Bioinformática

Sala: LIG, UFRJ

Prof. Douglas Terra Machado - UFRJ
Email: dougterra@gmail.com

Nomes:Maria Eduarda Araujo de Oliveira

Data: 27.06.23
Curso:Biotecnologia

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Observação:
O envio desse roteiro deve ser em formato PDF e o nome do
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IA
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Disciplina Bioinformática UFRJ, campus Duque de Caxias
Prof. Douglas Terra Machado

Estudo Dirigido Bioinformática

Módulo: Filogenia

1. O que é uma árvore filogenética?

R.: As árvores filogenéticas são utilizadas em várias
áreas da biologia, é uma representação gráfica que mostra
as relações evolutivas entre diferentes espécies ou
grupos de organismos. Essa representação visual é usada
para ilustrar a ancestralidade comum e a diversificação
dos seres vivos ao longo do tempo e é construída com base
em evidências de similaridades e diferenças entre os
organismos. Elas ajudam a entender a história evolutiva
dos seres vivos, a traçar a origem e a evolução de
características específicas, a classificar e nomear
espécies e a reconstruir a história da vida na Terra.

2. O que são grupos monofiléticos, parafiléticos e

polifiléticos?
R.: Grupo Monofilético: Um grupo monofilético, também
conhecido como clado, consiste em um ancestral comum e
todos os seus descendentes. Em uma árvore filogenética,
um grupo monofilético é representado por um ramo que
inclui todas as espécies derivadas de um ancestral comum
exclusivo. Em outras palavras, todas as espécies ou
grupos incluídos no clado apoiar um ancestral comum e não
apoiar esse ancestral com outros grupos fora do clado.

Grupo Parafilético: Um grupo parafilético inclui um

ancestral comum e alguns, mas não todos, os descendentes
desse ancestral. Em uma árvore filogenética, um grupo
parafilético é representado por um ramo que inclui
algumas espécies derivadas de um ancestral comum, mas
exclui outras espécies que também preservaram esse
ancestral comum. Os grupos parafiléticos surgem quando
algumas espécies são excluídas do grupo devido a uma
definição limitada ou restrita do grupo. Grupo

Polifilético: Um grupo polifilético não inclui o

ancestral comum mais recente de todas as espécies dentro
do grupo. Em uma árvore filogenética, um grupo
polifilético é representado por espécies que são
agrupadas com base em características semelhantes, mas
não sob a tutela de um ancestral comum exclusivo. Em vez
disso, diferentes linhagens evolutivas convergiram

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evolutivamente para exibir características semelhantes,

mas sua ancestralidade não é a mesma.

3. Qual a importância de enraizar uma árvore filogenética?

R.: Em resumo, enraizar uma árvore filogenética é
fundamental para fornecer uma orientação temporal e uma
estrutura adequada para compreender a história evolutiva
das espécies. Isso permite que os cientistas interpretem
corretamente as relações filogenéticas, compreendam a
ancestralidade comum e reconstruam a trajetória da
evolução biológica.

4. Diferencie homologia de similaridade.

R.: Homologia é baseada na ancestralidade comum e na
origem evolutiva compartilhada, enquanto similaridade se
refere a características ou sequências que são
semelhantes, independentemente de sua ancestralidade. A
análise de homologia é crucial para entender a história
evolutiva dos organismos e inferir relações
filogenéticas, enquanto a similaridade pode ser o
resultado de diferentes processos evolutivos e precisa
ser avaliada com cuidado ao interpretar as relações entre
os organismos.

5. Explique a evolução divergente. Qual a principal

diferença em relação à evolução convergente?
R.: A evolução divergente envolve linhagens evolutivas
relacionadas que se afastam e desenvolvem características
distintas, enquanto a evolução convergente envolve
diferentes linhagens evolutivas desenvolvendo
características semelhantes independentemente, devido a
pressões seletivas semelhantes.A principal diferença
entre a evolução divergente e a evolução convergente está
no resultado final das mudanças evolutivas.

6. Considerando as sequências alinhadas abaixo, reconstrua a

árvore filogenética utilizando o método UPGMA.
Sequência A AGGTTGCTGC
Sequência B TGGTACCTGT
Sequência C TGGTAGCAGT
Sequência D ACCGAGCTCT

R.: Distância entre A e B: 2

Distância entre A e C: 3

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Distância entre A e D: 6
Distância entre B e C: 1
Distância entre B e D: 7
Distância entre C e D: 8

Primeiro, encontramos as duas sequências mais próximas,

que são B e C, com uma distância de 1. Vamos agrupá-las
em um nó intermediário. Calculamos a distância média
entre B e C, que é 1. Dividimos essa distância por 2 para
obter a distância dos nós intermediários aos outros nós.
Agora, calculamos as distâncias dos nós intermediários
aos outros nós. A distância do nó intermediário ao nó A é
a média entre as distâncias de B a A (2) e C a A (3), que
é 2.5. A distância do nó intermediário ao nó D é a média
entre as distâncias de B a D (7) e C a D (8), que é 7.5.
Assim, a árvore filogenética reconstruída usando o método
UPGMA para as sequências dadas é: