Biologia Molecular – Aula II (18/08) - 2023.

2 – Carolina de Araujo Pereira da Silva 1

Compactação do DNA
• Como o DNA se encontra organizado no núcleo de uma célula eucariota, sendo muito mais complexo
do que em uma célula procariota.

Organização do núcleo

• Estrutura membranar formada por uma dupla membrana (envelope nuclear), separando seu
conteúdo do conteúdo citoplasmático;
• Há compartimentos de meio dentro do núcleo que são importantes para transporte
• Pelos poros, ocorre comunicação entre nucleoplasma e citoplasma, além de ter transporte de RNA’s
e proteínas;
• Toda a síntese proteica ocorre no citoplasma da célula, só que o núcleo precisa de certas proteínas
→ logo, o poro precisa ser plástico o suficiente para permitir essa migração de proteínas, como
também de RNA’s, tendo proteínas que interagem com tais moléculas, selecionando-as → os
filamentos auxiliam nesse processo;
• Embora o DNA pareça estar desorganizado, está em subcompartimentos no nucleoplasma
• Núcleo é o maior compartimento celular, tendo formato arredondado e geralmente está no meio da
célula (mas pode estar na periferia)
• A maioria das células só tem um núcleo, mas há exceções:
-Eritrócitos - não tem núcleo (e muitas outras organelas) para poder carregar o máximo de oxigênio possível
para transportar, tendo mais hemoglobinas para maximizar este processo;
-Células musculares são multinucleadas

Microscopicamente

• Nucléolo - mais eletrodenso

• Rede espalhada pelo núcleo → cromatina, a qual possui a mesma composição química dos
cromossomos. A diferença é que, na grande maioria do tempo, a maioria das células tá em interfase,
ou seja, não estão se dividindo, fazendo com que a cromatina esteja mais espalhada;
• Quando a célula vai se dividir, é preciso que atinja um maior estado de compactação, impedindo
quebra da estrutura durante o processo → assim, a cromatina organiza-se como um cromossomo
mitótico, sendo mais fácil de ser segmentado, de forma que separa as cromátides irmãs → OU SEJA,
cromatina e cromossomos possuem a mesma composição, o que muda é o estado de compactação

DURANTE A DIVISÃO

• Ao pensar no ciclo de vida de uma célula, passa a maior parte do tempo em interfase (fazendo
expressão de seus genes, sintetizando novas proteínas, etc.), mais especificamente na fase G1
(pode ficar MUITO tempo aqui. Ex: célula hepática pode ficar um ano nessa fase);
 Biologia Molecular – Aula II (18/08) - 2023.2 – Carolina de Araujo Pereira da Silva 2

• Ex: células musculares nem mesmo se dividem; quando morrem, são substituídas por fibras
proteicas. Elas podem aumentar em tamanho
• Ex: neurônios do hipocampo podem se proliferar;
• As células se dividem/ se duplicam, aumentando em número a partir de estímulos (hormonal ou de
fatores de crescimento);
• Na interfase, o DNA se encontra muito mais descompactado em relação à fase M (que possui um
tempo muito menor de duração e cromossomos MUITO compactados para separação das
cromátides irmãs), já que não está se dividindo → mas não significa que não esteja compactado, até
o menor nível de compactação está compactado de certa forma;
• Cromossomos: região centromérica, 22 pares autossômicos e 1 XX ou XY, telômeros;
• Somos seres diploides.

CLASSIFICAÇÕES DA CROMATINA INTERFÁSICA

• Heterocromatina: estado em que está altamente compactada, mas não no nível de um cromossomo
mitótico para impedir que proteínas tenham acesso à informação genética ali presente → ou seja,
não tem nenhum tipo de transcrição acontecendo ali (inativa transcricionalmente). Geralmente, são
as regiões mais eletrodensas e presentes na periferia da célula. Ex: centrômero, telômero, etc; são
sequências de DNA que se repetem, sem função de transcrever algum gene.
• Há situações em que a heterocromatina fica assim o tempo todo, mas há outras situações em que
são desfeitas para ativar a transcrição gênica.
• Eucromatina: menos compactada, permitindo que toda a maquinaria transcricional se ligue, sendo
ativa transcricionalmente. Ficam mais para o centro da célula

COMO OCORRE A COMPACTAÇÃO DO DNA NO NÚCLEO

• Há 46 cromossomos presentes em forma de heterocromatina e de eucromatina. No entanto, esse

