QUESTÕES PARA ESTUDO – CAPÍTULO 08

1. Descreva em detalhes as propriedades das bases nucleotídicas que

afetam a estrutura tridimensional dos ácidos nucléicos.

Possuem um grupo de base nitrogenada ligado ao anel da pentose,

proporcionado interações eletrostáticas como pontes de hidrogênio que formam

a dupla fita no DNA; Essa ligação é feita de tal forma que proporciona um

pequeno grau de rotação do seu eixo; os nucleotídeos consecutivos são

ligados covalentemente por uma ligação fosfodiéster entre o fosfato 5’ de um

nucleotídeo com o hidroxila 3’ de outro. Essa ligação forma as fitas de DNA e

RNA, que consistem em esqueletos de fosfato e pentose com grupos de bases

nitrogenadas ligados lateralmente – no DNA essas bases interagem formando

ligações de pontes de hidrogênio. As bases nitrogenadas também interagem de

maneira a empilharem-se devido sua característica hidrofóbica no pH celular, o

que favorece a estabilização da molécula

2. Explique o que são sequências palindrômicas e quais alterações

estruturais podem resultar da sua presença em uma determinada região

da molécula de DNA.

São regiões da fita que se autocomplementam via repetição inversa da

sequência dos nucleotídeos e podem interagir formando um grampo ou

estruturas cruciformes via pontes de hidrogênio.

3. Quando a absorbância de uma solução de DNA é medida em função da

temperatura da solução, observa-se geralmente que a absorbância

 aumenta em paralelo com o aumento na temperatura da solução. Sugira

uma explicação para este fenômeno.

O rompimento das interações de empilhamento das bases nitrogenadas devido

a desnaturação decorrente do aumento da temperatura amplia a superfície de

contato dos anéis aromáticos com o meio, tornando mais fácil que a luz

encontre essas estruturas.

4. Explique porque ocorre um aumento na absorção de luz ultravioleta

(efeito hipercrômico) quando uma molécula de DNA de dupla fita é

desnaturada.

Similar ao que acontece com o aumento da temperatura, a desnaturação da fita

torna disponível para o meio os anéis aromáticos que antes estavam

justapostos no empilhamento oriundo das forças de Wan der Waals, o que

facilita a absorbância por parte destes grupos.

5. Que tipos de forças estabilizam a estrutura tridimensional do DNA de

dupla hélice? Explique.

Forças de Wan der Waals no empilhamento de bases nitrogenadas para evitar

interação com o meio hidrofílico, pontes de hidrogênio também entre as bases

nitrogenadas conectam a dupla fita, ligações covalentes fosfodiéster mantêm

as colunas de açúcares e fosfatos das duas fitas.

6. Explique porque as moléculas de RNA são instáveis em meio alcalino.

Devido a presença do grupo 2’ hidroxila, que age como facilitador hidrofílico

para atuação de hidrólise da ligação covalente fosfodiéster do esqueleto. No
DNA esse grupo está ausente, o que confere à molécula maior estabilidade.

7. Dê dois exemplos de:

(a) Nucleotídeos que são componentes de cofatores enzimáticos;

Adenina e Uracila

(b) Nucleotídeos que atuam como intermediários na comunicação celular

Adenina e Guanina

8. Discuta em detalhes a razão pela qual quimicamente o RNA é mais instável

que o DNA.

Presença de grupo 2’ hidroxila favorecendo reações de hidrólise; fita simples

não permite ligações de pontes de hidrogênio ou empilhamento de bases

nitrogenadas para maior estabilização da molécula.

9. Discuta dois exemplos de transformações não enzimáticas que podem

ocorrer nas bases nitrogenadas que compõem o DNA.

Desaminação: Perda espontânea de grupamentos amino exocíclicos nos anéis

aromáticos. Essa reação causa uma mudança na base nitrogenada, no caso da

Guanina a desaminação promove a formação de uma Uracila, que é facilmente

detectada pelo DNA e removida;

Incidência de luz UV pode causar a formação de dímeros pirimídicos

ciclobutanos entre duas bases de pirimidinas consecutivas, que causa uma

dobra na molécula de DNA.

12. Em relação aos nucleotídeos, quais de seus componentes estão unidos

através de ligação glicosídica?

A pentose e a base nitrogenada.

13. Quando em solução alcalina, qual o mecanismo envolvido na hidrólise não-

enzimatica do RNA?

Facilitação por meio do grupo 2’ hidroxila...

14. Explique a razão pela qual as propriedades estruturais de um segmento de

DNA em um cromossoma depende da proporção de pares A-T e G-T(C??)

neste segmento?

Porque existem três interações de pontes de hidrogênio entre G-C e duas em

A-T, o que torna a região com mais proporção de G-C mais estável e menos

suscetível a processos de desnaturação.

15. Explique o pH do meio afeta a estrutura do DNA.

A alteração das forças iônicas do meio pode induzir a quebra das pontes de

hidrogênio que ligam a dupla fita de DNA e o rompimento do empilhamento

vertical das bases de nitrogênio que também estabilizam a estrutura.

16. Em que sentido as duas fitas em uma molécula de DNA são antiparalelas?

São antiparalelas devido a complementaridade de uma fita à outra, fazendo

com que uma necessariamente esteja no sentido inverso da outra, com a

extremidade 5’ perpendicular à extremidade 3’ da outra.

17. Porque as duas fitas em um DNA de dupla hélice não são idênticas e sim

complementares?

Devido à natureza das ligações entre as bases constituintes da molécula, em

que uma Guanina sempre se ligará a uma Citosina e uma Adenina a uma

Timina. Isto se deve às pontes de hidrogênio que ligam uma fita à outra,
tornando este modelo de pareamento mais estável pras condições fisiológicas

da célula.

18. Qual a relevância das sequências palindrômicas no DNA?

Permitem a alteração de uma sequência de DNA por meio de mecanismos

epigenéticos, como ocorre nas estruturas de cadeias que reconhecem

anticorpos e antígenos nas células B e T.

19. Qual a relevância das transformações não-enzimáticas às quais as bases

nitrogenadas no DNA estão sujeitas?

A possibilidade de mutações gênicas que comprometem a funcionalidade dos

genes.

20. Além de serem os blocos construtores de DNA e RNA, quais outras

funções os nucleotídeos desempenham nas células?

Regulação, atividade coenzimática e transporte de energia.

21. Dê quatro exemplos de “nucleotídeos raros” encontrados no DNA e

explique como eles são formados.

5-Metilcitidina, N6-Metiladenosina, N2-Metilguanosina e 5-Hidroximetilcitidina –

As três primeiras são formadas por meio de metilação dos nucleotídeos

principais do DNA e a última por hidroximetilação, mecanismo geralmente

utilizado em vírus. São formados para manter funções de regulação e proteção

de informação genética.