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Bioquímica - Apostila Mega Básica
Bioquímica - Apostila Mega Básica
I. Fracionando a vida:
Os bioquímicos fracionam um organismo e analisam os componentes individuais.
Até certo nível, forças químicas determinam a forma das moléculas e a forma determina a
função.
1) Ligações Covalentes
- tipo mais importante de ligações
- tipo de ligações mais fortes – força ~80 kcal/mol
Uma ligação covalente é o compartilhamento de um par de elétrons:
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Existe uma rotação livre ao redor de uma ligação covalente simples, porém isso não ocorre
com as ligações duplas e triplas.
2) Ligações de Hidrogênio
− atração entre uma carga levemente positiva em um átomo de hidrogênio e uma carga
levemente negativa em um átomo próximo
− força da ligação ~ 5 kcal/mol (relativamente fraca)
− mais forte quando o doador, o hidrogênio, e o receptor estão a uma distância de mais
ou menos 0,25nm
− as ligações de hidrogênio fornecem ordem e estrutura às moléculas
− uma única ligação de hidrogênio é fraca, mas a maior parte das moléculas são
compostas por diversas ligações de hidrogênio, fato esse que proporciona força geral à
molécula
NA água, essas regiões irão formar ligações de hidrogênio com as moléculas da água.
Essas moléculas adotam uma conformação mais favorável, quando elas interagem com
água.
3) Ligações Iônicas
− interação eletrostática entre dois grupos de cargas opostas em uma molécula
− causa limitante do compartilhamento desigual de elétrons; um átomo fica
com o elétron
NaCl → Na+ + Cl- compartilhamento desigual de elétrons, Cl fica com ambos os elétrons.
Em solução, esse grupo torna-se ionizado, perde um próton e fica com carga negativa:
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Exemplo: Um ligante interagindo com seu receptor é completado por diversas interações
não-covalentes tais como as interações de Van Der Walls.
Ao adotar essa forma, as conformações alternativas são selecionadas e os grupos que não
podem formar pontes de hidrogênio com a água (hidrofóbicos) tendem a aglomerar-se
dentro da molécula (longe da água).
Hidrofóbico: (“odeia água”) moléculas sem carga, apolares, não interagem com a água
Hidrofílico: (“ama água”): moléculas com carga ou polares, de ligações de hidrogênio
com água
A. Lipídios, Fosfolipídios
Estrutura de um carboidrato: CH3 (CH2 )3 CH3
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Podemos criar um ácido graxo adicionando um grupo carboxila (COOH) ao grupo dos
carboidratos:
CH3 (CH2 )3 COOH
Um ácido graxo é uma molécula anfipática – contém tanto porções hidrofóbicas quanto
porções hidrofílicas.
Um ácido graxo também pode ser representado por:
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Três ácidos graxos e uma molécula de glicerol podem ser combinados em uma síntese de
desidratação para formar um lipídio (um triglicéride). Triglicérides são formas principais
de armazenamento de ácidos graxos dentro das células.
Fosfolipídeos:
Um subgrupo de lipídios que desempenha um papel-chave na estrutura celular.
Fosfolipídios são formados por dois ácidos graxos e um grupo fosfato:
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Uma micela
Os fosfolipídeos formam uma bicamada em solução aquosa. Uma célula típica é englobada
por uma membrana plasmática, que é composta de uma bicamada de fosfolipídeos (2
camadas de moléculas de fosfolipídeos dispostas em uma bicamada lipídica)
B. Açúcares, Carboidratos
Em todos os açúcares, n-1 dos carbonos possuem um grupo hidroxila (OH) e o Carbono C-
1 possui um grupo carbonil (C=O). A localização do grupo carbonil e a orientação dos
grupos hidroxila determinam o tipo de açúcar.
Se o grupo carbonil estiver no final (um grupo aldeído), então o açúcar é uma aldose (ex.:
glicose)
Se o grupo carbonil estiver no meio da cadeia (um grupo cetona), então o açúcar é uma
cetose (ex.: frutose)
Açúcares compostos por seis átomos de carbono são chamados de hexoses (ex.: glicose)
Açúcares compostos por cinco átomos de carbono são chamados de pentoses (ex.:
ribose)
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Os açúcares compostos por três átomos de carbono são chamados de trioses (ex.:
gliceraldeído)
a) Monossacarídeos
A glicose é encontrada com mais freqüência em forma de anel em solução:
A orientação do grupo OH no carbono C-1 pode ser tanto alfa (abaixo do plano do anel) ou
beta (acima do plano do anel)
b) Dissacarídeos
Os dissacarídeos são formados por dois monossacarídeos unidos por uma ligação
covalente:
Lactose (forma)
(Galactose (1 → 4) Glicose)
A enzima lactase quebra a lactose em glicose e galactose. Muitos indivíduos adultos param
de sintetizar a enzima lactase. Como resultado, uma grande porcentagem de certas
populações torna-se intolerante à lactose.
c) Polissacarídeos
Polissacarídeos são formados por diversas unidades de monossacarídeos (geralmente
monômeros de glicose) ligados para formar cadeias longas.
ex.: amido, glicogênio, celulose
Polissacarídeos são usados como uma forma de armazenar energia e também para funções
estruturais.
