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Apostila - Introducao - A - Bioinformatica PDF
Apostila - Introducao - A - Bioinformatica PDF
Quarto Mdulo
da oficina prtica de
Gentica, Genoma e
Biotecnologia
www.odnavaiaescola.org
Introduao Bioinformtica Contedo deste Mdulo
1) Sntese de c-DNA
2) Gene-bank e banco de sequncias
3) Pesquisa BLAST,
Em 1988 o governo americano lanou o primeiro banco
4) Comparao de sequncias
de dados pblico contendo sequncias de DNA dos mais
4) Mapa de restrio
diversos organismos. Este repositrio de seqncias recebeu
o nome de Centro Nacional para Informao em
Biotecnologia (NCBI-National Center for Biotechnology
Information). Hoje este centro tem vrias ramificaes no
mundo inteiro e alm do banco de dados propriamente dito, Anotao de genomas
o NCBI proporciona um grande nmero de ferramantas de Este texto foi escrito por Francisco Prosdocimi
informtica e recursos para auxiliar o cientista na pesquisa (transcrito com permisso do autor). Este
gentica. A utilizao cada vez maior da informtica no artigo foi baseado, principalmente, no artigo
estudo da pesquisa bilogica e ainda mais especficamente da Revista Nature Reviews, volume 2, julho de
no estudo dos genes deu origem disciplina conhecida 2001, pginas 493-505, Genome annotation:
como bioinformtica. from sequence to biology, que foi escrito por
A bioinformtica ainda considerada uma recente
subdiviso da biotecnologia e representa o casamento da Lincoln Stein.
biotecnologia com a informtica. De modo simples, Por milhares de anos, rabinos tm
bioinformtica consiste no depsito e anlise de sequncias trabalhado sobre os textos do Torah, tentando
genticas em bancos de dados e consequente fazer com que esse livro sagrado, to difcil de
manipulao e anlise destas sequncias com a utilizao ser entendido, seja traduzido num conjunto de
de software especficos. regras e condutas mais claras, de forma a
O estabelecimento de bancos de dados pblicos montar uma verso compreensvel desse texto,
possibilita que os cientistas possam ter acesso informao conhecida como Talmud. Com o passar do
proveniente de outros laboratrios e possam tambm trocar tempo, a grande quantidade de anotao
e compartilhar seqncias genticas. Todos os dias novas contida no Talmud chegou a ultrapassar, de
seqncias so depositadas no banco de dados pbicos longe, o tamanho do texto original, o Torah.
do NCBI, o chamado GenBank. A bioinformtica tem A mesma analogia pode ser feita para os
revolucionado o desenvolvimento da pesquisa mdico- genomas. A seqncia de DNA uma fonte rica
bilogica e tem possibilitado que novas descobertas de informaes sobre a biologia dos
relevantes sejam realizadas quase todos os dias. organismos, mas deve ser traduzida e anotada
Hoje a maioria dos bilogos envolvidos com a de forma correta para que possamos obter
pesquisa gentica no esto restritos apenas ao trabalho de corretamente essas informaes. A anotao
laboratrio devendo os mesmos dedicar grande parte do genmica consiste num processo de vrios
seu tempo bioinformtica. passos, havendo, mais ou menos, trs
ATGCGTTACCTTAGtcagtctcatcTCAGGTGTCatcttttcttaCTGATC
ATGCGTTACCTTAGTCAGGTGTCCTGATC
importante que voc faa as seguintes observaes:
O RNA mensageiro constutui apenas os exons da fita original de DNA
O RNA mensageiro NO est na forma de fita complementar
O RNA mensageiro no est depositado com suas bases de uracil (que o que na realidade ocorre),
mas sim com as bases de timina
A explicao deste fato est na sntese de DNA complementar, ou cDNA. A maioria das seqncias
de RNA que esto no GenBank foram obtidas atravs da sntese de DNA complementar. O cDNA uma
molcula similar ao DNA porm esta sintetizada no laboratrio. A sntese de cDNA realizada com a
transcriptase reversa, uma enzima de origem viral que tem a capacidade de produzir uma molcula de DNA
dupla fita a partir da cpia de uma molcula de RNA. Ou seja, como o nome diz, a transcriptase reversa faz
o caminho contrrio daquele percorrido pela RNA polimerase, que a partir de uma molcula dupla fita de
DNA produz RNA. Veja a figura abaixo.
A molcula de DNA produzida pela transcriptase reversa chamada de DNA complementar (ou
cDNA) e formada pelos mesmos compostos encontrados na molcula de DNA (aucar desoxirribose,
grupos fosfato, ponte de hifdrognio e as 4 bases nitrogenadas, adenina, timina, guanina e citosina). A
descoberta desta enzima viral e de seu mecanismo de ao abriu um importante caminho na biologia
molecular. A molcula de RNA extremamente instvel e dependendo do RNA em questo o nmero de
cpias pode estar muito reduzido. Deste modo, a possibilidade em se trabalhar com molculas de cDNA ao
invs de RNA tem facilitado muito o trabalho do cientista no laboratrio. O cDNA uma molcula estavl, de
fcil manuseio e sua multiplicao bastante simples.
