases, dois açúcares desoxirribose e dois fosfatos. Você
-SOBRE O
consegue identificar a localização da base purina, da base pirimidina, dos açúcares e dos
O
fosfatos? Identifique cada par de bases como CG, GC, TA ou AT. C
CH2 O
(A) (B)
-SOBRE O
O
T
CH2 O
Figura 4–2 Modelos de preenchimento espacial de dois pares de bases (Problema 4–10). Os átomos de
carbono e fósforo são cinza e laranja, respectivamente, os átomos de nitrogênio são azuis e os átomos de
oxigênio são vermelhos. Nenhum átomo de hidrogênio é mostrado.
O
4–11 O DNA isolado do vírus bacteriano M13 contém 25% de A, 33% de T, 22% de C e 20% de G.
Esses resultados lhe parecem peculiares? Por que ou por que não? Como você explicaria
Figura 4–3 Três nucleotídeos do interior de
esses valores? uma única fita de DNA (Problema 4–12). As setas
nas extremidades da fita de DNA indicam que a estrutura
4–12 Um segmento de DNA do interior de uma fita simples é mostrado nos Problemas p4.02/4.02 continua em ambas as direções.
Figura 4–3. Qual é a polaridade desse DNA de cima para baixo?
4–13 O DNA forma uma hélice de mão direita. Escolha a hélice direita de
aqueles mostrados na Figura 4–4.
CÁLCULOS
4–14 O DNA humano contém 20% de C em uma base molar. Quais são as porcentagens molares de
A, G e T?
4–15 O genoma humano diplóide compreende 6,4 × 109 bp e ts em um núcleo

que tem 6 ÿm de diâmetro.
A. Se os pares de bases ocorrem em intervalos de 0,34 nm ao longo da hélice do DNA, qual é o
comprimento do DNA em uma célula humana?
B. Se o diâmetro da hélice do DNA é de 2,4 nm, que fração do volume do núcleo é ocupada
pelo DNA? [O volume de uma esfera é (4/3)r3 e o volume de um cilindro é r2h.] (A) (B) (C)
4–16 Um grama de cultura de células humanas contém cerca de 109 células e ocupa cerca de 1 mL.
Se a massa molecular média de um par de bases é de 660 daltons e cada célula contém
6,4 × 109 pb, que massa de DNA está presente nessa amostra de um grama? Se todas as
moléculas de DNA na amostra fossem colocadas ponta a ponta para formar um único fio,
você acha que seria longo o suficiente para ir da Terra à Lua (385.000 quilômetros)?
TRATAMENTO DE DADOS
4–17 O bacteriófago T4 liga-se ao seu hospedeiro bacteriano e injeta seu DNA para iniciar uma
infecção que finalmente libera centenas de vírus descendentes. Em 1952, Alfred Hershey e
Martha Chase marcaram radioativamente o DNA do bacteriófago T4 com 32PO4 3– e as
proteínas com 35S-metionina. Eles então misturaram o bacteriófago marcado com bactérias
e, após um breve período de tempo, agitaram vigorosamente a mistura em um liquidificador
para separar o T4 das bactérias. Eles então separaram o fago da bactéria por centrifugação.
Eles demonstraram que a bactéria continha 30% do marcador 32P , mas Figura 4–4 Três hélices de “DNA” (Problema
4–13).
DNA CROMOSSÔMICO E SUA EMBALAGEM NA FIBRA DE CROMATINA 55
praticamente nenhum do rótulo 35S . Quando novos bacteriófagos foram liberados dessas
bactérias, eles também continham 32P , mas não 35S. Como esse experimento demonstra
que o DNA, e não a proteína, é o material genético? (Observe que o bacteriófago T4 contém
apenas proteína e DNA.)
DNA CROMOSSÔMICO E SUA EMBALAGEM NO

FIBRA DE CROMATINA
TERMOS PARA
APRENDER ciclo celular histona cariótipo
centrômero histona H1 cromatina nucleossomo
cromossomo homólogo (homólogo) cromossomo íntron origem de replicação
telômero
exão
DEFINIÇÕES
4–18 Conjunto completo de cromossomos de uma célula organizados em relação ao tamanho, forma e
número.
4–19 Região constrita de um cromossomo mitótico que contém cromátides-irmãs

junto.
4–20 Qualquer uma de um grupo de pequenas proteínas abundantes, ricas em arginina e lisina, que
formam o nível primário de organização da cromatina.
4–21 Estrutura composta por uma molécula de DNA muito longa e proteínas associadas que
carregam parte (ou toda) da informação hereditária de um organismo.
4–22 A sequência ordenada de eventos pela qual uma célula duplica seu conteúdo e se divide
em duas.
4–23 Complexo de DNA, histonas e proteínas não-histonas encontradas no

núcleo de uma célula eucariótica.
4–24 Uma das duas cópias de um determinado cromossomo em uma célula diplóide, cada cópia sendo
derivada de um pai diferente.
4–25 Estrutura semelhante a uma conta na cromatina eucariótica, composta por um pequeno comprimento
de DNA enrolado em torno de um núcleo de proteínas histonas.
VERDADEIRO/
FALSO Decida se cada uma dessas afirmações é verdadeira ou falsa e explique por quê.
4-26 As fêmeas humanas têm 23 cromossomos diferentes, enquanto os machos humanos

tem 24.
4–27 Na célula viva, a cromatina geralmente adota a forma estendida de “contas em um cordão”.
4–28 As quatro histonas centrais são proteínas relativamente pequenas com uma proporção
muito alta de aminoácidos carregados positivamente; a carga positiva ajuda as histonas a se
ligarem firmemente ao DNA, independentemente de sua sequência de nucleotídeos.
4–29 Os nucleossomos ligam-se ao DNA com tanta força que não podem se mover da posição
ções onde eles são montados pela primeira vez.
4-30 Na década de 1950, todas as técnicas para isolar o DNA das células produziram moléculas de
cerca de 10.000 a 20.000 pares de bases. Agora sabemos que o DNA
moléculas em todas as células são muito mais longas. Por que você acha que peças
tão curtas foram originalmente isoladas? duas inversões
4–31 Considere a seguinte afirmação: uma célula humana contém 46 moléculas de DNA em
seu núcleo. Você concorda com isso? Por que ou por que não?
4–32 O cromossomo 3 em orangotangos difere do cromossomo 3 em humanos por dois eventos

natugaro hmmm
de inversão que ocorreram na linhagem humana (Figura 4–5).
Desenhe o cromossomo intermediário que resultou da primeira inversão e indique
Figura 4–5 Cromossomo 3 em
explicitamente os segmentos incluídos em cada inversão. orangotangos e humanos (Problema 4–
32). Blocos de cores diferentes indicam
4–33 Defina um “gene”. segmentos dos cromossomos que são
homólogos
Problemasnap4.06/4.05/Q4.2
sequência de DNA
. dos
4–34 Liste as três sequências especializadas de DNA e suas funções que agem para garantir que
o número e a morfologia dos cromossomos sejam constantes de uma geração de uma
célula para a seguinte.
4–35 As proteínas histonas estão entre as proteínas mais altamente conservadas em eucariotos.
As proteínas histonas H4 de uma ervilha e de uma vaca, por exemplo, diferem em
apenas 2 dos 102 aminoácidos. No entanto, a comparação das duas sequências de
genes mostra muito mais diferenças. Essas observações indicam que as mutações que
alteram os aminoácidos devem ser rejeitadas. Por que você supõe que a maioria das
mutações que alteram os aminoácidos nos genes das histonas são deletérias?
4-36 O DNA duplex composto inteiramente por repetições de trinucleotídeos CTG/CAG (5 igus
CTG em uma fita e 5 igus-CAG na outra fita) é extraordinariamente flexível. Se 75
repetições CTG/CAG são incorporadas a uma molécula de DNA muito mais longa e
misturadas com octâmeros de histonas, o primeiro nucleossomo que se monta quase
sempre inclui a região de repetição CTG/CAG. Você pode sugerir uma razão pela qual
as repetições CTG/CAG podem ser elementos tão eficazes para posicionar os
nucleossomos? (Considere o que a energia da interação de ligação entre os octâmeros
de histona e o DNA deve realizar.)
CÁLCULOS
4–37 Na mitose, o cromossomo humano 1 é condensado em uma forma que mede apenas 10 ÿm
de comprimento.
A. Dado que este cromossomo contém 2,8 × 108 pb, quão compacta é a molécula de DNA
no cromossomo 1 na mitose em relação ao seu comprimento totalmente estendido
como DNA nu? (Lembre-se de que um par de bases de DNA tem 0,34 nm de comprimento.)
B. Uma única partícula central de nucleossomo tem 11 nm de comprimento e contém 147
pb de DNA (0,34 nm/pb). Que taxa de empacotamento (comprimento do DNA para
algum comprimento do núcleo) foi alcançada envolvendo o DNA ao redor do octâmero
de histona? Que fração da condensação que ocorre na mitose esse primeiro nível de
empacotamento representa?
C. Supondo que a fibra de cromatina de 30 nm contém cerca de 20 nucleossomos (200
pb/nucleossomo) por 50 nm de comprimento, calcule o grau de compactação do DNA
associado a esse nível de estrutura da cromatina.
Que fração da condensação que ocorre na mitose esse nível de empacotamento do
DNA representa?
4–38 O número total de genes codificadores de proteínas no genoma humano pode ser
calculado de várias maneiras. É importante lembrar que todos esses números são
estimativas no momento, porque é difícil identificar um gene apenas a partir da
sequência de DNA. O cromossomo 22 possui cerca de 700 genes em 48 Mb de
sequência, o que representa 1,5% dos 3200 Mb do genoma haploide. Usando esses
números, quantos genes você estimaria para o genoma humano haploide? Se sua
estimativa for significativamente maior ou menor do que o valor aceito de
aproximadamente 21.000 genes codificadores de proteínas, sugira possíveis explicações
para a discrepância.
DNA CROMOSSÔMICO E SUA EMBALAGEM NA FIBRA DE CROMATINA 57
4–39 Os 700 genes no cromossomo 22 (48 Mb) têm em média 19.000 pb de 2500 KB
comprimento e contêm uma média de 5,4 exons, cada um com média de 266 pb.
Em média, que fração de cada sequência gênica é convertida em mRNA?
Que fração de todo o cromossomo os genes ocupam? 950 KB
4–40 Supondo que o octâmero de histonas forme um cilindro de 9 nm de diâmetro e 5 nm de

altura e que o genoma humano forme 32 milhões de nucleossomas, que volume
610 KB
do núcleo (6 ÿm de diâmetro ) é ocupado por octâmeros de histonas? [O volume de
um cilindro é r2h; o volume de uma esfera é (4/3)r3.] Que fração do volume nuclear
o DNA e os octâmeros de tom ocupam (veja o Problema 4-15)?
220 KB
TRATAMENTO DE DADOS
4–41 Uma maneira de demonstrar que um cromossomo contém uma única molécula de DNA Figura 4–6 Eletroforese em gel de campo pulsado dos
cromossomos de S. cerevisiae (Problema 4–41).
é usar uma técnica chamada eletroforese em gel de campo pulsado, que pode
Para minimizar o manuseio do DNA, Problemas
separar moléculas de DNA de até 107 pb de comprimento. A eletroforese comum
as próprias
p4.07/4.06
gel e gentilmente
células
que
sãocertamente
abertas
colocadas
pela
ono
quebrariam,
adição
topo do
de
em gel não pode separar essas moléculas longas porque o campo elétrico estável um tampão de lise. As moléculas de DNA
as estica, de modo que elas viajam pela extremidade primeiro através da matriz de neste gel foram expostas ao corante brometo de
etídio, que se torna fluorescente sob luz ultravioleta
gel a uma taxa que é independente de seu comprimento. Se o campo elétrico for
quando está ligado ao DNA.
alterado periodicamente, no entanto, as moléculas de DNA são forçadas a se
reorientar para o novo campo antes de continuar seu movimento de cobra através
do gel. O tempo para reorientação depende do comprimento, de modo que moléculas Este
mais longas permite que o DNA - caso contrário
tratamento
invisível - para ser visto.
mover mais lentamente através do gel.
Os resultados da eletroforese em gel de campo pulsado do DNA da levedura
Saccharomyces cerevisiae são mostrados na Figura 4–6. Quantos cromossomos
tem S. cerevisiae ?
4–42 Um experimento clássico ligou telômeros de Tetrahymena a um plasmídeo de levedura

linearizado, permitindo que o plasmídeo crescesse como uma molécula linear – isto
é, como um cromossomo artificial (Figura 4–7). Um plasmídeo circular de 9 kb foi
construído para conter uma origem de replicação de levedura (Ars1) e o gene Leu2
de levedura. As células que não possuem o gene Leu2 cromossômico , mas que
incorporaram o plasmídeo, podem crescer em meio sem leucina. O plasmídeo foi
linearizado com BglII, que corta uma vez (Figura 4-7), e então misturado com
fragmentos de telômero de Tetrahymena de 1,5 kb gerados por clivagem com
BamHI (Figura 4-7). A mistura foi incubada com DNA ligase e as duas nucleases de
restrição, BglII e BamHI. Os produtos de ligação incluíam moléculas de 10,5 kb e
12 kb, além dos componentes originais. A banda de 12 kb foi purificada e
transformada em levedura, que foi então selecionada para crescimento na ausência
de leucina. Amostras de DNA de um transformante foram digeridas com HpaI, PvuII
ou PvuI e os fragmentos foram separados por eletroforese em gel e visualizados
após hibridização com uma sonda específica de plasmídeo (Figura 4-8).
BglII
HPI PvuII PvuI marcadores
Leu2 Ars1
BamHI kb
eremolet Leu2 Ars1 remolet e
9,4
HpaI PvuII PvuI 6,5
PvuI 4.4
HPI
PvuII
2,3
2,0
plasmídeo de Fragmento de
9 kb eneg tsaey htiw telômero Tetrahymena emosomorhc raenil dednetni
Figura 4–8 Autorradiografia da análise de restrição

Figura 4–7 Estrutura do plasmídeo de 9 kb, fragmento de telômero e o cromossomo linear pretendido com telômeros de da estrutura do plasmídeo (Problema 4–42).
Tetrahymena (Problema 4–42). Os locais de corte único por enzimas de restrição são indicados. DNAs marcadores de tamanhos conhecidos são
mostrados à direita.
A. Como os resultados da análise na Figura 4-8 distinguem entre a forma linear pretendida tempo de digestão (minutos)
do plasmídeo na levedura transformada e a forma circular mais padrão? 0,5 1 2 4 8 15 30 rato
B. Explique como a ligação dos fragmentos de DNA na presença das nucleases de

restrição BamHI e BglII garante que você obtenha predominantemente a construção pares
linear desejada. O local de reconhecimento para BglII é 5hibition-A* 3GATCT e para de bases
BamHI é 5hibition-G* GATCC-3eg, onde o asterisco (*) é o local de corte.

1400
1200
1000
4–43 Os nucleossomos podem ser montados em segmentos de DNA definidos. Quando um
800
segmento particular de 225 pb de DNA humano foi usado para montar nucleossomas
600
e depois incubado com a nuclease microcócica, que digere o DNA que não está
localizado dentro do nucleossomo, foram gerados fragmentos uniformes de 147 pb 400
de comprimento. A digestão subseqüente desses fragmentos com uma enzima de

200
restrição que corta uma vez dentro da sequência original de 225 pb produziu duas
bandas bem definidas em 37 pb e 110 pb. Por que você supõe que dois fragmentos
bem definidos foram gerados por digestão de restrição, em vez de uma série de
Figura 4–9 Digestão microcócica da
fragmentos de tamanhos diferentes? Como você interpretaria esse resultado? cromatina de um organismo marciano
(Problema 4–44). Os resultados da digestão da
cromatina do fígado de rato são mostrados à direita.
4–44 Você recebeu as primeiras amostras de um microrganismo marciano recém-descoberto
para análise de sua cromatina. As células se assemelham a eucariotos terrestres e
são compostas de moléculas semelhantes, incluindo o DNA, que está localizado Problemas p4.14/4.09
dentro de uma estrutura semelhante a um núcleo na célula. Um membro de sua
equipe identificou duas proteínas básicas semelhantes a histonas associadas ao DNA
em aproximadamente uma proporção de massa igual à do DNA. Você isola os núcleos
das células e os trata com nuclease microcócica várias vezes. Você então extrai o
DNA e o executa em um gel de agarose ao lado do DNA de núcleos de fígado de rato
que foram rapidamente digeridos com nuclease microcócica.
Conforme mostrado na Figura 4-9, a digestão de núcleos de fígado de rato fornece
uma camada padrão de nucleossomos, mas a digestão do organismo marciano
fornece uma dispersão de produtos com um limite de resistência a nuclease de cerca
de 300 nucleotídeos. Como controle, você isola o DNA marciano livre de todas as
proteínas e o digere com nuclease microcócica: é completamente suscetível, dando
predominantemente mono e dinucleotídeos.
Esses resultados sugerem que o organismo marciano tem estruturas semelhantes a
nucleossomos em sua cromatina? Em caso afirmativo, o que você pode deduzir sobre o
espaçamento deles ao longo do DNA?
4-45 Mover os nucleossomos para fora do caminho é importante para ativar os genes. Em
leveduras, o complexo SWI/SNF, que é o membro fundador dos complexos de
remodelação da cromatina dependentes de ATP, é necessário tanto para ativar
quanto para reprimir a transcrição gênica. Como funciona? Em princípio, ele poderia
deslizar nucleossomos ao longo do cromossomo, derrubá-los do DNA ou transferi-los
de um duplex para outro.
Para investigar esse problema, você monta um nucleossomo em um segmento
de 189 pb de DNA marcado, que então liga a um pedaço maior de DNA amarrado a
uma esfera magnética, conforme mostrado na Figura 4-10A . Você incuba esse
substrato com o complexo SWI/SNF antes ou depois de cortar o DNA com NheI, que
cliva próximo ao nucleossomo, ou com EcoRI, que cliva próximo ao grânulo. Você
usa um ímã para separar o DNA que ainda está preso à conta do DNA liberado. Se o
nucleossomo estiver presente, o DNA liberado correrá com uma mobilidade mais lenta
em um gel de agarose do que se estivesse ausente. A incubação com o complexo
SWI/SNF na presença de ATP, seguida de digestão com NheI (NheI 2º), libera a
maior parte do marcador como fragmento de DNA livre ( Figura 4-10B, faixa 6). Em
contraste, a incubação com SWI/SNF após a clivagem com NheI (NheI 1º) libera a
maior parte do marcador como DNA ligado ao nucleossomo (pista 4). Experimentos
semelhantes com digestão com EcoRI mostraram que a incubação com SWI/SNF
liberou a maior parte do marcador como DNA ligado ao nucleossomo,
independentemente de a clivagem de EcoRI preceder ou seguir a incubação.
ESTRUTURA E FUNÇÃO DA CROMATINA 59
(A) (B) Figura 4–10 A ação do complexo SWI/

NheI (1º) +– – + – – SNF em um nucleossomo (Problema
ATP – + + + – + 4–45). (A) Substrato contendo
conta
magnética nucleossomo SWI/SNF – – – + + + nucleossomo amarrado a uma esfera magnética.
– – + – + +
Os locais de clivagem pelas enzimas
NheI (2º)
32PO4 de restrição NheI e EcoRI são indicados.
(B) Resultados da incubação com o
complexo SWI/SNF antes (NheI 2º) ou
DNA ligado ao
após (NheI 1º) clivagem com NheI.
EcoRI NheI nucleossomo
Na ausência de clivagem (pista 1), o
substrato marcado não entra no gel.
DNA livre
4321 5 6
Seus resultados distinguem entre os três mecanismos possíveis para a ação SWI/
SNF - deslizamento, liberação ou transferência do nucleossomo? Explique como seus
resultados argumentam a favor ou contra cada um desses mecanismos.
LINKS MÉDICOS
4–46 Um cariótipo humano anormal é mostrado na Figura 4–11. Esse cariótipo específico é
encontrado nas células cancerígenas de mais de 90% dos pacientes com leucemia
mielóide crônica. As setas indicam dois cromossomos anormais. Descreva o evento
que levou a esse cariótipo anormal. Este paciente é homem ou mulher?
ESTRUTURA E FUNÇÃO DA CROMATINA Problemas p4.15/4.10 TERMOS

A APRENDER
herança epigenética variação de efeito

eucromatina de posição de heterocromatina
DEFINIÇÕES
4-47 Região menos condensada de um cromossomo interfásico que se cora de forma diferente
fusivelmente.
4–48 Forma de transmissão de informações de célula para célula, ou de pai para

progênie, que não está codificada no DNA.
4–49 Diferença na expressão gênica que depende da localização do gene no cromossomo.
1 2 3 4 5
1211109876
13 14 15 16 17 18
19 20 21 22 x
Figura 4-11 Dois cariótipos ilustrando a alteração típica observada na leucemia mielóide crônica (Problema 4-46).
VERDADEIRO FALSO
4–50 A desacetilação das caudas das histonas permite que os nucleossomos se agrupem em
matrizes mais compactas, o que geralmente reduz a expressão gênica.
4–51 Variantes de histonas são frequentemente inseridas na cromatina já formada.
4–52 A fosforilação de serinas e a metilação e acetilação de lisinas nas caudas das histonas afetam a
estabilidade da estrutura da cromatina acima do núcleo em algum nível e têm consequências
importantes para a expressão gênica. Desenhe as estruturas para serina e fosfoserina, bem
como para lisina, lisina monometilada e lisina acetilada. Quais modificações alteram a carga
líquida na cauda de uma histona? Você esperaria que as mudanças no comando aumentassem
ou diminuíssem a capacidade das caudas de interagir com o DNA?
4-53 Em contraste com a acetilação da histona, que sempre se correlaciona com a ativação do gene, a
metilação da histona pode levar à ativação ou repressão da transcrição. Como você acha que
a mesma modificação – metilação – pode mediar resultados biológicos diferentes?
4–54 Por que um cromossomo com dois centrômeros (um cromossomo dicêntrico) é considerado instável?
Um centrômero reserva não seria bom para um cromossomo, dando a ele duas chances de
formar um cinetócoro e se ligar aos microtúbulos durante a mitose? Isso não ajudaria a garantir
que o cromossoma não fosse deixado para trás na mitose - como usar um cinto e suspensórios
para manter as calças levantadas?
TRATAMENTO DE DADOS
4–55 O primeiro artigo a demonstrar diferentes estruturas de cromatina em genes ativos e inativos
usou nucleases para sondar os loci da globina em glóbulos vermelhos de galinha, que
expressam mRNA de globina, e em broblastos de galinha, que não. Núcleos isolados dessas
células foram tratados com nuclease microcócica ou DNase I, e então o DNA foi preparado e
hibridizado em grande excesso com um cDNA de globina marcado com 3H-timidina. (Um cDNA
é uma molécula de DNA feita como uma cópia do mRNA.) Se o DNA nuclear não tiver sido
degradado, ele se hibridizará com o cDNA da globina e o protegerá da digestão pela nuclease
S1, que é específica para fitas simples de DNA.
A digestão de núcleos de hemácias ou núcleos de broblastos com nuclease microcócica

(de modo que cerca de 50% do DNA foi degradado) produziu amostras de DNA que ainda
protegiam mais de 90% do cDNA da digestão subsequente com nuclease S1. Da mesma forma,
a digestão de núcleos de broblastos com DNase I (de modo que menos de 20% foi degradado)
rendeu DNA que protegeu mais de 90% do cDNA. Uma digestão idêntica de núcleos de
glóbulos vermelhos com DNase I, no entanto, produziu DNA que protegeu apenas cerca de
25% do cDNA. Esses resultados estão resumidos na Tabela 4–1.
Quando monômeros de nucleossomos foram isolados de glóbulos vermelhos por digestão

com nuclease microcócica, seu DNA protegeu mais de 90% do cDNA da globina. Se os
monômeros fossem primeiro tratados com DNase I, o DNA isolado protegia apenas 25% do
cDNA da globina. Se os monômeros fossem brevemente tratados com tripsina para remover
20-30 aminoácidos do N-terminal de cada histona, a digestão dos nucleossomos modificados
com nuclease microcócica produziu DNA que protegeu apenas 25% do cDNA da globina
(Tabela 4-1).
A. Qual nuclease – nuclease microcócica ou DNase I – digere a cromatina que está sendo expressa
(cromatina ativa)? Como você sabe?
H3 H4
TABELA 4–1 Proteção do cDNA da globina por amostras de cromatina não tratadas e tratadas unmod K9-Me S10-P não modificado
com nuclease (Problema 4–55).
AMOR IUB IUB
cDNA de globina protegida após o tratamento Pax5
Fonte de DNA nenhum microcócica DNase I PC1
Suv39h1
Núcleos de fibroblastos 93% 91% 91%
HP1ÿ
Núcleos de glóbulos vermelhos 95% 92% 25% HP1ÿ

HP1ÿ
Nucleossomos de células vermelhas 91% 25%
Nucleossomos de hemácias (tripsina) 25%

Figura 4–12 Ensaios suspensos para
determinar a especificidade de ligação
das proteínas HP1 (Problema 4–56). Cada
proteína à esquerda foi detectada por
B. O tratamento com tripsina de monômeros de nucleossomos parece tornar uma população imunoblotting usando um anticorpo
aleatória ou uma população específica de nucleossomos sensível à nuclease específico após separação por
microcócica? Como você sabe? eletroforese em gel de poliacrilamida SDS
p4.17/4.12/Q4.3 . Para cada peptídeo N-terminal
C. A alteração que distingue a cromatina ativa da cromatina em massa é uma propriedade
de histona, são indicadas a proteína de
de nucleossomos individuais ou está relacionada à maneira como alguns monômeros entrada total (I), a proteína não ligada (U) e a proteína ligada
são empacotados em estruturas de ordem superior dentro do núcleo da célula?
4–56 As proteínas HP1, uma família de proteínas encontradas na heterocromatina, estão

implicadas no silenciamento de genes e na estrutura da cromatina. As três proteínas
em humanos — HP1, HP1 e HP1 — compartilham um domínio altamente conservado
que direciona sua localização para a cromatina. Para determinar se essas proteínas
podem se ligar ao terminal H3 N da histona, você ligou covalentemente a contas
separadas várias versões do peptídeo H3 N-terminal - não modificado, Lys9-dimetilado
(K9-Me) e Ser10-fosforilado ( S10-P)—juntamente com uma cauda não modificada da
histona H4. Esse arranjo permite incubar as esferas com várias proteínas, lavar as
proteínas não ligadas e, em seguida, eluir as proteínas ligadas para análise por
Western blotting. Os resultados do seu ensaio “pull-down” para as proteínas HP1 são
mostrados na Figura 4-12, junto com os resultados de várias proteínas de controle,
incluindo Pax5, que é uma proteína reguladora de genes, proteína polycomb Pc1, que
é conhecida por se ligar a histonas, e Suv39h1, uma histona metil transferase.
Com base nesses resultados, quais das proteínas testadas se ligam às caudas não
modificadas das histonas? Alguma das proteínas HP1 e proteínas de controle ligam-se
seletivamente a qualquer um dos vários peptídeos N-terminais de histonas? Que
modificação de histona você prediz que seria encontrada na heterocromatina?
4–57 Observe as duas colônias de levedura na Figura 4–13. Cada uma dessas colônias contém
cerca de 100.000 células descendentes de uma única célula de levedura, originalmente
telômero telômero
Gene Ade2 em localização normal
colônia branca de
células de levedura
Figura 4–13 Efeito da posição na expressão do
gene de levedura Ade2 (Problema 4–57).
O gene Ade2 codifica uma das enzimas
da biossíntese da adenosina, e a ausência
do produto do gene Ade2 leva ao
acúmulo de um pigmento vermelho. Portanto,
O gene Ade2 moveu-se para perto do telômero
uma colônia de células que expressam Ade2
é branca, e uma composta por células
colônia vermelha
de células de
nas quais o gene Ade2 não é expresso é
levedura com setores brancos vermelha.
em algum lugar no meio da moita. Uma colônia branca surge quando o gene Ade2
é expresso a partir de sua localização cromossômica normal. Quando o gene Ade2
é movido para um local próximo a um telômero, ele é compactado na
heterocromatina e inativado na maioria das células, dando origem a colônias que
são principalmente vermelhas. Nessas colônias predominantemente vermelhas,
setores brancos se espalham no meio da colônia. Tanto no setor vermelho quanto
no branco, o gene Ade2 ainda está localizado perto dos telômeros. Explique por
que os setores brancos se formaram perto da borda da colônia vermelha. Com
base nos padrões observados, o que você pode concluir sobre a propagação do
estado transcricional do gene Ade2 das células mãe para filha neste experimento?
4–58 Microarrays de DNA de alta densidade podem ser usados para analisar mudanças na
expressão de todos os genes no genoma da levedura em resposta a várias
perturbações. Os efeitos da depleção da histona H4 e deleção do gene Sir3 na
expressão de todos os genes de levedura foram analisados desta forma, conforme
resumido nos cromossomos de levedura ilustrados na Figura 4-14. A depleção da
histona H4 foi alcançada em uma cepa na qual o gene foi modificado para
responder à galactose. Na ausência de galactose, o gene é desativado e a
depleção da histona H4 é evidente em 6 horas, levando a uma diminuição da
densidade de nucleossomos em todo o genoma. A deleção de Sir3 remove um
componente crítico do complexo proteico Sir que se liga aos telômeros e é
responsável pela desacetilação do núcleo telomérico
somes.
A. A depleção da histona H4 aumentou significativamente a expressão de 15% de
todos os genes de levedura (Figura 4-14A, barras pretas). A perda da histona H4
aumenta a expressão de uma fração maior de genes perto dos telômeros do que
no resto do genoma? Explique como chegou à sua conclusão.
(A) DEPLEÇÃO DA HISTONA H4

EU
II
III
4
EM
NÓS
VII
VIII
IX
x
XI
XII
XIII
XIV
XV
XVI
(B) EXCLUSÃO Sir3

EU
II
III
4
EM
NÓS
VII
VIII
IX
x
XI
XII
XIII
XIV
XV
XVI
Figura 4–14 Mudanças na expressão dos genes nos cromossomos I–XVI da levedura (Problema 4–58). (A) Em resposta à depleção da histona
H4. (B) Em resposta à exclusão de Sir3. As barras pretas indicam genes cuja expressão foi aumentada em três vezes ou mais em relação à levedura
do tipo selvagem. As barras em cinza muito claro mostram genes cuja expressão foi reduzida em três vezes ou mais; eles não são relevantes para
este problema, mas foram adicionados para completar. Os cromossomos foram divididos em seus centrômeros para que todos os seus telômeros
pudessem ser alinhados à esquerda; colchetes indicam os pares de braços que compõem os cromossomos individuais. Três braços cromossômicos
foram encurtados para caber na figura, conforme indicado pelas linhas diagonais.
B. A deleção do gene Sir3 aumentou significativamente a expressão de 1,5% de

todos os genes de levedura (Figura Figura 4-14B, barras pretas). A ausência da
proteína Sir3 aumenta a expressão de uma fração maior de genes perto dos
telômeros do que no resto do genoma? Explique como você chegou à sua
conclusão.
C. Se você concluiu que a depleção da histona H4 ou a deleção do gene Sir3 , ou
ambos, aumentam preferencialmente a expressão de genes próximos aos
telômeros, proponha um mecanismo para explicar como isso pode acontecer.
4–59 Um artigo clássico examinou o arranjo dos nucleossomos ao redor do centrômero

(CEN3) do cromossomo III da levedura. Como os centrômeros são os locais de
ligação dos cromossomos para os microtúbulos, não estava claro se eles teriam
o arranjo usual dos nucleossomos. Este estudo usou plasmídeos nos quais foram
clonados vários comprimentos do DNA cromossômico nativo ao redor do
centrômero (Figura 4-15). A cromatina de leveduras nativas e de leveduras que
carregavam plasmídeos individuais foi tratada brevemente com nuclease
microcócica, e então o DNA foi desproteinizado e digerido com a enzima de
restrição BamHI, que corta o DNA apenas uma vez (Figura 4-15). O DNA digerido
foi fracionado por eletroforese em gel e analisado por Southern blotting usando
um segmento de DNA centromérico radiomarcado como uma sonda de hibridação
(Figura 4-15). Esse procedimento (chamado rotulagem indireta da extremidade)
permite a visualização de todos os fragmentos de DNA que incluem o DNA
imediatamente à direita do local de clivagem BamHI. Como controle, uma
amostra de DNA nu da mesma região foi tratada com nuclease microcócica e
submetida à mesma análise. Um autorradiograma dos resultados é mostrado na
Figura 4–16.
A. Quando a digestão com BamHI foi omitida, um conjunto regular, embora muito
menos distinto, de faixas escuras era aparente. Por que a digestão com BamHI
torna o padrão muito mais claro e fácil de interpretar?
B. Desenhe um diagrama mostrando os sítios sensíveis à nuclease microcócica no
DNA cromossômico e o arranjo dos nucleossomos ao longo do cromossomo. O
que há de especial na região centromérica?
plasmídeoDNA
2 nu 3
plasmídeo
plasmídeo cromossômico nativo 1
C. Qual é o propósito de incluir um controle de DNA nu no experimento?
D. O autorradiograma na Figura 4-16 mostra que o DNA cromossômico nativo produz
um padrão regularmente espaçado de bandas além do centrômero; ou seja, as
bandas de 600 nucleotídeos e acima são espaçadas em intervalos de 160 pares
núcleos de otídeos. Essa regularidade resulta do alinhamento de nucleosomes de bases
no centrômero, como carros em um semáforo? Ou a regularidade é uma

