Genomas, Transcriptomas

e Proteomas
Biologia Molecular Princípios e Técnicas, 2012
Ed. Artmed -Cox, Doudna & O´Donnell

Capítulo 8
Estrutura Básica

 Gene: segmento de DNA que inclui todas as sequências nucleotídicas

necessárias e suficientes para a síntese de pelo menos um produto
correspondente, que pode ser um mRNA a ser traduzido em uma proteína
ou outros tipos de RNA.
 Gene: segmento de DNA que inclui todas as sequências nucleotídicas
necessárias e suficientes para a síntese de pelo menos um produto
correspondente, que pode ser um mRNA a ser traduzido em uma proteína
ou outros tipos de RNA.

Sequência nucleotídica
que codifica o seu
produto
 Gene: segmento de DNA que inclui todas as sequências nucleotídicas
necessárias e suficientes para a síntese de pelo menos um produto
correspondente, que pode ser um mRNA a ser traduzido em uma proteína
ou outros tipos de RNA.

Controle da expressão
EUCARIOTOS
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PROCARIOTOS
 “Pode ser difícil ver a floresta,
quando se presta tanta atenção às árvores”
“Cada gene é uma pequena árvore

de uma grande floresta”

 1970- genes

 Forma

 Função

 transcrição

 Aplicações : Medicina – agricultura

 Genôma: genes + cromossomo (Hans Winkler, 1920)

 Definição: complemento genético haplóide completo de

uma célula de uma espécie

 Haemophilus influenzae, 1995 (TIGR, Craig Venter, bioq.)

 Saccharomyces cerevisiae, 1996 (André Goffeau, micro)

 E. coli, K12; 1997 (Frederick R. Blattner, gene)

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• Replicação: 2 direções
• Setas vermelhas: tRNA
• Setas verdes: rRNA
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Orientação e localização de genes

em relação à origem e ao sentido da replicação
  GENOMA HUMANO

 Sequência rascunho: 2001 (1º James Watson, 2º

Francis Collins)

 Sequência definitiva: abril 2003 (antes do prazo!!!)

James Watson
(1992) Francis Collins
(2003)
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Sequence tagged sites (sítios marcados por sequências)

Expressed sequence tags (marcadores de sequências expressas)
Antecipação impulsionada por Celera

Celera – J. Craig Venter

1997

70% - genoma próprio

Shot gun - aleatório

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 Anotação do Genoma

 Bioinformatas
 Descrição dos genomas
 Base em banco de dados
 40%: Não se sabe a função (anotação:
exercício desafiador)
 Função de proteínas e RNAs
Descrita em 3 níveis:

 Função fenotípica: efeito de um produto

gênico sobre o organismo (ex. Δ);
 Função celular: processos e interações
metabólicas dos quais o produto gênico
participa;
 Função molecular: atividade bioquímica
precisa da molécula;
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Eventos evolutivos que geram cópias de genes, genes parálogos,
pseudogenes, genes ortólogos e genes xenólogos
Função Gênica (genômica comparativa)
 Algoritimo BLAST (Basic Local Alignment
Search Tool) – NCBI (National Center for
Biotechnology Information), PUBMED
“Algoritimo: é caracterizado por qualquer forma de resolver um problema
de forma procedural a partir de padrões e regras”
NCBI: NIH (USA); Ensembl (Embl-EBI: Lab. Bio. Mol. Euro, Instituto de
Bioinf. Euro); Instituto Sanger (Well-come Trust Sanger Institute)
 Dois genes quaisquer com similaridade de sequência
demonstrável: HOMÓLOGOS;
 SIMILARIDADE DE SEQUÊNCIA: implica em uma
relação evolutiva entre duas spp;
 2 genes de spp diferentes apresentam relação funcional:
ORTÓLOGOS;
 2 genes da mesma spp apresentam relação funcional:
PARÁLOGOS (DUPLICAÇÃO GÊNICA);
 SINTENIA: ORDEM GÊNICA CONSERVADA
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• SNPs: Polimorfismos de um único nucleotídeo

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AMOSTRAGEM DA BIODIVERSIDADE
POR METAGENÔMICA

• Abordagem: sequenciamento aleatório em grande escala

• Microrganismos
• rRNA
• Coletas organismos marinhos 2003-2006 – Kraig Venter
• 7,7 milhões de sequências – 800 spp – ½ desconhecida
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Evolução humana e outros primatas

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• Último ancestral universal comum

• Análise de genomas de dif. Spp
• Características comuns e essenciais
• a uma cel. original