CENTRO DE BIOCIÊNCIAS

PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM
BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR

DISCIPLINA:
BIOLOGIA QUÂNTICA II

Prof. Eudenilson L. Albuquerque

PARTE III: A MOLÉCULA DO DNA

 Os Primórdios da Genética

Gregor Mendel (1822-1884) publicou seu famoso estudo em 1866.

AA Amarela
Genes ocorrem em pares e são
transmitidos pelos pais de forma AV Amarela
aleatória.
VV Verde

DNA
 Os Cromossomos

T.H. Morgan (1866-1945) em

Columbia provou que os genes
estão localizados nos cromossomos
e construiu o primeiro mapa
genético de um cromossomo
(Prêmio Nobel 1933).

Os genes se organizam em torno dos

cromossomos e todos os cromossomos são
transmitidos intactos de uma geração à
seguinte.

Cromossomos - formados por DNA e Proteína.

Qual o verdadeiro responsável pela informação genética?

DNA (4 pares de base) ou Proteína (20 aminoácidos)?

DNA
 What is Life?

ERWIN SCHRÖDINGER
E. Schrödinger (1887-1961)
argumentava que a vida poderia
ser concebida em termos da
armazenagem e transmissão de
informações biológicas. Como
WHAT IS LIFE?
cada célula teria de conter uma
quantidade enorme de
informações, elas estariam
comprimidas em um código de
instruções hereditárias, The Physicist’s approach to the
subject – With an Epilogue on
incorporada ao tecido molecular Determination and Free Will
dos cromossomos. Portanto se
quiséssemos entender a vida,
teríamos que identificar essas
moléculas e decifrar o seu
CAMBRIDGE UNIVERSITY PRESS
código.
1944

• J. D. Watson, F. Crick, M. F. Wilkins, M. Delbruck

• Linus Pauling and Max Perutz (what was true in his book was not original, and most of
what was original was known not to be true even when the book was written )

DNA
DNA: O Material Genético

DNA
 DNA: O Modelo da Dupla Hélice

Modelo de Linus Pauling (Caltech): Erro ao admitir

que os grupamentos fosfato não estavam
ionizados, fazendo o DNA perder seu caráter
ácido.

DNA
 DNA: O Modelo da Dupla Hélice

James Watson e Francis Crick

desvendaram a estrutura do DNA
através de uma exaustiva análise
química e do espectro de raio-X de
diversas amostras de DNA, em
Cambridge, Inglaterra.

Maurice Wilkins e Rosalind Franklin do

King’s College, em Londres, tiveram
um importante papel na descoberta da
dupla hélice do DNA pois foi em seus
laboratórios que os espectros de raio-
X do DNA foram obtidos.

DNA
J.D. Watson and F.H.C. Crick, Nature 171,
737 (1953)

DNA
DNA
 Nanoeletrônica do DNA
Usando uma armadilha eletrostática,
uma cadeia de DNA Poly dG- Poly dC,
com 30 pares de base (10.4 nm) foi
colocada entre eletrodos metálicos
separados por 8 nm. Os resultados
sugeriram que esta amostra de DNA
se comportava como um material
semicondutor.
D. Porath et al, Nature 403, 635
(2000).

Um circuito molecular
Uma tomada molecular

DNA
Referência Principal
 Procedimento Experimental

D. Porath et al, Nature 403, 635 (2000) B.Xu et al, Nano Lett 4, 1105 (2004)
Modelando a Molécula do DNA Usando
Estruturas Quasiperiódicas

E.L. Albuquerque and M.G. Cottam,

Polaritons in
Periodic and Quasiperiodic Structures

Elsevier, Amsterdam, 344 pages (2004)

DNA
 Modelagem Experimental: Quasicristais

a) Fibonacci:

 Regras de Inflação: G  GC CG

... S S G S S ...
... S S G C S S ...
... S S G C G S S ...
... S S G C G G C S S ...
... S S G C G G C G C G S S ...

Crescimento de uma molécula do DNA

utilizando-se uma estrutura quasiperiódica de Fibonacci

DNA
b) Rudin-Shapiro:

 Regras de Inflação:

G  GC C  GA A  TC T  TA

... S S G S S ...
... S S G C S S ...
... S S G C G A S S ...
... S S G C G A G C T C S S ...

Crescimento de uma molécula do DNA

utilizando-se uma estrutura quasiperiódica de Rudin-Shapiro

DNA
Modelo Teórico do DNA

Equação de Dyson

Densidade de Estados
DNA
Fita Simples do DNA

DNA
Densidade de Estados Eletrônicos

DNA
Fita Dupla do DNA

DNA
DNA
Fita Dupla + Camada Externa do DNA

DNA
Tight-binding Hamiltonian

DNA
 Transmissividade Eletrônica
Equação de Schrödinger:
Podemos escrever o Hamiltoniano tight-binding em uma forma
matricial do tipo:

A transmissividade eletrônica é dada por:

com e ωm = ωG and tm = t.

Pij são elementos da matriz transferência

P = M(N) M(N-1) .... M(2) M(1)

DNA
DNA
DNA
Renormalization Approach

DNA
Renormalization Approach

DNA
Transporte Eletrônico em DNA Poly CG
e Poly CT: Bases Diluídas

DNA
DNA
 Características Corrente-Voltagem

O MODELO

A transmitância eletrônica é uma quantidade útili quando pretende-se

descrever a eficiência do transporte em um sistema quântico. No
entanto, T_N(E) usualmente apresenta dificuldades na sua
determinação experimental. Uma alternativa bastante utilizada é a
medida da curva característica I-V.

Com o Hamiltoniano efetivo definido, podemos calcular a curva I-V

aplicando o formalismo de Landauer-Buttiker:

DNA
Características I-V de uma dupla fita de DNA modelado segundo: (a) Fibonacci; (b)
Rudin-Shapiro; (c) o caso aleatório; (d) o cromossomo humano Ch22.
DNA
DNA
Propriedades Termodinâmicas

DNA
 Propriedades Termodinâmicas
Estatística Clássica: Maxwell-Boltzmann
Fita Simples do DNA

DNA
Estatística Clássica: Maxwell-Boltzmann
Fita Simples do DNA

DNA
Estatística Clássica: Maxwell-Boltzmann
Fita Simples do DNA

DNA
 DNA Denaturation
The denaturation of nucleic acids such as DNA due to high temperatures is
the separation of a double strand into two single strands, which occurs
when the hydrogen bonds between the strands are broken.

DNA
DNA Denaturation
Modelo Teórico

DNA
DNA Denaturation
Modelo Teórico

DNA
DNA Denaturation

DNA