1560
propriedade intrínseca da própria sequência de DNA? Explique como os 1400
1240
resultados com os plasmídeos 1, 2 e 3 decidem a questão.
1080
920
760
600
BamHI
CEN3
cromossomo nativo
plasmídeo 1 350
DNA bacteriano
plasmídeo 2
DNA de levedura
190
plasmídeo 3
1 KB
sonda
Figura 4–15 Diagramas das estruturas do cromossomo nativo e três plasmídeos (Problema 4–59).
O cromossomo nativo é linear; seus verdadeiros fins se estendem bem além das posições marcadas
pelas linhas diagonais. Os plasmídeos, que são circulares, são mostrados aqui como moléculas lineares Figura 4–16 Resultados da digestão de
para facilitar a comparação. As sequências de levedura nativa ao redor do centrômero são DNA por nuclease microcócica em torno de
mostradas como linhas finas. As sequências de DNA bacteriano nos plasmídeos são mostradas como CEN3 (Problema 4–59). Os comprimentos
aproximados dos fragmentos de
retângulos vermelhos. O DNA da levedura no plasmídeo 3, que é mostrado como um retângulo rosa, DNA dos Problemas p4.21/4.16 em pares
p4.20/4.15 do DNA cromossômico é um segmentomuito
da levedura Problema
distante do centrômero. de nucleotídeos são indicados à esquerda do autorradiogram
A ESTRUTURA GLOBAL DOS CROMOSSOMOS

cromossomo lampbrush nucléolo

cromossomo mitótico cromossomo politênico
DEFINIÇÕES
4–60 Cromossomo gigante no qual o DNA passou por repetidas replicações sem separação
em novos cromossomos.
4–61 Cromossomos emparelhados na meiose em ovos de anfíbios imaturos, nos quais a

cromatina forma grandes alças sti estendendo-se a partir do eixo linear do
cromossomo.
4–62 Cromossoma duplicado altamente condensado com os dois novos cromossomos ainda
mantidos juntos no centrômero como cromátides-irmãs.
VERDADEIRO FALSO
4–63 Nos cromossomos lampbrush de oócitos de anfíbios, a maior parte do DNA está nas
alças, que são ativamente transcritas, enquanto o restante permanece altamente
condensado no eixo cromossômico, onde os genes geralmente não são expressos.
4–64 No nível final de condensação, cada cromátide de um cromo mitótico

alguns são organizados em alças de cromatina que emanam de um eixo central.
4-65 Embora os cromossomos de mamíferos ainda não tenham sido encontrados para formar
cromossomos lampbrush em oócitos de anfíbios, cromossomos de diferentes
anfíbios formam cromossomos típicos de lampbrush quando injetados em oócitos
na forma de cabeças de esperma desmembranadas. Quando as cabeças de
esperma de Rana pipiens (rã-leopardo do norte), que forma grandes alças em seus
próprios cromossomos oócitos, foram injetadas em oócitos de Xenopus laevis , os
cromossomos lampbrush resultantes tinham as pequenas alças típicas daqueles
em oócitos de X. laevis . Da mesma forma, quando as cabeças de esperma de X.
laevis foram injetadas em oócitos de Notophthalmus viridescens (tritão manchado
de vermelho), os cromossomos lampbrush resultantes tinham a estrutura de loop
muito grande típica de N. viridescens.
Esses experimentos de injeção heteróloga suportam a ideia de que a estrutura
de loop é uma propriedade intrínseca de um cromossomo? Por que ou por que não?
TRATAMENTO DE DADOS
4–66 Os padrões de bandas característicos dos cromossomos politênicos gigantes de

Drosophila melanogaster fornecem um mapa visível do genoma que provou ser
uma ajuda inestimável em estudos genéticos por décadas. A base molecular para
a coloração mais intensa das bandas em relação às interbandas permanece um
enigma. Em princípio, as bandas podem corar mais escuras porque contêm mais
DNA do que as interbandas devido à replicação excessiva, ou a quantidade de DNA
pode ser a mesma nas bandas e interbandas, mas o DNA cora mais
proeminentemente nas bandas porque é mais condensado
A ESTRUTURA GLOBAL DOS CROMOSSOMOS 65
Figura 4–17 Autorradiografia da análise de hibridação de blot de cromossomos 2851 2148 2842 2148
politênicos e diplóides (Problema 4–66). P e D referem-se a politeno e diploide, DPPD PD PD
respectivamente. Os números na parte superior referem-se aos segmentos de
DNA clonado usados como sondas: 2851 e 2842 são da região de 315 kb em
análise (consulte a Figura 4–18); 2148 é de outra parte do genoma e foi usado
em todas as hibridizações para calibrar a quantidade de DNA adicionada aos géis.
ou contém mais proteínas. Essas duas possibilidades - replicação diferencial

ou coloração diferencial - foram distinguidas pelos experimentos descritos
abaixo.
Uma série de segmentos radiomarcados abrangendo 315 kb de um
cromossomo de Drosophila foram usados como sondas de hibridação para
estimar a quantidade de DNA correspondente presente em tecidos diploides
normais versus DNA de glândulas salivares, que contêm cromossomos
politênicos. Amostras de DNA de cromossomos diploides e politênicos foram
digeridas com combinações de enzimas de restrição. Os fragmentos foram
então separados por eletroforese em gel e transferidos para filtros de
nitrocelulose para análise de hibridação. Em todos os casos, o padrão de
restrição foi o mesmo para o DNA de cromossomos diplóides e politênicos, Problemas p4.24/4.17
conforme ilustrado em dois exemplos na Figura 4-17. As intensidades de
muitos fragmentos de restrição específicos foram medidas e expressas como a
razão entre a intensidade do fragmento dos cromossomos politênicos e a
intensidade do fragmento correspondente dos cromossomos diplóides (Figura 4-18).
Como esses resultados distinguem entre replicação diferencial e coloração
diferencial como base para a diferença entre bandas e interbandas? Explique
seu raciocínio.
4–67 O fio telefônico enrolado típico fornece um exemplo cotidiano do fenômeno

do superenrolamento. Invariavelmente, o cordão fica enrolado sobre si mesmo
formando uma confusão emaranhada. Essas bobinas enroladas são super
bobinas. Balançar o receptor e deixá-lo girar até parar pode removê-los. Da
mesma forma, supercoils podem ser reintroduzidos girando o receptor, o que
obviamente é como eles chegam lá em primeiro lugar.
O DNA é enrolado em uma dupla hélice que exibe o mesmo fenômeno de
superenrolamento (Figura 4-19). Um DNA circular relaxado, com 10,5 pb por
volta da hélice, assumirá uma forma mais ou menos circular quando colocado sobre
2.0
intensidade 1,0
relativa de hibridação
0
0 50 100 150 200 250 300 quilobases
2842
2851
5 1 11 2 14 1,2 34 5,6 número de

banda
87D 87 E
Figura 4-18 Quantidades relativas de DNA em cromossomos diploides e politênicos em

diferentes pontos ao longo do cromossomo (Problema 4-66). O segmento cromossômico
coberto pelos fragmentos de restrição clonados é mostrado na parte inferior, juntamente
com as designações citológicas das regiões e bandas cromossômicas. Os fragmentos
clonados são mostrados acima do cromossomo, e as posições dos problemas 2851 e 2842
proporçãoéde
diploides plotada
hibridização
acima de
de cada
cada
p4.25/4.18
politênicos
fragmento.
fragmento
versus
são indicadas.
de cromossomos
restrição
A para DNA de cromossomos
super círculo super

bobinas negativas relaxado bobinas positivas
1234 5
relaxado
2– 2+
ou ou
solenoidal pletonêmico pletonêmico solenoidal superenrolado

(canhoto) (destro) (canhoto) (destro)
Figura 4–19 Moléculas de DNA circulares relaxadas e superenroladas (Problema 4–67). Figura 4–20 DNA plasmidial tratado com
Duplexes de DNA são indicados por linhas simples. Essas moléculas de DNA diferem apenas topoisomerase I de E. coli para tempos
no número de vezes que uma fita é enrolada na outra, uma quantidade conhecida como número crescentes (Problema 4–67). O DNA do
de ligação. Superenrolamentos solenóides são mostrados enrolados em torno de um cilindro plasmídeo é mostrado antes da incubação com E. coli
para fins ilustrativos. Problemas
topoisomerase
tempos I na p4.27/4.20
crescentes
pista 1 e de
após
incubação
nas pistas 2–5.
-superfície.
um aumento Se um
no número Problemas
filamento
de
duas
do
ligação
DNA p4.26/4.19
vezesfor
deextras
quebrado uma
+2) e(sobreenrolado
depois
e enrolado
reconectado,
em torno
a molécula
de seu parceiro
se
torcerá sobre si mesma, formando dois superenrolamentos positivos . Se uma fita em
um DNA circular relaxado for quebrada e reunida com duas voltas a menos (subenrolada
- uma diminuição no número de ligação de -2), a molécula se torcerá para formar duas
superenrolamentos negativos . Superenrolamentos positivos e negativos podem
assumir duas formas denominadas plectonêmicas e solenóides, embora
superenrolamentos plectonêmicos sejam os únicos estáveis no DNA nu. O efeito do
superenrolamento é preservar o enrolamento local preferido do DNA em 10,5 pb por
volta. Nas células, o grau de superenrolamento do DNA é cuidadosamente controlado
por enzimas especiais chamadas topoisomerases, que quebram e juntam os filamentos
de DNA.
O DNA plasmidial circular isolado de E. coli é altamente superenrolado, como fica

evidente quando o DNA é separado por eletroforese em um gel de agarose (Figura
4-20, pista 1). Quando incubado por tempos crescentes com E. coli topoisomerase I
(que quebra e sela novamente uma única fita de DNA no DNA superenrolado
negativamente, mas não no DNA superenrolado positivamente), várias novas bandas
aparecem entre o DNA superenrolado e o DNA relaxado (pistas 2–5 ).
A. Na amostra de DNA não tratada isolada de bactérias, por que você supõe que uma
pequena fração das moléculas de plasmídeo está relaxada (Figura 4-20, faixa 1)?
B. Quais são as bandas discretas entre as bandas altamente superenroladas e relaxadas

na Figura 4-20 que aparecem com tempos crescentes de incubação com topoisomerase
I? Por que eles se movem em taxas intermediárias entre o DNA relaxado e altamente
superenrolado?
C. Estime o número de superenrolamentos presentes nas moléculas originais do plasmídeo. )A( )B(
D. O plasmídeo bacteriano originalmente continha super

bobinas? Explique sua resposta.
4–68 Imagine que você monta um único nucleossomo em uma molécula de DNA circular fechada
e relaxada; ou seja, um DNA duplex circular sem quebras em nenhuma das fitas e sem
( )C )D(
superenrolamento. Envolver a molécula de DNA ao redor do octâmero de histona
forma superenrolamentos solenoidais, que são compensados por superenrolamentos
plectonêmicos em outra parte da molécula.
Dos quatro arranjos possíveis de superenrolamentos solenoidais e plectonêmicos
mostrados na Figura 4-21, qual deles tem um superenrolamento líquido igual a zero?
Figura 4-21 Quatro possíveis arranjos de
(Como nenhuma quebra foi introduzida no DNA no processo de formação do moléculas circulares de DNA com duas
nucleossomo, ele deve reter um superenrolamento geral igual a zero.) Indique o sinal superenrolamentos solenóides e duas
do superenrolamento (positivo ou negativo) nas estruturas selecionadas. plectonêmicas (Problema 4-68). A
posição do nucleossomo é indicada pelo cilindro.
4–69 Qual dos dois arranjos alternativos de superenrolamentos solenoidais e plectonêmicos de

compensação, gerados pela formação de um núcleo (ver Problema 4–68), representa a
verdadeira situação biológica? Essas alternativas foram distinguidas pela incubação do
DNA ligado ao nucleossomo com E. coli topoisomerase I, que pode remover apenas
superenrolamentos plectonêmicos negativos, ou com topoisomerase I do timo de bezerro,
que pode remover superenrolamentos plectonêmicos negativos e positivos. As histonas
foram removidas após a incubação com uma topoisomerase, e a presença de
superenrolamentos no DNA nu foi analisada por eletroforese em gel (ver Figura 4-20,
Problema 4-67). (O sinal dos superenrolamentos plectonêmicos no DNA nu pode ser
determinado pela incubação subsequente com E. coli topoisomerase I, que relaxa os
superenrolamentos negativos, mas não os positivos.)
Verificou-se que a incubação de DNA nucleossomal com E. coli topoi somerase I deu
moléculas de DNA com zero superenrolamentos. Em contraste, a incubação com
topoisomerase I do timo de bezerro deu moléculas de DNA com dois superenrolamentos
negativos. Os superenrolamentos solenoidais em torno dos nucleossomos biológicos são
positivos (destros) ou negativos (destros)? Que resultados você esperaria para a outra
alternativa?
COMO OS GENOMAS EVOLUIM

variação do número de cópias polimorfismo de

(CNV) nucleotídeo único (SNP) de seleção purificadora
pseudogene homólogo
DEFINIÇÕES
4–70 Uma cópia de um gene funcional que se tornou irreversivelmente inativado por múltiplas mutações.
4–71 Longos blocos de sequência de DNA que diferem no número de vezes que estão presentes nos
genomas de diferentes indivíduos em uma população.
4–72 Processo evolutivo que elimina indivíduos portadores de mutações que interferem em importantes
funções genéticas.
4–73 Variação entre indivíduos em uma determinada posição de nucleotídeo no

genoma.
VERDADEIRO FALSO
4–74 Em uma comparação entre os DNAs de organismos relacionados, como humanos e

camundongos, a identificação das sequências de DNA conservadas facilita a busca por
regiões funcionalmente importantes.
4–75 Muitos genes humanos se assemelham tanto a seus homólogos na levedura que a porção
codificadora de proteína do gene humano substituirá a função do gene da levedura nas
células da levedura.
4–76 A porção do genoma humano submetida à seleção purificadora corresponde às

sequências codificadoras de proteínas.
4–77 Acredita-se que a duplicação e a divergência de genes tenham desempenhado um papel crítico
na evolução do aumento da complexidade biológica.
cromossomo 22 Figura 4–22 Elementos transponíveis e genes

em regiões de 1 Mb dos cromossomos 2 e 22
(Problema 4–78). As linhas azuis que se
cromossomo 2 projetam para cima indicam éxons de genes
conhecidos. Linhas vermelhas que se projetam
para baixo indicam elementos transponíveis;
eles são tão numerosos que se fundem em
100 KB Cluster HoxD quase um bloco sólido fora dos aglomerados Hox.
4–78 Pedaços móveis de DNA – elementos transponíveis – que se inserem nos cromossomos e
se acumulam durante a evolução constituem mais de 40% do genoma humano.
Elementos transponíveis são inseridos mais aleatoriamente em todo o genoma
humano. Esses elementos são visivelmente raros nos quatro agrupamentos de genes
homeobox, HoxA, HoxB, HoxC e HoxD, conforme ilustrado para HoxD na Figura 4-22,
junto com uma região equivalente do cromossomo 22, que não possui um agrupamento
Hox . Cada agrupamento Hox tem cerca de 100 kb de comprimento e contém 9 a 11
genes, cuja expressão diferencial ao longo do eixo anteroposterior do embrião em
desenvolvimento estabelece o plano corporal básico para humanos (e para outros
animais). Por que você acha que os elementos transponíveis são tão raros nos clusters
Hox ?
CÁLCULOS
4–79 As comparações de sequências de nucleotídeos são fundamentais para nossa concepção

atual da árvore da vida, para nossa compreensão de como as mitocôndrias e
cloroplastos foram adquiridos e sua evolução subsequente, para a importância e
magnitude da transferência horizontal de genes e para a noção de que, por concentrando-
nos em alguns organismos modelo, podemos obter insights válidos sobre toda a
biologia. Por essas razões, projetamos este problema e o seguinte para apresentar os
métodos e suposições comuns que fundamentam a arte da comparação de sequências
de nucleotídeos.
Uma árvore filogenética representa a história da divergência de espécies de
ancestrais comuns. A construção dessas árvores a partir de DNA ou sequências de
proteínas só pode ser feita com computadores: os conjuntos de dados são enormes e
os algoritmos são sutis. No entanto, alguns dos princípios fundamentais da construção
de árvores podem ser ilustrados com um exemplo simples. Considere os primeiros 30
aminoácidos das cadeias de hemoglobina para as cinco espécies mostradas na Figura
4-23.
A. Em uma abordagem comum, conhecida como método da matriz de distância, o primeiro
passo é construir uma tabela de todas as diferenças entre pares entre as sequências.
Um exemplo parcialmente preenchido é mostrado na Tabela 4–2. Complete a tabela
preenchendo os espaços em branco indicados pelos pontos de interrogação.
Humano VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALE
TABELA 4–2 A matriz de diferença para os primeiros 30 aminoácidos da hemoglobina LLSADDKKHIKAIMPAIAAHGDKFGGEALY
Sapo
cadeias de cinco espécies (Problema 4-79).
Frango VLSAADKNNVKGIFTKIAGHAEEYGAETLE
Humano Sapo Frango Baleia Peixe Baleia VLSPTDKSNVKATWAKIGNHGAEYGAEALE
Peixe SLSDKDKAAVRALWSKIGKSADAIGNDALS
Humano 0 ? 11 8 17
Sapo 0 ? 17 20 Figura 4-23 Alinhamento dos primeiros

30 aminoácidos da hemoglobina
Frango 0 ? 20 cadeias de cinco espécies (Problema 4–79).
Os aminoácidos são representados pelo
Baleia 0 ?
código de uma letra (ver Tabela 8, página 966).
Os aminoácidos que diferem da sequência
Peixe 0
humana estão destacados em amarelo.
Humano EU II III 4 EM
a b
d
c f
g
e
Figura 4–24 Uma árvore filogenética Figura 4–25 Uma árvore filogenética
geral para cinco espécies (Problema 4–79). geral para cinco espécies com segmentos
de linha indicados por letras (Problema 4–80).
na Tabela
escolha?
Figura Problemas
4–24.
As
4–2
suposição p4.33/4.24
informações
Apreenchida,
ordemque
de na Problemas
ramificação
fundamenta
qual
Tabela
par de
4–2
ésua p4.34/4.25
espécies
determinada
podem ser B.árvore
estáusadas
usando
mais De acordo
intimamente
para
um com
filogenética
tipo
organizar
simples informações
relacionado?
asmostrada
de
espécies
análise
Qual
na
na
deé a
cluster. As duas espécies mais semelhantes são colocadas nos ramos adjacentes no canto
superior
C. esquerdo da Figura 4-24. A espécie com as menores diferenças médias em relação a
este par é colocada no próximo galho. Na próxima etapa, essas três espécies são
combinadas e as diferenças médias das espécies restantes são calculadas e usadas para
preencher a próxima ramificação e assim por diante. Use este método para organizar as
espécies na árvore na Figura 4–24.
D. A ordem de ramificação que você determinou na parte C é a mesma que você obteria
simplesmente usando o número de diferenças relativas ao humano para colocar as outras
espécies na árvore? Por que o método de análise de cluster é superior?
4–80 Na questão anterior, a ordem de ramificação, ou topologia, da árvore foi estabelecida, mas as
distâncias reais (número de diferenças) não foram atribuídas aos segmentos de linha que
compõem a árvore (Figura 4–25). Calcular distâncias para segmentos de linha é, mais uma
vez, tedioso à mão, mas fácil por computador. O exercício a seguir dá uma ideia de como
esses cálculos são feitos.
A. Usando os números da matriz de distância completa na Tabela 4–2 e a ordem de ramificação

determinada no problema anterior, escreva todas as equações para as diferenças entre as
espécies em termos dos segmentos de linha que compõem a árvore (Figura 4 –25).
Existem equações suficientes para resolver os comprimentos dos sete segmentos de reta?
B. Um método direto e não muito exaustivo para resolver essas equações é considerá-las três
de cada vez; por exemplo,
EU II = a + b
EU III = a + c + d
II III = b + c + d
Existem 10 dessas equações de três por vez para cinco espécies. Usando as
informações da tabela de matriz de distância (consulte a Tabela 4–2), resolva dois desses
conjuntos de equações – humano/baleia/galinha e humano/baleia/rã – para a e b. Os
valores de a e b são os mesmos nas duas soluções?
TRATAMENTO DE DADOS
4–81 O método gráfico mais antigo para comparar sequências de nucleotídeos - o chamado
Diagon Plot - ainda produz uma das melhores comparações visuais de parentesco de
sequências. Um exemplo é ilustrado na Figura 4-26, onde o gene da -globina humana é
comparado com o cDNA humano para
(A) cDNA de ÿ-GLOBINA HUMANA (B) GENE DE ÿ-GLOBINA DE RATO

COMPARADO COM O GENE DA ÿ- COMPARADO COM
GLOBINA HUMANA GENES DE ÿ-GLOBINA HUMANAS
3' 3'
camundongo
globina
gene
de
da
ÿ-
humana
globina
ADNc
de
ÿ-
5' 5'
5' genes da ÿ-globina humana 3' gene 5' da ÿ-globina humana 3'
globina (Figura 4-26A) e com o gene -globina de camundongo (Figura 4-26B). Figura 4–26 Diagon plots (Problema 4–81).
(A) ADNc da -globina humana comparado
(Um cDNA é uma molécula de DNA feita como uma cópia do mRNA e, portanto, sem
com o gene da -globina humana. O cDNA
os íntrons que estão presentes no DNA genômico.) Diagon plots são gerados da -globina é uma cópia de DNA
comparando blocos de sequência, neste caso blocos de 11 nucleotídeos por vez. complementar do mRNA da -globina. (B)
Se 9 ou mais dos nucleotídeos coincidirem, um ponto é colocado no diagrama nas Gene da globina de camundongo comparado
coordenadas correspondentes aos blocos sendo comparados . Uma comparação de com o gene da globina humana. As
posições dos exons no gene da -globina
todos os
diagramas como os mostrados na Figura
aparecem blocos
4-26, nos possíveis
como quais
linhasas gera
diagonais.
homologias de sequência
humana são indicadas por sombreamento
em (B). As extremidades 5 e 3 das
sequências são indicadas. A sequência
A. A partir da comparação do gene da -globina humana com o cDNA da -globina humana do gene humano é idêntica nos dois gráficos.
(Figura 4-26A), deduza as posições dos éxons e íntrons no gene da -globina. Para acomodar a sequência curta de
cDNA da -globina (549 nucleotídeos)
e a sequência do gene da -globina
B. Os éxons inteiros do gene da -globina humana (indicados por sombreamento na Figura (2052 nucleotídeos) em espaços
4-26B) são homólogos ao gene da -globina de camundongo? Identifique e explique semelhantes, mantendo escalas proporcionais
quaisquer discrepâncias. dentro de cada gráfico, a escala de (A) é cerca de três vezes a d
C. Existe alguma homologia entre os genes da globina humana e do camundongo que
esteja fora dos éxons? Em caso afirmativo, identifique sua localização e ofereça uma
explicação para sua preservação durante a evolução.
D. Algum dos genes sofreu uma alteração no comprimento do íntron durante sua
divergência evolutiva? Como você sabe?
4–82 Sua primeira incursão em estudos arqueológicos de DNA terminou em constrangimento.

Mais tarde, as sequências de DNA de dinossauros que você anunciou com tanto
orgulho ao mundo provaram ser derivadas de células humanas modernas
contaminadas — provavelmente as suas. Definindo sua mira um pouco mais baixa,
você decide tentar amplificar o DNA mitocondrial residual de um esqueleto de
Neandertal bem preservado. Você também redesenha seu laboratório para minimizar
a possibilidade de contaminação errante. Você prepara cuidadosamente três
amostras diferentes (A, B e C) de osso do fêmur e realiza reações em cadeia da
polimerase (PCR) separadas nelas, uma delas no laboratório de um colaborador
estrangeiro. Com certeza, produtos claros do tamanho esperado são vistos em todas
as três reações. Os produtos clonados de cada PCR são sequenciados
individualmente, com os resultados mostrados na Figura 4–27. A sequência da região
correspondente do DNA mitocondrial de um humano é mostrada na parte superior.
Os pontos indicam correspondências com a sequência humana; traços indicam falta
de DNA.
Para determinar se as diferenças comuns de sequência que você observa podem
ser devidas à variação normal dentro da população humana, você faz comparações
pareadas de sua sequência neandertal de consenso (mais comum) com um grande
número de sequências humanas individuais. Você faz o mesmo para sequências
humanas individuais versus uma outra e versus sequências de chimpanzés. Suas
comparações pareadas são mostradas na Figura 4–28.
A. Você identificou com sucesso uma sequência de DNA mitocondrial neandertal?

Humano ACAGCAATCAACCCTCAACTATCACACATCAACTGCAACTCCAAAGCCACCCCT-CACCCAC Figura 4-27 Sequências de DNA mitocondrial

A1 .............T......-...T.........A...........A.GTT. TA...... derivadas de amostras de neandertais
A2 .............T......G...T.........A...........AG..TG ...... (Problema 4-82). A sequência no topo é uma
A3 .............T......G...T.........A...........AG..TA ...... sequência humana de referência. Os pontos
A4 .............T......G...TT......A..........AG..TA... . ..
indicam correspondências com a sequência
A5 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
humana; traços indicam nucleotídeos ausentes.
A6 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
A7 ........T....T......G...T......G..A...........AG..TA ......
A8 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
A9 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
A10 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
A11 .............T......G...TT......A..........AG..TA... . ..
A12 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
A13 .............T..TG..TT......A...........AG..TA......
A14 .............T........T.........A........AG..TA . .....
A15 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
A16 .............T........T.........A........AG..TA . .....
A17 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
A18 .........................................G..... ....-.......
B1 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
B2 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
B3 .T........T......G...T.........A........AG..TA .. ....
B4 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
B5 .............T......G...T.......T.AT........AG..TA. .....
B6 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
B7 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
B8 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
B9 .............T..TG..T.........A...........AG..TA.T. ...
B10 .............T......G...T.........A.....T.....AG..TA ......
B11
................................................ ....-.......
B12
................................................ ....-.......
C1
.............T......G...T.........A...........AG..TA ......
C2 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
C3 .............T......G...T.........A...........AG..TA ......
C4 .T......T....T......G...T...C.....A...........AG..TA ......
C5 .T......T....T......G...T.........A...........AG..TA .T....
C6 .T......T....T......G...T.........A...........AG..TA .T....
C7 .............T......G...T.........A...........AG..TA .T....
C8 .T.....CT....T......G...T.........A...........AG..TA. .....
C9 .T......T....T......G...T.........A...........AG..TA ......
Q10 .............T......G...T.........A...........AG..TA .T....
C11 ....... C............................................ ....-.......
C12 ................................................ ....-.......
................................................ ....-.......
C13
............. T.................................. ....-.......
C14
................................................ ....-.......
B. Suas extensas precauções no manuseio da amostra eliminaram a

contaminação humana?
C. Qual é a razão para a escolha do DNA mitocondrial para estudos de DNA
arqueológico? As sequências de DNA nuclear não seriam mais informativas?
Problemas
Qual você consideraria ser
suas
a maneirap4.36/4.27
conclusões? D.
mais importante de confirmar ou refutar
4-83 As sequências Alu estão presentes em seis locais nos íntrons da albumina sérica
humana e nos genes da -fetoproteína. (esses genes são parentes evolutivos Figura 4–28 Comparações pareadas de
sequências de DNA (Problema 4–82). A
distribuição humano-humano comparou
25
humano humano 994 sequências humanas individuais
humano neanderthal chimpanzé humano e distintas entre si. Essas 994 sequências
20 representam linhagens mitocondriais
humanas contemporâneas; isto é,
15
seqüências distintas ocorrendo em um ou
porcentagem
pares
de
mais indivíduos. A fração de pares com
um determinado número de diferenças
10 é plotada. A comparação humano-
neandertal é uma sequência neandertal contra
5 as 994 sequências humanas
contemporâneas. A comparação humano-
0
chimpanzé envolveu 986 sequências de
0 10 20 30 40 50 60 humanos contemporâneos com 16 sequências
número de diferenças de chimpanzés contemporâneos.
Repetição
Alu (300 nucleotídeos)
TTAAATAGGCCGGG----------AAAAAAAAAAAATTAAATA
TGTGTGGGGATCAGG----------AAAAAAAAAAAATCTGTGGG
TCTTCTTAGGCTGGG----------GAAAAAAAAAAATCTTCTTA
ATAATAGTATCTGTCGGCTGGG----------AGAAAAAAAAAAATAAATAGTATCTGTC
GGATGTTGTGGGGCCGGG----------AAAAAAAAAAAAAGGATGTTGTGG
AGAACTAAAGGGCTAGG -------------------------------------------------- ------
Figura 4–29 Sequências de nucleotídeos das seis inserções Alu na família do gene da albumina humana
(Problema 4–83). As linhas tracejadas indicam nucleotídeos na parte interna das sequências Alu.
que estão localizados lado a lado em genomas de mamíferos.) O mesmo par de
genes no rato não contém sequências Alu . As linhagens de ratos e humanos
divergiram há mais de 85 milhões de anos, na época da radiação mamífera. A
presença de sequências Alu nos genes humanos e sua ausência nos genes de rato
correspondentes significa que as sequências Alu invadiram os genes humanos
apenas recentemente, ou significa que as sequências Alu foram removidas de
alguma forma dos genes de rato?
Para examinar esta questão, você sequenciou todas as seis sequências Alu na
família do gene da albumina humana. As sequências ao redor das extremidades
dos elementos Alu inseridos são mostradas na Figura 4–29.
A. As sequências Alu criam duplicações de vários nucleotídeos em cada lado do sítio
alvo onde se inserem. Marque os limites esquerdo e direito das sequências Alu
inseridas e indique os nucleotídeos no DNA cromossômico anking que foram
alterados por mutação. A taxa de substituição de nucleotídeos
B. em íntrons foi medida em cerca de 3 × 10-3 mutações por milhão de anos em
cada local. Assumindo a mesma taxa de substituição nas sequências de íntrons
que foram duplicadas por essas sequências Alu , calcule há quanto tempo as
sequências Alu foram inseridas nesses genes. (Junte todas as sequências Alu para
fazer esse cálculo; isto é, trate-as como se tivessem sido inseridas mais ou menos
ao mesmo tempo.)
C. Por que essas sequências de anking específicas são usadas no cálculo?
Por que segmentos maiores do íntron não foram incluídos? Por que as mutações
nas próprias sequências Alu não foram usadas?
D. Essas sequências Alu invadiram os genes humanos recentemente (depois da época
da radiação dos mamíferos) ou foram removidas dos genes do rato?
LINKS MÉDICOS
4-84 Cerca de 5% do genoma humano consiste em segmentos duplicados de cromossomos,

muitos dos quais são altamente homólogos, indicando uma origem relativamente visão cortina
normal verde vermelho cego
recente. O alto grau de homologia ocasionalmente permite que eventos de
recombinação inapropriados ocorram entre as duplicações, o que pode diminuir ou pessoa física 123456789 10
aumentar o número de segmentos duplicados. Tais eventos são responsáveis por

várias doenças humanas, incluindo o daltonismo vermelho-verde que afeta 8% da
população masculina. Os genes para os pigmentos visuais vermelho e verde ficam
RsaI-A
próximos um do outro no cromossomo X, um em cada cópia do segmento
duplicado. Eles são 98% idênticos na maior parte de seu comprimento, tanto em RsaI-NO
éxons quanto em íntrons; no entanto, os genes podem ser distinguidos pela

presença casual de um local de clivagem Rsal extra em um dos dois genes. Como
resultado, a digestão com RsaI fornece um fragmento mais longo para o gene RsaI-
A do que para o gene RsaI-B , e esse chamado polimorfismo de comprimento de Figura 4–30 RsaI RFLPs em homens normais,
fragmento de restrição (RFLP) pode ser usado para rastrear os dois genes (Figura cegos para verde e cegos para vermelho (Problema 4–84).
RsaI-A refere-se à característica RFLP do gene
4-30 ).
RsaI-A; RsaI-B refere-se à característica RFLP do
A. Para determinar qual gene codifica qual pigmento, vários machos normais, cegos gene RsaI-B.
para vermelho e cegos para verde foram rastreados usando uma sonda de hibridação Machos individuais são indicados por número.
Individual 791234 Figura 4-31 NotI digere DNA de indivíduos 123456 7 8

normais e daltônicos selecionados (Problema
razão A:B 0:1 1:0 1:1 2:1 3:1 4:1
4-84). Os números para indivíduos correspondem aos
kb números na Figura 4–30. As proporções dos genes
RsaI-A para os genes RsaI-B (A:B) foram estimadas
222
a partir da intensidade da hibridação na Figura 4–
30. Os tamanhos dos fragmentos NotI são
183
indicados em kb.
144
105
66
específico para o RsaI RFLP (Figura 4–30). Qual gene codifica o pigmento visual
vermelho e qual codifica o pigmento visual verde?
B. A intensidade da hibridação em indivíduos normais foi constante para o gene
RsaI-B , mas surpreendentemente variável para o gene RsaI-A . Essa anomalia foi
investigada digerindo o DNA de indivíduos selecionados com NotI, que cliva uma
vez dentro do gene RsaI-A , mas não cliva o gene RsaI-B . Os fragmentos de
restrição foram separados por eletroforese em gel de campo pulsado Problems
p4.11/4.31
uma sonda
hibridização
intensidade
que evariável
hibridizados
dosreconhece
genes RsaI-A
de com
ambos
em os
homens
genescom
(Figura
visão4-31).
de cores
Qualnormal?
é a baseSua
para a Figura 4–32 Análise de impressão digital de DNA de
explicação pode explicar a alta frequência de daltonismo? gêmeos embaralhados (Problema 4–85).
C. Qual é o tamanho do segmento cromossômico duplicado neste local no genoma
humano?
4–85 Houve uma confusão colossal na maternidade do hospital local. Quatro pares
de gêmeos do sexo masculino, nascidos com uma hora de diferença, foram
inadvertidamente silenciados na excitação ocasionada por aquele evento improvável.
Você foi chamado para acertar as coisas. Como primeiro passo, você deseja que
os gêmeos sejam pareados. Para esse fim, você analisa uma pequena amostra de
sangue de cada bebê usando uma sonda de hibridização que detecta diferenças
polimórficas nos números de repetições de sequência simples, como (CA)n,
localizadas em regiões amplamente dispersas do genoma. Os resultados são
mostrados na Figura 4–32.
A. Quais bebês são irmãos?
B. Como você combinará os irmãos com os pais corretos?
ESTILO MCAT
Avanços importantes em nossa compreensão da epigenética vieram de estudos de
acasalamento de levedura. Células de levedura haploides existem em dois tipos de
acasalamento que são referidos como a e ÿ. Células haplóides do tipo de acasalamento
oposto podem acasalar, o que resulta na fusão das duas células para formar uma célula
diplóide. Dois loci chamados HMLa e HMR contêm as principais informações que controlam
o comportamento de acasalamento. Os genes nesses loci são normalmente reprimidos, mas
podem ser expressos quando são copiados para o locus MAT: se a informação do HMLa for
copiada para o locus MAT, a célula se torna uma célula a , e se a informação do HMR for
copiada , a célula torna-se
Esse sistema uma
permite quecélula ÿ troquem
as células . facilmente os tipos de acasalamento.
4–86 Duas sequências curtas de DNA, chamadas de sítios E e I, que cercam o locus HML
(Figura 4–33), controlam a expressão dos dois genes no locus HML. A deleção
desses locais faz com que os genes do tipo de acasalamento no
Figura 4–33 O locus HML na levedura (Problema
4–86). O locus HML contém dois genes - a1 e a2 -
E EU
ambos copiados para o locus MAT para alterar o

a2 a1 tRNAThr
tipo de acasalamento.
-
Locus HML a ser expresso. Se outros genes do tipo não acasalamento forem
colocados entre os sítios E e I, eles serão reprimidos. Qual das seguintes afirmações
melhor explica as funções dos sítios E e I?
A. Eles são locais de ligação para complexos de remodelação da cromatina que inibem
transcrição.
B. Eles são sítios de ligação para fatores que estimulam a formação de
heterocromatina.
C. Eles são locais de ligação para acompanhantes de histonas que removem histonas do
locus HML.
D. ey são sequências teloméricas que criam uma estrutura de cromatina reprimida
lei.
4–87 Análises genéticas descobriram que mutações em genes chamados SIR2, SIR3 e SIR4
causaram a expressão de genes no locus HML. A análise bioquímica mostrou que as
proteínas SIR formam um complexo. Qual das seguintes atividades pode ajudar a
explicar o papel das proteínas SIR na repressão da expressão gênica?
I. SIR2 é uma histona desacetilase II.