DNA precisa estar num certo nível de compactação no núcleo interfásico;
Primeiro nível de compactação: fita de compactação → o DNA se enrola em volta dos núcleos proteicos,
encurtando consideravelmente o DNA → espaçamento entre os nucleossomos (proteínas que formam
o centro dessa estrutura em que o DNA se enrola, ele em si é a junção das histonas e do DNA que está
enrolado nele!), tendo 200 pares de base entre um e outro;
• O DNA que está enrolado no nucleossomo tem cerca de 147 pares de bases, enquanto no DNA de
ligação tem o resto até completar 200;
• Quando fizeram uma digestão, perceberam que era sempre de 200 em 200;
• As histonas são proteínas que possuem muitos aminoácidos carregados positivamente, como as
lisinas → faz sentido porque o DNA tem carga negativa;
• Cauda n-terminal → diferença principal entre as histonas
• Como o nucleossomo (core - centro do nucleossomo, formado por 8 proteínas histonas que se
associam em dímeros) é estruturado? Geralmente, em dímeros, de forma que as histonas H2A, H2B,
 Biologia Molecular – Aula II (18/08) - 2023.2 – Carolina de Araujo Pereira da Silva 3

H3 e H4 formam um octâmero estabilizado por interações com hélices centrais adjacentes (H3 e H4
formam 2 dímeros, os quais se unem → depois da união, os 2 dímeros de H2A e H2B se acoplam)
→ as caldas N-terminal ficam sempre para fora, e isso vai fazer diferença. Quando o DNA entrar para
ser enrolado, se enrola nessa estrutura octomérica, que é o core do nucleossomo → assim, vira o
nucleossomo completo com essa ligação.

ONDE ESTÃO OS SINAIS PARA O RECONHECIMENTO?

• As caudas (N-terminal) são formadas por muitos aminoácidos de carga positiva, criando um código
que é reconhecido por proteínas. Assim, essas caudas podem sofrer modificações pós-traducionais
→ alguma coisa pode se ligar covalentemente a ela, sendo feita uma nova adição. Adições feitas:
grupamento acetil à lisina, ligação do fosfato à serina, grupamentos metil em lisina ou arginina,
monoubiquitinação, etc.
• Ubiquitina: polipeptídeo que pode ter várias funções, como a codificação de caudas de histonas.
Quando a ubiquitina é adicionada mais de 3 x numa proteína (poliubiqutinação), ela é marcada de
forma a ser degradada → poliossomos com proteases que degradam essas proteínas;
• Essas modificações vão influenciar nos níveis de compactação dessas estruturas. Ex: acetilação a
várias lisinas, faz com que sua carga positiva se neutralize → assim, o que antes era um atrator do
DNA, faz com que ele fique mais frouxo → ou seja, auxilia na descompactação pela neutralização
da carga → ou seja, auxilia na transcrição;
• Esses aminoácidos que podem sofrer as modificações, são chamados de “código de histonas” →
determinadas alterações vão gerar um código para uma determinada ação; não há modificação
nenhuma do DNA, tudo acontece na cauda das histonas → essas modificações marcam
preferencialmente a superfície do nucleossomo (que tem as caudas das histonas), atraindo proteínas
e ajudando na modificação da estrutura (não é um colar estático);
• Acetilação e desacetilação são feitas por enzimas → histona desacetilase (retirada da acetilação,
gerando carga líquida positiva, aumentando o nível de compactação do DNA e diminui o acesso de
outras proteínas) e histona acetil transferase (transfere grupamento acetil para lisina, tornando a
carga neutra, diminuindo o nível de compactação e aumentando a acessibilidade de proteínas);
• A metilação tende a aumentar o nível de compactação (ou seja, é o inverso da acetilação). As
enzimas metiltransferases adicionam grupamentos metil, enquanto as demetilases retiram esse
grupamento;
• Além da cauda das histonas que criam esse código, existe uma outra forma de sinalizar mudanças
na estrutura daquela cromatina → Isoformas de histonas que estão em certas regiões. Ex: H3 →
H3.3, auxiliando na ativação da atividade transcricional;
• Cinetócoro (proteínas que sua formação se dá por mudança na histona H3 - CENP-A) → histonas
modificadas que atraem proteínas para auxiliar na ligação dos microtúbulos;
• As histonas têm papel ativo nas modificações moleculares;
• Quando a célula vai se dividir, as cromátides irmãs ficam unidos pelo centrômero → ao se dividir,
precisa do alinhamento dos cromossomos na placa metafásica para os microtúbulos se inserirem.
 Biologia Molecular – Aula II (18/08) - 2023.2 – Carolina de Araujo Pereira da Silva 4

