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Atividade 1
Qual a utilidade do chamado gráfico dos duplos recíprocos ou gráfico de Lineweaver-Burk?
Demonstre matematicamente como é possível obter este gráfico a partir da equação de
Michaelis-Menten.
Resposta 1
Com base nos dados do gráfico de Lineweaver-Burk é possível determinar parâmetros como
a constante de Michaelis e a velocidade máxima de determinada enzima em uma reação,
porém a determinação daqueles não é a principal utilidade do gráfico e sim a facilidade para
se encontrar os mesmos.
Em uma situação normal onde você se encontra com uma tabela aos quais os elementos são;
concentração de substrato e velocidade da enzima, descobrir os valores de Km e Vmax seria
mais difícil do que pelo gráfico de Lineweaver-Burk. Isso ocorre pelo fato de que a plotagem
de um gráfico V por [S], velocidade por concentração de substrato, resulta em um gráfico
hiperbólico de difícil compreensão e obtenção de dados, visto isso, o gráfico de
Lineweaver-Burk foi criado para facilitar a obtenção de tais dados.
O gráfico de Lineweaver-Burk funciona de maneira onde os dados “V” e “[S]” são invertidos
de forma que agora a plotagem do gráfico resulta em uma reta onde por meio do coeficiente
angular é possível encontrar o valor de “Km” e por meio do coeficiente linear é possível
encontrar o valor de “Vmax”.
Demonstração do gráfico de Lineweaver-Burk a partir da equação de Michaelis-Menten, na
demonstração a seguir o termo “[S]” representa a concentração de substrato, o elemento “V”
representa a velocidade, o dado “Vmax” representa a velocidade máxima e por fim o
elemento “Km” representa a constante de Michaelis.
O primeiro passo é inverter a equação de Michaelis-Menten, feito isso o segundo passo é
separar a equação. Com a equação já separada, o terceiro passo é eliminar a concentração de
substrato da segunda parte da equação de forma que o dado se apresente da forma 1/Vmax,
seguindo todos os passos a equação de Lineweaver-Burk estará pronta.
Com a equação pronta, é possível construir o gráfico de Lineweaver-Burk onde Km/Vmax é
o coeficiente angular da equação e 1/Vmax o coeficiente linear. Com os dados de uma tabela
1/V por 1/[S] é possível utilizar o programa excel para plotar um gráfico, criar uma linha de
tendência e descobrir a equação da reta, com esta é possível encontrar o valor do coeficiente
angular e linear da equação, substituir pelos seus valores na equação de Lineweaver-Burk e
descobrir o valor de Km e Vmax desejado.
Imagem 1 - Demonstração da do gráfico de Lineweaver-Burk a partir da equação de Michaelis-Menten
Imagem 2 - Demonstração da do gráfico de Lineweaver-Burk a partir da equação de Michaelis-Menten
Imagem 3 - Demonstração da do gráfico de Lineweaver-Burk a partir da equação de Michaelis-Menten
Atividade 2
A partir da construção dos gráficos de Lineweaver-Burk com o programa Excel determine os
valores de Km e Vmáx para as enzimas A e B cujos dados de atividade estão disponibilizados
nas tabelas abaixo. Discuta com base nos resultados as características cinéticas das duas
enzimas, considerando que o mesmo substrato foi utilizado em ambos os ensaios de atividade
enzimática realizados.
Resposta 2
Tabela 1 - Enzima A
Por meio da tabela 1 é possível identificar os valores de Km e Vmax mediante a plotagem do
gráfico V/[S], porém o cálculo daqueles seriam complicados, visto isso, visando simplificar
os cálculos para obtenção de Km e Vmax, o gráfico de Lineweaver-Burk deve ser construído.
Para construção do gráfico primeiramente a tabela 1 deve ser transformada em sua forma
inversa, isto é, 1/V e 1/[S].
Tabela 2 - Inverso da tabela 1
Plotando os dados da tabela 2 em um gráfico de dispersão utilizando o programa excel é
possível construir o gráfico de Lineweaver-Burk.
Gráfico 1 - Gráfico de Lineweaver-Burk para enzima A
Para obtenção da equação da reta primeiramente deve ser criado a linha de tendência que
uniara todos os pontos do gráfico, posteriormente com a equação da reta é possível encontrar
o valor de Km e Vmax.
Tabela 3 - Valores de Km e Vmax
Substituindo os valores do coeficiente angular, Km/Vmax, e linear, 1/Vmax, com os seus
correspondentes encontrados na equação da reta, é possível encontrar os valores de Km e
Vmax.
Os mesmos métodos aplicados para a enzima 1 devem ser aplicados a enzima 2.
Tabela 4 - Enzima B
Para os valores encontrados para cada uma das enzimas, utilizando o mesmo substrato,
podemos inferir que os diferentes valores são causados pela diferença de afinidade da enzima
pelo substrato. Isso ocorre pelo fato de que baixos valores de Km caracterizam uma alta
afinidade da enzima pelo substrato, em contrapartida um alto valor de Km evidencia uma
baixa afinidade da enzima pelo substrato.