SIR3 se liga a histonas desacetiladas III. SIR4
interage com os sites E e I
A. I e II B. I
e III C. II e III
D. I, II e III
4-88 Qual dos seguintes poderia contribuir para a repressão da expressão gênica
no locus HML?
I. Ligação de proteínas de barreira adjacentes a HML II.
Formação de loops de cromatina envolvendo HML III.
Localização de HML perto do envelope nuclear
A. eu
B. I e II C. II
e III D. III
4-89 Um gene tRNA altamente expresso está localizado fora do HML. Se esse gene for
deletado, os genes próximos que estão além do gene tRNA são reprimidos. Qual das
seguintes hipóteses poderia explicar essa observação?
A. Um local próximo ao gene tRNA que está incluído na deleção atua para posicionar
o locus HML na região próxima ao envelope nuclear.
B. Nucleossomos no gene tRNA recrutam chaperonas de histonas que bloqueiam a
propagação da cromatina repressiva do locus HML.
C. Mecanismos que mantêm uma baixa densidade de histonas sobre o gene tRNA
altamente transcrito atuam como uma barreira à propagação da cromatina repressiva.
D. O gene tRNA é coberto por heterocromatina que bloqueia a propagação da
cromatina repressiva do locus HML.
Passagem 2 (Perguntas 4–90 e 4–91)

As células cancerígenas proliferam sem controle, levando à formação de tumores. Para investigar
a natureza das mudanças que fazem com que células normais se transformem em células
cancerígenas, os cientistas realizaram uma série de experimentos de transferência nuclear. Eles
primeiro removeram núcleos de oócitos de camundongos (ovos), usando uma micropipeta, e então
substituíram o núcleo do ovo por um núcleo de um dos vários tipos diferentes de células
cancerígenas de camundongos. Os oócitos reconstituídos foram colocados de volta em um
camundongo e deixados passar pelos estágios iniciais de desenvolvimento. Esses experimentos
mostraram que os núcleos de vários tipos de células cancerígenas foram capazes de suportar o
desenvolvimento inicial de um embrião de camundongo em vários tipos de células diferenciadas,
sem sinais de proliferação anormal.
COMO OS GENOMAS EVOLUEM 75
4–90 Qual das seguintes hipóteses explica melhor essas

resultados?
A. Alterações epigenéticas nos centrômeros impedem a segregação cromossômica, que bloqueia

a proliferação das células cancerígenas.
B. Alterações epigenéticas fazem com que os cromossomos das células cancerígenas fiquem
altamente condensados, inibindo a expressão dos genes causadores de câncer.
C. Alterações epigenéticas na expressão gênica que contribuem para o câncer são apagadas
quando o núcleo é transferido para o oócito de camundongo.
D. Mutações que causam câncer são reparadas de volta à sequência do tipo selvagem quando o
núcleo é transferido para o oócito de camundongo.
4–91 Em outra série de experimentos, descobriu-se que a inativação de ambas as cópias do gene
p16 é uma etapa fundamental na série de eventos que leva ao câncer. Em muitas células
cancerígenas, o gene p16 é inativado por mutação ou deleção. No entanto, em outras células
cancerígenas, o gene p16 não contém mutações ou deleções, mas a proteína p16 não é
produzida. Qual das seguintes opções poderia explicar a falta de proteína p16 nessas células
cancerígenas?
I. Formação da eucromatina no gene p16 II. Formação de
heterocromatina no gene p16 III. Modificação das caudas das
histonas no gene p16
A.
IB. II
I e III C .
D .II e III
O cromossomo de Escherichia coli.

John Cairns publicou esta
autorradiografia icônica do DNA de E.
coli capturado no ato de replicação
em 1963. As bactérias foram marcadas com
3H-timidina por “cerca de duas gerações” e
depois lisada com lisozima na presença
de DNA transportador de timo de vitela.
A maioria dos cromossomos detectados após
dois meses de exposição ao filme eram círculos
“mais ou menos emaranhados” com
cerca de 1,1 a 1,4 mm de comprimento. Este,
por feliz acaso, estava intacto e bem exibido.
Cairns presumiu, incorretamente como
sabemos agora, que a replicação
prosseguia em uma direção a partir de um
ponto fixo, com um “giro” na outra junção Y.
capítulo 5 77
CAPÍTULO
Replicação, reparo e
recombinação do DNA 5
A MANUTENÇÃO DE SEQUÊNCIAS DE DNA NESTE CAPÍTULO
TERMOS PARA APRENDER A MANUTENÇÃO DO DNA
mutação de taxa de mutação célula somática SEQUÊNCIAS

células germinativas
MECANISMOS DE REPLICAÇÃO DE DNA
DEFINIÇÕES A INICIAÇÃO E
Combine cada definição abaixo com seu termo na lista acima. CONCLUSÃO DE
REPLICAÇÃO DO DNA EM
5–1 Uma alteração hereditária produzida aleatoriamente na sequência de nucleotídeos de um
CROMOSSOMOS
cromossoma.
REPARAÇÃO DO ADN
5–2 Tipo de célula em um organismo diplóide que carrega apenas um conjunto de cromossomos
e é especializado para reprodução sexual. Um esperma ou um óvulo. RECOMBINAÇÃO HOMÓLOGA
5–3 Qualquer célula de uma planta ou animal que não seja uma célula germinativa ou linhagem germinativa precedente
TRANSPOSIÇÃO E
cerveja.
LOCAL CONSERVADOR ESPECÍFICO
VERDADEIRO FALSO RECOMBINAÇÃO
Decida se a afirmação é verdadeira ou falsa e explique por quê.
5–4 Tanto a estabilidade do DNA das células germinativas quanto a estabilidade do DNA das células somáticas
são essenciais para a sobrevivência da espécie.
5–5 Você infectou uma cultura de E. coli com um vírus bacteriano virulento (bactéria riófaga). A
maioria das células sofreu lise, mas algumas sobreviveram: 1 × 10–4 em sua amostra. Você
se pergunta de onde vieram as bactérias resistentes. Eles foram causados pela infecção do
bacteriófago ou já existiam na cultura bacteriana? Anteriormente, para um experimento
diferente, você espalhou uma suspensão diluída de E. coli em meio sólido em uma grande
placa de Petri e, depois de ver que cerca de 105 colônias estavam crescendo, você fez uma
impressão das colônias naquela placa e transferiu para três outras placas - um processo
conhecido como revestimento de réplicas - que cria o mesmo padrão de colônias nas três
placas. Você percebe que pode usar essas placas para distinguir entre as duas possibilidades.
Você pipeta uma suspensão do bacteriófago em cada uma das três placas de réplica para
que a bactéria possa ser infectada. Que resultado você espera se o bacteriófago causar
resistência? Que resultado você espera se as bactérias resistentes já existirem?
5–6 A afirmação a seguir soa patentemente falsa. “As células diferentes em seu corpo
raramente têm genomas com a mesma sequência de nucleotídeos.” Forneça um argumento
para explicar por que isso pode ser verdade.
5–7 Organismos individuais que carregam mutações prejudiciais tendem a ser eliminados de
uma população pela seleção natural. É fácil ver quão deletério
78 Capítulo 5: Replicação, reparo e recombinação do DNA
mutações em bactérias, que possuem uma única cópia de cada gene, são
eliminadas pela seleção natural; as bactérias afetadas morrem e a mutação é
assim perdida da população. Os eucariontes, no entanto, têm duas cópias da
maioria dos genes porque são diplóides. Muitas vezes, um indivíduo com duas
cópias normais do gene (homozigoto, normal) é indistinguível no fenótipo de um
indivíduo com uma cópia normal e uma cópia defeituosa do gene (heterozigoto).
Nesses casos, a seleção natural pode operar apenas em um indivíduo com duas
cópias do gene defeituoso (homozigoto, defeituoso). Imagine a situação em que
uma forma defeituosa do gene é letal quando homozigótica, mas sem efeito
quando heterozigótica. Essa mutação pode ser eliminada da população pela
seleção natural? Por que ou por que não?
CÁLCULOS
5–8 As mutações são introduzidas no genoma de E. coli na taxa de cerca de 1 mutação

por 109 pares de bases (pb) por geração. Imagine que você começa com uma
população de 106 E. coli, nenhuma das quais carrega qualquer mutação em seu
gene de interesse, que tem 1.000 nucleotídeos de comprimento e não é essencial
para o crescimento e sobrevivência bacteriana. Na próxima geração, depois que
a população dobrar de número, que fração das células, em média, você esperaria
que carregasse uma mutação em seu gene? Depois que a população dobrar
novamente, qual seria a frequência de mutantes na população? Qual seria a
frequência após uma terceira duplicação?
TRATAMENTO DE DADOS
5–9 Para determinar a reprodutibilidade das medições de frequência de mutação, faça

o seguinte experimento. Você inocula cada uma das 10 culturas com uma única
bactéria E. coli , permite que as culturas cresçam até que cada uma contenha 106
células e, em seguida, mede o número de células em cada cultura que carregam
uma mutação em seu gene de interesse. Você ficou tão surpreso com os
resultados iniciais que repetiu o experimento para confirmá-los. Ambos os
conjuntos de resultados exibem a mesma variabilidade extrema, conforme
mostrado na Tabela 5–1. Supondo que a taxa de mutação seja constante, por
que você supõe que haja tanta variação nas frequências de células mutantes em
diferentes culturas?
TABELA 5–1 Frequências de células mutantes em múltiplas culturas (Problema 5–9).
Experimentar Cultura (células mutantes/106 células)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1 4 0 257 1 2 32 0 0 2 1
2 128 0 1 4 0 0 66 5 0 2
MECANISMOS DE REPLICAÇÃO DE DNA

carregador de braçadeira DNA topoisomerase ligação de DNA de fita simples

Cadeia retardada da helicase de DNA (SSB) reparo de
Cadeia líder da DNA ligase incompatibilidade
Forquilha de replicação da DNA polimerase dirigido por fita de grampo deslizante
DNA primase iniciador de RNA de proteína
DEFINIÇÕES
5–10 Comprimento curto de RNA sintetizado na fita retardada durante a replicação do DNA
cação e posteriormente removidos.
5–11 Enzima que une duas fitas de DNA adjacentes. 5' 3'
PO4 – PARA
5–12 Processo de reparo do DNA que substitui os nucleotídeos incorretos inseridos durante a
replicação do DNA.
Figura 5–1 Um fragmento de DNA com uma
5–13 Enzima que abre a hélice de DNA separando as fitas simples. lacuna na fita simples na fita inferior
(Problema 5–23).
5–14 Um complexo proteico que circunda a dupla hélice do DNA e se liga à DNA polimerase, mantendo-
a firmemente ligada ao DNA enquanto está em movimento.
5–15 Enzima que se liga ao DNA e quebra reversivelmente uma ligação fosfodiéster em uma ou ambas
as fitas, permitindo que o DNA gire naquele ponto. Problemas p5.01/5.01
5–16 Região em forma de Y de uma molécula de DNA replicante na qual as duas fitas filhas são
formadas.
5–17 A cadeia recém-criada de DNA encontrada em uma forquilha de replicação que é feita em
segmentos descontínuos, que posteriormente são unidos covalentemente.
VERDADEIRO FALSO
5–18 Quando lido na mesma direção (5eg-para-3eg(, a sequência de nucleotídeos em uma fita de
DNA recém-sintetizada é a mesma da fita parental usada como molde para sua síntese.
5–19 Cada vez que o genoma é replicado, metade do DNA recém-sintetizado é costurado a partir de
fragmentos de Okazaki.
5–20 Em E. coli, onde a forquilha de replicação viaja a 500 pares de nucleotídeos por segundo, o DNA
à frente da bifurcação — na ausência da topoisomerase — teria que girar a quase 3.000
revoluções por minuto.
5–21 A topoisomerase I não requer ATP para quebrar e unir as fitas de DNA porque a energia da
ligação fosfodiéster é armazenada transitoriamente em uma ligação fosfotirosina no sítio
ativo da enzima.
5–22 A sequência de nucleotídeos de uma fita de DNA de uma dupla hélice de DNA é 5
ggATTTTTGTCCACAATCA-3 . Qual é a sequência da fita complementar?
5–23 O fragmento de DNA na Figura 5-1 é de fita dupla em cada extremidade, mas de fita
simples no meio. A polaridade da fita superior é indicada. O fosfato (PO4- ) é mostrado na
fita inferior na extremidade 5ÿ ou na extremidade 3ÿ do fragmento ao qual está ligado?
5–24 Observe cuidadosamente as estruturas das moléculas na Figura 5–2.

A. O que você esperaria que acontecesse se trifosfato de didesoxicitidina (ddCTP) fosse
adicionado a uma reação de replicação de DNA em grande excesso
(A) ddCTP NH2 (B) ddCMP NH2
N N
O– O– O– O–
N O N O
O– DEPOIS DEPOIS DEPOIS CH2 O– DEPOIS CH2
O O
O O O O
Figura 5–2 Substratos de replicação
em potencial (Problema 5–24).
(A) Trifosfato de didesoxicitidina (ddCTP).
(B) Monofosfato de didesoxicitidina
HH HH (ddCMP).
a concentração de trifosfato de desoxicitidina (dCTP)? Seria incorporado ao DNA? Se

fosse, o que aconteceria depois disso?
Dê seu raciocínio.
B. O que aconteceria se ddCTP fosse adicionado a 10% da concentração de
dCTP?
C. Que efeitos você esperaria se monofosfato de didesoxicitidina (ddCMP) fosse adicionado
a uma reação de replicação de DNA em grande excesso ou a 10% da concentração de
dCTP?
5–25 Como você esperaria que a perda da atividade da exonuclease de revisão de 3 a 5 ½ da DNA
polimerase em E. coli afetasse a fidelidade da síntese de DNA? Como sua perda afetaria
a taxa de síntese de DNA? Explique seu raciocínio.
5–26 Discuta a seguinte afirmação: “A primase é uma enzima desleixada que comete muitos erros.
Eventualmente, os primers de RNA que ele produz são substituídos por DNA produzido
por uma polimerase com maior delidade. é um desperdício. Seria mais eficiente em
termos de energia se uma DNA polimerase fizesse uma cópia precisa em primeiro lugar.
5–27 As proteínas SSB se ligam ao DNA de fita simples na forquilha de replicação e impedem a
formação de hélices curtas em forma de gancho que, de outra forma, impediriam a
síntese de DNA. Que tipos de sequências no DNA de fita simples podem ser capazes de
formar uma hélice em forma de gancho? Escreva um exemplo de uma sequência que
poderia formar uma hélice em forma de gancho de cinco nucleotídeos e mostre a hélice.
5–28 Mutações letais condicionais provaram ser indispensáveis em análises genéticas e bioquímicas
de processos complexos, como a replicação do DNA.
As mutações sensíveis à temperatura (ts), que são uma forma de mutação letal
condicional, permitem que as células cresçam a uma temperatura (por exemplo, 30°C),
mas não a uma temperatura mais alta (por exemplo, 42°C).
Um grande número de mutantes de replicação sensíveis à temperatura foi isolado
em E. coli. Essas bactérias mutantes são defeituosas na replicação do DNA a 42°C,
mas não a 30°C. Se a temperatura do meio aumentar de 30°C para 42°C, esses mutantes
param de produzir DNA de uma de duas maneiras características. Os mutantes de
“parada rápida” param a síntese de DNA imediatamente, enquanto os mutantes de
“parada lenta” param a síntese de DNA somente depois de muitos minutos.
A. Preveja qual das seguintes proteínas, se sensível à temperatura, exibiria um fenótipo de

parada rápida e qual exibiria um fenótipo de parada lenta. Em cada caso, explique sua
previsão.
1. DNA topoisomerase I 2. Uma
proteína iniciadora de replicação 3.
Proteína de ligação ao DNA de fita simples 4.
DNA helicase 5. DNA
primase 6. DNA ligase
B. Extratos livres
de células dos mutantes mostram essencialmente os mesmos padrões de replicação que os
células intactas. Extratos de mutantes de parada rápida param a síntese de DNA
imediatamente a 42°C, enquanto extratos de mutantes de parada lenta não param a
síntese de DNA por vários minutos após uma mudança para 42°C. Supõe-se que
extratos de um mutante de DNA helicase sensível à temperatura e um mutante de DNA
ligase sensível à temperatura foram misturados a 42°C.
Você esperaria que a mistura exibisse um fenótipo de parada rápida, um fenótipo de
parada lenta ou um fenótipo não mutante?
5–29 As enzimas de reparo do DNA reparam preferencialmente bases incompatíveis na fita de DNA
recém-sintetizada, usando a fita de DNA antiga como molde.
Se as incompatibilidades fossem reparadas sem levar em consideração qual fita serviu
como modelo, o reparo da incompatibilidade reduziria os erros de replicação?
Tal sistema de reparo de incompatibilidade resultaria em menos mutações, mais
mutações, ou o mesmo número de mutações que teria havido sem qualquer reparo?
Explique suas respostas.
5–30 Se a DNA polimerase requer um iniciador perfeitamente emparelhado para adicionar o

próximo nucleotídeo, como é que quaisquer nucleotídeos incompatíveis “escapam”
dessa exigência e se tornam substratos para enzimas de reparo incompatíveis?
5–31 Danos no DNA podem interferir na replicação do DNA. Os raios X, por exemplo, geram
radicais hidroxila altamente reativos que podem quebrar uma ou ambas as cadeias
de DNA. A luz ultravioleta (UV) geralmente gera dímeros de ciclobutano entre bases
T adjacentes na mesma cadeia de DNA, o que bloqueia a progressão da DNA
polimerase. Se tal dano não for reparado, pode ter sérias consequências quando
uma forquilha de replicação o encontrar. Veja se você pode prever a aparência da
forquilha de replicação depois que ela encontra um entalhe ou um bloco de dímero
de timina nos moldes para as cadeias principais e atrasadas. Os garfos de
replicação logo antes de encontrarem o dano são mostrados na Figura 5–3.
(A) RAIOS-X (B) LUZ UV
5' 3' 5' 3'
EU III
5' 5'
dímero
usuario de timina
3' 3'
5' 5'
3' 3'
II 4
5' 5' Figura 5–3 Danos nos gabaritos das vertentes

principal e atrasada (Problema 5–31). (A)
cortes induzidos por raios X. (B) Dímeros
3' 3'
de timina induzidos por luz ultravioleta. As
5' 5' estruturas I e III apresentam danos no molde
usuario para a síntese da cadeia retardada. As
dímero estruturas II e IV apresentam danos no
de timina
3' 3' molde para a síntese da cadeia principal.
5–32 Na conclusão da replicação do genoma circular do vírus animal SV40, os dois círculos
filhos são interligados como elos em uma cadeia.
Como você acha que essas moléculas interligadas podem então se separar?
CÁLCULOS
5–33 Como todos os organismos, o bacteriófago T4 codifica uma proteína SSB que é
importante para remover a estrutura secundária no DNA de fita simples antes da
forquilha de replicação. A proteína T4 SSB é uma proteína monomérica alongada
com peso molecular de 35.000. Ele se liga firmemente ao DNA de fita simples, mas
não de fita dupla. A ligação satura em uma razão de peso de 1:12 de DNA para
proteína. A ligação da proteína SSB ao DNA mostra uma propriedade peculiar que
é ilustrada na Figura 5-4. Na presença de excesso de DNA de fita simples (10 ÿg),
praticamente nenhuma ligação é detectável em 0,5 ÿg de proteína SSB (Figura
5-4A), enquanto quase toda a proteína SSB está ligada ao DNA em 7,0 ÿg (Figura
5-4B) .
A. Na saturação, qual é a proporção de nucleotídeos de DNA de fita simples para
moléculas de proteína SSB? (A massa média de um único nucleotídeo é de 330
daltons.)
(A) 0,5 µg de SSB (B) 7,0 µg SSB Figura 5–4 Ligação da proteína T4 SSB ao
400 0,4
DNA de fita simples (Problema 5–33).
DNA
proteína SSB
A ligação de (A) 0,5 ÿg e (B) 7,0 ÿg de proteína
SSB ao DNA foi analisada por centrifugação
300 0,3
através de gradientes de sacarose, nos quais o
DNA muito mais massivo sedimenta mais
(cpm)
SSB
200 0,2 rapidamente do que a proteína e,

(absorvância
DNA
nm)
260
a
conseqüentemente, é encontrado mais próximo
do fundo do gradiente. cpm significa contagens
100 0,1
proteína SSB por minuto).
0 0
principal fundo principal fundo
direção da sedimentação
B. Quando a ligação da proteína SSB ao DNA atinge a saturação, é provável que os

monômeros adjacentes da proteína SSB estejam em contato? Suponha que um
monômero da proteína SSB se estenda por 12 nm ao longo do DNA após a
ligação e que o espaçamento das bases no DNA de fita simples após a ligação
seja o mesmo que no DNA de fita dupla (ou seja, 10,4 nucleotídeos por 3,4 nm).
C. Por que você acha que a ligação da proteína SSB ao DNA de fita simples
depende tão fortemente da quantidade de proteína SSB?
5–34 Aproximadamente quantas ligações de alta energia são usadas para replicar o
cromossomo de E. coli ? Quantas moléculas de glicose a E. coli precisaria
consumir para fornecer energia suficiente para copiar seu DNA uma vez? Como
essa massa de glicose se compara com a massa de E. coli, que é cerca de 10–12
g? (Existem 4,6 × 106 pares de bases no genoma de E. coli . A oxidação de uma
molécula de glicose produz cerca de 30 ligações de fosfato de alta energia. A
glicose tem uma massa molecular de 180 daltons e há 6 × 1023 daltons/g.)
TRATAMENTO DE DADOS
5–35 Um cético nato, você planeja confirmar por si mesmo os resultados de um experimento
clássico realizado originalmente na década de 1960 por Meselson e Stahl. Eles
concluíram que cada célula filha herda apenas uma fita do DNA de sua mãe.
Para verificar seus resultados, você “sincroniza” uma cultura de células em
crescimento, de modo que praticamente todas as células comecem e concluam
a síntese de DNA ao mesmo tempo. Você primeiro cultiva as células em um meio
que contém nutrientes altamente enriquecidos em isótopos pesados de nitrogênio
e carbono (15N e 13C no lugar dos naturalmente abundantes 14N e 12C). As
células que crescem neste meio “pesado” usam os isótopos pesados para
construir todas as suas macromoléculas, incluindo nucleotídeos e ácidos nucléicos.
Em seguida, você transfere as células para um meio normal e “leve” contendo nutrientes 14N e 12C .
Finalmente, você isola o DNA de células que cresceram por diferentes números
de gerações no meio de luz e determina a densidade de seu DNA por centrifugação
em gradiente de densidade. Seus dados, plotando a quantidade de DNA isolado
versus sua densidade, são mostrados na Figura 5–5. Esses resultados estão de
acordo com suas expectativas? Explique os resultados.
células iniciais primeira geração segunda geração terceira geração Figura 5–5 Densidade de DNAs isolados de
em meio leve células que cresceram por diferentes tempos
6 em meio “leve” após crescimento inicial em
meio enriquecido para isótopos pesados
4 de nitrogênio e carbono (Problema 5–35).
quantidade
DNA
de
Volumes de cultura iguais foram analisados

2
para cada ponto de tempo. A quantidade de
DNA está em unidades arbitrárias, com a
0 quantidade máxima de DNA na amostra
luz pesada luz pesada luz pesada luz pesada contendo células iniciais igual a 1.
5–36 O gene dnaB de E. coli codifica uma helicase (dnaB) que desenrola o DNA na forquilha região de pares de bases
de replicação. Suas propriedades foram estudadas usando substratos artificiais como os 5' 3'
mostrados na Figura 5–6. Em tais substratos, o dnaB se liga preferencialmente à região
de fita simples mais longa (o maior alvo) disponível. A abordagem experimental é incubar
os substratos sob uma variedade de condições e, em seguida, submeter uma amostra a substrato 1
eletroforese em géis de agarose. A fita simples curta (substratos 1 e 2) ou fitas (substrato
caudas de fita simples 3'
3) se moverá lentamente se ainda estiver ligada à fita de DNA mais longa, mas se moverá
muito mais rápido se desenrolada e separada. A migração dessas fitas simples curtas 5'
pode ser seguida seletivamente, tornando-as radioativas e examinando suas posições no
gel por autorradiografia. A migração das fitas simples marcadas nos três substratos
diferentes é mostrada na Figura 5–7. Na ausência de qualquer tratamento, os fios
substrato 2
marcados se movem lentamente (pistas 4, 8 e 12); quando os substratos são aquecidos a 3'
100°C, os filamentos marcados são separados e migram mais rapidamente (pistas 3, 7 e 5'
3' 5'
11). Os resultados de vários experimentos são mostrados na Figura 5–7. O substrato 1, o
substrato sem caudas, não foi desenrolado por dnaB e ATP a 37°C (Figura 5-7, pistas 1 e
5' 3'
2).
Quando qualquer um dos substratos com caudas foi incubado a 37°C com dnaB e substrato 3
ATP, uma quantidade significativa de pequenos fragmentos foi liberada por desenrolamento
(pistas 6 e 10). Para o substrato 3, apenas o fragmento 3second foi desenrolado (pista Figura 5–6 Substratos usados para testar as
propriedades do dnaB (Problema 5–36).
10). Todo o desenrolamento dependia absolutamente da hidrólise do ATP.
O desenrolamento foi consideravelmente aprimorado pela adição de proteína de

ligação ao DNA de fita simples (SSB) (compare a Figura 5–7, pistas 5 e 6 e pistas 9 e 10).
Curiosamente, o SSB teve que ser adicionado cerca de 3 minutos após o dnaB; caso
contrário, inibiu o desenrolar.
A. Por que você acha que a hidrólise do ATP é necessária para o desenrolamento?
B. Em que direção o dnaB se move ao longo da longa fita simples de DNA? Essa direção é
mais consistente com seu movimento no molde da fita líder ou no molde da fita atrasada
em uma forquilha de replicação?
C. Por que você acha que o SSB inibe o desenrolamento quando é adicionado antes do dnaB,
mas estimula o desenrolamento quando adicionado após o dnaB?
5–37 As diferentes maneiras pelas quais a síntese de DNA ocorre nas fitas líder e atrasada
levantam a questão de saber se a síntese ocorre com igual fidelidade nas duas fitas. Uma
abordagem inteligente usou a reversão de mutações específicas no gene E. coli LacZ para
abordar essa questão. E. coli
substrato 1 substrato 2 substrato 3
DnaB ++ ++ ++
SSB + + +
aquecido a 100ÿC + + +
direção da
migração
fragmentos marcados
ligados a DNA não marcado
Figura 5–7 Resultados de vários experimentos

fita simples para medir o desenrolamento por dnaB
livre rotulada
moléculas de DNA fragmento 3' (Problema 5–36). Apenas os fragmentos de
fragmento 5'
fita simples foram marcados radioativamente.
Suas posições são mostradas pelas faixas neste
diagrama esquemático. ATP foi incluído com dnaB
1 3 2 45678 9 10 11 12 em todas as incubações, que foram realizadas a 37°C.
(A) (B) 5' orientação L 5' orientação R Figura 5-8 Fidelidade da síntese das
fitas líder e atrasada (Problema 5-37).
ACEITAR
AATAAGGT eu
atrasado atrasado
C
(A) Local de inserção de LacZ no
cromossomo de E. coli. As orientações
G são indicadas por R e L. As setas em
qualquer
LacZ 3' 3' OriC representam as duas bifurcações
R iniciadas naquele local. (B) Arranjo das
5' 5' sequências em relação às fitas líder e
atrasada nas orientações L e R. As
principal principal
incorporações erradas de G e C que
C
podem levar à reversão são indicadas.