Assim, a CENP-A, atrai proteínas do cinetócoro, que permitem a entrada dos microtúbulos no
centrômero;
• As histonas convencionais (H2A, H2B, H3, H4) são traduzidas na fase S para inserção nas fitas
novas de DNA, enquanto suas isoformas são traduzidas na interfase e adicionadas aos
nucleossomos já formados;
• Estão presentes em sítios específicos do cromossomo e são inseridas nos nucleossomos no lugar
de histona convencional uma histona variante;
*Isoformas: sequência gênica mais ou menos igual, tendo pequenas mudanças → são variantes

HISTONA H1

• “Sobe” um nível compactação de forma que o DNA de ligação começa a se ligar → o que auxilia
nisso é a histona H1, que não faz parte do nucleossomo, já que se liga ao DNA de ligação/ conector,
encurtando o DNA de ligação→ isso aproxima mais os nucleossomos, o que faz com que as histonas
dos nucleossomos se atraiam pelo core do outro nucleossomo subsequente;
• Deficientes genéticos da síntese da histona H1 não têm problemas, só as caudas das histonas
bastam para esse processo →, mas a H1 ajuda muito na estabilização
• Quando essas fibras 11 nm começam a se aproximar, criam uma fibra de 30 nm graças à
aproximação dos nucleossomos (segundo nível de compactação)
• A cromatina do núcleo interfásico começa com a fibra de 11 nm, vai para fibra de 30nm (ainda permite
que tenha transcrição acontecendo) → isso diminui a área ocupada: é como se tivesse um eixo que
fosse acomodando os nucleossomos.
Como esses nucleossomos são empacotados/acomodados (organização da fibra de 30
nm) ?
-Modelo solenoide: acomodação espiral → mais aceito, é como se fosse uma hélice
-Modelo solenoide cruzado
-Zigue-zague: como se fosse a folha beta de uma proteína

AUMENTANDO O NÍVEL DE COMPACTAÇÃO

• Sessão de cromossomos (domínios em alça de cromatina) → não diminui a área, você só organiza
→ a fibra de 30 nm se apoia em cima de uma estrutura proteica de proteínas não-histonas, podendo
ir de 700 nm a 1400 nm → só aumenta o nível de compactação quando a célula recebe estímulos
para divisão;
• Isso foi observado em modelos in-vivo → cromossomos plumosos - dobramentos da estrutura de 30
nm ao apoiar-se na estrutura proteica formada de não-histonas que pareciam plumas;
• Quando precisa de transcrição, a alça se estende, tendo alta atividade transcricional;
• Outro cromossomo estudado foram os cromossomos encontrados na glândula salivar da Drosophila
→ se duplicam tanto (muitas cópias) que fica mais fácil de ver (fica em grande escala) → regiões
mais compactadas ficam mais escuras;
 Biologia Molecular – Aula II (18/08) - 2023.2 – Carolina de Araujo Pereira da Silva 5

• A partir desses estudos, perceberam que só a fita de 30 nm não tinha a compactação necessária
para duplicação, precisando ter essas invaginações;
• Observam “puffs” → alças estendidas, mais descompactadas que possuem maior atividade
transcricional → apesar de ser uma estrutura mais compactada, ainda há certa plasticidade para
permitir a atividade transcricional;
• Onde tinham os puffs, evidenciaram maior número de RNA´s→ ou seja, realmente tinha mais
transcrição.

ARCABOUÇO CROMOSSÔMICO MITÓTICO

✓ A axe (eixo proteico) é formada por proteínas não histonas (topoisomerases) que originam o
arcabouço, a qual permite a formação dos domínios em alça;
• Para o nível de compactação cada vez maior, precisa de proteínas para ajudar ainda mais (proteínas
da família SMC, que são condensinas e coesinas) → ajudam a compactar o domínio em alça,
gerando o cromossomo mitótico → ligam-se a cromatina durante o processo de meiose ou mitose,
atuando no cromossomo no maior estado de compactação → coesinas juntam as cromátides irmãs
na região centromérica (para separá-las, a coesina para de agir) e as condensinas são formadas por
subunidades, participando da compactação do cromossomo → elas ajudam a formar rosetas, pois
se juntam e auxiliam ainda mais na compactação → por isso, conseguimos visualizar o cromossomo
mitótico.

COMO MODIFICAÇÕES NOS NUCLEOSSOMOS (HISTONAS + DNA) SÃO RECONHECIDAS PARA...?

