Bioquímica

Bioquímica
Os organismos vivos
o Aves, animais selvagens, plantas e microrganismos do solo

compartilham com os humanos as mesmas unidades estruturais básicas
(células) e os mesmos tipos de macromoléculas (DNA, RNA, proteínas)
feitas dos mesmos tipos de subunidades monoméricas (nucleotídeos,
aminoácidos).
Os organismos vivos
• Os menores organismos consistem em células isoladas e são

microscópicos. Os organismos multicelulares maiores têm muitos tipos
celulares diferentes, os quais variam em tamanho, forma e função
especializada.
Unicelular Multicelular
• Apesar dessas diferenças óbvias, todas as células dos organismos, desde

o mais simples ao mais complexo, compartilham determinadas
propriedades fundamentais, que podem ser vistas em nível bioquímico.
As células são as unidades estruturais e
funcionais de todos os organismos vivos
o Células de todos os tipos compartilham algumas características
estruturais comuns
Organelas celulares
o Membrana plasmática
o Citoplasma – citosol
o Organelas envoltas por membrana – ribossomos, proteossomos,
metabólitos, coenzimas.
o Núcleo – genoma
As dimensões celulares são limitadas pela
difusão
o O que limita as dimensões de uma célula?
O limite inferior provavelmente é determinado pelo

número mínimo de cada tipo de biomolécula requerido
pela célula
Difusão Simples Difusão Facilitada
Transportadores de
membrana
Existem três grupos distintos de vida
Procariontes Eucariontes
Aeróbios Anaeróbios
Os organismos diferem amplamente pelas suas
fontes de energia e precursores biossintéticos
o É possível classificar os organismos pela maneira como obtêm a
energia e o carbono de que necessitam para sintetizar o material
celular
o Fototróficos – que captam e usam a luz solar
o Quimiotróficos - que obtêm sua energia pela oxidação de um
combustível químico
o Os fototróficos e os quimiotróficos podem ser subdivididos ainda
mais:
o Autotróficos - os que podem sintetizar todas as suas biomoléculas
diretamente do CO2
o Heterotróficos - requerem nutrientes orgânicos previamente
formados por outros organismos
Célula bacteriana
Célula bacteriana
Célula bacteriana
As células eucarióticas têm uma grande
variedade de organelas providas de membranas
As células constroem estruturas
supramoleculares
Fundamentos celulares
o Todas as células são delimitadas por uma membrana plasmática; têm um citosol
contendo metabólitos, coenzimas, íons inorgânicos e enzimas; e têm um conjunto de
genes contidos dentro de um nucleoide (bactérias e arqueias) ou de um núcleo
(eucariotos).
o Todos os organismos requerem uma fonte de energia para realizar o trabalho celular. Os
fototróficos obtêm energia da luz solar; os quimiotróficos oxidam combustíveis
químicos.
o As células de bactérias e de arqueias contêm citosol, nucleoide e plasmídeos, todos

contidos dentro de um envelope celular. As células eucarióticas têm núcleo e são
multicompartimentalizadas.
o Complexos supramoleculares unidos por interações não covalentes são parte de uma
hierarquia de estruturas
Fundamentos de Bioquímica –
Fundamentos Químicos
o Fundamentos celulares –
o Fundamentos Químicos – a bioquímica estuda as formas e as

funções biológicas em termos químicos
o Século XX – oxidação da glicose em leveduras x células de músculo

animal – semelhanças químicas marcantes
o Jacques Monod 1954: “ o que vale para uma E. coli vale também
para um elefante”
Elementos essenciais para a vida e a saúde
e dos animais
Biomoléculas
o Biomoléculas são compostos de carbono com uma grande variedade

de grupos funcionais
o Carbono - Os átomos de carbono podem formar até quatro ligações
estáveis com outros átomos de carbono
Biomoléculas
o Geometria da ligação do carbono
o A versatilidade de ligação do carbono com outro carbono e com