TGAGAATAA TTATTCTCA
3' 3'
é uma boa escolha para tal estudo porque a mesma polimerase (DNA pol III)
sintetiza tanto as fitas líder quanto as atrasadas. O alelo LacZ
CC106 pode recuperar sua função (reverter) convertendo o par de bases
AT mutante no par de bases GC normal. Esse alelo foi inserido no cromossomo de
E. coli em um lado da origem normal de replicação (Figura 5-8A). Duas cepas de
E. coli foram isoladas: uma com o alelo Problems p5.12/5.08 na orientação “L” e a
outra com a orientação oposta, “R”. Como mostrado na Figura 5-8B, a incorporação
incorreta de G oposto a T em uma fita, ou de C oposto a A na outra fita, pode levar
à reversão. Estudos anteriores mostraram que C é muito raramente incorporado
incorretamente em oposição a A. Assim, a fonte mais comum de reversão é a
incorporação incorreta de G oposto a T.
Para eliminar os efeitos complicadores do reparo de incompatibilidade, os

experimentos foram feitos em duas cepas mutantes de bactérias. Um estava com
defeito para reparo de incompatibilidade, o que o elimina de consideração; o outro
era defeituoso na exonuclease de revisão e introduz tantos erros de
correspondência que sobrecarrega o maquinário de reparo de erros de correspondência.
Frequências precisas de reversão LacZ foram medidas nas duas linhagens,
juntamente com as frequências de mutação no gene Rif , cuja orientação no
cromossomo era constante (Tabela 5-2).
A. Em qual fita, líder ou atrasada, a síntese de DNA parece ser
mais preciso? Explique seu raciocínio.
B. Você pode sugerir uma razão pela qual a síntese de DNA pode ser mais precisa na
fita que você escolheu?
TABELA 5–2 Frequências (por 106 células) de revertentes de LacZ e mutantes de Rif em cepas
de E. coli deficientes para reparo de incompatibilidade ou revisão (Problema 5–37).
Alelo LacZ Deficiente de reparo de incompatibilidade Revisão deficiente

(mutação orientação LacZ
Lac– Lac+ Rif s Rif r Lac– Lac+ Rif s Rif r
medida)
CC106 eu 0,27 7,0 2.7 82

(AT GC)
CC106 R 0,51 6.4 6.7 80

(AT GC)
A INICIAÇÃO E CONCLUSÃO DO DNA

REPLICAÇÃO EM CROMOSSOMOS
origem de replicação do telomerase

complexo de reconhecimento de origem fase S
chaperona histona (ORC)

A INICIAÇÃO E CONCLUSÃO DA REPLICAÇÃO DO DNA NOS CROMOSSOMOS 85
DEFINIÇÕES
5–38 Período durante um ciclo celular eucariótico no qual o DNA é sintetizado.
5–39 Grande estrutura proteica multimérica que está ligada ao DNA nas origens de replicação nos
cromossomos eucarióticos ao longo do ciclo celular.
5–40 Sequência especial de DNA em um cromossomo bacteriano ou viral no qual a replicação

do DNA começa.
5–41 Enzima que alonga os telômeros, as sequências repetitivas de nucleotídeos encontradas nas
extremidades dos cromossomos eucarióticos.
VERDADEIRO FALSO
5–42 Em uma bolha de replicação, a mesma fita de DNA parental serve como fita modelo para a
síntese da fita líder em uma forquilha de replicação e como modelo para a síntese da fita
retardada na outra bifurcação.
5–43 Quando bifurcações de replicação bidirecional de origens adjacentes se encontram, uma fita
líder sempre corre para uma fita atrasada.
5–44 Se uma origem de replicação for deletada de um cromossomo eucariótico, o DNA de ambos
os lados também será perdido, porque não pode ser replicado.
5–45 O laboratório ao qual você se juntou está estudando o ciclo de vida de um vírus animal
que usa DNA circular de fita dupla como genoma. Seu projeto é definir a localização
da(s) origem(s) de replicação e determinar se a replicação prossegue em uma ou ambas
as direções a partir de uma origem (replicação unidirecional ou bidirecional). Para atingir
seu objetivo, você isolou moléculas replicantes, clivou-as com uma nuclease de restrição
que corta o genoma viral em apenas um local para produzir uma molécula linear a partir
do círculo e examinou as moléculas resultantes no microscópio eletrônico. Algumas das
moléculas que você observou estão ilustradas esquematicamente na Figura 5-9.
(Observe que é impossível distinguir a orientação de uma molécula de DNA de outra no
microscópio eletrônico.)
molécula original
Você deve apresentar suas conclusões para o resto do laboratório amanhã.

Como você responderá às duas perguntas que seu orientador fez para você? bolhas
Existe uma única origem única de replicação ou várias origens? A replicação é
unidirecional ou bidirecional?
5–46 Qual das seguintes afirmações sobre a cadeia recém-sintetizada de um cromossomo humano
está correta?
A. Foi sintetizado a partir de uma única origem exclusivamente por síntese contínua de DNA
mana.
B. Foi sintetizado a partir de uma única origem apenas por síntese descontínua de DNA
tese.
C. Foi sintetizado a partir de uma única origem por uma mistura de síntese contínua e
Formas “H”
descontínua de DNA.
D. Foi sintetizado a partir de origens múltiplas apenas por síntese contínua de DNA
tese.
E. Foi sintetizado a partir de origens múltiplas apenas por DNA descontínuo
síntese.
F. Foi sintetizado a partir de múltiplas origens por uma mistura de síntese contínua e Figura 5–9 Formas parentais e replicantes
descontínua de DNA. de um vírus animal (Problema 5–45).
G. Foi sintetizado a partir de múltiplas origens por síntese contínua ou descontínua de DNA,
dependendo de qual cromossomo filho específico está sendo examinado.
5–47 O mecanismo de replicação do DNA dá origem ao “problema da replicação final” para

cromossomos lineares. Com o tempo, esse problema leva à perda de DNA das extremidades
dos cromossomos. Em células como leveduras, a perda de nucleotídeos durante a replicação
é equilibrada pela adição de nucleotídeos pela telomerase. Em humanos, no entanto, a
telomerase é desligada na maioria das células somáticas no início do desenvolvimento, de
modo que os cromossomos se tornam mais curtos com o aumento dos ciclos de replicação.
Considere uma rodada de replicação em uma célula somática humana. Qual das seguintes
afirmações descreve corretamente o status dos dois cromossomos filhos em relação ao
cromossomo pai?
A. Um cromossomo filho será mais curto em uma extremidade; o outro cromossomo-filho será
normal em ambas as extremidades.
B. Um cromossomo filho será mais curto em ambas as extremidades; o outro cromossomo-filho
será normal em ambas as extremidades.
C. Um cromossomo filho será mais curto em ambas as extremidades; a outra filha
cada cromossomo será mais curto em apenas uma extremidade.
D. Ambos os cromossomos filhos serão mais curtos em uma extremidade, que é a mesma
extremidade nos dois cromossomos.
E. Ambos os cromossomos filhos serão mais curtos em uma extremidade, que é a
extremidade oposta nos dois cromossomos.
F. Ambos os cromossomos filhos serão mais curtos em ambas as extremidades.
CÁLCULOS
5–48 No embrião inicial da Drosophila, muitas origens de replicação estão ativas, de modo que várias
podem ser observadas em uma única micrografia eletrônica, conforme mostrado na Figura 5–
10.
Figura 5-10 Micrografia eletrônica mostrando

quatro bolhas de replicação em um
cromossomo do embrião inicial de
0,1 µm Drosophila (Problema 5-48).
A. Identifique as quatro bolhas de replicação na Figura 5–10. Indique as localizações aproximadas

das origens nas quais cada bolha de replicação foi iniciada e rotule as forquilhas de replicação
de 1 a 8 da esquerda para a direita na figura.
B. Estime quanto tempo levará até que os garfos 4 e 5 colidam entre si.
Quanto tempo levará até que os garfos 7 e 8 colidam? Cada nucleotídeo no DNA ocupa 0,34
nm, e as forquilhas de replicação eucarióticas movem-se a cerca de 50 nucleotídeos/segundo.
Para esse problema, desconsidere os nucleossomos evidentes na Figura 5-10 e suponha que
o DNA esteja totalmente estendido.
5–49 Supondo que não haja restrições de tempo na replicação do genoma de uma célula humana, qual
seria o número mínimo de origens que seria necessário? Se a replicação tivesse que ser
realizada em uma fase S de 8 horas e os garfos de replicação se movessem a 50 nucleotídeos/
segundo, qual seria o número mínimo de origens necessárias para replicar o genoma humano?
(Lembre-se de que o genoma humano compreende um total de 6,4 × 109 nucleotídeos em 46
cromossomos.)
TRATAMENTO DE DADOS
5–50 Você está investigando a síntese de DNA em células de cultura de tecidos, usando 3H-thy midine
para marcar radioativamente as forquilhas de replicação. Ao abrir o
(A) Figura 5–11 Investigação

autorradiográfica da replicação do
DNA em células cultivadas (Problema 5–50).
(A) Adição de timidina marcada com 3H
imediatamente após a liberação do bloco de sincronização
(B) Adição de timidina marcada com 3H
30 minutos após a liberação do bloco
(B)
de sincronização.
50 µm
células de uma forma que permite que alguns dos filamentos de DNA sejam esticados,
filamentos de DNA muito longos podem ser isolados intactos e examinados. Você cobre
o DNA com uma emulsão fotográfica e o expõe por 3 a 6 meses, um procedimento
conhecido como autorradiografia. Como a emulsão é sensível a emissões radioativas,
o DNA marcado com 3H aparece como
rastros de grãos de prata. Como o estiramento colapsa as bolhas de replicação, os
duplexes filhos ficam lado a lado e não podem ser distinguidos um do outro.
Você pré-trata as células para sincronizá-las no início da fase S. No primeiro

experimento, você libera o bloco de sincronização e adiciona 3H-timidina imediatamente.
Após 30 minutos, você lava as células e troca o meio para que a concentração total de
timidina seja a mesma, mas apenas um terço dela é radioativo. Após mais 15 minutos,
você prepara o DNA para autorradiografia. Os resultados desse experimento são
mostrados na Figura 5–11A. No segundo experimento, você libera o bloco de
sincronização e espera 30 minutos antes de adicionar 3H-timidina. Após 30 minutos na
presença de 3H-timidina, você novamente troca o meio para reduzir a concentração
de timidina radioativa e incuba as células por mais 15 minutos. Os resultados do
segundo experimento são mostrados na Figura 5–11B.
A. Explique por que, em ambos os experimentos, algumas regiões dos rastros são densas
com grãos de prata (escuros), enquanto outras são menos densas (claras).
B. No primeiro experimento, cada trilha tem uma seção central escura com seções claras
em cada extremidade. No segundo experimento, a seção escura de cada trilha tem
uma seção clara em apenas uma extremidade. Explique a razão para este dier
ence.
C. Estime a taxa de movimento do garfo (ÿm/min) nesses experimentos. As estimativas dos
dois experimentos concordam? Você pode usar essa informação para avaliar quanto
tempo levaria para replicar todo o genoma?
5–51 Segmentos de DNA que permitem que os plasmídeos se repliquem em leveduras são
conhecidos como sequências de replicação autônoma (ARSs). Eles são pensados para
funcionar como origens de replicação. Provar que um ARS é uma origem de replicação
é difícil, principalmente porque é muito difícil obter DNA replicante bem definido o
suficiente para analisar. Esse problema pode ser resolvido usando uma análise
eletroforética de gel bidimensional que separa as moléculas de DNA por massa na
primeira dimensão e por forma na segunda dimensão. Por terem ramificações, as
moléculas replicantes migram mais lentamente na segunda dimensão do que as
moléculas lineares de mesma massa.
Ao cortar moléculas replicantes com nucleases de restrição, é possível gerar um
contínuo de diferentes formas ramificadas que, juntas, fornecem padrões característicos
em géis bidimensionais (Figura 5-12).
Você aplica esta técnica à replicação de um plasmídeo que contém um ARS
específico, Ars1. Para maximizar a fração de moléculas de plasmídeo que estão se
replicando, você sincroniza uma cultura de levedura e isola o DNA das células na fase
S. Em seguida, você digere o DNA com BglII ou PvuI, que corta o plasmídeo conforme
indicado na Figura 5-13A. Você separa os fragmentos de DNA
(UM (B) SIMÉTRICA (C) DOIS (D) ASSIMÉTRICO Figura 5–12 Padrões esperados em
FILIAL BOLHA GALHOS BOLHA géis bidimensionais para várias moléculas
de DNA (Problema 5–51). (A) Moléculas com
um único ramo. (B) Moléculas com uma bolha
de replicação localizada simetricamente.
(C) Moléculas com duas ramificações.
(D) Moléculas com uma bolha de replicação
localizada assimetricamente. Na metade
superior da figura, moléculas de 1 kb
são mostradas em estágios progressivos
de replicação para moléculas de 2 kb.
Na metade inferior são mostrados os padrões
primeira dimensão (massa)
de gel correspondentes que resultariam
de um continuum de tais intermediários.
dimensão
segunda
(forma)
2 KB 2 KB 2 KB 2 KB
1 KB 1 KB 1 KB 1 KB
por eletroforese bidimensional e visualize as sequências plasmídicas por

autorradiografia após a hibridação de blot com DNA plasmidial radioativo
(Figura 5-13B).
A. Qual é a fonte do ponto intenso de hibridização na posição de 4,5 kb em
ambos os géis na Figura 5-13B?
B. Os resultados deste experimento indicam que Ars1 é uma origem da réplica Problemas p5.18/5.12
ção? Explique sua resposta.
C. Há uma lacuna no arco de hibridação no padrão de gel PvuI na Figura
5–13B. Qual é a base dessa descontinuidade?
(A) PLASMÍDEO (B) PADRÕES DE GEL Figura 5–13 Análise da replicação de um

primeiro plasmídeo contendo Ars1 (Problema 5–51).
segundo
(A) Estrutura do plasmídeo Ars1. (B) Os
BglII PvuI padrões de gel bidimensionais resultantes
da clivagem de plasmídeos replicantes
com BglII ou PvuI.
PvuI
9 KB
Ars1
BglII
4,5 KB 4,5 KB
5–52 A casca de um ovo de Drosophila é feita de mais de 15 diferentes

proteínas do cório, que são sintetizadas em um estágio tardio do
aglomerado de genes do córion
desenvolvimento do ovo pelas células foliculares que o cercam. Os vários
genes do córion estão agrupados em dois grupos,
outro no cromossomo X um no cromossomo 3 e
60
p5.19/5.13. Em cada cluster, os genes são espaçados com apenas algumas

centenas de nucleotídeos separando genes adjacentes. Durante o amplificação
dobrada
40
desenvolvimento do óvulo, o número de cópias dos genes do córion

aumenta pela replicação exagerada de um segmento do cromossomo 20
circundante. O nível de amplificação ao redor do agrupamento do cório no
cromossomo 3 é máximo na região dos genes do cório, mas se estende por 0
0 20 40 60 80 100
quase 50 kb
quilobases
de cada lado (Figura 5-14). A sequência de DNA responsável pela
amplificação do cluster no cromossomo 3 foi reduzida a um segmento de Figura 5–14 Níveis de amplificação na região
510 nucleotídeos imediatamente a montante de um dos genes córion. do cromossomo ao redor do agrupamento
Quando esse segmento é movido para diferentes locais do genoma, esses novos
delocais também
genes córion são ampliados
(Problema 5–52). em
células foliculares. Nenhum produto de RNA ou proteína parece ser sintetizado a partir deste ORC tipo selvagem mutante
elemento de controle de amplificação.

mM
10
A. Esboce como você acha que seria o DNA de um aglomerado amplificado ATP 0 00 0
no microscópio eletrônico.
B. Quantas rodadas de replicação seriam necessárias para alcançar uma amplificação de 60
vezes?
C. Como você acha que o elemento de controle de amplificação de 510 nucleotídeos promove
a superreplicação do agrupamento de genes córion?
5–53 Em leveduras, a seleção de origem é iniciada pelo complexo de reconhecimento de origem

(ORC). ORC é um complexo de ligação ao DNA de seis proteínas que reconhece sequências
de DNA dentro da origem de replicação da levedura. Um dos componentes do ORC, Orc1,
contém um motivo de proteína (o motivo de Walker) que é comumente associado à ligação
e à hidrólise do ATP.
Para determinar se a ligação do ATP, sua hidrólise ou ambos são necessários para o
reconhecimento do DNA de origem pelo ORC, você realiza o seguinte conjunto de
experimentos. Você primeiro muta o gene Orc1 para alterar um aminoácido no motivo
Walker de Orc1. Você então isola duas versões de ORC: a forma selvagem com Orc1
normal e a forma mutante com um motivo Walker defeituoso. Finalmente, você mede a
ligação dessas duas formas de ORC ao DNA de origem na presença de diferentes
concentrações de ATP. A ligação das duas formas de ORC, conforme revelada por um
1 3 5 7 9 13 11
1215
1410
ensaio de proteção de DNase I (pegada de DNase), é mostrada na Figura 5–15. Exatamente 2 4 6 8
as mesmas pegadas foram obtidas quando o análogo não hidrolisável, ATPS, foi usado no
lugar do ATP. Figura 5–15 Ensaio de pegada de DNase
para detectar a ligação de ORC ao DNA
A. Indique a localização da ligação do ORC no DNA de origem na Figura 5–15. de origem (Problema 5–53). Cunhas indicam
concentração crescente de ATP em fatores de
B. O ATP é necessário para que o ORC se ligue ao DNA de origem? Como você sabe?
nM uma
em dez,
a 100
DNA dos Problemas
extremidade.
ÿM.
contendo
No ensaio dep5.21/5.15
aDepois
origem
pegada,
que 10 foi
foi marcada
o ORC
uma fita do
C. A hidrólise de ATP é necessária para a ligação do ORC ao DNA de origem? Como você pode autorizado a se ligar, o complexo foi tratado
dizer? rapidamente com DNase I, que quebra o
D. O motivo Walker é importante para a função do ORC? explique seu DNA em locais característicos, exceto onde
responder. ele é protegido pelo ORC. As pistas 7 e 15
omitem ATP e ORC.
5–54 Você desenvolveu um ensaio para montagem de nucleossomos no DNA para definir o papel do
fator de montagem cromossômica 1 (CAF1). Você replica o genoma circular do vírus animal
SV40 em um sistema livre de células na presença de um nucleotídeo marcado para marcar
as moléculas replicadas, para que você possa segui-las especificamente no ensaio de
montagem. Depois de separar o DNA dos componentes solúveis no sistema de replicação
livre de células, você o incuba com CAF1 purificado e uma fonte de histonas. Você então
analisa a montagem do nucleossomo por seus efeitos no estado de superenrolamento do
genoma circular do SV40. Os genomas sem nucleossomos permanecem relaxados,
enquanto os genomas com nucleossomos tornam-se superenrolados. Você separa diferentes
formas superenroladas do DNA por eletroforese em um gel de agarose, que foi corado para
revelar todas as formas de DNA e submetido a autorradiografia para identificar o DNA
replicado (Figura 5-16).
A. A maior parte do DNA do SV40 é replicada ou não replicada? Como você sabe?
B. O CAF1 monta nucleossomos em DNA replicado, DNA não replicado ou ambos? Explique
sua resposta. CAF1 CAF1
+ +
C. Como você supõe que CAF1 reconhece o DNA que monta em
nucleossomos?
relaxado
5–55 Recentemente, você purificou e sequenciou parcialmente uma proteína de um protozoário ciliado
que parece ser a subunidade catalítica da telomerase. Você então identifica o gene
superenrolado
homólogo na levedura ssion, para fazer estudos genéticos impossíveis no protozoário. Você
faz uma deleção direcionada de uma cópia do gene em uma cepa diploide da levedura e
Autorradiograma de coloração de DNA
então induz a esporulação para produzir organismos haploides. Todos os quatro esporos
germinam perfeitamente e você pode cultivar colônias em placas de ágar com nutrientes.
Figura 5–16 Ensaio de montagem do
nucleossomo CAF1 (Problema 5–54). A
A cada 3 dias, você espalha novamente as colônias em placas novas. Após quatro dessas presença ou ausência de CAF1 no ensaio de
transferências em série, os descendentes de dois dos quatro esporos originais crescem montagem é indicada por + ou –, respectivamente.
esporo 1 esporo 2 esporo 3 esporo 4 3 6 Figura 5–17 Análise de telômeros de quatro

dias 93 6 93 6 9 3 6 9 marcadores (pb)
esporos de levedura ssion (Problema 5–55).
Os resultados da levedura diplóide normal
600 são mostrados à direita, adjacentes aos
500 marcadores.
400
300
200
100
mal, se em tudo. Você pega células das placas mestras de 3, 6 e 9 dias, prepara o DNA
delas e cliva as amostras em um local cromossômico a cerca de 35 nucleotídeos de distância
do início das repetições dos telômeros. Você separa os fragmentos por eletroforese em gel
e os hibridiza com uma sonda radioativa específica do telômero (Figura 5-17).
A. Qual é o comprimento médio dos telômeros na levedura ssion?

B. Os dados apóiam a ideia de que você identificou a telomerase de levedura? Em caso afirmativo,
quais esporos não possuem telomerase?
C. Supondo que o tempo de geração desta levedura seja de cerca de 6 horas quando crescendo
em placas, quanto os cromossomos encurtam em cada geração na ausência de telomerase?
D. Se você examinasse as células de levedura que param de se dividir, você acha que elas
seriam menores, maiores ou aproximadamente do mesmo tamanho que as células de
levedura normais?
REPARAÇÃO DO ADN
reparação de excisão de base reparo por excisão de nucleotídeos não

reparo do DNA homólogos
DEFINIÇÕES
5–56 Um meio para reparar quebras de DNA de fita dupla que ligam duas extremidades com
pouca consideração pela homologia de sequência.
5–57 Termo coletivo para os processos enzimáticos que corrigem alterações deletérias que afetam a
continuidade ou sequência de uma molécula de DNA.
VERDADEIRO FALSO
5–58 Todos os mecanismos de reparo do DNA dependem da existência de duas cópias da informação
genética, uma em cada um dos dois cromossomos homólogos.
5–59 A depurinação espontânea e a remoção de um C desaminado pela uracil DNA glicosilase deixam
substratos idênticos, que são reconhecidos pela AP endonuclease.
5–60 Somente as etapas iniciais do reparo do DNA são catalisadas por enzimas exclusivas do processo
de reparo; as etapas posteriores são normalmente catalisadas por enzimas que desempenham
papéis mais gerais no metabolismo do DNA.
5–61 Discuta a seguinte afirmação: “As enzimas de reparo do DNA que corrigem
REPARAÇÃO DO ADN 91
danos introduzidos por desaminação e depurinação devem preferencialmente

reconhecer tais defeitos em cadeias de DNA recém-sintetizadas”.
5–62 Se você comparar a frequência das dezesseis possíveis sequências de dinucleotídeos

nos genomas de E. coli e humano, não há diferenças notáveis, exceto para um
dinucleotídeo, 5 igur-CG-3 . A frequência de dinucleotídeos CG no genoma humano
é significativamente menor do que em E. coli e significativamente menor do que o
esperado ao acaso. Por que você acha que os dinucleotídeos CG estão sub-
representados no genoma humano?
CÁLCULOS
5–63 Ku70 e Ku80, duas proteínas-chave usadas na união de extremidades não homólogas
(NHEJ), formam heterodímeros que se ligam às extremidades quebradas do DNA,
ajudando a alinhá-las para a união. Quão difícil é para um dímero de Ku encontrar
uma quebra de fita dupla? Uma maneira de abordar essa questão é estimar a
distância média entre os dímeros de Ku no núcleo: uma quebra no DNA estará
dentro da metade dessa distância de um dímero de Ku. Se houver 4 × 105 Ku
dimmers em um núcleo típico, qual é a sua separação média? Suponha que os
dímeros de Ku sejam distribuídos aleatoriamente, que um dímero de Ku possa ser
aproximado como um cubo, com 8 nm de lado, e que o núcleo tenha 6 ÿm de diâmetro.
[Volume de uma esfera é (4/3)r3; volume de um cubo é l 3.]
5–64 Com a idade, acredita-se que as células somáticas acumulem “cicatrizes” genômicas
como resultado do reparo impreciso de quebras de fita dupla por união de
extremidades não homólogas (NHEJ). Estimativas baseadas na frequência de
quebras em broblastos humanos primários sugerem que, aos 70 anos, cada célula
somática humana pode carregar cerca de 2.000 mutações induzidas por NHEJ
devido ao reparo impreciso. Se essas mutações fossem distribuídas aleatoriamente
pelo genoma, quantos genes codificadores de proteínas você esperaria que fossem
afetados? Você esperaria que a função celular fosse comprometida? Por que ou
por que não? (Suponha que 2% do genoma – 1,5% de codificação de proteínas e
0,5% reguladores – seja uma informação crucial.)
TRATAMENTO DE DADOS
5–65 Vários genes em E. coli, incluindo UvrA, UvrB, UvrC e RecA, estão envolvidos no
reparo de danos UV. As cepas de E. coli que são defeituosas em qualquer um
desses genes são muito mais sensíveis à destruição pela luz ultravioleta do que as
células não mutantes (tipo selvagem), conforme mostrado para as cepas UvrA e
RecA na Figura 5-18A. Células mutantes para pares desses genes exibem uma
ampla faixa de sensibilidade à luz ultravioleta. e combinações de mutações Uvr com
(A) (B)
tipo selvagem
100 100
37 37
UvrARecA
10 10
UvrA
sobrevivência
celular
(%)
1,0 1,0
0,1 RecA 0,1

Figura 5–18 Sobrevivência celular em função da
dose de UV (Problema 5–65). (A) Sobrevivência
UvrARecA
de células do tipo selvagem, um mutante UvrA,
0,01 0,01 um mutante RecA e um mutante duplo UvrARecA.
0 5 10 0,1 0,2 (B) Uma escala expandida para sobrevivência
Dose UV (J/m2) Dose UV (J/m2) UvrARecA.
uns aos outros mostram pouco aumento na sensibilidade em relação aos mutantes
únicos Uvr . Por outro lado, a combinação de uma mutação RecA com qualquer
uma das mutações Uvr fornece uma cepa extremamente sensível à luz ultravioleta,
como mostrado para UvrARecA em escala expandida na Figura 5-18B.
A. Por que as combinações de uma mutação RecA com uma mutação Uvr fornecem
uma cepa de bactérias extremamente sensível a UV, enquanto combinações de
mutações em diferentes genes Uvr não são mais sensíveis a UV do que os
mutantes individuais?
B. De acordo com a distribuição de Poisson, quando uma população de bactérias
recebe uma média geral de um “acerto” letal, 37% (que é e–1) sobreviverá porque
não recebeu nenhum acerto. Para o mutante duplo UvrARecA, uma dose de UV de
0,04 joules/m2 dá 37% de sobrevivência (Figura 5-18B). Calcule o número de
dímeros de pirimidina que constituem um golpe letal para a cepa UvrAR ecA . E.
coli tem 4,6 × 106 pares de bases em seu genoma (assuma 50% GC).
A exposição do DNA à luz ultravioleta a 400 joules/m2 converte 1% do total de
pares de pirimidina (TT, TC, CT e CC) em dímeros de pirimidina.
5–66 A natureza da lesão mutagênica introduzida pelo agente alquilante MNNG (N-
metil-Neg-nitro-N-nitrosoguanidina) e o mecanismo de sua remoção do DNA foram
identificados nos experimentos a seguir.
Para determinar a natureza da lesão mutagênica, bactérias não tratadas e bactérias
que foram expostas a baixas doses de MNNG foram incubadas com 50 ÿg/mL de
3H-MNNG por 10 minutos. Bactérias expostas brevemente a uma dose baixa de
MNNG induzem uma enzima de reparo que remove grupos metil do DNA, permitindo
que essas bactérias sobrevivam melhor e sofram menos mutações do que bactérias
que não foram pré-tratadas com MNNG. O DNA foi isolado de bactérias que não
foram pré-tratadas com MNNG e daquelas que foram adaptadas por exposição a
uma baixa concentração de MNNG. Os DNAs foram hidrolisados em nucleotídeos
e as purinas radioativas foram então analisadas por cromatografia em papel,
conforme mostrado na Figura 5-19. O mecanismo de remoção da lesão
mutagênica foi investigado primeiramente purificando a enzima responsável.
A cinética de remoção foi estudada pela incubação de diferentes quantidades da
enzima (peso molecular 19.000) com DNA contendo 0,26 pmol da base mutagênica,
que foi marcada radioativamente com 3H. Em vários momentos, amostras foram
coletadas e o DNA foi analisado para determinar quanto da base mutagênica
permaneceu (Figura 5-20). Quando o experimento foi repetido a 5°C em vez de
37°C, as taxas iniciais de remoção foram mais lentas, mas exatamente os mesmos
pontos finais foram alcançados.
A. Qual purina metilada é responsável pela ação mutagênica de

MNG?
B. O que há de peculiar na cinética de remoção do grupo metil da base mutagênica?
100
Essa peculiaridade se deve a uma enzima instável?
C. Calcule o número de grupos metil que são removidos por cada molécula de enzima.
1,25 de
Esse cálculo ajuda a explicar a cinética peculiar? 75
40 2,50 de
radioatividade
restante
de
%
50
30 3-metil O6-metil
radioatividade
total
da
%
7-metilguanina adenina guanina

20
25
10
5,00 de
0 0
10 0 2 6
origem 5 distância (cm) 4 vezes (minutos)
Figura 5–19 Separação cromatográfica de purinas metiladas marcadas no DNA de bactérias Figura 5-20 Remoção de grupos metil
não tratadas e bactérias tratadas com baixas doses de MNNG (Problema 5–66). A linha marcados com 3H do DNA pela
vermelha indica purinas metiladas de bactérias que não foram pré-tratadas com uma dose enzima purificada (Problema 5-66). As
baixa de MNNG; a linha azul indica purinas metiladas de bactérias que foram pré -tratadas quantidades de enzima purificada
com uma dose baixa de MNNG. são indicadas.
REPARAÇÃO DO ADN 93
0 2 Figura 5–21 Microhomologia