Celulose – desempenha um papel importante nas plantas, uma das moléculas mais
abundantes na terra. É um polímero não ramificado de glicose em ligação (1 → 4).
Proteínas
− possuem diversas funções nas células
− papéis estruturas e funcionais
− 105 tipos diferentes de proteínas são produzidas por células eucarióticas
Ácidos Nucléicos
− armazenam e transferem material genético
quatro diferentes blocos de construção chamados de nucleotídeos → podem resultar
em 4n combinações diferentes de ácidos nucléicos de extensão n
A ligação peptídica é plana, tem caráter parcial de dupla ligação. Não há rotação ao redor
da ligação amida. A estrutura real da ligação peptídica é um híbrido das duas formas
apresentadas abaixo:
2. Cargas negativas
As cadeias laterais da maior parte dos aminoácidos não pode formar ligações de hidrogênio
ou ligações iônicas e comportam-se melhor em ambientes apolares. Tais aminoácidos
preferem ficar no interior das proteínas em uma solução aquosa.
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Apesar do fato da Tirosina ser fortemente apolar, sua cadeia lateral possui um grupo
hidroxila que é polar e pode formar ligações de hidrogênio.
d. Casos especiais
Estrutura da a -hélice:
(NR)* Cadeias antiparalelas são cadeias opostas, são paralelas mas em direção contrária.
a) Estrutura primária:
− A seqüência linear de aminoácidos (ex.: NH3 +..met-cis-leu-lis-glu…COO-)
b) Estrutura secundária
− A disposição local dos aminoácidos próximos na cadeia linear para formar
estruturas como hélices, - folhas pregueadas e alças e molas aleatórias.
c) Estrutura terciária
− Disposição espacial de aminoácidos afastados na cadeia do polipeptídio
(polipetídeo) linear para formar a estrutura tridimensional completa (dobrada) da
proteína. Também inclui ligações de dissulfetos :
d) Estrutura quaternária
− Interação de mais de uma cadeia polipeptídica (polipetídica); associação entre
proteínas diferentes para formar complexos como dímeros, trímeros, tetrâmeros:
Apesar de essa proteína possuir 247 aminoácidos, apenas três deles (Glu165, His95 e
Lis12) são importantes na função catalítica da TFI. O sítio catalítico (ativo) é formado
quando a proteína dobra-se em sua forma 3-D final e os três aminoácidos ficam próximos.
Mecanismo:
1) G 3-P liga-se ao sítio ativo da TFI (N de His95)
2) Lys12 estabiliza G 3-P no sítio ativo
3) Glu165 age como um catalisador básico (B-) pega um H+ do grupo C2 (o carbono
próximo ao carbonil) do G 3-P
4) His95 doa um a H+ para o grupo C1 (carbonil) de G 3-P para formar o grupo OH em
C1. (e facilita a formação do enediol intermediário)
5) Glu165 pega o H+ do grupo C1 do intermediário.
6) His95 pega o próton do grupo OH no grupo C2 do intermediário
K1 [S1 ] = K2 [S2 ]
Em equilíbrio
Keq = 22
~ 7:1
A reação prossegue para a direita → DHAP
Exemplo: SE a razão de DHAP: G3P fosse 7,4:1, qual seria o G do rxn e em qual direção
prosseguiria?
∆G = ∆G 0 + RT In
[PRODUTO ]
[REAGENTES ]
∆G = -1,86kcal/mol + 0,60kcal/mol In 7,4
G = -0,66 (G<0)
Portanto, a reação prosseguirá adiante → para produzir DHAP
Observe a reação A ←→ B
A reação tenderá a prosseguir na direção da molécula que apresenta a menor energia livre.
Como impulsionamos uma reação para frente que possui um ∆G0’ > 0?
É possível acoplar uma reação desfavorável ( G>0) com uma reação favorável ( G<0)
Algumas vezes o acoplamento pode resultar em condições desfavoráveis, mas é geralmente
mais favorável que a reação original não acoplada.
