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Pressupostos do método:
(a) Todos os grupos supra-específicos verdadeiros são oriundos de uma única espécie
ancestral (monofilia)
O que é homologia?
Resultado da análise cladística: cladograma, que apenas representa uma hipótese para
evolução de caracteres e possíveis parentescos.
Usada pelos investigadores há mais de 50 anos, só nos últimos vinte se tornou popular e
utilizada de forma quase universal. A Cladística se assenta no princípio fundamental de
que os organismos devem ser classificados de acordo com as suas relações evolutivas e
que a forma de descobrir essas relações é analisando aquilo que se designa como
caracteres ancestrais ("primitivos") e caracteres derivados ("evoluídos").
Ela se diferencia das outras correntes de sistemática por usar apenas caracteres
derivados (apomórficos) que ocorrem em mais de um grupo - ou seja, estados
primitivos de caracteres (plesiomorfias) não podem ser usados para definir grupos, e
caracteres derivados que ocorrem em um único grupo (autapomorfias) não entram na
análise. Uma das dificuldades é identificar qual é efetivamente o estado plesio- e
apomófrfico de um caracter, e isso pode ser feito de duas formas principais: inferindo
diretamente, por dados paleontológicos, sobre o estado primitivo, ou usando na análise
"um grupo-irmão externo" ("outgroup"), próximo aos grupos estudados mas ainda assim
claramente distinto deles. Por exemplo, as briófitas poderiam ser usadas como grupo
externo em uma análise cladística de pteridófitas, gimnospermas e angiospermas.
Os caracteres ancestrais são as características dos seres vivos (plantas ou animais) que
todos os elementos de um dado grupo possuem. Por exemplo, o carácter "quatro
membros" é ancestral nos mamíferos, os quais herdaram este carácter do seu ancestral
comum (possivelmente um proto-mamífero ou, alternativamente, um réptil semelhante a
um mamífero). No entanto, estes caracteres ancestrais não são úteis na análise das
relações dos organismos de um determinado grupo já que, se se tentar elaborar uma
análise dos mamíferos, esse carácter não nos servirá de nada se procuramos saber qual
espécie se relaciona com qual. Para os biólogos que utilizam a cladística esses
caracteres designam-se plesiomórficos e quando esse carácter é partilhado por todos os
membros do grupo a que pertencem, designam-se simplesiomórfico.
Um exemplo de táxon polifilético seria aquele que unisse aves, morcegos e insetos
porque todos têm asas. Porém as asas desses animais são estruturas homoplásticas, que
se originaram por evolução convergente. Cada um desses animais tem um ancestral
diferente que, de forma independente, evoluiu para o estado alado. Embora os
exemplos escolhidos sejam simples, o trabalho de reconstrução filogenética não o é.
Podem ser encontrados vários cladogramas representado a filogenia de um determinado
grupo. Nesta situação os sistematas escolhem os cladogramas mais parcimoniosos. O
princípio da parcimônia é extremamente importante dentro da sistemática filogenética e
especialmente nas análises cladística auxiliadas por computador. Os softwares são
alimentados com dados morfológicos, comportamentais, moleculares e geram mais que
um cladograma. Dentre eles, o mais parcimonioso, ou seja, o que envolver o menor
número de transformações para explicar a filogenia é o escolhido.