—GCAATC GTGGAG— —ATCCG GT
TTCGA— nas junções de rearranjo (Problema 5–67).
sequência A Na junção de rearranjo com dois
—CGTTAG CACCTC— —TAGGC QUE
AAGCT—
nucleotídeos de microhomologia, o GT
central não pode ser atribuído
—GCAATC AATCCG— sequência GT
—ATCCG ACCAG— exclusivamente à sequência A ou à
—CGTTAG TTAGGC— rearranjada —TAGGC QUE
TGGTC— sequência B; poderia ter vindo de qualquer um.
—CCGTAG AATCCG— GT
—CCTTA ACCAG—
sequência B
—GGCATC TTAGGC— —GGAAT QUE
TGGTC—
5–67 A união de extremidades não homólogas (NHEJ) é responsável por ligar as sequências de
DNA que não são homólogas umas às outras. As junções formadas por NHEJ são
comumente encontradas em locais de rearranjos de DNA, incluindo os problemas
p5.33/5.21 sobre translocações, inversões, duplicações e deleções. Pesquisas de um
grande número de tais junções revelaram a presença da chamada “microhomologia”
nas junções, tipicamente variando de 0 a 5 núcleos de otídeos. Exemplos de junções
com 0 e 2 nucleotídeos de microhomologia são mostrados na Figura 5–21.
Essas pequenas homologias são relevantes para o mecanismo de NHEJ ou estão

presentes por acaso? Uma maneira de decidir a questão é comparar a distribuição da
microhomologia juncional observada com a distribuição esperada pelo acaso. As
microhomologias em 110 junções NHEJ são mostradas juntamente com a distribuição
esperada ao acaso na Tabela 5–3.
Uma maneira de determinar se essas duas distribuições são diferentes é usar o
método estatístico conhecido como análise do qui-quadrado. A leitura de uma análise
de qui-quadrado é um valor P , que mede a probabilidade de que a distribuição
observada seja igual à distribuição esperada. Geralmente, um valor de P menor que
0,05 é considerado como significando que as duas distribuições são diferentes. (Um
valor P de 0,05 significa que há 5% de chance de que a distribuição observada seja
igual à distribuição esperada.)
Usando a análise de qui-quadrado, decida se a distribuição observada na Tabela
5–3 é igual ou diferente da distribuição esperada por acaso. Se você não tiver um
pacote de estatísticas disponível, procure por “calculadora de qui-quadrado” na Internet.
TABELA 5–3 Distribuição observada de microhomologias em

junções de rearranjo juntamente com a distribuição esperada por acaso
(Problema 5–67).
Microhomologia
Distribuição 012345
Observado 47 21 14 13 9 6
Esperado 62 31 12 4 1 0
A distribuição de microhomologia esperada por acaso foi calculada na

suposição de que a junção aleatória de segmentos de DNA de extremidades
rombas gerou as junções.
LINKS MÉDICOS
5-68 Humanos com a rara doença genética xeroderma pigmentoso (XP) são extremamente
sensíveis à luz solar e são propensos a desenvolver câncer de pele maligno. Defeitos
em qualquer um dos oito genes podem causar XP.
Sete genes XP codificam proteínas envolvidas no reparo por excisão de nucleotídeos
(NER). O oitavo gene está associado à variante XP (XP-V) da doença. Células de
pacientes XP-V são proficientes para NER, mas não
(A) SUBSTRATO Figura 5–22 Comparação da DNA

polimerase e da enzima XP-V (Problema 5–
5' [32P] – CACTGACTGTATG 68). (A) Substrato para polimerização do DNA.
GTGACTGACATACTACTTCTACGACTGCTC – 5'
Os Ts adjacentes indicados pelo colchete podem
ser modificados seletivamente para produzir um
dímero de ciclobutano ou um fotoproduto 6-4. (B)
(B) RESULTADOS não não dímero de 6-4 foto do Resultados obtidos com DNA polimerase e a
modelo dano ciclobutano produto enzima XP-V em moldes danificados e não
XP-V enzima ––+––++––++––++ danificados.
polimerase ÿ – + – – + – + –+ –+ –+ – + Os números à esquerda indicam comprimentos
de DNA de fita simples em nucleotídeos.
30
17
16
13
123456789 10 11 12 13 14 15
replicar com precisão o DNA danificado por UV. Usando um ensaio inteligente,
você consegue purificar de um extrato de célula normal a enzima que está faltando
nas células XP-V. Você testa sua capacidade de sintetizar DNA a partir do modelo
simples dos Problemas p5.27/5.22 na Figura 5-22A, que contém uma sequência
TT. Esse modelo pode ser modificado para conter um dímero de timina ciclobutano
ou o fotoproduto 6-4, um pouco mais raro (dois Ts ligados de maneira diferente).
Você compara a capacidade da DNA polimerase (uma polimerase replicativa
normal) e da enzima XP-V de sintetizar DNA a partir do molde não danificado, do
molde com um dímero de ciclobutano e do molde com um fotoproduto 6-4.
Marcando o primer (a fita de DNA mais curta) em sua extremidade 5º e
desnaturando os produtos da reação, é possível determinar se ocorreu a síntese
de DNA (Figura 5-22B).
A. A enzima XP-V é uma DNA polimerase? Por que ou por que não?
B. Como a enzima XP-V difere da DNA polimerase em um molde não danificado?
Em um modelo com um dímero de ciclobutano? Em um modelo com fotoproduto
6-4?
C. Com que precisão você supõe que a enzima XP-V copia o DNA normal? Você diria
que é propenso a erros ou fiel?
D. Se NER é normal em pacientes com XP-V, por que eles são sensíveis à luz solar
e propenso a câncer de pele?
5-69 Agentes mutagênicos como N-metil-Neg-nitro-N-nitrosoguanidina (MNNG) e metil

nitrosourea (MNU) são potentes agentes de metilação do DNA e são extremamente
tóxicos para as células. As nitrosoguanidinas são usadas em pesquisa como
mutagênicos e clinicamente como drogas na quimioterapia do câncer porque
matam preferencialmente as células no ato da replicação.
O experimento original que levou à descoberta do sistema de reparo de
alquilação em bactérias foi projetado para avaliar os efeitos a longo prazo da
exposição a baixas doses de MNNG (como na quimioterapia), em contraste com
a breve exposição a grandes doses (como na mutagênese). . As bactérias foram
colocadas primeiro em uma baixa concentração de MNNG (1 ÿg/mL) por 1,5
horas e depois em meio fresco sem MNNG. Em vários momentos durante e após
a exposição à baixa dose de MNNG, amostras da cultura foram tratadas com alta
concentração de MNNG (100 ÿg/mL) por 5 minutos e então testadas quanto à
viabilidade e frequência de mutantes. Conforme mostrado na Figura 5–23,
RECOMBINAÇÃO HOMÓLOGA 95
50
adicionar remover
MNNG MNNG 40 + cloranfenicol
100 50 30
20
sobreviventes
mutantes
milhão
por
de
sobrevivência
%
10
50 25 – cloranfenicol
sobreviventes
mutantes
milhão
por
de
0
0 20 40 60 80
exposição a MNNG (minutos)
0 0
–2 –1 0123 4 Figura 5–24 Efeitos do cloranfenicol na
resposta adaptativa a baixas doses de
tempo (horas)
MNNG (Problema 5–69). Após diferentes
Figura 5–23 Resposta adaptativa de E. coli a baixas doses de MNNG (Problema 5–69). tempos de exposição a 1 ÿg/mL MNNG,
O MNNG a 1 ÿg/mL esteve presente de –1,5 a 0 horas, conforme indicado pelas setas. p5.29/5.24
as amostras
com 100foram
ÿg/mL
dos
removidas
MNNG
Problemas
para
e tratadas
medir
As amostras foram removidas em vários momentos e tratadas brevemente com 100 ÿg/mL a suscetibilidade à mutagênese.
MNNG para avaliar o número de sobreviventes e a frequência de mutantes.
a exposição a baixas doses de MNNG aumentou temporariamente o número de

sobreviventes e diminuiu a frequência de mutantes entre os sobreviventes.
Conforme mostrado na Figura 5-24, a resposta adaptativa a baixas doses de
MNNG foi evitada se o cloranfenicol (um inibidor da síntese proteica) fosse
incluído na incubação.
A. A resposta adaptativa de E. coli a baixos níveis de MNNG requer a ativação de
uma proteína preexistente ou a síntese de uma nova proteína?
B. Por que você acha que a resposta adaptativa a uma dose baixa de MNNG é tão
de curta duração?
RECOMBINAÇÃO HOMÓLOGA
recombinação homóloga Trabalho51
conversão de genes alelos hibridização Troca

Junção de férias perda de heterozigosidade de fita RecA
DEFINIÇÕES
5–70 Uma de um conjunto de formas alternativas de um gene. Em uma célula diploide,

cada gene terá dois deles, cada um ocupando a mesma posição (locus) nos
cromossomos homólogos.
5–71 Processo pelo qual as informações da sequência de DNA podem ser transferidas
de uma hélice de DNA (que permanece inalterada) para outra hélice de DNA cuja
sequência é alterada.
5–72 Processo experimental no qual duas fitas complementares de ácido nucléico formam
uma dupla hélice; uma técnica poderosa para detectar sequências específicas
de núcleos otídeos.
5–73 Estrutura em forma de X observada no DNA em recombinação, na qual as duas

moléculas de DNA são mantidas juntas no local de cruzamento, também
chamado de troca de cadeia cruzada.
VERDADEIRO FALSO
5–74 A recombinação homóloga requer regiões relativamente longas de DNA homólogo
em ambos os parceiros na troca.
5–75 A conversão de genes requer uma quantidade limitada de síntese de DNA. (A) A B
C D
5–76 Usando a Figura 5–25A como guia, desenhe os produtos de um evento de
recombinação cruzada entre as regiões homólogas das moléculas representadas
na Figura 5–25B. Na figura, as linhas simples representam o DNA duplex e as A D
setas representam os alvos para recombinação homóloga.
5–77 Células de levedura haploides que reparam preferencialmente quebras de fita dupla por
recombinação homóloga são especialmente sensíveis a agentes que causam C B
quebras de fita dupla no DNA. Se as quebras ocorrerem na fase G1 do ciclo celular,

(B)
a maioria das células de levedura morre; no entanto, se as quebras ocorrerem na A B
fase G2 , uma fração muito maior de células sobrevive. Explique esses resultados.
1.
5–78 Quando o DNA plasmidial é extraído de E. coli e examinado por microscopia eletrônica, C D
a maioria das moléculas são círculos monoméricos, mas há uma variedade de
outras formas, incluindo círculos diméricos e triméricos. Além disso, cerca de 1%
das moléculas aparecem como formas da figura 8, nas quais as duas alças são
iguais (Figura 5-26A).
A B
Você suspeita que as formas da figura 8 são intermediárias de recombinação
na formação de um dímero a partir de dois monômeros (ou dois monômeros de 2.
um dímero). Para descartar a possibilidade de que possam representar dímeros C D
torcidos ou monômeros em contato, você digere a amostra de DNA com uma
nuclease de restrição que corta em um único local no monômero e, em seguida,
examina as moléculas. Após o corte, apenas duas formas são vistas: 99% das
moléculas de DNA são monômeros lineares e 1% são formas (chi) (Figura 5-26B). A BC D
Você notou que as formas têm uma propriedade interessante: os dois braços mais 3.
longos têm o mesmo comprimento, assim como os dois braços mais curtos. Além
disso, a soma dos comprimentos de um braço longo e de um braço curto é igual ao
comprimento do plasmídeo monômero. A posição do ponto de cruzamento, no A BD C
4.
entanto, é completamente aleatória.
Inseguro de si mesmo e sentindo que provavelmente está perdendo algum
artefato escondido, você mostra suas fotos a um amigo. Ela aponta que suas
A B
observações provam que você está olhando para intermediários de recombinação
que surgiram por pareamento aleatório em locais homólogos. 5.
A. Seu amigo está correto? Qual é o raciocínio dela?
B. Como você esperaria que suas observações mudassem se você repetisse os C D
experimentos em uma cepa de E. coli que carregava um gene RecA não funcional?
A B
C. Como as formas teriam diferido daquelas que você observou se as formas da figura
8 tivessem surgido como intermediárias em uma recombinação específica entre 6.
os monômeros?
D. Como seriam as formas se as formas da figura 8 tivessem surgido como D C
intermediárias em uma recombinação totalmente aleatória e não homóloga entre
os monômeros? Figura 5–25 Uma variedade de substratos de
recombinação (Problema 5–76).
5–79 Discuta a seguinte afirmação: “A junção de Holliday contém dois pares distintos de fitas
(fitas cruzadas e não cruzadas), que não podem ser interconvertidas sem quebrar
o esqueleto fosfodiéster de pelo menos uma fita”.
(A) ANTES DO CORTE (B) APÓS O CORTE

monômero
x formas
Figura 5–26 Estruturas de moléculas de

figura-8 forma (dímero) dímero linear plasmídeo (Problema 5–78). (A) Antes da
digestão. (B) Após a digestão com uma
nuclease de restrição de corte único.
RECOMBINAÇÃO HOMÓLOGA 97
5–80 Desenhe a estrutura da dupla junção de Holliday que resultaria da invasão da fita por 5' 3'
ambas as extremidades do duplex quebrado no duplex homólogo intacto mostrado
na Figura 5–27. Rotule a extremidade esquerda de cada fita na junção de Holliday 5' 3'
como 5ÿ ou 3ÿ de modo que a relação com os duplexes parentais e recombinantes
seja clara. Indique como a síntese de DNA seria usada para preencher quaisquer
lacunas de fita simples em sua dupla junção de Holliday.
Figura 5-27 Um duplex quebrado com caudas
de fita simples prontas para invadir um
5–81 Além de corrigir incompatibilidades de DNA, o sistema de reparo de
duplex homólogo intacto (Problema 5-80).
incompatibilidade funciona para evitar que ocorra recombinação homóloga entre
sequências semelhantes, mas não idênticas. Por que a recombinação entre
Problemas p5.39/5.27/Q5.2/Q5
sequências semelhantes, mas não idênticas, seria um problema para as células
humanas?
TRATAMENTO DE DADOS
5–82 Em E. coli, a proteína RecA catalisa tanto a etapa inicial de pareamento da

recombinação quanto a subsequente migração de ramificação. Promove a
recombinação ligando-se ao DNA de fita simples e catalisando o pareamento
dessas fitas simples revestidas com o DNA de fita dupla homólogo. Um ensaio
para a ação de RecA é a formação de círculos de DNA de fita dupla a partir de
uma mistura de moléculas lineares de fita dupla e círculos de fita simples
homólogos, conforme ilustrado na Figura 5-28 . Essa reação prossegue em duas
etapas: os círculos emparelham-se com os lineares em uma extremidade e então
eles migram ramificados até que um DNA linear de fita simples seja deslocado.
Uma questão importante sobre a reação RecA é se a migração do ramo é
direcional. Esta questão foi estudada da seguinte maneira. Círculos de fita simples,
que foram uniformemente marcados com 32P, foram misturados com moléculas
lineares de fita dupla não marcadas na presença de RecA. À medida que o DNA
de fita simples pareia com o DNA linear, ele se torna sensível ao corte por
nucleases de restrição, que não cortam o DNA de fita simples. Amostrando a
reação em vários momentos, digerindo o DNA com uma nuclease de restrição e
separando os fragmentos marcados por eletroforese, você obtém o padrão
mostrado na Figura 5-29A.
círculo de fita simples
– DNA linear de fita dupla
círculo de fita dupla cortado
–+
Figura 5–28 Ensaio de assimilação de fita para
RecA (Problema 5–82). O círculo de fita
simples (+) é complementar à fita negativa
(–) e idêntico à fita positiva do duplex.
+ DNA linear de fita simples
(A) ELETROFORESE DE MARCADO (B) MAPA DE RESTRIÇÃO DO DNA VIRAL Figura 5–29 Análise da migração de ramos
FRAGMENTOS DE RESTRIÇÃO catalisada por RecA (Problema 5–82).
5' 3' (A) Separação eletroforética de fragmentos de
fragmentos c restrição marcados em função do tempo
a de incubação com RecA. (B) Locais de
clivagem representados no círculo de DNA
b d
a de fita simples. No sentido horário ao redor do
+ vertente
círculo é de 5 seg a 3 seg.
c
e b
e
f
f
0 2,5 5 7,5 10 12,5 15 20 25 30
tempo (minutos)
A. Comparando o tempo de aparecimento dos fragmentos marcados com o mapa de

restrição do DNA circular na Figura 5–29B, deduza qual extremidade (5ÿ ou 3ÿÿ (da
fita negativa do DNA linear com a qual a fita circular mais se pareia inicialmente).
deduza a direção da migração da ramificação ao longo da fita negativa. (O DNA linear
de fita dupla foi cortado no limite entre os fragmentos a e c no mapa de restrição.)
B. Estime a taxa de migração do ramo, dado que o comprimento desse DNA é Problemas
7 kb. p5.38/5.29
C. O que você esperaria que acontecesse se o DNA linear de fita dupla carregasse uma
inserção de 500 nucleotídeos não homólogos entre os fragmentos de restrição e e a?
5–83 A maioria das células eucarióticas usa dois mecanismos diferentes para reparar quebras
de fita dupla no DNA: recombinação homóloga e junção de extremidades não
homólogas. A via de recombinação é favorecida por um homólogo da proteína Rad52,
primeiro definida em levedura. Parentes da proteína conhecida como Ku estimulam a
via de junção final.
Você purificou a proteína Rad52 humana e está estudando suas propriedades.
Quando você mistura Rad52 com DNA linear que possui caudas de cadeia simples
curtas (300 núcleos otídeos) e examina a mistura no microscópio eletrônico, você vê
estruturas como a mostrada na Figura 5-30A . (Tais estruturas são muito mais raras
quando o DNA linear tem extremidades rombas.) Você então expõe o DNA radiomarcado
uniformemente ligado a Rad52 a nucleases e mede a digestão do DNA pela liberação
de fragmentos solúveis. Conforme mostrado na Figura 5-30B, Rad52 protege o DNA
da digestão por exonuclease, mas não da digestão por uma endonuclease.
A. Onde Rad52 se liga no DNA linear? Quais são as características do DNA

importante para ligação Rad52?
B. Como Rad52 protege contra a digestão pela exonuclease, mas não
contra a digestão pela endonuclease?
C. Como as propriedades de Rad52 reveladas por essas observações se encaixam em sua
papel no reparo recombinacional de quebras de fita dupla?
(A) MICROGRAFIA ELETRÔNICA (B) DIGESTÃO DE NUCLEASE

exonuclease endonuclease
50 100
40
-Rad52 75 +/– Rad52
30
solúvel
ácido
32P
(%)
em
50 Figura 5–30 Análise do papel de Rad52 no

20 reparo de quebras de fita dupla (Problema 5–
25 83). (A) Ligação de Rad52 ao DNA linear.
10
+Rad52 Uma representação esquemática é
0 mostrada adjacente à micrografia. (B) Digestão
0 0 10 20 30 0 10 20 30 nuclease de DNA na presença (+) e ausência
tempo (minutos) tempo (minutos) (-) de Rad52 ligado.
TRANSPOSIÇÃO E RECOMBINAÇÃO SITE-SPECIFIC CONSERVADORA 99
(A) SUBSTRATOS (B) ENSAIOS RuvC Figura 5–31 Análise da clivagem da

consenso
junção Holliday (Problema 5–84).
híbrido mutante de consenso híbrido (A) Efeitos da sequência de DNA na
5' ---GATTGCTAGGC--- 3' resolução das junções de Holliday. As sequências
a ---CTAACG ATCCG--- 3' b
5' cliváveis são mostradas em caixas amarelas;
RuvC sequências indecifráveis são mostradas
3'---CTAACG ATCCG--- 5'
c d
---GATTGCTAGGC--- 5' 3' em caixas azuis. As setas indicam os
sem cortes
locais de clivagem em uma junção Holliday
mutante
com sequências de consenso. (B) Resolução
das junções de Holliday por RuvC.
5'---GGTTGCTAGGC--- 3' Concentrações crescentes de RuvC em
---CCAACG ATCCG--- 5' 3' corte cada pista são indicadas esquematicamente por triângulos.
5' As localizações das extremidades marcadas com 5ÿeg
3'---CCAACG ATCCG---
5'---GGTTGCTAGGC--- 3' são indicadas por pontos pretos.
híbrido
5' ---GATTGCTAGGC--- 3'

3' ---CTAACG ATCCG--- 5'
3' ---CCAACG ATCCG--- 5'
---GGTTGCTAGGC--- 5' 3'
5–84 O mecanismo de clivagem da junção de Holliday por RuvC foi investigado

usando junções artificiais criadas pelo recozimento de oligonucleotídeos (Figura
5-31A). Cada um dos duplexes envolvidos nestas junções tem sequências
únicas em suas extremidades, o que permitiu que os oligonucleótidos se
recozissem para formar as junções de Holliday indicadas; eles também possuem
um núcleo de 11 nucleotídeos que são homólogos. A junção Holliday pode
ramificar-migrar dentro da região central. Um dímero de RuvC liga-se às junções
de Holliday e cliva um par de cadeias adjacentes entre os núcleos otídeos 3 e 4
nas sequências 5eg-ATTG, 5eg-ATTC,
Problemas 5eg-TTTG ou 5hibition-TTTC, conforme
p5.42/5.31
mostrado para 5hibition-ATTG na Figura 5 –31A. Essas quatro sequências são
representadas pela sequência de consenso 5ÿ-A/TTTG/C.
Você quer saber se as duas subunidades do dímero RuvC coordenam as
clivagens nas duas fitas ou podem agir independentemente. Para investigar
isso, você faz as três junções de Holliday mostradas na Figura 5-31A: uma com
duas sequências cliváveis, uma com duas sequências não cliváveis e uma com
uma sequência clivável e uma não clivável. Você marca a extremidade 5º de uma
fita em cada uma, incuba-as com RuvC e analisa a clivagem por eletroforese em
géis desnaturantes, de modo que os oligonucleótidos se separem uns dos
outros. Os resultados são mostrados na Figura 5–31B.
A. Que fração de todas as possíveis sequências de quatro nucleotídeos é clivada por
RuvC?
B. A exigência de resolução em um conjunto limitado de sequências específicas
restringe seriamente os locais no genoma de E. coli nos quais as junções de
Holliday podem ser resolvidas?
C. As duas subunidades do dímero RuvC coordenam a clivagem das duas fitas ou
podem agir independentemente? Explique seu raciocínio.
D. Desenhe os produtos duplex gerados pela resolução RuvC da junção Holliday
“consensus” na Figura 5–31A, aquele com suas extremidades marcadas por
letras.
TRANSPOSIÇÃO E CONSERVAÇÃO ESPECÍFICA DO LOCAL

RECOMBINAÇÃO
variação de fase específica do local conservadora elemento transponível

recombinação retrotransposon transposição
Retrotransposon não do tipo retroviral transposon
retroviral transcriptase
transposon somente de DNA reversa do retrovírus
DEFINIÇÕES (A)
Combine cada definição abaixo com seu termo na lista acima. QUEBRAR REUNIR
5–85 Comprimento do DNA que se move de um local doador para um local-alvo por corte
transposição e colar ou por transposição replicativa.
(B)
5–86 Enzima que faz uma cópia de DNA de fita dupla a partir de um RNA de fita simples
a bc d a bc d
molécula modelo.
5–87 Vírus contendo RNA que se replica em uma célula fazendo primeiro uma dupla
Figura 5–32 Recombinação local específica
fita intermediária de DNA.
mediada pela recombinase Cre (Problema 5–
90). (A) Representação esquemática da
5–88 Rearranjo do DNA que depende da quebra e reunião de duas hélices do DNA em recombinação específica do local Cre/LoxP.
sequências específicas em cada molécula de DNA. As sequências LoxP no DNA são representadas
por triângulos coloridos para que o evento de
recombinação específico do local possa ser
VERDADEIRO FALSO
seguido mais prontamente. Na realidade, suas
Considere a seguinte afirmação e explique sua resposta. sequências de DNA são idênticas.
p5.43/5.32/Q5.4 (B)Problemas
Substratos de DNA contendo
dois arranjos de sítios LoxP.
5–89 Quando os elementos transponíveis se movem pelo genoma, eles raramente se
integram no meio de um gene porque a ruptura do gene – um evento
potencialmente letal para a célula e o transposon – é rejeitada pela evolução.
A recombinase 5–90 Cre é uma enzima de sítio específico que catalisa a recombinação
entre duas sequências de reconhecimento de DNA LoxP. A recombinase Cre
emparelha dois sítios LoxP na mesma orientação, quebra ambos os duplexes no
mesmo ponto em cada sítio LoxP e une as extremidades com novos parceiros
para que cada sítio LoxP seja regenerado, conforme mostrado esquematicamente
na Figura 5-32A . Com base nesse mecanismo, preveja o arranjo das sequências
que serão geradas pela recombinação específica de sítio mediada por Cre para
cada um dos dois DNAs mostrados na Figura 5-32B.
TRATAMENTO DE DADOS
5–91 Você está estudando o transposon procariótico Tn10 e acabou de descobrir uma
maneira elegante de determinar se o Tn10 se replica durante a transposição ou
se move por um mecanismo recortar e colar. Sua ideia se baseia na diferença
fundamental entre esses dois mecanismos: ambas as fitas parentais do Tn10 se
movem em transposição recortar e colar, enquanto apenas uma fita parental se
move em transposição replicativa (Figura 5-33) .
Você planeja marcar as mechas individuais recozindo mechas de dois Tn10s
diferentes. Ambos os Tn10s contêm um gene para resistência à tetraciclina e um
gene para o metabolismo da lactose (LacZ), mas em um, o gene LacZ é inativado
por uma mutação. Essa diferença fornece uma maneira conveniente de seguir os
dois Tn10s, pois as colônias bacterianas LacZ+ (quando incubadas com um
substrato apropriado) ficam azuis, mas as colônias LacZ– permanecem brancas.
Você desnatura e religa uma mistura dos dois DNAs de transposon, que produz
uma mistura igual de heteroduplexes e homoduplexes
Figura 5–33 Transposição replicativa e recortar
e colar de um elemento transponível (Problema
ÿ DNA Tn10 5–91). O elemento transponível é mostrado como um
heteroduplex, que é composto de duas fitas
geneticamente diferentes – uma vermelha e
genoma bacteriano outra amarela. Durante a transposição
replicativa, uma fita fica com o DNA doador e
transposição transposição
uma fita é transferida para a bactéria
recortar e colar replicativa
genoma. Na transposição recortar e colar, o
elemento transponível é cortado do DNA doador e
transferido inteiramente para o genoma bacteriano.
TRANSPOSIÇÃO E RECOMBINAÇÃO SITE-SPECIFIC CONSERVADORA 101
Tn10 LacZ +
(Figura 5–34). Você os introduz nas bactérias LacZ- e espalha as bactérias em placas eu
de Petri que contêm tetraciclina e o substrato gerador de cor.
Tn10 LacZ
Uma vez dentro de uma bactéria, o transposon se moverá (em frequência muito eu
baixa) para o genoma bacteriano, onde confere resistência à tetraciclina na bactéria. A

rara bactéria que ganha um Tn10 sobrevive às condições seletivas e forma uma colônia. DESNATURAR
Quando você marca um grande número dessas colônias, descobre que cerca de 25%
REANEAL
são brancas, 25% são azuis e 50% são mistas, com um setor azul e um setor branco.
heteroduplex homoduplex
A. Explique a origem de cada tipo de colônia bacteriana e decida se os resultados suportam
um mecanismo replicativo ou recortar e colar para a transposição de Tn10.
B. Você realizou esses experimentos usando uma cepa receptora de bactéria que era incapaz
de reparar incompatibilidades no DNA. Como você esperaria que os resultados fossem
diferentes se você usasse uma cepa bacteriana que pudesse reparar correspondências Figura 5-34 Formação de uma mistura de
incorretas? heteroduplexes e homoduplexes por
desnaturação e re-recozimento de dois
5–92 Os elementos Ty da levedura Saccharomyces cerevisiae movem-se para novos genomas Tn10 diferentes (Problema 5-91).
O DNA Tn10 é mostrado como uma caixa. O
locais no genoma por transposição através de um intermediário de RNA.
deProblemas
sequênciap5.46/5.34 diferenças
entre os dois Tn10s são
Normalmente, a transcriptase reversa codificada por Ty é expressa em um nível tão baixo indicadas pelos segmentos azul e
que a transposição é muito rara. Para estudar o processo de transposição, você projeta amarelo.
uma versão clonada do elemento Ty para que o gene da transcriptase reversa seja ligado
aos elementos de controle da galactose. Você também “marca” o elemento com um
segmento de DNA bacteriano para que possa detectá-lo especificamente e, assim,
distingui-lo de outros elementos Ty no genoma. Como um gene alvo para detectar a
transposição, você usa um gene his tidine (His–) defeituoso cuja expressão depende da
inserção de um elemento Ty perto de sua extremidade 5eg . Você mostra que células de
levedura carregando um plasmídeo com seu elemento Ty modificado geram colônias
His+ em uma frequência de 5 × 10–8 quando cultivadas em glicose. Quando as mesmas
células são cultivadas em galac tose, a frequência de colônias His+ é de 10 a 6, um
aumento de 20 vezes.
Você percebe que as culturas de células com o plasmídeo portador de Ty crescem
normalmente em glicose, mas muito lentamente em galactose. Para investigar esse
fenômeno, você isola colônias individuais que surgem sob três condições diferentes: His–
colônias crescidas na presença de glicose, His– colônias crescidas na presença de
galactose e His+ colônias crescidas na presença de galactose. Você elimina o plasmídeo
de cada colônia, isola o DNA de cada cultura e o analisa por eletroforese em gel e
hibridação de blot, usando o DNA marcador bacteriano como sonda. Seus resultados são
mostrados na Figura 5–35.
A. Por que a transposição ocorre com muito mais frequência em células cultivadas em
galactose do que em células cultivadas em glicose?
B. Conforme mostrado na Figura 5-35, as células His– isoladas após crescimento em
galactose têm aproximadamente o mesmo número de elementos Ty marcados em seus
cromossomos que as células His+ que foram isoladas após crescimento em galactose.
Se a transposição é independente da seleção de histidina, por que a frequência de
colônias His+ induzidas por Ty é tão baixa (10-6)?
C. Por que você acha que as células com o plasmídeo portador de Ty crescem tão lentamente
em galactose?
glicose (His- ) galactose (His- ) galactose (His+)

1234 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
Figura 5–35 Análise de células que
abrigavam um plasmídeo carregando um
elemento Ty modificado (Problema 5–92). As
células foram inicialmente cultivadas em glicose
ou galactose como fonte de carbono. As células
His– foram cultivadas na presença de histidina;
As células His+ foram cultivadas na sua
ausência. As bandas indicam fragmentos de
restrição que hibridaram com o DNA marcador
originalmente presente no elemento Ty transportado pelo plasmí
ESTILO MCAT
Passagem 1 (Questões 5–93 a 5–95)
A Taq DNA polimerase, que vem da bactéria termotolerante ermus aquaticus, é amplamente utilizada
para a reação em cadeia da polimerase (PCR) porque permanece funcional nas altas temperaturas
necessárias para a PCR. Em uma PCR típica, uma amostra de DNA é aquecida para separar as duas
fitas; duas fitas curtas de DNA, chamadas primers, são combinadas com suas sequências complementares
no DNA em cada lado do segmento a ser amplificado; e a Taq polimerase então sintetiza DNA de
tamanho a partir dos primers. Após a ocorrência da síntese, a reação é aquecida a altas temperaturas
para separar as cadeias de DNA e, em seguida, resfriada para iniciar outra rodada de síntese de DNA
dirigida por primer. O ciclo é repetido muitas vezes, levando à amplificação do DNA entre os primers.
5–93 Um problema com a Taq polimerase é que ela incorpora a base errada aproximadamente uma vez
a cada 8.000 bases, uma frequência de erros muito maior do que as taxas de erro das DNA
polimerases que realizam a replicação do DNA nas células. Qual das seguintes afirmações
explica melhor a alta taxa de erro da Taq polimerase na PCR?
A. A Taq polimerase não pode produzir fragmentos de Okazaki de forma eficiente.

B. Taq polimerase carece de uma exonuclease de revisão de 3 gh para 5 gh .
C. Taq polimerase geralmente cai do DNA, interrompendo a síntese.
D. A Taq polimerase sintetiza o DNA na direção 3-a-5-5 .
5–94 Outro problema com a Taq polimerase é que ela só é capaz de sintetizar pedaços relativamente
pequenos de DNA, com um limite superior de cerca de 4.000 bases. Qual das alternativas a
seguir é uma explicação provável para a incapacidade da Taq polimerase de sintetizar
pedaços longos de DNA?
A. A Taq polimerase pode produzir apenas fragmentos de Okazaki relativamente curtos.
B. A Taq polimerase não pode remover bases incompatíveis da extremidade 3º .
C. A Taq polimerase não possui a helicase necessária para a separação das fitas.
D. As reações da polimerase Taq carecem da primase necessária para novos primers.
5–95 Imagine que você usou PCR para amplificar uma região específica de DNA com cerca de 4.000
bases de comprimento. Você então liga os produtos de PCR em um vetor de plasmídeo e o
transforma em bactérias. Uma das bactérias transformadas recebe um plasmídeo que inclui
um produto de PCR com duas bases incompatíveis separadas resultantes de erros da Taq
polimerase na última vez em que o DNA foi copiado. Você cultiva essa bactéria em uma
colônia e isola a população de plasmídeos derivados do único plasmídeo transformado.
Assumindo que as incompatibilidades foram resolvidas pelo maquinário de reparo de
incompatibilidade da célula antes da replicação do plasmídeo, quais são as chances de que
ambas as correspondências incompatíveis tenham sido convertidas em mutações?
A. 100% de chance
B. 50% de chance
C. 25% de chance
D. 0% de chance
Passagem 2 (Pergunta 5–96) A
primeira DNA polimerase a ser descoberta foi purificada de E. coli e chamada de DNA polimerase I.
Ela sintetizava DNA a uma taxa de cerca de 10–20 bases por segundo, mas só conseguia sintetizar
cerca de 25–30 bases antes de cair no DNA molde.
Além de sua atividade de polimerase, também possuía atividades de exonuclease de 5 3 3 3 3 3 5 5 ,
que poderiam atuar no DNA ou no RNA hibridizado a um modelo de DNA. Outra DNA polimerase - DNA
polimerase III - foi descoberta mais tarde.
Ele poderia sintetizar trechos muito mais longos de DNA a uma taxa de cerca de mil bases por segundo,
e tinha apenas uma atividade de exonuclease de 3 a 5 a 3 minutos .
ESTILO MCAT 103
5–96 Com base nesta informação, qual das seguintes funções melhor
descreve o papel da DNA polimerase I nas células bacterianas?
A. Modies Okazaki fragmentos para unir em cadeias intactas.
B. Repara qualquer DNA danificado durante a transcrição.
C. Sintetiza a maior parte do DNA celular durante a replicação.
D. Sintetiza primers de RNA para iniciar fragmentos de Okazaki.
Leitura do Genoma.
A sequência completa do genoma
humano impressa ocupa 7 prateleiras de
16 volumes, cada uma contendo centenas
de páginas como esta aqui mostrada,
com quase 10 milhões de caracteres
em cada volume impresso em tipo
courier de 4 pontos sem nenhum índice.
Tente ver se consegue encontrar o
gene nessa sequência, que vem do
cromossomo 11 humano, aberto na
estante na fotografia tirada na inauguração
do Wellcome Museum, em Londres, em julho de 2007.
Capítulo 6 105
CAPÍTULO
Como as Células Lêem o Genoma:

Do DNA à proteína 6
DO DNA PARA O RNA NESTE CAPÍTULO
TERMOS PARA APRENDER DO DNA PARA O RNA
sequência nucleotídica de consenso promotor DO RNA À PROTEÍNA

superenrolamento do DNA RNA polimerase
transcrição de DNA Splicing de RNA O MUNDO DO RNA E O
exão gene rRNA ORIGENS DA VIDA
exossoma snoRNA (pequeno RNA nucleolar)
fator de transcrição geral íntron snRNA (pequeno RNA nuclear)
mRNA spliceossoma
(RNA mensageiro) complexo de terminador
poro nuclear de RNA de caixa TATA

não codificante
DEFINIÇÕES

6–1 Ajuda a posicionar a RNA polimerase corretamente no promotor, para ajudar a separar
as duas fitas de DNA para permitir o início da transcrição e para liberar a RNA
polimerase do promotor para o modo de alongamento uma vez que a transcrição tenha
começado.
6–2 Pequenas moléculas de RNA que são complexadas com proteínas para formar as
partículas de ribonucleoproteína envolvidas no splicing de RNA.
6–3 Sequência de nucleotídeos no DNA à qual a RNA polimerase se liga para iniciar a
transcrição.
6-4 Um grande complexo proteico contendo múltiplas exonucleases de RNA de 3 a 5 GHz que
degradam mRNAs, íntrons e outros detritos de RNA processados incorretamente retidos
no núcleo.
6–5 e enzima que realiza a transcrição.
6–6 Molécula de RNA que especifica a sequência de aminoácidos de uma proteína.
6–7 Processo no qual as sequências de íntrons são extirpadas dos transcritos de RNA no
núcleo durante a formação de mensageiros e outros RNAs.
6–8 Sinal no DNA bacteriano que interrompe a transcrição.
6–9 Segmento de um gene eucariótico constituído por uma sequência de nucleotídeos que
serão representados em mRNA ou outros RNAs funcionais.
6–10 Grande estrutura multiproteica formando um canal através do envelope nuclear que permite
que moléculas selecionadas se movam entre o núcleo e o citoplasma.
106 Capítulo 6: Como as Células Lêem o Genoma: Do DNA à Proteína
VERDADEIRO FALSO
Decida se cada uma dessas afirmações é verdadeira ou falsa e explique por quê. 6–11
As consequências dos erros na transcrição são menos graves do que as dos
erros na replicação do DNA.
6–12 A subunidade é um componente permanente da holoenzima da RNA polimerase

de E. coli, permitindo que ela inicie em promotores apropriados no genoma
bacteriano.
6-13 Moléculas de mRNA eucarióticas carregam grupos ribosil OH em ambas as extremidades

3e5.
6–14 Como os íntrons são em grande parte “lixo” genético, eles não precisam ser removidos
precisamente do transcrito primário durante o splicing do RNA.
6–15 A RNA polimerase II gera o final de um transcrito de pré-mRNA quando cessa a

transcrição e libera o transcrito; uma cauda poli-A é então rapidamente adicionada
à extremidade livre 3º .
6–16 Considere a expressão “dogma central”, que se refere à proposição de que a informação
genética flui do DNA para o RNA para a proteína. A palavra “dogma” é apropriada
neste contexto científico?
6–17 Na micrografia eletrônica da Figura 6–1, as moléculas de RNA polimerase estão se

movendo da direita para a esquerda ou da esquerda para a direita? Como você sabe?
Por que os transcritos de RNA parecem muito mais curtos do que o comprimento
do DNA que os codifica?
6–18 Combine a seguinte lista de RNAs com suas funções.