outros elementos foi o principal fator na seleção dos compostos de
carbono para a maquinaria molecular das células
A maioria das biomoléculas derivam dos
hidrocarbonetos
o Os átomos de hidrogênios são substituídos por uma grande
variedade de grupos funcionais – propriedades químicas específicas
das moléculas
Biomolécula com mais de um grupo
funcional
o A “ personalidade” química de um composto é determinada pela química do

seu grupo funcional e sua estrutura tridimensional
Biomoléculas
o As células contêm um conjunto universal de moléculas pequenas – metabólitos centrais
das principais rotas metabólicas que ocorrem em quase todas as células
o Esses são os metabólitos centrais das principais rotas metabólicas que ocorrem em quase
todas as células – isto é, os metabólitos e as rotas que foram conservados durante o
curso da evolução
Aminoácidos
Nucleotídeos
comuns
Açucares e seus
derivados
o Outras moléculas especificas de certos tipos de organismos – metabólitos secundários -

plantas
Biomoléculas
o Componentes moleculares de uma célula de E. coli

Biomoléculas
o Proteínas
o Ácidos nucleicos
o Polissacarídeos
o Lipídeos
Proteínas
o Longos polímeros de aminoácidos que constituem a maior fração da

célula
o Funções estruturais, enzimáticas, receptoras de sinal ou

transportadoras
o Proteoma
Ácidos nucleicos
o DNA e RNA são

polímeros de
nucleotídeos
o Armazenam e
transmitem a
informação genética
o Genoma é a
sequencia completa do
DNA da célula
Polissacarídeos
o Polímeros de açucares simples como a glicose
o Apresentam três funções específicas:

- Depósitos de combustível de alto conteúdo energético
- Componentes estruturais da parede celular (plantas e bactérias)
- Elementos no reconhecimento extracelular que se ligam a proteínas
de outras células – oligossacarídeos
o Glicoma – conjunto de todas as moléculas celulares contendo

carboidratos
Lipídeos
o Derivados dos hidrocarbonetos e insolúveis em água
o Funções:
- Componentes estruturais da membrana
- Depósito de combustível de alto conteúdo energético
- Sinais intracelulares
o Lipidoma
Biomoléculas
Aminoácido Lipídeo
Polissacarídeo
Biomoléculas – Estrutura tridimensional
o Assim como as ligações e os grupos funcionais das moléculas, o

arranjo dos constituintes atómicos das moléculas no espaço
tridimensional (Estereoquímica) também é muito importantes para
as biomoléculas
o Compostos contendo carbono normalmente existem como

estereoisômeros, moléculas com as mesmas ligações químicas e
mesma fórmula molecular, mas com diferentes configurações
o Interações entre biomoléculas são invariavelmente

estereoespecíficas, exigindo configurações específicas das moléculas
interagentes.
o Estereoquímica, ou configuração, das moléculas simples:
Estrutural em Esfera ou Volume

perspectiva Bastão anatômico
o Estereoisômeros – moléculas com as mesmas ligações químicas e
mesma forma molecular, mas com diferentes configurações
o Isômeros geométricos ou cis-trans – diferem no arranjo dos seus

grupos substituintes com relação a dupla ligação rígida
o Constituição química similar, funções diferentes

o Estereoisômeros - Centros quirais – os quatro diferentes

substituintes ligados a um átomo de carbono tetraédrico pode ser
arranjados em duas formas espaciais distintas – duas moléculas com
propriedades químicas semelhantes ou idênticas, com propriedades
físicas e biológicas diferentes.
o Estereoisômeros - Diasteroisômeros
o Quando biomoléculas interagem, o “encaixe” entre elas tem de ser

estereoquimicamente correto. A estrutura tridimensional de
biomoléculas grandes e pequenas – a combinação de configuração e
conformação – é de máxima importância nas suas interações
biológicas
o Estereoespecificidade, a capacidade de distinguir entre

estereoisômeros, é uma propriedade das enzimas e de outras
proteínas, sendo um aspecto característico da lógica molecular das
células vivas. Se o sítio de ligação de uma proteína é complementar a
um isômero do composto quiral, então ele não será complementar ao
outro isômero, da mesma forma que a luva para a mão esquerda não
se ajusta à mão direita.
o Estereoisômeros têm diferentes efeitos em humanos

