UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARANÁ

YASMIN SOARES

AVALIAÇÃO DA NEUTRALIDADE SELETIVA E SELEÇÃO NATURAL EM

GENES HLA-DQA1 E HLA-DQB1

CURITIBA
2023
Introdução
A ideia de neutralidade seletiva parte do princípio de que boa parte das
diferenças que existem em nível molecular, ao contrário do nível fenotípico, se
devem ao efeito de deriva, e não são fruto da atividade de seleção natural. Isso se
deve ao fato de que, em geral, a maior parte das substituições de nucleotídeos
observadas em sequências DNA são substituições sinônimas, uma vez que para
substituições não-sinônimas é grande a chance de que a troca de aminoácido
resulte em efeitos deletérios como a perda de função da proteína. Como isso geraria
fenótipos de menor valor adaptativo, a seleção natural acabaria por eliminá-los,
impedindo que as substituições fossem fixadas. Sendo assim, espera-se que a
probabilidade de fixação para substituições que sejam não-sinônimas seja maior
somente em casos em que o resultado da troca de aminoácidos causa um efeito
benéfico ou neutro.
Há várias maneiras de testar se um gene está sob neutralidade seletiva (ou
seja, se as variantes observadas em seus diferentes alelos foram fixadas
exclusivamente pela atividade da deriva genética). Se a hipótese de neutralidade
seletiva for recusada, é um possível sinal de que a seleção natural esteja agindo
sobre aqueles alelos, sendo necessário então descobrir qual o tipo específico de
seleção natural envolvido, como a seleção positiva ou purificadora, por exemplo.
Uma forma de realizar este teste é por meio do teste Z baseado em códons (Codon-
based Z-test), que compara a abundância relativa de substituições sinônimas e não-
sinônimas que ocorreram numa sequência.
Primeiro, estima-se o número de substituições sinônimas por sítio sinônimo
(dS), em seguida, o número de substituições não-sinônimas por sítio não-sinônimo
(dN), e as variâncias destes dois parâmetros (Var(dS) e Var(dN)). Com estas
informações, testa-se a hipótese nula de neutralidade seletiva (onde dN teria o
mesmo valor de dS) por meio de um teste Z. Se dN for maior que dS, está ocorrendo
seleção positiva, indicando que a substituições estão sendo fixadas pela seleção
natural. Já se dN for menor que dS, está ocorrendo seleção purificadora, também
denominada seleção negativa, sugerindo que as substituições estão sendo
removidas pela seleção natural, pois o fenótipo proveniente destas não é favorecido
pela seleção natural.
 No presente relatório, foi utilizado o software MEGA versão 11 (KUMAR et al.,
2016) para realizar os alinhamentos de sequências de DNA, em seguida, os testes
de neutralidade seletiva e, em casos necessários, os testes de presença de seleção
natural.

Genes HLA e dN/dS

Altos valores para razão entre dN/dS tem sido encontrados em vários genes
envolvidos em respostas adaptativas e interação com o ambiente, patógenos e/ou
hospedeiros. Nos vertebrados mandibulados (Gnathostomata), alguns dos genes
envolvidos neste tipo de respostas são os genes do complexo principal de
histocompatibilidade (MHC, major histocompatibility complex), que codificam
proteínas de superfície celular envolvidas em atividades do sistema imune
adaptativo, como a apresentação de antígenos à linfócitos T. Especialmente em
humanos, vários estudos tem sugerido que os genes HLA (human leukocyte antigen)
estão sob ação de seleção natural, dada a sua importância para o reconhecimento
de patógenos pelo sistema imune.
Para esse exercício utilizou-se conjuntos de alelos de genes HLA de classe II,
envolvidos na apresentação de antígenos para linfócitos T-CD4+ e que são
expressos em células apresentadoras de antígeno profissionais, tais como células
dendríticas, macrófagos e células B. Uma das várias moléculas de HLA presentes
nas membranas das células é HLA-DQ, um heterodímero composto por uma cadeia
alfa e uma cadeia beta, codificadas pelos genes HLA-DQA1 e HLA-DQB1,
respectivamente.

HLA-DQA1
A partir de um conjunto de 17 alelos de HLA-DQA1, realize inicialmente o
alinhamento das sequências por códon, e os testes de neutralidade seletiva/seleção
natural.