A. mRNA 1. bloqueia a tradução de mRNAs selecionados
B. rRNA 2. modulação e processamento de rRNA 3.
C. snoRNA protege a linhagem germinativa de elementos transponíveis
D. snRNA 4. componentes do ribossomo 5.
E. tRNA splicing de transcritos de RNA 6.
F. piRNA dirige a degradação de mRNAs selecionados 7.
G. miRNA codifica proteínas 8.
H. siRNA adaptador para proteína síntese
6–19 Uma RNA polimerase está transcrevendo um segmento de DNA que contém o
seqüência
M-3GTAACGGATG-M5
M-5CATTGCCTAC-M3
Se a polimerase transcrever essa sequência da esquerda para a direita, qual será

a sequência do RNA? Qual será a sequência de RNA se a polimerase se mover da
direita para a esquerda?
6–20 Quais são os papéis dos fatores gerais de transcrição na RNA polimerase II
transcrição mediada, e por que eles são chamados de “gerais”?
Figura 6–1 Transcrição de dois genes rRNA

adjacentes (Problema 6–17). A barra de escala
é de 1 ÿm. (Cortesia de Ulrich Scheer.)
DO DNA PARA O RNA 107
magnético
+ + – –
fluorescente
conta
miçangas
magnética
Figura 6–2 Superenrolamentos em torno de uma RNA polimerase em movimento (Problema 6–21).
DNA
6–21 Em que direção ao longo do molde a RNA polimerase na Figura 6-2 deve estar se ARN
RNA
movendo para gerar as estruturas superenroladas que são mostradas? Você esperaria polimerase
que superenrolamentos fossem gerados se a RNA polimerase estivesse livre para
lâmina de vidro
girar em torno do eixo do DNA à medida que avançava ao longo do molde?
6–22 Você anexou uma molécula de RNA polimerase a uma lâmina de vidro e permitiu que ela Figura 6–3 Sistema para medir a
rotação do DNA causada pela RNA
iniciasse a transcrição em um DNA modelo que está amarrado a uma esfera
magnética, conforme mostrado polimerase (Problema 6–22). O ímã
na Figura 6–3. Se o DNA com sua esfera magnética anexada se mover em relação mantém a conta na posição vertical
à RNA polimerase conforme indicado na figura, em que direção a esfera girará? (mas não interfere em sua rotação),
e as minúsculas contas fluorescentes
anexadas permitem que a direção do
6–23 Por que a transcrição não causa um emaranhado desesperador? Se a polimerase de movimento
Problemas
lugar por
RNA ligação àseja
polimerase
p6.03/6.03 visualizada
lâmina
do
é mantida nos A
microscópio.
de vidro.
no
RNA não girar em torno do DNA à medida que se move, ela induzirá duas
superenrolamentos de DNA - uma na frente e outra atrás - para cada 10 nucleotídeos
que transcrever. Se, em vez disso, a RNA polimerase girar em torno do DNA -
evitando o superenrolamento do DNA -, ela enrolará o RNA ao redor do DNA duplex,
uma vez para cada 10 nucleotídeos que transcrever. Assim, para qualquer gene de
tamanho razoável, o ato de transcrição deve resultar em centenas de espirais ou
supertorções... e isso para cada RNA polimerase! Então, por que a transcrição não
leva a um rosnado completo?
6–24 Você está estudando um vírus de DNA que produz um conjunto de proteínas abundantes
no final de seu ciclo infeccioso. Um mRNA para uma dessas proteínas é mapeado
para um fragmento de restrição de DNA no meio do genoma linear. Para determinar
a localização precisa desse mRNA, você o emparelha com o fragmento de restrição
purificado sob condições em que apenas os dúplices híbridos DNA-RNA são estáveis
e os filamentos de DNA não se reagrupam. Quando você examina os duplexes DNA-
RNA recozidos por microscopia eletrônica, você vê estruturas como a da Figura
6-4. Por que existem caudas de fita simples nas extremidades da região do duplex
DNA-RNA?
6–25 Smilin é uma proteína (hipotética) que faz com que as pessoas sejam felizes. É inativo
em muitas pessoas cronicamente infelizes. Verificou-se que o mRNA isolado de
vários indivíduos infelizes diferentes na mesma família carece de um trecho interno
de 173 nucleotídeos que estão presentes no mRNA de Smilin isolado de um grupo
de controle de pessoas geralmente felizes. As sequências de DNA dos genes Smilin
das pessoas felizes e infelizes foram determinadas e comparadas. Eles morreram
por apenas uma mudança de núcleo – e nenhum nucleotídeo foi deletado. Além
disso, a alteração foi encontrada em um íntron.
A. Você pode criar a hipótese de um mecanismo molecular pelo qual uma única mudança
de núcleo em um gene poderia causar a deleção interna observada no mRNA?
B. Que consequências para a proteína Smilin resultariam da remoção de um trecho

interno de 173 nucleotídeos de seu mRNA? Suponha que os 173 nucleotídeos sejam
deletados da região codificadora do mRNA Smilin.
C. O que você pode dizer sobre a base molecular da infelicidade neste
família?
Figura 6–4 Híbrido de DNA–RNA entre um
6–26 O gene da -tropomiosina humana é emendado alternativamente para produzir mRNA e um fragmento de restrição de
diferentes formas de mRNA da -tropomiosina em diferentes tipos de células (Figura 6-5). DNA de adenovírus (Problema 6–24).
(A) GENE DA ÿ-TROPOMIOSINA HUMANA Figura 6–5 mRNAs com splicing alternativo
do gene da -tropomiosina humana
1 54 6 910
(Problema 6–26). (A) Exons no gene da
-tropomiosina humana. As localizações e
32 78 11 12 13
tamanhos relativos dos éxons são
mostrados por retângulos azuis e vermelhos,
(B) QUATRO VARIANTES DE EMENDA DIFERENTES com éxons alternativos em vermelho. (B)
Padrões de splicing para mRNAs de quatro
-tropomiosina. O splicing é indicado por
linhas conectando os éxons incluídos no mRNA.
Para todas as formas do mRNA, as sequências de proteínas codificadas pelo éxon 1 são
as mesmas, assim como as sequências de proteínas codificadas pelo éxon 10. Os éxons
2 e 3 são éxons alternativos usados em diferentes mRNAs, assim como os éxons 7 e 8.
Qual das seguintes afirmações sobre os éxons 2 e 3 é a mais precisa? Essa afirmação
também é a mais precisa para os éxons 7 e 8?
Explique suas respostas.
A. Os éxons 2 e 3 devem ter o mesmo número de nucleotídeos.
B. Os éxons 2 e 3 devem conter, cada um, um número inteiro de códons (ou seja, o número
de nucleotídeos dividido por 3 deve ser um número inteiro).
C. Os éxons 2 e 3 devem conter, cada um, um número de nucleotídeos que, quando
dividido por 3 deixa o mesmo resto (ou seja, 0, 1 ou 2).
Problemas p6.05/6.05 6–27
Você imprimiu um conjunto de sequências de DNA ao redor dos limites íntron/exon para genes na
família -globina e levou o arquivo grosso para o campo para estudar no fim de semana.
Quando você olha para a impressão, descobre, para seu aborrecimento, que não há
nenhuma indicação de onde você está no gene. Você sabe que as sequências na Figura
6-6 vêm de um dos limites éxon/íntron ou íntron/éxon e que os limites estão na linha
pontilhada, mas você não sabe a ordem do íntron e do éxon.
Você sabe que os íntrons começam com a sequência de dinucleotídeos GT e terminam

com AG, mas percebe que essas sequências específicas não seriam o início nem o fim
de um íntron.
Se você não conseguir decidir de que lado está o íntron, terá que encurtar o fim de
semana e voltar para a cidade (ou procurar um vizinho com acesso à Internet). Em
desespero, você considera o problema de uma perspectiva evolutiva. Você sabe que os
íntrons evoluem mais rapidamente (sofrendo mais mudanças de nucleotídeos) do que
os éxons porque não são limitados por função.
Essa perspectiva permite identificar o íntron ou você terá que fazer as malas?
exão 1 íntron exão 2
GT AG
exão 1 íntron
GT
GGTGGTGAGGCCCTGGGCAG GTAGGTATCCCACTTACAAG - vaca
GGTGGTGAGATTCTGGGCAG GTAGGTACTGGAAGCCGGGG - gorila

GGGGGCGAAGCCCTGGGCAG GTAGGTCCAGCTTCGGCCAT - frango
GGTGGTGAGGCCCTGGGCAG GTTGGTATCAAGGTTACAAG - humano

Figura 6–6 Sequências de DNA alinhadas
GGTGGTGAGGCCCTGGGCAG GTTGGTATCCAGGTTACAAG - rato dos genes -globina em diferentes espécies
GGTGGTGAGGCCCTGGGCAG GTTGGTATCCTTTTTACAGC - coelho (Problema 6–27). Conforme indicado pelas
estruturas gênicas mostradas acima e
GGCCATGATGCCCTGACCAG GTAACTTGAAGCACATTGCT - sapo
abaixo, as sequências de DNA podem vir
AG
do limite do éxon 1 com o íntron ou do limite
íntron exão 2 do íntron com o éxon 2.
Figura 6–7 Um teste para varredura de íntrons durante o splicing de RNA (Problema 6–28). (A) MINIGENE 1
(A) Minigene com dois sítios de emenda de 3º . (B) Minigene com dois sítios de splice de 5m .
As caixas representam éxons completos (retângulos) ou parciais (bordas irregulares);
São indicadas as junções de emenda 5 e 3 .
5' 3' 3'
(B) MINIGENE 2
6–28 Muitos genes eucarióticos contêm um grande número de éxons. O splicing correto de tais genes
requer que exons vizinhos sejam ligados uns aos outros; se não forem, os exons serão
deixados de fora. Uma vez que os sítios de splicing 5eg são parecidos, assim como os sites
5' 5' 3'
de splicing 3eg , é notável que o salto de um exon ocorra tão raramente.
Algum mecanismo deve acompanhar os éxons vizinhos e garantir que eles sejam reunidos.
Uma proposta inicial sugeria que o maquinário de splicing ligava-se a um local de splicing
em uma extremidade de um íntron e percorria o íntron para encontrar o local de splicing na
outra extremidade. Esse mecanismo de varredura garantiria que um exon nunca fosse
ignorado. Essa hipótese foi testada com dois minigenes: um com um local de splicing
duplicado de 5 GHz e outro com um local de splicing duplicado de 3 3 (Figura 6-7). Esses
minigenes foram transfectados em células e seus produtos de RNA foram analisados para
ver quais locais de splicing 5 e 3 seccionados foram selecionados durante o splicing.
A. Desenhe um diagrama dos produtos que você espera de cada minigene se o maquinário de
splicing se ligar a um local de splicing de 5 megapixels e varrer em direção a um local de
splicing de 3 GHz . Faça um diagrama dos produtos esperados se o maquinário de emenda
fizer a varredura na direção oposta.
B. Quando os produtos de RNA dos minigenes transfectados foram analisados, descobriu-se que
cada minigene gerou uma mistura dos dois possíveis produtos de emenda de 5-3-3-3 . Com
base nesses resultados, você concluiria que éxons vizinhos são reunidos por varredura de
íntrons? Por que ou por que não?
6–29 O que significa mRNA “pronto para exportação” e o que distingue um mRNA “pronto para
exportação” de um pedaço de íntron excisado que precisa ser degradado?
6–30 O nucléolo desaparece a cada mitose e então reaparece durante o G1 do próximo ciclo
celular. Como esse processo reversível é pensado para ser realizado?
CÁLCULOS
6–31 Você estabeleceu um ensaio de transcrição no qual os transcritos iniciam em um promotor de

adenovírus específico em um plasmídeo (consulte o Problema 6–35). Cada transcrito tem
400 nucleotídeos de comprimento e tem uma composição geral de C2AU. Esses transcritos
se acumulam linearmente por cerca de uma hora e depois atingem um platô. As condições
do seu ensaio usam um volume de reação de 25 ÿL contendo 16 ÿg/mL de modelo de DNA
(o plasmídeo, que tem 3,5 kb de comprimento) com todos os outros componentes em
excesso. A partir da atividade específica do 32P-CTP e da radioatividade total nos transcritos,
você calcula que no platô foram incorporados 2,4 pmol de CMP. (A massa de um par de
nucleotídeos é de 660 daltons.)
A. Quantos transcritos são produzidos por reação?

B. Quantos moldes estão presentes em cada reação?
C. Quantas transcrições são feitas por modelo na reação?
TRATAMENTO DE DADOS
6–32 Se a RNA polimerase revisa seu produto de maneira análoga à DNA polimerase, ela deve diminuir
sua taxa de incorporação de nucleotídeos após adicionar uma base incorreta ao final da
crescente cadeia de RNA. Esse atraso permitirá tempo para a remoção do nucleotídeo
incompatível antes que o próximo seja adicionado.
(A) MODELO PARA TRANSCRIÇÃO

TABELA 6–1 Taxa de incorporação de nucleotídeos corretos e incorretos (Problema
6–32).
Nucleotídeo incorporado (negrito) Vmax (unidades/seg)
AR 0,20
3'
ARN --QUAL
CUG 0,0015
DNA --GAATAGGAGATGTCA 43
34 5'
CUAC 0,17
cadeia modelo
CUGC 0,036
(B) DADOS EXPERIMENTAIS
Para investigar essa possibilidade, os cientistas criaram uma técnica inteligente tempo após a adição de ATP (segundos)
para medir a taxa de incorporação de nucleotídeos pela RNA polimerase em um 046 3010 60 180
ponto definido em um molde de DNA. O molde continha um promotor e foi ligado 43

44
covalentemente a grânulos de agarose, de modo que ele (e a RNA polimerase
anexada) pudesse ser removido da solução e lavado e então reincubado em uma
nova mistura de nucleotídeos (Figura 6-8A) . Usando uma série de soluções
contendo apenas um ou alguns nucleotídeos, a RNA polimerase foi “caminhada” ao Figura 6–8 Determinação dos parâmetros
cinéticos da RNA polimerase (Problema 6–32). (A)
longo do molde até o local mostrado na Figura 6-8A. Nesse ponto, a RNA polimerase
Molde de DNA ligado a uma esfera de agarose. (B)
e o molde foram ressuspensos em uma solução contendo um nucleotídeo, e a Taxa de incorporação do nucleotídeo A correto na
taxa de incorporação desse nucleotídeo foi medida conforme mostrado na Figura cadeia de RNA nascente. (As bandas nas pistas
6-8B. As taxas de incorporação de A e G na posição +44 na fita de RNA são adjacentes formam uma curva por causa de um
mostradas na Tabela 6-1. Além disso, a incorporação do seguinte C na posição artefato de eletroforese em gel.)
+45 foi medida depois que A ou G foi incorporado na posição +44 (Tabela 6-1).
A. Imagine que a RNA polimerase foi interrompida de forma que o último nucleotídeo
na cadeia de RNA fosse o C na posição +34. Descreva como você pode “caminhar”
a polimerase de lá para a posição +43 para fazer essas experiências
mentos.
B. O nucleotídeo correto é preferido ao nucleotídeo incorreto? Em caso afirmativo, por
qual fator é preferido? A presença de um nucleotídeo incorreto influencia a taxa de
adição do próximo nucleotídeo? explique seu
responder.
6–33 Na Figura 6–9, as sequências de 13 promotores reconhecidos pelo fator 70 da RNA

polimerase foram alinhadas. Deduza as sequências de consenso para as regiões –
10 e –35 desses promotores.
6–34 A análise de deleção de sequências de ligação a proteínas em um promotor pode ser

difícil de interpretar porque o espaçamento alterado entre os elementos pode
afetar criticamente sua função. O método de “varredura de linker” elimina essa
dificuldade potencial substituindo segmentos de 10 nucleotídeos em todo o promotor
por ligantes de oligonucleotídeos. Um artigo clássico descreveu esse método em
uma análise do promotor para a timidina quinase (Tk)
+1
promotor de TCTCAACGTAACACTTTACAGCGCGCG--CGTCATTTGATATGATGC-GCCCCGCTTCCCGATAAGGG
tRNA de tirosina GATCAAAAAAATACTTGTGCAAAAAA--TTGGGATCCCTATAATGCCGCCTCCGTTGAGACGACAACG
ATGCATTTTTCCGCTTGTCTTCCCTGA--GCCGACTCCCTATAATGCGCCTCCATCGACACGGCGGAT
promotores de CCTGAAATTCAGGGTTGACTCTGAAA--GAGGAAAGCGTAATATAC-GCCACCTCGCGACAGTGAGC Figura 6–9 Fator de
genes de RNA ribossômicoCTGCAATTTTTCTATTGCGGCCTGCG--GAGAACTCCCTATAATGCGCCTCCATCGACACGGCGGAT 70 reconhecido sequências
TTTTAAATTTCCTCTTGTCAGGCCGG--AATAACTCCCTATAATGCGCCACCACTGACACGGAACAA por (Problema 6–33). Diferentes
GCAAAAATAAATGCTTGACTCTGTAG--CGGGAAGGCGTATTATGC-ACACCCCGCGCCGCTGAGAA fatores são designados por seus 70 tem
TAACACCGTGCGTGTTGACTATTTTA-CCTCTGGCGGTGATAATGG--TTGCATGTACTAAGGAGGT massa molecular; massa uma
TATCTCTGGCGGTGTTGACATAAATA-CCACTGGCGGTGATACTGA--GCACATCAGCAGGACGCAC de 70 quilodaltons. Traços representam
promotores de GTGAAACAAAACGGTTGACAACATGA-AGTAAACACGGTACGATGT-ACCACATGAAACGACAGTGA espaços que foram adicionados para
bacteriófagos TATCAAAAAGAGTATTGACTTAAAGT-CTAACCTATAGGATACTTA-CAGCCATCGAGAGGGACACG maximizar o alinhamento das sequências
ACGAAAAACAGGTATTGACAACATGAAGTAAACATGCAGTAAGATAC-AAATCGCTAGGTAACACTAG
nas regiões –10 e –35.
GATACAAATCTCCGTTTGTACTTTGTT--TCGCGCTTGGTATAATCG-CTGGGGGGTCAAAGATGAGTG
posições do linker em relação ao local de início da transcrição Figura 6–10 Análise de varredura de linker
–120 –100 –80 –60 –40 –20 +1 +20 do promotor Tk (Problema 6–34).
10 Transcritos de plasmídeos escaneados por
linker e plasmídeos de controle foram
analisados por extensão de iniciador,
usando um iniciador radiomarcado
correspondente a sequências de cerca de
80 nucleotídeos da extremidade 5ÿ do
transcrito. Esses primers foram estendidos até
as extremidades 5eg dos transcritos e os
produtos foram exibidos em um gel
desnaturante de poliacrilamida. Duas
transcrição
bandas estão presentes para os transcritos de
digitalizada pelo linker
controle e escaneados pelo linker devido à
transcrição
extensão ineficiente até o final do transcrito.
de controle
A posição de cada vinculador é indicada no
centro do segmento que substituiu. Uma barra
de 10 pares de bases - o comprimento das
substituições - é mostrada no canto superior esquerdo da figu
gene. Os plasmídeos nos quais segmentos de 10 nucleotídeos foram substituídos
por ligantes foram injetados em oócitos de Xenopus laevis juntamente com
plasmídeos de controle para medir a eficiência da injeção. Os resultados dessas
injeções são mostrados na Figura 6–10.
Estime a partir
classifique sua desses
importância Problemas
experimentos
relativa.
para asp6.12/6.10
a função A. das
localizações
do promotor e sequências que são críticas
B. Qual desses elementos, se houver, você acha que corresponde ao TATA

caixa?
6–35 A purificação de um fator de transcrição geralmente requer um ensaio rápido para

prevenir a inativação do fator antes que ele possa ser identificado. Um avanço
técnico importante foi usar um promotor ligado a uma sequência de DNA de 400
nucleotídeos que não continha nucleotídeos C. Quando o GTP é omitido da mistura
de ensaio (mas CTP, UTP e ATP estão incluídos), o único transcrito de RNA longo
é feito a partir da sequência de DNA sintético porque todos os outros transcritos
terminam quando um G é necessário. Esta configuração permite um ensaio rápido
de transcrição específica simplesmente medindo a incorporação de um nucleotídeo
radioativo na longa transcrição.
Para testar essa ideia, foram construídos dois plasmídeos que carregavam a
sequência sintética: um com um promotor do adenovírus (pML1), o outro sem um
promotor (pC1) (Figura 6-11A). Cada plasmídeo foi misturado com RNA polimerase
II puro, fatores de transcrição, UTP, ATP e 32P-CTP.
Além disso, foram adicionadas várias combinações de GTP, RNAse T1 (que cliva o
RNA adjacente a cada nucleotídeo G) e O-metil GTP (que termina a transcrição
sempre que G é incorporado) . Os produtos foram medidos por eletroforese em gel,
com os resultados mostrados na Figura 6–11B.
A. Por que o transcrito de 400 nucleotídeos está ausente da pista 4, mas presente nas
pistas 2, 6 e 8?
(A) PLASMIDOS DE TESTE (B) ENSAIOS DE TRANSCRIÇÃO IN VITRO
promotor de inserto plasmídeo C ML C ML C M L LMC

adenovírus –
GTP - + ++ + ++
sintético (400 pb)
RNase T1 ––––
+ +++
pML1 3' O-metil GTP –––––– ++
Figura 6–11 Caracterização da

vetor transcrição usando um molde sem
inserto nucleotídeos C (Problema 6–35).
(A) Estruturas de plasmídeos de teste. (B)
sintético (400 pb) 400 Resultados dos ensaios de transcrição em
nucleotídeos várias condições. Todas as reações contêm
pC1 RNA polimerase II, fatores de transcrição,
UTP, ATP e 32P-CTP. Outros componentes
12345678 estão listados acima de cada faixa. C é o
vetor plasmídeo pC1; ML é o plasmídeo pML1.
(A) CROMATOGRAFIA DE COLUNA (B) COGUMELOS MORTAIS Figura 6–12 Caracterização das
atividades da RNA polimerase
1 (Problema 6–36). (A) Picos de
sem ÿ-amanitina
traço de
atividade da RNA polimerase
1 µg/mL ÿ-amanitina 10
proteína
µg/mL ÿ-amanitina
após cromatografia em coluna.
As atividades foram medidas
2 na presença de várias
concentrações de -amanitina.
(B) O cogumelo Amanita
concentração
proteína
de
polimerase
atividade
RNA
de
phalloides. (Cortesia de Fred
Stevens.)
Amanita phalloides
10 20 30 40 50
número da fração
B. Você consegue adivinhar a origem da síntese na pista 3 quando o promotor

menos plasmídeo pC1 é usado?
C. Por que uma transcrição de cerca de 400 nucleotídeos está presente na faixa 5, mas não na
pista 7?
D. O objetivo no desenvolvimento deste engenhoso ensaio foi auxiliar nos Problemas de
purificação p6.14/6.12 de fatores
de transcrição; no entanto, esse processo começará com extratos celulares brutos, que
conterão GTP. Como você acha que pode avaliar a transcrição específica em extratos
brutos?
6–36 Quando as polimerases de RNA foram caracterizadas pela primeira vez em eucariotos, três picos
de atividade de polimerização (1, 2 e 3 na Figura 6–12A) eram comumente obtidos pelo
fracionamento de extratos celulares em colunas de cromatografia. Não ficou claro se esses
picos correspondiam a diferentes polimerases de RNA ou apenas a diferentes formas de
uma polimerase. A incubação das três frações de polimerase na presença de 1 ÿg/mL ou 10
ÿg/mL de -amanitina (do Amanita phalloides, o cogumelo mais mortal do mundo; Figura 6–
12B) deu os resultados mostrados na Figura 6–12A. Esses resultados defendem diferentes
RNA polimerases ou diferentes formas da mesma RNA polimerase? Explique sua resposta.
6–37 A grande subunidade da RNA polimerase II eucariótica em levedura tem um CTD

(domínio C-terminal) que compreende 27 repetições quase perfeitas da sequência
YSPTSPS. Se o gene da RNA polimerase II normal for substituído por um que codifica um
CTD com apenas 11 repetições, as células são viáveis a 30°C, mas são incapazes de
crescer a 12°C. Esta sensibilidade ao frio permite que os supressores sejam selecionados
para crescimento a 12°C. Alguns desses supressores provaram ser mutações dominantes
no gene previamente desconhecido Srb2.
Extratos preparados de levedura que não possuem o gene Srb2 não podem transcrever
os moldes de DNA adicionados, mas podem ser ativados para transcrição pela adição da
proteína Srb2. Para testar o papel de Srb2 na transcrição, os DNAs de plasmídeo com
uma sequência livre de G curta ou longa a jusante de um promotor (Figura 6-13A) foram
incubados separadamente na presença ou ausência de uma quantidade limitante de Srb2
[e na ausência de trifosfatos de nucleotídeos adicionados (NTPs) para que a transcrição
não pudesse começar]. As reações foram então misturadas e a transcrição foi iniciada em
vários momentos depois, adicionando uma mistura de todos os quatro NTPs que incluíam
32P-CTP (Figura 6-13B). Após uma breve incubação (para que a transcrição não tivesse
tempo de reiniciar), os produtos foram exibidos por eletroforese em gel. O modelo que foi
pré-incubado com Srb2 foi o que foi transcrito (Figura 6-13C). Por outro lado, se um excesso
de Srb2 foi misturado com um modelo durante a pré-incubação, a transcrição foi observada
em ambos os modelos após a mistura.
Figura 6–13 Experimentos para testar o

(A) MODELOS promotor
papel de Srb2 na transcrição (Problema 6–37).
eu
(A) Modelos curtos (S) e longos

promotor (L) sem G. (B) Desenho experimental.
S (C) Resultados experimentais. Os transcritos
dos moldes S e L foram visualizados
por autorradiografia.
(B) DESENHO DO EXPERIMENTO
ETABUCNIERP MISTURAR YASSA
Modelo L ou S, + Srb2
colher amostras,
analisar a transcrição
Modelo S ou L, – Srb2
0 09080706
tempo (minutos)
(C) RESULTADOS EXPERIMENTAIS
MODELOS
pré-incubação + Srb2 LS L+S – LLLL SSS S
pré-incubação - Srb2 ––– – SSSS LLL L
tempo de ensaio (min) 60 60 60 60 60 70 80 90 60 70 80 90
transcrição L
transcrição S
123456789 10 11 12
A. O Srb2 mostrou preferência por um dos moldes quando a pré-incubação foi

realizada com os moldes individuais ou a mistura (Figura 6–13C, pistas 1 a 3)?
B. Os resultados indicam que Srb2 atua estequiometricamente ou cataliticamente?