o Aspartame
• Citalopram - inibidor seletivo da recaptação da serotonina

Fundamentos Químicos
• Devido a sua versatilidade de ligação, o carbono pode produzir amplas
coleções de estruturas carbono-carbono com uma grande variedade de
grupos funcionais. Esses grupos conferem às biomoléculas as suas
propriedades químicas e biológicas.
• Um conjunto universal de aproximadamente mil molécula pequenas é

encontrado em células vivas; a interconversão dessas moléculas nas
rotas metabólicas centrais se conservou ao longo da evolução
• Interações entre moléculas biológicas são quase invariavelmente

estereoespecíficas: elas requerem um ajuste próximo entre as estruturas
complementares das moléculas interagentes.
Resumindo e Discutindo...
o Propriedades dos organismos vivos
o Fundamentos celulares
o Fundamentos químicos
o Fundamentos Físicos
Fundamentos Físicos
o Células e organismos vivos precisam realizar trabalho para se
manterem vivos e se reproduzir. As reações de síntese que ocorrem
dentro das células, como processos de síntese em uma fábrica,
exigem o consumo de energia.
o Mecanismos altamente eficientes para aproveitar a energia,obtida
da luz solar ou de combustíveis químicos nos vários processos que
requerem energia para ser realizados.
o Um dos objetivos da bioquímica é compreender, em termos

químicos e quantitativos, os meios pelos quais a energia é extraída,
armazenada e canalizada para trabalho útil nas célula viva.
o As conversões de energia celular – como todas as outras conversões

de energia – podem ser estudadas no contexto das leis da
termodinâmica
• As moléculas e os íons contidos nos organismos vivos diferem em

tipo e concentração daqueles existentes no meio circundante - todos
são diferentes na composição se comparados com o seu meio, e uma
vez atingida a sua maturidade, eles mantêm uma composição
aproximadamente constante, apesar das constantes alterações no
meio onde se encontram.
o Pequenas moléculas, macromoléculas e complexos

supramoleculares são continuamente sintetizados e degradados em
reações químicas que envolvem um constante fluxo de massa e
energia pelo sistema
o As moléculas de hemoglobina que carregam
oxigênio dos seus pulmões para o seu cérebro neste
momento foram sintetizadas no decorrer do último
mês; no decorrer do próximo mês, elas serão todas
degradadas e completamente substituídas pornovas
moléculas de hemoglobina
o A glicose que você ingeriu na sua última refeição

está agora circulando na sua corrente sanguínea;
antes do final do dia, essas moléculas de glicose em
particular estarão todas convertidas em algo
diferente
o As quantidades de hemoglobina e glicose no sangue permanecem

quase constantes porque a taxa de síntese ou ingestão de cada uma
contrabalança a sua taxa de degradação, consumo ou conversão em
algum outro produto.
o A manutenção desse estado requer investimento constante de

energia; quando a célula não consegue mais obter energia, ela
morre.
Os organismos transformam energia e
matéria de seu meio
o Para as reações químicas que ocorrem em solução, pode-se definir o
sistema como todos os reagentes e produtos, o solvente que os
contêm e a atmosfera imediata – em resumo, tudo dentro de uma
região definida do espaço.
Sistema + Meio = Universo

Sem troca de Meio Isolado
Sistema
energia/materia
Sistema Troca de energia Meio Fechado
Sistema Troca de Meio Aberto

energia/materia
o Um organismo vivo é um sistema aberto - ele troca tanto matéria
quanto energia com seu meio.
o Organismos obtêm energia do meio de duas formas:

(1) absorvendo combustíveis químicos (como glicose) e extraindo
energia pela oxidação desses combustíveis do seu meio
(2) absorvendo energia da luz solar.
Algumas interconversoes de energia em
organismos vivos
Primeira Lei da Termodinâmica
o Em qualquer mudança física ou química, a quantidade total de

energia no universo permanece constante, embora a forma da
energia possa mudar.
o Isso significa que, quando a energia é “usada” pelo sistema, ela não
é “gasta”, mas convertida de uma forma em outra
A chaleira e a dissipação do calor
água,
Sistema chaleira,
chama
Meio cozinha
Energia –
Calor/Vapor
Apagar a chama?
Entropia
Entropia
Entropia - A oxidação da glicose
o Entropia é um estado não somente da energia, mas da matéria.
Organismos aeróbios (heterotróficos) extraem energia livre da glicose
obtida do meio pela oxidação da glicose com O2, que também é
obtido do meio.
o Sempre que uma reação química resultar no aumento do número de

moléculas a desordem molecular aumenta e, em consequência, a
entropia também aumenta.
o A aleatoriedade ou a desordem dos componentes de um sistema
químico é expressa como entropia, S
o Qualquer alteração na aleatoriedade do sistema é expressa como

variação de entropia, ΔS
o J. Willard Gibbs - Teoria da variação de energia durante as reações

químicas demonstrou que a energia livre total, G de qualquer sistema
fechado pode ser definida em termos de três quantidades: entalpia,
H, que expressa o número e os tipos de ligações; entropia, S; e a
temperatura absoluta, T (em Kelvin).
• A definição de energia livre é G = H – TS. Quando uma reação

química ocorre a uma temperatura constante, a variação da energia
livre, ΔG, é determinada pela variação da entalpia, ΔH, refletindo o
tipo e o número das ligações químicas e a formação e a quebra de
interações não covalentes, e a variação da entropia, ΔS, que descreve
a variação da aleatoriedade do sistema:
o Por definição, ΔH é negativo para uma reação que libera calor (reação
exotérmica), ΔH é positivo para uma reação que absorve calor (reação
endotérmica)
o O funcionamento da célula depende basicamente de moléculas, como

proteínas e ácidos nucleicos, para as quais a energia livre de formação
é positiva: as moléculas são menos estáveis e mais altamente
ordenadas do que a mistura de seus componentes monoméricos -
reações, consumidoras de energia (endergônicas) as células a acoplam
a outras reações que liberam energia (reações exergônicas)
Reações com ligações de acoplamento
energético
na biologia
Exergônica
Exergônica
Endergônica
O trifosfato de adenosina (ATP) fornece
energia
A fonte costumeira de energia livre em reações biológicas acopladas é
a energia liberada pela quebra (de fato hidrólise) das ligações
fosfoanidrido como aquelas presentes no trifosfato de adenosina
O fluxo de elétrons fornece energia aos
organismos
o Praticamente toda a transdução de energia nas células pode ser
relacionada a esse fluxo de elétrons de uma molécula a outra
o Todas essas reações envolvidas no fluxo de elétrons são reações de

oxirredução: um reagente é oxidado (perda de elétrons) enquanto
outro é reduzido (ganho de elétrons).
Como isso se aplica às reações químicas?
o Em sistemas fechados, as reações químicas ocorrem

espontaneamente até que o equilíbrio seja alcançado
o Quando um sistema está em equilíbrio, a taxa de formação de

produtos se iguala exatamente à taxa na qual os produtos são
convertidos em reagentes
o Cada composto envolvido em uma reação química contém certa

quantidade de energia potencial, relacionada ao tipo e ao número
das suas ligações. Nas reações que ocorrem espontaneamente, os
produtos têm menos energia livre que os reagentes
Keq e ΔG° são medidas da tendência das
reações
ocorrerem espontaneamente
o A tendência de uma reação química em se completar pode ser
expressa como uma constante de equilíbrio. Para uma reação na qual
uma quantidade de a mols de A reagem com b mols de B para dar c
mols de C e d mols de D
o [A]eq é a concentração de A, [B]eq é a concentração de B, e assim

