Programa de Pós-Graduação em Química do IQ/UFRJ

Modelagem molecular de oxindolilideno-cianoacetatos e oxindolilideno-

malonatos de etila como potenciais inibidores da enzima MPro do
SARS-CoV-2
Marcus Vinicius de F. Mota (1Universidade Federal do Rio de Janeiro) Pós-graduando (PG), Magaly
Girão Albuquerque (1Universidade Federal do Rio de Janeiro) Pesquisador (PG), Bárbara
Vasconcellos da Silva (1Universidade Federal do Rio de Janeiro) Pesquisador (PG), Camilo Henrique
da Silva Lima(1Universidade Federal do Rio de Janeiro) Pesquisador (PG).
Magaly Girão Albuquerque*, magaly@iq.ufrj.br

I Avenida Athos da Silveira Ramos, nº 149, Bloco A – 7º andar Centro de Tecnologia – Cidade Universitária – Rio de
Janeiro – RJ, Rio de Janeiro - RJ, 21941-909
Palavras Chave: CoViD-19; coronavírus-2; protease principal; cisteíno-protease; análise conformacional; docagem
molecular
Introdução
O coronavírus-2 da síndrome respiratória aguda
grave (SARS-CoV-2, severe acute respiratory
syndrome coronavirus-2) é o agente etiológico da
doença por coronavírus de 2019 (CoViD-19,
coronavirus disease 2019). Com o aumento
expressivo e a propagação global de casos por
CoViD-19, a Organização Mundial de Saúde (OMS)
declarou essa doença uma pandemia mundial em
11 de março de 2020, fazendo urgente a pesquisa
por tratamentos que possam remediar esta
enfermidade e suas complicações, como a
síndrome inflamatória multissistêmica e a condição
pós-CoViD-19 (ou CoViD-longa). Apesar de
existirem vacinas contra a CoViD-19, o surgimento
de diversas novas variantes do SARS-CoV-2, desde
o início da pandemia, torna necessário a P&D de
um antiviral específico contra esse vírus. Dentre os
alvos essenciais no processo de replicação viral,
encontra-se a protease principal (Mpro, main
protease, ou 3CL-PRO ou 3CLp nsp5, 3C-like
proteinase non-structural protein 5) do SARS-CoV-
2, uma cisteíno-protease responsável pela hidrólise
de poliproteínas virais em 11 regiões conservadas.
Resultados e Discussão
O objetivo deste trabalho é buscar um potencial
inibidor da Mpro do SARS-CoV-2 por docagem
molecular a partir de uma quimioteca do grupo de
pesquisas do Laboratório de Produtos Naturais e
Transformações Químicas (LPNTQ) do IQ/UFRJ,
coordenado pela Profa. Bárbara Vasconcellos da
Silva. Na modelagem molecular, empregamos a
abordagem direta (ou dependente da estrutura do
receptor), onde a estrutura 3D do alvo foi obtida no
banco de dados PDB (Protein Data Bank) sob o
código 7BQY que corresponde a um monômero da
enzima Mpro do SARS-CoV-2 em complexo
covalente entre a Cys145 (resíduo nucleofílico
catalítico) e um inibidor tipo peptídeo contendo um
grupo éster α,β-insaturado como aceptor de Michael
I Encontro Anual da PGQu – nov/2022
(composto N3). As estruturas 3D dos trinta e sete
compostos da quimioteca foram construídas no
programa Spartan Pro (Wavefunction, Inc.) e as
geometrias foram otimizadas por mecânica
molecular, usando o campo de forças MMFF. Em
seguida, as estruturas foram submetidas à análise
conformacional sistemática, considerando os
ângulos de torção (θ) relevantes, usando o mesmo
campo de forças do Spartan. No programa GOLD,
foram realizadas a redocagem e a docagem onde o
C-α da Cys-145 (cadeia A), foi escolhido como
centro do sítio de ligação com raio de 20 Å.
Conclusões
A pose (complexos ligante-proteína) de melhor
pontuação foram as dos composto 68g e uma
interação de van-der-waals com o grupo vinil ao
resíduo de enxofre do tiol da cisteína. Por fim, será
analisado os resultados da série para posteriores
resultados.
Agradecimentos
Agradecimento ao CAPES, a PGQu e ao Instituto de
Química.
____________________
1
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Programa de Pós-Graduação em Química do IQ/UFRJ

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