Como assim?
C. O Srb2 faz parte do complexo de proteínas que se forma no molde antes do

início da transcrição ou age após o início da transcrição?
Como você sabe?
Problemas
D. O que você acha que acontece durantep6.15/6.13
a pré-incubação que favorece tão
fortemente a transcrição do modelo que foi incluído na pré-incubação?
E. Esses resultados indicam que Srb2 se liga ao CTD da RNA polimerase

Eu?
6–38 Características detalhadas do sítio ativo da RNA polimerase foram investigadas

usando nucleotídeos de RNA modificados que podem reagir com alvos
próximos. Em um estudo, um análogo de U carregando um grupo químico
reativo (Figura 6-14A) foi incorporado em uma das duas posições em um RNA
radiomarcado e então “caminhou” para locais específicos em relação à
extremidade 3º da cadeia de RNA usando uma técnica como o descrito no
Problema 6–32 (Figura 6–14B). Quando o análogo foi então ativado, ele reagiu
quase exclusivamente com a adenina com a qual estava emparelhado na fita
molde do DNA ou com a polimerase (Figura 6-14C). Em ambas as séries de experimentos, o padrão
(A) RESÍDUO DE URINA REATIVO (B) TRANSCRIÇÕES REATIVAS (C) DADOS EXPERIMENTAIS
R primeira série: U* em + 20 EM* primeira série segunda série

2
HOCH2 23567 10 14 24 3678 1310 16
N+ 3
5 proteína
H
5' termina 6
N
O CH2 CH2 7
C H N
10 DNA
N
NH 14
O 24
N
H2C H N
3'
segunda série: U* at + 41 EM*
CH CH modelo termina
3
N de DNA
6
O 7
ARN N 8
corrente 10
13
16
Figura 6–14 Sondagem do sítio ativo da RNA polimerase (Problema 6–38). (A) A reatividade de um análogo de U com
adenina no DNA molde. A seta indica o local do ataque. (B) Locais do análogo de U na cadeia de RNA. Os números referem-
se ao número de nucleotídeos do U reativo até a extremidade 3 (C) O padrão de reação do U reativo com DNA e proteína.
A reatividade com DNA e proteína variou dependendo da posição do análogo

reativo em relação à extremidade 3 do RNA. Por que você supõe que o U
ativado reage tão fortemente com o DNA até certo ponto e então
abruptamente começa a reagir mais fortemente
proteína?com
Problemas
a p6.16/6.14
6–39 A estrutura intron-exon dos genes eucarióticos foi um choque. Nos

primeiros dias céticos, a demonstração mais convincente era visual, como
mostrado, por exemplo, pela micrografia eletrônica na Figura 6-15A. Essa
imagem foi obtida pela hibridização do mRNA da ovalbumina a um longo
segmento de DNA que continha o gene. Para aqueles acostumados a
observar ácidos nucléicos de fita simples e dupla no microscópio eletrônico,
a estrutura era clara: um conjunto de caudas e alças de fita simples
emanadas de um segmento central duplex cujas extremidades correspondiam
às extremidades do mRNA ( Figura 6–15B). Na medida do possível,
descreva a estrutura íntron-éxon desse gene.
6–40 A interação do U1 snRNP com as sequências nas extremidades 5º dos

íntrons geralmente envolve o pareamento entre os nucleotídeos no pré-
mRNA e aqueles no componente de RNA do U1 snRNP, conforme ilustrado
na Figura 6-16A. Mas dado o número relativamente pequeno de bases envolvidas,
HPARGORCIM NORCELE )A( NOITATERPRETNI (B)
5'
fim
3'
fim
200
nucleotídeos
Figura 6-15 Híbrido entre mRNA de ovalbumina e um segmento de DNA contendo seu gene (Problema 6-39). (A) Micrografia eletrônica. (B)
O híbrido com fundo eliminado. Cada uma das alças é formada por DNA de fita simples que emana de um duplex central de RNA-DNA.
(A) PRÉ-mRNA NORMAL (C) snRNAs U1 MUTANTE

COM PRÉ-mRNA MUTANTE
5'
U1 snRNA
5'
U1 snRNA
exon CAUUC poli-A não tratado – poli-A+ clivado
--AGGGUGAGG-- 3' emenda CAUUA
3' A
5' C
U1 snRNA G
(B) PRÉ-mRNA MUTANTE EM
CAUUG EM
5' A
U1 snRNA A
5' C
U1 snRNA
exão CAUUC A
emenda A
--AGGGUGAAU-- 3' BEM C
A
A
EM
EM
Figura 6–16 Caracterização do emparelhamento de U1 snRNP com pré-mRNA (Problema 6–40). (A) G
Interação de U1 snRNP com um pré-mRNA normal. (B) Interação de U1 snRNP com um pré- A
A
mRNA mutante. (C) snRNAs U1 mutantes.
C
A
A
A
EM
A
esse arranjo dificilmente é convincente. Uma série de experimentos testou a hipótese A
C
de que o pareamento de bases era crítico para a função de U1 snRNP no splicing. G
Conforme mostrado na Figura 6-16B, foi gerado um pré-mRNA mutante que não pôde EM
C
ser emendado. Vários snRNAs U1 mutantes foram então testados quanto à sua G
A
capacidade de promover o splicing do pré-mRNA mutante, com os resultados mostrados A
na Figura 6-16C. Esses experimentos argumentam que o emparelhamento dos EM
A
crítico para o papel de U1problemas
snRNP nobásicos p6.18/6.16
splicing? Em caso éafirmativo, como? EM
EM
6–41 A sequência AAUAAA a apenas 5 minutos do local de poliadenilação é um sinal A

C
crítico para a poliadenilação, como já foi verificado de várias maneiras. Uma confirmação C
A
elegante usou a modificação química para interferir nas interações de proteínas A
específicas. Moléculas de RNA contendo a sequência de sinal foram marcadas EM
radioativamente em uma extremidade e depois tratadas com dietilpirocarbonato, que EM
EM
pode modificar os nucleotídeos A e G, tornando o RNA sensível à quebra por EM
subsequente tratamento com anilina. As condições experimentais empregadas foram A

EM
tais que as moléculas de RNA continham cerca de uma modificação cada. Eles foram EM
EM
então clivados com anilina. A série resultante de fragmentos tem comprimentos que C
correspondem às posições de As e Gs no RNA (Figura 6-17, faixa 1). G

EM
EM
A
Para definir os nucleotídeos A e G críticos, os RNAs modificados, mas ainda EM
intactos, foram incubados com um extrato capaz de clivagem e poliadenilação. Os 5' C
RNAs foram então separados entre aqueles que adquiriram uma cauda poli-A (poli-A+) 1234
e aqueles que não adquiriram (poli-A–). Essas duas frações foram tratadas com anilina
Figura 6-17 Análise autorradiográfica de
e os fragmentos foram analisados por eletroforese em gel (Figura 6-17, pistas 2 e 3). experimentos para definir as purinas
Em uma segunda reação, o EDTA foi adicionado ao extrato juntamente com os RNAs importantes na clivagem e poliadenilação
modificados; isso não afeta a clivagem do RNA, mas evita a adição da cauda poli-A. do RNA (Problema 6-41). A sequência do
Esses RNAs clivados foram isolados, tratados com anilina e examinados por eletroforese RNA precursor é mostrada à esquerda
com a extremidade 5ÿ na parte inferior e a
(pista 4).
extremidade 3ÿ na parte superior. Todos os
modificados
problemas p6.22/6.17
por reaçãoRNAs
com dietilpirocarbonato.
foram
A. Em qual extremidade as moléculas de RNA iniciais foram marcadas? O RNA que não foi tratado com extrato (não
B. Explique por que as bandas correspondentes ao sinal AAUAAA (colchete na Figura 6–17) tratado) é mostrado na pista 1. O RNA que foi
tratado com extrato, mas não foi poliadenilado
estão ausentes no RNA poli-A+ e no RNA clivado.
(poli-A–) é mostrado na pista 2. O RNA que foi
C. Explique por que a banda na seta (o nucleotídeo normal ao qual o poli A é adicionado)
poliadenilado (poli-A+) no extrato é mostrado na pista
está faltando no RNA poli-A+, mas está presente no clivado 3. O RNA que foi clivado, mas não poliadenilado
ARN. (clivado) é mostrado na pista 4. Fragmentos de
D. Quais nucleotídeos A e G são importantes para a clivagem e quais nucleotídeos A e G RNA mais curtos correm mais rápido; isto
é, eles viajam mais para o fundo do gel durante a
são importantes para a adição da cauda poli-A?
eletroforese.
E. Quais informações adicionais podem ser obtidas marcando o RNA
moléculas na outra extremidade?
(A) RNA PRECURSOR DE HISTONA Figura 6–18 Processamento de RNAs

precursores de histonas (Problema 6–42).
humano
(A) Sequências de nucleotídeos de RNAs
5' ACCCAAAGGCUCUUUUCAGAGCCACCCAC UUAUUCCAAC GAAAGUAGCUGUGAAUAU 3' precursores de histonas. As setas horizontais indicam
as sequências repetidas invertidas capazes de
formar uma estrutura em haste-alça no precursor,
(B) OLIGONUCLEOTÍDEOS DE DNA a seta vertical indica o local da clivagem e o
humano 5' AC GAAAGTAGCTGTG 3' sombreado vermelho mostra a posição da região
rato 5' CG GAAAGAGCTGTT 3'

conservada. (B) oligonucleotídeos de DNA
usados nos experimentos. (C) Sequência de snRNA
consenso 5' AAA GAAAGAGCTGGT 3'
de U7 humano. A capa trimetilada, m3G, é
característica dos RNAs “U”. N refere-se a
(C) snRNA U7 HUMANO nucleotídeos cuja identidade era desconhecida.
5' m3G-NNGUGUUACAGCUCUUUUAGAUUUGUCUAGU 3'
6–42 Ao contrário da maioria dos mRNAs, os mRNAs de histonas não possuem caudas poli-A. Eles
são processados a partir de um precursor mais longo por clivagem de apenas 3½ de uma
estrutura de haste-alça em uma reação que depende de uma sequência conservada perto
do local de clivagem (Figura 6-18A). Um artigo clássico definiu o papel do U7 snRNP na
clivagem do RNA precursor da histona.
Quando extratos nucleares de células humanas foram tratados com uma nuclease
para digerir o RNA, eles perderam a capacidade de clivar o precursor da histona. A
adição de uma preparação bruta de snRNPs restaurou a atividade. O extrato também
pode ser inativado pelo tratamento com RNAse H (que cliva o RNA em um híbrido RNA-
DNA) na presença de oligonucleotídeos de DNA contendo a sequência conservada – o
local suspeito de interação snRNP no precursor da histona (Figura 6-18B ). Um tanto
surpreendentemente, os oligonucleotídeos de consenso de camundongos e mamíferos H ACA
bloquearam completamente o processamento de histonas, mas o oligonucleotídeo humano
não teve efeito. Os dois oligonucleotídeos inibidores também causaram o desaparecimento
de um snRNA de otídeo de 63 núcleos, que foi então parcialmente sequenciado e
identificado como U7 snRNA (Figura 6-18C).
A. Explique o projeto do experimento oligonucleotídeo. O que esses cientistas estavam

tentando realizar incubando o extrato com um oligonucleotídeo de DNA na presença de
RNAse H?
B. Uma vez que um extrato humano foi usado, você acha surpreendente que o oligonucleotídeo
humano não tenha inibido o processamento, enquanto os oligonucleotídeos de
camundongo e de consenso o fizeram? Você pode oferecer uma explicação para esse resultado?
6–43 Em eucariotos, duas classes distintas de snoRNAs, que são caracterizadas por motivos de
sequência conservada denominados caixas, são responsáveis pela 23-O-metilação e
pseudouridilação. Os snoRNAs box C/D direcionam a metilação de 2-O-ribose e os
snoRNAs box H/ACA direcionam a pseudouridilatação de RNAs alvo. Recentemente, um
novo snoRNA, chamado U85, mostrou conter ambos os elementos da caixa (Figura 6-19).
Você quer saber como esses elementos da caixa participam da função do U85 snoRNA.
O exame de possíveis substratos de RNAs revelou que o snoRNA U85 poderia emparelhar- C'
D'
se potencialmente com uma região do snRNA spliceossomal U5 que transporta dois
nucleotídeos 2ÿ-O-metilados, U41 e C45, e duas pseudouridinas, 43 e 46 (Figura 6-20A).
Para determinar se essas sequências de snRNA U5 eram substratos verdadeiros D'

para modulação por snoRNA U85, o segmento relevante de U5 foi inserido em uma região
do gene U2 snRNA para criar uma molécula híbrida U2-U5 distinta que poderia ser
C
prontamente seguida. Além disso, uma segunda molécula híbrida, U2–U5m, foi construída D
para conter um segmento mutante de U5, e um snoRNA U85 mutante, U85m, foi gerado
com alterações compensatórias nas sequências guia adjacentes às regiões box H e box
D, para que pudesse emparelhar com U2–U5m (Figura 6–20B). Figura 6–19 Estrutura secundária proposta do snoRNA
U85 humano (Problema 6–43).
Os elementos da caixa são indicados por caixas.
Quando os vetores de expressão para U2–U5, U2–U5m e U85m foram transfetados em As regiões consideradas importantes para o
células, os RNAs codificados demonstraram acumular-se normalmente. 2eg-O-metilação direcionamento da 2-O-metilação e da
e pseudouridilação na região crítica do pseudouridilação são destacadas em amarelo.
(A) TIPO SELVAGEM

TABELA 6–2 Modificação de potenciais nucleotídeos-alvo em várias transfecções (Problema 6–43).
G C
Modificações b G EM
U85 AAUCUU GUAAAGGGG caixa H
Moléculas transfectadas pseudouridina 2-O-Metil U2–U5 UUUAAAAAÿCAÿUUUC –39
U85 AGAUCUUUGGUAAU caixa D

U85a U85m U2–U5 U2–U5m U43 U46 U41 C45
1 + + – m m (B) MUTANTE
2+ + – – m –
+ – m m G C
3+ + G EM
U85m AUAGAA GUAAAGGGG caixa H
aO U85 endógeno está presente em todas U2–U5m UUAUCUUA ÿCAÿUUUC –39
as células. bNucleotídeos que foram convertidos em pseudouridina são indicados U85m AGUAGAAUGUAAU caixa D
por ; os nucleotídeos que foram 2second-O-metilados são indicados por um m.
As moléculas U2–U5 e U2–U5m foram detectadas por sequenciamento, conforme Figura 6–20 Análise de potenciais alvos de RNA
resumido na Tabela 6–2. para modulação por U85 snoRNA (Problema 6–43).
(A) Emparelhamento potencial entre as
Quais são as expectativas desses experimentos se as bases no U5 snRNA servirem
sequências guia no snoRNA U85 e um segmento
como bons alvos para a modificação dependente do U85 snoRNA? de U5 no snRNA U2–U5. O emparelhamento com a
Quais, se houver, dos nucleotídeos modificados naturalmente em U5 - riboses sequência guia adjacente à caixa H, que normalmente
metiladas em U41 e C45, e as pseudouridinas 43 e 46 - são dependentes do snoRNA direciona a pseudouridilação, é mostrado acima de
U2–U5. O emparelhamento com a sequência
U85? Explique seu raciocínio.
guia adjacente à caixa D, que normalmente direciona
a 2º-O-metilação, é mostrado abaixo de U2–U5.
LINKS MÉDICOS
Apenas um emparelhamento pode ocorrer por vez.
As pseudouridinas são indicadas com pontos e ,os
6–44 O tripanossoma, que é o microrganismo causador da doença do sono, pode variar
locais de 23-O-metilação são indicados com
seu revestimento glicoproteico de superfície e, assim, evadir-se das defesas
pontos. (B) Emparelhamento potencial entre as
imunológicas de seu hospedeiro. O promotor do gene da glicoproteína de superfície sequências guia mutantes em U85m snoRNA Problems
variável (VSG) mostrou-se difícil de localizar, mas foi mapeado medindo a sensibilidade p6.26/6.20 e o segmento mutante de U5
em U2–U5m.
do transcrito à irradiação ultravioleta (UV). Uma vez que as polimerases de RNA não
podem transcrever através de dímeros de pirimidina (o principal dano produzido pela
irradiação UV), a sensibilidade da transcrição à irradiação UV é uma medida da
distância entre o início da transcrição (o promotor) e o ponto em que a transcrição é
testada ( gene Vsg ).
A transcrição através de genes de rRNA foi utilizada para calibrar o sistema. A

unidade de transcrição do RNA 5S tem pouco mais de 100 nucleotídeos de
comprimento, enquanto os rRNAs 18S, 5.8S e 28S fazem parte de uma única unidade
de transcrição com cerca de 8 kb de comprimento (Figura 6-21A) . Os tripanossomas
foram expostos a doses crescentes de irradiação UV; seus núcleos foram então
isolados e incubados com 32P-NTPs para marcar radioativamente o RNA. O RNA
isolado dos núcleos foi hibridizado com sondas de DNA correspondentes ao gene 5S
RNA e várias partes do gene rRNA (Figura 6-21B). Gráficos do logaritmo das contagens
em cada ponto contra a dose de UV forneceram linhas retas (Figura 6-21C), com
inclinações proporcionais à distância da sonda de hibridização ao promotor.
Quando o experimento foi feito com uma sonda do início do gene Vsg , verificou-se
que a transcrição foi inativada cerca de sete vezes mais rápido para o gene Vsg do
que para a sonda 4 da unidade de transcrição ribossomal.
A. Por que a transcrição de RNA aumenta em sensibilidade à irradiação UV com

aumentar a distância do promotor?
B. Aproximadamente a que distância está o gene Vsg de seu promotor? Que suposição faz
você tem que fazer para estimar essa distância?
C. A transcrição através de outro gene, localizado cerca de 10 kb a montante do gene Vsg ,
foi cerca de 20% menos sensível à irradiação UV do que a transcrição
(A) MAPA DE TRANSCRIÇÃO Figura 6–21 Mapeamento UV do promotor em

tripanossomas (Problema 6–44).
18S 5.8S 28S (A) Estrutura da unidade de transcrição
do RNA ribossômico. As posições das sondas
de hibridização junto com um marcador de
escala são mostradas. A unidade de
1 2 3 4 transcrição começa na extremidade esquerda da seta.
1 KB
(B) Um dot blot de transcrições dos genes
sondas
5S RNA e rRNA. O dot blot é feito colocando
um excesso da sonda de DNA em pontos em
( ESNOPSER ESOD VU )B VU OT YTIVITISNES (C) um papel de filtro e, em seguida, hibridizando o
RNA radiomarcado com ele.
0 dose UV gene 5S (C) Sensibilidades das unidades de transcrição
100 a doses crescentes de irradiação UV.
5S RNA
1
rRNA1 _
rRNA 2 10 2
rRNA 3 3
( noitpircsnart
)lortnoc
%
fo
rRNA4
4
10 200 400 600 800
Dose de UV (ergs/mm2)
através do gene Vsg . Essa medição é consistente com a possibilidade de que esses
dois genes sejam transcritos do mesmo promotor? Explique seu raciocínio.
DO RNA À PROTEÍNA Problemas

p6.09/6.21
ajuste induzido por aminoacil-tRNA quadro de leitura

sintetase iniciador tRNA anticódon revisão ribossomo
cinética códon chaperona molecular iniciação ribozima
eucariótica fator mediado por nonsense (eIF) decaimento rRNA (ribossomal
do mRNA código genético proteassoma RNA)
tradução
tRNA (RNA de transferência)
DEFINIÇÕES
6–45 Grande complexo proteico no citosol e núcleo com atividade proteolítica responsável pela
degradação das proteínas marcadas para destruição.
6–46 Conjunto de regras que especificam a correspondência entre os trigêmeos de nucleotídeos

no DNA ou RNA e os aminoácidos nas proteínas.
6–47 tRNA especial que transporta metionina e é usado para iniciar a tradução.
6–48 Sequência de três nucleotídeos em um tRNA que é complementar a uma sequência de

três nucleotídeos em uma molécula de mRNA.
6–49 Molécula de RNA com atividade catalítica.
6–50 Sistema de vigilância em eucariotos que elimina mRNAs defeituosos antes que possam
ser traduzidos em proteínas.
6–51 fase de três nucleotídeos na qual os nucleotídeos em um mRNA são trans

transformado em aminoácidos em uma proteína.
6–52 Enzima que liga o aminoácido correto a uma molécula de tRNA para formar o intermediário
ativado usado na síntese de proteínas.
6–53 Proteína que ajuda outras proteínas a se dobrarem corretamente.
VERDADEIRO FALSO
6–54 O emparelhamento oscilante ocorre entre a primeira posição no códon e a terceira posição
no anticódon.
6–55 Durante a síntese de proteínas, a termodinâmica do pareamento de bases entre tRNAs e

mRNAs define o limite superior para a precisão com que as moléculas de proteína são
produzidas.
6–56 Para a sequência de RNA abaixo, indique os aminoácidos que são codificados nos três
quadros de leitura. Se lhe dissessem que esse segmento de RNA estava no meio de
um mRNA que codificava uma grande proteína, você saberia qual quadro de leitura foi
usado? Como assim? (O código genético é mostrado na Tabela 7 na página 966.)
AGUCUAGGCACUGA
6–57 Depois de tratar as células com um mutagênico químico, você isola dois mutantes.
Um carrega alanina e o outro carrega metionina em um local na proteína que
normalmente contém valina (Figura 6-22). Depois de tratar esses dois mutantes
novamente com o mutagênico, você isola os mutantes de cada um que agora carregam
treonina no local da valina original (Figura 6-22). Supondo que todas as mutações
envolvam alterações de um único nucleotídeo, deduza os códons usados para valina,
metionina, treonina e alanina no local afetado. Você esperaria ser capaz de isolar um
mutante de valina para treo nove em uma única etapa?
6–58 O código genético foi decifrado em parte por experimentos nos quais polinucleotídeos
de sequências repetidas foram usados como mRNAs para direcionar a síntese de
proteínas em extratos livres de células. No tubo de ensaio, foram usadas condições
artificiais que permitiram que os ribossomos iniciassem a síntese de proteínas em
qualquer lugar de uma molécula de RNA, sem a necessidade de um códon de início de
tradução, como exigido em uma célula viva. Que polipeptídeos você esperaria que
fossem sintetizados se os seguintes polinucleotídeos fossem usados como moldes em
tal extrato livre de células?
A. UUUUUUUUUUUUUU…
B. AUAUAUAUAUAU…
C. AUCAUCAUCAUC…
6–59 Em B. licheniformis, alguns aminoácidos são removidos do terminal C da enzima -lactamase

depois que ela é sintetizada. A sequência do C-terminal original pode ser deduzida
comparando-a com um mutante no qual o quadro de leitura é deslocado pela inserção
ou deleção de um nucleotídeo e a -lactamase mutante escapa da clivagem. As
sequências de aminoácidos da enzima de tipo selvagem purificada e o mutante
frameshift do aminoácido 263 para a extremidade C-terminal são apresentados abaixo. Terra segundo
primeiro tratamento tratamento
local de clivagem de proteínas
Val thr
tipo NMNGK
selvagem: mutante frameshift: NMIWQICVMKD
De
A. Qual foi o evento mutacional que deu origem ao mutante frameshift?
B. Deduza o número de aminoácidos na forma sintetizada da enzima de tipo selvagem e, Figura 6-22 Duas rodadas de mutagênese e
na medida do possível, a sequência do terminal C deletado. os aminoácidos alterados em uma única
posição em uma proteína (Problema 6-57).
6–60 Qual das seguintes mudanças mutacionais você prediz ser a

mais deletério para a função do gene? Explique suas respostas.
1. Inserção de um único nucleotídeo próximo ao final da sequência de codificação.
2. Remoção de um único nucleotídeo próximo ao início da sequência de codificação.
3. Deleção de três nucleotídeos consecutivos no meio da codificação
seqüência.
4. Deleção de quatro nucleotídeos consecutivos no meio da codificação
seqüência.
5. Substituição de um nucleotídeo por outro no meio da codificação
seqüência.
6–61 Considere as propriedades de dois códigos genéticos hipotéticos construídos com

os quatro nucleotídeos comuns: A, G, C e T.
A. Imagine que um código genético é construído de modo que pares de nucleotídeos
sejam usados como códons. Quantos aminoácidos diferentes esse código poderia
especificar?
B. Imagine que o outro código genético é um código trigêmeo; ou seja, usa três
nucleotídeos para especificar cada aminoácido. Nesse código, o aminoácido
especificado por cada códon depende apenas da composição do códon - não da
sequência. Assim, por exemplo, CCA, CAC e ACC, todos com a composição C2A,
codificariam o mesmo aminoácido. Quantos aminoácidos diferentes esse código
poderia especificar?
C. Você esperaria que os códigos genéticos em A e B levassem a dificuldades no
processo de tradução, usando mecanismos análogos aos usados na tradução do
código genético padrão?
6-62 Uma característica notável do código genético é que os aminoácidos com propriedades
químicas semelhantes geralmente têm códons semelhantes. Códons com U ou C
como segundo nucleotídeo, por exemplo, tendem a especificar aminoácidos
hidrofóbicos. Você pode sugerir uma possível explicação para esse fenômeno em
termos da evolução inicial da maquinaria de síntese de proteínas?
6–63 As regras para o pareamento oscilante de bases em bactérias e eucariotos são

mostradas na Tabela 6–3. No lado esquerdo da tabela, as regras são expressas
como uma base de códon wobble e seu reconhecimento por possíveis bases de
anticódon. [o anticódon base I (inosina) é uma modificação comum em tRNAs; é
gerado pela desaminação de A.] Reformule essas regras como bases anti-códon
particulares e seu reconhecimento por possíveis bases de códon, conforme sugerido
pela informação parcial no lado direito da tabela.
TABELA 6–3 Regras para emparelhamento de bases oscilantes entre códon e anticódon (Problema 6–63).
Base do Possível Base do Possível

códon base do anticódon base do
oscilante anticódon oscilante códon
Bactérias EM A, G ou eu Bactérias EM
C G ou eu C
A você ou eu A
G C ou U G
EU
Eucariontes EM G ou eu Eucariontes EM
C G ou eu C
A EM A
G C G
EU
6–64 Dadas as regras de oscilação para pareamento códon-anticódon em bactérias, o número mínimo
de diferentes tRNAs que seriam necessários para reconhecer todos os 61 códons é 31.
Qual é o número mínimo de diferentes tRNAs consistente com as regras de oscilação
usadas em eucariotas (ver Tabela 6-3)?
6–65 Uma mutação em um gene bacteriano gera um códon de parada UGA no meio do mRNA que
codifica o produto proteico. Uma segunda mutação na célula leva a uma alteração de um
único nucleotídeo em um tRNA que permite a tradução correta da proteína; ou seja, a
segunda mutação “suprime” o defeito causado pela primeira. O tRNA alterado traduz o
códon UGA como triptofano. Que mudança de nucleotídeo provavelmente ocorreu na
molécula de tRNA mutante? Que consequências teria a presença de tal tRNA mutante para
a tradução dos genes normais nesta célula?
6–66 Em um experimento inteligente realizado em 1962, uma cisteína que já estava ligada ao tRNACys
foi quimicamente convertida em alanina. Essas moléculas de ala nil-tRNACys foram então
adicionadas a um sistema de tradução livre de células do qual as moléculas normais de
cisteinil-tRNACys foram removidas.
Quando a proteína resultante foi analisada, descobriu-se que a alanina havia sido inserida
em todos os pontos da cadeia da proteína onde a cisteína deveria estar. Discuta o que
esse experimento diz sobre o papel das ami noacil-tRNA sintetases durante a tradução
normal do código genético.
6–67 O carregamento de um tRNA com um aminoácido ocorre de acordo com a reação
aminoácido + tRNA + ATP aminoacil-tRNA + AMP + PPi
onde PPi é pirofosfato, os fosfatos ligados que foram clivados do ATP para gerar AMP. No
aminoacil-tRNA, o aminoácido e o tRNA estão ligados por uma ligação de alta energia.
Assim, grande parte da energia derivada da hidrólise do ATP é armazenada nessa ligação
e está disponível para conduzir a formação de ligações peptídicas nos estágios posteriores
da síntese protéica. A mudança de energia livre (G°) para a reação de carregamento
mostrada acima é próxima de zero, de modo que não se espera que a ligação do
aminoácido ao tRNA seja dramaticamente favorecida. Você pode sugerir uma etapa
adicional que poderia ajudar a conduzir a reação de carregamento até a conclusão?
6–68 A proteína que você está estudando contém cinco leucinas e consiste em uma única
cadeia polipeptídica. Uma leucina é C-terminal e outra é N-terminal. Em uma suspensão
de células, o tempo médio necessário para sintetizar esse polipeptídeo é de 8 minutos. No
tempo zero, a leucina radioativa é adicionada a cinco suspensões diferentes de células que
já estão em processo de síntese da proteína. Você isola a proteína completa de suspensões
individuais em 2, 4, 6, 8 e 80 minutos. (Quaisquer cadeias polipeptídicas incompletas são
eliminadas nesta etapa.) As proteínas são então analisadas quanto à leucina radioativa
total e N-terminal. Com o aumento do tempo de exposição das células à leucina radioativa,
a razão entre a radioatividade N-terminal e a radioatividade total na proteína isolada deve:
A. Aumente para um valor nal de 0,2.

B. Permaneça constante em um valor de 0,2.
C. Diminuir para um valor nal de 0,2.
D. Uma resposta não pode ser determinada a partir desta informação.
6–69 É comumente relatado que 30–50% do orçamento de energia de uma célula é gasto na síntese
de proteínas. Como você acha que tal medição pode ser feita?
6–70 Uma fita de uma seção de DNA isolada de E. coli lê
ÿeg-3GTAGCCTACCCATAGG-ÿÿ5
A. Suponha que um mRNA foi transcrito usando o complemento dessa fita de DNA como
molde. Qual seria a sequência do mRNA nesta região?
ao controle
B. Quantos peptídeos diferentes poderiam potencialmente ser produzidos a partir dessa

sequência de RNA? Os mesmos peptídeos seriam produzidos se a outra fita do DNA ytivitcaoidar
nibolgomeh
e
adicionar inibidor
jantar
servisse como modelo para a transcrição?
C. Que peptídeo seria produzido se a tradução começasse exatamente na extremidade 5 do
mRNA na parte A? Quando o tRNAAla deixa o ribossomo, qual tRNA será ligado a cicloheximida
seguir? Quando o grupo amino da alanina forma uma ligação peptídica, quais ligações,
0 2 4 6 8
se houver, são quebradas, e o que acontece com o tRNAAla?
tempo (minutos)
6–71 Os mRNAs policistrônicos são comuns em procariotos, mas extremamente raros em
eucariotos. Descreva as principais diferenças na síntese de proteínas subjacentes a Figura 6–23 Efeitos dos inibidores
essa observação. edeína e cicloheximida na síntese
proteica em lisados de
reticulócitos (Problema 6–73).
6–72 Procariotos e eucariotos protegem contra os perigos da tradução de mRNAs quebrados. Que
perigos os mRNAs parciais representam para a célula? Problemas p6.28/6.23
6–73 O antibiótico edeína inibe a síntese de proteínas, mas não tem efeito na síntese de
DNA ou na síntese de RNA. Quando adicionada a um lisado de reticulócitos, a edeína
interrompe a síntese de proteínas após um curto intervalo, conforme mostrado na Figura
6-23. Em contraste, a cicloheximida interrompe a síntese proteica imediatamente (Figura
6-23). A análise do lisado inibido por edeína por centrifugação em gradiente de densidade
mostrou que nenhum polirribossomo permaneceu no momento em que a síntese da
proteína parou. Em vez disso, todo o mRNA da globina se acumulou em um pico 40S
anormal, que continha quantidades equimolares da pequena subunidade ribossômica e
do tRNA iniciador.
A. Qual etapa da síntese proteica a edeína inibe?
B. Por que há um atraso entre a adição de edeína e a interrupção da proteína
síntese? O que determina a duração do atraso?
C. Você esperaria que os polirribossomos desaparecessem se adicionasse ciclohex imida
ao mesmo tempo que edeína?
6–74 Em um lisado de reticulócitos, o polinucleotídeo 5eg-AUGUUUUUUUUU direciona a síntese

de Met–Phe–Phe–Phe. Na presença de farsomicina, um novo antibiótico aperfeiçoado
pela Fluhardy Pharmaceuticals, esse polímero direciona a síntese apenas de Met-Phe. A
partir dessas informações, qual das seguintes deduções você poderia fazer sobre a
farsomicina?
A. Previne a formação do complexo de iniciação 80S, que contém o
tRNA iniciador e ambas as subunidades ribossômicas.
B. Inibe a ligação de aminoacil-tRNAs ao sítio A no ribossomo.
C. Inativa a atividade da peptidil transferase da grande subunidade ribossômica.
D. Bloqueia a translocação do peptidil-tRNA do local A para o local P do
ribossomo.
E. Interfere na terminação da cadeia e na liberação do peptídeo.
6–75 Tanto as chaperonas moleculares semelhantes a hsp60 quanto as hsp70 compartilham uma
afinidade por manchas hidrofóbicas expostas em proteínas, usando-as como indicadores
de dobramento incompleto. Por que você acha que manchas hidrofóbicas servem como
sinais críticos para o estado de dobramento de uma proteína?
6–76 A maioria das proteínas requer chaperonas moleculares para auxiliar no seu correto
enovelamento. Como você acha que os próprios acompanhantes conseguem se dobrar
corretamente?
6–77 Seu orientador, o brilhante bioinformático, tem grande consideração por seu intelecto e
diligência. Ela sugere que você escreva um programa de computador que identifique os
éxons dos genes codificadores de proteínas diretamente da sequência do genoma
humano. Em preparação para essa tarefa, você decide escrever uma lista das
características que podem distinguir as sequências de codificação do DNA intrônico e as
sequências fora dos genes. Que características você listaria?
5 10 15 20 25 30 Figura 6-24 Curso de tempo de síntese de uma

kd proteína TMV em um lisado de coelho-reticulócito
(Problema 6-78). Nenhuma radioatividade foi
detectada durante os primeiros 3 minutos porque
116 as cadeias curtas saíram do fundo do gel. O
97 SDS desnatura as proteínas para que
funcionem aproximadamente de acordo com suas
68
massas moleculares.
Uma escala de massas moleculares em
56
kilodaltons é mostrada à esquerda.
40
31
20
5 10 15 20 25 30
tempo de amostragem (minutos)
CÁLCULOS
6–78 As taxas de crescimento da cadeia peptídica podem ser estimadas a partir de dados como
os mostrados na Figura 6–24. Nesta experiência, um vírus do mosaico do tabaco (TMV)
Problemas p6.29/6.24 O mRNA,
que codifica uma proteína de 116.000 daltons, foi traduzido em um lisado de reticulócitos
de coelho na presença de 35S-metionina. As amostras foram removidas em intervalos
de um minuto e submetidas a eletroforese em géis de SDS-poliacrilamida. Os produtos
de tradução separados foram visualizados por autorradiografia. Como é aparente na
Figura 6-24, os maiores polipeptídeos detectáveis ficam maiores com o tempo, até que
a proteína completa apareça em cerca de 25 minutos.
A. A taxa de síntese é linear com o tempo? Uma maneira simples de responder a essa
pergunta é determinar a massa molecular do maior peptídeo em cada amostra,
conforme determinado por referência aos padrões mostrados à esquerda na Figura
6-24 e, em seguida, plotar cada uma dessas massas em relação ao tempo em que a
amostra relevante foi coletada.
(A) RESULTADO ATUAL
B. Qual é a taxa de síntese de proteínas (em aminoácidos/minuto) neste experimento?
116
Suponha que a massa molecular média de um aminoácido seja 110 daltons.
68
56
C. Por que a autorradiografia tem tantas bandas em vez de apenas algumas bandas que ssam
ralucelom
)dk(
40
aumentam com o passar do tempo; isto é, por que o experimento produz o resultado
“real” (Figura 6-25A) em vez do resultado “teórico” (Figura 6-25B)? Você consegue 30
pensar em uma maneira de manipular as condições experimentais para produzir o

resultado teórico? tempo
6–79 O peso molecular médio das proteínas codificadas no genoma humano é de cerca RESULTADO TEÓRICO
(B)
de 50.000. Algumas proteínas são muito maiores do que esta média.
116
Por exemplo, a proteína chamada titina, produzida pelas células musculares, tem um
68
peso molecular de 3.000.000.
56
A. Estime quanto tempo uma célula muscular levará para traduzir um mRNA que codifica ssam
ralucelom
)dk(
40
uma proteína média e outro que codifica uma titina. A massa molecular média dos
aminoácidos é de cerca de 110 daltons. Suponha que a taxa de tradução seja de dois 30
aminoácidos por segundo.