Quando o Km de uma reação é alto, a mesma necessitará de uma grande quantidade de
substrato para alcançar metade de sua velocidade máxima para reação, observando os valores
podemos deduzir que na reação da enzima 1, há uma alto valor de Km, consequentemente
teremos um alto valor para Vmax.
Com base nos dados apresentados, podemos concluir que devido o menor valor de Km da
enzima 2 em relação a enzima 1, aquela deverá possuir uma maior afinidade pelo substrato
comparando com a enzima 1.
Atividade 3
Explique cada um dos mecanismos de inibição reversíveis das enzimas e o gráfico de
Lineweaver-Burk correspondente a cada um destes mecanismos de inibição enzimática.
Resposta 3
Na inibição competitiva, a enzima pode se ligar tanto com inibidor quanto com substrato,
mas não a um complexo formado pelos três. Esse tipo de inibidor se assemelha ao sítio ativo
do substrato e se liga a enzima impedindo dessa forma a ligação da enzima com o substrato,
seu mecanismo de ação funciona diminuindo a velocidade de catálise ao reduzir a proporção
de moléculas de enzimas ligadas a seu determinado substrato.
A inibição competitiva pode ser combatida pelo aumento da concentração do substrato, dessa
forma ocorre novamente a competição entre substrato e inibidor para ligação ao sítio ativo da
enzima, um parâmetro importante é que independentemente da ligação do inibidor com a
enzima, haverá sempre a formação de produtos, porém esse processo ocorrerá com uma
velocidade muito menor que a normal.
Imagem 5 -Gráfico Cinético para inibidores reversíveis competitivos
Fonte:(BERG; TYMOCZKO; STRYER, 2012)
“Um inibidor incompetitivo não afeta a inclinação do gráfico de dupla recíproca. A Vmáx. e o KM
são reduzidos em quantidades equivalentes”. Fonte:(BERG; TYMOCZKO; STRYER, 2012)
Observando o gráfico é possível observar a diminuição do valor aparente de Km e
consequente diminuição no valor da Vmax, isso ocorre pelo fato de que o inibidor forma um
complexo com a enzima e o substrato causando assim depleção ao complexo ES, visto isso,
para manter o equilíbrio entre a concentração de enzima com o complexo ES, uma maior
quantidade de substrato deve se ligar a enzima. Consequentemente uma menor concentração
de substrato será necessária para formar metade da concentração máxima de ES e assim o
valor de Km é reduzido. Nesse cenário o Vmax não pode ser alcançada mesmo com altas
concentrações de substrato, além disso quanto maior a concentração de inibidor, menor o
valor de Km.
Por fim em uma inibição não competitiva, o inibidor pode se ligar tanto na enzima, quanto no
complexo enzima-substrato. Para ligação no complexo, o inibidor deve se ligar a outro sítio
na enzima de forma que o substrato também se ligue a um sítio ativo. Neste caso o complexo
enzima-inibidor-substrato não prossegue para formar qualquer tipo de produto.
Imagem 9 -Gráfico cinético para inibição reversível não competitiva
Fonte:(BERG; TYMOCZKO; STRYER, 2012)
Imagem 10 -Gráfico Lineweaver-Burk para inibição reversível não competitiva
Atividade 4
O que caracteriza o mecanismo de inibição irreversível de uma enzima? O que são
inativadores "suicidas"? Explique o mecanismo de ação de um inativador "suicida" utilizando
um exemplo de sua escolha.
Resposta 4
A classe de inibidores irreversíveis é dividida em três classes, reagentes específicos de
grupos, análogos de substratos reativos e inibidores suicidas. Esses inibidores reagem com a
enzima independentemente de sua concentração de forma que ocorra a desativação da enzima
por meio de uma ligação covalente que levará um longo tempo para se soltar da mesma, essa
interação é responsável por destruir os grupos funcionais da enzima inibindo assim a sua
capacidade de reação da mesma.
Reagentes específicos de grupos reagem com os grupos laterais específicos dos aminoácidos,
já os análogos de substratos reativos se ligam de maneira covalente a resíduos do sítio ativo,
esse tipo de ligação é mais específico para o sítio ativo quando comparados aos reagentes
específicos de grupos.
Inibidores suicidas são “substratos modificados que fornecem o meio mais específico de
modificar o sítio ativo de uma enzima”. O modo de ação desse inibidor adota uma
conformação de substrato que inicialmente sofre o processo de catálise normal.
Posteriormente ocorre a formação de um intermediário reativo pela própria enzima que
inativa a mesma de modo covalente.
Como exemplo podemos citar o inibidor N,N-dimetilpropargilamina que inibe a enzima
monoamina oxidase, por meio de uma ligação entre um grupo prostético, flavina, da enzima
com o inibidor. Essa enzima é responsável pela desaminação de neurotransmissores,
reduzindo assim o seu nível no cérebro, ou seja, utilizando esses inibidores suicidas, a ação
dessa enzima é afetada de forma a preservar a quantidade de neurotransmissores como
dopamina e serotonina.
Doenças que são causadas pela baixa concentração desses neurotransmissores como a doença
de Parkinson e a depressão, requerem a utilização de inibidores suicidas como a (-)deprenila
que são inibidores utilizados no tratamento das mesmas.