Atividade 1: Procurando um gene no GenBank- Seqncia de Imagens
Passo 1
Passo 2
Passo 3
Passo 4
Passo 5
Passo 6
Atividade: Cachorro, o melhor amigo do homem
Passo 1
Passo 2
Passo 3
Passo 1
Passo 2
Passo 3
Mapas de Restrio
Veja abaixo os mapas de restrio que voc ir obter no exerccio Cortando com o Webcuter
Exerccio 1: Polimorfismo do gene ALDR
Exerccio 2: Seqncia do gene VLCS (Very Long Chain Synthetase)
O verdadeiro oceano de dados que est sendo gerado por projetos como o Genoma Humano,
e a expanso no setor de biotecnologia mdica, so os principais responsveis por esta exploso na
demanda por bioinformatas. Existem hoje grandes repositrios de dados genticos e bioqumicos,
como o GenBank (que contm todas as seqncias de DNA conhecidas at hoje e que ocupa o
equivalente a mais de 100 CD-ROMs). O Projeto Genoma Humano, por exemplo, tem como objetivo
descobrir o cdigo gentico dos cerca de 80.000 genes humanos e utilizar esse conhecimento para
tratar doenas genticas.
Onde encontrar um bioinformtico, ou como form-lo? uma tarefa ainda bastante difcil.
Geralmente um bilogo ou mdico que tem grandes conhecimentos de informtica, gentica e
bioqumica. Quase no existem cursos sobre esse tema, e a maioria dos profissionais da rea
autodidata. Antes de tudo, preciso ter uma cabea interdisciplinar, ou seja, ter mltiplos talentos,
tais como matemtica, estatstica, computao, instrumentao e bioengenharia, gentica, biologia,
etc.
A universidade precisa urgentemente se movimentar para formar esse profissional crucial para
a medicina do prximo sculo! No exterior (como na Baylor University, no Texas), j existem at cursos
em nvel de graduao sobre bioinformtica. E aqui? Tirando uns poucos centros, como o da UNICAMP
(Grupo de Biologia Computacional do Instituto de Computao, Centro de Biologia Molecular e
Engenharia Gentica, Ncleo de Informtica Biomdica), estamos ainda no comeo. Mas, sem
dvida, a profisso do futuro.
Bioinformtica: manual de utilizao
Joo Paulo Kitajima
A bioinformtica uma rea fascinante. Vejo nela a confluncia de meus vrios ideais de profisso:
a multidisciplinaridade e o equilbrio entre teoria e prtica. O contato com bilogos, agrnomos,
farmacuticos e qumicos me tem sido muito enriquecedor. Estudar a vida uma experincia nica e
participar deste estudo me muito gratificante. Alm destas razes, pessoalmente, tornar-me bioinformata
me possibilitou alinhar com a rea de trabalho de meu velho pai, agrnomo e microscopista de longa
data. Ao me envolver com biologia molecular aplicada a plantas, consigo entend-lo melhor, como
profissional e mesmo como pai.
Tenho trabalhado como bioinformata desde 1999, quando deixei para trs uma carreira promissora
como professor adjunto no Departamento de Cincias da Computao da Universidade Federal de Minas
Gerais. Cansado de empregar o dinheiro pblico em projetos sem retorno mais imediato para a sociedade,
decidi mudar para uma rea de trabalho mais aplicada. Cheguei mesmo a prestar vestibular para
agronomia e economia, mas a necessidade de um salrio falou mais alto e consegui uma bolsa de ps-
doutorado da Fapesp no Laboratrio de Bioinformtica (LBI) do Instituto de Computao da Unicamp,
ento coordenado por Joo Carlos Setubal e Joo Meidanis. No incio tudo era muito estranho, afinal de
contas meu ltimo contato com DNA havia sido no segundo grau. Mal me lembrava do que era o dogma
central da biologia molecular, protenas, enzimas e ribossomos. E, de repente, estava eu l, fazendo
informtica para bilogos, envolto por uma atmosfera efervescente de desafio. Afinal de contas, a
bioinformtica do primeiro projeto genoma do Brasil estava acontecendo ali, ao meu lado. E depois do
genoma da Xylella fastidiosa, outros vieram. Em meados de 2001, o destino me chamava para novos
desafios. Joo Meidanis j havia mudado de rumo ao partir, alguns meses antes, para a iniciativa privada
na rea de software e servios de bioinformtica. Joo Setubal alava vos mais altos tambm, trabalhando
e realizando contatos acadmicos no exterior.