B. Se os nucleotídeos na porção codificadora do mRNA constituem 5% do total que é tempo
transcrito, quanto tempo uma célula muscular levará para transcrever um gene para Figura 6–25 Resultados potenciais de
uma proteína média versus o gene da titina. Suponha que a taxa de transcrição seja experimentos sobre taxas de síntese proteica
de 20 nucleotídeos por segundo. (Problema 6–78).
6–80 A síntese de proteínas consome quatro ligações de fosfato de alta energia por aminoácido
adicionado. A transcrição consome duas ligações de fosfato de alta energia por
nucleotídeo adicionado. Calcule quantas moléculas de proteína terão sido produzidas
a partir de um mRNA individual no ponto em que o custo energético da tradução for
igual ao custo energético da transcrição. Assuma que os nucleotídeos na porção
codificante do mRNA constituem 5% do total que são transcritos.
6–81 A precisão geral da síntese de proteínas é difícil de medir porque os erros são
muito raros. Uma abordagem engenhosa usou agelina (peso molecular 40.000). A
flagelina é a única proteína na agela bacteriana e, portanto, fácil de purificar. Como a
agelina não contém cisteína, ela permite a detecção sensível de cisteína que foi
incorporada incorretamente na proteína.
Para gerar cisteína radioativa, as bactérias foram cultivadas na presença de

35SO4 2– (atividade específica 5,0 × 103 cpm/pmol) por exatamente uma geração
com excesso de metionina não marcada no meio de crescimento (para evitar a
incorporação do marcador 35S na metionina) . A flagelina foi purificada e analisada: 8
ÿg de agelina continham 300 cpm de radioatividade 35S.
A. Das moléculas de agelina que foram sintetizadas durante o período de marcação, que
fração continha cisteína? Suponha que a massa de agelina duplique durante o período
de rotulagem e que a atividade específica da cisteína na agelina seja igual à atividade
específica do 35SO4 2– usado para rotular as células.
B. Na agelina, a cisteína é mal incorporada nos códons de arginina CGU e CGC. Em

termos de interação anticódon-códon, que erro é cometido durante a incorporação
incorreta de cisteína por arginina?
C. Dado que existem 18 argininas na agelina e assumindo que todos os códons de arginina
são igualmente representados, qual é a frequência de erro de leitura de cada códon
de arginina sensível (CGU e CGC)?
D. Supondo que a frequência de erro por códon calculada acima se aplica igualmente a
todos os códons de aminoácidos, calcule a porcentagem de moléculas que são
sintetizadas corretamente para proteínas de 100, 1.000 e 10.000 aminoácidos de
comprimento. A probabilidade de sintetizar uma proteína correta é P = (1 – E)n, onde
E é a frequência de erro en é o número de aminoácidos adicionados.
TRATAMENTO DE DADOS
6-82 Muitos dos erros na síntese de proteínas ocorrem porque as tRNA sintetases têm dificuldade
em discriminar entre aminoácidos relacionados. Por exemplo, a isoleucil-tRNA sintetase
(IleRS) normalmente ativa a isoleucina.
IleRS + Ile + ATP IleRS(Ile-AMP) + PPi
A uma frequência de cerca de 1/180 da ativação correta, o IleRS ativa incorretamente

a valina.
IleRS + Val + ATP IleRS(Val-AMP) + PPi
A síntese de proteínas é mais precisa do que essa frequência pode sugerir porque a
sintetase subseqüentemente edita a maioria de seus erros, em uma reação que
depende da presença de tRNAIle.
IleRS(Val-AMP) + tRNAIle IleRS + Val + AMP + tRNAIle (EDIÇÃO) e tRNAIle é,
obviamente, também necessário para a adequada aminoacilação (carga) pela

isoleucina para produzir Ile-tRNAIle.
IleRS(Ile-AMP) + tRNAIle Ile-tRNAIle + IleRS + AMP (CARREGANDO)
As partes do tRNAIle necessárias para o carregamento de isoleucina são as mesmas

necessárias para a edição de valina?
(A) ESTRUTURAS de tRNA (B) CARREGAMENTO E EDIÇÃO DE tRNA
tRNAVal tRNAIle
haste
aceitadora 100
edição de valina de
carregamento de isoleucina
Circuito TÿC
loop D
(porcentagem)
atividade
tRNAIle
relativa
ao
50
UAC NOITE
alça de
anticódon UAC FECHAR FECHAR FECHAR FECHAR FECHAR FECHAR
Figura 6–26 Partes do tRNAIle responsáveis pela carga e edição (Problema 6–82). (A) tRNAVal e tRNAIle. (B) Carga de isoleucina e
edição de valina. Os tRNAs quiméricos compostos por bits de tRNAVal (verde) e tRNAIle (azul) são mostrados abaixo dos resultados para
carregamento de isoleucina (barras vermelhas) e edição de valina (barras amarelas).
Problemas p6.31/6.26 Uma

abordagem para esta questão é fazer alterações no tRNAIle para ver se as duas
atividades acompanham uma à outra. Em vez de alterar a sequência nucleotídeo por
nucleotídeo, foram feitos blocos de alterações de sequência, usando o tRNAVal como
doador. O tRNAVal por si só não estimula o carregamento de isoleucina ou a edição
de valina por IleRS. A mudança de seu anticódon de 5eg-CAU para 5eg-GAU, no
entanto, permite que ele seja cobrado de forma bastante eficiente pelo IleRS. Uma
variedade de tRNAs quiméricos foram feitos combinando pedaços de tRNAIle e
tRNAVal. A capacidade de cada quimera para estimular o carregamento de isoleucina
e a edição de valina foi então testada, conforme mostrado na Figura 6-26.
A. O que (no mínimo) deve ser inserido no tRNAVal para permitir a isoleucina
cobrando por IleRS?
B. O que (no mínimo) deve ser inserido no tRNAVal para permitir a edição da valina
por IleRS?
C. O IleRS reconhece as mesmas características do tRNAIle quando catalisa o
carregamento de isoleucina e quando realiza a edição de valina? Explique sua
resposta.
6–83 Considere o seguinte experimento sobre a síntese coordenada das cadeias e da

hemoglobina. Os reticulócitos de coelho foram marcados com 3H-lisina por 10
minutos, tempo muito longo em relação ao tempo necessário para a síntese de uma
única cadeia de globina. Os ribossomos, com cadeias de globina nascentes anexadas,
foram então isolados por centrifugação para dar uma preparação livre de cadeias de
globina solúveis (acabadas). As cadeias de globina nascentes foram digeridas com
tripsina, que dá peptídeos que terminam em lisina ou arginina C-terminal. Os
peptídeos foram então separados por cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC)
e sua radioatividade foi medida. Um gráfico da radioatividade em cada peptídeo
versus a posição das lisinas nas cadeias (numeradas a partir do N-terminal) é
mostrado na Figura 6-27.
A. Esses dados permitem que você decida qual extremidade da cadeia de globina (N- ou
C-terminal) é sintetizado primeiro? Como assim?
B. Em que proporção as duas cadeias de globina são produzidas? Você pode estimar os
números relativos de moléculas de mRNA - e -globina a partir desses dados?
C. Quanto tempo uma cadeia de proteína fica ligada ao ribossomo uma vez que o
códon de terminação foi atingido?
D. Já foi sugerido que o heme é adicionado às cadeias de globina nascentes durante
sua síntese e, além disso, que os ribossomos devem esperar pela
(A)
2000
cadeia ÿ
ytivitcaoidar
editado
por
1000
editpep )mpc( fornecer

ytivitcao
se
uma corrente
0
20 40 60 80 100 120 140 (B)
número de resíduo
Figura 6–27 Síntese das cadeias - e -globina (Problema ytivitcaoidar

editado
por
6–83).
Problemas p6.32/6.27 inserção

de heme antes que eles possam prosseguir. As linhas retas na Figura 6-27
indicam que os ribossomos não param significativamente, e acredita-se que o
heme seja adicionado após a síntese. Entre os gráficos mostrados na Figura (C)
6-28, escolha aquele que teria resultado se houvesse um bloqueio significativo
para o movimento do ribossomo na metade do mRNA da globina.
ytivitcaoidar
editado
por
6–84 Os códons de terminação em bactérias são decodificados por uma de duas proteínas.
O fator de liberação 1 (RF1) reconhece UAG e UAA, enquanto o RF2 reconhece
UGA e UAA. Para RF2, uma comparação da sequência de nucleotídeos do gene
com a sequência de aminoácidos da proteína revelou uma surpresa surpreendente,
número de resíduo
que está contida nas sequências mostradas abaixo do gene na Figura 6-29 . As
sequências do gene e da proteína foram verificadas cuidadosamente para
Figura 6-28 Curvas hipotéticas para a
descartar quaisquer artefatos. síntese de globina com um obstáculo ao
A. Qual é a surpresa? movimento do ribossomo no ponto médio
B. Que hipótese sobre a regulação da expressão de RF2 é sugerida do mRNA (Problema 6-83). Esses
gerado por esta observação? Problemas
diagramas
gráfico
p6.33/6.28
da Figura
esquemáticos
são
6–27.
análogos
dos ao
6–85 Você está estudando a síntese de proteínas em Tetrahymena, que é um ciliado lular
unicelular. Você tem boas e más notícias. A boa notícia é que você tem o primeiro
bit de dados de sequência de proteína e ácido nucleico para o terminal C de uma
proteína Tetrahymena , conforme mostrado abaixo:
IMYKQVAQ T QL*
AUU AUG UAU AAG UAG GUC GCA UAA ACA CAA UUA UGA GAC UUA
A má notícia é que você não conseguiu traduzir uma preparação de

Tetrahymena mRNA em um lisado de reticulócitos, que é um sistema padrão
para analisar a síntese de proteínas in vitro. A preparação de mRNA parece boa
por todos os critérios, mas os produtos da tradução são principalmente pequenos
polipeptídeos (Figura 6-30, faixa 1).
MFEI APG *
ATGTTTTGAAATT GCACCGGGGTAG
1 500 0001 0051
GGGTATCTTTGACTACGACGCC
GYLDYD A
Figura 6–29 Representação esquemática do gene para RF2 (Problema 6–84). A sequência
de codificação é mostrada como uma linha azul, com as sequências no início e no fim
mostradas para referência.
Figura 6–30 Tradução do mRNA de TMV e Tetrahymena em um lisado de reticulócitos Tetrahymena +–+ ++
na presença e ausência de vários componentes de Tetrahymena (Problema ARN
6–85). As massas moleculares das proteínas marcadoras são indicadas em kilodaltons Citoplasma –––
++
à esquerda. tetrahymena
TMV mRNA – + + +–
kd
220
Para descobrir o que está errado, você faz uma série de experimentos de controle
116
usando um mRNA puro do vírus do mosaico do tabaco (TMV) que codifica uma proteína 94
de 116 kd. O mRNA do TMV sozinho é traduzido apenas fino no sistema in vitro ,
68
dando uma banda principal em 116 kd - o produto esperado - e uma banda muito menor
cerca de 50 kd maior (Figura 6-30, pista 2). Quando o RNA de Tetrahymena é 40
adicionado, há uma diminuição na menor das duas bandas e um aumento significativo
na maior (pista 3). Quando algum citoplasma de Tetrahymena (menos os ribossomos) 31
é adicionado, o mRNA de TMV agora fornece principalmente o produto de maior massa
molecular (pista 4); além disso, para sua alegria, o mRNA de Tetrahymena anteriormente 22
inativo parece agora ser traduzido (pista 4). Você confirma isso deixando de fora o
mRNA do TMV (pista 5).
123 4 5
A. O que há de incomum nos dados de sequência da proteína Tetrahymena ?

B. Como você acha que a menor das duas bandas de maior massa molecular é produzida
a partir de mRNA de TMV puro no lisado de reticulócitos (pista 2)?
C. Explique a base para a mudança nas proporções das proteínas TMV principais e
secundárias após a adição de Tetrahymena RNA sozinho e em combinação com o Problemas p6.36/6.30
citoplasma de Tetrahymena . Quais componentes de Tetrahymena provavelmente serão
necessários para a tradução eficiente do mRNA de Tetrahymena ?
D. Comente as implicações evolutivas de seus resultados.
Acredita-se que as chaperonas moleculares 6–86 Hsp70 se liguem a regiões hidrofóbicas de

polipeptídeos nascentes nos ribossomos. Essa ligação foi difícil de demonstrar para
dnaK, que é uma das duas principais chaperonas hsp70 em E. coli. Em uma abordagem,
as proteínas nascentes foram marcadas com um pulso de 15 segundos de 35S-
metionina, isoladas na ausência de ATP e depois incubadas com anticorpos contra
dnaK. Uma coleção de proteínas marcadas foi precipitada como mostrado na Figura
6-31A, pista 1. As proteínas não foram precipitadas se fossem tratadas previamente
com o detergente forte SDS (faixa 2), ou se fossem isoladas de uma cepa mutante
faltando dnaK ( dnaK-deleção, faixa 3). Se as células com deleção de dnaK marcadas
fossem misturadas com células de tipo selvagem não marcadas antes de as proteínas
serem isoladas, os anticorpos de dnaK não precipitavam as proteínas marcadas (pista
4). Finalmente, se metionina não marcada fosse adicionada em excesso após o pulso
de 35S-metionina, as proteínas marcadas desapareciam com o tempo (Figura 6-31B).
A. A série de experimentos de controle na Figura 6-31A, pistas 2 a 4, argumenta que o

dnaK está ligado às proteínas marcadas de maneira significativa (em oposição a uma Figura 6–31 Associação de dnaK com
agregação aleatória, por exemplo)? proteínas nascentes (Problema 6–
86). (A) Proteínas marcadas com pulso
imunoprecipitadas por anticorpos para
dnaK. Bactérias do tipo selvagem (pista 1);
kd (A) PULSO (B) PERSEGUIÇÃO
bactérias de tipo selvagem tratadas com
97
SDS (pista 2); cepa de deleção de dnaK
66 DNA (pista 3); e mistura de cepa de deleção de
45 dnaK marcada e cepa de tipo selvagem não marcada (pista 4).
36 Os marcadores de tamanho são indicados à
29
esquerda e a posição de dnaK é indicada à
24
direita. (B) Experimento de perseguição de pulso.
20 Bactérias de tipo selvagem marcadas por 15
segundos com 35S-metionina foram então
14 incubadas por tempos variados na presença
de um excesso de metionina não marcada
12 43 0,50,25 2 1 1864 0 tempo (minutos) antes da imunoprecipitação por anticorpos
número da pista contra dnaK.
proteína Figura 6–32 Redobramento de proteínas

proteína sítios de ligação dobrada pela chaperona bacteriana GroEL
dobrada Limite GroES
de proteínas corretamente (Problema 6–87). Uma proteína mal
incorretamente hidrofóbicos
dobrada é inicialmente capturada por
ATP interações hidrofóbicas ao longo
de uma borda do barril. A ligação
subsequente de ATP mais o cap GroES
aumenta o tamanho da cavidade e
ADP aprisiona a proteína no espaço fechado,
+ Pi onde ela tem uma nova oportunidade
de se dobrar. Após cerca de 15
complexo segundos, a hidrólise do ATP ejeta a
proteico tipo hsp60 proteína, dobrada ou não, e o ciclo se repete.
B. Quando o ATP estava presente durante o isolamento das proteínas, os anticorpos

contra dnaK não precipitaram nenhuma proteína. Como você acha que o ATP
pode interferir na precipitação de proteínas marcadas?
que você supõe que as proteínas
marcada? Problemas
de excessop6.39/6.32
marcadas C. Por
de metionina
desapareceram
não com o tempo na presença
D. Esses experimentos mostram que dnaK se liga a proteínas conforme elas são
sintetizadas nos ribossomos? Por que ou por que não?
6–87 As chaperonas moleculares semelhantes a Hsp60 fornecem uma grande cavidade central na
qual as proteínas mal dobradas podem tentar se redobrar. Dois modelos, que não são
mutuamente exclusivos, podem ser considerados para o papel dos acompanhantes do
tipo hsp60 no processo de redobramento. Eles podem agir passivamente para fornecer
uma câmara de isolamento que auxilia o dobramento de proteínas, evitando a agregação
com outras proteínas. Alternativamente, chaperonas semelhantes a hsp60 podem
desdobrar ativamente proteínas mal dobradas para remover estruturas intermediárias
estáveis, mas incorretas, que bloqueiam o dobramento adequado. O envolvimento da
ligação e hidrólise do ATP e as alterações conformacionais associadas das chaperonas
semelhantes a hsp60 podem ser usadas em favor de qualquer um dos modelos.
Em bactérias, a chaperona semelhante a hsp60, GroEL, liga-se a uma proteína
mal dobrada, depois liga-se ao ATP e ao cap GroES e, após cerca de 15 segundos,
hidrolisa o ATP e ejeta a proteína (Figura 6-32) . Para distinguir entre um papel
passivo e ativo para GroEL no redobramento, você rotula uma proteína
desnaturando-a em água tritiada, 3H2O. Quando o desnaturante é removido e a
proteína é transferida para água normal, 1H2O, a maior parte da radioatividade é
perdida em 10 minutos, mas um núcleo estável de 12 átomos de trítio é trocado
em uma escala de tempo muito maior - um comportamento típico de átomos de
hidrogênio de amida envolvidos em ligações de hidrogênio estáveis. O rompimento
desses laços permitiria sua troca em alguns milissegundos.
Você prepara o substrato radioativo e o mistura imediatamente com um leve
excesso molar de GroEL, e então espera 10 minutos para que os átomos de trítio
que trocam rapidamente sejam perdidos. A adição de GroES ou ATP isoladamente
não tem efeito na troca, conforme mostrado pela curva superior na Figura 6-33. A
adição de GroES e ATP causa uma rápida perda de trítio (Figura 6-33, curva
inferior). A adição de GroES mais ADP não tem
30
20
Adição
picomole)
(átomos/
restante
trítio
10 GroES ou ATP
GroES + ATP
0
Figura 6–33 Efeitos dos componentes
10 20 30 40 tempo 50 60 da chaperona nas taxas de troca de trítio
(minutos) (Problema 6–87).
decote Figura 6–34 Proteínas de fusão codificadas

por três plasmídeos de levedura (Problema 6–88).
ubiquitina ÿ -galactosidase Após expressão em levedura, as proteínas
M MG k de fusão são clivadas nas ligações
peptídicas indicadas pela seta. As
M G EU k
moléculas de -galactosidase liberadas pela
M G R k clivagem diferem apenas em seus N-terminais.
78 resíduos 1045 resíduos
eect, mas GroES mais AMPPNP, um análogo não hidrolisável de ATP, promove uma
troca rápida que é indistinguível de GroES mais ATP.
A. Após a adição de componentes ao complexo de proteína tritiada e GroEL, demorou no
mínimo 45 segundos para separar a proteína do marcador de trítio liberado. A troca de
trítio ocorreu dentro de um ciclo de ligação e ejeção pelo GroEL, que leva cerca de 15
segundos, ou pode ter exigido mais de um ciclo? Explique sua resposta.
B. Os resultados suportam um modelo de câmara de isolamento passivo, ou um modelo de

desdobramento ativo, para ação de GroEL? Explique seu raciocínio.
6–88 O tempo de vida das proteínas é apropriado para suas tarefas in vivo : as proteínas
estruturais tendem a ter vida longa; proteínas reguladoras são geralmente de curta duração.
Em células eucarióticas, os tempos de vida são fortemente influenciados pelo aminoácido
N-terminal Problema p6.43/6.34 . Os primeiros experimentos que revelaram esses efeitos
usaram proteínas híbridas consistindo de ubiquitina fundida a -galactosidase, conforme
mostrado na Figura 6-34. Quando os plasmídeos que codificam essas proteínas foram
introduzidos na levedura, as proteínas híbridas foram sintetizadas, mas a ubiquitina foi
clivada exatamente na junção com a -galactosidase, gerando proteínas com diferentes
terminais N (Figura 6-34).
Para medir as meias-vidas dessas moléculas de -galactosidase, células de levedura
contendo os plasmídeos foram cultivadas por várias gerações na presença de um
aminoácido radioativo. A síntese proteica foi então bloqueada com o inibidor cicloheximida
(CHX). A taxa de degradação da -galactosidase foi determinada removendo amostras das
culturas em vários momentos, purificando a -galactosidase e medindo a quantidade de
radioatividade associada após eletroforese em gel SDS. Os resultados no ponto de tempo
de 5 minutos são mostrados na Figura 6–35A, e um gráfico representando os resultados
para todos os pontos de tempo é mostrado na Figura 6–35B.
A. Usando técnicas de DNA recombinante, teria sido direto gerar uma série de plasmídeos
nos quais o primeiro códon no gene da -galactosidase foi alterado. Por que você acha
que essa abordagem mais direta não foi tentada?
B. Estime a meia-vida (tempo em que metade do material foi degradado) de cada uma das
três espécies de -galactosidase.
Figura 6–35 Análise das meias-vidas de

HPARGOIDAROTUA (A) SCITENIK NOITADARGED )B(
proteínas com diferentes terminais N (Problema
M-ÿ-gal 6–88). (A) Separação eletroforética da
MEU R 100
-galactosidase radioativa. Anticorpos dirigidos
contra -galactosidase foram usados para
I-ÿ-gal precipitar a proteína. As bandas acima da
(porcentagem)
-galactosidase
ÿ
-galactosidase carregam uma ou mais moléculas

de ubiquitina que foram ligadas como um
10
prelúdio para a degradação proteossomal.
Os aminoácidos N-terminais são indicados acima
das pistas. (B) Desaparecimento de
R-ÿ-gal
-galactosidases (-gal) com o tempo após o
ÿ -galactosidase
1
término da síntese proteica pela adição de
cicloheximida (CHX). O nível de -galactosidase
0 30 60 90 é expresso como uma porcentagem do presente
tempo após adicionar CHX imediatamente após o bloqueio da síntese proteica.
(minutos)
O MUNDO DO RNA E AS ORIGENS DA VIDA 5'-GCA

COM
CCG
EM
PRAZO PARA APRENDER 3’-C-G-U GGC
mundo do RNA CA
Figura 6–36 Um hairpin de RNA com uma

DEFINIÇÕES
alça interna simétrica (Problema 6–94).
6–89 Um estado hipotético de evolução que existia na Terra antes do surgimento das células
modernas, no qual o RNA armazenava informações genéticas e catalisava reações
químicas em células primitivas.
VERDADEIRO FALSO
Decida se a afirmação é verdadeira ou falsa e explique por quê.

6–90 Acredita-se que as enzimas proteicas superam em muito as ribozimas nas células
modernas porque podem catalisar uma variedade muito maior de reações e todas
elas têm taxas mais rápidas do que qualquer ribozima.
6–91 O que há de tão especial no RNA que é considerado um precursor evolutivo do DNA e
da proteína?
6–92 Discuta a seguinte declaração: “Durante a evolução da vida na Terra, o RNA foi
rebaixado de sua posição gloriosa como o primeiro catalisador replicador. Seu
papel agora é o de mero mensageiro no fluxo de informações do DNA para a
proteína”.
6–93 Imagine um lago quente na Terra primordial. Os processos aleatórios acabaram de

montar uma única cópia de uma molécula de RNA com um sítio catalítico que pode
realizar a replicação do RNA. é a molécula de RNA se dobra em uma estrutura
que é capaz de ligar nucleotídeos de acordo com as instruções em um modelo de
RNA. Dado um suprimento adequado de nucleotídeos, essa única molécula de
RNA será capaz de usar a si mesma como um molde para catalisar sua própria
replicação? Por que ou por que não?
6–94 Se uma molécula de RNA pudesse formar um grampo com uma alça interna simétrica,
como mostrado na Figura 6–36, o complemento desse RNA poderia formar uma
estrutura semelhante? Em caso afirmativo, haveria regiões das duas estruturas
que são idênticas? Quais?
6–95 O que há no DNA que o torna um material melhor do que o RNA para o armazenamento
de informações genéticas?
6–96 Uma molécula de RNA com a capacidade de catalisar a replicação do RNA – a ligação
dos nucleotídeos do RNA de acordo com as informações em um molde de RNA –
teria sido uma ribozima chave no mundo do RNA. Seu orientador deseja
desenvolver tal replicase de RNA in vitro por seleção e amplificação de moléculas
funcionais raras de um pool de sequências aleatórias de RNA. A dificuldade tem
sido conceber uma estratégia que modele um primeiro passo razoável e que possa
ser encaixado em um esquema de seleção in vitro . Quando você chegou ao
laboratório hoje, encontrou o esquema mostrado nas Figuras 6–37 e 6–38 em sua
mesa com uma nota de seu orientador informando que ele deseja conversar com
você sobre isso amanhã, quando voltar de uma viagem fora de casa. passeio pela
cidade. Ele até deixou algumas perguntas para “focar” a discussão.
A. Conforme mostrado na Figura 6–37, a atividade selecionada é a ligação de um “tag”
de oligonucleotídeo ao final da molécula de RNA catalítico. Como essa reação é
um análogo da adição de nucleotídeo ao final de um iniciador em um molde de
RNA?
B. Por que é importante no esquema de seleção na Figura 6–38 que a “tag”
O RNA estaria ligado ao mesmo RNA que catalisou sua ligação?
O MUNDO DO RNA E AS ORIGENS DA VIDA 131
PP
ppp aleatório ppp
G CG CG
seqüência
'
etiqueta de 5' C 3' N220 3 5' marcação N220 3' etiqueta de 5' N220 3'
substrato pool de RNA
C. Por que o pool inicial de moléculas de RNA tem regiões constantes em cada Figura 6–37 Reação catalisada por
ribozima selecionada neste esquema para
extremidade e um segmento aleatório no meio? Que papéis específicos esses
evolução in vitro (Problema 6–96). A
segmentos desempenham no esquema geral?
sequência aleatória no pool de RNA tem 220
D. Como uma molécula de RNA catalítico é selecionada do pool e especificamente nucleotídeos de comprimento (N220). A
amplificado? Problemas p6.47/6.37 E. Por extremidade 3ÿ do oligonucleotídeo substrato é
que você acha que é necessário repetir os ciclos de seleção e amplificação? Por que não complementar à extremidade 5ÿ constante das
moléculas de RNA do pool, de modo que pode
simplesmente purificar as ribozimas no final do primeiro ciclo?
emparelhar com os RNAs do pool, conforme mostrado.
CÁLCULOS
6–97 Maldições! Seu orientador lhe enviou um e-mail com ainda mais perguntas sobre seu
esquema de seleção para desenvolver uma replicase de RNA (consulte as Figuras 6–
37 e 6–38).
R. Ele acha que você será capaz de gerar cerca de um miligrama de RNA para iniciar a
seleção. Quantas moléculas estarão presentes nessa quantidade de RNA? (Suponha
que um nucleotídeo de RNA tenha uma massa de 330 daltons e que as moléculas de
RNA tenham 300 nucleotídeos de comprimento.)
B. Quantas moléculas diferentes são possíveis se o segmento central de 220 nucleotídeos
for completamente aleatório? Que fração de todas as moléculas possíveis estará
presente em sua amostra de 1 mg?
C. Se a reação de ligação só pudesse ser catalisada por uma única sequência única de
50 nucleotídeos de RNA, quais seriam suas chances de sucesso? O que o sucesso
geral de tais esquemas de seleção implica sobre a gama de moléculas de RNA que
são capazes de catálise?
TRATAMENTO DE DADOS
6–98 Depois que você e seu orientador resolveram os detalhes do esquema de seleção, o
trabalho foi bem rápido. Agora você realizou 10 rodadas de seleção com os resultados
mostrados na Tabela 6–4. Você clonou e sequenciou 15 moléculas de RNA individuais
do pool 10: não há duas
ppp p
etiqueta de 5' N220 Figura 6-38 Uma rodada no esquema de
5' CG conta de
seleção cíclica para amplificar ribozimas
agarose
marcação
individuais de um pool aleatório (Problema 6-96).
ELUTE,
TRANSCRIÇÃO REVERSA Cada pool de RNA está ligado em uma
N220 extremidade à molécula de RNA substrato e na
outra extremidade a um oligonucleotídeo de
pp
etiqueta de 5' p N220 DNA complementar ligado a uma esfera de
agarose para facilitar a manipulação.
PCR AMPLIFY À direita, o grampo não é mostrado para
MOLÉCULAS LIGADAS simplificar; o “p” indica o local de ligação
entre o substrato e o presumível RNA cataílico.
CG etiqueta de 5' p N220
Na amplificação de PCR nal, a porção
N220 PT7 não complementar do oligonucleotídeo
PCR AMPLIFY
carrega o promotor da T7 RNA polimerase (PT7),
SEGMENTO CATALÍTICO,
que permite que o produto de DNA nal seja
etiqueta de 5' TRANSCREVER
transcrito de volta para o RNA.
próximo RNA inicial

Parte 1 Bio Cel

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John Wilson e Tim Hunt

© 2015 por John Wilson e Tim Hunt

ISBN: 978-0-8153-4453-7 (brochura)

Impresso nos Estados Unidos da América

Visite nosso website em http://www.garlandscience.com

Dedicamos este livro à memória de nosso camarada, Julian Lewis.

Uma seção recém-compilada, Medical Links, contém problemas de particular

Algumas coisas úteis

Número de Avogadro (6,02 × 1023 moléculas/mol)

xii Algumas coisas a saber

Cálculos e Análise de Unidade

Considere a conversão de 10–9 M (moles/L) em moléculas/núcleo. Na conversão de mols em moléculas, você

10–9 moles 6 × 1023 moléculas 6 × 1014 moléculas

10–9 moles verruga 1,7 × 10–33 mol2

Da mesma forma, na conversão de litros para núcleos, o objetivo é organizar a conversão

6 × 1014 moléculas 1L ml cm3 500 µm3 300 moléculas

4. Você não pode obter o logaritmo de uma quantidade com unidades.

Capítulo 1 Células e Genomas 1

Capítulo 2 Química Celular e Bioenergética 11

Capítulo 4 DNA, cromossomos e genomas 53

Capítulo 5 Replicação, reparo e recombinação do DNA 77

Capítulo 6 Como as Células Lêem o Genoma: Do DNA à Proteína

Capítulo 7 Controle da Expressão Gênica 135

Capítulo 8 Analisando Células, Moléculas e Sistemas 167

Capítulo 9 Visualizando Células 197

Capítulo 10 Estrutura da Membrana 209

Capítulo 11 Transporte por Membrana de Pequenas Moléculas e o

Capítulo 12 Compartimentos Intracelulares e Seleção de Proteínas 237

Capítulo 13 Tráfego de Membrana Intracelular 259

Capítulo 14 Conversão de energia: mitocôndrias e

Capítulo 15 Sinalização Celular 307

Capítulo 16 O Citoesqueleto 333

Capítulo 17 O Ciclo Celular 361

Capítulo 18 Morte Celular 387

Capítulo 19 Junções celulares e a matriz extracelular 393

Capítulo 20 Câncer 415

Respostas para problemas 435

Respostas a Problemas em Biologia Molecular do

problemas RECOMBINAÇÃO HOMÓLOGA 95

Capítulo 1 Células e Genomas 1 RECOMBINAÇÃO ESPECÍFICA DO LOCAL 99

INFORMAÇÕES GENÉTICAS EM EUCARIOTAS 6 DO DNA PARA O RNA 105

DO RNA À PROTEÍNA 118

OS COMPONENTES QUÍMICOS DE UMA CÉLULA 11 Capítulo 7 Controle da expressão gênica 135

UMA VISÃO GERAL DO CONTROLE DE GENE 135

REGULADORES DE TRANSCRIÇÃO INTERRUPTO DE GENES

Capítulo 3 Proteínas 31 LIGADO E DESLIGADO 144

MECANISMOS GENÉTICOS MOLECULARES QUE CRIAM

MECANISMOS QUE REFORÇAM A MEMÓRIA CELULAR

CONTROLES PÓS-TRANSCRIÇÃO 157

A ESTRUTURA E A FUNÇÃO DO DNA 53

ESTRUTURA E FUNÇÃO DA CROMATINA 59 ISOLANDO CÉLULAS E CULTIVANDO-AS

ANÁLISE E MANIPULAÇÃO DO DNA 177

ANÁLISE MATEMÁTICA DAS FUNÇÕES DAS CÉLULAS 190

Capítulo 9 Visualizando Células 197

A INICIAÇÃO E CONCLUSÃO DO DNA OBSERVANDO AS CÉLULAS NO MICROSCÓPIO DE LUZ 197

Capítulo 10 Estrutura da Membrana 209 OS SISTEMAS GENÉTICOS DAS MITOCÔNDRIAS

PROTEÍNAS DE MEMBRANA 214 Capítulo 15 Sinalização Celular 307

PRINCÍPIOS DE SINALIZAÇÃO CELULAR 307

TRANSPORTADORES E MEMBRANA ATIVA ROTAS ALTERNATIVAS DE SINALIZAÇÃO NO GENE

CANAIS E PROPRIEDADES ELÉTRICAS SINALIZAÇÃO EM PLANTAS 329