por diante, quando o sistema alcançou o equilíbrio. Um grande valor
de Keq significa que a reação tende a prosseguir até que os reagentes
estejam quase completamente convertidos nos produtos.
Criar e manter ordem requer trabalho e
energia
o DNA, RNA e proteínas são macromoléculas de informação; a
sequência exata de suas subunidades monoméricas contém
informação
o Além de usar energia química para formar ligações covalentes entre

essas subunidades, as células precisam investir energia para ordenar
as subunidades em sua sequência correta
o Para sintetizar macromoléculas a partir de suas unidades

monoméricas, energia livre precisa ser injetada no sistema (neste
caso, a célula)
As enzimas promovem sequências de
reações químicas
o Praticamente todas as reações químicas das células ocorrem em uma taxa
significativa somente quando na presença das enzimas – biocatalisadores
que, como todos os outros catalisadores, aumentam bastante a velocidade
de reações químicas específicas sem, contudo, serem consumidos no
processo.
• Os milhares de reações químicas catalisadas por enzimas nas células são

organizadas funcionalmente em muitas sequências de reações
consecutivas, chamadas de rotas, nas quais o produto de uma reação se
torna o reagente da seguinte
• Algumas rotas degradam nutrientes orgânicos em produtos finais
simples para poder extrair energia química e convertê-la em formas
úteis à célula; o conjunto dessas reações degradativas e produtoras de
energia livre é designado catabolismo
• Outras rotas iniciam com moléculas precursoras pequenas e as

convertem progressivamente em moléculas maiores e mais complexas,
incluindo proteínas e ácidos nucleicos. Tais rotas sintéticas, que
invariavelmente requerem injeção de energia, são coletivamente
designadas anabolismo.
o O conjunto de
redes de rotas
catalisadas por
enzimas, tanto as
catabólicas
quanto as
anabólicas,
constituem o
metabolismo
celular.
O metabolismo é regulado para obter equilíbrio
e economia
• Metabolismo é a soma de muitas sequências de reações
interconectadas que interconvertem metabólitos celulares. Cada
sequência é regulada para suprir o que a célula precisa em um dado
momento e para gastar energia somente quando necessário
Sugestão da Professora...
o Fundamentos Genéticos
Fundamentos Genéticos
o Capacidade de se reproduzir por várias gerações com com fidelidade

o Instruções genéticas permaneceram praticamente intactas nos
organismos vivos por períodos longos periodos
Material Genético
ácido
desoxirribonucleico
(DNA)
o A sequência de subunidades monoméricas, codifica as instruções

para formar todos os outros componentes celulares e fornece o
molde para a produção de moléculas de DNA idênticas a serem
distribuídas aos descendentes por ocasião da divisão celular.
A continuidade genética está contida em
uma única molécula de DNA
o Um esperma ou óvulo humano, carregando a informação hereditária

acumulada em bilhões de anos de evolução, transmite essa herança
na forma de moléculas de DNA, nas quais a sequência linear de
subunidades de nucleotídeos ligados covalentemente codifica a
mensagem genética
o O esperma humano traz para o óvulo que ele fertiliza somente uma
molécula de DNA de cada um dos 23 cromossomos, para se combinar
com somente uma molécula de cada cromossomo correspondente
no óvulo.
Embrião com todos os seus

25.000 genes, feitos de 3
bilhões de pares de
nucleotídeos
A estrutura do DNA permite sua replicação e
seu reparo com fidelidade quase perfeita
o A unidade básica do DNA é
um polímero linear de
quatro subunidades
monoméricas diferentes,
desoxirribonucleotídeos
arranjados em uma
sequência linear precisa.
o Divisão celular – fita molde
A sequência linear no DNA codifica proteínas
com
estrutura tridimensional
o Uma sequência linear de

desoxirribonucleotídeos
no DNA codifica (por meio
de um intermediário,
RNA) a produção de uma
proteína com a sequência
linear de aminoácidos
correspondente
o Uma vez em sua conformação nativa, a proteína pode associar-se não
covalentemente com outras macromoléculas (outras proteínas, ácidos
nucleicos ou lipídeos) para formar complexos supramoleculares, como
cromossomos, ribossomos e membranas
o Fundamentos Genéticos
Próxima aula...
o Apesar de as sequências de aminoácidos das proteínas carregarem

toda a informação necessária para alcançar a conformação nativa da
proteína, o enovelamento preciso e a automontagem também
requerem o ambiente celular correto – pH, força iônica,
concentrações de íons metálicos...
Obrigado!