Rxn 1: A←→B ∆G0’ > 0
Rxn 2: C←→D ∆G0’ < 0
A+C←→B+D ∆G0’ < 0 (poderia ser inferior a 0 ou próximo de 0)
Exemplo:
A + X ←→ B
C ←→ D +X
A + C ←→ B+ D (reação geral)
Exemplo:
1) Glicose + Pi ←→ Glicose 6-Fosfatase + H2 O ∆G0’ = 3,3 kcal/mol
2) ATP + H2 O ←→ ADP + Pi H2 O = -7,3 kcal/mol
Glicose + ATP ←→Glicose 6-P + ADP ∆G0’ = -4,0 kcal/mol
As células usam a energia da hidrólise do ATP para dirigir a reação 1
energeticamente desfavorável.
Pi = PO4 3 - fosfato inorgânico
O ATP é uma fonte principal de energia. O ATP armazena energia aproximando cargas
negativas em ligações altamente energéticas e libera essa energia quando a ligação é
quebrada.
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Em equilíbrio, existem ~1019 mais G3P do que cis-enediol (ou 10-19 menos cis-enediol do
que G3P).
Portanto, a reação prossegue lentamente na ausência da enzima.
Em equilíbrio, existe ~1010 mais G3P do que cis-enediol (ou 10-10 menos cis-enediol do
que G3P).
A razão de [cis-enediol] para [G3P] é 109 vezes melhor na presença da enzima TFI.
Mas como sabemos que as enzimas reduzem a Ea para a reação ligando-se ao estágio de
transição?
− Porque os análogos do estágio de transição (moléculas estáveis) que se parecem
com o estágio de transição ligam melhor as enzimas do que qualquer reagente ou
produto.
S = substrato
E = enzima
ES = complexo enzima – substrato
P = produto
K1 = Constante de taxa de reação adiante
K2 = Constante de taxa de reação reversa
K3 = Taxa de reação adiante
1) Taxa Catalítica
A taxa catalítica é igual ao produto das concentrações de ES e K3
V = K3[ES] V = velocidade ou taxa de reação
f =
[ES ] [ET] = Concentração total da enzima
[ET ]
[ET] = Concentração da enzima ligada
f =
[S ] f = fração da enzima ligada ao substrato
[S ] + K m
[ES ] = [ET ] [S ]
k2 − k 3
km = = Constante de Michaelis
[S ] + K m K1
1 1
+
moles
k m = sec sec = units
1 1
(moles) ( sec )
Km é uma medida da afinidade de uma enzima por seu substrato
2) [S] << Km fração de enzima ligada depende da afinidade da enzima por seu substrato
3) [S] >> Km fração ligada é 1 (enzima é limitada – toda ligada com o substrato)
A taxa máxima de reação (Vmax) é obtida quando a enzima é saturada com o substrato
(quando [S]>> Km) and
[S] aproxima-se de 1 (f =1)
[S] + K m
V = K3 [ET ] (1)
Vmax= K3 [ET ]
Vmáx [S ]
Então V = → Equação de Michaelis-Menten
[S ] + K m
Observe a representação gráfica da velocidade de reação como uma função da
concentração do substrato [S], para um enzima que obedece à cinética de Michaelis-
Menten
− A taxa da reação de TFI é limitada apenas pela difusão; sempre que a TFI
encontra a G3P, a TFI converte a G3P em DHAP
− A taxa de difusão é de ~108 (portanto a enzima raramente encontra o
substrato)
− TFI é, portanto, cineticamente perfeita – sempre que encontra o substrato,
converte o mesmo em seu produto
7.012 Material Suplementar sobre Cinética das Enzimas (de 10/9/97). suplemento para
o Capítulo 6 de Purves et al.
Revisão de Cinética
existe uma grande repulsão eletrostática entre os grupos fosfato com cargas negativas.
A hidrólise do ATP para ADP + Pi libera energia livre e reduz a repulsão
A glicólise pode ser realizada nos extratos de leveduras (i.e. as leveduras vivas não são
necessárias, apenas as enzimas. O termo enzima significa “na levedura”)
∆G = ∆G 0 + RT In
[PRODUTO ]
[REAGENTES ]
Na célula, todas as reações prosseguirão adiante uma vez que G < 0 (obtido mantendo-se
uma razão ótima de produtos / reagentes)
É possível alterar Km de uma enzima variando-se a forma do sítio ativo (sítio catalítico) da
enzima
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Exemplo:
A ligação dos reguladores no sítio alostérico leva a uma variação da forma da enzima – o
que afeta o Km da enzima.
A ligação dos reguladores no sítio ativo – altera o sítio – a posição de alguns aminoácidos
muda em alguns angstroms – suficiente para inativar a enzima.
Regulação das Vias:
Exemplo de Via
Na glicólise, certas enzimas são reguladas de forma que a velocidade da glicólise possa ser
aumentada ou diminuída dependendo das exigências energéticas da célula.