Teste 1
 1. É possível afirmar que todos os alelos avaliados estão sob neutralidade
seletiva? Por que?
Após alinhar a sequência HLA_DQA1.fasta esta foi avaliada por meio da
ferramenta Codon-based Z-test, que compara a abundância relativa de
substituições sinônimas e não-sinônimas que ocorreram numa sequência, na
opção Neutratily (HA: dN = dS). Os resultados obtidos a partir do teste Z
evidenciaram diferenças estatísticas significantes em determinados alelos,
desse modo, não é possível afirmar que todos os alelos avaliados estão sob
neutralidade seletiva.

Teste 2

b) Se há alelos que não estão sob neutralidade seletiva, há evidências de

seleção positiva ou purificadora? Para quais?
No teste 2, sabendo que determinados alelos não encontravam-se sob
neutralidade seletiva, testou-se a sequência para as opções Positive selection
(HA: dN > dS), e Purifying selection (HA: dN < dS). O quadro acima ilustra os
resultados obtidos no teste Z para a seleção purificadora (Purifying selection),
 que apresentou alteração no alelo 1 do gene DQA1*02:01 nt, nos alelos 7, 8 e
9, dos genes DQA1*04:01:01 nt, DQA1*04:02 nt, DQA1*05:01:01:01 nt,
DQA1*05:03 nt, DQA1*05:05:01:01 nt, DQA1*05:06 nt, DQA1*05:07 nt e
DQA1*06:01:01 nt, bem como nos alelos 1, 2 e 5, dos genes DQA1*03:01:01
e DQA1*03:02 nt, e nos alelos 10 e 11 do gene DQA1*05:05:01:01 nt, e no
alelo 10 do gene DQA1*05:01:01:01 nt, indicando que está ocorrendo seleção
purificadora, isto é, as substituições sinônimas estão sendo removidas, pois o
fenótipo proveniente destas não é favorecido pela seleção natural.

c) Qual seria a interpretação para os resultados do Teste D de Tajima?

No teste de D de Tajima, representado no quadro abaixo, é possível
inferir que, apesar dos determinados alelos dos genes descritos acima
estarem sob ação da seleção purificadora, em uma análise geral, os alelos
estão sob ação da seleção balanceadora (D > 0), isto é, há um excesso de
alelos com frequências intermediárias sem a tendência de fixação de um alelo
específico, o que favorece o fenótipo heterozigoto.

HLA-DQB1
A partir de um conjunto de 20 alelos de HLA-DQB1, realize inicialmente o
alinhamento das sequências por códon, e os testes de neutralidade seletiva/seleção
natural.

Teste 1
 1. É possível afirmar que todos os alelos avaliados estão sob neutralidade
seletiva? Por que?
Assim como foi realizado para os alelos de HLA-DQA1, a sequência do
gene HLA-DQB1, disponibilizada via .fasta, foi alinhada e, posteriormente,
avaliada por meio da ferramenta Codon-based Z-test na opção Neutratily (HA:
dN = dS). Os resultados obtidos foram semelhantes aos observados no teste
para a sequência de HLA-DQA1, entretanto, para o gene em questão,
percebeu-se que um maior número de alelos da sequência apresentou
variações estatísticas significantes.

Teste 2
b) Se há alelos que não estão sob neutralidade seletiva, há evidências de
seleção positiva ou purificadora? Para quais?
Do mesmo modo, após o teste Codon-based Z evidenciar que
determinados alelos não estavam sob neutralidade seletiva, testou-se os
alelos nas opções Positive selection (HA: dN > dS), e Purifying selection (HA:
dN < dS). Novamente, apenas o teste para a opção Purifying selection (HA:
dN < dS) apresentou variações estatísticas significativas, indicando de os
alelos em questão, marcados na cor amarela, estavam sob ação da seleção
purificadora.

c) Qual seria a interpretação para os resultados do Teste D de Tajima?

No Teste D de Tajima, os resultados para D (substituições sinônimas e
não-sinônimas) mostraram-se maior de zero, logo, os alelos em questão,
marcados na cor amarela, estão sob efeito da seleção balanceadora. Observe
no quadro a seguir:
Referências
KUMAR, S.; STECHER, G.; TAMURA, K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics
Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets. Molecular Biology and Evolution, v. 33, n. 7,
p. 1870-1874, 2016.