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o Aves, animais selvagens, plantas e microrganismos do solo

• Os menores organismos consistem em células isoladas e são

• Apesar dessas diferenças óbvias, todas as células dos organismos, desde

O limite inferior provavelmente é determinado pelo

Difusão Simples Difusão Facilitada

o As células de bactérias e de arqueias contêm citosol, nucleoide e plasmídeos, todos

o Fundamentos Químicos – a bioquímica estuda as formas e as

o Século XX – oxidação da glicose em leveduras x células de músculo

o Biomoléculas são compostos de carbono com uma grande variedade

o Geometria da ligação do carbono

o A versatilidade de ligação do carbono com outro carbono e com

o A “ personalidade” química de um composto é determinada pela química do

o Outras moléculas especificas de certos tipos de organismos – metabólitos secundários -

o Componentes moleculares de uma célula de E. coli

o Longos polímeros de aminoácidos que constituem a maior fração da

o Funções estruturais, enzimáticas, receptoras de sinal ou

o DNA e RNA são

o Polímeros de açucares simples como a glicose

o Apresentam três funções específicas:

o Glicoma – conjunto de todas as moléculas celulares contendo

o Derivados dos hidrocarbonetos e insolúveis em água

o Assim como as ligações e os grupos funcionais das moléculas, o

o Compostos contendo carbono normalmente existem como

o Interações entre biomoléculas são invariavelmente

Estrutural em Esfera ou Volume

o Isômeros geométricos ou cis-trans – diferem no arranjo dos seus

o Constituição química similar, funções diferentes

o Estereoisômeros - Centros quirais – os quatro diferentes

o Quando biomoléculas interagem, o “encaixe” entre elas tem de ser

o Estereoespecificidade, a capacidade de distinguir entre

o Estereoisômeros têm diferentes efeitos em humanos

• Citalopram - inibidor seletivo da recaptação da serotonina

• Um conjunto universal de aproximadamente mil molécula pequenas é

• Interações entre moléculas biológicas são quase invariavelmente

o Propriedades dos organismos vivos

o Um dos objetivos da bioquímica é compreender, em termos

o As conversões de energia celular – como todas as outras conversões

• As moléculas e os íons contidos nos organismos vivos diferem em

o Pequenas moléculas, macromoléculas e complexos

o A glicose que você ingeriu na sua última refeição

o As quantidades de hemoglobina e glicose no sangue permanecem

o A manutenção desse estado requer investimento constante de

Sistema + Meio = Universo

Sistema Troca de energia Meio Fechado

Sistema Troca de Meio Aberto

o Organismos obtêm energia do meio de duas formas:

o Em qualquer mudança física ou química, a quantidade total de

o Sempre que uma reação química resultar no aumento do número de

o Qualquer alteração na aleatoriedade do sistema é expressa como

o J. Willard Gibbs - Teoria da variação de energia durante as reações

• A definição de energia livre é G = H – TS. Quando uma reação

o O funcionamento da célula depende basicamente de moléculas, como

o Todas essas reações envolvidas no fluxo de elétrons são reações de

o Em sistemas fechados, as reações químicas ocorrem

o Quando um sistema está em equilíbrio, a taxa de formação de

o Cada composto envolvido em uma reação química contém certa

o [A]eq é a concentração de A, [B]eq é a concentração de B, e assim

o Além de usar energia química para formar ligações covalentes entre

o Para sintetizar macromoléculas a partir de suas unidades

• Os milhares de reações químicas catalisadas por enzimas nas células são

• Outras rotas iniciam com moléculas precursoras pequenas e as

o Propriedades dos organismos vivos

o Capacidade de se reproduzir por várias gerações com com fidelidade