O documento descreve uma pesquisa sobre amostras de água e larvas de Chironomidae coletadas em quatro locais na Cordilheira Branca no Peru. Foram medidas variáveis ambientais e realizadas análises químicas da água para determinar concentrações de metais. O DNA das larvas foi extraído e sequenciado para identificar espécies.
O documento descreve uma pesquisa sobre amostras de água e larvas de Chironomidae coletadas em quatro locais na Cordilheira Branca no Peru. Foram medidas variáveis ambientais e realizadas análises químicas da água para determinar concentrações de metais. O DNA das larvas foi extraído e sequenciado para identificar espécies.
O documento descreve uma pesquisa sobre amostras de água e larvas de Chironomidae coletadas em quatro locais na Cordilheira Branca no Peru. Foram medidas variáveis ambientais e realizadas análises químicas da água para determinar concentrações de metais. O DNA das larvas foi extraído e sequenciado para identificar espécies.
- Houve tripla coleta em cada local de amostragem,
cada amostra foi mantida em garrafas de polipropileno de 1L, preservadas com 10 N HNO3 (Ácido Nítrico) e analisadas por indução espectroscopia de emissão de plasma acoplado. O controle de qualidade foi realizado por meio de análises estabelecidas pela USEPA (Agência de Proteção Ambiental dos Estados Unidos) e material de referência para amostras de água.
- A coleta das larvas de Chironomidae foi feita nós
sedimentos de cascalho/seixos e pedras ao longo das margens, usando um conjunto de peneiras e bandejas de plástico. Os animais foram transportados em potes plásticos até o laboratório, separados individualmente em tubos de 1,5 mL com tampa de rosca contendo 100 mL do reagente TRIzol (isola DNA, RNA, tecidos, células e proteínas), homogeneizados com pilão plástico e armazenados a 80 °C até o envio para o Universidade de Amsterdã (Holanda).
- Para extrações de DNA, 20 L de clorofórmio foram
adicionados ao homogeneizado. As amostras foram então incubadas à temperatura ambiente por 5 min e centrifugadas a 12.000 g por 15 min a 4 °C. A fase aquosa contendo RNA foi removida e guardada a -80°C para análise posterior. 30 lL de tampão TNES-6U foi então adicionado à fase de fenol-clorofórmio e incubado à temperatura ambiente por 10 min. Posteriormente, as amostras foram centrifugadas a 18.000 g por 15 minutos a 4 °C, e a fase aquosa superior foi transferida para um tubo limpo. Um volume igual de isopropanol 100% foi adicionado e as amostras foram incubadas a 80 °C durante a noite, após o que foram centrifugadas a 18.000 g por 30 minutos a 4 °C. O DNA foi então eluído em 20 L de tampão T10E1 e armazenado a 20 °C.
- Os produtos de PCR foram colocados em um gel
de agarose a 1% para determinar sua qualidade e tamanho. Uma mistura de 1 L de produto de PCR e 1 L de primer direto ou reverso com 7 L de H2O foi então enviada para a MacroGen Europe (Amsterdã, Holanda) para sequenciamento. As sequências retornadas foram cortadas no mesmo comprimento com base nas pontuações de qualidade. As sequências foram então traduzidas usando a tabela de códons de mtDNA de invertebrados para determinar que não continham códons de parada, o que é uma evidência de que são sequências genuínas de mtDNA
- As posições de códon incluídas foram
1ª+2ª+3ª+não codificantes. Todas as posições contendo lacunas e dados ausentes foram eliminadas. Havia um total de 531 posições no conjunto de dados final.
Caracterização da cinética da reação de hidrólise do p-nitrofenil acetato a p-nitrofenol na ausência e presença da enzima α-quimiotripsina, efeito da temperatura e do pH