• Como a célula controla a eucromatina e heterocromatina, como consegue ter plasticidade para mexer
nessa estrutura?
• Algumas regiões são naturalmente compactadas, enquanto há outras que são facultativos: pode
estar compactado em algum momento ou não justamente para ocorrer transcrição;
• Os nucleossomos não são estáticos, mas precisam chaperonas → proteínas com funções diversas
nas células, podendo ajudar no enovelamento proteico, permitindo um ambiente mais propício para
que ligações ocorram com mais facilidade (interações hidrofóbicas, iônicas, de hidrogênio, etc) →
são da família heat shock
• Assim, os nucleossomos precisam de complexos de remodelamento da cromatina para se
descompactarem ou compactarem de acordo com a necessidade de atividade transcricional.
• Pode ter movimento nos nucleossomos porque se precisar ter acesso a um gene, é preciso de
remodelamento
• As chaperonas são complexos de remodelamento de cromatina e, para que isso ocorra, precisa ter
quebra de ATP → se liga e ocorre um deslizamento da fita de DNA nas histonas → também ajudam
na montagem de nucleossomos
• Esse deslocamento permite que trechos antes inacessíveis se tornem expostos para a ligação de
proteínas regulatórias
 Biologia Molecular – Aula II (18/08) - 2023.2 – Carolina de Araujo Pereira da Silva 6

• O remodelamento dos nucleossomos podem proporcionar (1) ejeção do nucleossomo e (2) deslize
dos nucleossomos

MODIFICAÇÕES ADICIONAIS NOS CORES DAS HISTONAS: COMO SÃO FEITAS E COMO ESSA INFORMAÇÃO PODE SER

REPASSADA ENTRE AS CÉLULAS

• Há complexos proteicos que vão ser capazes de reconhecer as modificações e atrair outras proteínas
que vão ajudar neste remodelamento → code reader fará a leitura e, depois, outros componentes
serão atraídos para que ocorra o remodelamento → as caudas das histonas ajudam muito no
processo
• As modificações são lidas pelo code-reader complexo que vão se ligar as modificações de acordo
com sua disposição, atraindo determinados complexos proteicos → são as modificações nas
CAUDAS das histonas

Exemplo: uma determinada modificação pode ser espalhada para nucleossomos adjacentes. A proteína
regulatória atrai uma enzima que vai modificar a histona (leitura); outra proteína irá reconhecer a modificação
(leitura), atraindo uma outra enzima de modificação para o próximo nucleossomo → assim, não precisa ter
uma proteína regulatória em cada nucleossomo

HERANÇA EPIGENÉTICA

• Algumas modificações são herdáveis; logo, quando a célula duplica seu material genético, a fita a
ser duplicada precisa também sofrer as mesmas modificações
*Epigenética → marcações que podem ocorrer no DNA ou nas histonas, sendo marcações herdáveis
• Situação: herança genética por modificação de DNA, em que a modificação feita - não
necessariamente feita no DNA - também é passada para frente
• Como ocorre? Na duplicação do DNA, com a abertura da fita, a mesma quantidade inicial de
nucleossomos precisa estar nas duas fitas. Logo, as chaperonas chegam e entendem que precisam
refazê-los → geralmente os nucleossomos não ficam inteiros, sobrando só o tetrâmero de H3 e H4
(já que são as que mais sofrem modificações) porque precisa ter mais mobilidade para o aparato,
além de permitir que isso mantenha as alterações. Depois da replicação, isso precisa ser refeito,
refazendo os nucleossomos originais (H2A e H2B), colocar mais nucleossomos para manter os oito
e, ainda, instituir as modificações (código de leitura atua para refazer as modificações do DNA
original).

TERRITÓRIOS CROMOSSÔMICOS

• Os territórios cromossômicos → embora a cromatina pareça estar bagunçada no núcleo interfásico,

existem territórios cromossomiais e também regiões de eucromatina e heterocromatina → mais fácil
 Biologia Molecular – Aula II (18/08) - 2023.2 – Carolina de Araujo Pereira da Silva 7

para proteínas sinalizadores reconhecerem por ter essa organização → além de ter o citoesqueleto
funcionando como trilhos ajudando no direcionamento de proteínas para determinados
compartimentos
*FISH - marcação de cromossomos por corantes fluorescentes

SUBCOMPARTIMENTALIZAÇÃO NUCLEAR

• Um dos cromossomos X precisa ser inativado/condensado → com a junção dos gametas, um dos
cromossomos será imediatamente inativado

NUCLÉOLO

• Dentro do núcleo, é uma região muito eletrodensa (por ser rica em proteínas) → rica em produção
de RNA ribossomal, onde os ribossomos serão produzidos
• Quando vista em maior aumento, também possui mais compartimentalizações → transcrição dos
genes (centros fibrilares) e montagem dos ribossomos (componente fibrilar)
• A síntese das proteínas ribossomais ocorre no citoplasma em ribossomos livres! As proteínas recém-
sintetizadas são transportadas para o núcleo, sendo montadas no componente granular dos
nucléolos