A ironia do destino me fez bater, em dezembro de 2001, nas portas da Votorantim Ventures (VV). Naquela
mesma poca, a Votorantim havia decidido investir em empreendimentos de risco e, na rea de
biotecnologia, as propostas de investimento estavam sendo analisadas por um grupo chefiado por
Fernando Reinach, um dos big boss da cincia no pas. Na verdade, eu o havia procurado para me
orientar sobre como submeter um projeto para a VV. Mas, nem tive tempo de expor os meus planos.
Fernando j havia uma contraproposta: juntar-se, como scio e diretor, a um novo grande empreendimento
que estava surgindo na rea de genmica aplicada a plantas - a Alellyx. Chamo isto tudo de ironia do
destino porque, alguns meses antes desta proposta, ir para a iniciativa privada era para mim algo totalmente
fora de cogitao. Eu sentia mesmo ojeriza a esta possibilidade. Mas eu estava vendo as pessoas a meu
redor tomarem novos rumos e eu precisava encontrar o meu. Voltar para a universidade tambm estava
fora de cogitao. O tringulo ensino-pesquisa-extenso era pesado demais para mim. Eu precisava de
algo com mais foco. Confesso que o projeto Alellyx era tentador. Impus algumas condies e declarei
minha completa inexeperincia em assuntos empresariais. Condies aceitas e inexeperincia tolerada,
levamos, eu e mais 4 scios, 3 meses para finalizar o projeto. Comeamos a operar em maro de 2002.
Durante aquele ano, compartilhei a coordenao da bioinformtica com Joo Setubal. Em 2003, com a
volta de Setubal para a academia, assumi sozinho esta rea na empresa. Atualmente, conto com uma
equipe de primeira linha, entre bioinformatas, analistas de sistemas e de suporte e me considero privilegiado
em estar onde estou.
Vivi, nestes ltimos 4 anos, ento, diferentes experincias na rea de bioinformtica, do aprendizado
gerncia, do pblico para o privado. Apesar do pouco tempo, esta heterogeneidade de situaes me
permitiu chegar a algumas concluses que podem servir de orientao para quem pretende trabalhar na
rea. Assim, como outras reas emergentes de trabalho, a bioinformtica se enquadra em um contexto
onde o problema no hardware, nem software, mas peopleware, como dizem por a. No considero
a bioinformtica a profisso do futuro, mas penso que ela exige profissionais do futuro.
Um profissional de bioinformtica bem colocado precisa:
-Ter um bom conhecimento em cincia da computao: isto significa basicamente possuir uma
boa capacidade de abstrao algortmica (isto , saber traduzir a soluo de um problema em um
conjunto de programas eficazes e eficientes). Familiaridade e gosto por computao so condies
obrigatrias para o sucesso na rea;
-Conhecer os prncipios da biologia molecular e as diferentes tcnicas de bancada nos diferentes
domnios onde a bioinformtica se faz necessria (as micas principalmente: genoma, transcriptoma,
proteoma e metaboloma). Gostar de biologia essencial.
Parece bvio que um bioinformata qualificado precise preencher as duas condies acima. Mas
existe uma condio adicional que, em vrias situaes, eu prezo muito mais do que a capacidade
tcnica e que muitas vezes no vem explicitada nos currculos dos profissionais: a capacidade de
compreender o que os usurios ou clientes necessitam para resolver os problemas. Esta condio vital
para qualquer contexto de anlise de sistemas, mas, em bioinformtica, ela mais dramtica. Os
bioinformatas atendem um pblico que est envolvido com um negcio bastante complexo: cincia.
Bilogos so cientistas e muitas vezes a soluo bioinformtica que necessitam faz parte do processo
da descoberta. Ou seja, nem mesmo os usurios sabem exatamente o que querem e onde querem
chegar. O bom bioinformata deve estar ciente deste fato e sintonizado com o usurio. O bioinformata
deve ser parte da definio da soluo, antes mesmo da implementao dela. Visto de outro ngulo,
um bioinformata deve, antes de tudo, saber se relacionar com pessoas e saber se colocar no lugar dos
cientistas. Em geral, profissionais de computao que trabalham em ambientes de P&D devem possuir
esta caracterstica. Na formao da minha equipe na Alellyx, eu valorizo muito mais um profissional
mediano entrosado e com foco do que um aluno nota 10 na faculdade, mas anti-social e disperso.
Enfim, a bioinformtica uma rea de trabalho que exige um profissional multidisciplinar. Isto
implica obrigatoriamente na facilidade em se relacionar com diferentes tipos de profissionais (aqui,
informatas se relacionando com outros informatas e com bilogos). Alm do mais, deve possuir boa
capacidade de abstrao pois os problemas no so claros e as solues menos ainda.